堆肥腐熟发酵技术是用来发酵制作有机肥的，一定要是好氧发酵，在发酵过程中，必须供给发酵料相对充足的空气，例如发酵堆肥秸秆和粪肥时，需要定期如过几天翻堆一次，整个发酵过程要共翻堆一到两次，目的就是为了供氧，或在堆放时要疏松地堆放，密封时，也最好是用稀泥来封堆，如果是用塑料薄膜来密封，则一定要过两天掀开一次，并用木棒或耙子松一下物料;所以，其菌种中，大多是好氧发酵菌，例如枯草芽孢杆菌，侧孢芽孢杆菌，嗜热侧孢霉菌，米根霉菌 ，黑曲霉菌，多食鞘氨醇杆菌，泾阳链霉菌，杂色曲霉菌，扣囊拟内孢霉等;以及产纤维素酶比较丰富的拟青霉菌，白腐真菌，里氏木霉等，当然，也掺入了部分厌氧菌如粪肠球菌、戊糖片球菌，乳酸片球菌等;
好氧发酵制作堆肥，可以保证产生足够的高温，杀死其中的寄生虫及卵，以及杀死病菌营养体细胞，杀死杂草种子，以及尽量消耗掉物料中的能量如碳水化合物，以免将来施用到土壤中后，会造成烧根等不良现象，同时高温才有条件尽量消耗掉秸秆中的碳氢化合物，如果不把秸秆中的碳氢化合物除去，则将来把这种肥料施到土壤中后，一是会烧根，二是因为这种肥碳氮比太高，会造成微生物大量发热的同时，会争夺土壤中的氮源来平衡碳氮比，这样就造成与植物争肥的不良好局面，造成植物根苗细长不壮实;同时，好氧发酵可以保证快速发酵，保持农民在两茬作物之间的短暂的时间内，充分完成秸秆的腐熟过程;
对于发酵制作动物饲料原料的，是厌氧发酵方式的，而如果采用好氧发酵方式的话，则会把物料中的动物所需要的重要营养因素，如消化能，代谢能消耗殆尽;所以，益加益生物饲料发酵菌发酵糟渣一定是厌氧发酵，并要求尽力压实压紧密封好，密封好的状态下，不去动它，可以永远保存不变质，也不会损失能量，只会增加物料的能量利用率，提高物料的消化吸收率(因为适当分解了物料，如分解蛋白成小肽多肽等可溶性蛋白，分解淀粉成葡萄糖或低糖等易消化小分子物质，分解粗纤维成为低糖，使本来无法被单胃动物利用的东西，变成可以利用的能量物质)，而绝对不可采用好氧发酵的方式;所以，这是与堆肥发酵绝然不同的;
腐发酵粪料作肥料，是高温好氧发酵，发酵过程中会产生高达60度以上的高温，靠高温来杀死病菌病毒，以及杀死杂草种子，寄生虫卵等;而发酵粪料做饲料是靠有益菌的繁殖和分泌杀菌剂(如乳酸链球菌素，嗜酸菌素，枯草菌素，制霉菌素)来杀病毒病菌，以及产乳酸来抑杀杂菌等。