实验1:Materials_Studio软件简介及基本操作
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materials studio操作手册【实用版】目录1.Materials Studio 简介2.Materials Studio 的功能3.Materials Studio 的使用方法4.Materials Studio 的优缺点正文1.Materials Studio 简介Materials Studio 是一款专业的材料科学研究软件,广泛应用于材料模拟、计算和数据分析等领域。
该软件旨在为科研人员和工程师提供一套全面、高效的材料研究解决方案,帮助用户加速材料设计和开发过程。
2.Materials Studio 的功能Materials Studio 具有以下主要功能:(1) 材料模拟:可以进行第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛等模拟,为用户提供多种材料模拟方案。
(2) 计算分析:提供多种计算方法,包括能量、力、磁性、电子性质等分析,帮助用户深入了解材料性质。
(3) 数据处理与分析:可以处理和分析各种材料数据,包括晶体结构、电子衍射、光学性质等。
(4) 材料设计与优化:通过模拟和计算,可以辅助用户进行材料设计和优化,提高材料性能。
(5) 可视化:提供多种可视化工具,方便用户观察和分析模拟结果。
3.Materials Studio 的使用方法(1) 安装:首先需要下载并安装 Materials Studio 软件,安装过程中需要输入许可证密钥。
(2) 学习:为了熟练使用 Materials Studio,用户需要学习相关的操作技巧和模拟方法。
可以通过阅读官方教程、参加培训课程或请教有经验的同行来学习。
(3) 创建项目:在 Materials Studio 中创建一个新项目,可以导入所需的材料参数和结构数据。
(4) 设定模拟参数:根据需求选择合适的模拟方法,并设置相关参数,如模拟温度、压力等。
(5) 运行模拟:启动模拟任务,等待模拟结果。
(6) 分析结果:通过可视化工具观察和分析模拟结果,提取所需信息。
计算机材料设计materialsstudio教程1. 介绍材料科学与工程是一门跨学科领域,涉及到物理、化学、工程等多个学科的知识。
在材料研究中,计算机模拟和设计已经成为一种常见的方法。
材料Studio是一款用于材料设计和模拟的软件,广泛应用于材料科学领域。
本教程将介绍材料Studio的基本使用方法,以及在材料设计方面的应用。
2. 安装和启动在开始使用材料Studio之前,首先需要进行软件的安装。
可以通过官方全球信息湾下载安装包,根据指示进行安装。
安装完成后,双击图标启动软件。
3. 界面介绍材料Studio的界面分为多个模块,如建模模块、分子动力学模块等。
用户可以根据需要选择不同的模块进行操作。
在界面的顶部是菜单栏和工具栏,通过菜单栏可以打开新的文件、保存文件、进行模拟等操作。
在界面的中部是主要的视图区域,用户可以在这里进行模拟的展示和操作。
在界面的底部是状态栏,显示了当前软件的状态信息。
4. 材料建模材料Studio提供了丰富的建模功能,用户可以通过拖拽、旋转等操作来建立各种不同的材料模型。
在建模过程中,可以选择不同的原子结构、周期表元素等,还可以进行原子的排列和连接。
建模完成后,可以对材料进行优化,并进行力场计算等操作。
5. 分子动力学模拟分子动力学模拟是材料研究中常用的方法,可以模拟材料的微观结构和动力学行为。
材料Studio提供了强大的分子动力学模拟功能,用户可以在软件中设置模拟的参数,进行分子动力学的模拟。
在模拟过程中,可以观察材料的变化,了解材料的热力学和力学性质。
6. 导入和导出数据在材料研究中,通常需要对模拟的数据进行分析和处理。
材料Studio 可以方便地导入和导出数据,用户可以将模拟结果导出为文本文件、图像文件等格式,方便后续的数据分析。
还可以导入实验数据进行对比分析,帮助验证模拟的结果。
7. 实例分析为了更好地理解材料Studio的使用方法和应用,下面我们以某一具体材料的模拟和分析为例,进行实例分析。
materials studio操作手册Materials Studio是一款功能强大的材料模拟软件,广泛应用于材料科学、化学、物理等领域。
本手册旨在向初学者介绍Materials Studio 的基本操作方法,帮助读者快速上手和熟练使用该软件。
一、软件介绍Materials Studio是由Accelrys公司开发的一款材料模拟软件,提供了多种计算和模拟工具,包括材料结构建模、分子动力学模拟、密度泛函理论计算等。
软件界面简洁直观,操作相对简单,适合初学者学习和使用。
二、软件安装1. 下载Materials Studio安装包,双击运行安装程序。
2. 按照安装向导的提示进行安装,并选择安装路径。
3. 安装完成后,打开软件,输入许可证信息进行激活。
三、材料结构建模1. 打开Materials Studio,点击菜单栏的“建模”选项。
2. 在“建模”界面中,选择所需的建模工具,如“晶体构建”、“分子段构建”等。
3. 根据需要输入所需的参数,如晶体的晶面、晶格常数等。
4. 完成结构建模后,保存并命名该模型。
四、模拟计算1. 在Materials Studio主界面,点击菜单栏的“计算模拟”选项。
2. 在“计算模拟”界面中,选择所需的计算方法,如分子动力学模拟、能带计算等。
3. 根据需要输入所需的参数,如温度、压力、模拟时间等。
4. 点击“开始计算”按钮,等待计算结果的生成。
五、数据分析与可视化1. 根据计算结果,在Materials Studio主界面选择“后处理与分析”选项。
2. 在“后处理与分析”界面中,选择所需的分析工具,如晶体结构分析、能带分析等。
3. 输入相应的参数和选择所需的分析方法。
4. 运行分析工具后,生成分析结果,并通过可视化方式展示。
六、参数优化1. 在Materials Studio主界面,选择“参数优化”选项。
2. 在“参数优化”界面中,选择所需的优化算法,如遗传算法、全局优化算法等。
《计算材料学》实验讲义实验一:Materials Studio软件简介及基本操作一、前言1. 计算材料学概述随着科学技术的不断发展,科学研究的体系越来越复杂,理论研究往往不能给出复杂体系解析表达,或者即使能够给出解析表达也常常不能求解,传统的解析推导方法已不敷应用,也就失去了对实验研究的指导意义。
反之,失去了理论指导的实验研究,也只能在原有的工作基础上,根据科研人员的经验理解、分析与判断,在各种工艺条件下反复摸索,反复实验,最终造成理论研究和实验研究相互脱节。
近年来,随着计算机科学的发展和计算机运算能力的不断提高,为复杂体系的研究提供了新的手段。
在材料学领域,随着对材料性能的要求不断的提高,材料学研究对象的空间尺度在不断变小,纳米结构、原子像已成为材料研究的内容,对功能材料甚至要研究到电子层次,仅仅依靠实验室的实验来进行材料研究已难以满足现代新材料研究和发展的要求。
然而计算机模拟技术可以根据有关的基本理论,在计算机虚拟环境下从纳观、微观、介观、宏观尺度对材料进行多层次研究,进而实现材料服役性能的改善和材料设计。
因此,计算材料学应运而生,并得到迅速发展,目前已成为与实验室实验具有同样重要地位的研究手段。
计算材料学是材料科学与计算机科学的交叉学科,是一门正在快速发展的新兴学科,是关于材料组成、结构、性能、服役性能的计算机模拟与设计的学科,是材料科学研究里的“计算机实验”。
计算材料学主要包括两个方面的内容:一方面是计算模拟,即从实验数据出发,通过建立数学模型及数值计算,模拟实际过程;另一方面是材料的计算机设计,即直接通过理论模型和计算,预测或设计材料结构与性能。
计算材料科学是材料研究领域理论研究与实验研究的桥梁,不仅为理论研究提供了新途径,而且使实验研究进入了一个新的阶段。
计算材料学的发展是与计算机科学与技术的迅猛发展密切相关的。
从前,即便使用大型计算机也极为困难的一些材料计算,如材料的量子力学计算等,现在使用微机就能够完成,可以预见,将来计算材料学必将有更加迅速的发展。
《MaterialsStudio软件在计算化学和计算材料学课程教学中的应用》篇一一、引言随着计算机技术的飞速发展,计算化学和计算材料学作为一门新兴的交叉学科,在科学研究和工程应用中发挥着越来越重要的作用。
MaterialsStudio软件作为一款功能强大的计算化学和计算材料学软件,为教学和研究提供了有力的工具。
本文将探讨MaterialsStudio软件在计算化学和计算材料学课程教学中的应用,以及其对学生学习、教师教学和科研工作的积极影响。
二、MaterialsStudio软件概述MaterialsStudio是一款集成了多种计算化学和计算材料学模块的软件,可以用于模拟材料性质、预测材料性能、优化材料结构等方面。
其模块包括晶体结构分析、量子力学计算、分子动力学模拟等,可满足不同层次的教学和科研需求。
此外,MaterialsStudio软件具有友好的界面和操作流程,使得初学者能够快速上手,同时为专业研究人员提供了强大的功能支持。
三、MaterialsStudio软件在计算化学教学中的应用1. 辅助理论教学:教师可以通过使用MaterialsStudio软件进行理论教学的辅助演示,如分子结构模拟、化学反应机理模拟等,使学生更加直观地理解化学理论和概念。
2. 实验设计辅助:学生可以利用MaterialsStudio软件进行实验设计的模拟和预测,提前了解和掌握实验过程和结果,从而提高实验的效率和成功率。
3. 学生研究项目:学生可以在教师的指导下,利用MaterialsStudio软件进行科研项目的探究,培养学生的科研能力和创新精神。
四、MaterialsStudio软件在计算材料学教学中的应用1. 材料性质预测:学生可以利用MaterialsStudio软件对材料的性质进行预测,如力学性能、热学性能、电学性能等,加深对材料性质的理解。
2. 材料结构设计:学生可以通过MaterialsStudio软件进行材料结构的优化和设计,如晶体结构的调整、分子结构的优化等,培养学生的创新能力和实践能力。
《计算材料学》实验讲义实验一:Materials Studio软件简介及基本操作一、前言1. 计算材料学概述随着科学技术的不断发展,科学研究的体系越来越复杂,理论研究往往不能给出复杂体系解析表达,或者即使能够给出解析表达也常常不能求解,传统的解析推导方法已不敷应用,也就失去了对实验研究的指导意义。
反之,失去了理论指导的实验研究,也只能在原有的工作基础上,根据科研人员的经验理解、分析与判断,在各种工艺条件下反复摸索,反复实验,最终造成理论研究和实验研究相互脱节。
近年来,随着计算机科学的发展和计算机运算能力的不断提高,为复杂体系的研究提供了新的手段。
在材料学领域,随着对材料性能的要求不断的提高,材料学研究对象的空间尺度在不断变小,纳米结构、原子像已成为材料研究的内容,对功能材料甚至要研究到电子层次,仅仅依靠实验室的实验来进行材料研究已难以满足现代新材料研究和发展的要求。
然而计算机模拟技术可以根据有关的基本理论,在计算机虚拟环境下从纳观、微观、介观、宏观尺度对材料进行多层次研究,进而实现材料服役性能的改善和材料设计。
因此,计算材料学应运而生,并得到迅速发展,目前已成为与实验室实验具有同样重要地位的研究手段。
计算材料学是材料科学与计算机科学的交叉学科,是一门正在快速发展的新兴学科,是关于材料组成、结构、性能、服役性能的计算机模拟与设计的学科,是材料科学研究里的“计算机实验”。
计算材料学主要包括两个方面的内容:一方面是计算模拟,即从实验数据出发,通过建立数学模型及数值计算,模拟实际过程;另一方面是材料的计算机设计,即直接通过理论模型和计算,预测或设计材料结构与性能。
计算材料科学是材料研究领域理论研究与实验研究的桥梁,不仅为理论研究提供了新途径,而且使实验研究进入了一个新的阶段。
计算材料学的发展是与计算机科学与技术的迅猛发展密切相关的。
从前,即便使用大型计算机也极为困难的一些材料计算,如材料的量子力学计算等,现在使用微机就能够完成,可以预见,将来计算材料学必将有更加迅速的发展。
materials studio操作手册(实用版)目录1.Materials Studio 简介2.操作手册的主要内容3.如何使用 Materials Studio 进行基本操作4.高级操作技巧与示例5.材料建模与模拟的实践应用6.常见问题与解决方案正文【1.Materials Studio 简介】Materials Studio 是一款专业的材料科学模拟软件,广泛应用于材料研究、教育等领域。
该软件集成了多种模拟方法,如第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛模拟等,能够实现对材料的结构、性能、缺陷等方面的研究。
Materials Studio 具有用户友好的界面,支持可视化操作,使得用户可以轻松地搭建模型、设置参数、运行模拟和分析结果。
【2.操作手册的主要内容】Materials Studio 操作手册主要包括以下几个方面的内容:(1)软件安装与配置:介绍如何安装 Materials Studio 及其依赖库,以及配置环境变量等。
(2)界面与基本操作:介绍 Materials Studio 的操作界面,包括菜单栏、工具栏、状态栏等,以及如何进行文件的保存、导入、导出等基本操作。
(3)模型构建与参数设置:介绍如何添加原子、分子、晶体等模型,以及如何设置模拟参数,如温度、压力、晶格常数等。
(4)模拟运行与结果分析:介绍如何运行模拟,以及如何分析结果,如计算能量、力、电荷密度等。
(5)高级操作技巧与示例:介绍如何进行高级操作,如自定义模拟算法、编写脚本等,并提供典型示例。
(6)材料建模与模拟的应用:介绍如何应用 Materials Studio 进行材料研究,如晶体结构预测、材料性能优化等。
【3.如何使用 Materials Studio 进行基本操作】(1)打开软件:在 Windows 系统下,点击“开始”菜单,找到“Materials Studio”并双击;在 Mac 和 Linux 系统下,进入终端,输入命令并回车。
:【序】介绍众所周知,材料工程是一门非常重要的学科,它研究的对象是材料的性能、制备、加工和应用。
一直以来,科学家们致力于寻找更好的材料,并开发出各种工具来帮助他们更好地理解和研究材料。
在材料研究领域中,Materials Studio(材料工作室)无疑是一个非常重要的软件工具,它能够帮助研究人员进行材料建模、仿真和分析,以更好地理解材料的性能和行为。
【一】Materials Studio的基本概念让我们来介绍一下Materials Studio的基本概念。
Materials Studio 是由Accelrys公司开发的一款集成的材料建模软件评台,它包括多个模块,可以用于原子建模、晶体学分析、分子建模、材料性能预测和材料工程等领域。
使用Materials Studio,研究人员可以对材料的结构和性能进行全面的分析和预测,这对于新材料的设计和开发非常有帮助。
【二】Materials Studio的操作手册接下来,让我们来详细了解一下Materials Studio的操作手册。
在使用Materials Studio进行材料建模和仿真时,研究人员需要掌握一系列的操作技能,包括建立原子模型、进行能带计算、进行分子动力学模拟等。
在操作手册中,会详细介绍每个操作步骤,并提供相关的实例和案例,帮助研究人员更好地掌握这些操作技能,从而更好地应用Materials Studio进行材料研究。
【三】对Materials Studio操作手册的个人理解在我看来,Materials Studio操作手册是非常有价值的。
通过学习和掌握这些操作技能,我可以更好地进行材料建模和仿真,更好地理解材料的性能和行为,从而为新材料的设计和开发提供有力的支持。
Materials Studio操作手册还可以帮助我更好地应用软件工具进行科研工作,提高工作效率和研究质量。
【结语】总结和回顾经过对Materials Studio的基本概念和操作手册的介绍,我对这个材料研究工具有了更深入的了解。
Materials Studio 实验资料说明:1、所有实验结果请保存在F盘下,文件夹名不能出现中文。
自己的实验结果复制后请删除。
2、实验报告不要封面。
3、实验报告首页顶端写明:班级、学号、姓名实验报告内容包括:实验项目名称;每一任务的实验要求内容;每一任务的验步骤;按实验要求所得的实验结果。
任务一建立结构模型是Materials studio的基础,进一步的计算和分析大多都需要在模型的基础上进行内容:建立四方结构P4mm的钛酸钡模型步骤:1、把电脑时间调整为2006年1月(为了方便findit软件使用)2、打开findit软件,在元素周期表里面点选Ba、Ti、O,下面大方框内出出现(Ba and Ti andO)字样,点选大方框左边的exclusive AND然后search3、点击Space Group,按该列排列,拖动上一栏滚动条至Space Group为P4mm,选择一个Ba1 O3 Ti1的条目,则下面一栏出现该条目内容其中Unit Cell 条目为晶胞的参数及夹角最下面Atom下的内容为各原子相对坐标4、打开Materials studio,Create a new proj,命名为学号5、菜单View-》Explorers-》properties explorer,打开参数对话框(在屏幕左下),此对话框可以看到点选的原子或键的参数。
6、菜单file-》new-》3D atomistic7、菜单Build-》crystals-》Build crystal8、Enter Group 输入四方向钛酸钡对应的点群p4mm,Lattic Parameters选项卡下面输入上面查得的晶胞参数,对于立方晶系,a=b≠c,夹角都是90°9、菜单build-》add atoms(或者点工具栏上按钮),点击Option选项卡,去掉Test for bonds…前面的勾10、点击Atom选项卡,点击elemelt 后面的省略号按钮,在元素周期表中选择Ba;并按照上面(步骤3)查到的相对坐标输入,Add11、对比右下角的三维坐标轴方向,观察所加入原子的位置及坐标12、依次加入其它原子,(加入O原子的坐标有两行,如第一行坐标的z≠0,可能造成生成的图形少一个O原子)13、菜单Build-》bonds-》calculate 生成键,14、右键Display Style 选择ball andstike,生成球棒图15、通过工具栏上的3D viewer Rotation mode按钮(箭头按钮后面)旋转所生成的图形,并观察,(方向键也可以实现旋转)16、如果旋转时图形闪烁,有的角度看不到,可通过菜单Tools-》Option-》Graphis选项卡,关闭硬件加速(前面打勾)。
《计算材料学》实验讲义实验一:Materials Studio软件简介及基本操作一、前言1. 计算材料学概述随着科学技术的不断发展,科学研究的体系越来越复杂,理论研究往往不能给出复杂体系解析表达,或者即使能够给出解析表达也常常不能求解,传统的解析推导方法已不敷应用,也就失去了对实验研究的指导意义。
反之,失去了理论指导的实验研究,也只能在原有的工作基础上,根据科研人员的经验理解、分析与判断,在各种工艺条件下反复摸索,反复实验,最终造成理论研究和实验研究相互脱节。
近年来,随着计算机科学的发展和计算机运算能力的不断提高,为复杂体系的研究提供了新的手段。
在材料学领域,随着对材料性能的要求不断的提高,材料学研究对象的空间尺度在不断变小,纳米结构、原子像已成为材料研究的内容,对功能材料甚至要研究到电子层次,仅仅依靠实验室的实验来进行材料研究已难以满足现代新材料研究和发展的要求。
然而计算机模拟技术可以根据有关的基本理论,在计算机虚拟环境下从纳观、微观、介观、宏观尺度对材料进行多层次研究,进而实现材料服役性能的改善和材料设计。
因此,计算材料学应运而生,并得到迅速发展,目前已成为与实验室实验具有同样重要地位的研究手段。
计算材料学是材料科学与计算机科学的交叉学科,是一门正在快速发展的新兴学科,是关于材料组成、结构、性能、服役性能的计算机模拟与设计的学科,是材料科学研究里的“计算机实验”。
计算材料学主要包括两个方面的内容:一方面是计算模拟,即从实验数据出发,通过建立数学模型及数值计算,模拟实际过程;另一方面是材料的计算机设计,即直接通过理论模型和计算,预测或设计材料结构与性能。
计算材料科学是材料研究领域理论研究与实验研究的桥梁,不仅为理论研究提供了新途径,而且使实验研究进入了一个新的阶段。
计算材料学的发展是与计算机科学与技术的迅猛发展密切相关的。
从前,即便使用大型计算机也极为困难的一些材料计算,如材料的量子力学计算等,现在使用微机就能够完成,可以预见,将来计算材料学必将有更加迅速的发展。
另外,随着计算材料学的不断进步与成熟,材料的计算机模拟与设计已不仅仅是材料物理以及材料计算理论学家的热门研究课题,更将成为一般材料研究人员的一个重要研究工具。
由于模型与算法的成熟,通用软件的出现,使得材料计算的广泛应用成为现实。
因此,计算材料学基础知识的掌握已成为现代材料工作者必备的技能之一。
2. 计算机模拟方法简介按照时间和空间尺度的不同,计算机模拟技术分为量子力学层次、统计力学层次、介观层次和宏观层次,主要包含量子力学方法、半经验分子轨道方法、密度泛函理论、分子力学方法、分子动力学方法、Monte Carlo方法、耗散动力学方法、介观动力学方法、有限元方法、有限差分方法等。
计算机模拟技术的层次分布图(1)密度泛函理论量子力学方法是以原子分子的微观结构模型为基础,在合理的近似条件下,利用量子力学原理和必要的数学处理方法与计算方法,描述和计算原子分子的结构、电荷分布、电子能级以及分子能量等性质。
其核心是求解分子的薛定谔方程。
进入20世纪90年代,以密度泛函为基础的密度泛函理论方法迅速发展起来,它改变了以往其他量子化学计算方法以轨道波函数为基的特点,转而以电子的密度函数为基,大大提高了计算效率,并迅速得到广泛应用。
密度泛函理论的基本思想是原子、分子和固体的基态性质可用粒子密度函数来描述。
1927年H. Thomas和 E. Fermi作了最初的尝试,将能量表示为电子密度的泛函。
1965年,Hohenberg-Kohn定理证明了多粒子体系的基态性质是粒子密度的唯一泛函,也就是说多粒子系统的基态性质由密度泛函唯一确定,能量泛函对粒子数密度的变分是确定系统基态的途径。
但是,仍存在以下三个方面的问题:①如何确定粒子数密度函数,②如何确定动能泛函,③如何确定交换关联能泛函;对于问题①、②,W. Kohn 和L. J. Sham 提出了解决方案,并由此得到Kohn-Sham 方程,该方程成为密度泛函方法的基础方程;而问题③一般通过采用所谓的局域密度近似(Local Density Approximation ,简称LDA )方法来解决。
在Kohn-Sham 方程的框架下,可将其多电子系统的基态特征问题在形式上转化为有效单电子问题,但这只有在找出准确的交换关联势能泛函表达式时才有实际意义。
因此,交换关联泛函在密度泛函理论中占有重要地位。
根据密度泛函近似的基本思路(Kohn-Sham 方程),系统总能量与电子密度函数之间的关系可表示为[][][][])()()()(r E r E r E r E E XC J V T ρρρρ+++=式中,[])(r E T ρ为经典动能项,[])(r E V ρ包括核与核的排斥势能和核与电子的吸引能,[])(r E J ρ是电子间的静电库仑相互作用势,[])(r E XC ρ是交换关联能。
[])(r E XCρ又可分为两部分,即交换积分项和相关积分项,分别对应于同自旋与混合自旋的相互作用)()()(ρρρC X XC E E E += 式中,)(ρXC E 、)(ρX E 、)(ρC E 三项都是电子密度的函数,决定上式右侧的函数分别称为交换函数和相关函数,这两种函数又分别有两部分构成,一部分是只和ρ有关的局域函数,另一部分是和ρ与ρ∆都有关的梯度函数。
(2)分子力学方法分子力学以分子模型为基础,采用经验是函数表征结构单元之间的相互作用,通过求解牛顿方程,描绘出实体相点的运动轨迹,从中筛选出能量极值点和相应的分子构象,计算平衡和非平衡性质。
它忽略了电子运动,把体系能量看作是原子核坐标的函数,其贡献来自诸如键伸缩、单键键角的张合以及旋转等等。
该方法从本质上说是能量最小值方法,即在原子间相互作用势的作用下,通过改变粒子分布的几何位型,以能量最小为判据,从而获得体系的最佳结构。
分子力学中用力场来描述分子中各原子间的相互作用。
所谓力场是指描述各种形式的相互作用对分子能量影响的函数,其有关参数、常数和表达式通常称为力场。
一般力场的表达式为.......+++++=elec vdw torsion bend stretch E E E E E E式中,.stretch E 为键的伸缩能,.bend E 为键的弯曲能,二者均采用谐振子模型;.torsion E 为键的扭曲势,它采用傅立叶级数形式来描述;vdw E 、elec E 为非键作用项,分别表示范德华相互作用和静电相互作用。
(3)分子动力学方法分子动力学模拟方法的基本思想是把物质看成由原子和分子组成的粒子系统(many-body systems ),从该体系的某一假定的位能模型出发,并假定体系粒子的运动遵循经典力学或量子力学描述的规律,若已知粒子的所有受力作用,则可以求解出运动方程而得到系统中全体粒子在相空间中的轨道,然后统计得到系统的热力学参数、结构和输运特性等。
其基本步骤是首先将由N 个粒子构成的系统抽象成N 个相互作用的质点,每个质点具有坐标(通常在笛卡儿坐标系中)、质量、电荷及成键方式,按目标温度根据Boltzmann 分布随机指定各质点的初始速度,然后根据所选用的力场中的相应的成键和非键能量表达形式对质点间的相互作用能以及每个质点所受的力进行计算。
接着依据牛顿力学计算出各质点的加速度及速度,从而得到经一指定积分步长后各质点新的坐标和速度,这样质点就移动了。
经一定的积分步数后,质点就有了运动轨迹。
设定时间间隔对轨迹进行保存。
最后可以对轨迹进行各种结构、能量、热力学、动力学、力学等的分析,从而得到感兴趣的计算结果。
其优点在于系统中粒子的运动有正确的物理依据,准确性高,可同时获得系统的动态与热力学统计信息,并可广泛地适用于各种系统及各类特性的探讨。
(4)耗散动力学方法1992年,Hoogerbrugge 和Koelman 提出了一种新型分子模拟方法,他们把分子动力学与格子气体自动控制方法有机地结合起来,提出了针对复杂流体介观层次上的模拟方法,被称为耗散粒子动力学(DPD)方法。
通过保留体系运动方程积分的主要部分而首先积分出最小的空间自由度,找到了一个能够在介观的时间与空间尺度上模拟复杂流体的方法。
在DPD 体系中,珠子通过软势与其它珠子之间发生相互作用,其中每一个珠子表示体系中的一个小区域。
并假设其运动遵从牛顿定律,即珠子上的合力为其直接相互作用及它与其它珠子之间的耗散力和随机力之和。
通过对其运动方程积分,得到体系的动力学行为沿着一个通过相空间的抛物线运动,利用柔性(soft)势能函数进行能量计算,平衡性质可由沿该轨迹作适当平均计算得出。
DPD 的特色在于:(1)引入了非常“软”的粒子间相互作用势,从而使选用较大的时间步长成为可能。
不过,过大的时间步长,容易引起较大的离散化误差。
因此,谨慎地选择时间步长,以在保证模拟稳定性的前提下,使时间步长尽可能大是很重要的;(2)引入了一个具有Galilei不变性的热浴,减小粒子之间的相对速度,并且在每一对粒子之间加入随机力补偿能量。
由于随机力是作用于一对粒子之间的,因此满足牛顿第三定律,从而整个体系的动量是守恒的。
引入的这个热浴,在满足Fluctuation-Dissipation关系的条件下,使DPD方法可以正确地表述动量传递,而这一点对于复杂流体的动力学是非常重要的。
3. Materials Studio软件介绍Materials Studio软件包由美国Accelrys公司出品,是专门为材料科学领域研究者开发的一款可运行在PC上的模拟软件。
该产品提供了全面完善的模拟环境,集量子力学、分子力学、介观模型、分析工具模拟和统计相关为一体,可以帮助解决当今催化剂、聚合物、固体及表面、晶体与衍射、化学反应等材料和化学研究领域的一系列重要问题。
Materials Studio软件是高度模块化的集成产品,用户可以自由定制、购买自己的软件系统,以满足研究工作的不同需要。
目前该软件被广泛应用于石化、化工、制药、食品、石油、电子、汽车和航空航天等工业及教育研究部门。
Materials Studio采用了大家非常熟悉的Microsoft标准用户界面,允许用户通过各种控制面板直接对计算参数和计算结果进行设置和分析。
目前,Materials Studio软件主要以下几个功能模块:Visualizer模块:提供了搭建材料结构模型所需要的所有工具,可以操作、观察及分析结构模型,并提供软件的基本环境和分析工具,是该软件的核心模块。
COMPASS模块:第一个由凝聚态性质以及孤立分子的各种从头算和经验数据等参数化并经验证的从头算力场。
可以在很大的温度、压力范围内精确地预测孤立体系或凝聚态体系中各种分子的结构、构象、振动以及热物理性质。