浏览EBI
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Internet的应用选择题1.HTML是指。
A.超文本标记语言 B.超文本文件C.超媒体文件 D.超文本传输协议2.Internet中URL的含义是。
A.统一资源定位器 B.Internet协议C.简单邮件传输协议 D.传输控制协议3.URL的含义是。
A.信息资源在网上什么位置和如何访问的统一的描述方法B.信息资源在网上什么位置及如何定位寻找的统一的描述方法C.信息资源在网上的业务类型和如何访问的统一的描述方法D.信息资源的网络地址的统一描述方法4.Internet Explorer浏览器本质上是一个。
A.连入Internet的TCP/IP程序B.连入Internet的SNMP程序C.浏览Internet上Web页面的服务器程序D浏览Internet上Web页面的客户程序5.要在IE中停止下载网页,请按。
A.Esc键 B.Ctrl+W键c.BackSpace键 D.Delete键6.要在IE中返回上一页,应该。
A.单击“后退”按钮 B按F4键c.按Delete键 D.按Ctrl+D键7.在Internet Explorer常规大小窗口和全屏幕模式之间切换,可按v。
A.F5键 B.F11键 c.Ctrl+D键 D.Ctrl+F键8.要打开新Internet Explorer窗口,应该。
A.按Ctrl+N键 B.按F4键C.按Ctrl+D键 D.按回车键9.要想在IE中看到您最近访问过的网站的列表可以。
A.单击“后退”按钮·B.按BackSpace键C.按Ctrl+F键D.单击“标准按钮”工具栏上的“历史”按钮10.如果想在Internet上搜索有关Detroit Pistons(底特律活塞)篮球队方面的信息,用关键词可能最有效。
A."Detroit Pistons" B.basketball(篮球)C.Detroit pistons D.Sports(体育)11.在Internet上搜索信息时,下列说法不正确的是。
生物信息学网站分子生物学数据库综合目录1. SRS序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器) http://www.embl-heidelberg.ed/srs5/2. 分子生物学数据库及服务器概览/people/pkarp/mimbd/rsmith.html3. BioMedNet图书馆4. DBGET数据库链接http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html5. 哈佛基因组研究数据库与精选服务器6. 约翰. 霍普金斯大学(Johns Hopkins University) OWL网络服器/Dan/proteins/owl.html7. 生物网络服务器索引,USCS /network/science/biology/index.html8. 分子生物学数据库列表(LiMB) gopher:///11/molbio/other9. 病毒学的WWW服务器,UW-Madison /Welcome.html10. UK MRC 人类基组图谱计划研究中心/11. 生物学家和生物化学家的WWW资源http://www.yk.rim.pr.jp/~aisoai/index.html12. 其他生物网络服务器的链接/biolinks.html13. 分子模型服务器与数据库/lap/rsccom/dab/ind006links.html14. EMBO实际结构数据库http://xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html15. 蛋白质科学家的网络资源/protein/ProSciDocs/WWWResources.html16. ExPASy分子生物学服务器http://expasy.hcuge.ch/cgi-bin/listdoc17. 抗体研究网页18. 生物信息网址http://biochem.kaist.ac.kr/bioinformatics.html19. 乔治.梅森大学(George Mason University)的生物信息学与计算分子生物学专业/~michaels/Bioinformatics/20. INFOBIOGEN数据库目录biogen.fr/services/dbcat/21. 国家生物技术信息研究室/data/data.html22. 人类基因组计划情报/TechResources/Human_Genome23. 生物学软件及数据库档案/Dan/software/biol-links.html24. 蛋白质组研究:功能基因组学的新前沿(著作目录) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/LivreTOC.html序列与结构数据库一.主要的公共序列数据库1. EMBL WWW服务器http://www.EMBL-heidelberg.ed/Services/index.html2. Genbank 数据库查询形式(得到Genbank的一个记录) /genbank/query_form.html3. 蛋白质结构数据库WWW服务器(得到一PDB结构) 4. 欧洲生物信息学研究中心(EBI) /5. EBI产业支持/6. SWISS-PROT(蛋白质序列库) http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html7. 大分子结构数据库/cgi-bin/membersl/shwtoc.pl?J:mms8. Molecules R Us(搜索及观察一蛋白质分子) /modeling/net_services.html9. PIR国际蛋白质序列数据库/Dan/proteins/pir.html10. SCOP(蛋白质的结构分类),MRC /scop/data/scop.l.html11. 洛斯阿拉莫斯的HIV分子免疫数据库/immuno/index.html12. TIGR数据库/tdb/tdb.html13. NCBI WWW Entrez浏览器/Entrez/index.html14. 剑桥结构数据库(小分子有机的及有机金属的结晶结构) 15. 基因本体论坛/GO/二. 专业数据库1. ANU生物信息学超媒体服务(病毒数据库、分类及病毒的命名法) .au/2. O-GL YCBASE(O联糖基化蛋白质的修订数据库) http://www.cbs.dtu.dk/OGLYCBASE/cbsoglycbase.html3. 基因组序列数据序(GSDB)(已注释的DNA序列的关系数据序) 4. EBI蛋白质拓扑图/tops/Serverintermed.html5. 酶及新陈代谢途径数据库(EMP) /6. 大肠杆菌数据库收集(ECDC)(大肠杆菌K12的DNA序列汇编) http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html7. EcoCyc(大肠杆菌基因及其新陈代谢的百科全书) /ecocyc/ecocyc.html8. Eddy实验室的snoRNA数据库/snoRNAdb/9. GenproEc(大肠杆菌基因及蛋白质) /html/ecoli.html10. NRSub(枯草芽胞杆菌的非冗余数据库) http://pbil.univ-lyonl.fr/nrsub/nrsub.html11. YPD(酿酒酵母蛋白质) /YPDhome.html12. 酵母基因组数据库/Saccharomyces/13. LISTA、LISTA-HOP及LISTA-HON(酵母同源数据库汇编) /14. MPDB(分子探针数据库) http://www.biotech.est.unige.it/interlab/mpdb.html15. tRNA序列及tRNA基因序列汇编http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/index/html16. 贝勒医学院(Baylor College of Medicine)的小RNA数据库/dbs/SRPDB/SRPDB.html17. SRPDB(信号识别粒子数据库) /dbs/SRPDB/SRPDB.html18. RDP(核糖体数据库计划) /19. 小核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html20. 大核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/lsu/index.html21. RNA修饰数据库/RNAmods/22. 16SMDB及23SMDB(16S和23S核糖体RNA突变数据库)/Departments/Biology/Databases/RNA.html23. SWISS-2DPAGE(二维凝胶电泳数据库) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d-top.html24. PRINTS /bsm/dbbrowser/PRINTS/PRINTS.html25. KabatMan(抗体结构及序列信息数据库) /abs26. ALIGN(蛋白质序列比对一览) /bsm/dbbrowser/ALIGN/ALIGN.html27. CATH(蛋白质结构分类系统) /bsm/cath28. ProDom(蛋白质域数据库) http://protein.toulouse.inra.fr/29. Blocks数据库(蛋白质分类系统) /30. HSSP(按同源性导出的蛋白质二级结构数据库) http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/31. FSSP(基于结构比对的蛋白质折叠分类) /dali/fssp/fssp.html32. SBASE蛋白质域(已注释的蛋白质序列片断) http://www.icgeb.trieste.it/~sbasessrv/33. TransTerm(翻译控制信号数据库) /Transterm.html34. GRBase(参与基因调控的蛋白质的相关信息数据库) /~regulate/trevgrb.html35. REBASE(限制性内切酶和甲基化酶数据库) /rebase/36. RNaseP数据库/RNaseP/home.html37. REGULONDB(大肠杆菌转录调控数据库) http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/38. TRANSFAC(转录因子及其DNA结合位点数据库) http://transfac.gbf.de/39. MHCPEP(MHC结合肽数据库) .au/mhcpep/40. ATCC(美国菌种保藏中心) /41. 高度保守的核蛋白序列的组蛋白序列数据库/Baxevani/HISTONES42. 3Dee(蛋白质结构域定义数据库) /servers/3Dee.html43. InterPro(蛋白质域以及功能位点的完整资源) /interpro/序列相似性搜索1. EBI序列相似性研究网页/searches/searches.html2. NCBI: BLAST注释/BLAST3. EMBL的BLITZ ULTRA快速搜索/searches/blitz_input.html4. EMBL WWW服务器http://www.embl-heidelberg.de/Services/index.html#55. 蛋白质或核苷酸的模式浏览/compbio/PatScan/HTML/patscan.html6. MEME(蛋白质超二级结构模体发现与研究) /meme/website7. CoreSearch(DNA序列保守元件的识别) http://www.gsf.de/biodv/coresearch.html8. PRINTS/PROSIT浏览(搜索motif数据库) /cgi-bin/attwood/SearchprintsForm.pl9. 苏黎世ETH服务器的DARWIN系统http://cbrg.inf.ethz.ch/10. 利用动态规划找出序列相似性的Pima IIhttp://bmerc-www.bu.ede/protein-seq/pimaII-new.html11. 利用与模式库进行哈希码(hashcode)比较找到序列相似性的DashPat /protein-seq/dashPat-new.html12. PROPSEARCH(基于氨基酸组成的搜索) http://www.embl-heidelberg.de/aaa.html13. 序列搜索协议(集成模式搜索) /bsm/dbbrowser/protocol.html14. ProtoMap(SEISS-PROT中所有蛋白质的自动层次分类) http://www.protomap.cs.huji.ac.il/15. GenQuest(利用Fasta、Blast、Smith-Waterman方法在任意数据库中搜索) http://www.gdb.rog/Dan/gq/gq.form.html16. SSearch(对特定数据库的搜索) http://watson.genes.nig.ac.jp/homology/ssearch-e_help.html17. Peer Bork搜索列表(motif/模式序列谱搜索) http://www.embl-heidelberg.de/~bork/pattern.html18. PROSITE数据库搜索(搜索序列的功能位点) /searches/prosite.html19. PROWL(Skirball研究中心的蛋白质信息检索) /index.html序列和结构的两两比对1. 蛋白质两两比对(SIM) http://expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html2. LALNVIEW比对可视化观察程序ftp://expasy.hcuge.ch/pub/lalnview3. BCM搜索装置(两两序列比对) /seq-search/alignment.html4. DALI蛋白质三维结构比较/dali/5. DIALIGN(无间隙罚分的比对程序) http://www.gsf.de/biodv/dialign/html多重序列比对及系统进行树1. ClustalW(BCM的多重序列比对) /multi-align/multi-align.html2. PHYLIP(推测系统进行树的程序) /phylip.html3. 其它系统进行树程序,PHYLIP文档的汇编http://expasy.hcuge.ch/info/phylogeny.html4. 系统进行树分析程序(生命树列表) /tree/programs/programs.html5. 遗传分类学软件(Willi hennig协会提供的列表) /education.html6. 用于多重序列比对的BCM搜索装置/multi-align/multi-align.html7. AMAS(分析多重序列比对中的序列) /servers/amas_server.html8. 维也纳RNA二级结构软件包http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/四. 有代表性的预测服务器1. PHD蛋白质预测服务器,用于二级结构、水溶性以及跨膜片断的预测http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html2. PhdThreader(利用逆折叠方法预测、识别折叠类) http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/phd_help.html3. PSIpred(蛋白质结构预测服务器) /psipred4. THREADER(戴维. 琼斯) /~jones/threader.html5. TMHMM(跨膜螺旋蛋白的预测) http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/6. 蛋白质结构分析,BMERC /protein-seq/protein-struct.html7. 蛋白质域和折叠预测的提交表http://genome.dkfz-heidelberg.de/nnga/def-query.html8. NNSSP(利用最近相邻法预测蛋白质的二级结构) /pss/pss.html9. Swiss-Model(基于知识的蛋白质自动同源建模服务器) http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html10. SSPRED(用多重序列比对进行二级结构预测) /jong/predict/sspred.html11. 法国IBCP的SOPM(自寻优化预测方法、二级结构) http://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopm.html12. TMAP(蛋白质跨膜片断的预测服务) http://www.embl-heidelberg.de/tmap/tmap_info.html13. TMpred(跨膜区域和方向的预测) /software/TMPRED_form.html14. MultPredict(多重序列比对的序列的二级结构) /zpred.html15. BCM搜索装置(蛋白质二级结构预测) /seq-search/struc-predict.html16. COILS(蛋白质的卷曲螺旋区域预测) /software/coils/COILS_doc.html17. Coiled Coils(卷曲螺旋) /depts/biol/units/coils/coilcoil.html18. Paircoil(氨基酸序列中的卷曲螺旋定位) /bab/webcoil.html19. PREDATOR(由单序列预测蛋白质二级结构) http://www.embl-heidelberg.de/argos/predator/predator_info.html20. EV A(蛋白质结构预测服务器的自动评估) /eva/五. 其他预测服务器1. SignalP (革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真核生物蛋白质的信号肽及剪切位点) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/2. PEDANT(蛋白质提取、描述及分析工具) http://pedant.mips.biochem.mpg.de/六. 分子生物学软件链接1. 生物信息学可视化工具/alan/VisSupp/2. EBI分子生物学软件档案/software/software.html3. BioCatalog /biocat/e-mail_Server_ANAL YSIS.html4. 生物学软件和数据库档案/Dan/softsearch/biol-links.html5. UC Santa Cruz的序列保守性HMM的SAM软件/research/compbio/sam.html七. 网上博士课程1. 生物计算课程资源列表:课程大纲http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/syllabi.html2. 生物序列分析和蛋白质建模的Ph.D课程http://www.cbs.dtu.dk/phdcourse/programme.html3. 分子科学虚拟学校/vsms/sbdd/4. EMBnet 生物计算指南http://biobase.dk/Embnetut/Universl/embnettu.html5. 蛋白质结构的合作课程/PPS/index.html6. 自然科学GNA虚拟学校http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Vsns/index.html7. 分子生物学算法/education/courses/590bi。
实验一生物信息学数据库浏览与数据库检索实验原理:生物信息学数据库是一切生物信息分析的基础,目前,国际上已经形成了数以百计的生物信息数据库,在各种生物信息学数据库中,最为重要的还是收集DNA序列的核酸序列数据库:EMBL数据库(),GenBank数据库()和DDBJ (DNA Data Bank of Japan)数据库(http://www.ddbj.nig.ac.jp)。
数据库分为一级数据库和二级数据库。
数据库检索系统中较为著名的也是常用的是NCBI开发的Entrez系统。
实验目的与要求:通过浏览和检索常用的核酸基本数据库,熟悉三大著名的核酸公共数据库及数据库格式,了解其包含的具体内容,并能够在不同数据格式之间进行熟练转换;熟练掌握数据库检索的各种方法。
(1)要求学生通过浏览生物信息学重要的数据库,了解数据库的格式及数据格式(2)通过检索掌握数据库检索工具的使用、方法及技巧(3)掌握数据库资源的检索方法实验材料:(1)实验基因SOD 基因Glycoside Hydrolase基因(2)数据库GenBank ()EMBL ()Cazy()NAR(/)工具软件:Entrez ()实验内容:一、利用数据库检索的工具Entrez在初级数据库GENBANK或EMBL检索有关SOD(superoxide dismutase)基因的核酸与蛋白质序列信息(1)进入NCBI主页()(2)进入Entrez主页(3)输入自己确定的关键词,检索SOD(superoxide dismutase)基因(4)在核酸和蛋白质数据库中分别浏览检索到的结果,任选一个物种(真核生物)查看SOD 基因的核酸和蛋白质序列(5)依次学习各条目的具体内容,并浏览该数据库条目中的每个超连接(6)使用related information功能查看map viewer,了解SOD的染色体分布情况等情况(7)在核酸数据库中,通过display view将蛋白质序列转换为FASTA格式,将记录的FASTA 说明部分和第一行序列(8)在蛋白质数据库,点击advanced超链接,学习使用其检索每一特定物种的SOD蛋白回答以下问题:检索关键词是什么?KEYWORDS RefSeq.SOD 核酸的FASTA说明部分和第一行序列>gi|998745920|ref|NC_029304.1| Cnaphalocrocismedinalisgranulovirus strain Enping, complete genome ATGGGCTACTATTCTAAATCACTACGTCACAGCCGCCACAACGGCACCACTTGTGTAATCGACAACCAC A该数据库记录的物种来源是什么?SOURCE Cnaphalocrocismedinalisgranulovirus该数据库记录是何时提交到数据库的?22-FEB-2016其分子类型、序列长度分别是?111246 bp DNA请列举两篇有关SOD的文献。
三大生物信息中心浏览1.NCBI/NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心,NCBI是NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支。
a)Pubmed 文献数据库b)All databases 点击进入entrez主界面c)Blast 序列相似性搜索d)Genome 基因组数据e)Omim Online Mendelian Inheritance in Manf)Books 电子书籍g)Taxbrowser 物种分类,进化关系h)Structure 结构数据库2.EBI/European Bioinformatics Institute,是一个非盈利性的学术机构,是欧洲分子生物学实验室(EMBL,全称是European Molecular Biology Laboratory,位于德国海德尔堡,是世界上著名的生命科学研究机构。
)的一部分。
它的主要任务是建立、维护和提供生物学数据库以及信息学服务,从而支持生物学数据的存放和进一步挖掘。
3.DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.htmlDNA Data Bank of Japan于1984年建立,是世界三大DNA 数据库之一,与NCBI的GenBank,EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库,每日都交换更新数据和信息。
DDBJ主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号,信息来源主要是日本的研究机构,亦接受其他国家呈递的序列。
(二)序列查询Table 1.1 Accession Number of partial RefSeq sequencesrefSeq数据库部分登录号意义NM:mRNANP: ProteinNR: RNA (non-coding transcripts)NG: Genome (incomplete genomic region)NT: Genomic (BAC sequence assemblies)NW: Genomic (WGS sequence assemblies)NC: Genomic (Complete genomic molecules)XM: mRNA (Genome Annotation)XR: RNA (Genome Annotation)XP: Protein (Genome Annotation)1. ENTREZ/sites/gqueryEntrez是一个由NCBI创建并维护的基于Web界面的综合生物信息数据库检索系统。
ebi数据库使用方法EBI(European Bioinformatics Institute)是一个致力于提供生物信息学研究所需的各种资源和工具的数据库。
以下是关于如何使用EBI数据库的简要介绍。
首先,要访问EBI数据库,你可以在浏览器中输入EBI的官方网站地址。
一旦进入官网,你会看到不同的数据库和工具列表。
EBI数据库涵盖了许多领域,如基因组、蛋白质、生物图像、化学信息学等。
你可以根据实际需求选择相应的数据库进行使用。
例如,如果你对基因组学感兴趣,你可以选择访问Ensembl数据库,该数据库提供了许多不同物种的基因组数据。
你可以通过输入基因名、蛋白质ID等关键词来搜索相关信息。
此外,如果你需要访问蛋白质相关数据,你可以选择PDB(Protein Data Bank)数据库。
PDB收集了全球各地关于蛋白质的结构数据。
你可以通过输入PDB ID或蛋白质名称来查找特定蛋白质的结构信息。
另一个常用的数据库是UniProt,它是非常详尽和全面的蛋白质数据库。
你可以通过输入UniProt ID或蛋白质的序列信息来获取相关的蛋白质功能和特性。
此外,EBI还提供了许多其他有用的数据库和工具,如EMBL-EBI Tools、EB-eye搜索引擎和ENA等。
你可以根据自己的需要浏览官方网站的导航栏以找到你需要的数据库和工具。
在使用EBI数据库时,你可以按照数据库提供的搜索功能进行数据查询,也可以通过下载数据文件来进行离线分析。
此外,EBI还提供了丰富的文档和教程,以帮助用户更好地使用各种数据库和工具。
总之,EBI数据库是一个重要的生物信息学资源,提供了丰富的生物数据和工具。
通过合理利用EBI数据库,你可以方便地访问和分析各种生物信息数据,从而加深对生命科学的理解和研究。
希望这篇简要介绍对你有所帮助!。
ie浏览器功能IE浏览器(Internet Explorer)是微软公司开发的一款网页浏览器,自1995年首次发布以来,成为最受欢迎和最广泛使用的浏览器之一。
IE浏览器具有许多强大的功能,以下是其中一些重要的功能:1. 网页浏览:IE浏览器可以加载和显示网页,支持HTML、CSS、JavaScript等网页技术,能够显示丰富的网页内容。
2. 书签管理:IE浏览器允许用户创建和管理书签,用户可以将经常访问的网页添加到书签中,方便下次快速打开。
3. 隐私保护:IE浏览器提供隐私保护功能,例如隐私浏览模式(InPrivate Browsing),可以在不留下浏览记录的情况下浏览网页。
4. 扩展插件:IE浏览器支持插件扩展,用户可以通过安装插件来增加浏览器的功能,例如广告拦截插件、下载管理插件等。
5. 安全性:IE浏览器具有一系列安全功能,包括防止恶意软件的SmartScreen过滤器和安全区域设置等,以保护用户免受恶意网站和下载的威胁。
6. 多标签浏览:IE浏览器支持多标签浏览,用户可以在同一个窗口中打开多个网页,并通过标签进行切换,提高浏览效率。
7. 自动完成:IE浏览器具有自动填充表单的功能,可以记住用户的用户名和密码等个人信息,方便用户在下次访问时自动填充。
8. 网页打印:IE浏览器允许用户将网页内容打印出来,可以选择打印范围、页面布局和打印设置等。
9. 开发者工具:IE浏览器内置了一些开发者工具,如DOM Explorer、网络分析器等,方便开发者进行网页调试和优化。
10. 兼容性支持:IE浏览器具有良好的兼容性,可以正常显示大多数网页内容,尤其是一些老旧的网页或基于IE内核的网页。
总而言之,IE浏览器是一款功能强大且稳定的网页浏览器,具有丰富的功能和良好的兼容性,适用于各种不同的网络浏览需求。
维基百科的访问方法如今,维基百科已成为我们获取信息的重要途径之一。
维基百科是一个由全球志愿者共同编辑的网上百科全书,涵盖了广泛的主题,从历史事件到科学知识,几乎涵盖了人类所知的一切领域。
下面介绍几种常见的访问维基百科的方法。
1. 使用互联网浏览器访问维基百科:您可以通过任何一款常见的互联网浏览器(如Google Chrome,Mozilla Firefox,Microsoft Edge等)访问维基百科。
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2. 使用维基百科的移动应用程序:如果您更喜欢使用手机或平板电脑进行浏览,那么您可以下载维基百科的移动应用程序。
这些应用程序提供了更加便捷的界面和浏览体验,让您可以随时随地访问维基百科的内容。
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3. 通过搜索引擎访问维基百科:您还可以通过搜索引擎来访问维基百科。
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我们应该保持批判性思维,辨别信息的真实性和准确性,并在需要时参考其他可靠的来源。
总而言之,访问维基百科的方法非常简单且多样化。
无论是使用互联网浏览器,移动应用程序还是搜索引擎,我们都可以轻松地获取到维基百科所提供的丰富知识。
生物信息学网站分子生物学数据库综合目录1. SRS序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器) http://www.embl-heidelberg.ed/srs5/2. 分子生物学数据库及服务器概览/people/pkarp/mimbd/rsmith.html3. BioMedNet图书馆4. DBGET数据库链接http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html5. 哈佛基因组研究数据库与精选服务器6. 约翰. 霍普金斯大学(Johns Hopkins University) OWL网络服器/Dan/proteins/owl.html7. 生物网络服务器索引,USCS /network/science/biology/index.html8. 分子生物学数据库列表(LiMB) gopher:///11/molbio/other9. 病毒学的WWW服务器,UW-Madison /Welcome.html10. UK MRC 人类基组图谱计划研究中心/11. 生物学家和生物化学家的WWW资源http://www.yk.rim.pr.jp/~aisoai/index.html12. 其他生物网络服务器的链接/biolinks.html13. 分子模型服务器与数据库/lap/rsccom/dab/ind006links.html14. EMBO实际结构数据库http://xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html15. 蛋白质科学家的网络资源/protein/ProSciDocs/WWWResources.html16. ExPASy分子生物学服务器http://expasy.hcuge.ch/cgi-bin/listdoc17. 抗体研究网页18. 生物信息网址http://biochem.kaist.ac.kr/bioinformatics.html19. 乔治.梅森大学(George Mason University)的生物信息学与计算分子生物学专业/~michaels/Bioinformatics/20. INFOBIOGEN数据库目录biogen.fr/services/dbcat/21. 国家生物技术信息研究室/data/data.html22. 人类基因组计划情报/TechResources/Human_Genome23. 生物学软件及数据库档案/Dan/software/biol-links.html24. 蛋白质组研究:功能基因组学的新前沿(著作目录) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/LivreTOC.html序列与结构数据库一.主要的公共序列数据库1. EMBL WWW服务器http://www.EMBL-heidelberg.ed/Services/index.html2. Genbank 数据库查询形式(得到Genbank的一个记录) /genbank/query_form.html3. 蛋白质结构数据库WWW服务器(得到一PDB结构) 4. 欧洲生物信息学研究中心(EBI) /5. EBI产业支持/6. SWISS-PROT(蛋白质序列库) http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html7. 大分子结构数据库/cgi-bin/membersl/shwtoc.pl?J:mms8. Molecules R Us(搜索及观察一蛋白质分子) /modeling/net_services.html9. PIR国际蛋白质序列数据库/Dan/proteins/pir.html10. SCOP(蛋白质的结构分类),MRC /scop/data/scop.l.html11. 洛斯阿拉莫斯的HIV分子免疫数据库/immuno/index.html12. TIGR数据库/tdb/tdb.html13. NCBI WWW Entrez浏览器/Entrez/index.html14. 剑桥结构数据库(小分子有机的及有机金属的结晶结构) 15. 基因本体论坛/GO/二. 专业数据库1. ANU生物信息学超媒体服务(病毒数据库、分类及病毒的命名法) .au/2. O-GL YCBASE(O联糖基化蛋白质的修订数据库) http://www.cbs.dtu.dk/OGLYCBASE/cbsoglycbase.html3. 基因组序列数据序(GSDB)(已注释的DNA序列的关系数据序) 4. EBI蛋白质拓扑图/tops/Serverintermed.html5. 酶及新陈代谢途径数据库(EMP) /6. 大肠杆菌数据库收集(ECDC)(大肠杆菌K12的DNA序列汇编) http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html7. EcoCyc(大肠杆菌基因及其新陈代谢的百科全书) /ecocyc/ecocyc.html8. Eddy实验室的snoRNA数据库/snoRNAdb/9. GenproEc(大肠杆菌基因及蛋白质) /html/ecoli.html10. NRSub(枯草芽胞杆菌的非冗余数据库) http://pbil.univ-lyonl.fr/nrsub/nrsub.html11. YPD(酿酒酵母蛋白质) /YPDhome.html12. 酵母基因组数据库/Saccharomyces/13. LISTA、LISTA-HOP及LISTA-HON(酵母同源数据库汇编) /14. MPDB(分子探针数据库) http://www.biotech.est.unige.it/interlab/mpdb.html15. tRNA序列及tRNA基因序列汇编http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/index/html16. 贝勒医学院(Baylor College of Medicine)的小RNA数据库/dbs/SRPDB/SRPDB.html17. SRPDB(信号识别粒子数据库) /dbs/SRPDB/SRPDB.html18. RDP(核糖体数据库计划) /19. 小核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html20. 大核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/lsu/index.html21. RNA修饰数据库/RNAmods/22. 16SMDB及23SMDB(16S和23S核糖体RNA突变数据库)/Departments/Biology/Databases/RNA.html23. SWISS-2DPAGE(二维凝胶电泳数据库) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d-top.html24. PRINTS /bsm/dbbrowser/PRINTS/PRINTS.html25. KabatMan(抗体结构及序列信息数据库) /abs26. ALIGN(蛋白质序列比对一览) /bsm/dbbrowser/ALIGN/ALIGN.html27. CATH(蛋白质结构分类系统) /bsm/cath28. ProDom(蛋白质域数据库) http://protein.toulouse.inra.fr/29. Blocks数据库(蛋白质分类系统) /30. HSSP(按同源性导出的蛋白质二级结构数据库) http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/31. FSSP(基于结构比对的蛋白质折叠分类) /dali/fssp/fssp.html32. SBASE蛋白质域(已注释的蛋白质序列片断) http://www.icgeb.trieste.it/~sbasessrv/33. TransTerm(翻译控制信号数据库) /Transterm.html34. GRBase(参与基因调控的蛋白质的相关信息数据库) /~regulate/trevgrb.html35. REBASE(限制性内切酶和甲基化酶数据库) /rebase/36. RNaseP数据库/RNaseP/home.html37. REGULONDB(大肠杆菌转录调控数据库) http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/38. TRANSFAC(转录因子及其DNA结合位点数据库) http://transfac.gbf.de/39. MHCPEP(MHC结合肽数据库) .au/mhcpep/40. ATCC(美国菌种保藏中心) /41. 高度保守的核蛋白序列的组蛋白序列数据库/Baxevani/HISTONES42. 3Dee(蛋白质结构域定义数据库) /servers/3Dee.html43. InterPro(蛋白质域以及功能位点的完整资源) /interpro/序列相似性搜索1. EBI序列相似性研究网页/searches/searches.html2. NCBI: BLAST注释/BLAST3. EMBL的BLITZ ULTRA快速搜索/searches/blitz_input.html4. EMBL WWW服务器http://www.embl-heidelberg.de/Services/index.html#55. 蛋白质或核苷酸的模式浏览/compbio/PatScan/HTML/patscan.html6. MEME(蛋白质超二级结构模体发现与研究) /meme/website7. CoreSearch(DNA序列保守元件的识别) http://www.gsf.de/biodv/coresearch.html8. PRINTS/PROSIT浏览(搜索motif数据库) /cgi-bin/attwood/SearchprintsForm.pl9. 苏黎世ETH服务器的DARWIN系统http://cbrg.inf.ethz.ch/10. 利用动态规划找出序列相似性的Pima IIhttp://bmerc-www.bu.ede/protein-seq/pimaII-new.html11. 利用与模式库进行哈希码(hashcode)比较找到序列相似性的DashPat /protein-seq/dashPat-new.html12. PROPSEARCH(基于氨基酸组成的搜索) http://www.embl-heidelberg.de/aaa.html13. 序列搜索协议(集成模式搜索) /bsm/dbbrowser/protocol.html14. ProtoMap(SEISS-PROT中所有蛋白质的自动层次分类) http://www.protomap.cs.huji.ac.il/15. GenQuest(利用Fasta、Blast、Smith-Waterman方法在任意数据库中搜索) http://www.gdb.rog/Dan/gq/gq.form.html16. SSearch(对特定数据库的搜索) http://watson.genes.nig.ac.jp/homology/ssearch-e_help.html17. Peer Bork搜索列表(motif/模式序列谱搜索) http://www.embl-heidelberg.de/~bork/pattern.html18. PROSITE数据库搜索(搜索序列的功能位点) /searches/prosite.html19. PROWL(Skirball研究中心的蛋白质信息检索) /index.html序列和结构的两两比对1. 蛋白质两两比对(SIM) http://expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html2. LALNVIEW比对可视化观察程序ftp://expasy.hcuge.ch/pub/lalnview3. BCM搜索装置(两两序列比对) /seq-search/alignment.html4. DALI蛋白质三维结构比较/dali/5. DIALIGN(无间隙罚分的比对程序) http://www.gsf.de/biodv/dialign/html多重序列比对及系统进行树1. ClustalW(BCM的多重序列比对) /multi-align/multi-align.html2. PHYLIP(推测系统进行树的程序) /phylip.html3. 其它系统进行树程序,PHYLIP文档的汇编http://expasy.hcuge.ch/info/phylogeny.html4. 系统进行树分析程序(生命树列表) /tree/programs/programs.html5. 遗传分类学软件(Willi hennig协会提供的列表) /education.html6. 用于多重序列比对的BCM搜索装置/multi-align/multi-align.html7. AMAS(分析多重序列比对中的序列) /servers/amas_server.html8. 维也纳RNA二级结构软件包http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/四. 有代表性的预测服务器1. PHD蛋白质预测服务器,用于二级结构、水溶性以及跨膜片断的预测http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html2. PhdThreader(利用逆折叠方法预测、识别折叠类) http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/phd_help.html3. PSIpred(蛋白质结构预测服务器) /psipred4. THREADER(戴维. 琼斯) /~jones/threader.html5. TMHMM(跨膜螺旋蛋白的预测) http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/6. 蛋白质结构分析,BMERC /protein-seq/protein-struct.html7. 蛋白质域和折叠预测的提交表http://genome.dkfz-heidelberg.de/nnga/def-query.html8. NNSSP(利用最近相邻法预测蛋白质的二级结构) /pss/pss.html9. Swiss-Model(基于知识的蛋白质自动同源建模服务器) http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html10. SSPRED(用多重序列比对进行二级结构预测) /jong/predict/sspred.html11. 法国IBCP的SOPM(自寻优化预测方法、二级结构) http://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopm.html12. TMAP(蛋白质跨膜片断的预测服务) http://www.embl-heidelberg.de/tmap/tmap_info.html13. TMpred(跨膜区域和方向的预测) /software/TMPRED_form.html14. MultPredict(多重序列比对的序列的二级结构) /zpred.html15. BCM搜索装置(蛋白质二级结构预测) /seq-search/struc-predict.html16. COILS(蛋白质的卷曲螺旋区域预测) /software/coils/COILS_doc.html17. Coiled Coils(卷曲螺旋) /depts/biol/units/coils/coilcoil.html18. Paircoil(氨基酸序列中的卷曲螺旋定位) /bab/webcoil.html19. PREDATOR(由单序列预测蛋白质二级结构) http://www.embl-heidelberg.de/argos/predator/predator_info.html20. EV A(蛋白质结构预测服务器的自动评估) /eva/五. 其他预测服务器1. SignalP (革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真核生物蛋白质的信号肽及剪切位点) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/2. PEDANT(蛋白质提取、描述及分析工具) http://pedant.mips.biochem.mpg.de/六. 分子生物学软件链接1. 生物信息学可视化工具/alan/VisSupp/2. EBI分子生物学软件档案/software/software.html3. BioCatalog /biocat/e-mail_Server_ANAL YSIS.html4. 生物学软件和数据库档案/Dan/softsearch/biol-links.html5. UC Santa Cruz的序列保守性HMM的SAM软件/research/compbio/sam.html七. 网上博士课程1. 生物计算课程资源列表:课程大纲http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/syllabi.html2. 生物序列分析和蛋白质建模的Ph.D课程http://www.cbs.dtu.dk/phdcourse/programme.html3. 分子科学虚拟学校/vsms/sbdd/4. EMBnet 生物计算指南http://biobase.dk/Embnetut/Universl/embnettu.html5. 蛋白质结构的合作课程/PPS/index.html6. 自然科学GNA虚拟学校http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Vsns/index.html7. 分子生物学算法/education/courses/590bi。
Honeywell楼宇控制系统简介1. 系统概述2. EBI系统的特点3. EBI系统的操作界面4. 数据报表5. 实时数据库6. 报警管理7. 趋势图8. EBI系统结构9. EBI系统和Excel 5000楼宇自控系统的关系10.Excel 5000楼宇自控系统的优点11. 现场控制器的特点Honeywell楼宇控制系统简介美国HONEYWELL公司在1975年开发的世界第一套集散控制系统TDC-2000,引起了自动控制领域的一场革命,集散系统已成为控制技术的主流。
集散系统的主要特点是在现场控制域内的通信总线是无主式的,点对点的同层通信。
HONEYWELL公司EXCEL5000建筑物自动化系统的控制总线(分站总线)就是这种结构,它与其他类型产品(大多采用所谓主从式的线路结构)有很大的不同,也可以说,HONEYWELL 公司建筑物自动化系统是符合中国国家标准规定的集散型控制系统。
EXCEL5000控制总线的特点是所有现场的分站(控制器),直接挂在分站总线上,中央站也挂在这条总线上,它们之间没有主控制器,网络控制器之类设备环节,从而保证了现场控制器的独立工作能力,实现了集散系统的控制分散,提高了建筑物自动化系统的可靠性。
1.系统概述美国Honeywell公司推出的EBI系统是一套应用于楼宇集成管理的组件。
EBI的模块化设计方案不论大型楼宇系统还是小型用户都能提供对对其系统的彻底控制,EBI的开放性使其具有提供对各种现有系统及过程的强大组合集成能力。
EBI包含有功能强大的组件,它们是:楼宇控制管理系统(Building Automatic Control System)、生命保障(火灾报警)管理系统(Life &Safety Management System)、安保管理系统(Security Management System)。
其中的任何一个组件都能使您更好地管理大楼中的每一个细节,而它们的强力组合提供了企业楼宇自控管理的“全景图”。
EBI操作手册EBI操作手册1.简介在本操作手册中,将介绍如何使用EBI(European Bioinformatics Institute)进行生物信息学研究和数据分析。
EBI 是一个综合性的生物信息学资源中心,致力于为生物学研究者和科学家提供高质量的生物信息学数据、工具和服务。
2.注册与登录2.1 注册在使用EBI之前,您需要先注册一个账户。
访问EBI官方网站,注册按钮,并填写必要的个人信息。
完成注册后,系统将会发送一封邮件给您进行确认。
2.2 登录注册成功后,使用您的账户信息登录到EBI系统。
3.数据库浏览与查询EBI提供了多个主要数据库以供浏览和查询,包括但不限于以下几个:3.1 手册库(Manuals)手册库提供了各种软件和工具的使用手册,包括详细的教程和使用指南。
3.2 数据库库(Databases)数据库库提供了大量生物学和遗传学数据库,如基因组数据库、蛋白质数据库、序列数据库等。
您可以使用关键词搜索、浏览和数据。
3.3 分析工具库(Tools)分析工具库提供了丰富的生物信息学分析工具,如序列比对、蛋白质结构预测、基因功能注释等。
您可以使用这些工具来处理和分析您的数据。
4.数据和4.1 数据EBI允许用户自己的原始数据,以及分析结果和其他相关文件。
您可以通过登录到您的账户,在个人仪表盘或相关数据库中找到选项,并按照提示您的数据文件。
4.2 数据EBI提供了数据服务,您可以在相关数据库或工具界面中选择合适的数据集或结果文件,并进行。
5.数据分析与可视化EBI提供了多种工具和软件来进行生物信息学数据的分析与可视化。
以下是其中的一些常用工具的简介:5.1 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)BLAST是一种用于比对生物序列的工具,通过比对数据库中已知的序列,找到与输入序列相似的序列或家族。
它可以用于序列比对、基因识别等分析。
5.2 ClustalWClustalW是一种常用的多序列比对工具,可用于比对DNA、RNA 或蛋白质序列,并比对结果。