取代吡唑类化合物对肿瘤抑制活性的QSAR研究与分子设计
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化学院药物化学考试重点总结化学院药物化学考试重点总结苯巴比妥:巴比妥类镇静催眠药构效关系(解释影响因素)1.5位双取代才有活性,总碳数4-8最好2.3位有甲基取代起效快3.2位硫取代起效快影响药物作用的因素:1)解离常数及油水分配系数的影响;2)体内代谢对药物的影响。
(1)解离常数及油水分配系数的影响。
药物要在体液中转运,又要通过脂质的生物膜达到作用部位发挥药效,要求药物一定的油水分配系数和适宜的解离度。
解离常数及油水分配系数的不同导致药物吸收速度不同、到达作用部位药量不同,影响药物作用强度快慢不同。
如巴比妥酸解离常数较大,在生理条件下,99%以上呈离子型,无镇静催眠作用,苯巴比妥和己锁巴比妥分子型分别为50%和91%,能发挥镇静催眠作用,但己锁巴比妥比苯巴比妥作用快。
油水分配系数过大,则有惊厥作用。
如5位双取代总碳数超过8,导致化合物有惊厥作用。
(2)体内代谢对药物的影响。
药物在体内代谢快,作用时间就短,反之较长。
5位取代基的氧化是巴比妥类药物的主要代谢途径,当取代基为饱和直链烷烃或芳烃时不易代谢作用时间长,如苯巴比妥;为支链烷烃或不饱和烃基时易代谢作用时间短,如环己烯巴比妥。
地西泮(安定):苯二氮类镇静催眠药苯妥因钠:抗癫痫药普罗加比:前药型的拟氨基丁酸类抗癫痫药盐酸氯丙嗪:吩噻嗪类抗精神病药氟奋乃静:抗精神病药氯普噻吨:噻吨类抗精神病药舒必利:苯甲酰胺类抗精神病药吗啡:生物碱类镇痛药,含酚羟基和胺,为两性化合物哌替啶:哌啶类合成镇痛药咖啡因:黄嘌呤类生物碱、中枢兴奋药:硫酸阿托品:抗胆碱药合成CHO+CHONH2+COOCH3OCOOCH3AcOOClNH3COOCNNCOOCH3ONONOAcOHOOOOOH麻黄碱:拟肾上腺素药临床用途:用于支气管哮喘、鼻塞等苯海拉明:氨基醚类组胺H1受体拮抗剂(乘晕宁组成,优点)马来酸氯苯那敏(扑尔敏):丙胺类组胺H1受体拮抗剂氯雷他定:三环类组胺H1受体拮抗剂,非镇静性抗组胺药普鲁卡因:局麻药合成ONa2Cr2O7O2NOOO2NN1Fe,HCl2HClH2NH2SO4O2NOONOHHON二甲苯.HCl 利多卡因(局麻药和抗心律失常)硝苯地平:二氢吡啶类(DHP)钙拮抗剂利舍平(利血平)作用于交感神经末梢的抗高血压药卡托普利:血管紧张素转化酶抑制剂奎尼丁普鲁卡因胺利多卡因:抗心律失常药普萘洛尔:β-受体阻滞剂、合成;OClOONH2OH+OHOHNHClOHOHN.HCl美托洛尔:选择性β1-受体阻滞剂氢氯噻嗪:磺胺类及苯并噻嗪类利尿药甲苯磺丁脲:磺酰脲类口服降血糖药第六章抗溃疡药雷尼替丁:呋喃类H2受体拮抗剂奥美拉唑(洛赛克):质子泵抑制剂昂丹司琼:止吐药甲氧普胺、多潘立酮(吗丁啉):促动力药,止吐药第七章阿斯匹林:水杨酸类解热镇痛药作用原因:解热、镇痛、抗炎机制都与抑制前列腺素(Prostaglandine,PG)在体内的生物合成有关。
《药物设计学》课程考试考前辅导资料第二部分考试相关概念、知识点归纳名词解释:(1)受体:是细胞在进化过程中形成的生物大分子成分,能识别周围环境中极微量的某些化学物质,并与之结合,引发生理反应或药理效应。
(2)组合化学:是将一些基本小分子构建模块(如氨基酸、核苷酸以及各种各样的化学小分子)通过化学或者生物合成的手段,将他们系统地装配成不同的组合,由此得到大量具有结构多样性特征的分子,从而建立化学分子库的方法。
(3)创新药物:通常是指新研制的临床医疗中尚没有的药物品种,其中包括新剂型、新用途、新作用机制和新化合物,可以为临床医疗提供新的具有治疗作用的药物。
(4)药物筛选:就是对可能作为药用的物质进行初步药理活性的检测和试验,以求发现其药用价值和临床用途,为发展新药提供最初始的依据和资料。
(5)竞争性抑制剂:具有与底物相似的结构,通常与正常的底物或配体竞争酶的结合部位,形成无活性的酶-抑制剂复合物,减少酶与底物作用。
(6)靶向药物:指利用对某些组织细胞具有特殊亲和力的分子作载体,与药物偶联后将其定向输送到作用的靶器官部位的一种药物设计方法,是前体药物的一种特殊形式,它是以受体与配体特异性结合为基础的。
(7)苗头化合物:苗头是指对特定靶标或作用环节具有初步活性的化合物。
(8)脱靶效应:某些药物对特定的治疗靶标之外的酶或受体产生的抑制作用会诱导产生不同程度的毒副作用。
(9)分子靶向性治疗:以肿瘤细胞过度或特异性表达的某些标志性分子为靶点,选择针对性的阻断剂,有效干预受该标志物分子调控并与肿瘤发生密切相关的信号传导通路,从而抑制肿瘤生长、发展和转移。
即增加特异性、选择性,避免一般化疗药物的无选择性、毒副作用和耐药性。
(10)定向筛选:是以特异生物活性为指标,针对先导物优化研究的衍生物,以期找到生物活性更优的先导物。
没有先导物的发现,定向筛选就没有根据。
(11)基于结构的药物设计:SBDD,以计算机辅助药物设计为手段,其方法分为基于靶点的直接药物设计和基于配体的简介药物设计两类,运用受体学说和分子识别原理,设计对受体进行调控的先导物,或根据已有药物作用力大小和构效关系判断来推测新化合物的药效,达到发现活性分子的目地。
1.合理药物设计:依据生物化学、分子生物学、酶学等生命科学的研究成果,针对这些基础学科所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物作用靶位,再参考其内源性的配体或天然底物的化学结构特征设计药物分子,以发现选择性作用于靶位的新药,这些药物往往具有活性强,作用专一且副作用低等特点。
2.定量构效关系(QSAR )是将化合物的结构信息、理化参数与生物活性进行分析计算,建立合理的数学模型,研究构-效之间的量变规律,为药物设计、指导先导化合物结构改造提供理论依据。
3.药典是国家控制药品质量的标准,是管理药物生产、检验、供销使用的依据,具有法律的约束力。
1.局部麻醉药普鲁卡因是怎样发现的?它给我们什么启示?1855年尼曼(Niemann)从古柯树叶中首次提取出可卡因。
1884年首先用于临床,具有成瘾性及其他一些毒副作用,简化结构,寻找更好的局部麻醉药。
结果发现苯甲酸酯结构对局部麻醉作用有关键作用 。
确定了苯甲酸酯的局部麻醉作用后,便对可卡因母核爱康宁结构进行改造和简化。
发现爱康宁双环结构并非局部麻醉作用所必须结构 。
对苯甲酸酯类化合物进行了大量研究 ,发现了普鲁卡因。
启示:以天然化合物结构出发设计和发现新药。
2.列举几种常用的全身静脉麻醉药。
依托咪酯、丙泊酚、氯胺酮、羟丁酸钠、丙泮尼地 3.按化学结构分类,局麻药分为哪几类?各有哪些主要代表药物?芳酸酯类(普鲁卡因)、酰胺类(利多卡因)、氨基酮类(达克罗宁)、 氨基醚类(奎尼卡因)、 氨基甲酸酯类(地哌冬、庚卡因) 4.简述局麻药的构效关系。
局部麻醉药的结构可以概括出此类药物的基本骨架由三部分构成:亲脂性部分(Ⅰ): a.芳烃、芳杂环、苯环的作用较强;b.苯环上引入给电子的氨基、羟基、烷氧基时,局麻作用增强,而吸电子取代基则作用减弱;c.氨基处于羰基的对位最好,苯环上若再有其它取代基如氯、羟基、烷氧基时,由于位阻作用而延缓了酯的水解,因此,活性增强,作用时间延长氨基上代以烷基可以增强活性,但毒性要增加。
浅谈吡唑类化合物的发展吡唑类化合物是一种重要的有机化合物,其在生物学、医学和医药化学等领域中有着广泛的应用。
自吡唑类化合物被发现以来,其研究得到了不断地深入发展。
本文将从吡唑类化合物的历史、结构与合成、生物活性和应用等方面进行探讨,以期对吡唑类化合物的发展进行总结和展望。
历史吡唑类化合物是一类具有芳香的五元环结构的有机化合物,其首次被合成与1869年。
随着时间的推移,该类化合物的发现越来越多。
早期的吡唑类化合物主要来源于天然产物,例如藤黄和制铁冶炼过程中生成的焦油等。
然而,在20世纪初,吡唑类化合物的人工合成技术得到了显著的改进,发现了许多合成方法和反应路径,进一步丰富了吡唑类化合物的结构和功能。
结构与合成吡唑类化合物的基本结构为具有双键和氮原子的五元环结构,由此可以分为取代吡唑和未取代吡唑两大类。
取代吡唑是指吡唑中的氢原子被其他原子或基团取代的化合物。
取代吡唑的取代基团可以是烷基、芳基、卤素等,这些取代基团对吡唑的性质和反应有影响。
未取代吡唑是指吡唑中所有氢原子都没有被取代的化合物,其结构简单,但也具有一定的生物活性。
吡唑类化合物的合成方法有许多种,其中常见的包括烃的羟化、脱羧、还原、芳香核烷基化和氮杂环化等反应。
近年来,随着分子合成技术的不断发展,许多新颖的吡唑合成方法也被提出,例如催化的芳基杂化、无机盐的催化合成、金属有机化学合成等。
这些新的合成方法可以有效提高吡唑类化合物的产率和纯度,有助于进一步推动吡唑类化合物的发展。
生物活性吡唑类化合物具有广泛的生物活性,其中许多化合物在医学、药学和农业等领域中发挥着重要的作用。
例如,苯并吡唑和嘧啶吡唑等化合物被广泛用于治疗肿瘤、炎症和病毒感染等疾病。
吡唑类化合物还具有良好的抗氧化、抗菌、清凉和镇痛等生物活性。
应用由于吡唑类化合物具有广泛的生物活性,因此在医学、农业、材料科学和环境科学等领域中应用广泛。
在医学领域,吡唑类化合物已被广泛用于新药的研究和制造,例如用于治疗艾滋病病毒的抗病毒药物。
吡唑类衍生物合成方法的研究进展吡唑类化合物是一类含有吡唑环结构的有机化合物,具有广泛的生物活性和药理活性。
在药物合成和医药化学领域,吡唑类衍生物已经成为重要的研究对象。
为了提高吡唑类化合物的生物活性和药理活性,研究人员不断探索新的吡唑类衍生物合成方法,以合成更多样化和结构多样化的吡唑类化合物。
本文将介绍近年来吡唑类衍生物合成方法的研究进展。
1.吡唑的环化合成方法吡唑类化合物通常通过吡唑的环化合成方法合成。
其中,最常用的方法是氧化环化法。
通过氧化剂如三氧化铬、高锰酸钾等氧化物将氨基甲酸酯氧化得到甲酰氧化酰胺,再通过酸催化剂使其环化生成吡唑环结构。
此外,还有一种氮杂环的环化合成方法,通过氨基化合物与2-羰基化合物反应生成氨基甲酸酯,再经过氧化环化生成吡唑环结构。
2.吡唑的串联合成方法为了合成复杂多样的吡唑类衍生物,研究人员还开发了吡唑的串联合成方法。
一种常用的方法是通过多组分反应合成吡唑类化合物。
例如,通过氰基甲酰甲酸酯、酰胺和芳香胺进行一锅法反应,生成相应的吡唑类化合物。
此外,还有吡唑的烯丙基化合物的合成方法。
3.吡唑的过渡金属催化合成方法过渡金属催化合成方法是近年来吡唑类衍生物合成领域的研究热点之一、通过过渡金属催化剂如钯、铜等催化剂的引入,可以实现特殊的反应过程和选择性。
例如,通过铜催化的氧化脱氮反应,可以将吡唑类化合物中的氨基基团转化为氧化胺基团。
通过钯催化的碳-氮偶联反应,可以实现吡唑类化合物与芳基或烯丙基基团的偶联。
4.吡唑的选择性官能团化方法为了引入特定的官能团,提高吡唑类化合物的选择性和活性,研究人员还开发了吡唑的选择性官能团化方法。
其中一种常用的方法是在吡唑环上引入烯丙基基团。
通过烯丙基基团的引入,可以实现进一步的官能团变换,合成具有特定生物活性的化合物。
综上所述,吡唑类衍生物合成方法的研究进展主要包括吡唑的环化合成方法、吡唑的串联合成方法、吡唑的过渡金属催化合成方法和吡唑的选择性官能团化方法。
3D-QSAR定量结构一活性关系(Quantitative Structure-Activity Relationship,QSAR),即化合物的化学结构与化合物活性之间的关系的探索,起始于药物设计领域,通过研究生物活性和理化参数之间的相关性预测新化学品的活性,指导新药和杀虫剂的合成。
在环境化学领域,QSAR可用来预测化学品在环境中的暴露水平,同时又可对其生物活性作出评价。
定量构效关系(QSAR)是一种借助分子的理化性质参数或结构参数,以数学和统计学手段定量研究有机小分子与生物大分子相互作用、有机小分子在生物体内吸收、分布、代谢、排泄等生理相关性质的方法.。
这种方法广泛应用于药物、农药、化学毒剂等生物活性分子的合理设计,在早期的药物设计中,定量构效关系方法占据主导地位,1990年代以来随着计算机计算能力的提高和众多生物大分子三维结构的准确测定,基于结构的药物设计逐渐取代了定量构效关系在药物设计领域的主导地位,但QSAR在药学研究中仍然发挥着非常重要的作用。
三维定量构效关系(3D-QSAR)是引入了分子三维结构信息进行定量构效关系研究的方法。
这种方法间接地反映了分子与生物大分子相互作用过程中两者之间的非键相互作用特征,相对于二维定量构效关系有更加明确的物理意义和更丰富的信息量。
3D-QSAR的基本原理主要是利用数学模式对药物的化学结构信息(如各种取代基参数,拓扑指数以及量子化学与分子力学计算参数)与其生物活性之间的关系进行定量分析,找出结构与活性间的量变规律,然后根据这种规律及未知化合物的结构预测未知化合物的性能。
它建筑在以下观念上:(1)分子的形状在一定程度上影响其生物活性,分子的活性构象是研究3D—QSAR的关键;(2)药物分子与受体之间的相互作用是借助可逆的、非共价结合的弱作用力实现的,如静电引力、疏水作用、氢键、范德华引力等。
由于3D—QSAR直接反映药物分子与受体三维空间上的互补性,更准确表达了药物与受体之间的相互作用,因此,近十多年来3D-QSAR方法得到了迅速的发展。
5α,8α-过氧甾醇类化合物的设计、合成及抗肿瘤活性研究癌症是危害人类健康的重大疾病。
近几十年来,各国研究者都在致力于开发高效、低毒的癌症治疗药物。
天然药物具有悠久的药用历史,其含有的活性化合物是药物发现研究中先导结构的重要来源。
据相关报道,1981<sup>2</sup>012年,约46%的上市药物的结构来源于天然产物、天然产物衍生物及天然产物类似物。
由于天然产物具有结构多样性、立体复杂性以及多种理化性质,人们一直对其充满广泛的研究兴趣。
本论文综合分析了天然过氧化物及甾体药物的研究进展,选取以我国最具典型代表的中药材灵芝中提取的过氧化物成分——过氧麦角甾醇为先导结构,通过光氧化方法在甾体母核的B环中构建5α,8α-过氧桥,同时对甾体A环的C-3位和D环的C-17位进行结构改造,设计、合成四个系列的过氧化甾醇衍生物,并对所合成的衍生物进行抗肿瘤生物活性研究。
首先,以麦角甾醇为原料,通过合成过氧麦角甾醇,探索过氧桥键的合成方法并优化工艺条件。
生物学功能实验发现过氧麦角甾醇对人肝癌(HepG2、SK-Hep1)和乳腺癌(MCF-7、MDA-MB-231)肿瘤细胞具有优异的抗增殖活性,并呈浓度和时间依赖关系;能够明显抑制肿瘤细胞迁移;干扰肿瘤细胞周期并诱导肿瘤细胞凋亡。
基于过氧麦角甾醇优异的抗肿瘤活性,为进一步丰富甾醇过氧化物的结构并优化出活性更好的新结构,我们通过在其C-3位羟基进行简单的极性基团的改造,设计并合成了一系列过氧化甾醇-3-氨基甲酸酯衍生物I-3a-j。
抗肿瘤活性实验表明,所合成的10个目标化合物中,化合物I-3d和I-3f对肝癌细胞(HepG2和Sk-Hep1)的抑制活性最为显著(0.85μM≤IC<sub>50</sub>≤2.83μM)。
合成化合物I-3d和I-3f的盐酸盐的水溶性比过氧麦角甾醇提高近40倍。
同时发现,将线粒体靶向荧光探针(香豆素)与化合物I-3d偶联,可有效地将小分子化合物靶向到肿瘤细胞的线粒体并提高了对肿瘤细胞的抑制活性。
Raf激酶抑制剂研究进展杨涛;孟歌;刘文萍【摘要】Objective To discuss the research progress of Raf kinase inhibitors in recent years .Methods Based on the literature,we summarized the research progress according to the structural type of Raf kinase inhibitors .Results Some Raf kinase inhibitors in early clinical studies have unique inhibitory activities .Conclusion Raf kinase inhibitors have good prospects for possible clinical application .%目的探讨近年来有关Raf激酶抑制剂的研究进展.方法在查阅大量文献的基础上,总结了近年来有关Raf激酶抑制剂的结构类型及临床应用.结果许多Raf激酶抑制剂在早期临床研究中具有独特的抑制活性.结论 Raf激酶抑制剂具有良好的临床应用前景.【期刊名称】《西北药学杂志》【年(卷),期】2012(027)003【总页数】5页(P280-282,封3-封4)【关键词】Raf激酶;抗肿瘤;抑制剂;化学结构【作者】杨涛;孟歌;刘文萍【作者单位】西安交通大学医学院药学系,西安,710061;西安交通大学医学院药学系,西安,710061;解放军323医院药剂科,西安,710054【正文语种】中文【中图分类】R914靶向治疗已经成为抗肿瘤治疗的重要组成,并已在许多肿瘤的治疗中取得了重大进展[1]。
目前,细胞信号转导通路中的各种激酶已经成为最引人注目的抗肿瘤治疗的靶点。
许多研究表明,Raf激酶介导的Ras/Raf/MEK/ERK通路在肿瘤发展及转移的过程中具有显著作用,且与诸多生长因子密切相关,例如EGFR、VEGF及血小板衍生生长因子(PDGF)等[2]。
基于虚拟筛选的3D QSAR药效团设计CDC25B抑制剂李煜;晋文燕;李红莲;王润玲;马英【摘要】目的:用计算机辅助药物设计的方法发现潜在的CDC25B抑制剂.方法:用Hypogen方法研究CDC25B抑制剂.cost分析、测试集预测和Fisher检验用来验证该模型的可靠性.随后,运用hypo-1-CDC25B对ZINC数据库进行筛选,得到符合成药五规则的26个化合物,26个化合物进行分子对接得到6个对接得分高的化合物.结果:通过分子对接研究,发现6个化合物有较好的亲和力.结论:发现6个潜在的CDC25B抑制剂,这有助于发现治疗癌症的强有力的先导化合物.【期刊名称】《天津医科大学学报》【年(卷),期】2018(024)002【总页数】4页(P131-134)【关键词】CDC25B;Hypogen;分子对接【作者】李煜;晋文燕;李红莲;王润玲;马英【作者单位】天津医科大学药学院,天津市临床药物关键技术重点实验室,天津300070;天津医科大学药学院,天津市临床药物关键技术重点实验室,天津300070;天津医科大学药学院,天津市临床药物关键技术重点实验室,天津300070;天津医科大学药学院,天津市临床药物关键技术重点实验室,天津300070;天津医科大学药学院,天津市临床药物关键技术重点实验室,天津300070【正文语种】中文【中图分类】R914.2癌症的特征是细胞周期会发生紊乱并且细胞会恶性增殖。
2012年的癌症患者约有1 410万名,2014年导致我国人群期望寿命损失的疾病以癌症为首,占比高达20.73%,癌症患者发病率将在2020年前增至1 685万[1]。
因此,发现特异性抗癌药物迫在眉睫。
CDC25B是由细胞周期蛋白依赖性激酶去除磷酸盐和进一步激活蛋白激酶复合物,从而影响细胞周期的进展。
它通过调整CDK2/cyclin和CDK1/CyclinA在G2/M转变中发挥重要作用。
CDC25B在肿瘤组织中的表达水平是正常水平的3倍,这反过来又会促进肿瘤的生长。
新型药物的计算设计方法及其抗肿瘤作用评估引言:肿瘤是严重威胁人类健康的疾病之一,而药物的研发和设计对于肿瘤治疗具有至关重要的作用。
随着科技的进步和计算机的广泛应用,计算设计方法已经成为开发新型药物的重要手段。
本文将介绍新型药物的计算设计方法以及其在抗肿瘤作用评估中的应用。
新型药物的计算设计方法:1. 分子模拟:分子模拟是一种利用计算机模拟方法研究药物与靶点相互作用的技术。
通过分子动力学模拟、分子对接和药力学模拟等方法,可以模拟药物分子与靶点的结合状态,了解其空间构象和相互作用,从而帮助设计具有更好效果的药物分子。
分子模拟技术在新药研发中发挥着越来越重要的作用,加速了药物发现的过程。
2. 三维定量构效关系(3D-QSAR)分析:3D-QSAR是一种利用化合物分子的三维结构和活性之间的关系进行定量结构-活性关系研究的方法。
它可以通过计算分子的物理化学性质和结构信息,预测或衍生药物分子的活性。
基于3D-QSAR模型,可以对化合物进行定量结构优化,设计出具有更好活性的化合物。
3. 虚拟筛选:虚拟筛选是一种利用计算机技术对大规模化合物库进行筛选的方法。
通过预测分子的生物活性和药物性质,快速筛选出具有潜力的候选药物分子。
虚拟筛选可以大大缩短药物研发的时间和成本,提高药物研发的效率。
新型药物的抗肿瘤作用评估:1. 细胞外试验:细胞外试验是评估药物的抗肿瘤活性的常用方法。
通过培养肿瘤细胞株,给药后观察细胞的增殖、存活和凋亡等指标的变化。
同时可以运用荧光染料等方法,观察药物对细胞形态和结构的影响,从而评估药物的抗肿瘤作用。
2. 动物模型:动物模型是评估新型药物抗肿瘤作用的重要手段。
常用的动物模型包括荷瘤小鼠模型、移植瘤模型和转基因小鼠模型等。
通过给药给疾病动物模型,观察肿瘤生长的抑制效果和生存期的延长,可以评估药物候选分子在体内的疗效和安全性。
3. 临床试验:临床试验是评估药物疗效和安全性的最后一道关卡。
药物候选分子需要通过不同的临床试验阶段,包括I期、II 期和III期临床试验。
第29卷第12期2017年12月化学研究与应用^Chemical Research and Application V o l.29,N o. 12D e c.,2017文章编号:1004-1656(2017) 12-1833-07取代吡唑类化合物对肿瘤抑制活性的QSAR研究与分子设计袁钰涵\范旖旎2,任玉婷2,陈双扣2*(1.西北民族大学生命科学与工程学院,甘肃兰州,730124;2.重庆科技学院化学化工学院,重庆,401331)摘要:采用量子化学中的密度泛函理论(D F T)方法,在B3L Y P/6-31++G(d,p)基组水平上系统计算了 T p R-I抑制剂吡唑类衍生物(A H S P s)的量子化学结构参数。
用逐步线性回归方法(S R)对该类A H S P s化合物进行了定量构效关系研究,筛选出了影响化合物抑制活性的主要因素,得到了最优Q S A R方程。
研究结果表明,抑制剂分子的偶极矩M、疏水系数l o g P、分子中吡啶环的7-N原子的M u l l i k e n电荷是影响A H S P s类化合物的抑制活性的主要因素。
偶极矩M和疏水系数l o g P越小,吡啶环的7-N原子M u l l i k e n净电荷越正,则化合物的抑制活性越强。
所得模型对该类吡唑类化合物针对T p R-I的抑制活性有较好的预测结果,据此设计出14个新型A H S P s分子,计算其量子力学参数,利用构效方程预测出新型A H S P s分子的性能,发现其中有3个分子可能有较好的理论抑制活性。
关键词:转化生长因子-P受体激酶T p R-I;定量构效关系(Q S A R);量子化学计算;逐步多元线性回归(S R);分子设计中图分类号:T B99文献标志码:AQSAR study and molecular design of tumor suppressiveactivity of substituted pyrazole compoundsYUAN Yu-han1,FAN Yi-ni2,REN Yu-ting2,CHEN Shuang-kou2*(1. Life S c i e n c e a n d E n g i n e e r i n g College of N o r t h w e s t University of Nationalities,Lanzhou 730124,C h i n a;2. College of C h e m i s t r y a n d C h e m-e n g i n e e r i n g,C h o n g q i n g University of S c i e n c e a n d T e c h n o l o g y,C h o n g q i n g 401331 ,C h i n a)A b s t r a c t:T h e quantified pa r a m e t e r s of the substituted pyrazole inhibitors of the transforming g r o w t h factor-beta receptor kinase T p R- I w e r e calculated at B3L Y P/6-31++G(d,p)u s i n g density functional theory( D F T)m e t h o d. T h e quantitative structure-activity relationship( Q S A R)of these c o m p o u n d s w a s d e t e r m i n e d b y stepwise linear regression m e t h o d(S R). T h e m a i n factors affecting the inhibitory activity of the c o m p o u n d s w e r e s c r e e n e d o u t,a n d o n e g o o d Q S A R equation w a s obtained. T h e results s h o w that the dipole m o m e n t ya,the h y d r o p h o b i c coefficient l o g P,t h e 1-N,2-N o n the pyrazole ring a n d the M u l l i k e n ch a r g e of the 7-N a t o m of the pyrid ine ring are the m a j o r factors. Dipole m o m e n t a n d the h y d r o p h o b i c coefficient l o g P,t h e m o r e the M u l l i k e n net c h a r g e of the 7-N a t o m of the pyridine ring a n d the 2-N a t o m of the pyrazole ring is positive,the m o r e negative the M u l l i k e n net c h a r g e of the 1-N at- o m,the stronger the activity. T h e results s h o w e d that the p r o p o s e d m o d e l h a d g o o d predictive effect o n the inhibitory activity of the pyrazole c o m p o u n d s against T p R- I,a n d 14 n e w m o l e c u l e s w e r e also designed. After calculation,three of these n e w m o l e c u l e s w e r e f o u n d to h a v e better performance.K e y w o r d s:transforming g r o w t h factor-beta receptor k i n a s e;quantitative structure-activity relationship( Q S A R);q u a n t u m c h e m i c a l calculation;stepwise linear regression m e t h o d(S R);m o l e c u l a r design收稿日期:017-04-17 ;修回日期:2017-09-06联系人简介:陈双扣(1976-),男,主要从事理论计算化学研究。
E-mail:skchen@1834化学研究与应用第29卷继心脏病后,癌症如今已成为日益常见且严重威胁人类身体健康与生命的第二大顽疾。
目前发展得最快的癌症治疗方式为药物治疗。
研究表明,转化生子因子-卩(transforming growth factor-卩,TGF-p)能够抑制多种上皮细胞的生长,诱导细胞终末分化或凋亡,因此其信号传导通路与肿瘤的 发生有密切的关系[1]。
实验证明,TGF-p对多种 上皮性肿瘤细胞(胃癌、肝癌等)的体外增殖起负 调控作用[2]。
TGF-p通过转化生长因子-p受体激 酶TpR-I参与细胞的信号传递,影响到细胞的多 种调节过程,如细胞的增殖、分化、胚胎发育等一 系列生命过程[3’4]。
我们可通过抑制TpR-I的活 性来调控TGF-p的信号传递,进而监控癌症的发 生发展。
研发高效低毒的TpR-I抑制剂成为癌症 治疗领域的热点[5]。
多维定量构效关系(MD QSAR)能够克服盲 目摸索带来的巨大的人力、物力与金钱的浪费,以最少的成本直接获得高性能的新药[]。
QSAR技 术能使人们能更清楚的了解药物可能的作用机 制,解释由于分子结构参数或理化参数的变化,从 而导致其生物效应改变的原因,据此可对现有的 分子进行改造或者修饰提高其活性,还可用于设 计新分子并预测其活性[7-9]。
研究表明,一类用芳基和杂环芳基取代的吡 唑衍生物(Aryl-and Heteroaryl-Substituted Pyrazole,简称AHSPs)中的多数可明显地抑制人体的TpR-I 活性[1°]。
其结构通式如图1所示,其中R1 ~R4 是杂环上不同的取代基。
图1 A H S P s类化合物的结构通式Fig. 1 Structural f o r mulas of A H S P s c o m p o u d s.相关研究在结构优化的基础上通过遗传算法 等方法对此类抑制剂的构效关系进行过研究[11],但是如何在现有活性数据和构效关系研究的基础 上,对此类化合物进行改造,设计出了一系新型的抑制剂,并从理论上预测其活性,这些都是值得深 入探讨的问题。
为此,本文拟采用量子化学密度 泛函理论方法(DFT)方法,计算相关抑制剂的结 构参数,研究结构参数与活性的关系,探寻AHSPs 类化合物对TpR-I可能的抑制机理,建立了具有 统计学意义和良好预测能力的QSAR模型,并据 此对原活性分子进行了结构改造或修饰,以期得 到高抑制活性(理论上)的新分子,可为设计新型 抑制剂分子的活性预测提供理论参考。
1计算方法1.1 AHSPs类化合物分子构建及优化根据文献进行分子构建;分子的结构式和活 性[1°]见表1;采用分子力学方法MM2对分子进行 初步几何优化。
半数抑制活性IC50指能够抑制 50%TpR-I活性所需的最少药物浓度。
AHSPs类 化合物的抑制活性以其负对数值P/C50表征,P/C50的值越大,表示化合物的抑制活性越高,即口药效越好。
1.2量子化学参数计算以MM2 优化得到的分子的几何构型作为抑 制剂分子的活性构象,在DFT/B3LYP/6-31 + + G (d,p)基组水平上计算各化合物的单点能,收敛限 为Medium。
计算了分子的前线轨道能级(E hom o、E l u m。
),分子的偶极矩M,分子中N原子的Mullik-e n电荷,油/水分配系数logP等量化参数。
量化 计算采用Gaussian09W进行。