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高斯输入文件的创建1

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Gaussian 高斯使用指南

Gaussian 高斯使用指南

1 高精度能量模型简介………………………………………………………76
2. 高斯自带的练习 …………………………………………………………83
第十章 研究化学反应和反应性 ………………………………………………84
1 目的 ………………………………………………………………………84
2 请参照练习了解输入格式和输出解释. …………………………………84
2．高斯自带练习 ……………………………………………………………71
第八章 选择合适的理论模型 …………………………………………………72
1 简要介绍 …………………………………………………………………72
2．高斯自带的练习 …………………………………………………………73
第九章 高精度能量模型 ………………………………………………………76
化学反应机理，势能曲面和激发能等等。
1.2 关于 Gaussian 03 的介绍
是 Gaussian 系列电子结构程序的最新版本。它在化学、化工、生物化学、物理化学等
化学相关领域方面的功能都进行了增强。
1.研究大分子的反应和光谱
Gaussian 03 对 ONIOM 做了重大修改，能够处理更大的分子（例如，酶），可以研究有机体
系的反应机制，表面和表面反应的团簇模型，有机物光化学过程，有机和有机金属化合物的
取代影响和反应，以及均相催化作用等。
ONIOM 的其它新功能还有：定制分子力学力场；高效的 ONIOM 频率计算；ONIOM 对电、
磁性质的计算。
2.通过自旋-自旋耦合常数确定构像
当没有 X-射线结构可以利用时，研究新化合物的构像是相当困难的。NMR 光谱的磁屏蔽数
2.1 能量计算的格式 ………………………………………………………65
高斯输入文件的说明

高斯输入文件的说明

⾼斯输⼊⽂件的说明%chk=input.chk%mem=600MB (使⽤600MB内存空间）%nprocl=4 （使⽤4个计算节点）%nprocs=2 （每个计算节点使⽤2颗CPU）下⾯是⼀个输⼊⽂件#T RHF/6-31G(d) TestMy first Gaussian job: water single point energy0 1O -0.464 0.177 0.0H -0.464 1.137 0.0H 0.441 -0.143 0.0第⼀⾏以#开头,是运⾏的说明⾏,#T表⽰指打印重要的输出部分,#P表⽰打印更多的信息.后⾯的RHF表⽰限制性Hartree-Fock⽅法,这⾥要输⼊计算所选⽤的理论⽅法6-31G(d)是计算所采⽤的基组,就是⽤什么样的函数组合来描述轨道Test是指不记⼊Gaussian⼯作档案,对于单机版没有⽤处.计算的理论,如HF(默认关键词,可以不写),B3PW91;计算采⽤的基组,如6-31G, Lanl2DZ;布局分析⽅法,如Pop=Reg;波函数⾃恰⽅法,如SCF=Tight.Pop=Reg只在输出⽂件中打印出最⾼的5条HOMO轨道和最低的5条LOMU轨道,⽽采⽤Pop=Full则打印出全部的分⼦轨道. SCF设置是指波函数的收敛计算时的设定,⼀般不⽤写,SCF=Tight设置表⽰采⽤⽐⼀般⽅法较严格的收敛计算. Gaussian 包含多种化学模型，⽐如计算⽅法⽅法Gaussian 关键词HF Hartree-Fock⾃恰场模型B3LYP Becke型3 参数密度泛函模型，采⽤Lee-Yang-Parr 泛函MP2 ⼆级Moller-Plesset 微扰理论MP4 四级Moller-Plesset 微扰理论QCISD(T) ⼆次CI⼀般采⽤开壳层的可能性是存在奇数个电⼦，如⾃由基，⼀些离⼦激发态有多个单电⼦的体系描述键的分裂过程计算采⽤的基组，如6-31G，LANL2DZ三种最常⽤的价层劈裂基组3-21G、6-31G 和6-311G半经验⽅法包括AM1，MINDO/3，PM3，常见的软件包有MOPAC，AMPAC，HyperChem，以及Gaussian。

Gaussian 高斯使用指南

Gaussian 高斯使用指南

高斯应用指南
目
录
第一章 功能和计算原理介绍……………………………………………………2
1 Gaussian 功能介绍…………………………………………………………2
1.1 Gaussian 是一个功能强大的量子化学综合软件包……………………3
1.2 关于 Gaussian 03 的介绍…………………………
1 目的 ………………………………………………………………………84
2 请参照练习了解输入格式和输出解释. …………………………………84
3 常用的研究方法的介绍和高斯自带的练习 ……………………………84
第十一章 激发态计算 …………………………………………………………93
1 目的…………………………………………………………………………93
2
1：Gaussian 功能介绍
1.1 Gaussian 是一个功能强大的量子化学综合软件包。其可执行程序可在不同型号的大型
计算机，超级计算机，工作站和个人计算机上运行，并相应有不同的版本。
高斯功能：
分子能量和结构
过渡态能量和结构
键和反应能量
分子轨道
多重矩
原子电荷和电势
振动频率
红外和拉曼光谱
核磁性质
2.2.3 GVIEW 使用简介…………………………………………………30
3．构建分子中的注意事项…………………………………………………45
4．怎样构建 Z－坐标………………………………………………………45
5．关于输出的解释…………………………………………………………48
1
第四章：优化计算………………………………………………………………54
NMR；振动圆形二色性(VCD)；电子圆形二色性(ECD)；旋光色散(ORD)；谐性振-转耦合；
高级建模方法(第6-1节)-Gaussian-输入

高级建模方法(第6-1节)-Gaussian-输入

MP2，MP3, MP4，MP4, MP5方法：这些方法关键字要求在Hartree-Fock 计算（
单重态用RHF，高自旋态用UHF）之后接着进行Møller-Plesset 相关能修正的计算
[60]，在二次项截断为MP2，在三次项截断为MP3，在四次项截断为MP4，在五
次项截断为MP5。解析(jiě xī)梯度可用于MP2,MP3和MP4(SDQ)，解析(jiě xī)频率
6
-3.409834 0.492019 0.00-------------------（笛卡尔直角坐标，
6
-3.262444 -0.903993 0.00
6
-2.006519 -1.510242 0.00
6
-0.885533 -0.678926 -0.00
或Z-matrix的键长、键角和二面角）
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将第五次作业中AM1计算的分子采用B3LYP/6-31G*
基组计算，提交输出文件(wénjiàn)(文件(wénjiàn)名
：姓名-学号-第五次作业-分子名称)。
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谢谢(xiè xie)！
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三.空间坐标的获取
用记事本方式(fāngshì)打开文件129.gjc,
得到化合物的空间坐标，见图3 。
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绘制(huìzhì)构型
四.高斯输入文件的制作
用图3中的相应坐标替换(tìhuàn)图4中
的相应坐标,保存为*.txt, 如129.txt,即为高
斯 计算输入文件。
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高斯使用指南

高斯使用指南

高斯应用指南目录第一章功能和计算原理介绍 (2)1 Gaussian功能介绍 (2)1.1 Gaussian是一个功能强大的量子化学综合软件包 (3)1.2 关于Gaussian 03 的介绍…………………………下面列出了需要描述稳定点时必须考虑的问题 (68) (3)2：计算原理 (6)2.1 概述 (6)2.2分子力学方法 (6)2.3 电子结构理论 (7)第二章安装和对软硬件的要求 (7)1．软硬件要求 (7)1.1 硬件环境 (7)1.2 操作系统 (8)2．安装 (8)2.1 硬盘分区方案 (8)2.2 安装软件 (8)2.3 Gaussian的补钉和升级 (9)2.4 定制软件运行时占用内存和硬盘的最大空间 (9)2.5 工作环境初始化设置 (10)第三章高斯输入文件的创建和程序运行 (11)1．创建输入文件的目的 (11)2．常用的创建高斯输入文件的方法 (11)2.1利用晶体文件产生输入文件 (11)2.2利用Gview，Chem3D（包括Chemdraw）和Hperchem绘图软件产生输入文件 (12)2.2.1 用HyperChem构建输入文件 (12)2.2 .2Chem3D（包括Chemdraw）使用简介 (14)2.2.3 GVIEW使用简介 (30)3．构建分子中的注意事项 (45)4．怎样构建Z－坐标 (45)5．关于输出的解释 (48)第四章：优化计算 (54)1.优化目的 (55)1.1对分子性质的研究是从优化而不是单点能计算开始的 (55)1.2高斯中所用到的一些术语的介绍 (55)1.2.1势能面 (55)1.2.2确定最小值 (55)1.2.3收敛标准 (56)2高斯中自带的练习 (58)第五章频率计算 (60)1.频率计算 (60)1.1 目的 (61)1.2 输入格式和结果解释 (61)1.2.1输入格式 (61)1.2.2输出的解释 (61)2.高斯中自带的练习 (64)第六章：单点能计算 (64)1 简要介绍 (64)2. 能量计算的格式和输出解释 (65)2.1能量计算的格式 (65)2.2输出说明 (66)3.高斯中自带的练习 (67)第七章基组 (69)1．基组介绍 (69)2．高斯自带练习 (71)第八章选择合适的理论模型 (72)1 简要介绍 (72)2．高斯自带的练习 (73)第九章高精度能量模型 (76)1高精度能量模型简介 (76)2. 高斯自带的练习 (83)第十章研究化学反应和反应性 (84)1目的 (84)2请参照练习了解输入格式和输出解释. (84)3 常用的研究方法的介绍和高斯自带的练习 (84)第十一章激发态计算 (93)1目的 (93)2高斯自带的练习 (94)第十二章溶液中的计算 (100)1目的 (100)2高斯自带的练习和理论模型介绍 (100)第一章功能和计算原理介绍1：Gaussian功能介绍1.1 Gaussian是一个功能强大的量子化学综合软件包。

GaussView高斯软件教程

GaussView高斯软件教程

-
（8）．单击Gview界面上 图标。然后点击与乙烷正对的苯上的C原子和H原子选择 “None”，乙烷上的C-H键作类似处理然后单击Gview上的 图标，点选工作窗口中的 两个氢原子，即将它们删去
-
至此分子构建已完成。
-
9）．Gview存储个人常用分子的功能。Gview中只有常用的一些环状分子和链状分子， 远不能满足研究特定体系的特殊需要。不过Gview有一个功能可以弥补这个缺憾：可 以把常用的分子或官能团存在制定的文件夹内。在需要时可以直接调用。双击view上 的 图标，在下面的对话框中键入相关项目，保存即可
Z表示时内坐标，C表示直角坐标。可以在里面对坐标做适当的调整
-
（12）．向Gauss递交计算。点Gview界面上Calculation 会出来一个递交计算的对话框。从所给的对话框中可以选择工作类型Job Type（如优化， 能量或频率等）;计算方法Method（如半经验方法，HF方法，DFT方法，MP方法等， 还可以选定基组）;Title(对所要做的计算给一个说明，以备以后的查看) Link 0（给检查 点文件命名，还可以在此用RWF命令设置临时数据交换文件的大小）； General, Guess,（这两个选项主要是给出体系中各原子的连接关系及如何给出初始猜测）； NBO（可在此设定NBO计算）,PBC（可在此设定晶体的有关计算）, Solvation（可在 此设定溶液中的计算，除了选择溶剂外，还要选择模拟溶剂的理论模型）的Gaussian
GaussView使用简介
Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件，其 主要用途有两个构建高斯的输入文件以图的形式显示 高斯计算的结果除了可以自己构建输入文件外， Gview还可读入CHEM3D，HYPERCHEM和晶体数据 等诸多格式的文件。从而使其可以于诸多图形软件连 用，大大拓宽了使用范围（详见下图）
环境科学高级建模方法(第6-1节)-Gaussian-输入

环境科学高级建模方法(第6-1节)-Gaussian-输入

，以及其它的变体；完全基组(CBS)方法: CBS-4,CSB-q, CBS-Q，CBS-Q//B3 ，和CBSQCI/APNO，以及一般的CBS
外推方法；Martin 的W1 方法（加上了微小的修改）。

一般的 MCSCF，包括完全活性空间SCF(CASSCF)，并可选择包含MP2 相关能计算
。算法的改善使得Gaussian 03 可处理14 个以内的活性轨道。还支持RASSCF 变体。
输入文件。
第五次作业

将第五次作业中AM1计算的分子采用B3LYP/631G*基组计算，提交输出文件(文件名：姓名-学
号-第五次作业-分子名称)。
谢谢！
好好学习 天天向上
谢谢观看
T
H
A
N
K
S
，要研究的分子体系分成两层或三层，分别用不同的化学模型处理。
接下来的结果自动组合到最终要预测的结果。
Gaussian 03 基组
基组
应用范围
极化函数
弥散函数
STO-3G
H-Xe
*
3-21G
H-Xe
*或**
6-21G
H-Cl
(d)
4-31G
H-Ne
(d)或(d,p)
6-31G
H-Kr
(3df,3pd)
SV
H-Kr
SVP
H-Kr
包含在定义中
TZV
和TZVP
H-Kr
MidiX
H,C-F,S-Cl,I,Br
包含在定义中
EPR-II,EPR-III
H,B,C,N,O,F
包含在定义中
UGBS
H-Lr
UGBS(1,2,3)P
MTSmall
高斯输入文件的创建1

高斯输入文件的创建1


• （9）．GVIEW 存储个人常用分子的功能。 GVIEW 中只有常用的一些环状分子和链状 分子， • 远不能满足研究特定体系的特殊需要。不 过GVIEW 有一个功能可以弥补这个缺憾： 可以把 • 常用的分子或官能团存在制定的文件夹内。 在需要时可以直接调用。
• 双击GVIEW 界面上的 图标，在下面的对话 框中键入相关项目，保存即可
(4)．双击GVIEW 界面上的 图标。出现以下窗口，点击氟的元素符号 “F”，就选中氟原子。
• (5).回到工作窗口 • 在苯环上的任一个H 上单击左键，将H 置 换成F。
• 但要注意此时仅是元素符号发生了改变， C-F 间的距离仍是C-H 键的距离。需要用 建 • 长工具进行调整。单击GVIEW 界面上 图标。 然后再点击工作窗口中的C 原子和F 原 • 子，看到被选中的两个原子于周围的原子 再亮度上有差异
此时会出现下面的窗口，根据C-F 键的长度在 0.675 和2.700 之间的方 框内进行C-F 键的调整。完毕后点击OK 即可。
• (6)．双击GVIEW 界面上的 图标，出现以 下窗口，这是GVIEW 里内置的链烃库，选 中乙烷。
• (7).在工作窗口内空处点左键，用我们前面讲过的命令调节苯和乙烷 间的距离和角度，将鼠标放在分子上，按左键左右或前后移动，可以 调节分子的角度；将鼠标放在分子上，前 • 后移动，可以将分子放大或缩小。Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗 口内平移分子 • 当工作窗口内有多个分子时【在构建大的分子时，这种情况很容易出 现】这时可用以下命令 • 可以用Shift+Alt+鼠标左键组合移动想要移动的分子，以调节各个分 子间的距离。 • 可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度，以调节各个 分子间的角度。 • Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和[将鼠标左键放在分子上，左右或前后 移动，可以调节分子 • 的角度]这个功能连用。具体的好处需要自己去试。
GaussView高斯软件教程

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根据C-F键的长度在 0.675和2.700之间的方框内进行C-F键的调整。完毕后点击OK即可。
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(6)．双击Gview界面上的 图标，出现以下窗口这是Gview里内置的链烃库，选中乙 烷
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(7).在工作窗口内空处点左键，用我们前面讲过的命令调节苯和乙烷间的距离和角度
-
将鼠标放在分子上，按左键左右或前后移动，可以调节分子的角度；将鼠标放在分 子上，前后移动，可以将分子放大或缩小。Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗口内平 移分子当工作窗口内有多个分子时[在构建大的分子时，这种情况很容易出现]这时可 用以下命令可以用Shift+Alt+鼠标左键组合移动想要移动的分子，以调节各个分子间 的距离。可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度，以调节各个分子 间的角度。Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和[将鼠标左键放在分子上，左右或前后移 动，可以调节分子的角度]这个功能连用。具体的好处需要自己去试
-
（8）．单击Gview界面上 图标。然后点击与乙烷正对的苯上的C原子和H原子选择 “None”，乙烷上的C-H键作类似处理然后单击Gview上的 图标，点选工作窗口中的 两个氢原子，即将它们删去
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至此分子构建已完成。
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9）．Gview存储个人常用分子的功能。Gview中只有常用的一些环状分子和链状分子， 远不能满足研究特定体系的特殊需要。不过Gview有一个功能可以弥补这个缺憾：可 以把常用的分子或官能团存在制定的文件夹内。在需要时可以直接调用。双击view上 的 图标，在下面的对话框中键入相关项目，保存即可
-
(2)．双击窗口中 图标，得到如下窗口里面有常用的环状官能团。选中苯环（单 击即可选中）
高斯输入文件的说明

高斯输入文件的说明

%chk=input.chk%mem=600MB (使用600MB内存空间）%nprocl=4 （使用4个计算节点）%nprocs=2 （每个计算节点使用2颗CPU）下面是一个输入文件#T RHF/6-31G(d) TestMy first Gaussian job: water single point energy0 1O -0.464 0.177 0.0H -0.464 1.137 0.0H 0.441 -0.143 0.0第一行以#开头,是运行的说明行,#T表示指打印重要的输出部分,#P表示打印更多的信息.后面的RHF表示限制性Hartree-Fock方法,这里要输入计算所选用的理论方法6-31G(d)是计算所采用的基组,就是用什么样的函数组合来描述轨道Test是指不记入Gaussian工作档案,对于单机版没有用处.计算的理论,如HF(默认关键词,可以不写),B3PW91;计算采用的基组,如6-31G, Lanl2DZ;布局分析方法,如Pop=Reg;波函数自恰方法,如SCF=Tight.Pop=Reg只在输出文件中打印出最高的5条HOMO轨道和最低的5条LOMU轨道,而采用Pop=Full则打印出全部的分子轨道.SCF设置是指波函数的收敛计算时的设定,一般不用写,SCF=Tight设置表示采用比一般方法较严格的收敛计算.Gaussian 包含多种化学模型，比如计算方法方法Gaussian 关键词HF Hartree-Fock自恰场模型B3LYP Becke型3 参数密度泛函模型，采用Lee-Yang-Parr 泛函MP2 二级Moller-Plesset 微扰理论MP4 四级Moller-Plesset 微扰理论QCISD(T) 二次CI一般采用开壳层的可能性是存在奇数个电子，如自由基，一些离子激发态有多个单电子的体系描述键的分裂过程计算采用的基组，如6-31G，LANL2DZ三种最常用的价层劈裂基组3-21G、6-31G 和6-311G半经验方法包括AM1，MINDO/3，PM3，常见的软件包有MOPAC，AMPAC，HyperChem，以及Gaussian。

gaussian editor用法

gaussian editor用法

gaussian editor用法
GaussView是一个提供全量子力学解决方案的分子图像系统软件包。

然而，该软件中没有直接的编辑功能。

在GaussView中，通常需要编辑
描述分子的几何信息以及构型文件(.in)的坐标文件。

要实现这一目的，您可以参考以下步骤：
1. 打开GaussView并打开所需的分子构型文件。

2. 确认原子和电子对的配置信息，如果需要更改可以修改相关内容。

3. 在构型文件菜单中选择编辑命令并添加需要的坐标，可以使用基本
的文本编辑语法（如“ + x1.0”）进行编辑。

4. 保存修改后的构型文件并重新运行GaussView以查看更改后的结果。

需要注意的是，GaussView主要用于计算分子性质，而不是用于图形编辑或可视化。

因此，对于更高级的编辑需求，可能需要使用其他软件
工具，如ChemDraw或GaussView的图形化界面。

以上内容仅供参考，如需更准确的信息，建议咨询专业人士。

高斯fhck和out文件

高斯fhck和out文件
高斯(fhck)是一种用于处理数据的统计分析方法。

它是由德国数
学家卡尔·弗里德里希·高斯于19世纪开发的。

高斯(fhck)方法可以
用来对数据进行建模、预测和推断。

在统计学中，高斯(fhck)方法利用正态分布来描述数据的概率分布。

正态分布是一种钟形曲线，具有均值和标准差两个参数。

高斯(fhck)方法的核心思想是假设数据的分布符合正态分布，然后利用最
大似然估计来估计数据的参数。

高斯(fhck)方法通常用于处理连续型数据。

它可以用来进行假设
检验、参数估计、预测分析等。

在数据分析领域，高斯(fhck)方法被
广泛应用于各个领域，如经济学、金融学、生物学、工程学等。

使用高斯(fhck)方法进行数据分析需要借助统计软件。

其中比较
常用的软件包括R语言中的stats包和Python中的scipy库。

这些软
件包提供了一系列函数和工具，可以方便地进行高斯(fhck)方法的计
算和分析。

总之，高斯(fhck)方法是一种重要的统计分析方法，可以有效地
对数据进行建模和推断。

它在科学研究和实际应用中起着重要的作用，为我们提供了一种理解和解释数据的工具。

Gaussian03程序入门和输入文件的构造


0
2
O2
0
2
电荷多重度部分通常也算作分子说明
Molecular Specification
分子说明部分主要用来定义分子核相对位置
➢分子核相对位置可以用笛卡尔坐标，内坐标(Z-matrix)，或者是二者混合 表示
➢笛卡尔坐标是内坐标的一种特殊形式 ➢分子坐标的格式为:
元素符号, x, y, z
元素符号 (n) 原子1 键长 原子2 键角 原子3 二面角 [格式代码]
(0,180)
以原子在分子中的序数表示
通过右手规则确定
例1：使用HF方法，优化 H2O2分子
%chk=h2o2.chk %rwf=h2o2.rwf #p hf/6-31g opt
%chk=h2o2.chk %rwf=h2o2.rwf #p hf/6-31g opt
H2O2 energy calculation
内坐标表示
笛卡尔直角坐标表示
上述两个作业将对H2O2分子的结构进行完全优化，包括所有的键长键角和二面角。 通过将内坐标定义成变量，可以对分子结构进行部分优化
%chk=h2o2.chk %rwf=h2o2.rwf #p hf/6-31g opt
H2O2 energy calculation
01 H O 1 r1 O 2 r2 1 a1 H 3 r1 2 a1 1 d1
Overlay9,10,11,99 Overlay99 L9999
定制内存和硬盘
-M- 2MW -#- MaxDisk=400MB
Gaussian程序使用的内存单位W 是双精度字，相当于8字节
2MW=16MB
设置方法：
将Default.r1文件改成default.rou

Gaussian 高斯使用指南

改善和增强了连续介质模型(PCM)：
默认是 IEFPCM 模型，解析频率计算可以用于 SCRF 方法。此外改善了空穴生成技术。
模拟溶液中的很多特性。
可以对 Klamt 的 COSMO-RS 程序产生输入，通过统计力学方法，用于计算溶解能，配分系
数，蒸汽压，以及其它整体性质。
(3) 周期性边界条件(PBC)
和 Parrinello 的经验，ADMP 传递电子自由度，而不是求解每个核结构的 SCF 方程。与
Car-Parrinello 不同之处在于，ADMP 传递密度矩阵而不是 MO。如果使用了原子中心基组，
磁性质的计算。
2.通过自旋-自旋耦合常数确定构像
当没有 X-射线结构可以利用时，研究新化合物的构像是相当困难的。NMR 光谱的磁屏蔽数
据提供了分子中各原子之间的连接信息。自旋-自旋耦合常数可用来帮助识别分子的特定构
像，因为它们依赖于分子结构的扭转角。
除了以前版本提供的 NMR 屏蔽和化学位移以外，Gaussian 03 还能预测自旋-自旋耦合常数。
振动频率，IR 和 Raman 光谱，以及其它特性；极化率和超极划率；执行性能上的改善。
G03W 的界面和 G98W 相比，没有什么变化，G98W 的用户不需要重新熟悉界面。
Gaussian 03 新增加了以下内容：
新的量子化学方法
(1) ONIOM 模块做了增强
对 ONIOM(MO:MM)计算支持电子嵌入，可以在 QM 区域的计算中考虑 MM 区域的电特性。
极化率和超极化率
热力学性质
反应路径
计算可以对体系的基态或激发态执行。可以预测周期体系的能量，结构和分子轨道。因
此，Gaussian可以作为功能强大的工具，用于研究许多化学领域的课题，例如取代基的影响，

高斯讲座3-基本操作输入输出机器常见问题的解答 (1)


下面是砷化镓的三维PBC计算所需的分子说明：
指定同位素以及其它核参数
同位素以及其它核参数可以在原子类型区域内，用加上 括号的关键字和数值指定。
C(Iso=13,Spin=3) 0.0 0.0 0.0
这一行指定一个13C原子，核自旋为3/2 (3 * 1/2)， 位于原点。
在参数列表里可以包含的项有： ������ Iso=n：选择同位素。如果用整数指定原子质量，程序会 自动使用相应的真实同位素质量(例如，用18指定18O， Gaussian会使用数值17.99916)。 ������ Spin=n：核自旋，单位是1/2。
例3：CH4 分子的两种写法 （Td对称性）
A： B：
C1 H2 1 r H3 1 r 2 a H4 1 r 2 a 3 b H5 1 r 2 a 3 –b
r=1.09 a=109.47122 b=120.
•原子顺序可以改变，同一结构有多种写法
1 61r 12r1a 12r1a3 b 12r1a4 b r=1.09 a=109.47122 b=120.
平行自旋电子数和自旋多重度关系
平行自旋电子数 0 S 0 自旋多重度2S＋1 1 理论S2 0.000
1 2 1/2 1 2 3 0.750 2.000
3 4 3/2 2 4 5 3.750 6.000
输入分子结构坐标的来源
1、自建: a. 手写内坐标和混合内坐标 b. 用分子作图软件创建 1. ChemDraw 2. GaussView 3. Molden 2、分子结构的实验数据或数据库 a. 晶体结构数据 1. x-ray单晶测量 2. 中子衍射测量 3. Cambridge 晶体结构数据库 Cambridge Structural Database (CSD) 4. PDB数据库 b.其他光谱数据 1. 微波波谱测量 2. 振-转光谱数据

高斯软件-基础教程

GaussView界面教程【1】——界面介绍Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件，其主要用途有两个：构建高斯的输入文件；以图的形式显示高斯计算的结果。

除了可以自己构建输入文件外，Gview还可读入Chem3D，HyperChem和晶体数据等诸多格式的文件。

从而使其可以于诸多图形软件连用，大大拓宽了使用范围。

开启GaussView会看到一大一小两个窗口，后面灰色背景的窗口为选择窗口，在里面选择要输入的分子或基团；前面紫色的窗口为绘图窗口，使用鼠标绘制想要绘制的图形。

菜单栏▪【File】主要功能是建立，打开，保存和打印当前的文件▪【Edit】完成对分子的剪贴、拷贝、删除、抓图等▪【View】与显示分子相关的都在这个菜单下，如显示氢原子、键、元素符号、坐标等▪【Calculate】直接向Gaussian提交计算▪【Results】接收并显示Gaussian计算后的结果▪【Windows】控制窗体，如关闭、恢复等▪【Help】帮助快速工具栏【左面第一个】选择元素与价键，单击打开会看到一个元素周期表，通过它可以选择需要绘制的元素以及价态。

【左面第二个】环工具，作用与上一个差不多，只是这里提供的都是环状化合物残基；【左面第三个】提供常用的R基团模板，其中包括乙基、丙基、异丙基、异丁基等【左面第四个】氨基酸残基，使用它可以迅速绘制氨基酸【左面第五个】用户自定义基团，您可以将常用的基团存放到此处这条快速编辑栏中从左到右依次是【键调整】|【键角调整】|【二面角调整】|【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原子】|【单个选择】|【框选】|【去除选择】|【全选】这里面的所有选项都可以通过在绘图窗口点击右键得到。

3、常用工具栏这两条条工具栏是最常用的，几乎所有软件都有的新建打开等工具GaussView教程【2】——构建分子这里以构建一个间氟苯乙烷分子并从GaussView里递交计算为例来说明。

高斯以及GV的基本操作


3）、b：在EditPlus中打开log文件看分子能量
搜索文本中最后一个能量参数:SCF 对应的E即为分子能量，单位：Hartree 1 Hartree=27.2114ev= 2625.499 62 kJ/mol
= 627.509 469 kcal/mol
4）、在Gaussview中打开f.chk文件看电荷
高斯和高斯view的基本操作
Gaussview的使用必须要进行高斯的安装, 高斯的安装直接点击安装 程序中的SETUP.EXE，按照操作进行，安装过程中按照要求输入 PIN.txt文件中的pin码，然后安装GV，操作不走和高斯雷同。
1、前期的准备：结构优化
1、在Chemdraw里面画好分子，然后copy到Chem3D运用mm2进行初步的优 化。将静态位阻能相对较低的构型保存为pdb或者mol格式(mol更好)；

Editplus修改命令行
如图所示， 1、第一行为chk行，也就是计算中对于分子轨 道猜测的文件。书写为：%chk=文件名.chk； 2、第二行为并行核的设置，8核写8。，4核写 4:%nproc=4;
3、第三行为内存的设置：一帮情况下结构优化 内存设置大约为50MW到200MW，体系大可以 适当增加内存：%mem=400MW； 结构优化：内存不大 光学性质：内存稍微大点
常用的一些口令
Xshell中 grep “Normal”*.out (看计算的文件是不是正确的) ls*. fchk(查看所有扩展名为fchk的文件) mv*./section1/serial 3 (将section1的数据移到serial 3中 ) mv*.文件扩展名/serial 3 (将文件扩展名的数据移到serial 3 中) Ctrl+Z（中断当前指令） kill+PID号（结束当前命令）
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常用的创建高斯输入文件的方法
• 输入文件的创建大致可分为两类：利用晶 体文件产生输入文件；利用绘图软件画出 分子 • 结构然后转换为输入文件。
• 利用晶体文件产生输入文件。 • 可以利用汪洋所编写的一个程序将晶体数据转化 为高斯输入文件（ 网址： /disparticle.php?boardNa me=Gaussian&ID=14201）。对于没有晶体结构 的物质也可以用量化软件进行研究，但对于大分 子来说，寻找并判断出用于研究的合适初始构型 不是一件容易的事。关于汪洋晶体程序的使用请 参见程序自带的使用说明。
GVIEW 的界面及主要功能键的介绍
• 第一行为菜单栏:
• File:主要功能是建立，打开，保存和打印当 前的文件 • Save Inage 将当前文件保存为图片格式 • Preferences。可以在里面改变GVIEW 默 认的 • 各种显示的设置。
• • • • • • • • • • • •
此时会出现下面的窗口，根据C-F 键的长度在 0.675 和2.700 之间的方 框内进行C-F 键的调整。完毕后点击OK 即可。
• (6)．双击GVIEW 界面上的 图标，出现以 下窗口，这是GVIEW 里内置的链烃库，选 中乙烷。
• (7).在工作窗口内空处点左键，用我们前面讲过的命令调节苯和乙烷 间的距离和角度，将鼠标放在分子上，按左键左右或前后移动，可以 调节分子的角度；将鼠标放在分子上，前 • 后移动，可以将分子放大或缩小。Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗 口内平移分子 • 当工作窗口内有多个分子时【在构建大的分子时，这种情况很容易出 现】这时可用以下命令 • 可以用Shift+Alt+鼠标左键组合移动想要移动的分子，以调节各个分 子间的距离。 • 可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度，以调节各个 分子间的角度。 • Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和[将鼠标左键放在分子上，左右或前后 移动，可以调节分子 • 的角度]这个功能连用。具体的好处需要自己去试。
• 应用Gauss时，计算结果的图形显示以及较 复杂分子的构建均需借助于辅助软件的配 合使用。 • Gauss本身能识别和读入Brookhaven PDB 格式的分子描述文件（文件名为*.pdb 或 *.ent），作业完成后又能通过External PDB Viewer 命令输出描述分子最后几何构 型的*.pdb 文件。因此，能够读入和输出 PDB 格式文件且带有分子构建和三维显示 功能的计算机化学软件均可用作Gauss的辅 助软件。
• 将鼠标放在分子上，按左键左右或前后移动，可以调节分 子的角度将鼠标放在分子上，前后移动，可以将分子放大 或缩小 • Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗口内平移分子，当工作 窗口内有多个分子时【在构建大的分子时，这种情况很容 • 易出现】这时可用以下命令可以用Shift+Alt+鼠标左键组 合移动想要移动的分子，以调节各个分子间的距离可以用 Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度，以调节 各个分子间的角度。Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和[将 • 鼠标左键放在分子上，左右或前后移动，可以调节分子的 角度]这个功能连用。
• 选择完毕后，点Submit 即可递交计算。有 时由于安装的原因GVIEW 无法与GAUSS 建立关联，就不能直接从GVIEW 里递交计 算。这时可以在GVIEW 里保存用于 GAUSS 计算的输入文件，然后从GAUSS 里调出文件进行计算。
．构建分子中的注意事项
• 在构建分子前，应对分子的键长，键角和点群等 有一个详细的了解。这样在构建过程中才能更好 的把握细节，如构建大分子时，各个集团间的键 长，键角和二面角一定要给的准确。相当一部分 的错误（如SCF 不收敛，1502 报错等）都是分 子建模不合理造成的。分子模型不合理导致程序 根据分子模型所得的薛定鄂方程不合理，也就导 致了对方程的解不能顺利完成，所以报错。对于 大分子，不会出现分子直线排步的情况，链烃通 常为锯齿型的排列，环之间总是有一定的夹角， 共面情况虽有但不多见，这些都是在构建分子模 型的过程中需要注意的。
（10）．查看分子的对称性
• 从Edit-Point group 路径可以查看所构建分 子的点群。点击Point group 后，出现如下 窗口： • 为C1 点群，其下拉菜单中的为可能的点群 （改变Tolerance,也可帮助我们判断所构建 体系 • 可能有的点群） • （11）．
• 为C1 点群，其下拉菜单中的为可能的点群 （改变Tolerance,也可帮助我们判断所构建 体系 • 可能有的点群）
Result
• 显示计算的结果，包括电荷，静电势表示 的表面，振动频率，核磁，势能面扫描， 优化等。注意有些结果只能用检查点文件 才能显示。
常用功能键的介绍。
• 这些常用的功能键在上面菜单栏的介绍中 已有提到。在这里将对它ห้องสมุดไป่ตู้给出一个详细 的解释。
现在来构建一个间氟苯乙烷分子并 从GVIEW 里递交计算
• （11）．查看分子坐标。单击GVIEW 界面 上的 图标。出现下面窗口
Z 表示时内坐标，C 表示直角坐标。可以在里面对坐标做适当的调整
• （12）．向GAUSS 递交计算。点GVIEW 界面上Calculation 中的Gaussian
• 会出来一个递交计算的对话框。从所给的对话框中可以选 择工作类型Job Type（如优化，能量或频率等）;计算方 法Method（如半经验方法，HF 方法，DFT 方法，MP 方 法等，还可以选定基组）;Title(对所要做的计算给一个说 明，以备以后的查看) Link 0（给检查点文件命名，还可 以在此用RWF 命令设置临时数据交换文件的大小）； General,Guess,（这两个选项主要是给出体系中各原子的 连接关系及如何给出初始猜测）；NBO（可在此设定 NBO 计算）,PBC（可在此设定晶体的有关计算）, Solvation（可在此设定溶液中的计算，除了选择溶剂外， 还要选择模拟溶剂的理论模型）
• （8）．单击GVIEW 界面上 图标。然后点 击与乙烷正对的苯上的C 原子和H 原子， 选择“None”，乙烷上的C-H 键作类似处 理 • 然后单击GVIEW 上的 图标，点选工作窗口 中的两个氢原子，即将它们删去
• 再单击GVIEW 界面上 图标，根据实际键长 将两个C 原子联起来。至此分子构建已完 成。
高斯输入文件的创建和程序运行
• 初学时，可以调用高斯自带的练习进行计 算已达到学习高斯的目的(在example 和 • exercise 文件夹中)。
．创建输入文件的目的
• 所有的量化程序（包括高斯）都是将所输入的分 子转化为薛定谔方程，然后求解方程得 • 到所需要的有关分子的性质。因此我们必须要将 所研究的体系转化为高斯的输入文件，才能 • 调入到高斯中进行计算。输入分子结构的合理性 将直接决定着据此得到的薛定谔方程的合理 • 性，也就影响着所得到的解的准确性，所以创建 一个合理的输入文件是量化计算的一个重要 • 环节。对于金属配合物，块体材料和纳米材料来 说，构建合理的输入文件也是难点。
• View 这里面的选项都是于分子的显示有关 的，如显示氢原子，显示键，显示元素符 号，显示哑原子显示坐标轴等
Calculalte：
Calculalte：
• 可从GVIEW 中直接向高斯提交计算。这是GVIEW 作为高 斯软件配套功能的重要体现。从所给的对话框中可以选择 工作类型Job Type（如优化，能量或频率等）;计算方法 Method（如半经验方法，HF 方法，DFT 方法，MP 方法 等，还可以选定基组）;Title(对所要做的计算给一个说明， 以备以后的查看) Link 0（给检查点文件命名，还可以在 此用RWF 命令设置临时数据交换文件的大小）； General,Guess,（这两个选项主要是给出体系中各原子的 连接关系及如何给出初始猜测）；NBO（可在此设定 NBO 计算）,PBC（可在此设定晶体的有关计 算）,Solvation（可在此设定溶液中的计算，除了选择溶 剂外，还要选择模拟溶剂的理论模型）
Edit: 在这里可以完成对分子的剪且，拷贝， 删除 和抓图等。 Atom List,显示当前分子的内坐标，笛 卡儿坐标，分数坐标等。 Point Group 可以显示当前分子的 点群及可能有的点群。 PBC 显示晶体文件（可以将CIF 文件转 换为图形，在点PBC 按钮后所给 并的对话框中根据选项调节具体显示的格式。 Mos 用于显示分子轨道（只有检查点文件， 此选项才能给出分子轨道图。 Symmetrize，对当前体系进行对称性控制。
• 我们先来了解一下如何将绘图软件 （GVIEW除外，因为它可以直接生成用于 高斯计算的输入文件）生成的文件转化成 可直接用于高斯计算和易于控制对称性的 高斯输入文件。 • 本法通用于能够输出*.pdb 或*.ent 文件的辅 助软件。基本步骤：
• ① 在辅助软件界面上构建分子，规整化为 “标准构型”或用分子力学法进行初步几 何优化 • ② 存为PDB 格式文件； • ③ 打开Gauss的主窗口，用UtilitiesNewMat 读入PDB 格式文件并转换为Z-矩 阵； • ④ 在跳出的作业编辑对话框上补充完成输 入文件
• (1)双击GVIEW 图标，打开GVIEW ，下图 就是GIVE 打开后的窗口
• (2)．双击窗口中的 图标，得到如下窗口， 里面有常用的环状官能团。选中苯环（单 击即可选中）
(3).在当前工作窗口（打开GIVEW 时程序自动打开一个工作窗口，如下 图）也可通过File-new 路径新建一个工作窗口，在这个窗口中点鼠标左 键窗口中就会出现苯分子，见下图
GVIEW 使用简介
• GVIEW 是一个专门设计于高斯配套使用的 软件，其主要用途有两个 • 1． 构建高斯的输入文件 • 2． 以图的形式显示高斯计算的结果 • 除了可以自己构建输入文件外，GVIEW 还 可读入CHEM3D，HYPERCHEM 和晶体数 据等诸多格式的文件。从而使其可以于诸 多图形软件连用，大大拓宽了使用范围。