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基因编辑工具及其使用教程基因编辑是一种先进的生物技术，它可以对生物体的基因组进行精确的修改和调整，从而改变其遗传特征和生物功能。
基因编辑工具是实现基因编辑的关键工具，其中最常用的工具是CRISPR-Cas9系统、TALEN和ZFN。
本文将分别介绍这些基因编辑工具的原理和使用方法，以帮助读者对其有更好的理解。
1. CRISPR-Cas9系统CRISPR-Cas9系统是一种基于细菌免疫系统的基因编辑技术。
它包括两部分：CRISPR序列和Cas9蛋白。
CRISPR序列是一段DNA片段，其中包含着特定的序列重复和间隔，这些序列能与目标基因的序列互补配对。
Cas9蛋白是一种酶，它可以识别CRISPR序列与目标基因序列之间的匹配，并在目标基因的特定位置上剪切DNA链。
使用CRISPR-Cas9进行基因编辑的步骤如下：1) 设计并合成目标基因的CRISPR序列和Cas9蛋白。
2) 将CRISPR序列和Cas9蛋白导入到目标细胞中。
可以使用载体来将CRISPR-Cas9系统导入到细胞中。
3) Cas9蛋白识别并与目标基因序列结合，形成Cas9-gRNA复合物。
gRNA是指导RNA，它可以与CRISPR序列配对，指导Cas9蛋白在目标基因的特定位置上进行剪切。
4) Cas9蛋白在目标基因的特定位置上剪切DNA链，从而导致基因组的突变。
这种突变可以是基因组上的缺失、插入或替换。
5) 细胞会利用自身修复机制修复被剪切的DNA链，从而实现基因编辑的目标。
2. TALENTALEN是一种由转录激活因子(TF)结合域和核酸酶结合域组成的基因编辑工具。
与CRISPR-Cas9系统相比，TALEN具有更高的特异性和更低的离靶效应。
使用TALEN进行基因编辑的步骤如下：1) 设计并合成目标基因的TALEN，其中每个TF结合域与基因的特定DNA序列相互作用。
2) 将TALEN导入到目标细胞中，通常是通过转染或电穿孔方法。
3) TALEN识别并与目标基因序列结合，形成TALEN-DNA复合物。
美国应用生物系统公司片段分析和基因分型软件GeneMapper v3.0 中文操作手册（仅供参考。
请阅读英文原版手册。
）技术服务部x 2004年目录概述 (3)ABI PRISM GENEMAPPER V3.0中文手册 . LMS (4)一. 开机 (4)二. 输入P ANEL (4)三. 生成B IN (4)四. 定义A NALYSIS M ETHOD (5)五. 设置默认值 (5)六. 分析数据 (6)七. 编辑结果 (6)八. 创建自己的K IT、P ANE和M ARKER (6)ABI PRISM GENEMAPPER ID V3.1中文手册 . HID (7)一. 安装及登录 (7)二. 设置参数 (7)三. 分析数据 (8)四. 输出结果 (9)ABI PRISM GENEMAPPER V3.0中文手册 . SNP (10)一. 开机 (10)二. 分析片段大小 (10)三. 定义K IT、B IN S ET和P ANEL (10)四. 定义B IN和M ARKER (10)五. 定义S IZE S TANDARD和P REFERENCE (11)六. 分析数据 (11)七. 编辑结果 (17)八. 自动生成P ANEL (17)概述GeneMapper是高通量、全自动的DNA片段分析和基因分型软件，功能上相当于GeneScan、Genotyper和Template软件的整合，在应用上分为3类：以微卫星(STR) 连锁分析为基础的人和小鼠全基因组扫描，以单碱基延伸（微测序）为基础的SNP分析，和以STR遗传分析为基础的人、马、牛、羊亲子鉴定及身份认定。
其中GeneMapper ID v3.1是亲子鉴定的专用软件。
GeneMapper以Project为数据管理单位，Project之下又划分4个层次，从上到下依次为Kit、Panel (=Bin Set)、Marker 和Allele (=Bin)。
生物信息学分析工具的使用教程导言：在生物学领域中，随着高通量测序技术的快速发展，生物信息学分析工具的应用变得越来越重要。
这些工具能够帮助研究人员进行基因组、转录组、蛋白质组等大规模数据的分析和解释。
本文将为您介绍几种常用的生物信息学工具，并提供详细的使用指南。
一、BLAST（基因序列比对工具）BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是最常用的生物信息学工具之一，用于比对基因或蛋白质序列中的相似性。
以下是使用BLAST的步骤：1. 打开NCBI网站的BLAST页面，并选择适当的BLAST程序（如BLASTn、BLASTp等）。
2. 将查询序列粘贴到"Enter Query Sequence"框中，或者上传一个FASTA格式的文件。
3. 选择适当的数据库，如"nr"（非冗余序列数据库）或"refseq_rna"（已注释的RNA序列数据库）。
4. 设置相似性阈值、期望值和其他参数。
5. 点击"BLAST"按钮开始比对。
6. 结果页面会显示比对结果的列表和详细信息，包括匹配上的序列、相似性得分等。
二、DESeq2（差异表达基因分析工具）DESeq2是一种用于差异表达基因分析的R包。
以下是使用DESeq2的步骤：1. 安装R语言和DESeq2包。
2. 将基因表达矩阵导入R环境中，并进行预处理（如去除低表达基因）。
3. 根据实验设计设置条件和组别。
4. 进行差异分析，计算基因的表达差异和显著性。
5. 可视化差异表达基因的结果，如绘制散点图、MA图、热图等。
三、GSEA（基因集富集分析工具）GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一种基于基因集的富集分析方法，用于识别与特定性状或实验条件相关的生物学功能。
以下是使用GSEA的步骤：1. 准备基因表达矩阵和相关的分组信息。
基因编辑技术的使用教程随着科学技术的飞速发展，基因编辑技术已经成为生命科学领域的一项重要工具。
基因编辑技术通过对细胞或生物体的基因进行修改，能够精确地改变其遗传信息，为疾病治疗、农业改良以及生物研究等领域提供了巨大的潜力。
本文将介绍基因编辑技术的使用教程，包括基因编辑工具的选择、实验步骤以及注意事项等，帮助读者更好地理解和运用这一技术。
1. 基因编辑工具的选择目前常用的基因编辑工具主要包括锌指核酸酶 (ZFNs)、转活酶 (TALENs) 和CRISPR-Cas9系统。
这些工具分别采用不同的机制来实现基因编辑，选择适合的工具取决于实验需求和资源可用性。
CRISPR-Cas9系统是当前应用最广泛的基因编辑工具，其具有成本低、操作简便、准确性高等优点。
然而，由于它的泛化性较强，可能导致非特异性的DNA突变。
因此，在选择基因编辑工具时，需要仔细考虑各个工具的特点和局限性，确保选择最适合自己实验的工具。
2. 基因编辑实验步骤基因编辑实验通常包括设计引物、合成或构建编辑复合物、细胞转染或动物基因编辑等步骤。
下面是常规的基因编辑实验步骤：2.1 引物设计首先，根据目标基因序列设计引物。
引物通常包括两个特异性引物，用于引导编辑工具精确识别目标基因。
此外，引物还可以包含引导RNA (gRNA) 序列，用于指导CRISPR-Cas9系统的工具。
2.2 合成或构建编辑复合物根据实验需求，合成或构建编辑复合物。
对于ZFNs和TALENs，需要合成引物并与适当的编辑酶结合成复合物。
对于CRISPR-Cas9系统，需要合成gRNA或利用合成DNA片段构建gRNA表达载体。
2.3 细胞转染或动物基因编辑将编辑复合物转染到目标细胞中，或者通过动物基因编辑方法将其导入到转基因动物模型中。
细胞转染可以使用化学法、电穿孔法或病毒载体介导的转染法等方法。
而动物基因编辑则包括胚胎干细胞注射、体细胞核移植等技术。
3. 注意事项在进行基因编辑实验时，需要注意以下几点：3.1 实验计划合理制定实验计划非常重要。
POPGENE中文使用教程（图文）最后更新：2010-5-30POPGENE：物种遗传分析——基于微软windows的免费软件，免费下载：/soft/1059.html。
一、POPGENE窗口概览该软件由C++语言书写。
POPGENE窗口计算环境有两种类型：Data display windows（数据显示窗口）和Dialog boxes （对话框）.其窗口菜单包含八部分：File：用于建立新的数据文件或打开存在的文件Edit：用于从其他窗口修改和复制文本Search：寻找或取代选择的文本Co-Dominant:用于通过用co-dominant 标志去调用物种遗传分析Dominant：用于通过用dominant 标志去调用物种遗传分析Quantitative：用于通过用量化特征去调用物种遗传分析Window：用于布置、选择和控制窗口分布Help：帮助，告诉你如何使用该软件在菜单栏下面有工具栏，可以快速容易的使用窗口的特色部分。
底部有状态栏，它提供的信息包括光标位置和输入数据大小。
二、POPGENE计算程序窗口概览POPGENE/Co-Dominant和Dominant markers 两个对话框：Haploid Data Analysis 和Diploid Data Analysis。
每个对话框里有3个等级的Hierarchical Structure：Single Populations, Groups 和Multiple populations。
Single Locus和Multilocus遗传参数的评定通过选择一个或多个Hierarchical Structure核对框实现的。
HAPLOID DATA ANAL YSISGene Frequency: 从原始数据中判断每个locus的基因频率Allele Number:计数非零频率等位基因的数量Effective Allele Number:评价彼此的结合性Polymorphic Loci: 不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比Gene Diversity：判断Nei’s (1973)基因多样性Shannon Index: 判断Shannon信息指数，以此作为基因多样性的程度Homogeneity Test: 构建双向相依表和进行(χ2)和相似率(G2)测试F-Statistics:为Groups 或Multiple Populations判断Nei’s (1973) GST，以及GST和GCS Gene Flow: 从GST 或FST中的判断中来进一步判断基因流Genetic Distance: 判断Nei’s (1972)遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗传距离Dendrogram:用UPGMA做基于Nei’s遗传距离的树形图Neutrality Test:用Manly提出的算法，为临界稳定执行Ewens-Watterson测试Two-locus LD: 判断loci 和χ2测试之间的gametic disequilibriaBrown:计算观察的和预想的K的momentsSmouse:编码常出现的等位基因为1，假的等位基因为0. 判断平均内在关系DIPLOID DATA ANAL YSISGenotypic Frequency: 从针对co-dominant markers 的原始数据中判断每个locus的基因频率HW Test:在随机杂交的情况下，用Levence计算法则计算预想的遗传型频率，并且执行基于Hardy-Weinberg 平衡(χ2)和相似率(G2)的测试，仅限于co-dominant markersFixation Index:判断FIS作为异形接合体缺失或过多的判据Allele Frequency:判断原始数据的基因频率Allele Number: 计数非零频率等位基因的数量Effective Allele Number: 评价彼此的结合性Polymorphic Loci: 不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比Obs. Homozygosity:判断给定locus观察到杂合子的比例，仅对于co-dominantmarkersExp. Homozygosity:判断随即杂交的情况下，预想杂合子的比例，仅对于co-dominant markers Shannon Index: 判断Shannon信息指数，以此作为基因多样性的程度Homogeneity Test: 构建双向相依表和进行(χ2)和相似率(G2)测试，测试针对于Groups 或者Multiple PopulationsF-Statistics: 为Groups 或Multiple Populations判断F-statisticsGene Flow: 从GST 或FST中的判断中来进一步判断基因流Genetic Distance: 判断Nei’s (1972)遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗传距离Dendrogram: 用UPGMA做基于Nei’s遗传距离的树形图Neutrality Test:用Manly提出的算法，为临界稳定执行Ewens-Watterson测试Two-locus LD: 判断loci 和χ2测试之间的gametic disequilibriaSmouse: 编码常出现的等位基因为1，假的等位基因为0，他们的异形接合体为1/2，判断平均内在关系。
分子生物学实验中的分析软件使用方法介绍随着科技的发展和进步，分子生物学实验的数据量不断增加，对于这些大量的数据进行分析成为了科研工作者不可或缺的一部分。
为了更好地处理和解读这些数据，科研人员们使用各种分析软件来辅助他们的研究工作。
本文将介绍一些常用的分析软件及其使用方法。
一、基因序列分析软件基因序列分析软件是分子生物学实验中最常用的软件之一，它们用于分析DNA或RNA序列以及蛋白质序列。
其中，NCBI Blast是一种非常常用的基因序列比对软件，它可以通过将待比对的序列与已知的序列数据库进行比对，从而确定序列的相关性和相似性。
使用NCBI Blast，我们可以快速找到与我们研究对象相关的序列信息。
二、基因表达分析软件基因表达分析软件用于分析基因在不同组织或条件下的表达水平，以及基因调控网络等。
在这方面，R语言是一种非常强大的工具。
通过使用R语言中的各种包和函数，我们可以对基因表达数据进行聚类分析、差异表达分析、通路富集分析等。
同时，R语言还提供了丰富的数据可视化功能，可以帮助我们更好地展示和解读实验结果。
三、蛋白质结构分析软件蛋白质结构分析软件主要用于预测蛋白质的三维结构以及模拟蛋白质的动力学行为。
其中，Swiss-PdbViewer是一种常用的蛋白质结构可视化软件，它可以帮助我们观察和分析蛋白质的结构特征。
而GROMACS则是一种常用的分子动力学模拟软件，它可以模拟蛋白质在不同环境下的运动轨迹，帮助我们理解蛋白质的功能和机制。
四、基因组学分析软件基因组学分析软件主要用于处理和分析整个基因组的数据，包括基因组序列、基因组注释以及基因组变异等。
在这方面，Ensembl是一种非常常用的基因组分析软件。
它提供了大量的基因组数据和工具，可以帮助我们进行基因组注释、基因组比对以及基因组变异的分析。
五、细胞图像分析软件细胞图像分析软件用于分析和处理细胞图像数据，帮助我们了解细胞的形态和功能。
其中，ImageJ是一种非常流行的细胞图像分析软件，它提供了丰富的图像处理和分析工具，可以帮助我们进行细胞计数、细胞形态分析以及细胞追踪等。
目录目录 (1)第一章简介 (7)一、前言 (7)二、特点 (7)三、控制性能 (8)第二章安装和运行 (9)一、运行环境 (9)二、安装 (9)1、硬件安装步骤 (9)2、驱动程序安装步骤 (9)3、SmartTest程序安装 (12)三、卸载 (14)四、修复 (15)五、拆卸步骤 (15)第三章界面操作 (16)一、主窗口 (16)二、力、变形和时间显示板 (17)三、位移显示板 (18)四、曲线显示板 (19)五、控制板 (20)1、控制方式选择卡片 (20)程控：可编程序控制方式 (21)3、阀芯中位 (21)4、位移控制调整位置 (23)5、位移控制 (24)6、力控制 (25)7、变形控制 (26)8、自定义程序控制 (26)六、刻度板 (26)七、数据板 (27)1、数据板窗口 (27)2、数据板工具栏 (27)3、数据库显示定位按钮 (28)八、数据分析 (28)第四章定制试验方法 (31)一、在配置工具箱中选择试验方法（定制1—定制20） (31)二、在软件主程序的数据板上选择【定制*】（最后一项） (31)三、定制试验方法 (32)四、定制试验方法的步骤 (33)五、部分功能概括 (34)1、内部定义 (34)2、字段 (35)第五章试验过程 (36)一、选择试验类型 (36)二、输入试件信息 (36)三、打开历史数据 (40)四、试验操作 (41)1、安装试件 (42)2、选择试验方法 (42)3、开始试验操作 (42)4、试验结束 (42)五、结果保存 (42)六、数据分析 (43)第六章报表的使用与制作 (44)一、报告打印（经典） (44)二、报表打印 (46)三、输出报表至O FFICE (50)1、新建模块 (50)2、Excel报表的制作（方法一） (52)3、Excel报表的制作（方法二） (55)4、曲线 (57)5、Word报表的制作 (58)6、Excel中求平均值 (59)7、Word求平均值 (60)第七章系统设置和调整 (61)一、系统参数 (61)1、系统 (61)2、显示 (62)3、曲线 (63)4、保护 (63)5、选项 (64)二、选择力传感器和引伸计 (64)三、校准、检定 (65)四、控制参数调整 (67)五、硬件测试 (69)六、控制观察 (69)第八章配置工具箱SMARTDEBUG使用说明 (70)一、安装和运行 (70)二、使用 (70)1、系统 (71)2、力传感器 (71)3、引伸计 (71)4、横向引伸计 (72)5、大变形 (72)6、位移 (72)7、控制 (72)8、选项 (73)9、试验方法 (74)10、外部控制 (75)第九章程序编制和程序执行 (76)一、用途 (76)二、程序执行 (76)三、程序编制 (76)1、控制程序的新建、删除和重命名 (76)2、加载方向 (77)3、程序内容 (77)4、编辑程序结构 (77)5、编辑程序内容 (78)6、编程实例 (81)第十章错误信息 (84)一、安装时 (84)二、启动时 (84)三、运行时 (85)附录：万能试验卡接线定义 (86)一、万能试验卡主要接线引脚定义 (86)二、电子万能接线方式 (87)1、J1、J2（DB-9）传感器、引伸计接线图 (87)2、J3（DB-25）接线图 (87)3、J4（DB-9）大变形接线图.................... 错误！未定义书签。
SnapGene使用教程
一、SnapGene中的几个View介绍
View1:Map
1.打开一个质粒图谱文件，在Topology option处选择circular。
得如下界面：
显示质粒图谱的酶切位点。
右侧箭头可显示不同厂家出售的酶。
显示质粒图谱的开放阅读框及转录方向。
点击其显示的箭头可显示该
ORF的片段大小、GC%值等一些信息。
显示片段名称。
△给非编码序列命名：如多克隆位点。
先找到质粒图谱中的多克隆位点的第一个酶切位点和最后一个酶切位点。
点击左侧sequence ，找到两个酶切位点之间的序列。
View2:Sequence
点击Sequence，得到如下界面：
显示编码的氨基酸序列，有缩写和全写两种。
View3：Enzymes
点击Enzymes，得到如下界面：
View4：Features
点击Features，得到如下界面：
显示各个已命名片段的一些特点。
二、对片段进行注释
1.给编码序列命名：
点击其中一个箭头，按Feature→Add Translated Feature，弹出以下窗口：
Feature：给该片段命名。
Type：选择该片段的类型，右侧箭头代表阅读方向。
Color：选择颜色。
2.给非编码序列命名：
如多克隆位点。
先找到质粒图谱中的多克隆位点的第一个酶切位点和最后一个酶切位点。
点击左侧sequence ，找到两个酶切位点之间的序列。
3.给质粒图谱增加引物序列：
按Edit→Find，输入引物序列，找到质粒序列对应位置，点击Primers→Add primer，弹出该界面：
按上下游引物选择Top Strand还是Bottom Strand，在Primer处可给该引物命名，随后即可显示该引物在图谱Map中的位置。
三、创建新DNA文件
1.打开SnapGene，点击New DNA File，弹出以下窗口：
在Create the following sequence窗口下输入DNA序列，并对该文件命名，点击OK。
或是点击Import from Genebank，输入NCBI中某序列的access number，点击OK。
2．此时弹出如下窗口：
3.对该序列进行注释：点击Features→Add Feature，对该序列进行命名注释。
△创建质粒图谱文件方法相同。
四、处理序列翻译信息
1.创建一个DNA序列文件，点击
2.显示如下箭头：
黄色箭头代表的是上面一条链编码序列，绿色箭头代表的是下面一条链编码序列。
3.点击Sequence，点击右侧箭头，选择All 6 Frames，可得到编码序列的所有情况，其中代表的是终止密码子。
4.添加内含子：根据内含子的位置，点击Edit→Select Range，输入内含子碱基位置。
点击Features→Delete Feature Segment，得到如下图：
紫色粗带为外显子，虚线为内含子部分。
五、引物、PCR和突变绘制
1.PCR引物绘制：在多克隆位点处找到合适的两个酶切位点。
如BamHI和XbaI，在目的基因两侧截取15-30bp序列，点击Primers→Add primers，选择top strand或bottom strand，如图：
给该引物命名，然后点击Insertion，在该引物上添加之前选择好的酶切位点序列，如图选择了BamHI，点解Insert：
然后在该序列5’端上添加数个碱基作为保护碱基。
点击完成。
△下游引物设计相同，不再赘述。
2.突变引物绘制：在目的基因上截取一小段包含要突变位点的序列，点击Primers→Add primers，为该引物命名，在5’序列突变位点的三个碱基画黑，如图：
点击Insertions，选择突变成的氨基酸，点击Insert。
即可获得该突变引物，点击Reverse Complement，可获得反向引物。
六、模拟标准限制性克隆
1.打开被插入片段的质粒图谱，选择合适的两个酶切位点，如HindIII和ApaI，如图：
点击Actions→Insert Fragment，点击HindIII+键盘Shift键+ApaI，点击Insert，在source of fragment处选择插入的目的片段来源。
点击上述同样的酶，给该重组质粒命名，点击clone。
七、模拟融合克隆
1.打开一个需要插入片段质粒图谱，点击Actions→Insert One
Fragments，弹出以下窗口：
2.点击sequence，找到想要发生替换的位点。
3.点击Fragment，在Source of Fragment处选择替换片段的另外一个质粒
图谱。
此时弹出另外一个质粒图谱图样。
4.点击用于替换的片段，观察该片段阅读方向与被替换质粒位点的方向是否一
致，如不一致，点击更换方向。
5.选择后，点击Product，点击Choose Overlapping PCR Primers，此时
即形成融合后的质粒图谱。
6.若想获得引物的序列，点击Primers→Export Selected Primers，选择保存。
