生物信息学期末复习题

《小学生物教师信息科学》课程期末考察题库(全)一、选择题（每题2分，共计20分）1. 下列哪个软件不是生物信息学中常用的序列分析软件？- A. Clustal Omega- B. BLAST- C. MEGA- D. Microsoft Word2. 在进行生物信息学研究时，下列哪个数据库不是常用的基因组数据库？- A. NCBI GenBank- B. Ensembl- C. UCSC Genome Browser- D. UniProt3. 下列哪个生物信息学技术不是目前用于基因组组装的主要技术？- A. 基于测序的技术- B. 基于克隆的技术- C. 基于比较基因组学的技术- D. 基于转录组学的技术4. 在生物信息学中，哪种类型的数据通常被用于蛋白质结构预测？- A. 序列数据- B. 表达数据- C. 结构数据- D. 代谢数据5. 下列哪个工具不是生物信息学中用于生物标志物发现的主要工具？- A. Gene Ontology Enrichment Analysis- B. t-test- D. Random Forest二、简答题（每题5分，共计30分）1. 请简述生物信息学的定义及其主要研究内容。

2. 请简述基因组组装的主要方法和其优缺点。

3. 请简述生物信息学中的数据类型及其应用场景。

4. 请简述生物标志物的概念及其在生物信息学中的应用。

5. 请简述机器学习在生物信息学中的应用及其主要挑战。

三、案例分析题（共计30分）假设你是一名生物信息学研究员，现在手头有一份某生物样本的转录组数据，请列出你的研究步骤，以及每一步的主要任务和目标。

四、论述题（共计20分）1. 请论述生物信息学在现代生物科学研究中的作用和意义。

2. 请论述生物信息学在医学研究和应用中的前景。

生物信息学复习题生物信息学是一门结合生物学、计算机科学、信息学和数学的交叉学科，它利用计算机技术来处理和分析生物数据。

以下是一些生物信息学复习题，供同学们参考：1. 生物信息学的定义和应用领域- 生物信息学是如何定义的？- 生物信息学在哪些领域有应用？2. 基因组学基础- 什么是基因组学？- 基因组测序的基本原理是什么？3. 序列比对- 序列比对的目的是什么？- 简述局部比对和全局比对的区别。

4. BLAST算法- BLAST算法的原理是什么？- 如何使用BLAST进行序列相似性搜索？5. 基因表达数据分析- 基因表达数据有哪些类型？- 描述基因表达数据的预处理步骤。

6. 蛋白质结构预测- 蛋白质结构预测的重要性是什么？- 简述几种常见的蛋白质结构预测方法。

7. 系统生物学和网络分析- 系统生物学研究的是什么？- 网络分析在系统生物学中的应用。

8. 生物信息学中的数据库- 列举几个常见的生物信息学数据库。

- 解释数据库在生物信息学研究中的作用。

9. 生物信息学中的编程语言- 哪些编程语言在生物信息学中常用？- 简述Python在生物信息学中的应用。

10. 伦理和隐私问题- 在生物信息学研究中可能遇到哪些伦理问题？- 如何保护生物信息数据的隐私？11. 案例研究- 描述一个生物信息学在医学研究中的应用案例。

- 分析该案例中使用的方法和技术。

12. 未来趋势- 预测生物信息学未来的发展趋势。

- 讨论生物信息学如何影响未来的科学研究和医疗保健。

通过这些问题的复习，同学们可以更全面地了解生物信息学的基础概念、关键技术和应用领域。

希望这些复习题能够帮助同学们更好地准备考试和理解生物信息学的重要性。

《生物工程与Bioinformatics基础》2020-2021期末试题及答案一、选择题 (每题2分，共20分)1. 以下哪项是生物信息学的核心内容？A. 分子生物学B. 计算机科学C. 统计学D. 生物统计学答案：B. 计算机科学2. 以下哪个数据库是存储基因组序列的数据库？A. PubMedB. GenBankC. PDBD. SwissDock答案：B. GenBank3. 生物信息学中的数据分析方法不包括以下哪项？A. 机器学习B. 聚类分析C. 数据挖掘D. 量子化学计算答案：D. 量子化学计算4. 在生物信息学中，以下哪个工具用于序列比对？A. BLASTB. Clustal OmegaC. FASTAD. R答案：A. BLAST5. 以下哪个是生物信息学中的常用编程语言？A. PythonB. RC. MATLABD. C++答案：A. PythonB. R二、填空题 (每题2分，共20分)1. 生物信息学是运用计算机科学与生物学的交叉领域，旨在开发和应用计算机技术来理解生物数据。

2. 基因组学是研究生物体的全部基因及其表达和调控的学科。

3. 蛋白质组学是研究生物体内所有蛋白质的组成、结构、功能和相互作用的科学。

4. BLAST是一种常用的生物信息学工具，用于核酸或蛋白质序列的相似性搜索。

5. bioinformatics是一个跨学科领域，它结合了计算机科学、信息工程、分子生物学和统计学，以理解生物数据。

三、简答题 (每题10分，共30分)1. 请简要解释生物信息学的应用领域。

生物信息学的应用领域包括基因组学、蛋白质组学、系统生物学、药物设计和疾病建模等。

它被广泛应用于医学、生物学、农业和环境科学等领域，以推动科学发现和技术创新。

2. 请简要介绍生物信息学中的序列比对工具。

生物信息学中的序列比对工具用于比较两个或多个生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）之间的相似性。

常用的序列比对工具包括BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）、FASTA （FAST Allignment Search Tool for Proteins and Nucleotides）和Clustal Omega等。

⽣物信息学复习题⼀、名词解释1.bioinformatics：⽣物信息学，指从事对基因组研究相关的⽣物信息的获取、加⼯、储存、分配、分析和解释的⼀门科学，是⼀门⽣物学，数学和计算机相互交叉融合⽽产⽣的新兴学科。

2.molecular bioinformatics：指综合应⽤信息科学、数学的理论、⽅法和技术，管理、分析和利⽤⽣物分⼦数据的科学。

3.GenBank：是美国全国卫⽣研究所维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸序列，与⽇本的DNA数据库DDBJ以及欧洲分⼦实验室核酸序列数据库EMBL⼀起，都是国际核苷酸序列数据库合作的成员。

4.EMBL：EMBL实验室—欧洲分⼦⽣物学实验室，EMBL数据库—是⾮盈利性学术组织EMBL建⽴的综合性数据库，EMBL核酸数据库是欧洲最重要的核酸序列数据库，它定期地与美国的GenBank、⽇本的DDBJ数据库中的数据进⾏交换，并同步更新。

5.DDBJ：⽇本DNA数据库，主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号，信息来源主要是⽇本的研究机构，也接受其他国家呈递的序列。

6.BLAST：基本局部⽐对搜索⼯具的缩写，是⼀种序列类似性检索⼯具。

BLAST采⽤统计学⼏分系统，同时采⽤局部⽐对算法， BLAST程序能迅速与公开数据库进⾏相似性序列⽐较。

BLAST结果中的得分是对⼀种对相似性的统计说明。

7.BLASTn：是核酸序列到核酸库中的⼀种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作⼀对⼀地核酸序列⽐对。

8.BLASTp：是蛋⽩序列到蛋⽩库中的⼀种查询。

库中存在的每条已知序列将逐⼀地同每条所查序列作⼀对⼀的序列⽐对。

9.Clustsl X：是CLUSTAL多重序列⽐对程序的Windows版本，是⽤来对核酸与蛋⽩序列进⾏多序列⽐较的程序，也可以对来⾃不同物种的功能或结构相似的序列进⾏⽐对和聚类，通过重建系统发⽣树判断亲缘关系，并对序列在⽣物进化过程中的保守性进⾏估计。

生物信息学_复习题及答案（打印）（1）一、名词解释：1.生物信息学：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。

利用数学知识建立各种数学模型; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。

2.二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。

3.FASTA序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。

4.genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。

该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释；第三部分是引文区，提供了这个记录的科学依据；第四部分是核苷酸序列本身，以“//”结尾。

5.Entrez检索系统：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI 的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。

6.BLAST：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。

P947.查询序列（query sequence）：也称被检索序列，用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。

P988.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。

包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。

P299.空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。

P2910.空位罚分：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。

一、名词解释：1.生物信息学：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。

利用数学知识建立各种数学模型 ; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。

2.二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。

3.FASTA序列格式：是将DNA 或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。

4.genbank 序列格式：是GenBank数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。

该文件格式按域划分为 4 个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释；第三部分是引文区，提供了这个记录的科学依据；第四部分是核苷酸序列本身，以“//”结尾。

5.Entrez 检索系统：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI 的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。

6.BLAST ：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。

P947.查询序列（ query sequence）：也称被检索序列，用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。

P988.打分矩阵（ scoring matrix ）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。

包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM ）两类方法。

P299.空位（ gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。

P2910.空位罚分：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。

《生物信息学》题集一、选择题（每题3分，共30分）1.生物信息学的主要研究对象是什么？A. 蛋白质结构B. 基因序列C. 生态系统D. 细胞代谢2.下列哪项技术不是生物信息学中常用的数据库技术？A. BLASTB. GenBankC. PubMedD. SWISS-PROT3.在生物信息学中，进行多序列比对时常用的软件是什么？A. MATLABB. ClustalWC. ExcelD. PowerPoint4.哪种算法常用于基因表达数据的聚类分析？A. K-meansB. DijkstraC. A*D. Floyd5.生物信息学中，下列哪项不是常用的序列分析技术？A. PCRB. 测序C. 质谱分析D. 芯片技术6.下列哪项不是生物信息学在医学领域的应用？A. 疾病诊断B. 药物设计C. 天气预报D. 个性化医疗7.下列哪项技术常用于生物大分子的结构预测？A. NMRB. X射线衍射C. 同源建模D. 质谱分析8.在生物信息学中，下列哪项不是基因注释的内容？A. 基因功能B. 基因表达水平C. 基因在染色体上的位置D. 基因的长度9.下列哪项技术不是高通量测序技术？A. Sanger测序B. Illumina测序C. 454测序D. SOLiD测序10.下列哪项不是生物信息学在农业领域的应用？A. 作物育种B. 病虫害防治C. 土壤成分分析D. 农产品品质改良二、填空题（每题2分，共20分）1.生物信息学是一门交叉学科，它主要涉及______、计算机科学和数学等领域。

2.在生物信息学中，______技术常用于基因序列的相似性搜索。

3.生物信息学在药物研发中的主要应用包括______和药物靶点的预测。

4.在基因表达数据分析中，______是一种常用的数据标准化方法。

5.生物信息学中，______技术常用于蛋白质结构的预测和分析。

6.在生物信息学数据库中，GenBank主要存储的是______数据。

■一、选择题：1.以下哪一个是mRNA条目序列号：A.J01536■.NM_15392C.NP_52280D.AAB1345062.确定某个基因在哪些组织中表达的最直接获取相关信息方式是：■.UnigeneB.EntrezC.LocusLinkD.PCR3.一个基因可能对应两个Unigene簇吗？■可能B.不可能4.下面哪种数据库源于mRNA信息：■dbESTB.PDBC.OMIMD.HTGS5.下面哪个数据库面向人类疾病构建：A.ESTB.PDB■.OMIMD.HTGS6.Refseq和GenBank有什么区另1J：A.Refseq包括了全世界各个实验室和测序项目提交的DNA序列B.GenBank提供的是非冗余序列■.Refseq源于GenBank,提供非冗余序列信息D.GenBank源于Refseq7.如果你需要查询文献信息，下列哪个数据库是你最佳选择：A.OMIMB.Entrez■PubMedD.PROSITE8.比较从Entrez和ExPASy中提取有关蛋白质序列信息的方法，下列哪种说法正确：A.因为GenBank的数据比EMBL更多，Entrez给出的搜索结果将更多B.搜索结果很可能一样，因为GenBank和EMBL的序列数据实际一样■搜索结果应该相当，但是ExPASy中的SwissProt记录的输出格式不同9.天冬酰胺、色氨酸和酪氨酸的单字母代码分别对应于：■N/W/YB.Q/W/YC.F/W/YD.Q/N/W10.直系同源定义为：■不同物种中具有共同祖先的同源序列B.具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源序列C.同一物种中由基因复制产生的同源序列D.同一物种中具有相似的并且通常是冗余的功能的同源序列11.下列那个氨基酸最不容易突变：A.丙氨酸B.谷氨酰胺C.甲硫氨酸■半胱氨酸12.PAM250矩阵定义的进化距离为两同源序列在给定的时间有多少百分比的氨基酸发生改变：A.1%B.20%■.80%D.250%13.下列哪个句子最好的描述了两个序列全局比对和局部比对的不同：A.全局比对通常用于比对DNA序列，而局部比对通常用于比对蛋白质序列B.全局比对允许间隙，而局部比对不允许C.全局比对寻找全局最大化，而局部比对寻找局部最大化■全局比对比对整体序列，而局部比对寻找最佳匹配子序列14.假设你有两条远源相关蛋白质序列。

本卷的答案仅做参考，如有疑问欢迎提出。

后面的补充复习题要靠你们自己整理答案了。

生物信息学复习题一、填空题1、 识别基因主要有两个途径即2、 表达序列标签是从 mRNA 中生成的一些很短的序列（ 300-500bp ），它们代表在特定组织或发育阶段表达的基因。

3、 序列比对的基本思想，是找出 检测基因 和 目标序列 的相似性，就是通过在序列中插入 空位的方法使所比较的序列长度达到一致。

比对的数学模型大体分 为两类，分别— 和局部比对 。

4、 2-DE 的基本原理是根据蛋白质 和 分子量 不同，进行两次电泳将之分 离。

第一向是 等电聚焦分离 ,第 —S D S-P AGE 分离 o5、 蛋白质组研究的三大关键核心技术是 质谱鉴定技术 、 计算机图像数据处理与蛋白质数据库二、 判断题1、 生物体的结构和功能越复杂的种类就越多，所需要的基因也越多，是真核生物基因组的特点之一。

（对）2、 CDS 一定就是 ORF 。

（对）3、 两者之间有没有共同的祖先，可以通过序列的同源性来确定，如果两个基因或蛋白质有着几乎一样的序列，那么它们高度同源 ，就具有共同的祖先。

（错）4、 STS,是一段 200-300bp 的特定 DNA 序列，它的序列已知，并且在基因组中属于 单拷贝。

（对）5、 非编码 DNA 是“垃圾 DNA'，不具有任何的分析价值，对于细胞没有多大的作用。

（错）6、 基因树和物种树同属于系统树，它们之间可以等同。

（错）7、 基因的编码序列在 DNA 分子上是被不编码的序列隔开而不连续排列的。

&对任意一个 DNA 序列，在不知道哪一个碱基代表 CDS 的起始时，可用 获得6个潜在的蛋白质序列。

（对）9、 一个机体只有一个确定的基因组，但基因组内各个基因表达的条件和表达的程度随时间、空间和环境条件而不同。

（对）10、 外显子和内含子之间没有绝对的区分，一个基因的内含子可以是另一个基因的 外显子，同一个基因在不同的生理状况或生长发育的不同阶段，外显子组成也可以 不同。

中科院生物信息学期末考试复习题陈润生老师部分：1.什么是生物信息学，如何理解其含义？为什么在大规模测序研究中，生物信息学至关重要？答：生物信息学有三个方面的含义：1)生物信息学是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释的所有方面，是基因组研究不可分割的部分。

2)生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言，特别是非编码区的实质；同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测；其本质是识别基因信号。

3)生物信息学的研究目标是揭示“基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律”。

它是当今自然科学和技术科学领域中“基因组、“信息结构”和“复杂性”这三个重大科学问题的有机结合。

生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，找到基因组序列中代表蛋白质和RNA 基因的编码区；同时阐明基因组中大量存在的非编码区的信息实质，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言规律：在此基础上，归纳、整理与基因组遗传信息释放及其调控相关的转录谱和蛋白谱数据，从而认识代谢、发育、分化、进化的规律。

同时在发现了新基因信息之后，其还利用基因组中编码区信息进行蛋白空间结构模拟和蛋白功能预测，并将此类信息与生物体和生命过程中的生理生化信息结合，阐明其分子机制，最终进行蛋白、核酸分子设计、药物设计、个体化医疗保健设计。

2.如何利用数据库信息发现新基因，基本原理？答：利用数据库资源发现新基因，根据数据源不同，可分2种不同的查找方式：1)从大规模基因组测序得到的数据出发，经过基因识别发现新基因：（利用统计，神经网络，分维，复杂度，密码学，HMM，多序列比对等方法识别特殊序列，预测新ORF。

但因为基因组中编码区少，所以关键是“数据识别”问题。

）利用大规模拼接好的基因组，使用不同数据方法，进行标识查找，并将找到的可能的新基因同数据库中已有的基因对比，从而确定是否为新基因。

可分为：①基于信号，如剪切位点、序列中的启动子与终止子等。

一、单选题1、总的来说，位于染色体内超过( )个碱基的DNA，构成了人类基因组。

A.30000000000B.3000000000C.300000000D.30000000正确答案：B2、人类镰刀型红细胞贫血症是由于血红蛋白β链N端第6个氨基酸由谷氨酸突变为( )造成的。

A.苏氨酸B.缬氨酸C.赖氨酸D.谷氨酸正确答案：B3、RefSeq数据库是由哪个组织开发和维护的？( )A.NIGB.NCBIC.EMBLD.SIB正确答案：B4、Long non-coding RNA长链非编码RNA是长度大于( )个核苷酸的非编码RNA。

A.150B.250C.300D.200正确答案：D5、tBLASTx分析是用核酸序列检索核酸序列数据库，下列说法正确的是？（）A.核酸序列和核酸序列数据库都不需要翻译成蛋白质序列B.只有核酸序列数据库需要翻译成蛋白质序列C.只有核酸序列需要翻译成蛋白质序列D.核酸序列和核酸序列数据库都需要翻译成蛋白质序列正确答案：D6、要搜索编码蛋白质序列的核酸序列，适宜的分析方法是？（）A.BLASTxB.BLASTnC.tBLASTnD.BLASTp正确答案：A7、下列对于PCR引物修饰的说法正确的是？（）A.PCR引物的5’末端和3’末端均能进行修饰B.PCR引物的5’末端和3’末端均不能进行修饰C.只有PCR引物的5’末端能进行修饰D.只有PCR引物的3’末端能进行修饰正确答案：C8、下列哪个在线分析工具可以预测DNA的外显子-内含子？（）A.AugustusB.PLACEC.ORFfinderD.Entrez正确答案：A9、Smith-Waterman动态规划算法矩阵中的每个单元格有几条路径？（）A.1B.2C.3D.4正确答案：D10、下列关于Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法提出早晚的论述正确的是？（）A.Needleman-Wunsch算法提出时间较早B.不确定C.Smith-Waterman算法提出时间较早D.二者提出时间相当正确答案：A11、当分类单元至少为3时，下列对“有根树与无根树的数目”判断正确的是？（）A.有根树的数目要少于无根树的数目B.有根树的数目与无根树的数目一样多C.有根树的数目要多于无根树的数目D.二者数目无法判断正确答案：C12、下列哪种算法建树时，选择代价最小或者枝长最短的树？A.最大似然值法B.最大简约法C.邻接法D.UPGMA法正确答案：B二、多选题1、生物信息学是由( )等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。

生物信息学复习题一、名词解释生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoring matrix），空位（gap），空位罚分，E 值, 低复杂度区域，点矩阵（dot matrix），多序列比对，分子钟，系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致树（consensus tree），bootstrap，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codon bias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif），序列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept，折叠子，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，Gene Ontology Consortium，表谱（profile）。

二、问答题1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系？2）试述生物信息学研究的基本方法。

3）试述生物学与生物信息学的相互关系。

4）美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主要工作是什么？请列举3个以上NCBI维护的数据库。

5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系？6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么？7）简述BLAST搜索的算法。

8）什么是物种的标记序列？9）什么是多序列比对过程的三个步骤？10）简述构建进化树的步骤。

11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。

12）简述邻接法（NJ）的算法思想。

13）简述最大简约法（MP）的算法思想。

14）简述最大似然法（ML）的算法思想。

15）UPGMA构树法不精确的原因是什么？16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其含义。

⽣物信息学课程复习题（南医⼤）⽣物信息学课程习题第⼀章绪论⼀、填空1、在年，美国国会批准启动⼈类基因组计划，拟⽤年时间测定⼈类全部条染⾊体上共个碱基序列的测定。

2、是遗传信息的携带者。

3、蛋⽩质三维结构测定主要⽅法有和。

4、理想的抗⽣素靶标应为微⽣物细胞所必须，在病原体中⾼度，且在⼈体中或与⼈类基因有。

5、下图例举了⼀个计算机辅助药物设计的实例，从a图中我们得到了配体上R基团附近的受体上有和残基，具有性，因此可以将R基团设计为性基团，如图b中所⽰的基团，使得抑制活性⽐改造前提⾼了近5000倍。

⼆、名词HGP（human genome project），EST（expressed sequence tag）, SNP（single nucleotide polymorphism）,⽣物信息学（Bioinformatics），药物基因组学（Pharmacogenomics），intron，“Junk DNA”，⽐较基因组学，蛋⽩质组学，分⼦进化树（evolutionary tree），基因组，基因组药物三、简答1、简述⽣物信息学在药物研究开发领域的应⽤可体现在哪些⽅⾯？2、如何利⽤基因组信息寻找新的药物作⽤靶标？3、如何利⽤⼈类基因组信息实现个性化治疗，其基于的原理是什么？4、试叙述基因芯⽚⽤于疾病诊断的原理，并说明其优缺点。

5、最近甲型流感流⾏，请设计甲型流感的分⼦诊断⽅法，说明其原理。

第⼆、三章数据库⼀、单选题1、以下数据库不能⽤于检索核酸序列的是（ B ）A. GenBankB. PDBC. EMBLD.DDBJ2、蛋⽩质结构数据常保存为下⾯哪⼀种格式为后缀的⽂件（）A. PDBB. txtC. SeqD. mdb3、下列格式属于FASTA格式的是（）A. >seq1B.C. ATGCCATAD. > ATGCCATAATGCCATA ATGCCATA⼆、填空题1、阅读以下数据格式，写出以下标注的含义：LOCUS是，DEFINITION是，ACCESSION是，VERSION是，SOURCE是在论⽂中使⽤了NCBI数据库中的该序列，应标注该序列的编号，应填。

生物信息学复习题一、名词解释生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoring matrix），空位（gap），空位罚分，E 值, 低复杂度区域，点矩阵（dot matrix），多序列比对，分子钟，系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致树（consensus tree），bootstrap，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codon bias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif），序列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept，折叠子，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，Gene Ontology Consortium，表谱（profile）。

二、问答题1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系？2）试述生物信息学研究的基本方法。

3）试述生物学与生物信息学的相互关系。

4）美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主要工作是什么？请列举3个以上NCBI维护的数据库。

5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系？6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么？7）简述BLAST搜索的算法。

8）什么是物种的标记序列？9）什么是多序列比对过程的三个步骤？10）简述构建进化树的步骤。

11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。

12）简述邻接法（NJ）的算法思想。

13）简述最大简约法（MP）的算法思想。

14）简述最大似然法（ML）的算法思想。

15）UPGMA构树法不精确的原因是什么？16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其含义。

齐齐哈尔大学试卷考试科目: 生物信息学适用对象: 生物技术08本使用学期: 2011—2012—1 第七学期课程编码: 05113019 总分80分共 2 页１）考生须知:２）姓名必须写在装订线左侧, 其它位置一律作废。

３）请先检查是否缺页, 如缺页应向监考教师声明, 否则后果由考生负责。

４）答案一律写在答题纸上, 可不抄题, 但要标清题号。

５）用蓝色或黑色的钢笔、圆珠笔答题。

监考须知: 请将两份题签放在上层随答题纸一起装订。

一、名词解释（每小题3分, 共4小题12分）表达序列标签, 外类群, 开放阅读框, 蛋白质组学二、选择题（每小题1分, 共10小题10分）1.下列哪项不属于人类基因组计划的研究内容（）A.绘制化学图谱、物理图谱B.获得全部人类基因组的序列C.获得转录图谱D.获得人体内全部的蛋白质序列2.图中哪一项为直系同源（）A.HA1和HA2B.HA1和WA2C.HA1和HBD.WA1和WA23.下列软件中哪一个能够用来构建系统发育树的（）A CLUSTALB BLASTC AssemblerD Treeview4.核酸序列增长最快是在哪一时期（）A 1970-1980年B 1980-1990年C 1990-2000年D 2000-2008年5. 研究一条测序获得的DNA序列时首先需要（）A.屏蔽重复序列B.去除序列污染C.查找开放阅读框D.查找密码子偏好性6. 对于序列ATGCCCCGA和序列ATCCGA哪一种是正确的序列对位排列方式（）A ATGCCCCGAAT_CC__GAB ATGCCCCGAAT_CCG__AC ATGCCCCGAAT_CC_G_AD ATGCCCCGAAT_C__G_A7.BLAST系列软件与下列哪一项能够在同一网站中检索到（）A GeneBank数据库B DDBJ数据库C EMBL数据库D CLUSTAL W8.生物信息学数据以什么形式存储（）A.文件系统B.程序软件C.数据库D.手工管理9.下列陈述哪一项是错误的（）A PIR-PSD是国际上最大的蛋白质序列数据库B 数据库的检索分为关键词检索和序列检索C STS是基因组作图时常用的一种图标D ACeDB仅储存秀丽新小杆线虫数据10.在使用CLUSTAL软件进行比对时, 多序列的比对结构中几条序列都相同的核苷酸位点用什么标注（）A 不同的颜色B “*”C “-”D “_”三、判断题（每小题1分, 共10小题10分, 对的画“√”, 错的画“×”）1.华盛顿大学的Phred软件是用来处理数据冗余的（）2.NCBI网站不能用来查询文章（）3.CLUSTAL X有汉化版（）4.EcoCyc是大肠杆菌的知识体系数据库系统（）5. 文昌鱼是人类的五种模式生物之一（）6.生物信息学研究物种信息, 不包括序列（）7.研究一条测序获得的DNA序列时首先应该去除污染序列（）8.双向凝胶电泳技术是蛋白质组研究的关键技术（）9.CAP3是EST序列的拼接软件（）10.氨基酸的顺序决定蛋白质的构象，即蛋白质的一级结构决定蛋白质的二级结构。

名词解释1..生物信息学 :是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。

2.二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。

3.FASTA序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。

4.genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。

该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释；第三部分是引文区，提供了这个记录的科学依据；第四部分是核苷酸序列本身，以“//”结尾。

5.Entrez检索系统：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。

6.BLAST：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。

P947.查询序列（query sequence）：也称被检索序列，用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。

P988.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。

包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。

P29 9.空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。

P2910.空位罚分：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。

P3711.E值：衡量序列之间相似性是否显著的期望值。

河南农业大学《生物信息学学 2020-2021学年第一学期期末试卷《《《《《《《《《《《生物信息学》院/系——年纪——专业——姓名——学号——《《《一．选择题（每2分，共20分）1.《物信息学学主要关注的是（《）。

A.《物信大分子的合成B.《物信数据的收集、存储、分析和解释C.《物信系统的物态学关系D.《物信分子的信理性质2.《下列哪个不是物信息学学的主要应用领域？A.《基因组学B.《转录组学C.《蛋白质组学D.《分子物信学实验技术3.《在物信息学学中，用于描述物信序列中特定区域的特性的语言称为（《）。

A.《序列分析B.《序列比对C.《序列模式D.《序列注释4.《在进行基因组分析时，通常使用的数据库是（《）。

A.《PubMedB.《GenBankC.《PDBD.《UniProt5.《物信息学学中，BLAST是一种常用的（《）。

A.《序列比对工具B.《结构模拟软件C.《蛋白质功能预测方法D.《基因调控网络分析工具6.物信息学学是（《）。

《A.《研究物信大分子合成和降解的学科《B.《专门研究基因编辑技术的学科《C.《物信学与计算机科学的交叉学科，主要关注物信数据的收集、管理和分析《D.《研究物信进化历史的学科7.在物信息学学中，用于描述DNA序列中基因位置的数据库通常是（《）。

《A.《UniProt《B.《PDB《C.《Ensembl《D.《KEGG8.BLAST是一个常用的（《）。

《A.《蛋白质三维结构模拟软件《B.《基因表达谱分析工具《C.《局部序列比对搜索工具《D.《基因组组装软件9.下列哪个不是物信息学学在基因组学中的主要应用？（《）《A.《基因定位《B.《基因表达分析《C.《蛋白质结构预测《D.《基因编辑实验设计10.物信息学学中，用于预测蛋白质功能的常见方法不包括（《）。

《A.《序列比对《B.《结构域分析《C.《蛋白质-蛋白质相互作用网络《D.《分子物信学实验二、填空题（每题2分，共10分）1.《在物信息学学中，用于存储和检索核酸序列的数据库是___________。