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蛋白质糖基化异常导致的疾病蛋白质糖基化异常（Protein glycosylation disorders）是一类由于蛋白质糖基化酶缺陷或异常引起的遗传性疾病。
糖基化是细胞中一种常见的修饰蛋白质的过程，它涉及到糖基转移酶和糖链转移的过程。
正常的糖基化是维持生物体内的正常生理功能必不可少的过程。
蛋白质糖基化异常可以影响多个器官和系统，包括神经系统、免疫系统、内分泌系统等。
这些疾病的发病机制往往与糖基化的功能缺陷或者糖基化酶的缺失有关。
糖基化异常会导致蛋白质的功能紊乱，从而引发疾病的发生。
蛋白质糖基化异常导致的疾病可以分为两大类：一类是糖基化酶缺陷导致的疾病，另一类是糖链转移异常导致的疾病。
糖基化酶缺陷导致的疾病包括伯恩斯-扬德尔综合征、CDG综合征、庞-法罗综合征等。
伯恩斯-扬德尔综合征是由于麦角新碱酸脱氢酶缺陷而引起的遗传性疾病。
该综合征主要影响神经系统和肌肉系统，患者表现为发育迟缓、智力低下、抽搐等症状。
CDG综合征是糖基化疾病中最常见的类型之一，它可导致多种症状，包括智力低下、发育迟缓、面容异常等。
庞-法罗综合征是一种罕见的糖基化酶缺陷引起的遗传性疾病，它主要影响中枢神经系统和骨骼系统，患者表现为发育迟缓、运动障碍等症状。
糖链转移异常导致的疾病包括庚醛酰化缺陷、糖脂蛋白症等。
庚醛酰化缺陷是一种由于庚醛酰化酶缺陷引起的疾病，它主要影响神经系统和运动系统，患者表现为肌肉松弛、智力低下等症状。
糖脂蛋白症是一类由于糖脂蛋白合成异常引起的疾病，患者常表现为肝脏异常、肌肉病变、免疫系统异常等症状。
蛋白质糖基化异常导致的疾病临床表现复杂多样，这些疾病往往会影响多个器官和系统，严重影响患者的生活质量。
目前，虽然还没有针对这些疾病的特效治疗方法，但我们对其发病机制的研究正在不断深入。
研究人员通过鉴定与糖基化异常相关的基因突变，试图理解其影响蛋白质功能的机制。
同时，还有一些治疗方法正在研究和开发中，包括基因治疗、酶替代治疗等。
唐氏综合症的成因介绍什么是唐氏综合症？唐氏综合症是一种常见的先天性疾病，也称为21三体综合症。
它是由于染色体21三体遗传特别所造成的一种疾病，主要表现为智力低下、身体矮小、颜面特征畸形、心脏畸形等临床症状。
据统计，唐氏综合症每1000例诞生婴儿中就会发生1-2例。
唐氏综合症的成因唐氏综合症的成因主要是由于染色体特别引起的，通常我们人类的染色体数量是46条，随机分成23对，但唐氏综合症患者会多一条21号染色体，即三体21染色体，也就是所谓的“三体综合症”。
唐氏综合症不是遗传疾病，多数状况是由于母亲卵子或者父亲精子染色体分裂特别导致的。
非遗传性唐氏综合症非遗传性唐氏综合症多数状况是由于怀孕时母亲在胎儿发育的早期受到一些化学物质的影响，或者是由于母亲在怀孕期间遇到较大的伤口，或者是胚胎分裂过程中的特别，都能使细胞发生特别体细胞数目错误的状况，从而导致唐氏综合症的发生。
遗传性唐氏综合症遗传性唐氏综合症与非遗传性唐氏综合症不同，它的发生是由父母某一方或双方21号染色体特别导致的。
假如父亲或者母亲携带21号染色体的结构特别，例如染色体倒位或者旋转，可能会使得精子或卵子中解放的染色体数目不正常，从而引发唐氏综合症的发生。
孕期唐氏综合症筛查孕期唐氏综合症目前可通过对母亲的产前筛查进行检测。
常见的唐氏综合症筛查包括Nuchal translucency筛查、非侵入性产前基因诊断等，其中最常规的是唐氏筛查，它通过测量胎儿在妊娠期12-14周的背部脊梁部位的透亮带厚度，结合胎龄、孕妇年龄、血清学指标等进行综合评估，筛查唐氏综合症患儿的风险。
唐氏综合症的预防与治疗目前，唐氏综合症不存在特效药物直接治疗，但是适当的干预治疗可以关心孩子获得更好的生活质量。
预防唐氏综合症特别重要，其中最重要的手段就是孕前检查和孕期检查。
对于有唐氏综合症家族史的预备怀孕夫妇，应提前进行基因检查，了解其携带唐氏综合症基因的风险。
此外，孕妇最好在怀孕前后三个月内保持充分的养分和健康的生活习惯。
项目名称：糖脂代谢稳态调控的分子机制首席科学家：林圣彩厦门大学起止年限：2011.1至2015.8依托部门：教育部二、预期目标1. 总体目标确定机体和细胞在不同生理状况和环境因素下维持糖脂代谢稳态的分子机制，阐明在细胞生长和应激反应中起重要作用的调节因子调控细胞代谢的信号通路网络，为糖脂代谢紊乱造成的肥胖、脂肪肝、糖尿病和癌症的早期诊断和治疗提供理论依据。
2. 五年预期目标(1) 建立对实验动物代谢相关的生理生化指标分析的技术平台，发现相关基因敲除或转基因小鼠造成糖脂代谢紊乱的信号通路。
(2) 较系统地描述在逆境下机体和细胞调控糖脂代谢的分子网络以及调控过程中关键蛋白质和蛋白质复合体的动态调控机制。
(3) 发现新的参与代谢调控的基因，为代谢性疾病和肿瘤的防治提供新的分子靶标。
(4) 培养高质量博士研究生20-30名，培养3-5名享有国际知名度的专家和5-8名中青年学术带头人。
(5) 在国际重要刊物发表SCI论文15-25篇，其中争取在Cell、Nature、Science或其子刊等影响因子10以上杂志发表研究论文5-10篇，申请发明专利3-5项。
三、研究方案1. 总体研究方案细胞能量代谢是细胞最基本、最重要的活动之一，与细胞的繁殖、分化、凋亡、运动、信号转导及多种重要疾病的发生密切相关，是生命科学的一个重要领域。
细胞要通过能量感应系统随时监测其能量水平状态，在不同的物质和能量状态下要不断地通过细胞内的代谢调控途径来调节其代谢水平以达到一种稳态。
同时，细胞在面对内外界一些不良因素时也会做出相应的代谢变化，这些应激反应对细胞正常的生长和功能是极其重要的。
如果这些应激反应失调，就会使细胞代谢发生异变，导致如前所述的多种人类重大疾病的发生。
本项目的总体研究方案拟利用我们在蛋白质科学、细胞代谢、细胞信号转导等研究领域的研究优势和技术手段，结合细胞生物学、动物生理学等学科的研究方法，集中力量多层次、多角度地研究与细胞代谢调控相关的信号通路网络，分离和鉴定参与细胞代谢调控的新的基因和信号通路，探讨各个信号通路之间的动态调控机制，并研究细胞异常代谢的信号通路，揭示代谢异常与糖尿病、肿瘤等重大疾病的关系。
Science｜AI揭示了蛋白质复合物的结构2021年11月11日，Science杂志发表文章，对AI在预测蛋白质复合物结构方面的新进展进行了介绍和分析。
以下是全文内容。
蛋白质结构预测方面的人工智能（AI）革命仍在继续。
仅在一年前，软件程序首次成功地对单个蛋白质的三维形状进行建模，其准确度与几十年前的实验技术所能确定的一样。
今年夏天，研究人员使用这些人工智能程序组建了一个接近完整的人类蛋白质结构目录。
现在，研究人员再次提高了难度，公布了一套程序组合，可以确定哪些蛋白质有可能相互作用，以及由此产生的复合物（细胞的重要引擎）是什么样子。
斯坦福大学的系统生物学家Michael Snyder说："这是一个非常酷的结果。
生物学中的一切都在复合物中工作。
因此，知道谁和谁一起工作是至关重要的。
这些关系在以前的技术中很难达到。
预测这些关系的新能力有助于产生对细胞生物学的一系列见解，并可能揭示下一代治疗药物的新靶点。
"这两种蛋白质形成了一种蛋白质复合物（参与酵母中DNA修复）；人工智能软件预测了这两种蛋白质的结构。
直到最近，绘制蛋白质形状的原子尺度图还需要昂贵而缓慢的实验技术，如X射线晶体学和核磁共振光谱。
这些实验技术，如果它们能起作用的话，通常只能产生单个蛋白质结构。
几十年来，计算机建模专家一直在努力加快事情的进展。
他们最近的成功取决于深度学习算法，该算法使用实验提供的蛋白质结构数据库，来训练软件程序如何根据其氨基酸序列来预测蛋白质的结构。
去年，两个小组（一个来自英国一家名为DeepMind的公司，另一个由西雅图华盛顿大学的David Baker领导）创建了相互竞争的人工智能程序，现在这两个程序都能预测出数以千计的蛋白质结构（Science, 30 July, p. 478）。
该软件还产生了少数已知蛋白质复合物的结构，主要是在细菌中（Science, 16 July, p.262）。
但是真核生物中（从酵母到人的有机体）相互作用的蛋白质伙伴往往是未知的。
21三体综合征的机制和筛查2019版高中生物学必修二提到了21三体综合征（又叫唐氏综合征）：唐氏综合征是染色体病中最常见的一种，在婴儿发病率大约是1/800，正因为其发病率与孕妇的年龄有关，年龄越大，患病的几率就越高，所以受社会的关注也就越来越大，并且在每年的3月21日被誉为世界唐氏综合征日，今年已是第七个年头了。
唐氏综合征，又称Down’s syndrome，是最常见的染色体病之一，患者的细胞核比正常人多出一条第21号染色体，共47条染色体，导致多种器官结构和功能异常，包括弱智、先天性心脏病等。
唐氏综合征患者一般可活到成年，但由于智力的障碍，他们需要长期接受看顾。
唐氏综合征是染色体异常引起的，因此不能通过药物或手术治疗。
那么，唐氏综合征产生的机制是什么？如何进行产前查？几乎每一个患有唐氏综合征的人都有着近乎相同的面部特征，他们有着圆圆的脸型，宽大的眼距，一双杏仁眼忍不住地向上斜视，另外五官扁平，后脑勺、额头也比普通人更加平整，而且脑袋会更小，脖子又短又宽。
为什么长得差不多呢？“唐氏综合征”，又被称为21-三体综合征、先天愚型等等，是一种由于21号染色体出现异常所导致的染色体疾病。
这种疾病最早发现于1866年，美国医生约翰·朗顿·唐发现一些孩子拥有着类似的面部特征，且智力大多存在严重缺陷，由于唐氏综合征的患者面部特征与蒙古人有着一定的相似，所以一开始被称作“蒙古脸”，之后由于这样的说法存在一定的歧视，所以后来又被称为“国际脸”。
直到1959年时，人们才确认此病的病因在于21号染色体，由于该病最初由美国医生约翰·朗顿·唐所发现，所以被命名为Down综合征，音译后也即为“唐氏综合征”。
男性患者不可育，女性患者能生育，并可以遗传给后代。
唐氏儿跟正常的孩子一样基因都是来自于自己的父母，体内有23对染色体。
但是在胚胎发育的过程中，其中的21号染色体发生异常，多出的一条染色体的基因导致身体产生各种反应，所以孩子的五官分化受到了影响，导致最终在外貌上不呈现父母的基因特征，而是呈现了一种特定的外表形态。
【AbMole科研快报】唐氏综合征中人胎儿造血的突变积累和发育谱系AbMole精研抑制剂十年，最新的科研动态不断与您分享。
本期与您分享的是：唐氏综合征中人胎儿造血的突变积累和发育谱系儿童白血病的发生率比青少年高，但他们的细胞中年龄相关的(致癌)体细胞突变较少。
患有唐氏综合症的新生儿患白血病的风险更高，人们认为白血病是由胎儿发育过程中积累的突变引起的。
为了研究唐氏综合征和核型正常胎儿个体干细胞和祖细胞的突变积累，研究人员对单细胞进行了克隆扩增并进行了全基因组测序。
研究发现胚胎发育期间的造血干细胞和祖细胞的突变率高于婴儿后的突变率。
在胎儿细胞中，体细胞突变的数量甚至进一步增加，在原胚形成前的第一次细胞分裂时就有明显特征。
胎儿21型三染色体造血干细胞和祖细胞的突变数量和类型与唐氏综合征相关的髓系白血病前体细胞相似，可能归因于正常胎儿造血过程中活跃的突变过程。
最后，研究人员发现早期胚胎细胞对人类胚胎组织的贡献在个体之间存在很大差异。
本研究发现突变率的增加可能导致了生命早期白血病风险的增加和唐氏综合征白血病发病率的增加。
Y-27632 (Abmole, M1817，纯度99.66%) 是一种选择性的ROCK1(p160ROCK)抑制剂，Ki为140 nM，比对其他激酶包括PKC，cAMP依赖性蛋白激酶，MLCK和PAK的作用强200多倍。
作者在研究过程中，构建了肠样类器官培养。
将单个肠细胞置于基质凝胶小滴中稀释，并在人ISC类器官(CHIO)培养基中培养细胞。
该培养基中即含有Y-27632，购自Abmole。
鸣谢：Hasaart K A L , Manders F , Hoorn M L V D , et al. Mutation accumulation and developmental lineages in normal and Down syndrome human fetal haematopoiesis[J]. entific Reports, 2020, 10(1).。
Nature｜人工智能助力蛋白质折叠预测2021年11月23日，Nature杂志发表文章Artificial intelligence powers protein-folding predictions。
在该文章中，多位专家对AI 应用于蛋白质折叠预测的现状和问题进行了评述。
以下是全文内容。
摘要AlphaFold2和RoseTTAFold等深度学习算法现在可以根据蛋白质的线性序列预测其三维形状，这对结构生物学家来说是一个巨大的福音。
前言很少有科学软件能引发如此轰动。
英国广播公司（BBC）宣称："生物学中最大的谜团之一被人工智能'基本解决'了"。
福布斯称其为"有史以来人工智能领域最重要的成就"。
谷歌DeepMind的人工智能系统AlphaFold2于2020年11月首次亮相，用于预测蛋白质的三维结构，自从该工具在7月免费提供以来，人们对它的讨论更加激烈。
使用AlphaFold2和结构数据建立的人类核孔复合体的模型。
资料来源：Agnieszka Obarska-Kosinska这种兴奋与该软件有可能解决生物学中最棘手的问题之一（从线性氨基酸序列中预测蛋白质分子的功能性折叠结构，以及3D空间中每个原子的位置）有关。
蛋白质如何形成其三维结构的基本物理化学规则仍然过于复杂，人类无法解析，因此这个"蛋白质折叠问题"几十年来一直没有解决。
研究人员已经研究出了大约16万种蛋白质（来自所有生命世界）的结构。
他们一直在使用实验技术，如X射线晶体学和冷冻电子显微镜（cryo-EM），然后将其三维信息存入蛋白质数据库。
计算生物学家在开发补充这些方法的软件方面取得了稳步的进展，并且已经正确地预测了一些来自研究良好的蛋白质家族的分子的三维形状。
尽管取得了这些进展，研究人员仍然缺乏大约4800个人类蛋白质的结构信息。
不过AlphaFold2已经将结构预测策略提升到了一个新的水平。
唐氏综合征的环境致病因素和遗传因素分析韩茜;韩阳;陈黎明【期刊名称】《中国优生与遗传杂志》【年(卷),期】2005(13)9【摘要】目的研究唐氏综合征的环境致病因素和遗传因素的作用。
方法对148例唐氏综合征患者进行常规外周血淋巴细胞染色体G显带分析及临床资料进行详细的调查分析。
结果148例唐氏综合征患者中,患儿父母染色体核型检测结果只有6例异常。
患儿母亲怀孕早期有服药史者27例;父母有吸烟、饮酒史49例;城镇唐氏综合征患儿父母在孕前三个月进行房屋装修18例;父母长期接触油漆、化工材料等有毒有害物质14例;父母长期与杀虫剂、除草剂、化肥接触11例;父母长期从事化学烫发、染发工作4例。
结论孕早期的感染及用药、长期的吸烟、饮酒、有毒有害物质接触、家庭房屋装修的化学污染、除草剂、杀虫剂、化肥的过量使用,化学染发及烫发剂的长期接触等各种形式有毒有害物质直接或间接对人体产生的毒害作用,是导致唐氏综合征发生不可忽视的重要原因。
【总页数】1页(P36-36)【关键词】唐氏综合征;染色体;细胞遗传学【作者】韩茜;韩阳;陈黎明【作者单位】哈尔滨解放军211医院优生优育中心;沈阳解放军202医院优生优育中心【正文语种】中文【中图分类】R596.11【相关文献】1.太原地区唐氏综合症遗传因素分析及优生对策探讨 [J], 夏丽;郭跃贞;周麟2.唐氏综合征发生与母亲年龄和环境因素的关系 [J], 廖亚平;鲍明升;李忠文;吴涛;唐宝定3.唐氏综合征的遗传因素及优生措施研究 [J], 孟晓楠4.463例唐氏综合征筛查高危孕妇产前诊断影响因素的分析 [J], 张红霞;周晓兰;钱孟玲;李涛5.深圳龙华区32835例孕中期孕妇产前唐氏综合征筛查结果及相关影响因素分析[J], 卢静钿;罗裕旋;陈杏贤;杨秋娥因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
唐氏综合征原理嘿，朋友们！今天咱来聊聊唐氏综合征。
你说这唐氏综合征啊，就好像是生命这场大游戏里的一个特别关卡。
咱先打个比方哈，每个人的身体就像是一部超级复杂的机器，里面有无数的零件和线路精确地配合着。
那唐氏综合征呢，就像是这个机器的某个部分出了点小故障。
唐氏综合征是因为染色体出了点小状况，多了一条 21 号染色体。
这就好像本来应该是直直的一条路，突然多了个小岔口。
这多出来的一点点，可就带来了好多不一样呢！那些患有唐氏综合征的孩子呀，他们可能看起来和其他孩子有点不同。
也许他们的眼睛会有点特别，表情会特别可爱。
他们学习东西可能会慢一些，但这并不代表他们不努力呀！就像一只小蜗牛，虽然爬得慢，但一步一步也在努力向前呢！他们也有自己的喜怒哀乐，也会因为一点小事就开心得不得了，也会因为不开心而哭鼻子。
你想想看，我们生活中不也有很多事情是需要慢慢学的嘛。
唐氏综合征的孩子们只是需要更多的时间和耐心。
他们可能要学很久才能学会系鞋带，可能要反复很多次才能记住一个单词，但那又怎么样呢？他们的坚持和努力难道不值得我们点赞吗？我们不能因为他们和我们有点不一样，就对他们另眼相看呀。
他们也是这个世界的一部分，也有自己的梦想和追求。
说不定他们其中就有人以后会成为超级棒的画家，画出让我们惊叹的作品呢！或者是成为一个特别会讲故事的人，给大家带来好多欢乐。
我们应该像对待自己的朋友一样去对待他们，给他们鼓励，给他们支持。
当他们遇到困难的时候，我们搭把手；当他们取得进步的时候，我们为他们鼓掌。
别小瞧了他们呀，他们也有自己的闪光点呢！他们的单纯和善良有时候真的能让我们这些自以为聪明的人汗颜。
他们不会勾心斗角，不会算计别人，只是单纯地活着，享受着生活中的点点滴滴。
所以啊，下次当你遇到一个患有唐氏综合征的人，不要害怕，不要躲避，微笑着和他们打个招呼，也许你会收获一个意想不到的朋友呢！让我们一起为唐氏综合征的孩子们加油，让他们知道，他们并不孤单，这个世界有很多人在爱着他们！这就是我想说的，唐氏综合征并不可怕，只要我们用爱去对待，一切都会变得美好起来！。
Nature|发现糖尿病增加患癌风险分子机制，或为临床研究提供新疗法导言复旦大学、哈佛大学、波士顿儿童医院等研究团队科学家们发现高血糖通过抑制抑癌基因TET2的磷酸化，进而对下游信号通路的5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）的水平产生负效应。
而5hmC是一种重要的表观遗传修饰，会受到癌症的影响。
这一发现或有助于解释为何糖尿病会增加患癌风险。
该研究成果近日以题名《Glucose-regulated phosphorylation of TET2 by AMPK reveals a pathway linking diabetes to cancer》发表在国际著名学术期刊《Nature》上。
糖尿病是全世界最主要的慢性非传染疾病之一，属于复杂的代谢综合征，主要特征是血糖水平持续偏高，常伴有严重的、可能危及生命的并发症。
2017年《中国糖尿病防控专家共识》统计我国糖尿病患者人数将近1亿，且近几年仍旧呈现快速增长趋势。
澳大利亚贝克心脏与糖尿病研究所于2015年以100万名糖尿病患者和全澳癌症及患癌死亡人员名单进行比较，然后再与癌症死亡者中未患糖尿病的人数比较，发现糖尿病患者患上及死于癌症的几率远高于未罹患糖尿病的人群。
当时推测，高血糖可能是导致糖尿病与癌症相关性的最主要因素，但是这种相关性背后的分子机制一直未明，也不清楚高血糖是如何诱导遗传或表观遗传的变化从而引发癌症。
近期的研究证实，一种编码甲基胞嘧啶双加氧酶2的抑癌基因TET2可以通过氧化作用催化5甲基胞嘧啶（5mC）转化为5hmC，如果TET2基因活性降低，会导致一些癌症患者的5hmC 水平降低。
5hmC是一种重要的的表观遗传学修饰，在生物发育和基因调节中发挥重要作用。
研究证实，5hmC的表达水平与肿瘤形成负相关。
复旦大学、哈佛大学等研究团队发现，糖尿病患者体内5hmC水平会降低。
研究人员发现，有“磷酸化开关”功能的AMP活化蛋白激酶（AMPK）可以调节TET2的稳定性和5hmC的水平。
【高中生物】Nature：蛋白表达，过犹不及摘要：许多生物学过程都符合儒家“过犹不及”的规律：增之一分太多，减之一分太少，恰如其分刚刚好。
近日来自麻省理工学院的神经科学家们发现两种罕见的自闭症相关疾病是由大脑中的同一种神经传导受体mglur5以两种相反的机制引起。
这一研究发现在线发表在11月23日的《自然》（nature）杂志上。
生物通报导许多生物学过程都合乎儒家“过犹不及”的规律：减之一分太多，减至之一分太太少，恰如其分刚刚好。
近日源自麻省理工学院的神经科学家们辨认出两种少见的自闭症有关疾病就是由大脑中的同一种神经传导受体mglur5以两种恰好相反的机制引发。
这一研究辨认出在线刊登在11月23日的《自然》（nature）杂志上。
众所周知脆性x综合症（fragilexsyndrome）是由单个基因fmr1的突变引起的，当fmr1基因发生突变时会阻碍其编码蛋白fmrp表达，导致大脑中fmrp缺失。
几年前，麻省理工学院的神经学教授markbear发现在正常情况下fmrp蛋白可以控制或阻断大脑细胞中mglur5激活的信号途径。
fmrp缺失时，mglur5信号过度激活，促发过量突触蛋白合成，从而导致大脑神经元联系异常以及与脆性x综合症相关的行为及认知障碍。
mglur5就是一种在传输神经元之间信号上起至关键促进作用的受体。
当神经元前细胞放出神经递质，它将与神经元后神经元mglur5融合，引爆崭新突触蛋白的制备。
fmrp在这一过程中起至着蛋白制备制动器的功能。
通过调节mglur5提振和fmrp遏制之间的均衡，细胞制备适度水平的突触蛋白。
当fmrp出现缺位时，则可以引致过量分解成突触蛋白，引起脆性x综合症常用症状：自学障碍和自闭症犯罪行为等。
在过去的研究中，bear和其他研究人员证实切断mglur5即可爆冷小鼠的这些症状。
在确定了mglur5与脆性x综合症之间的联系后，bear和同事们开始进一步探究mglur5过度激活是否还可能引起了表现自闭症类似症状的其他单基因综合症。
dia蛋白质组学：全面解析蛋白质组学研究内容一、引言蛋白质是生物体内最重要的功能分子之一，它们参与了几乎所有生物过程。
因此，研究蛋白质组学对于理解生物体的功能和疾病机制至关重要。
近年来，随着质谱技术的发展，蛋白质组学研究取得了巨大的进展。
其中，一种被广泛应用的技术是目标蛋白质组学，其中的一种方法就是数据独立采集（data-independent acquisition, DIA）蛋白质组学。
本文将介绍DIA蛋白质组学的原理、应用和优势。
二、DIA蛋白质组学的原理DIA蛋白质组学是一种基于质谱技术的高通量蛋白质组学方法。
与传统的数据依赖采集（data-dependent acquisition, DDA）相比，DIA采用了一种全面扫描的策略，可以同时检测大量的蛋白质。
其原理基于质谱仪在一定的质荷比范围内连续扫描所有的离子片段，从而获取全面的质谱数据。
三、DIA蛋白质组学的应用DIA蛋白质组学在生物医学研究中有着广泛的应用。
首先，它可以用于发现新的生物标志物。
通过对大量样本的分析，DIA可以鉴定出与特定疾病相关的蛋白质，从而为疾病的早期诊断和治疗提供重要线索。
其次，DIA可以用于研究蛋白质的修饰。
蛋白质修饰在细胞信号传导和疾病发生中起着重要作用，而DIA可以对蛋白质修饰进行全面的分析，帮助我们理解其功能和调控机制。
此外，DIA还可以用于研究蛋白质的亚细胞定位、相互作用和表达水平的变化等。
四、DIA蛋白质组学的优势相比于传统的DDA方法，DIA蛋白质组学具有许多优势。
首先，DIA可以实现全面的蛋白质组学分析，不受预先设定的目标蛋白质的限制。
这意味着DIA可以发现更多的潜在生物标志物，从而提高疾病诊断的准确性。
其次，DIA具有更高的灵敏度和动态范围。
由于DIA采用了全面扫描的策略，可以检测到更低丰度的蛋白质，并且能够准确测量高丰度蛋白质的表达水平。
此外，DIA还具有更好的重复性和可比性，可以在不同实验之间进行数据的比较和整合。
华中科技大学博士学位论文唐氏综合征关键区段基因Sim2功能机制研究姓名：***申请学位级别：博士专业：神经生物学指导教师：***20081024唐氏综合征关键区段基因Sim2功能机制研究摘要研究背景唐氏综合征（Down Syndrome，DS），亦称先天愚型，是人类最常见的染色体异常性疾病。
尽管DS患者临床表现为脑、肌肉、心脏、骨骼和血液等多系统损伤，但以中枢神经系统表现最为突出——患者均有不同程度的智力发育迟缓和智力低下。
DS患者大脑半球、额叶、颞叶和小脑体积均较正常人的小，且伴有神经元数量减少、树突棘数量减少和形态异常等结构变化。
研究表明，DS患者中枢神经系统的病变主要是由于21号染色体长臂2区2带（21q22）中少数几个基因的过量表达所致，21q22是引起DS表型的决定性部位。
Sim2（single-minded 2）基因即位于该区域，提示Sim2可能在中枢神经系统发育和DS发生过程中发挥重要作用。
最近研究表明，在人类胚胎发育期Sim2高表达于海马的锥体细胞和颗粒细胞层，以及小脑的外颗粒层和蒲肯野细胞层等，并且在大脑皮质中也有表达。
这些部位在学习和记忆中起着重要作用，进一步提示Sim2基因参与了DS智力障碍的病理机制。
然而，Sim2的功能机制尚未完全阐明。
本课题组前期研究发现，Sim2基因过表达可促进神经元凋亡，抑制神经元分化。
为进一步探讨其作用的分子机制，本研究拟利用微注射法使小鼠Sim2基因（mSim2）在海马中高表达，观察其对大鼠空间记忆能力的影响，并检测synapsin I 的表达和磷酸化水平，以探讨其分子机制。
此外，本研究还以mSim2作为诱饵基因，利用酵母双杂交方法筛查人胎脑cDNA文库，得到了与mSim2相互作用的候选基因，并进一步用激光共聚焦和免疫共沉淀方法加以证实，以期初步阐明Sim2的功能机制及其在DS中的致病机理。
第一部分过表达Sim2对大鼠空间记忆的影响及机制目的：构建mSim2真核表达载体，使其在大鼠海马局部过表达，观察其对大鼠空间记忆能力的影响并检测synapsin I的表达和磷酸化水平，探讨其作用的分子机制。
蛋白质表达与神经退行性疾病异常蛋白质聚集的影响正文：蛋白质是生命体内最为重要的分子之一，它们在细胞内扮演着结构支持、催化反应、信号传递等多种生物学功能。
蛋白质表达是指基因通过转录和翻译过程生产出相应蛋白质的过程。
然而，在某些情况下，蛋白质的异常表达会导致神经退行性疾病的发生。
神经退行性疾病是一类严重威胁人类健康的疾病，包括阿尔茨海默病、帕金森病和亨廷顿舞蹈病等。
这些疾病的共同特点是神经元的异常损失和功能衰退。
近年来的研究表明，这些疾病的发生与异常蛋白质的聚集紧密相关。
以阿尔茨海默病为例，该病是老年人最常见的失智症，其主要特征是大脑中β-淀粉样蛋白的过度沉积和神经纤维缠结。
β-淀粉样蛋白正常情况下是可溶性的，但在阿尔茨海默病患者中会聚集成无定形的髓样蛋白，形成堆积的病理性斑块。
这些斑块会导致神经元的丧失和功能受损，最终导致认知和记忆的丧失。
类似地，帕金森病也与异常蛋白质的聚集相关。
帕金森病主要由α-突触核蛋白的异常聚集引起。
这些蛋白聚集形成特征性的圆形包涵体，阻碍了细胞内正常的代谢和运输过程，导致神经元的死亡和运动障碍的发生。
亨廷顿舞蹈病是由编码亨廷顿蛋白基因突变引起的一种遗传性神经退行性疾病，其主要病理特征是在神经系统中出现多面体外囊的积累。
亨廷顿蛋白的异常聚集导致神经元的退化，引发一系列运动、认知和情绪方面的障碍。
虽然这些神经退行性疾病的具体发病机制仍然不完全清楚，但异常蛋白质的聚集被认为是其共同的特征。
这些异常蛋白质的沉积和聚集会引起细胞内蛋白质稳态的紊乱，进而干扰细胞的正常功能并引发细胞死亡。
为了应对神经退行性疾病的挑战，科学家们致力于寻找治疗这些疾病的方法。
其中，干预异常蛋白质的聚集被认为是一种有潜力的治疗策略。
研究人员通过设计和合成针对异常蛋白质聚集的小分子药物，试图阻止其聚集过程，以延缓疾病的进展。
此外，一些研究也探索了调节蛋白质表达的方法，以减少异常蛋白质的产生。
例如，利用RNA干扰技术或基因编辑技术可以抑制特定基因的表达，从而减少异常蛋白质的合成和聚集。
唐氏综合征智力低下的细胞分子机制
丁奕靖;李笑天
【期刊名称】《国际妇产科学杂志》
【年(卷),期】2009(036)003
【摘要】唐氏综合征发生机制是母体21号染色体上某些基因过度表达引起各种基因表达失衡.解释发病机制2种假说:基因剂量效应假说和放大的发育不稳定假说.前一假说主要解释21号染色体上的剂量敏感的基因过度表达产生的效应.从而引起各种基因表达失衡的累积效应.发育不稳定假说认为,21号染色体上基因剂量整体失衡干扰了基因表达和基因调控,破坏细胞内环境平衡.Rachidi提出唐氏综合征智力低下的细胞分子机制模型:所有这些基因表达的失常共同导致脑部的一级表型,由此决定更为复杂的二级表型.直接导致唐氏综合征患者智力低下.
【总页数】3页(P178-180)
【作者】丁奕靖;李笑天
【作者单位】200011,上海,复旦大学附属妇产科医院;200011,上海,复旦大学附属妇产科医院
【正文语种】中文
【中图分类】R71
【相关文献】
1.40例智力低下儿外周血淋巴细胞染色体畸变及细胞微核检测与分析 [J], 薛继红;慕明涛
2.小分子抑制剂Torin-2抑制小细胞肺癌NCI-H446细胞增殖和促进细胞凋亡的作用和分子机制 [J], 牟瀚; 赵相轩; 柯炜炜; 王宏博; 卢再鸣
3.miR-181a诱导慢性淋巴细胞白血病细胞周期阻滞及细胞凋亡的分子机制探讨[J], 郑研;王晖;李岚;高秋英;牛奔;张维华
4.miRNA-lncRNA影响人NK细胞与树突状细胞免疫功能和乳腺癌细胞侵袭力的分子机制 [J], 李雅怡;张雨洁;卓文杏
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Systematic proteome and proteostasis profiling in human Trisomy 21 fibroblast cells
人21-三体综合征成纤维细胞中的系统蛋白质组和蛋白质稳定分析
IF：12.353
期刊：NC
技术：SWATH、转录组
研究背景
唐氏综合症（DS）是由21号染色体的三体性（T21）引起的出生性缺陷病之一。
DS表型表现包括智力残疾、先天性心脏缺陷和阿尔茨海默病的高发生率等，而且患者的个体差异极大。
目前对于DS尚无有效的治疗药物，因此揭示DS的发病机制和分子过程，对其临床治疗至关重要。
研究结果
1.T21蛋白质组学检测
为了准确量化DS中蛋白质组学的变化情况，作者选择了年龄、性别等条件相当的11例DS患者和11例正常个体的胎儿皮肤原代成纤维细胞，进行SW ATH相对定量蛋白质组学分析（图1）。
与此同时，作者也选择了一对双胞胎个体（同卵双生，即T2N和T1DS）的成纤维细胞同样进行转录组学数据分析（图2和图3）。
本次共鉴定到4056种蛋白质，此外在T2N和T1DS样本中加入20种“锚定蛋白”的重稳定同位素标记的多肽标准品，用于估算已鉴定的蛋白质的绝对丰度。
图1 T21成纤维细胞的蛋白质组学分析
图2 同卵双胞胎（T2D，T1DS）个体成纤维细胞蛋白质组学分析
2.T21蛋白质组被广泛地重塑
为了评估T21在转录和蛋白水平上基因表达的整体影响，作者将转录组与蛋白质浓度关联起来，发现所有生物样本之间存在中度相关性（ρ = 0.339 ~ 0.508）。
鉴于稳态丰度值和计算来源于相同的数据集，则整体的相关性表明存在着广泛的翻译后调控模式影响mRNA 和蛋白质的表达水平（图3）。
为了进一步研究T21中重要转录事件的蛋白质组学影响，作者将蛋白质数据与Sullivan等人描述的成纤维细胞中T21的转录特征重叠，同时分析淋巴母细胞、单核细胞和T细胞等其他细胞类型的DS / N转录组数据，，结果发现成纤维细胞中显著调节的转录物在不同细胞类型之间基本上是保守的，并且显著地影响相应的69个蛋白质水平（约有40%蛋白质是在Chr21上编码，图3c）。
此外，比较不同细胞类型的整个转录组和蛋白质组之间的相关性值R，数据表明nonChr21基因的转录反应导致了普遍的低转录物-蛋白质相关性，这对于理解在不同细胞类型中出现的整体T21表型是很重要的。
图3 转录组和蛋白质组关联分析
3.T21中的基因表达和蛋白质降解模式
作者关注Chr21基因的整体表达，因为它们可能导致DS表型的发展。
在组学数据中，SWATH-MS和二甲基化鸟枪蛋白质组学分别检测到42种和56种Chr21蛋白，占Chr21蛋白编码基因量的18.7-24.9%；另外，在T212中有18个mRNAs和9个蛋白的变化倍数大于1.4，其中在转录和蛋白水平上失调的四种基因（GART，CCT8，HLCS和HMGN1）对Chr21剂量敏感（图4b），且发现HMGN1的上调可能会增加染色质可及性并引起转录失调（图5）。
另一方面，在T21中SOD1，PFKL和CSTB蛋白浓度显著增加，但相应的转录物基本没有发生实质性变化，数据表明这些蛋白是在转录后发生显著上调。
与此同时，作者也观察到蛋白表达缓冲现象，正如在T1DS / T2N中U2AF1、COL6A1和COL6A2的mRNAs表达水平有实质性上调而蛋白质水平缓冲后接近于不变。
由此推测出蛋白质水平的缓冲最有可能是适应蛋白质周转而不是降低蛋白质合成速率，总的来说，作者发现了T21中Chr21上复杂且不同的基因表达、调节模式。
图4 Chr21 基因表达分析
4.细胞器特异性蛋白表达对T21的影响
为了揭示T21对细胞功能的蛋白质组学影响，作者对Chr21编码的蛋白质（最高5％和最低5％T1DS / T2N FC）进行蛋白调控网络分析，这些蛋白显著富集的通路包括糖酵解、整合素细胞表面互作、戊糖磷酸途径等（图5）。
在对正常个体蛋白进行富集分析时，观察到强烈重叠的富集通路。
这表明T21会影响常见的细胞功能。
为了将T21扰动通路的分析扩展到转录和蛋白质降解水平，作者随后又进行了GSEA 分析。
蛋白质、mRNA和蛋白质降解层之间的交叉过程，表明在所有的三个层次中都显著地发生改变，包括细胞周期相关功能、细胞形态发生、脂蛋白代谢和线粒体细胞呼吸等（图6）。
关于T21中细胞器特异性基因表达控制分析，作者首先发现蛋白质在大多数细胞器中合成后，其降解通常会微调蛋白质水平；其次，在线粒体、过氧化物酶体和溶酶体中，蛋白质降解显著地抑制转录来以调节蛋白质表达水平；第三，T21对核仁基因表达的影响有限；第四，尽管核糖体相关的转录物受到抑制并且核糖体蛋白质降解加速，但细胞质核糖体蛋白在T21细胞中明显上调，强烈表明核糖体相关基因的翻译率大幅增加。
总而言之，作者在多层数据基本上解剖了在T21非整倍体应激下每个细胞器的基因调控。
图5 T21影响的蛋白调控网络分析
图6 T21影响的基因GSEA分析
研究结论
在本研究中，作者使用SW ATH质谱法来量化T21对DS中基本细胞过程的影响，并分析11例DS和11例正常人的蛋白质表达情况，发现了广泛的细胞器的特异性转录后效应。
总的来说，作者提供了一份有价值的蛋白质组学资源去了解DS表型表现的起源，有利于后续深入开展人类遗传疾病的研究。
