利用SSR标记研究茄子种质资源遗传多样性
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ssr分子标记原理SSR分子标记原理引言:SSR分子标记(SSR molecular tagging)是一种用于分析和鉴定生物体内特定分子的技术。
它基于分子生物学和生物化学的原理,通过特定的标记物,可以在细胞、组织或体液中准确地检测和定位目标分子。
本文将介绍SSR分子标记的原理及其在科研和医学领域的应用。
一、SSR分子标记的原理SSR分子标记是一种基于DNA序列多态性的分子标记技术。
它利用了DNA序列中的简单重复序列(simple sequence repeat, SSR),即由1-6个碱基重复组成的核酸序列。
SSR序列在基因组中广泛存在,具有高度变异性和遗传稳定性,因此可以作为DNA分子标记的候选序列。
SSR分子标记的原理可以简单概括为以下几个步骤:1. DNA提取:从样品(如细胞、组织或体液)中提取总DNA。
2. SSR标记物设计:根据目标分子的序列信息,设计特异性引物,引物的两端分别包含互补的SSR序列。
3. PCR扩增:利用PCR技术,使用设计好的引物对DNA进行扩增,扩增产物中包含了目标分子的序列和SSR序列。
4. 电泳分析:将PCR扩增产物进行电泳分析,根据SSR序列的长度变异性,可以将不同样品中的目标分子进行定性和定量分析。
二、SSR分子标记的应用SSR分子标记技术在科研和医学领域具有广泛的应用价值,以下是几个典型的应用案例:1. 遗传多样性研究:SSR分子标记可以用于研究不同物种或不同个体间的遗传多样性。
通过对多个基因座进行SSR分子标记,可以获得物种或个体的遗传背景信息,进而推断种群结构、基因流动和进化关系等。
2. 基因定位和图谱构建:SSR分子标记可以用于构建遗传图谱,帮助研究人员定位和克隆感兴趣的基因。
通过SSR标记物在遗传图谱上的位置,可以确定目标基因的大致区域,为后续的克隆工作提供有力的指导。
3. 疾病诊断和预后评估:SSR分子标记在医学诊断中的应用也日益广泛。
通过对特定基因的SSR序列进行分子标记,可以检测和鉴定与疾病相关的突变或多态性。
基于分子标记的遗传多样性研究随着生物技术的发展,分子标记成为研究遗传多样性的重要手段之一。
分子标记是指通过分子生物学技术获得的、在DNA水平上区别不同个体间基因类型的DNA片段,如限制性片段长度多态性(RAPD)、随机扩增多态性(DNA)(SRAP)、序列特定放大长度多态性(SSR)(简称微卫星)、单核苷酸多态性(SNP)等。
这些分子标记可以直接或间接地反映不同物种及个体间的遗传变异情况,进而研究物种演化、种间亲缘关系、种群间遗传分化及群体结构等。
从方法学上看,基于分子标记的遗传多样性研究具有优势。
相较于传统的形态分类法,基于分子标记的研究方法不仅具有更高的分类精度和重复性,且能够在区别性弱、难以直观形态分类的物种中发挥作用。
基于SSR标记的遗传多样性研究是目前应用较为广泛的方法之一。
SSR标记是指在基因组DNA序列中间处不断重复出现的富集序列区段,长度一般约为10-20个核苷酸,具有多态性。
SSR标记具有多态性高、遗传信息丰富、重复性好、扩增容易等优点,可用于物种间、种群间遗传差异的检测和分子标记辅助育种等应用。
研究表明,SSR标记具有较高的遗传多样性,因此可以用于评估不同物种及群体间的遗传分化程度。
比如,许多植物物种中,种群间遗传多样性与地理距离呈负相关,因此利用SSR标记分析可以对不同物种的子群间遗传分化进行深入探讨。
此外,SNP是最近发展起来的一种新型分子标记,是单核苷酸的多态性,基于SNP的遗传多样性分析可用于评估不同物种与群体间的遗传分化,并揭示种间亲缘关系的演化过程。
总之,基于分子标记的遗传多样性研究是现代遗传学的重要组成部分,也是物种分类、种群遗传学及育种的重要工具。
未来,随着技术的不断发展以及遗传多样性研究的深入,基于分子标记的研究手段将在遗传多样性研究领域中扮演更加重要的角色,助力生命科学研究的发展和进步。
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SSR分子标记在植物遗传育种中的应用摘要: SSR ( Simple Sequence Repeat)是建立在PCR技术上的一种广泛应用的分子标记,具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。
简要介绍了SSR标记技术的原理和特点,并总结了该技术在植物遗传多样性、遗传图谱构建、分子标记辅助选择、种质资源保存、利用评价、植物群体遗传分析等方面的应用。
关键词:SSR ( Simple Sequence Repeat) ;分子标记;遗传多样性;遗传图谱;遗传分析在人类及动植物的基因组中,包括内含子、编码区及染色体上的任一区域,均存在着1-6个核苷酸为基本重复单位的串联重复序列(simple sequence repeats),简称SSR,又称微卫星DNA(microsatellite DNA),其长度大多在100bp 以内。
研究表明,在真核生物中大约每隔10-50kb就存在1个微卫星,其主要以2个核苷酸为重复单位,也有一些微卫星重复单位以3个核苷酸,极少数为4个核苷酸或更多,如(GA)n、(AC)n、(GAA)n、(GATA)n等。
人和动物中的微卫星重复单位主要为(TG),植物基因组中(AT)重复较(AC)重复更为普遍。
而且从进化的角度看,物种间重复序列的差异是自然选择和生物对环境适应的结果,生物进化的水平越高,重复序列占DNA总量的比重就越大,如噬菌体基因组中重复序列占10%,细菌位20%,酵母为30%,小麦为83%,在人的基因组中这一指数高达90%。
遗传标记(Genetic markers)是指与目标性状紧密连锁且与该性状共同分离并易于识别的可遗传等位基因变异。
在遗传育种研究中,遗传标记指的是与目标性状紧密连锁,同该性状共分离的可遗传的标识。
遗传标记已经经历了形态标记,细胞学标记,生化标记和分子标记4个阶段。
前3类遗传标记都是对基因的间接表达,并且标记位点少,多态性差,容易受到季节变化、环境因素等的影响,所以已经逐步被分子标记所代替。
SSR分析遗传多样性1 SSR简介简单重复序列,也称微卫星(SSR),其串联重复的核心序列为1-6bp,其中最常见的是双核苷酸重复,即(CA)n和(TG)n,在植物基因组中(AT)n最多,长度一般在100bp以内。
尽管微卫星DNA分布于整个基因组的不同位置,但其两端序列多是保守单拷贝序列,因此可以根据这两端的序列设计以对特异引物,通过PCR技术将其间的核心微卫星DNA序列扩增出来,利用电泳分析技术就可以获得其长度多态性。
SSR标记的高度多态性主要来源与串联数目的不同。
根据分离片段的大小决定基因型,并计算等位基因发生频率。
2 SSR的分类根据SSR核心序列排列方式的不同,可分为3种类型:1)完全型,指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。
如:ATATATATATATATATATATATATATATATATAT;2)不完全型,指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复核心序列重复数大于 3 。
如:ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT;3)复合型,指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于5 。
如:ATATATATATATATGGGATATATATATATA 。
3种类型中完全型是SSR标记中应用较多的一种类型。
3 SSR在植物基因组中的分布在植物中,平均23.3kb就有一个SSR;双子叶植物中的SSR数量大于单子叶植物,前者两个SSR之间的平均间距为21.2kb,后者为64.6kb;绝大多数单碱基重复型及2碱基重复型SSR存在于非编码区,3碱基重复型多位于编码区。
4 SSR标记的应用目前SSR分子标记已成为系谱分析、分类鉴定、亲缘关系分析、体细胞杂种鉴定、遗传图谱构建、基因定位、育种材料早期选择首选的分子标记之一。
SSR技术已在苹果、梨、桃、杏、葡萄、柑橘、称猴桃、板栗、核桃、樱桃、山植、椰子等果树上有了很多的应用。
SSR分子标记技术在遗传学实验教学中的应用夏曦中;车婧;章志宏;王建波【摘要】该实验是科研成果转化为实验教学的一个案例.选择位于水稻不同连锁群上的6对SSR引物构建了2个杂交稻及其亲本的SSR指纹图谱,建立了一套适合于本科生实验的杂交水稻亲本鉴定的稳定的SSR技术体系.筛选的6对引物进行PCR扩增得到的杂交稻均有2条带.由SSR指纹图谱分析可得:杂交稻P5的亲本是P2和P4,P6的亲本是P1和P3.通过本实验巩固了学生关于分离定律的学习,并有所延伸.%This is a case to turn an achievement in scientific research into the teaching experiment. It helps students to learn the theory and method of SSR marker from the experiment, and helps them grasp the technology how to identify the genetic relatives based on SSR fingerprint. It is adapted to teaching experiment that the technology of the six SSR primers in different chromosomes in hybrid rice is selected to distribute the SSR fingerprint of two hybrid rice combinations and their parents. The two bands of hybrid rice are complement types of their parents. Baaed on the SSR fingerprint, it can conclude that P2 and P4 are the parents of P5, and P1 and P3 are the parents of P6. Mendel's law of segragation and other knowledge can be consolidated by this experiment.【期刊名称】《实验技术与管理》【年(卷),期】2012(029)006【总页数】3页(P48-50)【关键词】遗传标记;遗传学实验;SSR;杂交水稻【作者】夏曦中;车婧;章志宏;王建波【作者单位】武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072【正文语种】中文【中图分类】Q3-3;G642.423Abstract:This is a case to turn an achievement in scientific research into the teaching experiment.It helps students to learn the theory and method of SSR marker from the experiment,and helps them grasp the technology how to identify the genetic relatives based on SSR fingerprint.It is adapted to teaching experiment that the technology of the six SSR primers in different chromosomes in hybrid rice is selected to distribute the SSR fingerprint of two hybrid rice combinations and their parents.The two bands of hybrid rice are complement types of their parents.Based on the SSR fingerprint,it can conclude that P2and P4are the parents of P5,and P1and P3are the parents of P6.Mendel’s law of segragation and other knowledge can be consolidated by this experiment.Key words:genetic marker;genetics experiment;SSR;hybrid rice遗传标记包括形态学标记、细胞学标记、生化标记与分子标记。
遗传多样性的分析方法及其在种质资源保护中的应用种质资源是指作为遗传多样性基础的生命资产,是植物和动物的基因质、种子、胚囊、幼苗、组织细胞、骨架等优良元素,在生态与环境保护、农业生产、食品安全、药物研发等方面发挥着重要作用。
保护种质资源,不但能促进优良物种的保存和利用,也能为人类的生产生活做出贡献。
而保护种质资源的核心在于遗传多样性的保护,因此遗传多样性分析也逐渐成为了种质资源保护的重要手段之一。
遗传多样性是种质资源保护的核心,它是指生物种类内各个个体之间遗传变异的差异。
遗传多样性越丰富,就意味着这个物种适应环境、抵御病虫害的能力越强,也就更容易适应因生态环境的改变而带来的生存挑战。
对遗传多样性进行分析,并不仅仅包括了基因的分析,还包括了亲缘关系、种群结构、基因流等方面。
以下将着重介绍遗传多样性分析的几种常用方法及其在种质资源保护中的应用。
1、PCR-SSR技术PCR-SSR技术是一种高效的遗传多样性分析方法。
SSR是指微卫星序列,这种方法通过仪器进行多个基因区域的扩增,使得几千个微卫星基因片段扩增至20-300基对的长度,从而分析出物种内同等基因不同等位基因的数量、型态、基因频率和表型频率等。
这种技术可以在短时间内快速、准确地进行多个引物扩增,获取大量的基因片段。
PCR-SSR技术广泛应用于植物、动物、微生物的遗传多样性分析中。
2、RFLP技术RFLP技术是通过核苷酸链断裂酶(restriction endonuclease)水解DNA,生成不同的DNA片段,再通过电泳技术将其分离,经过染色而被观察到。
这种方法可以检测出基因组中的多态性,对不同基因型共有的限制性内切酶切位点,进行Elecrophoresis分析,以分类,如亲缘关系,种群结构等。
这种技术在遗传多样性分析中有着重要的应用。
是其他技术无法替代的。
3、AFLP技术AFLP是基于PCR扩增出来的DNA序列,通过限制性内切酶切割和PCR扩增,获得多个特征DNA分子,随后将这些特征分子进行电泳分离和检测即可。
王秋锦,高杰,孙清鹏,杨爱珍,赵福宽.2007.茄子品种遗传多样性的RAPD检测与聚类分析.植物生理学报,43(6):1035-1039.吴雪霞,查丁石,朱宗文,金海军,李贤.2011.茄子分子育种研究进展.江西农业学报,23(5):70-71,74.肖熙鸥,王勇,李冠男,曹必好,雷建军,陈国菊,陈清华.2012.茄子种质资源的ISSR遗传多样性分析.华南农业大学学报,33(3):296-300.杨洁,赫佳,王丹碧,施恩,杨文宇,耿其芳,王中生.2016.InDel标记的研究和应用进展.生物多样性,24(2):237-243.杨旭,刘飞,张宇,成玉富,薛林宝,陈学好.2016.利用SSR 标记研究茄子种质资源遗传多样性.基因组学与应用生物学,35(12):3450-3457.Choi I Y,Hyten D L,Matukumalli L K,Song Q J,Chaky J M,Quigley C V,Chase K,Lark K G,Reiter R S,Yoon M,Hwang E Y,Yi S,Young N D,Shoemaker R C,van Tassell C P,Specht J E,Cregan P B.2007.A soybean transcript map:gene distribution,haplotype and single-nucleotide polymorphism analysis.Genetics,176(1):685-696.Daunay M C,Janick J.2007.History and iconography of eggplant.Chronica Horticulturae,47(3):16-22.Fonteles T V,Costa M G M,de Jesus A L T.2012.Power ultrasound processing of cantaloupe melon juice:effects on quality parameters.Food Research International,48(1):41-48.Sun M.1997.Genetic diversity in three colonizing orchids with contrasting mating systems.American Journal of Botany,84(2):224-232.Genetic Diversity Analysis of Eggplant Germplasm Resources Based on InDel MarkersZHANG Qiang-qiang1,3,JIANG Hai-kun1,2,WANG Yan1,2,LIANG Sai1,4,SUI Yi-hu3*,JIA Li1,2*,FANG Ling1,2,ZHANG Qi-an1,2,DONG Yan-xiang1,2(1Key Laboratory of Horticultural Crop Germ Creation,Physiology and Ecology of Anhui Province,Hefei 230031, Anhui,China;2Institute of Horticulture,Anhui Academy of Agricultural Sciences,Hefei 230031,Anhui,China;3Anhui Science and Technology College,Chuzhou 233100,Anhui,China;4 Horticulture College of Anhui Agricultural University,Hefei 230061,Anhui,China)Abstract:In this experiment,19 pairs of InDel markers were used to study the genetic diversity of 46 germplasm resources of eggplant from home and abroad.The results showed that the PIC values of 19 pairs of InDel markers ranged from 0.48-0.66,with 0.59 mean value.The genetic similarity coefficient of 46 eggplant germplasm resources was between 0.32-1.00 with 0.70 mean value,indicating little genetic difference between 46 eggplant germplasm resources and with relatively narrow genetic basis.UPGMA method was used for clustering analysis,and 46 germplasm resources of eggplant were divided into 4 groups at the genetic similarity coefficient of 0.66.The clustering result had certain relevance with leaf color,corolla color and fruit characters,while had little relevance with area of source.Key words:Eggplant;InDel marker;Genetic diversity;Cluster analysis本刊常用计量单位表示法1. 时间:用a(年)、d(天)、h(小时)、min(分)、s(秒)表示。
中国烟草科学 2007,28(2):1-5 1 SSR和ISSR标记技术应用进展蒋彩虹,王元英*,孙玉合(中国农业科学院烟草研究所,青岛 266101)摘要:介绍了SSR和ISSR标记的原理和特点,综述了这两种技术在种质遗传多样性、基因定位及分子标记辅助育种、遗传图构建及种子纯度和真伪鉴定等研究中的应用进展,并提出了在烟草遗传育种中应用的建议。
关键词:SSR;ISSR;分子标记;烟草中图分类号:S572.035 文献标识码:A 文章编号:1007-5119(2007)02-0001-05 Application Advance of Molecular Marker Techniques of SSR and ISSRJIANG Caihong, WANG Yuanying*, SUN Yuhe(Tobacco Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Qingdao 266101, China)Abstract:The principle and characteristics of the molecular marker techniques of SSR and ISSR were described. The advances in their application to various genetic and breeding studies, including genetic diversity analyses, fingering maps and purity control of cultivars, gene localization, and marker-assisted selection were reviewed. The potential application in tobacco was suggested. Keywords:SSR; ISSR; molecular marker; tobaccoDNA分子标记是DNA水平上的遗传多态性的直接反映,是继形态学标记、细胞学标记及生化标记之后,近年来广泛应用的一种新的遗传标记。
SSR分子标记技术在生物遗传学领域的应用杨文柱;焦燕【摘要】SSR(simple sequence repeats)分子标记技术作为一种新世纪遗传学研究工具,已被广泛应用于生物遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位、分子标记辅助育种、种质真伪和纯度鉴定等研究中,成为生物资源利用、开发和保护常用的方法和技术.%As a genetic research tool in the new century, SSR molecular markers technique has been widely adopted in the research on diversity of biogenetics, construction of the genetic linkage map, location of genes, molecular mark-assisted selection and purity controlling of cultivars, it has been commonly used for the utilization, development and protection of biological resources.【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2012(040)002【总页数】3页(P640-642)【关键词】SSR;分子标记;生物遗传学;应用【作者】杨文柱;焦燕【作者单位】内蒙古农业大学农学院,内蒙古呼和浩特010019;内蒙古师范大学化学与环境科学学院,内蒙古呼和浩特010022【正文语种】中文【中图分类】Q756简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)又称短串联重复序列(short tandem repeats,STRs)或微卫星DNA(Microsatellite DNA),主要由串联重复单元组成,每个单元长度一般在1~6 bp之间。
SSR标记在玉米研究中的应用研究进展SSR(Simple Sequence Repeats)是一类分子标记,在玉米研究中被广泛应用于遗传多样性分析、种质资源评价、亲缘关系确定、基因定位与连锁图构建、优良品种选育等方面。
随着分子生物学、生物信息学和基因组学等领域的快速发展,SSR标记的应用也得到了不断加强和拓展。
一、遗传多样性分析遗传多样性是指种群或个体间基因型和表型的差异程度。
通过SSR标记的多态性分析,可以准确测定玉米种质资源的遗传多样性水平,评估品种的亲缘关系,为玉米育种提供依据。
通过分析遗传多样性,可以发现不同地理分布的玉米亚种之间的遗传差异,从而为玉米的种质创新和种质改良提供理论指导。
二、新品种选育在玉米育种中,新品种的选育需要对大量的种质资源进行筛选和评估。
SSR标记可以帮助鉴定表现良好的亲本,加速杂交配制和品质改良过程。
通过SSR标记与目标性状之间的关联分析,可以筛选出与特定性状相关的分子标记,缩短选育周期,提高选育效率。
SSR标记也可用于品种纯度鉴定和品种保护。
三、基因定位与连锁图构建SSR标记常用于基因定位和连锁图构建,有助于了解玉米基因组结构和基因座间的遗传距离。
通过标记与性状的关联分析,可以找出与目标性状相关的分子标记,进而鉴定和定位相应的基因。
SSR标记的高度多态性和均匀分布特性,为构建高密度的连锁图提供了可靠的工具,促进了玉米的分子遗传学研究。
四、种质资源评价SSR标记可以帮助对玉米种质资源进行鉴定和评价。
通过遗传多样性的分析,可以评估遗传资源的丰富性和多样性。
通过SSR标记的分析,可以揭示种质资源中的关联关系和遗传背景,为玉米育种提供合适的亲本材料和育种策略。
SSR标记在玉米研究中有着广泛的应用。
通过对遗传多样性的研究,可以了解玉米种质资源的多样性和遗传背景,为玉米育种提供理论依据。
通过与目标性状的关联分析,可以筛选出与特定性状相关的分子标记,加速选育过程。
通过基因定位和连锁图构建,可以了解玉米基因组结构和基因座间的遗传距离。
SSR分析遗传多样性SSR(Simple Sequence Repeat,简称SSR),也称为微卫星分子标记,是一类单核苷酸序列的重复结构,广泛分布在基因组中。
SSR具有高度多态性、遗传稳定性好、易于分析和重复性高等优点,因此在遗传多样性研究中得到广泛应用。
首先,选择适当材料是进行SSR分析的基础。
一般来说,选择具有代表性的材料样本,包括不同种群、地理分布范围广等特点的样本,以最大程度地反映种群的遗传多样性。
样本采集时应注意确保样本的纯度,避免杂交或污染。
同时,还要保证样本数量足够,以提高分析的准确性与可靠性。
其次,进行实验方法。
SSR分析主要包括DNA的提取、PCR扩增和基因分型三个步骤。
DNA提取是获取样本基因组DNA的关键步骤,要注意选择适当的提取方法,以保证提取的DNA质量和纯度。
PCR扩增是从样本DNA中扩增出所需的微卫星DNA序列,需要根据相关文献选择适当的引物。
在PCR扩增过程中,要注意避免扩增偏倚,并进行质控措施以确保扩增产物的准确性。
基因分型是利用PCR扩增得到的扩增产物进行电泳分析,可以采用聚丙烯酰胺凝胶电泳或毛细管电泳等方法。
电泳分析结果可用于构建遗传图谱、计算遗传相似性和种群遗传结构等。
最后,进行数据分析。
根据电泳分析结果,我们可以计算各个样本的等位基因频率和遗传多样性指数等。
等位基因频率是指不同等位基因在样本中的占比,可以用于估计种群的遗传多样性和变异程度。
遗传多样性指数包括多态信息内容(PIC)、香农信息指数(I)和Weir&Cockerham's Fst等。
PIC是一种测量位点多态性的指标,I是一种描述群体内基因多样性的指标,Fst则是一种测量种群间基因流动程度的指标。
这些指标的计算可以借助计算机软件进行。
总结来说,SSR分析遗传多样性是一种重要的分子标记技术,其研究流程包括材料选择、实验方法和数据分析等步骤。
通过SSR分析,可以揭示不同种群之间的遗传多样性特征,为种质资源鉴定、基因组定位和保护物种等方面的研究提供重要依据。
湖南农业大学学报(自然科学版)2023,49(2):176–182.DOI:10.13331/ki.jhau.2023.02.008Journal of Hunan Agricultural University(Natural Sciences)引用格式:周思琦,龚文兵,夏志兰,吴秋云,王亚东.秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用[J].湖南农业大学学报(自然科学版),2023,49(2):176–182.ZHOU S Q,GONG W B,XIA Z L,WU Q Y,WANG Y D.Genome-wide SSR characterization and its applicationin evaluating the genetic diversity of Pleurotus pulmonarius[J].Journal of Hunan Agricultural University(Natural Sciences),2023,49(2):176–182.投稿网址:秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用周思琦1,龚文兵2,夏志兰1*,吴秋云3,4,王亚东1(1.湖南农业大学园艺学院,湖南长沙410128;2.中国农业科学院麻类研究所,湖南长沙410221;3.园艺作物种质创新与新品种选育教育部工程研究中心,湖南长沙410128;4.蔬菜生物学湖南省重点实验室,湖南长沙410128)摘要:利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。
在秀珍菇PM_ss5基因组中共检测出2348个SSR位点,相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点;所有SSR 位点中,以二核苷酸SSR为主(51.8%),三核苷酸SSR次之(27.7%);经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序,优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为10~156 bp,其中,10~15 bp的SSR位点占比为77.2%;在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中,都是以短核苷酸SSR为主,秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株;利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析,结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性,平均Shannon信息指数为0.38,平均Nei’s基因多样性为0.23,平均有效等位基因数为1.35。
植物种质资源研究植物的遗传多样性和利用价值植物种质资源是指存在于自然界或人工培育中的各种植物的种子、种苗、组织细胞等,是研究植物遗传多样性和利用价值的基础。
植物遗传多样性是指在一定的遗传背景下,由于基因的不同组合所带来的表型差异和遗传变异。
而利用价值则体现了植物物种在农业、生态保护、医药、工业等领域中的实际应用潜力。
一、植物种质资源的研究意义对植物种质资源的研究有着重要的意义。
首先,了解植物种质资源的遗传多样性能够为植物的改良育种提供基础数据。
通过对植物的遗传背景和遗传变异的了解,可以选择适合特定环境的优良材料进行育种工作,提高植物的产量和品质。
其次,研究植物的遗传多样性可以为植物系统分类学和进化研究提供依据。
通过对植物的遗传背景的分析,可以揭示植物物种的亲缘关系及其演化历程。
此外,植物种质资源的研究还可以为植物资源的保护和利用提供科学依据,推动农业的可持续发展。
二、植物种质资源的遗传多样性研究方法为了全面了解植物种质资源的遗传多样性,科学家们开展了一系列研究。
其中,植物形态学研究是较为传统的方法,通过观察和比较植物的形态结构特征,判断植物之间的遗传关系和差异。
而分子生物学研究则利用基因组、蛋白质等生物分子的差异来分析植物的遗传多样性。
例如,通过DNA条形码技术,可以快速鉴定和比较不同植物物种的遗传差异,为物种鉴定和分类提供便利。
此外,还可以利用遗传标记技术(如RAPD、AFLP和SSR等)分析植物的遗传多样性,帮助科学家们理解植物物种间的亲缘关系及其遗传演化过程。
三、植物种质资源的利用价值植物种质资源具有丰富的利用价值。
首先,在农业方面,植物种质资源可以用于作物的品种改良和新品种培育。
通过选育具有抗病虫害性、逆境耐受性和高产性的植物品种,可以提高农作物的产量和品质,解决粮食安全和农业可持续发展问题。
其次,植物种质资源还可用于生态保护。
通过保护植物物种,维护生物多样性和生态平衡,保护和恢复生态系统的健康。
茄子重要性状表型多样性及其在育种研究中的应用乔燕春;曹翠文;林鉴荣;李兆龙【摘要】调查分析29份茄子种质资源的8个数值型性状和10个非数值型性状指标。
结果表明:29份材料的变异系数变化范围为0.090~0.568,其中叶长/叶宽的变异系数最小,萼片色变异系数最大;遗传多样性指数的变化范围为0.401~1.529,其中花瓣色遗传多样性指数值最小,茎色的遗传多样性指数最大;7个非数值型性状与抗青枯病的相关性分析结果显示,叶缘深度、叶脉色、茎色、萼片色、花瓣色、果形与田间青枯病病情存在一定的正相关性,嫩茎茸毛数量与田间青枯病发病情况呈负相关。
本研究结果为茄子田间选育种研究提供可靠的依据。
%In this study, 8 quantitative characters and 10 qualitative characters of 29 eggplant germplasms were investigated and analyzed. The results showed that: The range of variation coefficient (CV%) was from 9%to 56.8%in 29 accessions. The CV of leaf length/width was the smallest, the CV of sepal color was the maximum. The range of genetic diversity index was 0.401~1.529. The minimum genetic diversity index was in petals, the maximum genetic diversity index was in stem color; The correlation analysis results between7 qualitative characters and bacterial wilt resistance showed: leaf margin depth, leaf vein color, stem color, sepal color, petals color, fruit shape has a positive correlation with wilt disease bacterial in field, tender stem pubescence has a correlation relationship with wilt disease bacterial in field.The results provide the reliable basis for the breeding of eggplant.【期刊名称】《热带农业科学》【年(卷),期】2015(000)003【总页数】5页(P31-35)【关键词】茄子;表型性状;育种研究【作者】乔燕春;曹翠文;林鉴荣;李兆龙【作者单位】广州市农业科学研究院广东广州 510308;广州市农业科学研究院广东广州 510308;广州市农业科学研究院广东广州 510308;广州市农业科学研究院广东广州 510308【正文语种】中文【中图分类】S641.1茄子(Solanum melongena L.)在全球均有分布,以亚洲最多[1]。
茄子及其近缘野生种遗传多样性的SRAP分析房超;李跃建;帅波;刘独臣;刘小俊;粱根云;杨宏【摘要】应用SRAP分子标记技术对87份来茄子及其近缘野生种进行了遗传多样性分析.结果显示,从88对SRAP引物中筛选出18对多态性高、稳定性好的引物组合,共检测出309清晰个位点,平均每对引物检测到17.2个扩增位点..参试茄属植物种质群体位点的平均杂合度为0.6962;平均多态信息含量为0.6441.82份栽培种茄子材料的平均相似系数为0.822,表明茄子栽培种的基因库较小,遗传基础较为狭窄.聚类分析结果表明,87份材料可分成4大类,可以较好地将茄子栽培种与其近缘野生种分开,并且基本可将高级栽培种(S.melongena L.subsp.melongena)和原始栽培种(S.melongena L.subsp.ovigerum Salis)在亚种水平上区分开来.由此可见,SRAP标记在茄子遗传研究中是一种经济、有效和可靠的分子标记手段.%The genetic diversity of 87 accessions including 82 Solarium mdongena L. (inluding S. Mdongena L. Subsp. melongenaL. And S. Melongena L. Subsp. Ovigerum Salis ) and relate species ( S. Integrifolium L. And S. Macaonense L. ) were revealed by SRAP markers. 18 of the 88 primers were employed and showed polymorphism and stability. Total 309 alleles were screened, the average number of alleles per primer were 17.2. The heterozygosity average value, and average of polymorphism information content of 309 SRAP loci were 0.6962, and 0.6441. Phenetic tree were constructed using Jaccard' s coefficient and UPGMA and the analysis of cluster suggested that 87 accessions could be divided in to four groups. Average similarity of 82 cultivar eggpant was 0.822, which indicated their genetic relationship was close. The subgrops of cultivar specie ( 5. Mdongena L. ) were almostdifferentiated by the SRAP marker. All these results showed that SRAP markers were economic, effective, and reliable.【期刊名称】《西南农业学报》【年(卷),期】2011(024)005【总页数】8页(P1853-1860)【关键词】茄子;遗传多样性;SRAP( Sequence-related Amplified Polymorphism)【作者】房超;李跃建;帅波;刘独臣;刘小俊;粱根云;杨宏【作者单位】四川省农业科学院园艺研究所,四川成都610066;蔬菜品种改良与种质创新四川省重点实验室,四川成都610066;四川省农业科学院,四川成都610066;四川省仁寿县宝马乡农办,四川仁寿620500;四川省农业科学院园艺研究所,四川成都610066;四川省农业科学院园艺研究所,四川成都610066;四川省农业科学院园艺研究所,四川成都610066;四川省农业科学院园艺研究所,四川成都610066【正文语种】中文【中图分类】S641.1茄子(S.melongena L.),又名 aubergine,guinea squash or brinjal,是世界上许多热带和温带地区的重要蔬菜,也是多样而庞大的茄科植物中18个被驯化作物的主要成员之一,其家族中还有马铃薯、番茄和辣椒等重要的农作物[1]。