生物信息学常用软件简介-引物设计 PPT课件
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常用生物学软件简介1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件,除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外,还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能: a) 已知一个PCR引物的序列,搜寻和设计另一个引物的序列。
b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。
c) 对环型DNA片段,设计反向PCR引物。
d) 设计多重PCR引物。
e) 为LCR反应设计探针,以检测某个突变是否出现。
f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。
g) 同源序列查找,并根据同源区设计引物。
h) 增强了的引物/探针搜寻手段。
设计引物过程中,可以“Lock”每个参数,如Tm 值范围和引物3’端的稳定性等。
i) 以多种形式存储结果;支持多用户,每个用户可保存自己的特殊设置。
网址:/2. Vector NTI Suite是一套功能最全,而且界面最美观,最友好的分子生物学应用软件包。
主要包括四个大型软件,它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。
Vector⑴ NTI:作为Vector NTI Suite的核心组成部分,它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。
Vector NTI 是以一种窗口形式,且支持项目组织的数据库来完成这一功能的;通过这个数据库,可以保存和组织大部分的实验数据,比如:基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。
实际上,该数据库还支持对Vector NTI Suite 中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。
Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。
用户只需提供克隆载体,外源片断序列,明确载体克隆的大致位置或酶切位点,其它工作由软件完成。
设计结果以图文形式输出到屏幕;最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。
Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。
BioPlot⑵:BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具,它是一种方便的桌面程序。