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lammps安装教程LAMMPS（大型原子/分子并行模拟器）是一个用于原子、分子和离子间相互作用的经典和量子力学模拟软件程序。
LAMMPS在高性能计算机上进行分子动力学模拟，适用于各种不同的应用领域，包括材料科学、化学工程、固体力学、生物物理学等。
以下是LAMMPS的安装教程：1. 下载LAMMPS源代码（https:///download.html）。
选择与您的操作系统和计算机架构相匹配的版本。
将源代码解压缩到您选择的目录中。
2. 安装必要的编译器和软件依赖项。
这些依赖项可能因操作系统而异，最常见的依赖项包括C/C++编译器（如GCC或Clang）、MPI库（如OpenMPI）、Make工具等。
请查看LAMMPS的官方文档（https:///doc/Build.html）以获取详细的依赖项和安装指南。
3. 打开终端或命令提示符，并导航到LAMMPS源代码的目录。
4. 运行Makefile编译脚本。
在命令行中输入以下命令：```make yes-standardmake mpi```这将使用默认设置编译LAMMPS。
如果您需要使用特定的设置或插件模块，请参阅LAMMPS文档中的相应章节，并相应修改Makefile文件。
5. 编译过程完成后，您将在LAMMPS源代码目录中找到可执行文件"LAMMPS"。
您可以将其复制到您希望安装LAMMPS 的位置，或者将其添加到您的系统路径中，以便可以从任何位置使用LAMMPS。
6. 您可以通过在终端或命令提示符中运行以下命令来验证LAMMPS的安装：```lammps```如果一切顺利，您将看到LAMMPS的交互式Shell界面。
这样，您就成功地安装了LAMMPS。
现在您可以根据LAMMPS的文档和教程开始使用它进行分子动力学模拟。
lammps单机并行计算配置方法Lamps 单机多核并行计算方法1、修改环境变量编辑.bashrc 文件：cdvi .bashrc按Insert 键，移动光标至fi 下，在文件结尾处（fi 后）增加以下两行：export PATH=/opt/mpich/bin:$PATHexportLD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich/lib:/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_P ATH按Esc，Shift+zz重启机器2、安装fftw获得fftw：wget /doc/e412612373.html,/fftw-2.1.5.tar.gztar xvzf fftw-2.1.5.tar.gzcd fftw directory./configure --prefix=/opt/fftw --enable-floatmakesudo make install3、安装mpich2获得mpich；wget/doc/e412612373.html,/research/proj ects/mpich2/downloads/tarballs/1.4.1p1/mpi ch2-1.4.1p1.tar.gzcd ..(退上去)tar xvzf mpich2-1.4.1p1.tar.gzcd mpich2-1.4.1p1./configure --prefix=/opt/mpichmakesudo make install4、Lammps编译Cd ~tar -xvzf lammps-6Dec12.tar.gz (注：必须有f 才能解压)cd lammps-6Dec12/src/MAKEvi Makefile.linuxcc= 改为mpic++link= 改为mpic++MPI_INC = -I/opt/mpich/include （添加，不删除原有内容）MPI_PATH = -L/opt/mpich/libMPI_LIB = /opt/mpich/lib/libmpich.a (不改动)FFT_INC = -I/opt/fftw/include （添加，不删除原有内容）FFT_PATH = -L/opt/fftw/libFFT_LIB = /opt/fftw/lib/libfftw.a （不改动）cd lammps6Dec2/srcmake yes-mcmake linux在src 文件夹内生成可执行文件：lmp_linux如果要修改Makefile.g++,方法如下vi Makefile.g++cc= 改为g++link= 改为g++MPI_INC = -I/opt/mpich/include （添加，不删除原有内容）MPI_PATH = -L/opt/mpich/libMPI_LIB = /opt/mpich/lib/libmpich.a (不改动)FFT_INC = -I/opt/fftw/include （添加，不删除原有内容）FFT_PATH = -L/opt/fftw/libFFT_LIB = /opt/fftw/lib/libfftw.a （不改动）EscShift+ZZcd lammps6Dec2/srcmake g++运行测试（在src 路径下）：cp lmp_linux ../benchcd ../benchmpirun -np 4 ./lmp_linux < in.lj。
Windows7下安装ubuntu12.04，并行编译lammps教程。
软件准备：ubuntuxx.iso，EasyBCD，lammps。
其余软件在联网条件才能获得。
将要作为ubuntu安装盘的空间在win7磁盘管理下删除，这样在win7下就不能看到其系统盘，而ubuntu下可看见windows7的系统盘。
1，安装EasyBCD软件并打开，添加新的启动菜单（add new entry）=》neogrub=》安装(install)=》配置(configure)，将下列英文复制入文件：title Install Ubunturoot (hd0,0)kernel (hd0,0)/vmlinuz boot=casper iso-scan/filename=/ubuntu-11.10-i386.iso ro quiet splash locale=zh_CN.UTF-8initrd (hd0,0)/initrd.lz绿色部分为当前win7安装盘的物理位置，第n块盘的第n个分区，从零起计。
红色部分为准备好的系统镜像iso文件名。
保存，关闭软件。
2，用解压软件或者虚拟光驱打开iso文件，将镜像中.disk文件夹，以及casper文件夹下initrd.lz与vmlinuz复制进入win7安装盘根目录。
再将系统镜像iso文件复制入同样目录下。
3，重启计算机，选择进入neogrub加载引导项，选择install ubuntu，进入ubuntu安装桌面。
此时打开系统终端输入sudo umount –l /isodevice。
关闭终端开始安装系统。
为节约时间，选择安装时不更新，不安装第三方软件。
选择其他安装选项。
选中为ubuntu预留的磁盘空白分区，双击选择文件类型ext4，目录为/，勾选格式化，安装驱动器选择整个硬盘。
安装开始。
4，安装ubuntu完毕重启，系统选择菜单中windows loader为windows入口。
MPI并行程序的编译和运行（C语言）（适用于数学楼机房，其它并行环境下可能有所区别）一、源程序的编译: mpicc [选项]源程序其中常用选项有：z-c ：只编译，不链接，即只生成目标文件（.o文件）z-o filename：指定输出的文件名，缺省通常为a.outz-I path：指定（增加）头文件（如*.h）的搜索路径（目录）z-L path：指定（增加）库文件的搜索路径（目录）z-l name：与库文件libname.a 链接z优化开关：-O，-O2，-O3，等，常用为-O2z-g：使得目标码中包含源文件名、行号等信息（用于程序调试）例：mpicc –O2 –o hello_world hello_world.c二、使用mpirun提交并行任务mpirun -np 4可执行文件z-np用于指定启动的进程数，这里启动4个进程；z可执行文件是用户所要提交的任务，即编译生成的可执行文件。
例：mpicc –O2 -o cpi cpi.cmpirun -np 8cpi三、在机群上通过联想的作业调度软件递交作业1.首先登录到机群服务器（ssh 222.204.244.252），将你的并行程序重新编译一次，生成相应的可执行文件；2.由于机群使用的是联想的ljrs作业调度软件，所以必须通过ljrs脚本提交并行作业；下面是一个ljrs脚本模板，递交并行作业时只需在其基础上进行适当修改即可：#!/bin/bash# Job name#LJRS -N cpi# Queue name#LJRS -q dpool# Number of nodes and process per nodes#LJRS -l nodes=2:ppn=2# Name of your program need to runprog=a.outcd $LJRS_O_WORKDIRNPROCS=`wc -l < $LJRS_NODEFILE`mpirun -v -machinefile $LJRS_NODEFILE -np $NPROCS $prog注：第一行不要改动；第二行是个解释语句；第三行用来指定任务的名称，这里是 cpi，你可以根据自己的需要进行修改（不一定要与你运行的程序同名）；第四、五、六行不需要改动；第七行表示使用多少个结点、每个结点开多少个进程来运行你的任务，如nodes=3:ppn=4 表示用3个结点，每个结点启动4个进程，共12个进程；第八行不需要改动；第九行是指定你所需运行的（可执行）文件，如prog=a.out 表示运行的可执行文件名为cpi；最后几行不需要修改。
lammps 并行极限LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一种分子动力学（MD）软件，被广泛用于模拟和研究材料、生物和化学现象。
LAMMPS 最大的优势是其可扩展性，可以通过并行计算来加速模拟过程。
LAMMPS 并行可以基于多个计算节点、多个核心进行计算。
它使用MPI（Message Passing Interface）协议来实现节点间通信。
在使用LAMMPS时，可以通过指定不同的并行模式（如MPI、OpenMP等）来适应不同的硬件环境。
具体来说，MPI并行是在多个计算节点之间进行并行，而OpenMP并行则是在单个计算节点上的不同核心之间进行并行。
当我们给LAMMPS分配更多的计算资源时（更多的计算节点或更多的核心），可以看到明显的性能提升。
理论上，当计算资源接近无限时，LAMMPS的性能也会无限接近理论极限。
然而，在现实中，由于各种限制，LAMMPS的性能通常无法达到这种理论极限。
以下是一些常见的性能限制因素：1. 硬件限制：计算节点、计算核心和内存等硬件资源的限制均会影响LAMMPS的性能。
2. 通信开销：由于LAMMPS并行使用MPI协议实现节点间通信，因此MPI通信的开销会影响LAMMPS的性能。
3. 内存访问：MD模拟需要频繁地访问内存，如果内存访问速度较慢，则会影响LAMMPS的性能。
4. 代码实现：LAMMPS的算法实现和编程技巧也会影响其性能。
使用高效的算法和编程技巧可以提高LAMMPS的性能。
总体来说，LAMMPS的并行极限是由计算资源、通信和内存访问速度和代码实现等因素共同限制的。
为了获得更好的性能，我们可以通过调整并行模式、优化算法和编程技巧、增加计算资源等方法来提高LAMMPS的性能。
lammps20版使用手册LAMMPS 20 版使用手册LAMMPS 是一个经典的分子动力学模拟软件，用于研究原子和分子的行为。
本文将为您提供 LAMMPS 20 版的使用手册，详细介绍软件的安装、基本命令、输入文件格式和常见功能。
一、安装LAMMPS 20 版可从官方网站下载并安装。
在安装之前，请确保您的计算机满足以下要求：1. 操作系统：Windows、Linux 或 macOS；2. C++ 编译器：例如 g++、icc 或 Clang；3. 并行库：如 MPI（可选）。
请根据您的操作系统选择相应的安装包，并按照官方提供的说明进行安装。
二、基本命令LAMMPS 使用基于命令行的界面，您可以通过输入一系列命令来控制模拟的运行。
1. 运行 LAMMPS：在命令行终端中输入 `lmp_serial` 或 `lmp_mpi` 启动 LAMMPS 应用程序。
2. 选择分子力场：使用 `pair_style` 命令选择适合您研究系统的分子力场。
例如，`pair_style lj/cut` 表示使用 Lennard-Jones 势函数进行计算。
3. 定义模拟盒子：使用 `region` 定义模拟盒子的边界条件和尺寸。
例如，`region box block 0 10 0 10 0 10` 定义了一个尺寸为 10x10x10 的盒子。
4. 添加原子：使用 `create_atoms` 在模拟盒子中添加原子。
例如，`create_atoms 1 random 100 12345 box` 表示在盒子中随机地添加 100 个类型为 1 的原子。
5. 温度控制：使用 `velocity` 控制系统的温度。
例如，`velocity all create 298 123456` 为系统中的所有原子设置一个初始温度为 298K。
6. 运行模拟：使用 `run` 命令来运行模拟。
例如，`run 1000` 表示运行 1000 步模拟。
Linux下多机mpi并行配置一.mpich安装步骤#./configure –prefix=/usr/local/mpich-gcc –rsh=/usr/bin/ssh#make#make install其中prefix后面的是安装的目录，安装完成后就可以看到。
(卸载mpi是进入到/usr/local/mpich-gcc/sbin/mpiuninstall.)如果没有出错，那么说明安装成功，进入/etc，编辑profile文件，添加如下内容：export MPI_ROOT=/usr/local/mpich-gccexport PATH=$MPI_ROOT/bin:$PATHexport MAN PATH=$MPI_ROOT/man:$MANPATH保存退出，执行source profile使她生效。
二.多机环境配置为了简单起见，这里所有的计算机节点都建了一个相同的用户及密码1.安装ssh sshd 保证相互之间可以互联在每台机子下进行如下操作：cd ~ ？//进入home目录ssh-keygen -b 1024 -t dsa 这一步是ssh这一方生成了一对密钥，公钥必须放到sshd的那一方，ssh的这一方才能正常访问sshd那一方。
cd .sshcp id_dsa.pub pub_keycp pub_key /home/duanple将pub_key 也就是*.pub的文件内容拷贝到服务端也就是sshd的那一方的$HOME/.ssh目录下的author ized_keys文件(它保存了一系列的公钥，新公钥只需要加在该文件的末尾新一行即可)内chmod 644 authorized_keys2.打开/etc/hosts文件，加入计算机信息，前面是IP，后面是主机名字，如同这样：222.195.150.203 node2，保存退出。
3.权限设置设定/etc/hosts.equiv创建/etc/mpd.conf (root用户)普通用户需要创建$HOME/.mpd.conf，之后设置secretword=修改hostname或者ip，一些涉及到的需要同时更新的文件：/etc/hostname/etc/hosts/etc/hosts.equiv 负责放权的文件说明：为了能够在多个不同的机器上运行MPI程序，首先需要其它机器对启动MPI程序的机器放权，即允许启动MPI程序的机器访问其它机器。
lammps编译LAMMPS编译详解LAMMPS是一款分子动力学软件，它可以模拟原子和分子之间的相互作用，从而研究材料的性质和行为。
而为了让LAMMPS能够在不同的平台上运行，需要进行编译，本文将详细介绍LAMMPS编译的相关知识。
1. 安装必要的软件包在进行LAMMPS编译之前，需要先安装一些必要的软件包，包括g++、make、mpi、fftw和OpenMP等。
其中，mpi是用于并行计算的消息传递接口，fftw是用于快速傅里叶变换的库，OpenMP 是用于多线程并行计算的API。
2. 下载LAMMPS源代码可以从LAMMPS官网下载最新的源代码。
下载完成后，解压缩源代码包，可以看到一些示例文件和一些子目录，如src、lib、doc 等。
3. 编译LAMMPS进入src目录，使用make命令进行编译。
在编译之前，需要先根据需要选择合适的Makefile文件。
LAMMPS提供了多种Makefile文件，如Makefile.serial、Makefile.mpi、Makefile.mpi-cuda等，分别用于编译串行版本、MPI版本和MPI-CUDA版本。
选择合适的Makefile文件后，可以使用以下命令进行编译：make yes-all #启用所有的可选功能make no-all #禁用所有的可选功能make -j4 #使用4个线程进行编译编译完成后，会在src目录下生成一个lmp_exec可执行文件，这就是编译好的LAMMPS程序。
4. 配置LAMMPS在运行LAMMPS之前，还需要进行一些配置。
首先，需要选择一个合适的输入文件，该文件包含了模拟所需的参数和命令。
其次，需要根据需要选择一个合适的力场文件，该文件包含了模拟所需的原子相互作用力场。
最后，还需要配置一些运行参数，如并行计算的进程数、模拟时间步长等。
5. 运行LAMMPS使用以下命令可以运行LAMMPS程序：mpirun -np 4 lmp_exec < input_file其中，np参数指定了并行计算的进程数，lmp_exec是编译好的LAMMPS程序，input_file是输入文件。
Linux下MPI并行环境与Eclipse配置全过程。
Linux + mpich2 + Eclipse我是Linux超级新手，文中难免有错误的地方，望指正和多多包容硬件情况：2台主机主机1：主机名:node1 IP:192.168.19.165 操作系统:CentOS 5.2 用户:root 密码:root主机2：主机名:node2 IP:192.168.19.169 操作系统:CentOS 5.2 用户:root 密码:root(这里的两台主机上的用户名和密码设置成一样的，好像不一样的话将会影响之后mpi程序的执行)为了省事，以下操作都是以root用户进行的1、===================配置host文件=========================在node1和node2上#vi /etc/hosts 打开hosts文件，修改如下：127.0.0.1 localhost.localdomainlocalhost192.168.19.165 node1192.168.19.169 node2(注意127.0.0.1 localhost.localdomainlocalhost一定不能缺，否则将可能导致之后 mpiexec运行出错)2、====================设置SSH信任连接====================在node1上生成SSH秘钥对.#ssh-keygen -t rsa yes,一路回车#cat /root/.ssh/id_rsa.pub | root@192.168.19.169 "cat - >> root/.ssh/authorized_keys" 将密钥等信息拷贝至node2中，该过程需要输入node2上root用户的密码#ssh root@node2 登陆node2#exit#ssh root@node2 第二次登陆node2，无需再输入密码了#exit#ssh root@node1 登陆自身一次在node2上执行同样的操作，只不过目标换成node1了#ssh-keygen -t rsa yes,一路回车#cat /root/.ssh/id_rsa.pub | root@192.168.19.165 "cat - >> root/.ssh/authorized_keys" #ssh root@node1#exit#ssh root@node1#exit#ssh root@node2(以上使用的ssh，如果系统安装的ssh2，设置过程将与上有所不同)3、=====================安装mpich2======================在node1和node2上：#tar -zxvf mpich2-1.0.1.tar.gz 解压缩#cd mpich2-1.0.1#./configure --prefix==安装路径，指定安装路径时可以使用#./configure --prefix=???，不带参数时默认安装路径为/usr/loacl，我用的是默认安装路径#make#make install 安装完成(为了避免未知错误，两台机器的mpich2安装位置最好一样)设置环境变量：#cd /etc/#vi profile 编辑profile文件添加 PATH="$PATH:/usr/local/bin"#source profile#which mpd 测试环境变量创建并修改/etc/mpd.conf文件#vi /etc/mpd.conf内容为secretword=myword#touch /etc/mpd.conf#chmod 600 /etc/mpd.conf (设置文件读取权限和修改时间，这两步好像不能省)创建主机名称集合文件/root/mpd.hosts#vi /root/mpd.hosts文件内容如下：node1node24、=====================简单的测试=========================在node1上#mpd& 启动#mpdboot -n 2 -f mpd.hosts 启动2台机器(启动的机器数不能超过集群中的主机数，这里只有2台)#mpdtrace 观看启动机器#mpiexec -n 4 /usr/local/examples/cpi number为使用的进程数，运行mpi自带的测试程序(不一定存在)#mpdallexit 退出mpi程序的编译#mpicc -o example C语言源代码或#mpic++ -o example C++语言源代码或#mpif77 example.f -o example Fortran语言源代码编译后可以执行：#mpdboot -n 2 -f mpd.hosts#scp /tmp/example root@node2:/tmp/example (/tmp/为刚才编译的程序所在文件夹)(需要并行运算的程序在两台主机上所存放的路径必须相同，文件名也必须相同我这里都存放在/tmp/文件夹下)#mpiexec -n 4/tmp/example5、===================在Eclipse中开发MPI程序=================在新建的工程上点右键选择Properties添加include路径，我的mpich2安装在/usr/local添加lib库路径，添加mpich,mpichxx,pthread 注:这是在linux下，与windows环境下需添加的库不同OK，Eclipse加MPI开发环境配置完成参考资料：SSH设置:/15798089_d.htmlMPICH2配置：/linux/article/accidence/install/20070514/8413.html MPI与Eclipse：/cleverysm/archive/2007/06/06/1640290.aspx一些MPI错误解决方法：/xiaxiazls/archive/2009/09/08/4530423.aspx。
编译并行版本lammps，从ssh,mpi配置谈起：by: 回声qfq4@2010.8.30第零步：概念和引言：SSH :secure shell.(计算机与计算机通讯的方式)MPI :message passing interfaceFFTW:FFTW is a C subroutine library for computing the discrete Fourier transform (DFT) in one or more dimensions, of arbitrary input size, and of both real and complex data (as well as of even/odd data, i.e. the discrete cosine/sine transforms or DCT/DST). We believe that FFTW, which is free software, should become the FFT library of choice for most applications.FFTW，MPI是是并行计算所必须的，这是因为lammps的并行版本是用MPI写的，所以必须配置好机器的MPI。
而MPI又依赖ssh来传输数据。
因此在编译并行lammps之前这些必须配置好。
我们的目的是编译运行并行的lammps，这些系统配置本身与lammps无关，只是lammps需要用到他们。
我写这个帖子的目的有二：1：编译并行的lammps程序。
2：熟悉在linux下面安装大型计算软件的套路。
3: 和大家分享一下自己的工作。
并希望得到大家的指点。
声明：本人水平有限，错误之处在所难免（甚至是致命错误），希望大家指正，无比欢迎。
第一步： 设置环境变量为linux设置环境变量，这一步告诉系统一些基本的信息。
为bash(也就是终端写配置文件。
)知识： 在用户主目录下面.*（＊表示通配符）通常的意思是某某程序的配置文件，都是shell程序。
Bash就有一个配置文件: ~/.bashrc. Vim也有一个配置文件.vimrc文件。
这些文件通常是不可见的（ls -l 看不见，ls -a可以看见）。
系统执行某一个程序的时候如果有相应的配置文件，则会首先执行这个配置文件。
我们要为系统配置一些参数，那么当然应当配置：～／.bashrc文件了。
操作：cd ~vi .bashrc观察到：注意到第73-75行，这几行的意思是：如果存在.bash_aliases文件，则执行这个文件，因此我们可以将需要修改的内容放在这个文件中，当然也可以直接将要修改的内容添加到.bashrc中。
为了遵循linux的传统，为了.bashrc的简明性，和可扩展性，建议将需要做的修改放在.bash_aliases中。
操作：vi .bash_aliases(添加：)export P A TH=/usr/mpi/bin:$P A TH （// 告知系统mpi的安装位置，后面的mpi必须安装在：/usr/mpi了。
）export MPI_U S E P4SSP OR T=yes （ //mpi相关的配置，具体含义不必细究。
）export MPI_P4SSP OR T=22export P4_R SHC O MM AN D=ssh：wq(保存退出)linux的环境配置完毕。
第二步： ssh 配置linux系统一般的都安装好了ssh ,如果你的机器上面没有ssh，你就必须重新安装ssh 了。
这一步要完成的任务就是给当前节点（也就是你的那台计算机上要参与并行计算的用户授权。
）什么是授权呢：我的理解是这样的：平常我们使用ssh来连接远程计算机，一般这样用：ssh username@hostname随后就要求输入口令（password）.为了避免输入口令，我们需要进行授权，这样就减少了人为的干预（土得掉渣的功能性解释，标准的解释我不知道。
）可能的操作是：使用公钥算法（dsa）产生公私密钥对然后再进行身份认证，实现加密通讯。
具体操作是这样的：cd ~ssh-k eygen -t dsa (产生密钥对)执行这一个操作的时候，可以看到，会询问一些信息，除了敲一个yes之外，就不断的回车。
完成后，就会生成两个文件：.ssh/id_rsa .ssh/id_rsa.pub操作：cp id_dsa.pub authorized_k eys //为linux发证书（这个是我乱套的术语，当心，可能不符合密码学的术语。
）chmod go-rwx authorized_k eysssh-agent $SH ELLssh-add授权完毕。
下面的操作检验ssh是否配置成功：重新打开一个窗口，输入：ssh localhost若显示内容如下：则说明，ssh配置成功，这样使用ssh通讯就不用输入密码了。
（注意到高亮线处的yes，这是由于计算机第一次和自己通讯，故要询问，输入yes就行了。
）如果显示的内容如下：注意到这里提示你输入本地计算机的口令（password），这说明ssh配置失败，那里出错了。
这样需要检查操作是否正确。
我尝试过使用rsa，总是出错，故没有推荐。
至此，ssh配置完毕。
如果你要自己组装设备，那么要在所有的节点上都干一遍。
第三步： MPI配置MPI是并行计算所需要的包（这样称呼是否正确，我不知道，如有失误求更正）。
首先下载一个mpi的软件包。
我下载的是：mpich2-1.2.1p1.tar.gz解压文件：tar xvf mpich2-1.2.1p1.tar.gzcd mpi2-1.2.1p1./configure –prefix=/usr/mpi //注意：记起我们第一步为linux设置系统变量的时候的约定了，要放在那个指定的目录里面。
在那里我们出了一个将／usr/mpi/bin方到了P A TH里面了。
ma k esudo ma k e install这样我们就将mpi装好了。
需要记住的一件事情是，我们要确认mpi是否真的装好了，下面我们测试mpi:操作为：cd ~/mpich2-1.2.1p1(这个就是你下载安装包后，解压后的目录。
) cd examplempd & //& :表示后台运行mpirun -np 8 ./cpi ／／指定8个CP U显示为：这说明mpi已经安装好了。
这部分的工作已经做完了。
如果你要自己组装设备，那么要在所有的节点上都干一遍。
第四步： FFTW的安装首先现在一个安装包文件：需要下载FFTW2.1.5。
然后解压文件，相对来说这个比较容易安装。
Cd FFTW2.1.5./configure –prefix=/usr/fftwma k esudo ma k e install第五部 编译并行版本的lammps前面的几步已经将准备工作做好了，下面才是我们的目的。
下载lammps的最新安装包。
L ammps.tar.gz解压tar xvf lammps.tar.gz得到目录：～／lammps-30A ug10cd lammps-30A ug10/src/M AKE我们可以看到这里有很多的Ma k efile.*我们随便选取一个吧，选取Ma k efile.g++吧。
我们需要修改一下Ma k efile.g++里面的一些指定值。
其实需要改动的地方很少，但是需要小心。
每副图中都显示一个地方需要修改。
1： 修改CC 和 L in k(右边为修改后，左边为修改前。
)把编译器和链接器都设为g++2：指定MPI的安装路径。
具体含义我不太明白（肥超前辈的讲解，以及他的文章中的链接会提供更详细的信息。
）这里需要注意的是路径前面的－I ，－L（不要敲错了）。
3：指定FFTW的安装路径这里还需要注意的一个地方就是，不该有空格的地方就不要有空格，在这里我们在插入文字的时候，最好不要将原文件中的制表符给删掉，可能会有“意外惊喜！”。
好了，我们的准备工作，做好了，下面编译吧（这真是一个好消息，不知道有多少人会有耐心看到这里了，呵呵）。
注意到，当前的路径是：～／lammps-30A ug10/src/M AKEcd ..ma k e g++ //这是因为我们修改的Ma k efile 就是Ma k efile.g++得到了lammps的执行代码。
看到编译成功了，很高兴啊！第六部分：编译包含特定包的lammps程序，以及如何添加用户程序NEE D YOUR H EL P！第七部分 最后的说明，感谢，期望，以及参考文献最后的lammps代码编译中没有 那种选择包进行编译的选项，这些内容在lammps手册中，以及肥超大神和其他大神的文献中都有讲述，我自己目前也不需要那些特性，故没有写，我空出一部分希望大家填写。
呵呵。
感谢：由衷的感谢李美芝博士对我 耐心细致全面的指导！感谢各位师兄在网上提供的资料。
我接触分子动力学时间不长，觉得学习分子动力学非得自己下功夫，但是同样意识到前辈的指导的重要性。
对于一个新手来说，分子动力学模拟的原理很简单，但是动手操作往往很困难，其中很重要的原因就是软件的安装，操作等。
模拟论坛很好，他给我们一个交流的平台，这也是我学习分子动力学的一个很重要的资源。
我希望大家都能慷慨的分享自己经验，教训，对我们菜鸟给予耐心的指导。
这很重要！我主要参考了下面两篇文章：1./limezy/blog/category/md%26%2347%3Blammps2./thread-26886-1-6.html一个失误：在我的解说文字中，所有一些～ 指的是~/Des k top. 大家看看就知道了。
