Entrez 检索系统的简介

1.生物信息学：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科模型;处理及分析，并以生物学知识2.二级数据库：3.FASTA序列格式：是将DNA始，其他无特殊要求。

4.genbank序列格式：是GenBank身，以“//”结尾。

5.Entrez检索系统：是NCBI点。

6.BLAST：7.查询序列（query sequence）索并进行相似性比较的序列。

P988.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。

包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。

P29 9.空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。

P2918.直系同源：指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，具有相似或不同的功能。

（书：在缺乏任何基因复制证据的情况下，具有共同祖先和相同功能的同源基因。

）19.旁系（并系）同源：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因重复产生的一组基因，这些基因在功能上可能发生了改变。

(书：由于基因)UPGMA）：最初，每个序列归为一类，然后找到）：是一种不仅仅计算两两比对距算法要求进化速率保持恒定的缺陷。

）：在一系列能够解释序列差异的的进化树中找）：它对每个可能的进化位点分配一个概率，然tree）：在同一算法中产生多个最优树，合并这）：放回式抽样统计法。

通过对数据集多次）：开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段codon bias）：氨基酸的同义密码子的使用频率与相量高的同功tRNA所对应的密码子，这种效应称为密码子偏好性。

30.基因预测的从头分析：依据综合利用基因的特征，如剪接位点，内含子与外显子边界，调控区，预测基因组序列中包含的基因。

31.结构域（domain）：保守的结构单元，包含独特的二级结构组合和疏水内核，可能单独存在，也可能与其他结构域组合。

NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦注：在本文中的叙述中，所有输入PubMED检索框中的内容均用<>符号括起来，如以基因治疗为主题词检索，在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therapy"[MESH]>。

PubMed简介PubMed是由隶属于美国国家卫生部（NIH, National Institues of Health）的国家医学图书馆（NLM, Nationa Library of Medicine）下属的国家生物技术信息中心（NCBI, National Center for Biotechnology Information）提供，可通过NCBI网站的Entrez检索系统（Entrez retrieval system）进行MEDLINE和PreMEDLINE引文数据库的在线免费检索。

此外，PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务，与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据，提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA 与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。

Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统，可检索NCBI网站的主要数据库，如PubMed，核酸与蛋白序列，基因组序列，蛋白结构，OMIM等等。

PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库，此外，它还针对网上资源，提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源，如核酸蛋白序列、OMIM入口等，以及其它生命科学数据库。

其文献内容的提供方式，由各期刊出版商在期刊发表前可发表时提供给NCBI。

如果该出版商有网站，则NCBI会提供相应的网络出口。

MEDLINE 及PubMed引文数据库中的新条目在每周周二至周六每日更新。

PubMed服务内容概括基于互联网及PreMEDLINE引文数据库免费检索系统。

NCBI中Blast种类及使用简介NCBI中Blast种类简介1． Blast Assembled Genomes在一个选择的物种基因组序列中去搜索。

2．Basic Blast2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸数据库中进行搜索，包括3个程序2.1.1 Blastn----核酸序列（n）到核酸序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。

2.1.2 megablast----该程序使用“模糊算法”加快了比较速度,可以用于快速比较两大系列序列。

可以用来搜索一匹ESTs序列和大的cDNA或基因组序列, 适用于由于测序或者其他原因形成的轻微的差别的序列之间的比较2.1.3 discontiguous megablast----与megablast不同的是主要用来比较来自不同物种之间的相似性较低的分歧序列。

2.2 Protein Blast2.2.1 Blastp ---蛋白质序列到蛋白质序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。

2.2.2 psi-blast---位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。

所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。

这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。

2.2.3 PHI-BLAST---以常规的表达模型为特别位置进行PSI - BLAST检索,找出和待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。

2.3 Translating BLAST2.3.1 blastx----先将待查询的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI 蛋白质序列数据库比较。

2.3.2 tblastn-----先将核酸序列数据库中的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列与翻译结果进行比较。

entrez 检索实例摘要：一、Entrez 简介二、检索方式1.关键词检索2.作者检索3.文献标题检索4.高级检索三、检索结果1.结果排序2.结果展示3.查看摘要和全文四、其他功能1.生物信息检索2.高级检索功能正文：Entrez 是一个生物医学搜索引擎，为用户提供生命科学领域的文献检索服务。

用户可以通过输入关键词、作者姓名、文献标题等进行检索，检索结果按照相关性排序，方便用户找到所需信息。

一、Entrez 简介Entrez 是国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一款生物医学搜索引擎，旨在为生命科学研究者提供便捷的文献检索服务。

除了文献检索功能外，Entrez 还提供基因、蛋白质等生物信息检索功能，满足用户多样化的需求。

二、检索方式Entrez 支持多种检索方式，包括关键词检索、作者检索、文献标题检索以及高级检索。

1.关键词检索：用户输入关键词后，Entrez 会检索包含这些关键词的所有文献。

关键词之间可以用空格分隔，也可以使用布尔操作符（AND、OR、NOT）进行组合。

2.作者检索：用户输入作者姓名，Entrez 会检索该作者发表的所有文献。

支持输入作者的全名或部分名字。

3.文献标题检索：用户输入文献标题，Entrez 会检索包含该标题的文献。

4.高级检索：Entrez 支持高级检索功能，用户可以限制检索范围（如文献类型、发表年份等）、使用布尔操作符组合关键词等。

三、检索结果Entrez 会根据检索词的相关性对检索结果进行排序，用户可以轻松找到最相关的文献。

检索结果页面会展示文献的标题、作者、期刊名称、发表年份等信息，用户还可以查看文献的摘要和全文。

四、其他功能除了基本的文献检索功能外，Entrez 还提供基因、蛋白质等生物信息检索功能，满足用户在生物医学领域的多样化需求。

此外，Entrez 的高级检索功能让用户可以更精确地定位所需信息。

1.生物信息学（bioinformatics）：是一门综合运用生物学、数学、物理学、信息科学以及计算机科学等诸多学科的理论方法，以互联网为媒介、数据库为载体、利用数学和计算机科学对生物学数据进行储存、检索和处理分析，并进一步挖掘和解读生物学数据。

2.Genom基因组：某一物种的一套完整染色体组中的所有遗传物质。

其大小一般以其碱基对总数表示的表格。

3.数据库查询（database query）：是指对序列、结构以及各种二次数据中的注释信息进行关键词匹配查找检索。

4.数据库搜索（database search）：在分子生物信息学中有特定含义，它是指通过特定的序列相似性比对算法，找出核酸或蛋白质序列数据库中与检测序列具有一定程度相似性的序列。

Entrez检索系统：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。

5.BLAST：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。

6.Alignment：比对，从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点，以期能够推测它们的结构、功能以及进化上的联系。

7.表达序列标签（EST）：某个基因cDNA克隆测序所得的部分序列片段，长度约为200-600bp。

EST可以定位出基因在genome上的位置。

8.开放阅读框（ORF）：开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列。

In Silico Cloning电子克隆：利用种子序列从EST及UniGene数据库中搜索相似性序列，进行拼装、检索、分析等，以此获得目标基因的全称cDNA，在此基础上也能够实现基因作图定位。

9.Contig：即重叠群，把含有STS序列标签位点的基因片段分别测序后，重叠分析就可以得到完整的染色体基因组序列。

10.Homology modeling同源建模：是目前最为成功且实用的蛋白质结构预测方法，它的前提是已知一个或多个同源蛋白质的结构。

转载)分子生物学相关数据库综合数据库：Entrez由NCBI开发的一个数据库检索系统，它综合了下述各大数据库的信息，包括核酸、蛋白以及Medline文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。

因此，可以从一个序列查询到蛋白产物以及相关的结构、功能和文献信息，详见NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介。

EBI欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute,EBI)是EMBL的分部，位于英国Hinxton的Wellcome Trust Genome Campus。

EBI维护和发布的数据库：üEMBL核酸数据库、欧洲原始核酸数据资源库üSwissProt蛋白质序列数据库[与瑞士生物信息学协会(Swiss Institute for Bioinformatics,SIB)的Amos Bairroch合作]üTrEMBL(SwissProt的附属数据库，由EMBL数据库编码序列翻译而来的蛋白质序列数据库)ü分子结构数据库(Molecular Structure Database,MSD)[与Brookhaven 国家实验室(纽约)的蛋白质三维结构数据库(Protein Data Bank,PDB)合作]ü放射杂交数据库(Radiation Hybrid database,RHdb)ü其他组织合作产生的分子生物学数据库：EBI还提供网络服务，通过互联网、其WEB界面和FTP服务器可以访问最新收集到的数据，同时也提供数据库和序列相似性的搜索工具。

核酸数据库：GenBankGenBank是NIH的基因序列数据库，由美国国立卫生研究院全国生物技术信息中心（NCBI）建立并维护，是所有公开的DNA序列的集合( Nucleic Acids Research 1998 Jan 1;26(1):1-7)，GenBank包含所有已知的核苷酸及蛋白质序列、以及与之相关的生物学信息和参考文献，是世界上的权威序列数据库。

PubMed简介及使用说明壹、简介PubMed为美国国家医学图书馆的美国国家生技资讯中心(NCBI)所制作之生物医学相关文献的书目索引摘要型资料库，目前收录1950年以来约1400多万笔生物医学相关书目资料，并提供部分免费及付费全文连结服务，需要收费的全文，读者可自行与出版社接洽。

较之于MEDLINE资料以生物医学、生命科学、生化学、行为科学为主，PubMed 资料库范围更涵盖了如下内容：1. 对于超出学科范围(如：资讯科学、航太科学) 的特定生命科学、医学、化学相关之期刊文章都会收录于本资料库中；2. 收录即将出版的医学论文；3. 已由NLM审核通过并已由PubMed Central典藏的全文文献亦收录之。

美国国家生技资讯中心(NCBI)制作了一系列的生物医学资料库如下：1.PubMed：生物医学文献书目索引摘要资料库。

2.Nucleotide：包含GenBank、RefSeq、PDB资料库中的人类基因序列资料。

3.Protein：整合了SwissProt、PIR、PRF、PDB、GenBank及RefSeq资料库中的资料，并可参照Taxonomy资料库，了解特定种类的蛋白质的在资料库中分类状况的相关说明。

4.Structure：分子构造资料库。

5.Genome：基因组合序列资料库。

6.PopSet：可查询某族群的基因序列，了解该族群演进之相关资料。

7.OMIM：遗传学资料库。

8.Taxonomy：在NCBI基因资料库中提及的微生物的核酸或蛋白质序列的分类状况之相关说明。

9.Books：收录C. elegans II.、Introduction to Genetic Analysis. 7th ed.、ModernGenetic Analysis.、Molecular Biology of the Cell. 3rd ed.、Molecular Cell Biology. 4th ed.、Retroviruses.等六本书。

如何利用NCBI的资源与工具检索基因／基因编码产物的功能美国国立生物技术信息中心（NCBI）是目前国际上几个重要的生物信息学网站之一，Entrez是NCBI的数据库检索查询系统，BLAST是NCBI开发的序列相似搜索程序，本文重点介绍如何利用Entrez检索查询系统以及BLAST序列相似搜索程序在NCBI的多个数据库中检索基因/基因编码产物的功能。

Abstract：NCBI （National Center for Biotechnology Information）is one of the most important international bioinformatics websites. Entrez is database searching system of NCBI.BLAST is sequence similarity searching program developed by NCBI. This article introduces the skills of searching the function of a gene or gene product by Entrez and BLAST in several database of NCBI.Key words：NCBI；Bioinformatics；Function of gene；Entrez；BLAST21世紀是生命科学的时代，也是信息时代，生物信息学在这样的历史环境中孕育而生。

美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）是目前国际上几个重要的生物信息学网站之一，它的任务就是发展新的信息学技术以促进医学与生物学的进展。

Entrez是NCBI的数据库检索查询系统，它是基于Web界面的综合生物信息数据库检索系统；BLAST 是NCBI开发的序列相似搜索程序，可作为鉴别基因和遗传特点的手段。

entrez基因标识符Entrez基因标识符是一种用于标识和检索基因序列和相关信息的系统。

它是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发和维护的，是生物学研究中常用的基因标识符之一。

在本文中，我们将介绍Entrez基因标识符的作用、用途以及相关的研究进展。

我们来了解一下Entrez基因标识符的定义和特点。

Entrez基因标识符是一个由数字和字母组成的字符串，用于唯一标识每个基因的序列和相关信息。

它可以用于检索基因的详细信息，如基因序列、功能注释、表达谱、变异信息等。

使用Entrez基因标识符，研究人员可以方便地获取基因的相关信息，从而深入研究基因的功能和调控机制。

Entrez基因标识符的应用非常广泛。

首先，它在基因组学研究中起到了至关重要的作用。

研究人员可以通过Entrez基因标识符来检索和比较不同物种的基因序列，从而研究基因的进化关系和功能演变。

此外，Entrez基因标识符还可以用于研究基因的表达调控。

研究人员可以通过分析基因的表达谱数据，了解基因在不同组织和发育阶段的表达模式，从而揭示基因的功能和调控机制。

除了在基因组学研究中的应用，Entrez基因标识符还在疾病研究和药物开发中发挥着重要作用。

研究人员可以通过Entrez基因标识符来研究与疾病相关的基因变异，从而揭示疾病的发病机制和预后。

此外，基于Entrez基因标识符的药物靶点预测和药物筛选也成为了一种常用的方法。

研究人员可以通过分析基因的功能注释和相互作用网络，预测潜在的药物靶点，并筛选出具有治疗潜力的候选药物。

近年来，随着高通量测序技术的发展，Entrez基因标识符的应用也越来越广泛。

研究人员可以通过Entrez基因标识符来分析大规模基因组数据，如转录组、蛋白质组和代谢组数据，从而揭示基因的功能和调控网络。

此外，Entrez基因标识符还可以用于构建基因表达谱的数据库和在线工具，为研究人员提供便利和支持。

Entrez基因标识符是生物学研究中常用的基因标识符之一，具有广泛的应用价值。