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临床科研课题设计与实施–观察指标赵一鸣北京大学第三医院临床流行病学研究中心引言是床阶需⏹观察指标是临床研究设计阶段需要仔细考虑的问题，是研究设计的重仔细考虑的问题是研究设计的重要组成部分。
⏹观察指标从不同角度看有不同的属性。
这些属性与临床研究设计密切这些属临床密相关。
为了做好观察指标的设计，相关。
为了做好观察指标的设计需要了解这些属性。
观察指标的变化变量与常量•临床研究中收集的资料在统计分析时称为变量。
变量的特点是“变”，时称为变量变量的特点是“变”即从不同研究对象处收集到的信息是不同的。
•例如：某研究收集了50名男性患者、50名女性患者，性别就是一个变量。
变量与常量•常量的含义是“不变的量”。
•例如：某研究观察米非司酮终止早孕的疗效及安全性，所有观察对象均为女性，此时性别就成为常量。
变量与常量中者•在临床研究中，研究者选择的观察指标应该是变量而的观察指标应该是变量，而且有足够大的变化范围，否且有足够大的变化范围否则有可能因观察指标设计不合造成研究质量下降甚至合理造成研究质量下降甚至失败。
变量与常量•例如：研究某基因位点的单核苷酸多态性（SNP）与个体易感性关系时，如果该基因位点的SNP在人群中的发生频率很低（如2％），研究者就必须观察大样本人群研究者就必须观察大样本人群才有可能获得明确的结果。
基因位点SNP 的变化很小（变量的变化范围小）时采用相关性研究研究设计方案要特别小心很相关性研究研究设计方案要特别小心，很可能因样本量不够而得不出明确的结论。
1. 米非司酮配伍前列腺素终止早孕阴道出血图米非司酮配伍前列腺素终止早孕阴道出时间的分布变量与常量•对于连续变量，要考虑该变量的平均水平、变异范围和变异的分布等均水平变异范围和变异的分布等问题。
问题变异小组间差异大•变异小、组间差异大——√变异大组间差异小•变异大、组间差异小—— /×观察指标的性质预报结果变量变量变变混杂变量预报变量•在临床研究中将某些变量作为危险因素、保护因素、预选基因、险因素保护因素预选基因干预因素等，并分析它们与结果干预因素等并分析它们与结果变量之间的关系，这些变量称为预报变量。
生物样本的单核苷酸多态性（SNP）位点检测--高通量飞行时间质谱法（MALDI-TOF MS）1 适用范围本标准为检验实验室进行药物靶点基因的检测提供技术指导。
本标准适用的样本包括：全血标本、石蜡包埋组织、干血片、口腔拭子、唾液等。
2 规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的，凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。
凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
药物代谢酶和药物作用靶点基因检测技术指南(试行)，（2015年国家卫生和计划生育委员会医政医管局国卫医医护便函〔2015〕240号）个体化医学检测微阵列基因芯片技术规范（国家卫生计生委办公厅，国卫办医函〔2017〕1190号）感染性疾病相关个体化医学分子检测技术指南（国家卫生计生委办公厅，国卫办医函〔2017〕1190号）农业部1782号公告-12-2012 转基因生物及其产品食用安全检测蛋白质氨基酸序列飞行时间质谱分析方法卫生部办公厅关于印发《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》的通知(卫办医政发〔2010〕194号)3、术语和定义3.1 rs和ss体系SNP由美国国立生物技术信息中心（national center for biotechnologyinformation，NCBI）建立、dbSNP数据库制定的SNP命名体系，rs体系的SNP代表已获得官方认可和推荐的参考SNP（reference SNP），ss体系的SNP代表用户新递交但尚未得到认可的SNP（submitted SNP）。
3.2 单核苷酸多态性（SNP）是指由单个核苷酸-A、T、C或G的改变而引起的DNA序列的改变，造成包括人类在内的物种之间染色体基因组的多样性。
3.3 等位基因（allele）一般是指位于一对同源染色体相同位置上控制某一性状的不同形态的一对基因。
若成对的等位基因中两个成员完全相同，则该个体对此性状来说是纯合子。
VEM4基因调控拟南芥抗旱的功能研究的开题报告
标题： VEM4基因调控拟南芥抗旱的功能研究
1.研究背景和意义
干旱是世界范围内广泛存在的自然灾害之一，其对作物的生产和生存产生非常严重的影响。
拟南芥作为一种模式植物，具有快速生长、矮化、短生命周期等优势，是研究植物逆境胁迫响应机制的理想模型。
多种基因已经被鉴定出在拟南芥中调控其逆境响应,但仍然需要更进一步的研究。
因此，研究拟南芥逆境响应机制，特别是其抗旱机制，对于提高拟南芥的耐旱性和其他作物的生产有很大的帮助和意义。
2.研究目的
本研究旨在探索拟南芥在干旱胁迫下VEM4基因的表达及演化，以及推断VEM4参与拟南芥的抗旱性质，从而加深对于逆境响应的理解。
3.研究方法
本研究将采用分子生物学技术和生物信息学方法探究拟南芥在干旱胁迫下VEM4基因的表达及其信号传递途径，并分析VEM4基因在不同拟南芥品种中的演化情况。
此外，我们还将使用敲除VEM4基因、果蝇诱变、CRISPR-Cas9等方法来分析VEM4基因在拟南芥中的特定功能和匹配途径，从而探讨该基因对干旱等逆境条件的响应和拟南芥的抗旱性。
4.预期成果
通过此次研究，我们预计获得以下结果：
1）VEM4基因在拟南芥中的表达与信号传递途径的规律
2）VEM4基因在不同拟南芥品种中的演化状态
3）VEM4基因对干旱等逆境条件的响应及拟南芥的抗旱性
5.结论
此次研究将有助于深入探究拟南芥逆境响应机制，为作物的耐旱性及抗其他生物胁迫综合性能提供基础研究和实践参考。
同时，本研究可为其他作物的耐旱育种和进化策略提供启发。
农业生物技术学报Journal of Agricultural Biotechnology 2004,12(2): 122~131· · 研究论文拟南芥基因位点的单核苷酸多态性(SNP)变化 与抗旱表型的相应性 *2 陈茂盛 1， 曹鸣庆 2 Dominique Brunnel3 Georges Pelletier3 黄丛林 2** 杨 清 1**2 郝岗平 1， 吴忠义 2(1. 南京农业大学生命科学学院, 南京 210095; 2. 北京农业生物技术研究中心, 北京 100089; 3.Gé né t ique et Amé l ionration des Plantes, INRA,78026, France.) 摘要：以生长于不同生态气候条件下的 17 个拟南芥( 和抗旱转录因子 Columbia 生态型相比， 25av、 203av 和 244av 生态型的 )核心生态型为材料， 分析了它们的相对抗旱性 基因位点具有高密度的 SNP 和插入 / 缺失(Indel)， 多态性的频率基因的单核苷酸多态性 (SNP)。
结果表明，不同的拟南芥生态型具有差异明显的抗旱性。
与拟南芥说明该区域核苷酸变化符合中 为每 35.8 bp 1 个 SNP， 每 143 bp 1 个 Indel。
Tajima'S D 统计学检验结果显示各区域都不显著， 性突变假说， 较高的核苷酸多样性是净化选择的结果。
基因非编码区的多态性是编码区的 4 倍， 表明编码区承受着更大的选择 压力。
在编码区， SNP 的频率为每 96.4 bp 1 个 SNP， 其中 1034 位(以 GenBank No.AB015478 序列第 19 696 位的核苷酸为 1)碱 基变化： G↔ T ， 引起第 205 位氨基酸变化： gly↔val。
而 203av 形成的 haplotype 6 具有 4 个特异的 SNP 变化， 其中 5′ 端非编码 南芥是抗旱性最强的一个生态型, 研究认为 haplotype 6 与它较强的抗旱性表型相应。
遗传学知识：基因多态性的分析基因多态性的分析基因多态性指的是同一物种中基因序列的变异。
这种基因变异的存在能够导致个体在性状、健康状况、药物代谢等方面出现差异。
分析基因多态性是研究人类基因组的重要手段之一。
本文将从基因多态性的定义、应用、评估等方面进行阐述。
一、基因多态性的定义基因多态性是指基因序列中存在的可变性。
现有研究表明，基因组中约有1%的序列存在变异。
基因多态性的具体表现形式包括单核苷酸多态性（SNP）、串联重复序列（VNTR）等。
基因多态性的存在能够对生物学过程产生影响，如个体的健康状况、药物代谢等。
二、基因多态性的应用基因多态性的存在对个体特征的表现产生影响。
目前，许多研究开展了基因多态性和疾病之间的关联分析，以探究特定基因型与疾病的发生发展之间的关联。
例如，糖尿病、高血压等疾病就与特定基因型有着密切的联系。
另外，基因多态性在个体化用药方面也有广泛的应用。
现有研究表明，基因多态性能够影响药物的代谢和吸收，从而导致个体在药理治疗中出现不同的反应。
因此，在药物治疗中，针对个体基因多态性进行评估和应用，能够提高药物治疗效果和降低不适应症的发生率。
三、基因多态性评估目前，基因多态性的评估主要有两种方式：基于PCR的单纯性分析和基于芯片的多基因分型分析。
基于PCR的单纯性分析是最常见的基因多态性评估方式。
该技术采用特定引物进行扩增，得到基因对应位点的DNA序列，进而对基因型进行分析。
该技术具有操作简单、针对单一基因位点、成本低等特点。
基于芯片的多基因分型分析可以同时评估多个基因位点的多态性。
该技术采用芯片上固定的探针来检测基因多态性，具有高通量、高灵敏度等特点。
但该技术由于成本和技术难度较高，目前仅在特定研究领域得以应用。
四、总结基因多态性评估能够在疾病诊断、药物个体化治疗等方面发挥重要作用。
目前，基于PCR和芯片的技术已成为基因多态性评估的主要手段。
基因多态性是人类基因组研究的重要内容之一，未来随着技术的发展和深入研究，其应用领域和价值将不断扩大和深化。
基因在染色体上位置的判定方法基因的位置是指基因位点在染色体上的具体位置，确定基因的位置对于研究基因的功能和相互作用以及遗传疾病的发生机制非常重要。
在过去的几十年里，科学家们发展了多种方法来确定基因在染色体上的位置，以下是其中一些常用的方法：1. 遗传连锁分析（Genetic Linkage Analysis）：遗传连锁分析是一种通过研究基因在家族中的分离方式来确定基因在染色体上位置的方法。
该方法利用家系研究的理论，结合家族基因型和表型信息，分析基因之间的连锁关系，从而确定基因在染色体上的位置。
通过观察特定基因在家族中的遗传方式，可以大致确定其在染色体上的相对位置。
2. 分子标记连锁分析（Molecular Marker Linkage Analysis）：分子标记连锁分析是一种利用分子标记（如多态性位点）来确定基因在染色体上位置的方法。
该方法通过检测和比较家族成员之间的分子标记，来确定其在染色体上的相对位置。
最常用的分子标记是DNA上的多态性位点，如单核苷酸多态性（SNP）和简单重复序列等。
3. 遗传图谱绘制（Genetic Mapping）：遗传图谱绘制是一种通过构建遗传图谱来确定基因在染色体上位置的方法。
该方法基于基因重组的原理，利用不同基因座之间的重组频率，建立基因座之间的距离和顺序，从而确定基因在染色体上的位置。
遗传图谱绘制常用的手段有连锁分析和重组分析等。
4. 排序（Sequencing）：排序是一种直接测定基因序列来确定基因在染色体上位置的方法。
该方法利用现代测序技术（如Sanger测序、二代测序和三代测序等）对基因进行测序，得到基因的具体序列。
通过比对已知的染色体序列，可以确定基因在染色体上的位置。
5. FISH技术（Fluorescence In Situ Hybridization）：FISH技术是一种通过将荧光标记的DNA探针与染色体特定区域的DNA序列结合，来确定基因在染色体上的位置的方法。
单核苷酸多态性与人类疾病的关系分析单核苷酸多态性（SNP）即为DNA中存在的单个碱基变异，在人类基因组中被广泛地发现。
SNP的存在可以导致多种遗传性疾病的发生和进展，这些疾病主要包括肿瘤、免疫系统疾病、心血管疾病、神经系统疾病和代谢疾病等。
许多科学家和医学专家正在深入研究SNP与人类疾病之间的关系。
SNP是基因组中DNA序列的最小形式变异，是目前人类基因组研究的热点之一。
事实上，SNP的存在可以对个体的生理、病理甚至心理起到重要的影响。
首先，SNP对肿瘤的发生和发展具有关键影响。
比如，某些SNP与乳腺癌、结直肠癌、胃癌和前列腺癌等恶性肿瘤有着密切的关系。
例如，HER2基因扩增和突变是在人类乳腺癌中非常常见的突变之一。
还有在结直肠癌中观察到的BRAFV600E突变，这种突变在一些患有结直肠癌的患者中很常见，而且具有预后不良的特点。
与此同时，一些SNP还被应用于肿瘤早期筛查和诊断疾病。
SNP在免疫系统疾病中也是一个非常重要的因素。
某些SNP能够影响身体对外来抗原的反应，从而导致自身免疫疾病的发生。
例如，类风湿性关节炎患者中常出现的HLA-DRB1抗原，就是一种能够导致自身免疫疾病的SNP。
此外，SNP也能够影响细胞因子、炎症介质和受体，这一点进一步增加了自身免疫疾病的发生风险。
心血管疾病的预测和治疗是SNP应用的另一个方向。
SNP在心血管疾病的筛查和风险评估中起着重要的作用。
例如，一些SNP与高血压、冠心病等心血管疾病有着密切的关系。
例如，ACE、AGT、eNOS、APOC3等基因位点是影响心血管疾病发展和治疗的重要SNP点之一。
SNP对神经系统疾病也有着重要影响。
例如，某些SNP与老年痴呆、帕金森病和抑郁症等疾病有密切关系。
研究证明，ApoE4是老年痴呆症患者中最常见的SNP基因变异。
与此同时，COMT、DAT1、DRD4和5-HTTLPR等基因位点与抑郁症状的发生也有关联。
最后，SNP对代谢疾病的发生和进展也具有显著的影响。
拟南芥CBF1、CBF4基因及启动子的克隆与植物表达载体的构建的开题报告一、研究背景与意义1、拟南芥（Arabidopsis thaliana）是模式植物，具有基因组信息完整、生长发育周期短、容易培养等特点，被广泛应用于植物学研究中。
2、CBF（C-repeat binding factor）是一种转录因子，可以感应水分胁迫、低温等逆境信号，发挥重要的调节功能，对植物的逆境适应具有重要的作用。
因此，CBF基因及其启动子的研究有助于深入理解植物的逆境响应调控机制。
3、本课题将针对拟南芥CBF1、CBF4基因进行克隆及其启动子的分析，构建适合植物表达的载体，拟探究CBF基因及其启动子在植物逆境适应中的调节机制，从而为植物抗逆育种提供理论依据。
二、研究内容与方法1、基因克隆将拟南芥基因组DNA作为PCR反应模板，设计引物，利用PCR技术扩增CBF1、CBF4基因。
通过酶切与PCR定序技术验证扩增片段的正确性。
2、启动子分析将拟南芥基因组DNA作为PCR反应模板，利用PCR技术扩增CBF1、CBF4基因的上游1.5 kb和下游1.5 kb的片段，构建启动子分析载体（pCAMBIA1301），并通过酶切及PCR定序进行验证。
3、表达载体构建将CBF1、CBF4基因的编码序列与pCAMBIA1301载体进行连接，在连接处采用重叠PCR技术连接得到CBF基因表达载体，通过酶切、PCR及测序技术进行验证。
4、植物转化及逆境处理利用农杆菌侵染法将CBF基因表达载体转化到拟南芥中进行表达分析。
并采用水分胁迫、低温等逆境处理，测定不同条件下CBF基因在植物中的表达水平及相关的生理生化指标。
三、预期结果与意义1、成功克隆CBF1、CBF4基因及其启动子序列，构建适合植物表达的载体。
2、通过植物转化及逆境处理，证明CBF基因在植物逆境适应中的重要作用，深入了解植物逆境适应调节机制。
3、为今后进一步开展植物抗逆育种研究提供理论依据。
生物样本的单核苷酸多态性（SNP）位点检测--高通量飞行时间质谱法（MALDI-TOF MS）1 适用范围本标准为检验实验室进行药物靶点基因的检测提供技术指导。
本标准适用的样本包括：全血标本、石蜡包埋组织、干血片、口腔拭子、唾液等。
2 规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的，凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。
凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
药物代谢酶和药物作用靶点基因检测技术指南(试行)，（2015年国家卫生和计划生育委员会医政医管局国卫医医护便函〔2015〕240号）个体化医学检测微阵列基因芯片技术规范（国家卫生计生委办公厅，国卫办医函〔2017〕1190号）感染性疾病相关个体化医学分子检测技术指南（国家卫生计生委办公厅，国卫办医函〔2017〕1190号）农业部1782号公告-12-2012 转基因生物及其产品食用安全检测蛋白质氨基酸序列飞行时间质谱分析方法卫生部办公厅关于印发《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》的通知(卫办医政发〔2010〕194号)3、术语和定义3.1 rs和ss体系SNP由美国国立生物技术信息中心（national center for biotechnologyinformation，NCBI）建立、dbSNP数据库制定的SNP命名体系，rs体系的SNP代表已获得官方认可和推荐的参考SNP（reference SNP），ss体系的SNP代表用户新递交但尚未得到认可的SNP（submitted SNP）。
3.2 单核苷酸多态性（SNP）是指由单个核苷酸-A、T、C或G的改变而引起的DNA序列的改变，造成包括人类在内的物种之间染色体基因组的多样性。
3.3 等位基因（allele）一般是指位于一对同源染色体相同位置上控制某一性状的不同形态的一对基因。
若成对的等位基因中两个成员完全相同，则该个体对此性状来说是纯合子。
拟南芥CBF2基因的抗旱性研究
李新玲;徐香玲;王全伟
【期刊名称】《生物技术通报》
【年(卷),期】2010(000)010
【摘要】以拟南芥为材料,根据已报道的序列设计引物克隆了CBF2基因及rd29A 基因启动子,并构建了植物表达载体pBI-rd-cbf,用以转化烟草.转基因烟草的Northern杂交检测显示,30%PEG诱导条件下CBF2基因在诱导30 min之后持续较高的表达水平,且表达水平受胁迫诱导程度的影响.抗旱生理指标测定显示,干旱条件下转基因烟草植株的脯氨酸含量迅速增高,远超于野生型;而丙二醛含量的增长幅度要比野生型植株小很多,且随着胁迫时间的延长,转基因植株体内的丙二醛含量逐步趋于稳定.试验证明,CBF2基因在提高农作物的抗旱性方面具有极大的利用价值.【总页数】5页(P96-99,103)
【作者】李新玲;徐香玲;王全伟
【作者单位】哈尔滨师范大学生命科学与技术学院,哈尔滨,150025;哈尔滨师范大学生命科学与技术学院,哈尔滨,150025;哈尔滨师范大学生命科学与技术学院,哈尔滨,150025
【正文语种】中文
【中图分类】S6
【相关文献】
1.两种拟南芥 CBF2基因突变体的鉴定与分析 [J], 刘晓东;刘超;焦彬彬;代培红;苏秀娟;李月
2.表达二穗短柄草CBF2基因拟南芥抗旱性分析 [J], 张彦妮;焦孟月;刘奕佳
3.过量表达棉花CBF2基因提高转基因拟南芥抗旱耐盐能力 [J], 陈芸;郑勇;刘霞;任羽;马刘峰;
4.过量表达棉花CBF2基因提高转基因拟南芥抗旱耐盐能力 [J], 陈芸;郑勇;刘霞;任羽;马刘峰
5.AhBG1转基因拟南芥的ABA敏感性和抗旱性研究 [J], 黄莹琳;张志;张洪亮;胡博;龙海涛
因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
外源脱水应答转录因子CBF4基因转化玉米的获得杨东歌;杨凤萍;陈绪清;张立全;张晓东【期刊名称】《作物学报》【年(卷),期】2009(35)10【摘要】用PCR方法克隆了拟南芥脱水应答转录因子CBF4基因,以逆境诱导表达基因rd29A的启动子为驱动,构建了逆境诱导表达载体pBAC146.用基因枪转化法转化玉米优良自交系的幼胚和胚性愈伤组织,轰击后的愈伤组织经过筛选、分化和植株再生过程,共获得36棵转基因植株.经PCR、PCR-Southern和Southern检测表明,外源目的基因已成功整合到部分转基因玉米株系的基因组中.人工干旱处理下,抗旱生理指标测定显示,一个转基因株系的脯氨酸含量和叶绿素含量比野生型对照提高一倍,间接表明转基因株系的抗旱能力在某种程度上有所提高.【总页数】5页(P1759-1763)【作者】杨东歌;杨凤萍;陈绪清;张立全;张晓东【作者单位】北京市农林科学院农业生物技术研究中心,北京100097;首都师范大学生命科学学院,北京,100037;北京市农林科学院农业生物技术研究中心,北京100097;北京市农林科学院农业生物技术研究中心,北京100097;北京市农林科学院农业生物技术研究中心,北京100097;北京市农林科学院农业生物技术研究中心,北京100097【正文语种】中文【中图分类】S5【相关文献】1.小麦脱水应答转录因子(TaDREBs)的序列分析及TaDREBs基因在部分小麦品种的分布 [J], 郑爱彬;押辉远;谷运红2.脱水应答转录因子CBF1的克隆与转基因小麦的分子检测 [J], 王军卫;张改生;张晓东3.白菜脱水应答转录因子BpDREB1基因的克隆及功能研究 [J], 刘晓颖;陈丽媛;张竞秋;李嘉玮;高越;王振英4.基因枪转化获得的转基因水稻中外源基因整合与表达规律研究 [J], 华志华;朱雪峰;林鸿生;高振宇;钱前;颜美仙;黄大年5.外源脱水应答转录因子DREB基因在转基因小麦中的诱导型表达与抗干旱生理效果研究(英文) [J], 王军卫;杨凤萍;陈绪清;梁荣奇;张立全;耿东梅;张晓东;宋亚珍;张改生因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
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变量与常量•例如：研究某基因位点的单核苷酸多态性（SNP）与个体易感性关系时，如果该基因位点的SNP在人群中的发生频率很低（如2％），研究者就必须观察大样本人群研究者就必须观察大样本人群才有可能获得明确的结果。
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1. 米非司酮配伍前列腺素终止早孕阴道出血图米非司酮配伍前列腺素终止早孕阴道出时间的分布变量与常量•对于连续变量，要考虑该变量的平均水平、变异范围和变异的分布等均水平变异范围和变异的分布等问题。
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转录因子CBF4基因的克隆及其植物表达载体的构建徐春波;王勇;赵海霞;李兴酉【摘要】为应用转录因子CBF4基因对苜蓿进行抗逆性改良,试验利用聚合酶链式反应技术(PCR)从拟南芥(Arabidopsis thaliana)植株中克隆了CBF4基因,与GenBank中基因序列同源性可达99.41%,并将该基因连接到植物表达载体PBI121中,成功构建了适于苜蓿农杆菌遗传转化的植物表达载体,为下一步利用CBF4基因快速培育耐逆性强的苜蓿新品种奠定了基础.【期刊名称】《华北农学报》【年(卷),期】2010(025)004【总页数】4页(P53-56)【关键词】CBF4;拟南芥;克隆;表达载体构建【作者】徐春波;王勇;赵海霞;李兴酉【作者单位】中国农业科学院,草原研究所,内蒙古,呼和浩特,010010;内蒙古农业大学,生态环境学院,内蒙古,呼和浩特,010018;中国农业科学院,草原研究所,内蒙古,呼和浩特,010010;中国农业科学院,草原研究所,内蒙古,呼和浩特,010010【正文语种】中文【中图分类】Q78;S637近年来，随着我国草地畜牧业的发展和农业产业结构的调整，草产业呈现出强劲的发展势头，而苜蓿作为草产业发展的主导草种，低温、干旱等逆境条件是制约其快速发展的突出问题，不仅限制了苜蓿种植的区域，而且导致其产量的重大损失，因此，如何在短时间内培育出耐逆性强的苜蓿新品种，便成为一个急待解决的问题[1-6]。
植物的耐逆性属于复杂的数量性状，是多种耐逆机制共同作用的结果[7-9]。
用单一的功能基因转化植物，虽能使转基因后代的耐冷性、耐旱性或耐盐性得到提高，但效果并不十分理想。
CBF转录激活因子的发现则为基因工程改良植物耐逆性提供了一种全新的技术途径[10]。
CBF转录激活因子是一类受低温特异诱导的反式作用因子[11-13]。
它们能与CRT/DREDNA(C-repeat/dehydration-responsive element (DRE) DNA binding protein)调控元件特异结合，促进启动子中含有这一调控元件的多个冷诱导和脱水诱导基因的表达，从而激活植物体内的多种耐逆机制 [14]。
基因位点是什么意思
基因位点是指基因组中特定位置上发生的遗传变异点，也称为基因突变位点。
在人类基因组中，有数十亿个碱基对构成了我们的DNA。
在这些碱基对中，一些
特定位置上的变异可以导致基因型的改变，进而影响个体的生理特征和疾病易感性。
基因位点的种类多种多样，常见的包括单核苷酸多态性（SNP）、插入/缺失等。
这些变异可以是遗传的，也可以是在个体生命周期中产生的新变异。
通过对基因位点的研究，科学家可以揭示不同基因型与表型之间的关系，深入探索基因对人类生命的影响。
在遗传学研究中，通过对基因位点的检测和分析，可以帮助人们了解某些疾病
的风险因素以及个体对药物的敏感性。
同时，基因位点的研究也为个性化医疗、遗传疾病的早期筛查提供了重要的依据。
基因位点的研究离不开现代生物技术的支持，包括基因检测技术、高通量测序、生物信息学等。
这些技术的发展为基因位点研究提供了更精准的工具，使科学家们能够更好地理解基因在生命中的作用。
在未来，随着生物技术的不断发展和基因组学研究的深入，我们有望更全面地
解析基因位点的奥秘，为预防疾病、改善人类健康水平提供更有效的手段。
基因位点不仅是遗传学研究的重要领域，也将在医疗健康、生命科学领域发挥重要作用。
农业生物技术学报Journal of Agricultural Biotechnology 2004,12(2): 122~131· · 研究论文拟南芥基因位点的单核苷酸多态性(SNP)变化 与抗旱表型的相应性 *2 陈茂盛 1， 曹鸣庆 2 Dominique Brunnel3 Georges Pelletier3 黄丛林 2** 杨 清 1**2 郝岗平 1， 吴忠义 2(1. 南京农业大学生命科学学院, 南京 210095; 2. 北京农业生物技术研究中心, 北京 100089; 3.Gé né t ique et Amé l ionration des Plantes, INRA,78026, France.) 摘要：以生长于不同生态气候条件下的 17 个拟南芥( 和抗旱转录因子 Columbia 生态型相比， 25av、 203av 和 244av 生态型的 )核心生态型为材料， 分析了它们的相对抗旱性 基因位点具有高密度的 SNP 和插入 / 缺失(Indel)， 多态性的频率基因的单核苷酸多态性 (SNP)。
结果表明，不同的拟南芥生态型具有差异明显的抗旱性。
与拟南芥说明该区域核苷酸变化符合中 为每 35.8 bp 1 个 SNP， 每 143 bp 1 个 Indel。
Tajima'S D 统计学检验结果显示各区域都不显著， 性突变假说， 较高的核苷酸多样性是净化选择的结果。
基因非编码区的多态性是编码区的 4 倍， 表明编码区承受着更大的选择 压力。
在编码区， SNP 的频率为每 96.4 bp 1 个 SNP， 其中 1034 位(以 GenBank No.AB015478 序列第 19 696 位的核苷酸为 1)碱 基变化： G↔ T ， 引起第 205 位氨基酸变化： gly↔val。
而 203av 形成的 haplotype 6 具有 4 个特异的 SNP 变化， 其中 5′ 端非编码 南芥是抗旱性最强的一个生态型, 研究认为 haplotype 6 与它较强的抗旱性表型相应。
关键词： 基因 ；单核苷酸多态性； 抗旱性状 区 3 个： 27 位的 A↔ G， 129 位的 A↔ C， 171 位的 G↔ A； 3' 端非编码区 1 个： 1106 位的 A↔ C。
抗旱性鉴定结果表明 203av 拟Single Nucleotide Polymorphisms of Locus Region of Correspond to Drought ToleranceHAO Gang-Ping1,2 WU Zhong-Yi2 CHEN Mao-Sheng1,2 CAO Ming-Qing2 Dominique Brunnel3 Georges Pelletier3 HUANG Cong-Lin2** YANG-Qing1 **(1. College of Life Science, Nanjing Agricutural University, Nanjing 210095, China; 2. Beijing Agro-biotechnology Research Center, Beijing 100089, China; 3. Gé n é t ique et Amé l ionration des Plantes, INRA,78026,France) The levels of drought tolerance and nucleotide polymorphism at accessions of drought stress. Compared with Columbia, the frequency of nucleotide polymorphism at the locus in a worldwide sample of 17 core locus of 25av、 203av and 244av ofwere examined. The results showed that different accessions had quite difference in adaptation to, including single nucleotide polymorphism ( SNP ) and insertion/deletion( Indel ),was high , on average 1 SNP per 35.8 bp and 1 Indel per 143 bp. NS (no significance) in all regions of Tajima′ D result indicated that the neutral mutation hypothesis could explain the nucleotide polymorphism in this gene region. The higher polymorphism was the result of purification selection. gene. In coding region of , SNP frequency was 1 SNP per Nucleotide polymorphism in non-coding region was three times higher than that in coding region . This result might indicate a recent relaxation of the selection pressures on noncoding region of 96.4 bp, one nonsynonymous mutation was detected from 25av, 203av and 244av accessions, which was the 205th site amino acid variation: gly↔val caused by the 1034th site (corresponding to 19 696 site nucleotide of GenBank No.AB015478 as 1) nucleotide北京市科 委(No. H012010240240113, H020*********), 科技部中法 PRA * 基金项目： （中法 PRA BT02-2） 和国家重大基础研究规划(973)项目 （No. 2003CB114300） 。
郝岗平: 男， 1970 年 生， 博士 研究生。
** 通讯作者。
Author for correspondence. E-mail: <Huangconglin@>; E-mail:<Qyang19@>.1 和 2 同为第一单位。
收稿日期： 2003-01-26 接受日期:2003-03-13PDF 文件使用 "pdfFactory Pro" 试用版本创建 第2期郝岗平等: 拟南芥基因位点的单核苷酸多态性(SNP)变化与抗旱表型的相应性123variation : G↔T . Furthermore, four differential SNPs were discovered in haplotype 6 constituted by 203av,one of them located in 3′ non-coding region(1106th site A↔ C) , and the others in 5′ non-coding region ( 27th site A↔ G， 129th site A ↔C and 171th site haplotype 6 was consistent with its drought tolerance. G ↔ A) . Assay of drought tolerance indicated that 203av was the best accession tolerating to water deficiency, so we proposed that gene； single nucleotide polymorphism(SNP)； trait of drought tolerance植物的抗旱性不仅与植物的种类、基因型以及 生理生化反应等有关， 而且受干旱发生的时期、 强度 及持续时间的影响，植物的抗旱性是一个十分复杂 的数量性状。
由于植物抗旱性是由多基因控制的数量性状， 受多对微效加性基因作用，这些不同基因构成的遗 彼此之间 传背景中， 可能有主效基因起着重要作用， 相互作用错综复杂，所以任一基因的多态性对植物 的抗旱性可能都起作用。
通过对抗旱相关性状的数但又 和 相同， 都具有保守的 AP2 区域， 基因的表达不受低温诱导， 而是 与它们不同， 受干旱诱导。
过量表达 的转基因拟南芥植株， 其抗旱性和抗寒性明显提高 [6]。
本 研究拟利 用 17 个拟南芥核心生态型 [7] 为材 基因作为抗旱性状 料，首次将抗旱转录因子 的 SNP， 同 的候选基因， 通过直接测序法筛查 时与它们的抗旱表型鉴定结果相结合，分析它们的SNP 变化与抗旱表型的关系。
研究结果一方面增加 拟南芥 SNP 图谱的密度， 为标记和克隆拟南芥抗旱 量性状 位点 （QTLs） 的标记， 就可 以把复杂 的性 状 鉴于此， 主效基因 提供初步 的科学 依据。
同 时 获得 的抗旱 作为一套单基因性状进行分析和研究。
需要 SNP 标记可 直 接应 用 于作 物抗旱分子 标记 辅助 选 寻找一种数目多，分布广泛，且相对稳定的遗传标 择 （MAS） 中， 加快育种进程。
记 。
单核苷酸多态性 （single nucleotide polymorphisms， SNP） 正是代 表了这 样一种 标记， 它是 继限 1 材料和方法 制 性 片段 长 度多态性 （restriction fragment length 1.1 材料 polyporphisms， RFLP） 标记 、 微卫星 多态性（mi发 展起 来 的 采 自不同 国家和地 区的拟南芥材料见 表 1， 种 crosatellite polymorphisms）标记之后 ， 第三代分子遗传标记。
表 1 17 个拟南芥核心生态型 SNP 作为分子遗传标记具有如下优 core ecotypes Table 1 List of 17 点： （1） SNP 是目前为止分布最为 广泛、 标记密度最高的一种遗传 存在数量最多、 编号 凡耳赛种子库 编号 地点 / 国家 纬度 经度 [1] 多态性标记 。
