如何在超算中心使用fluent做并行计算——入门
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注意:以下是将编号为1的文件放在E盘,对操作步骤进行的说明,放在其他位置的操作与之类似。
1、解压后,打开文件夹,复制文件所在的全路径。
2、在电脑“开始”中找到“命令提示符”图标,右击该图标,点“属性”,在“起始位置”一栏中将路径改为刚刚复制下来的路径,然后点“确定”。
2、打开“命令提示符”窗口,可以看到显示的路径即为文件所在的路径,输入fluent 3d -t4(注意“fluent”、“3d”、“-t4”之间各有一个空格)后回车,即可打开fluent计算软件。
3、将case和data文件读入fluent,此过程中会出现error,点OK。
文件导入完成是下图这个样子。
4、设置自动保存路径:file>>write>>autosave,删掉file name下面的路径,点OK,路径即自动变成所需保存的路径。
5、编译:define>>user-defined>>functions>>compiled(如下图)>>add>>双击para_unsteady文件>>路径改为文件的全路径(例如:E:\1\libudf)>>build>>OK出现下图所示,即表示build成功,否则在路径后加上1(E:\1\libudf1),再次点击build,直至出现下图为止,点击load。
6、导入来流风速:define>>boundary conditions>>inlet>>velocity-inlet>>set>>点击velocity magnitude的第二个下拉框选择udf一项>>OK7、计算:solve>>iterate>>设置时间步长和计算的时间步数>>确认正确之后点击iterate进行计算。
28. 并行处理Fluent支持并行计算,且提供检查和修改并行配置工具。
你可用一个专用并行机(如多处理器工作站)或通过工作平台的网络运行Fluent。
下面介绍Fluent并行计算的特点。
28.1 并行计算简介Fluent并行计算就是利用多个计算节点(处理器)同时进行计算。
并行计算可将网格分割成多个子域,子域的数量是计算节点的整数倍(如8个子域可对应于1、2、4、8个计算节点)。
每个子域(或子域的集合)就会“居住”在不同的计算节点上。
它有可能是并行机的计算节点,或是运行在多个CPU工作平台上的程序,或是运行在用网络连接的不同工作平台(UNIX平台或是Windows平台)上的程序。
计算信息传输率的增加将导致并行计算效率的降低,因此在作并行计算时选择求解问题很重要。
推荐运行并行Fluent的操作步骤如下:1.开启平行求解器,选择计算节点数,详见28.2和28.3节。
2.读入case文件,让Fluent自动将网格分割为几个子域。
最好是在建立问题之后分割,因为这种分割和计算的模型有关(象非等形接触面、滑移网格、shell-conduction encapsulation的自适应)。
如果你的case文件中包含滑移网格,或是在计算过程中要对非等形接触面进行修改,那就得用串行求解器进行分割。
还有其他的方法进行分割,如在串行或并行求解器上进行手工分割。
3.仔细检查分割区域,如必要再重新分割,详见28.4.5节如何检查分割区域。
4.进行计算,详见28.5节如何检查和提高并行计算。
28.2 开启并行求解器开启Fluent并行求解器的方法依赖于操作平台是专用并行机还是工作站。
28.2.1 在UNIX系统下开启并行求解器可以在装有UNIX系统的专用并行机或工作平台网络上运行Fluent,如何运行如下:在多处理器UNIX机上运行Figure 28.2.1: Select Solver控制面板在专用并行机(多处理器工作平台或大型并行机)运行Fluent,键入运行命令,点击Fluent 中File Run...,用Select Solver(图28.2.1)控制面板设定并行架构和求解器信息。
超算天河fluent操作流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成,希望大家下载以后,能够帮助大家解决实际的问题。
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在使用超算天河进行 fluent操作之前,需要进行充分的准备工作。
Fluent用户操作手册一、用户申请假设已拥有了超算中心用户账号,账户名为dongjing,密码为####。
二、安装Xmanager软件用于文件的传输和作业的提交。
三、作业准备需要3个,假设3个文件都命名为JD1。
1)“*.cas”文件,此处将文件命名为“JD1.cas”2)“*.jou”文件,用于操作计算case运行,格式见Figure1所示“JD1.jou”文件3)“*.sbatch”文件,用于建立任务,调用jou文件,格式见Figure2 所示“JD1.sbatch”文件说明:样本JD1.cas为非稳态并行计算,红色字体部分用户可根据自己算例设置和超算中心账号资源分配情况进行相应修改。
脚本文件的编写可参考https:///how-to-run-ansys-fluent-jobs-in-slurm/Figure 1Figure 2四、登录账户如Figure3-9所示,通过Xmanager软件连接,打开Xshell,点击工具栏的“新建”按钮,出现“新建会话属性”对话框,在“名称(N):”中输入相应会话名称,如: whupc(用户自主命名),在“主机(H):”中输入登陆IP:202.114.96.180,点击“确定”,出现“会话”对话框;选择对应名称的会话,点击“连接”,出现“SSH 用户名”对话框,输入登录的用户名:dongjing,点击“确定”,出现“SSH用户身份验证”对话框,输入用户密码,点击“确定”,出现如Figure 9所示登录成功后的界面。
Figure 3Figure 4Figure 6Figure 8五、提交任务:1.点击登录窗口工具栏的绿色“新建文件传输”按钮,如Figure 10所示,便可打开文件传输终端,把上述所需3个文件上传到计算中心自己账户内。
1)将“JD1.cas”文件上传到“/home/系统账号/data”分区,账户名为dongjing,即为“/home/dongjing/data”分区;2)将“JD1.sbatch”和“JD1.jou”文件上传到“/home/系统账号”分区,账户名为dongjing,即为“/home/dongjing”分区。
28. 并行处理Fluent 支持并行计算,且提供检查和修改并行配置工具。
你可用一个专用并行机(如多 处理器工作站)或通过工作平台的网络运行 Fluent。
下面介绍 Fluent 并行计算的特点。
28.1 并行计算简介 Fluent 并行计算就是利用多个计算节点(处理器)同时进行计算。
并行计算可将网格分割 成多个子域, 子域的数量是计算节点的整数倍(如 8 个子域可对应于 1、 4、 个计算节点)。
2、 8 每个子域(或子域的集合)就会“居住”在不同的计算节点上。
它有可能是并行机的计算节点, 或是运行在多个 CPU 工作平台上的程序,或是运行在用网络连接的不同工作平台(UNIX 平 台或是 Windows 平台)上的程序。
计算信息传输率的增加将导致并行计算效率的降低,因此 在作并行计算时选择求解问题很重要。
推荐运行并行 Fluent 的操作步骤如下: 1. 开启平行求解器,选择计算节点数,详见 28.2 和 28.3 节。
2. 读入 case 文件, Fluent 自动将网格分割为几个子域。
让 最好是在建立问题之后分割, 因为这种分割和计算的模型有关(象非等形接触面、滑移网格、shell-conduction encapsulation 的自适应)。
如果你的 case 文件中包含滑移网格, 或是在计算过程中要 对非等形接触面进行修改,那就得用串行求解器进行分割。
还有其他的方法进行分割,如在串行或并行求解器上进行手工分割。
3. 仔细检查分割区域,如必要再重新分割,详见 28.4.5 节如何检查分割区域。
4. 进行计算,详见 28.5 节如何检查和提高并行计算。
28.2 开启并行求解器 开启 Fluent 并行求解器的方法依赖于操作平台是专用并行机还是工作站。
28.2.1 在 UNIX 系统下开启并行求解器 可以在装有 UNIX 系统的专用并行机或工作平台网络上运行 Fluent,如何运行如下: 在多处理器 UNIX 机上运行Figure 28.2.1: Select Solver 控制面板PDF 文件使用 "pdfFactory Pro" 试用版本创建 在专用并行机(多处理器工作平台或大型并行机)运行 Fluent, 键入运行命令, 点击 Fluent Run...,用 Select Solver(图 28.2.1)控制面板设定并行架构和求解器信息。
并行计算资料来自傲雪论坛和流体中文网!Winnt平台下搭建Fluent并行计算的一些经验以下是本人在NT平台下搭建Fluent并行计算的一些经验,不足和错误的地方请各位高手指出!系统配置:winnt,win2000操作系统,每台主机只有一个CPU,Fluent6.1,每台主机有自己的IP地址,安装好TCP/IP协议1、 Fluent安装光盘上找到RSHD.exe这个文件。
(注意,必须使用Fluent公司提供的这个远程控制软件)2、用管理员的身份登陆计算机,拷贝该软件到系统盘的winnt目录下,在MS-DOS方式下执行 RSHD -install。
3、配置RSHD。
WINNT系统下:控制面板-〉服务-〉RSH Daemon,双击之,在Logon里面输入用户名/密码。
(一般情况下,为了您的计算机的安全,请不要使用具有管理员权限的用户名和口令。
)您可以在开始-〉程序-〉管理工具 -〉用户管理器里面设定,给guest权限就可以了。
Win2000系统下:控制面板-〉管理工具-〉服务-〉RSH Daemon,以下同于NT的操作。
完成上述操作后,请启动RSH服务。
4、资源管理器里面将Fluent的安装目录设置为共享。
注意:这个时候要分别从其他的计算机登陆到本机这个被共享的目录。
这个步骤一定不可缺少。
同样所有的计算机上的Fluent的安装目录都要被设置为共享,然后分别登陆.....5、编写hosts.txt文件,文件的格式在Fluent的帮助文件中又很详细的描述,这里不再复述。
hosts文件中应这样写computer1’s IP, com puter1’s namecomputer1’‘s IP,computer1’s namecomputer2’s IP,computer2’s namecomputer2’s IP,computer2’s name在命令行输入:fluent 3d -pnet然后在parallel-network-configuer菜单下配置即可。
在MPI Types中有四种Default、MSMPI、PCMPI、INTEL MPI。
PCMPI可以在断网或不联网的情况下运算,但Fluent 14.0不稳定。
INTEL MPI 需要联网,并保存密码。
其设置方法见下页。
Intel MPI 设置流程A.设置环境变量变量名:在系统变量中寻找Path项。
若没有,则新建Path变量名;变量值:MPI安装路径下的bin文件夹路径。
缺省为C:\Program Files (x86)\Intel\MPI-RT\4.1.0.028\em64t\bin。
若有,则点击编辑,在原有字段后加英文分号,后加入上述路径。
若同时还安装了HP-MPI,则需保证HP_MPI的路径位于INTEL-MPI路径之后。
B.Cache password设置开始菜单,CMD键入cd c:\program files (X86)\intel\mpi-rt\4.0.2.005\em64t\bin\ 即进入intel mpi的安装文件,回车。
mpiexec –register 回车显示account <domain\user>,输入相应主机名,回车密码,回车(光标不动,不要误以为没有输入)确认密码,回车显示password encrypted into the registry, 即成功。
C.Fluent设置打开Fluent选择parallel settings, 在mpi types下拉菜单中选择intel一项,单击ok;输入相应的用户名(非注册密码时的主机名),一般主机名XXX-PC,则此处输入XXX),回车输入密码(开机密码),回车确认密码,回车现在,即可以开始运行了。
注意:需要设置相应的开机密码(账户管理里面),否则可能出现问题。
现在国内的开放式机群环境越来越多,许多都部署了fluent(大好事),不过还是有许多人不太清楚如何利用这些有用的资源。
这里结合我所在单位的情况做一个简单的介绍,其他的机群环境大同小异。
1、什么是机群?有什么特点?
机群又叫集群,当然就是许多的计算机(废话),因为机器太多
了,又需要协同工作,所以需要按照一定的方式来管理,管理
的结构形式叫做拓扑(这个不用管)。
机群使用的电脑是刀片(又
薄又长的机箱)形式(为了便于插入机柜),一个刀片一般称为
一个节点。
一般而言,机群会分为三种节点:管理节点(若干台),编译节
点(若干台),计算节点(其余全部)。
这三种节点的配置略有
不同(废话),管理节点主要用来存储使用机群的用户的信息,如名字,密码,可以使用机器数的权限,用户状态等等;编译
节点一般用来预查程序故障,用户的程序先在这里试运行,查
看是否与系统兼容等;计算节点用来直接计算其他节点提供来
的程序。
就配置而言,管理节点和编译节点一般相同,会部署软件环境;
计算节点只会部署简单的必要运行文件。
计算机点之间会采用
高速交换机,速度可达几十GB/s,如IB等;计算节点与编译、登陆节点之间采用普通的万兆交换机。
2、如何使用机群?
机群中一般采用linux操作系统来操作(多用户情况下效率高),
用户会通过远程登录软件(如xshell)来登录到登陆节点进行个
人的操作(一般会通过VPN网络加密数据传输)。
Linux集群将程序任务分解发送到计算节点上时,是通过LSF作
业调度系统(也有其他的,如PBS等)来实现的,这个系统的
作用是使整个机群负载均衡,便于管理,所以我们使用fluent
也要通过这个系统。
在成熟的集群中,用户登录之后,默认便
可以使用作业调度系统了。
使用时,除了常见的linux命令以外,调度系统也有一些简单的命令,这个一般会有手册介绍,常用
的就3、5个,很好记。
3、如何在集群中使用fluent?
因为fluent是成熟的封装好的商业软件,所以用户直接使用命
令调用即可。
但是因为大部分的linux下的远程登录是不支持图形界面的,所
以我们看不到在windows下的熟悉界面,无法进行操作。
其实,
fluent最早也是linux下的软件,它提供了一种jou脚本来操作
各种命令(即帮助中的TUI命令),我们在windows的图形界面
中,也可以在控制台窗口中查看如何使用。
这样,我们在启动
fluent软件时,指定它的jou执行脚本即可使软件按照我们的意
图来进行操作了。
如果在帮助中找太慢,可以在windows的
fluent图形界面下,右下角控制台中用回车键显示文字命令,q
键返回。
4、实例
这里给出一个在LSF调度系统中使用fluent的实例:
首先,使用bsub命令提交LSF脚本(名字为fluent.lsf),在命
令窗口中键入:bsub fluent.lsf即可。
脚本内容如下:
#!/bin/sh (这句话是说此脚本使用/bin/sh来解释执行,小白可以略过)
APP_NAME=fluent (这句话是说此脚本调用名字为fluent的集群排序提交队列,小白继续略过)
NP=2 (这句话是说此脚本的任务将调用2个CPU core来执行)NP_PER_NODE=1 (这句话是说此脚本的任务将在分配用来执行任务的每个节点上调用1个CPU core来执行)
RUN="fluent 2ddp -g -i fluent.jou -r15.0.0 -pib –mpi=pcmpi" (这句话是说此脚本的执行命令以及参数,2ddp 是指二维双精度类型计算,这个大家应该熟悉了;fluent.jou就是我们使用的fluent命令执行脚本的名字)
fluent.jou脚本内容实例:
/file/read-case ./boil-unstdy.cas (读取cas文件,boil-unstdy.cas)
/file/read-data ./boil-unstdy.dat (读取dat文件,boil-unstdy.dat)define/user-defined/compiled-function/compile (定义编译函数库并制定编译文件)
libudf
yes
boiling-rpi-model.c
define/user-defined/compiled-function/load (加载编译函数库)libudf
/file/auto-save/data-frequency 100 (自动保存)
/solve/initialize/initialize-flow(初始化)
/solve/dual-time-iterate (求解循环设置)
500
20
/file/read-data ./boil-unsteady-out.dat (保存结果)
exit (退出fluent)
yes。