乙型肝炎病毒基因组序列分析
【摘要】目的分析四川省木里县1株乙型肝炎病毒基因组特征。方法从HBsAg阳性的血清标本11B18中提取病毒DNA，经多聚酶链反应和核苷酸片段测序后，用Mega4软件和Simplot软件做进化树分析和重组分析。结果S基因和C基因核苷酸序列进化树分析显示11B18分别属于D基因型和C基因型，全基因组核苷酸序列进化树分析显示此株与C1基因亚型参考株在同一进化分枝上；重组分析证实此株为C/D基因型重组株，与D基因型的重组位点大约在nt140～nt740。结论与我国西部地区的CD1和CD2两种C/D基因型重组株比较，11B18属于C1基因亚型，其与D基因型的重组位点也有差异。
乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）属于嗜肝DNA病毒科，其基因组全长约3.2kb，含有4个相互重叠的开放读码框(P基因，PreC/C基因, PreS/S基因和X基因)。根据基因组或S基因核苷酸序列差异，HVB可分为A～H８个基因型[1～3]；各基因型呈一定的地理区域分布，并与一定的血清亚型相关[4]。我国HBV以B和C基因型为主，西部地区存在D 基因型及C/D重组基因型[5～8]。为了解四川省HBV的基因型，对收集到的部分HBsAg 阳性血清标本进行了核苷酸序列分析，在四川省木里县1份血清标本中检测到1株C/D基因型重组HBV，其重组位点与我国西部地区的CD1和CD2基因型重组株不同。
1. 材料与方法
1.1 血清来源血清标本编号为11B18,采自木里县1名6岁彝族儿童，血清学检测其HBsAg 和HBeAg均阳性。
1.2 HBV DNA提取使用Maxwell 16 DNA purification Kit（Promega）按厂家说明书提取病毒DNA。
1.3 多聚酶链反应（PCR）和核苷酸测序PCR在PTC-200（MJ）上进行，试剂为PCR Master Mix（Promega），所用引物见表1。PCR条件为：94℃预热3min,然后94℃30sec，55℃30sec，72℃1.5min，共40次循环，最后72℃10min延伸。PCR产物用Wizard SV Gel and PCR Cleanup System（Promega）按厂家说明书进行纯化。纯化PCR产物用相同引物分别进行双向标记，标记试剂为Bigdye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit（Applied Biosystems）, 反应条件为：96℃10sec, 50℃5sec, 60℃4min,共25次循环。标记产物用BigDye XTerminator Purification Kit（Applied Biosystems）再次纯化后，在3500 xL Genetic Analyzer （Applied Biosystems）上完成测序。
1.4 基因型分析和重组分析11B18核苷酸序列与HBV A～H基因型/基因亚型参考株序列（包括我国西部地区的CD1和CD2 2种C/D基因型重组株）比对后，用MEGA4软件做进化树分析（Kimura 2 参数模型，配对删除，邻位-连接法，500次bootstrap检验）[9]，根据进化分枝聚集确定基因型。使用SimPlot软件进行重组分析。
11B18标本HBV基因组序列已在GenBank/EMBL/DDBJ数据库中登记（AB674504）。
2. 结果
2.1 核苷酸序列分析11B18基因组全长为3215bp，4个开放读码框的位置与C基因型参考株位置一致，在PreS基因上未发现缺失，且与除C基因型参考株外的其它基因型核苷酸序列差异都>8%。与各C基因亚型参考株比较，11B18与C1基因亚型参考株的核苷酸差异最小（
3.3% ±0.5%）。根据S基因序列推导其表面抗原122位、160位和127位氨基酸分别为精氨酸、脯氨酸和赖氨酸，确定11B18的血清亚型为ayw2。
2.2 进化树分析S基因进化树分析显示11B18与CD1、CD2重组株和其它D基因型参考株聚集在一起，属于D基因型，但PreC/C基因、X基因和P基因进化树分析均显示11B18均与C基因型参考株（包括CD1和CD2）聚集一起（数据未显示）。全基因组进化树分析也证实11B18C与C1基因亚型参考株在同一进化分枝上（bootstrap值为98%）（图1）。
注：木里县11B18分离株以“▲”标示，各参考株以基因型/基因亚型（包括CD1和CD2重组株）、GenBank登录号和来源地标示。≥70%的Bootstrap值显示在分支上。
2.3 重组分析与非重组的A～H基因型参考株重组分析显示，CD1重组株（CHN-L53标本，GenBank登录号AY817512）与D基因型参考株序列的重组位点大约在nt10～nt740（图2A）；CD2重组株（Tibet127标本，GenBank登录号AY817515）的重组位点大约在nt10～nt1450（图2B）；11B18与D基因型参考株序列的重组位点大约在nt140～nt740（图2C）。
3. 讨论
一个区域内如果有不同基因型的HBV同时流行循环，则容易发生重组[12,13]。除日本外其他亚洲国家的B基因型HBV，其PreC/C基因片段与C基因型HBV发生了重组[14,15]。我国的HBV以B和C基因型为主，在西部地区存在D基因型以及CD1和CD2 2种C/D重组基因型[6～8]。S基因基因进化树分析显示118B18属于D基因型，其血清亚型也为D基因型中常见的ayw2血清亚型，但PreS、PreC/C基因、X基因和P基因进化树分析均显示11B18属于C基因型（数据未显示）。Wang等将我国的C基因型HBV分为C1、C2、CD1和CD2四种基因亚型[16]，在进化树上CD1和CD2与C1～C6基因亚型分离形成独立的进化分支。11B18虽然也是C/D基因型重组株，但不属于CD1或CD2基因亚型，而是与C1基因亚型聚集在同一进化分支上（图1），其与D基因型重组位点大约在nt140～nt740，也与CD1和CD2的重组位点不同（图2A、图2B、图2C）。
木里县是一个藏、彝、汉、蒙古等多民族共同居住的藏族自治县，HBV遗传背景相对复杂。11B18标本采自偏远乡村1名6岁彝族儿童，在采集到的同村和邻村其他学龄前彝族儿童血清标本中，也检测到C1、B2基因亚型HBV和暂定的I基因型HBV[17]，提示该乡有多种基因型（或基因亚型）的HBV循环存在。该乡及周围地区是否还能发现其它C/D基因型重组株,是否11B18能代表一种不同于CD1和CD2的其它C/D基因型重组类型，还需更多的监测数据加以阐明。
乙型肝炎现状如何？ 乙型病毒性肝炎是由乙肝病毒（hepatitis B virus，HBV）感染引起的、以肝脏炎性病变为主，并可引起多器官损害的一种疾病，主要存在于肝细胞内，可引起肝细胞炎症、坏死和纤维化。 乙型肝炎病毒(HBV)感染呈世界性分布，全球约有3.6亿感染者，每年约有100万人死于与HBV相关的肝脏疾病。我国属于感染的高发区，现有的慢性HBV感染者约9300万例。 乙型肝炎病毒（HBV）基因分型的临床意义 HBV根据DNA差异可分为A、B、C、D、E、F、G、H八种类型，不同型别在流行特征，致病性，对药物治疗反应等方面存在差异，其中，我国以B型和C型为主，感染HBV基因型B的患者发生肝纤维化及肝细胞癌的平均年龄要比感染HBV基因型C的患者的年龄大。 通过分型检测，可判断病毒复制活跃程度及突变发生率情况。研究表明，与HBV-B型相比，C型复制较活跃，不易发生HBeAg血清转换；HBV-B型易产生前C区突变，C型核心启动子区变异发生率更高，与重型肝炎发病机制密切相关，可作为肝癌高危指标之一。同时，HBV-B、C型患者易产生拉米夫定耐药突变，通过分型检测，可指导临床治疗方案制定，有针对性进行临床治疗，更大程度上提高患者的生活质量。 乙肝的治疗方式有哪些？ HBV感染主要的治疗方法是抗病毒治疗，国内外普遍使用的药物有干扰素和核苷（酸）类。由于干扰素需要反复注射，且副作用较多，近年来，核苷(酸)类似物(NA)已成为抗HBV感染的主要方法之一，NA因其抑制病毒复制能力强、使用方便、耐受性好且疗效确切，适用于不同阶段的肝病患者，是长期治疗的合理选择。但随着治疗时间的延长，往往会出现病毒耐药株，从而需要监测乙型肝炎病毒耐药基因型，指导临床用药。 乙肝病毒产生耐药的机理是什么？ HBV对某种药物的耐药性一般是指由HBV基因组上某些位点的变异导致这种药物对HBV的抑制作用减弱或无作用。通常分为以下几种： （1）原发性耐药变异：指药物作用靶位的基因及其编码的氨基酸发生变异，导致变异病毒株对治疗药物的敏感度下降； （2）继发性耐药变异(又称补偿性耐药变异)：指由于原发性耐药变异病毒株复制能力下降，在原发性耐药变异的基础上，病毒株也可在其他位点发生变异，这些变异可部分恢复变异病毒的复制能力或可导致变异病毒对药物敏感度的进一步下降； （3）基因型耐药：指检测到已在体外的表型分析研究中被证实与抗病毒药物耐药相关的HBV变异； （4）表型耐药：通过体外复制系统证实检测到的HBV变异会降低其对抗病毒药物的敏感度。 HBV属于嗜肝DNA病毒科，基因组长约3.2kb，是部分双链环状DNA结构。HBV基因组含有4个部分重叠的开放读框(open reading frame，ORF)，分别为S基因区、C基因区、P基因区和x基因区。产物为含末端蛋白、间隔区、逆转录酶区和RNA酶H区4部分的HBV聚合酶。 HBV虽然属于DNA病毒，但其复制过程并非DNA—DNA的直接复制过程，而是经过前基因组RNA的中间过程，即DNA—RNA—DNA的复制过程。在前基因组RNA逆转录为负链DNA的过程中，HBV逆转录酶由于缺乏严格的校正机制，导致HBV复制过程中核苷酸错配率较高，发生变异的频率为每年(1.4～3.2)X105核苷酸替换／位点。HBV复制的这种过程和特点，决定了同一患者体内不同的HBV株基因序列之间也存在差别。 核苷（酸）类药物主要通过抑制HBV聚合酶的逆转录酶区活性，阻止HBV复制过程中以HBV的前基因组RNA为模板逆转录生成新的病毒DNA，从而发挥抑制病毒复制的作用，HBV前基因组RNA是以HBV的cccDNA 为模板合成的，即NA的药效靶点在cccDNA的下游，所以NA不能直接清除已经存在的cccDNA。
第４８卷 第５期２０１２年１０月 青岛大学医学院学报 ＡＣＴＡ ＡＣＡＤＥＭＩＡＥ ＭＥＤＩＣＩＮＡＥ ＱＩＮＧＤＡＯ ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＡＴＩＳＶｏｌ．４８，Ｎｏ．５Ｏｃｔｏｂｅｒ ２ ０１２［收稿日期］２０１２－０４－１２； ［修订日期］２０１２－０８－０９［基金项目］青岛市卫生科技发展计划资助项目（２０１０ＷＳＺＤ０８）［作者简介］黄艳秋（１９７９－），女，硕士研究生，主治医师。［通讯作者］史昌河（１９６３－） ，男，副主任医师，硕士生导师。丙型病毒性肝炎基因分型及临床意义 黄艳秋，史昌河 （青岛大学医学院传染病学教研室，山东青岛 ２６６０７１ ）［摘要］ 丙型病毒性肝炎病原体为丙型肝炎病毒（ＨＣＶ），以输血为主要传播途径。ＨＣＶ基因组为单股正链ＲＮＡ病毒，有较高的复制率及变异率，在人体内呈准种分布。目前根据Ｓｉｍｍｏｎｄｓ命名系统可将其分为６个基因型。ＨＣＶ基因分型在丙型病毒性肝炎的流行病学研究、病毒载量、病情转归及抗病毒治疗等方面均有重要意义。特别在抗病毒治疗方面，ＨＣＶ基因分型是制定抗病毒治疗方案， 预测抗病毒疗效的重要依据。［关键词］ 肝炎， 丙型；基因分型；综述［中图分类号］ Ｒ５１２．６ ［文献标志码］ Ａ ［文章编号］ １６７２－４４８８（２０１２）０５－０４６８－ ０３ 丙型病毒性肝炎是临床工作中较为常见的一种病毒性肝炎，病原为丙型肝炎病毒（ＨＣＶ），感染后可引起肝脏急、慢性炎症，极少数发展为重症肝炎。输血及血制品曾是丙型病毒性肝炎最重要的传播途径，但近年来，随着筛查方法的改进， 此种传播方式已得到明显控制，目前注射、器官移植、血液透析、性传播及母婴传播亦较常见。人类对ＨＣＶ普遍易感，而且感染后高达８０％的病人转为慢性感染，如果不进行及时和正确的抗病毒治疗，有相当比例的病人会发展为肝硬化、肝癌和肝衰竭，产生严重的临床后果。丙型病毒性肝炎在全球感染率为３％，因此全世界约有１．７亿人曾感染过 ＨＣＶ［１］ ，但各国的感染率不尽相同，我国ＨＣＶ感染率约为 ３．２％，属于高流行区。１ ＨＣＶ基因组的结构和功能１．１ ＨＣＶ基因组的基本结构 ＨＣＶ基因组为单股正链ＲＮＡ，可分为３′非编码区、５′非编码区及编码区（ＯＲＦ）３个区域，ＯＲＦ可编码一个病毒蛋白前体， 在宿主和蛋白酶裂解的共同作用下该蛋白前体可生成至少１０种蛋白。根据所编码蛋白的功能不同，编码区又分为结构基因和非结构基因，其中结构基因编码的４种蛋白包括核心蛋白、包膜蛋白１（Ｅ１）、Ｅ２、Ｐ７，这些蛋白参与病毒的组装，又被称为结构蛋白。非结构基因翻译编码的蛋白有非结构蛋白２（ＮＳ２）、ＮＳ３、ＮＳ４Ａ、ＮＳ４Ｂ、ＮＳ５Ａ、ＮＳ５Ｂ，这些蛋白主要参与病毒复制，故又称非结构蛋白或功能蛋白。ＨＣＶ基因组的变异率高，这一特点使之在人体内呈现准种分布，基因组中Ｅ１和Ｅ２区是变异率最高的区域，而５′及３′非编码区则是最保守的区域。 １．２ ＨＣＶ各区段基因组的结构和功能 ①５′ＵＴＲ：它是ＨＣＶ基因组中最保守的区域。ＨＣＶ ５′ＵＴＲ包括４个保守的结构区域，其中结构域Ⅱ～Ⅳ构成内部核糖体进入位点（ＩＲＥＳ），ＩＲＥＳ能够在不依赖于ＨＣＶ蛋 白作用的前提下启动下游ＨＣＶ编码区基因的翻译，因而抗病毒药物的靶向定位点常为丙型病毒性肝炎病毒的ＩＲＥＳ。②３′ＵＴＲ：３′ＵＴＲ位于ＨＣＶ ３′末端，由２００～２３５个核苷酸组成。其中可变区具有基因型的特异性，在此区域内不同基因型之间存在核苷酸序列的差异。不同的基因型其ＨＣＶ多聚Ｕ区的长度亦不相同。部分研究结果显示，不同的ＨＣＶ型甚至同型不同株型之间３′ＵＴＲ的交换都会导致ＨＣＶ不能复制。因而得出结论，只有当病毒具有完整的３′ＵＴＲ才能发挥其正常的作用。另有研究结果显示，宿主细胞内部所固有的多聚嘧啶束结合蛋白或自身抗原若与ＨＣＶ基因组中的３′ＵＴＲ结构部分（尤其是Ｘ尾）结合，丙型病毒性肝炎病毒核糖核酸的翻译效率和稳定性均可增强。③核心蛋白：丙型病毒性肝炎病毒基因组的３４２～９１４核苷酸位点系核心蛋白基因的位点。编码核心蛋白，核心蛋白的功能之一是与糖蛋白作用组装出完整的ＨＣＶ病毒颗粒。在核心蛋白的氨基端内，高度保守的抗原表位含量非常丰富。核心蛋白在与病毒ＲＮＡ靶向结合的前提下可调节ＨＣＶ基因组的翻译， 并且核心蛋白的基因调节作用与原发性肝癌的发生关系密切，主要因为核心蛋白可抑制Ｐ５３启动因子这一重要肿瘤抑制基因的活性。核心蛋白在人体感染ＨＣＶ后通过对大量基因的调控作用抑制了机体的免疫应答，从而促进了ＨＣＶ对肝细胞及外周血单核细胞等人体细胞的持续感染，此外核心蛋白能加速感染细胞内脂质小体的形成，诱导肝细胞变性。④包膜区：在ＨＣＶ结构中，病毒的外膜常由包膜蛋白构成。第９１５～１４９０ｎｔ位点和１４９１～２７８９位点共同构成了包膜区基因，分别编码Ｅ１和Ｅ２蛋白。其中，Ｅ２氨基端具有高度变异性，ＨＶＲ１和ＨＶＲ２均为Ｅ２氨基端的两个高变区。丙型病毒性肝炎病人的Ｅ２突变增加常由干扰素治疗诱发，ＨＶＲ１序列也会在慢性感染的形成过程中不断改变。Ｅ２结构中还含有若干个中和抗体表位，至少有一个中和抗体表位位于ＨＶＲ１。由此可知，免疫反应常以Ｅ２为主导靶向目标。此外，病毒受体、ＣＤ８１、低密度脂蛋白等物质的受体均可与Ｅ２蛋白发生相互作用，故Ｅ２蛋白具备的另一个重要作用就是介导病毒附着和进入感染细胞内部。因此，在研究和开发ＨＣＶ疫苗这一方向上， 深入地研究膜
乙型肝炎病毒基因型检测的临床意义 乙型肝炎病毒（HBV）基因型分为A～H八个型，不同基因型与病情的严重程度、预后、抗毒治疗效果等方面都可能有一定的相关性[1-3]。本文对上海市165例乙肝患者的HBV基因型布及与病情严重程度的关系，进行了初步的研究。另外，HBV的前C区变异会影响抗病毒药物选择及治疗的效果，本文就HBV基因型与这些变异及病毒的复制能力是否相关，进行了探讨。材料与方法 1. 研究对象：165份血清标本来自上海市传染病医院的住院和门诊乙肝患者包括114例慢性乙型肝炎（CHB），26例慢性重型乙型肝炎（CHG），22例肝硬化（LC），2例性乙型肝炎（AHB），1例肝癌（HCC）。疾病的诊断依据2000年全国病毒性肝炎和肝病会议拟的方案。并从上述收集的部分标本进行HBV血清学标志物、前C区1896位变异及HBV DNA定检测。 2. 方法：HBV基因型检测：以特异性引物套式PCR法检测不同的HBV基因型[4]取部分不同基因型的扩增产物进行测序分析，证实二种分型方法的结果一致。前C 变异检测：以特异性引物PCR法进行检测，部分结果也经测序证实。 HBV DNA载测定：以TaqMan探针实时荧光PCR法定量检测。 3. 统计学处理：用卡方检验分析所得数据。结果 1. HBV感染者的基因型分析结果：从表1可以看出，A型1例（0.6%），型55例（33.3%），C型105例（63.6%），D型2例（1.2%）A/B和B/C混合型各1例（0.6% 0.6%），没有发现E、F、G、H型及其混合型。基因型在不同临床型患者中的分布情况其总体成比中，LC与CHB患者的基因型分布有统计学差异，C型在CHB和LC患者中所占百分比明高于B型，分别为61.4%比36.8%（P<0.01）和90.9%比9.1%（P<0.001）。CHG患者的基型分布无显著差异。因HCC 、AHB患者病例数少难以进行统计学分析。仅有的2例AHB患者为D型。 2. 乙肝患者的HBV基因型与血清标志物分析结果：在CHB中，B与C基因型比较，HBeA 抗HBe的检出率间的差异在统计学上无显著性，而HBeAg/抗HBe双阳性的检出率B型高于C基型，分别为9.5%和4.3%（P<0.05）。在CHG患者中，B与C基因型相比，HBeAg、抗HBe和HBeA 抗HBe双阳性检出率的差异在统计学上有显著性，前者以C基因型为主，后两者以B型为主。患者在B型中病例数太少，没有统计意义，结果见表2。
乙型肝炎病毒分型(B型、C型、D型)和耐药突变基因检测 一．检验项目：乙型肝炎病毒分型(B型、C型、D型)和耐药突变基因检测 二．检验目的：在进行抗病毒治疗前和抗病毒治疗中进行乙型肝炎病毒分型和耐药突变基因检测，能够：1). 区分中国和其他亚洲国家常见的HBV-B、C、D基因型； 2). 检测HBV抗病毒药物5个热点突变位点的6种突变类型； 3). 对HBV实行动态监控，辅助确定个性化的临床诊疗方案，进行HBV流 行病学研究。 三．临床意义： HBV基因型分为9种（A-I），其分布具有地域性，中国乃至亚洲流行的乙型肝炎病毒几乎都是B、C型，此外还有少量D型，不同的基因型易发生的突变类型不同，与病情转归也密切相关，如基因型C较B更容易引起严重的肝炎或肝癌，对干扰素的应答率A型高于D型，B型高于C型，C型高于D型。与C型患者相比，B型患者较早出现HBeAg血清学转换，较少进展为慢性肝炎，肝硬化和原发性肝细胞癌。 核苷（酸）类似物，如拉米夫定（Lamivudine，LMV），替比夫定（Telbivudine,LdT），阿德福韦酯（Adefovir,ADV）和恩替卡韦（Enticavir,ETV）等是抗HBV常见药物。但这些药物都无法彻底清除大多数乙肝病人体内的HBV，患者需要长期维持治疗。HBV在宿主体内感染以及抗病毒治疗的过程中会发生基因变异，并在宿主体内免疫系统的压力下和在治疗干预过程中进行变异的优势选择，以达到逃逸免疫、对抗药物、实现物种生存的目的，进而发生耐药。乙肝病人一旦出现耐药突变，其肝功能恶化的比例将显著增高，甚至快速进展至肝衰竭。 四．标本送检要求：4ml黄色帽血清管，空腹采集后立即送检，室温放置不宜超过2小时，如不能立即送检可于4℃保存一周，如需长期保存请放入－20℃冻存，运输过程中请注意保持低温。 五．开单名称：乙型肝炎病毒分型和耐药突变基因检测 进入本科室“医生工作站”→选择开单病人“姓名”→选择“项目类别”→选择“检验” →选择“乙型肝炎病毒分型和耐药突变基因检测”→确定 或进入本科室“医生工作站”→选择开单病人“姓名”→选择“项目类别”→选择“检验”→选择“实验室”→选择“乙型肝炎病毒分型和耐药突变基因检测”→确定六．收费：570元/例 七．送检时间：周一至周日8：00am－12：00am 八．送检地点：检验科三楼服务台 九．报告时间：抽血后，7个工作日后进入我院计算机检查报告系统，查看检测结果。 联系电话：84206146 检验科
62例丙型肝炎病毒基因分型结果分析 发表时间：2017-07-13T15:16:33.613Z 来源：《世界复合医学》2017年第4期作者：张威威[导读] 所以在病毒学研究特别是病毒基因表达谱研究、病毒感染的诊断、病毒流行病学研究等方面有广泛应用前景。 牡丹江市肿瘤医院黑龙江牡丹江 157011 【摘要】目的：对慢性丙型肝炎患者的丙型肝炎病毒（HCV）基因分型情况进行分析，为HCV诊断和治疗地区提供有力的依据。方法：利用门诊及住院患者血清HCV抗体阳性标本，经荧光定量PCR检测HCV RNA阳性的62例标本用基因芯片进行不同基因分型检测。结果：检测HCV感染标本62例，共检出7种基因亚型，分别为1b、6型、2a、1b+ 2a、1b+ 3a、3a和3b，其中1b占72.6%，6型占8.8%，2a 占7.8%，1b+ 2a占5.9%，1b+ 3a占2.9%，3a占1.0%，3b占1.0%。结论：HCV基因型主要为1b与中国南方地区HCV基因型分布比较一致。按照年龄分组20岁以下4例，占6.45%，20～ 30岁12例，占28.6%，30～ 40岁15例，35.7%，40～ 50岁5例，占11.9%，50～ 60岁8例，占19.5%，60岁以上18例，占42.8%。青壮年和有吸毒史、外伤手术史、输注血液制品史的人群阳性率较高。【关键词】丙型肝炎病毒；基因芯片；基因分型【中图分类号】R512.6+3【文献标识码】A【文章编号】1276-7808（2017）04-146-01 Analysis of Hepatitis C Virus Genotyping in 62 Cases Abstract：Objective：To analyze the genotype of hepatitis C virus（HCV）in patients with chronic hepatitis C，and to provide a strong basis for HCV diagnosis and treatment. Methods：62 samples of HCV RNA positive were detected by fluorescence quantitative PCR. The genotypes were detected by cDNA microarray. RESULTS：A total of 62 HBV subtypes were detected，including 1b，6，2a，1b + 2a，1b + 3a，3a and 3b，of which 1b accounted for 72.6%，type 6 accounted for 8.8%，2a 7.8%，1b + 2a 5.9%，1b + 3a 2.9%，3a 1.0%，3b 1.0%. Conclusion：HCV genotype is mainly consistent with the distribution of HCV genotype in southern China. According to the age group under the age of 20 in 4 cases，accounting for 6.45%，20 to 30 years old in 12 cases，accounting for 28.6%，30 to 40 years old in 15 cases，35.7%，40 to 50 years old in 5 cases，11.9% Cases，accounting for 19.5%，over 60 years of age in 18 cases，accounting for 42.8%. Young adults and the history of drug addiction，trauma surgery history，infusion of blood products in the history of the positive rate of high population. Key words：hepatitis C virus；gene chip；genotyping 前言：丙型病毒性肝炎的发病率比较高，非常容易造成慢性病毒性肝炎、肝硬化等疾病，而这些病变的形成与其病原丙型肝炎病毒（HCV）的某些重要生物学特性有关。我国感染丙型肝炎病毒及新发患者数是非常多的，大部分HCV患者会逐步演变为慢性感染，并根据病程轻重发展为肝硬化或肝癌。HCV病毒基因有较强的变异性，变异位点可以发生在基因组的各个区域，根据变异位点的不同将HCV分为不同型别。由于HCV基因型别不仅与疾病严重性存在相关性，而且与抗病毒治疗和肝细胞癌的发生也密切相关。 1.资料与方法1.1一般资料本次研究采用的是我院2015～ 2017年门诊及住院患者血清HCV抗体阳性标本，荧光定量PCR检测HCV RNA阳性的62例标本（其中男31例，女31例，年龄8～81岁）进行基因分型检测。阴性对照为10例健康体检者血清。仪器用的是ABI7300型全自动PCR扩增仪，美国1285REL#6生物安全柜，日本三洋VIP SERIES- 86℃超低温冰箱。试剂用的是丙型肝炎病毒HCV RNA荧光定量检测试剂盒，购于中山大学达安基因股份有限公司，丙型肝炎病毒基因芯片检测技术由中科院上海微系统与信息技术研究所和瑞芯生物科技有限公司提供。 1.2方法 方法用到的是HCV RNA定量检测法，医护人员严格按照丙型肝炎病毒HCV RNA荧光定量检测试剂盒说明书进行操作，先进行RNA提取；逆转录；PCR扩增及荧光检测；然后再对检测结果进行分析，HCV基因分型检测也需要严格按照HCV基因检测芯片说明书进行操作，RNA提取与逆转录；PCR扩增；HCV芯片杂交与显色。 2.结果 62例HCV RNA荧光定量检测阳性结果与HCV基因分型检测结果相符合，10例健康体检者血清检测结果均为阴性，说明基因芯片结果可靠。检测HCV感染标本62例，共检出7种基因亚型，分别为1b、6型、2a、1b+ 2a、1b+ 3a、3a和3b，其中1b占72.5%，6型占8.8%，2a 占7.8%，1b+ 2a占5.9%，1b+ 3a占2.9%，3a占1.0%，3b占1.0%，1b为主要的流行型别，基因型6型已经取代2a成为第二常见亚型，混合基因型感染较多。 3.讨论HCV是一种全球性传染病、给人类健康带来极大威胁的病原体，HCV以血液和性传播为主要传播手段，发病隐匿，症状不典型，加之公众对其认知水平较低，因此病毒的传播不易控制，患者也容易因不能及时诊断而错过治疗的最佳时机。HCV基因型主要为1b与中国南方地区HCV基因型分布比较一致。按照年龄分组20岁以下4例，占6.45%，20～ 30岁12例，占28.6%，30～ 40岁15例，35.7%，40～ 50岁5例，占11.9%，50～ 60岁8例，占19.5%，60岁以上18例，占42.8%。青壮年和有吸毒史、外伤手术史、输注血液制品史的人群阳性率较高。国内外研究表明，HCV不同的基因型对肝脏损伤的程度不同，1b型对肝脏的损伤要比其他型严重得多。HCV对干扰素的应答率也不同，Kandi等，报道HCV 1b型感染多为慢性活动性肝炎，2a型比1b型对干扰素敏感。已证明HCV的基因型能影响抗病毒治疗的效果，感染HCV基因1型或基因4型的患者对使用干扰素和病毒唑的标准治疗反应较差，至少需延长治疗期1年，而且感染基因1型和基因4型的患者比其他基因型者能更快地发展成慢性肝病。HCV是引起人类慢性肝炎、肝硬化及肝癌的主要病原之一。基因分型芯片法，又称基因微矩阵，这种方法是近年来分子生物学及医学诊断技术发展的重要产物，具有非常明显的优点，比如说准确性好，灵敏度高，特异性强，而且简便快速，不需要荧光标记。由于基因芯片可以一次性对大量序列进行检测分析，具有高通量、并行、快速等特点，解决了传统核酸印迹杂交技术操作繁杂、自动化程度低、检测序列少、效率低的缺点，所以在病毒学研究特别是病毒基因表达谱研究、病毒感染的诊断、病毒流行病学研究等方面有广泛应用前景。参考文献：
乙型肝炎病毒基因分型方法简述 邵 玲 张 男 【摘要】乙型肝炎病毒是一种嗜肝脱氧核糖核酸病毒,属于一种复合体DNA病毒。乙型肝炎病毒可按两种方法分型:血清型和基因型。随着分子生物学的发展以及对乙型肝炎病毒研究的深入,乙型肝炎病毒血清分型法已不能适应对该病毒感染研究的需要,而出现的基因分型法则引起广泛的重视。 【关键词】乙型肝炎病毒;基因分型方法 H epatitis B virus gene minute method summ ary S HA O L in Z HA N G N an 【Abstract】The hepatitis B virus is one kind is addicted to the liver deoxyribonucleic acid virus,belongs to one kind of complex DNA virus.The hepatitis B virus may according to two method minutes:Blood serum and genotype.Along with molecular biology’s development as well as to hepatitis B virus research’s thorough,a hepatitis B virus blood serum minute law has not been able to adapt to this virus infection research need,but appears a gene minute principle brings to the widespread attention. 【K ey w ords】Hepatitis B virus;Gene minute method 乙型肝炎病毒是一种嗜肝脱氧核糖核酸病毒,属于一种复合体DNA病毒。乙型肝炎病毒可按两种方法分型:血清型和基因型。随着分子生物学的发展以及对乙型肝炎病毒研究的深入,乙型肝炎病毒血清分型法已不能适应对该病毒感染研究的需要,而出现的基因分型法则引起广泛的重视。1988年Ok2 mamoto[1]对18株不同亚型的HBV基因序列两两进行比较后,根据核苷酸序列异源性>8%的原则,将18株HBV DNA序列分为A～D4个基因型,提出了HBV基因型的概念。1992年Norder[2]发现ayw4和adw4q-两旧亚型之间及基因型A～D 之间S基因差异>4%,提出了两种新的基因型E,F,1994年Norder通过全基因序列P3测定加以证实。2000年Stuyver[3],在研究来自法国和美国的慢性乙肝病人血清样本时,发现有13株病毒无法归入A～F型,命名为G型。随后,日本和德国也相继发现了G基因型。2002年Arauz～Ruiz[4]对10株HBV进行基因型研究,发现其中3株虽与F型相近,但与F型又有明显的不同,进而命名为H型。截止现今,HBV基因型可分为A～H八型。 目前,国内外对HBV进行基因分型主要有“基因序列测定法、聚合酶链反应———限制性片段长度多态性分析法、基因型特异性表位单克隆抗体的EL ISA、基因型特异性线形探针检测法、基因型特异性引物PCR法和基因芯片技术”。 1 基因分型原理 1.1 全基因序列测定。全基因序列测定是根据HBV所有病毒核苷酸异源性>8%进行分型的。Okamoto对从日本及印度尼西亚adw2慢性携带者中分离出的3株HBV进行全序列测序及比较,其核苷酸的异质性为3.9%～5.6%,而与美国2株相同血清亚型HBV序列比较,异质性达8.3%～9.3%,达到甚至超过不同血清亚型HBV的异质性,从而说明血清学分型不能真正反映HBV基因变异。再经对18株HBV DNA进行两两比较分析,根据同源性<92%、异质性>8%,将其分为A, B,C及D4个基因型,初步建立了基因分型体系。12年后Stuyver使用该方法,发现了一种新的3248bp的HBV基因型G 。 1.2 S基因序列测定。由于乙型肝 炎病毒基因可分为p基因、前s基因、编 码HBs4的s基因、C基因及X基因(如 图),可分别对它们进行研究,从而找出各 个基因型在各个基因之间的差异。Nor2 der[5]对32例HBV患者s基因测序结果 进行分析,并建立进化树,基因型间异质 性>4%。除证实了Okamoto的A～D分型外,还发现了2个新的基因型E和F,使HBV基因型达到6个(A～F)。在其后对28例HBV全基因组、p基因、前s基因、编码HBs4的s基因、C 基因及X基因分别比较并建立进化树,进一步证实根据s基因序列分型最接近全基因组,从而证明了单独使用S基因进行分型的可靠性。目前,此法尚在使用,主要有SSP和SSO[6],即基因型特异性引物PCR法和基因型特异性线形探针检测法。 2 基因分型方法 2.1 序列测定法。即直接测定核苷酸序列,根据差异分型。自Okamoto据HBV基因型之间的全序列异质性8%进行分型以来,测序由于方法直接、可靠而成为主要鉴定HBV基因型的方法。同全序列进化树图比较,发现S基因的序列变化同全基因序列的变化一致,可用S基因序列代替全基因序列进行分型,界限为核昔酸序列的异质性4.0%。该法虽较为可靠但操作繁琐、费用昂贵,不适于临床大量标本检测。 2.2 聚合酶链反应———限制性片段长度多态性分析法(PCR～RFL P)。目前常用的基因分型方法,通过PCR扩增出目标基因片段(通常为S基因或Pres/s基因),用特定的限制性内切酶进行酶切,根据酶切图谱进行基因分型。Mizokami[7]通过分子进化方法对已知基因型的68例HBV患者全基因、106例HBV患者s基因序列进行分析,发现并确认基因型特异性酶切位点区域。Lindh[8]对不同基因型S基因的特异酶切位点进行分析,设计使用限制性内切酶Trp509I和Hinf I使S基因PCR产物产生不同长度的酶切片段,成功地将166/180例患者HBV实现A-F基因分型。RFL P敏感性高,但酶切位点易受基因变异影响,且遇混合感染或酶切不完全,会出现复杂条带,影响分型结果判断。 2.3 基因型特异性表位单克隆抗体的酶联免疫吸附法(EL ISA)PreS2多肽有多组抗原表位。基因型不同抗原表位也不同,从而可以鉴定不同基因型。Usuda[9]等用此法制备前S2区域基因型特异性表位的单克隆抗体,并用辣根过氧化酶进行标记,对68例HBV阳性患者血清检测,分型结果与S基因测序分型完全一致。在后期实验中发现,适用于大规模的流行病学调查,使较大范围的HBV的研究成为可能。 2.4 基因型特异性线形探针检测法。该方法是设计型特异的探针,检测HBV扩增产物,以产物的不同长度或与探针的反应性来区分不同型别。Kato[10]利用G基因型的病毒在核心区有36个核苷酸的插入,设计引物用PCR的方法可以对G基因型进行特异的筛查。早在1983年Wu用酶切的方法研究血清型的酶切图谱,来区分不同的血清型。王虹[11]等采用PCR2核酸杂交/EL ISA检测,主要是联合利用PCR、核酸杂交和酶联免疫技术,设计前C和C区的探针,可以快速准确的区分HBV的基因型。另外Van G eyt[12]根据A～F基因型的保守序列设计了18种型特异性探针与HBV S (下转12页)
浅析乙肝病毒基因突变检测及治疗(一) 一、概况 由于我国人民生活水平低和卫生资源溃乏，造成乙肝泛滥。据统计：我国有乙肝病毒携带者约1.5亿、慢性迁延性肝炎约2500万、慢性活动性肝炎约1000万、重症肝炎约150万、肝硬化约100万和肝癌16～30万。肝硬化和肝癌80%以上是由乙肝病毒引起，而且80%左右来源于家族性垂直传播、与病人接触而感染机率很少。乙肝传染病已被国家疾病预防控制中心列为重点监控的疾病之一。 乙型肝炎病毒（HBV）属嗜肝病毒科，基因结构复杂，根据HBV-DNA核苷酸序列异质性≧8%为一种基因型的规定，HBV目前分为A～H8个基因型，其中A、B、C、F4个基因型存在不同的亚型，且分布呈区域性。由于其在复制过程中HBV-DNA聚合酶缺乏校正功能，导致易于变异，有报导HBV的基因型与基因型变异可能与HBV相关性肝癌的发生发展有关。HBV 变异给疾病的预防、诊断、治疗和预后带来了新问题，不同基因型的基因变异、临床表现及对抗病毒、肝移植等的治疗反应存在差异。 二、变异及区域 HBV受自然压力、个体免疫力和药物治疗作用出现变异。HBV有四个开放阅读框架（ORE）即S、C、P、X区。 1、C区变异：用基因芯片检测HBV前C区和C基因启动子（BCP）区4位点突变，发现前C 区A1896、前C区A1814、BCP区nt176 2、BCP区nt1764突变检出率分别是58.57%、12.86%、54.29%、52.86%。突变的发生依次是慢重肝、慢乙肝重度、中度、轻度，血清病毒标志是HBeAg(-)HBeAb(+)、HBV-DNA定量在104-106copy/ml之间的突变发生率最高。可以解释小三阳DNA阳性之原因：HBeAg前C区A1896位的G变异成A，密码子UGG变为终止UAG，使HBeAg不能合成，但不影响病毒复制。 2、S区变异：前S1有识别功能，前S2是介导受体进入功能。前S区的变异可能是病毒逃避宿主免疫的一种方法，前S区的变异决定不同的HBV亚型。124、131位变异或122-124间插入变异可改变S抗原决定簇的构型，致HBsAg假阴性。145、141、126、133位氨基酸的改变，用常规试剂仍可检出HBsAg，但可能削弱HBsAg的无免疫性，使高效价的乙肝免疫球蛋白或接种诱生的HBsAb难与变异株的HBsAg结合，缺乏中和特性，使HBsAg与HBsAb 同时阳性。在HBV-DNA阳性时，无论是乙肝病毒基因变异株或野毒株，前S1抗原是判断乙型肝炎病毒复制的重要指标。 3、P区变异：用微孔板核酸杂交法检测乙肝病毒P基因区变异，突变位点主要位于HBV-DNA 聚合的区域（YMDD），M1（蛋氨酸）可被VC（缬氨酸）或IC（异亮氨酸）替代。研究用拉米夫啶（LMV）治疗慢性乙肝而发生耐药的有关变异可见：LMV本身可引起HBV的变异即YMDD变异，用LMV四周后50-70%的病人出现YMDD变异。 4、X区变异：HBV-X蛋白对信号转导通路及细胞凋亡有影响，X蛋白对核转运影响和对线粒体直接作用。X区变异引起X蛋白（HBXAg）过度表达，激活体内癌基因和抑制抑癌基因，导致肝癌的发生。有报导：用聚合酶链反应检测原发性肝细胞癌（HCC）患者癌组织及癌周组织中HBV-X基因，检出率分别为68%和77%。
丙型肝炎病毒基因分型的研究进展 丙型肝炎病毒是输血后感染肝炎常见的一种病毒，目前其分为6型，其亚型已经超过100个，由于其复制依赖的酶缺乏校对功能，所以易发生突变，这也是丙型肝炎病毒基因组分型的基础。其分型的命名因为采取的标准及使用的分析方法不一样也有不同的命名系统。丙型肝炎病毒基因的检测方法很多，但是不简便经济，而且其与丙型肝炎有很大的关系。 标签：丙型肝炎病毒；基因分型；进展研究在如今生活中，除了乙肝是常见肝病外，丙肝患者的比例越来愈高，究其原因主要是人们对于丙肝的感染途径不了解，未对丙肝给予足够的重视。其传播途径主要有：①输血及血制品，尤其是反复输血及使用血制品者，据统计，输血后肝炎70%以上是丙型肝炎。②不正规注射。③伤口未护理。④性接触。⑤母婴传播。在这几种传播途径中，①④⑤最易感染丙肝。在日常生活中，人们需要采取相关防范措施，以免感染丙肝。 1 HCV的结构 HCV的RNA大约有9500－10000bp组成，其5′非编码区有319-341bp，3′非编码区有27- 55bp。在5′非编码区下有一开放阅读框（ORF），其基因排列顺序为5’C-E1-E2-p7-NS2-NS3-NS4-NS5-3，能编码多聚蛋白前体（一长3014个的氨基酸）。经宿主细胞及自身蛋白酶作用可裂解成三种结构蛋白，其分别为核心蛋白、糖蛋白、非结构蛋白三种。HCV基因标记有很多种，如GP72，其基因标记为E2/NS1。其糖蛋白能产生抗HCV的中和作用。还有NS2、NS3、NS4等基因标记。 NS2和NS4的功能可能与细胞膜紧密结合在一起。NS3参与解旋HCV-RNA 分子，具有螺旋酶活性，以辅助RNA复制，NS5参与HCV基因组复制，依赖于RNA的聚合酶活性。 2 HCV的分型及地理差异 目前HCV分型尚无统一的定论，这是因为在研究的过程中采取的技术及研究的位置不一致，因而出现了很多基因分型，这些基因分型没有同一的标准。综合各个国家的研究结果，大致上可分为6型，其亚型很多。而且HCV感染有很大的地域差异。比如欧洲国家主要是HCV-Ⅰ型感染，亚洲国家主要感染Ⅱ型。在我国，很多患者为Ⅱ型感染，其次为Ⅲ型感染，但是有些地区Ⅲ型感染率超过Ⅱ型感染率，从这里来看，丙肝感染并不是一成不变的，还跟地区有很大的关系。 3 HCV基因检测方法 关于HCV的检测方法有很多，主要有分子学方法和血清学方法两种，其中分子学方法占主要方面，其有：①直接测序法；②限制性片段长度多态性分析法； ③特异性探针杂交法；④基因芯片；⑤遗传系统进化树分析方法；⑥型特异性引
DNA测序结果分析比对（实例） 关键词：dna测序结果2013-08-22 11:59来源：互联网点击次数：14423 从测序公司得到的一份DNA测序结果通常包含.seq格式的测序结果序列文本和.ab1格式的测序图两个文件，下面是一份测序结果的实例： CYP3A4-E1-1-1(E1B).ab1 CYP3A4-E1-1-1(E1B).seq .seq文件可以用系统自带的记事本程序打开，.ab1文件需要用专门的软件打开。软件名称：Chromas 软件Chromas下载 .seq文件打开后如下图： .ab1文件打开后如下图： 通常一份测序结果图由红、黑、绿和蓝色测序峰组成，代表不同的碱基序列。测序图的两端（下图原图的后半段被剪切掉了）大约50个碱
基的测序图部分通常杂质的干扰较大，无法判读，这是正常现象。这也提醒我们在做引物设计时，要避免将所研究的位点离PCR序列的两端太近（通常要大于50个碱基距离），以免测序后难以分析比对。 我的课题是研究基因多态性的，因此下面要介绍的内容也主要以判读测序图中的等位基因突变位点为主。 实际上，要在一份测序图中找到真正确实的等位基因多态位点并不是一件容易的事情。一般认为等位基因位点假如在测序图上出现像套叠的两个峰，就是杂合子位点。实际比对后才知道，情况并非那么简单，下面测序图中标出的两个套峰均不是杂合子位点，如图并说明如下：
说明： 第一组套峰，两峰的轴线并不在同一位置，左侧的T峰是干扰峰；第二组套峰，虽两峰轴线位置相同，但两峰的位置太靠近了，不是杂合子峰，蓝色的C峰是干扰峰通常的杂合子峰由一高一略低的两个轴线相同的峰组成，此处的序列被机器误判为“C”，实际的序列应为“A”，通常一个高大碱基峰的前面 1~2个位点很容易产生一个相同碱基的干扰峰，峰的高度大约是高大碱基峰的1/2，离得越近受干扰越大。 一个摸索出来的规律是：主峰通常在干扰峰的右侧，干扰峰并不一定比主峰低。最关键的一点是一定要拿疑似为杂合子峰的测序图位点与测序结果的文本序列和基因库中的比对结果相比较；一个位点的多个样本相比较；你得出的该位点的突变率与权威文献或数据库中的突变率相比较。 通常，对于一个疑似突变位点来说，即使是国际上权威组织大样本的测序结果中都没有报道的话，那么单纯通过测序结果就判定它是突变点，是并不严谨的，因一份 PCR产物中各个碱基的实际含量并不相同，很难避免不产生误差的。对于一个未知突变位点的发现，通常还需要用到更精确的酶切技术。 (责任编辑：大汉昆仑王)
乙肝病毒基因分型 近年来,随着分子生物学技术的迅猛发民和对HBV认识的不断深入,国内外许多学者对HBV基因分型及其临床的相关性开展了大量的研究.HBV基因分型比血清亚型更能反映原型病毒株之间的自然异质性.HBV基因分型方法有多种,以全基因测序为HBV基因分型的金标准,基于全基因核甘酸序列比较,HBV可分为A、B、C、D、E、F、G、H8个基因型。HBV基因型呈地理区域性分布，且不则基因型致病性不同，HBV基因型与乙型肝炎病情的进展，临床表现、治疗、预后有密切的关系。 近年来HBV基因分布的研究成为国内外学者关注的研究热点。研究发现，HBV基因的分布具有一定的地域性，A型主要分布在西欧、北欧、北美洲及非洲地区，B型和C型是亚洲和大洋洲的特征性基因型，B型主要见于中国、日本、印度尼西亚、越南和巴西，D型分布最为广泛，主要分布在中东、北非和南欧，也是地中海地区HBV的主要基因型，还发现于亚洲少数地区；E型主要分布于非洲撒哈拉沙漠地带；F型主要分布于美国、南美洲和土著居民；G型在法国、美国、德国、英国和意大利被发现；H 型已在尼加拉瓜、墨西哥及美国加利氟尼亚地区被发现。 大量研究表明，我国HBV基因型南方以B型为主，北方以C型为主，D
型仅见于西部及少数民簇地区，A，F型偶有发现，还未发现其它性别。也有学者研究表明D基因型在我国宁夏地区,广东地区和香港地区约占感染者15％，因而HBV基因型在我国的确切分布状况仍不十分清楚。 HBV基因型的临床意义 （1）HBV基因型与病毒复制及变异的关系 HBV基因型与病毒复制水平及病毒标志物的表达有一定的相关性。Watanabe等研究报道，基因C型的HBeAg阳性率高于B型和A型，而B型HBeAg阴性率高于C型，同时B型血清HBeAg清除率较C型显著常见且较早发现;基因C型血清HBV DNA水平显著高于B型；A型的HBV DNA自然清除率高于D型和F型，同时A型的HBsAg自然清除率也比D型高；以上均提示C型HBV复制较活跃，易形成持续病毒血症，不易发生e系统血清转换发生快，免疫清除HBV较C型早。 （2）HBV基因型临床疾病谱及疾病预后的关系 HVB感染不仅可以引起急.慢性病毒性肝炎，而且还与肝硬化（LC）和干细胞癌(HCC)的发生，发展有密切关系。HBV感染的临床转归一方面决定于患者的年龄和免疫能力，另一方面也与感染病毒株的基因型种类密切相关。近年研究发现HBV基因型是影响慢性乙型肝炎的临床转归的主要决
丙型肝炎由丙型肝炎病毒（HCV）感染所致，主要由血液/体液传播。据世界卫生组织估计，全球有亿人感染HCV。在我国健康人群抗HCV阳性率为%~%，约3800万人。由于病毒生物学特点和宿主免疫功能等多方面因素，机体免疫往往难以有效清除病毒，致使约 50%~80%HCV感染者发展为慢性肝炎，其中20%~30%将发展成肝硬化。肝硬化患者中每年有1%~4%发展成为肝细胞癌症。 一、基因组特征： 丙型肝炎病毒呈球形颗粒，直径约为50nm，有一脂质包膜。基因组为单链正链RNA，链长月。整个基因组只有一个ORF，编码一条由3010~3033个氨基酸组成的聚蛋白前体，该蛋白前体在病毒蛋白酶和宿主信号肽酶作用下，裂解为病毒的结构蛋白和非结构蛋白。（如图所示） 在HCV基因组中，5’端有一个长度和序列非常稳定的非编码区（UTR），由341个核苷酸组成，形成4个二级结构域，为病毒复制和翻译所必需。此区是整个基因组中最保守的区域，所以常常选择该区域的基因序列作为基因扩增的靶序列，这样可以检测出目前已知的所有HCV基因型。3’端UTR包括3个结构域：靠近5’端为基因型特异的多变区（不同基因型之间的核苷酸序列差异较大；相同基因型之间核苷酸序列比较保守）；居中部分为一个多聚U区域（poly U），含有50~62个核苷酸，对病毒RNA复制至关重要，但不同基因型的HCV的多聚U区域长度不等；3’端尾部为高度保守的发夹样结构，称为X-tail。通过定点突变破坏这一结构会导致RNA病毒复制的显著降低，说明该区域对RNA病毒有效复制同样重要。5’端和3’端UTR之间是一个ORF并且分成9个区域：核心区→E1区→NS1/E2区→NS2区→NS3区→NS4a区→NS4b区→NS5a区→NS5b区。其中NS5b区域在不同型HCV中同源性较低，可作为HCV分型依据。 二、分类 急性丙型肝炎——成人急性丙型肝炎病情相对较轻，多数为急性无黄疸型肝炎，ALT升高为主，少数为急性黄疸型肝炎，黄疸为轻度或中度升高。可出现恶心，食欲下降，全身无力，尿黄眼黄等表现。单纯丙肝病毒感染极少引起肝功能衰竭。在自然状态下，其中仅有15%的患者能够自发清除HCV达到痊愈，在不进行抗病毒治疗干预的情况下，85%的患者则发
乙型肝炎病毒基因组转染H epG2细胞的microRN A表达研究 刘妍 张亮 戴久增 王琳 赵建晴 徐东平 【摘要】 目的 检测乙型肝炎病毒(HBV)全基因组转染对人肝母细胞瘤细胞系Hep G2细胞中microRNA(miRNA)表达的影响,为进一步探讨肝细胞中HBV复制的分子生物学机制提供平台。方法 分别提取Hep G212115细胞(转染HBV全基因组的Hep G2细胞,实验组)和其亲本Hep G2细胞(对照组)的总RNA并分离miRNA,采用含509条探针的哺乳动物miRNA表达谱芯片对两组之间差异表达的miRNA进行分析。用SAM软件针对差异miRNA筛选的标准为在两组之间荧光强度差异4倍以上,差异miRNA的整体假阳性率为0。选择其中2个miRNA,应用实时荧光定量RT2PCR方法对芯片结果进行验证。结果 Hep G212115细胞与Hep G2细胞间差异表达的miRNA共27个(占513%),其中7个表达上调,20个表达下调。miR2181d和miR215a的实时荧光定量RT2PCR验证结果与芯片表达结果基本一致。结论 肝细胞中存在着与HBV复制相关的miRNA,这些上调和下调表达的miRNAs 可能参与了HBV在肝细胞中的复制。 【关键词】 肝炎病毒,乙型;微RNAs;基因表达 【中国图书资料分类号】 R512163 T he microRN A gene exp ression profiling in H epG2cells transfected w ith fu ll2long hep atitis B virus genom e Liu Y an,Zhang Liang,Dai Jiuzeng,et al1Viral Hepatitis Research Center,Institute of Infectious Diseases,302 Hospital of PLA,Beijing100039,China 【Abstract】 Objective MicroRNA(miRNA)has recently been suggested to play a role in certain virus infections.The present study is to investigate if miRNA is associated with hepatitis B virus(HBV)activity by detecting differential expression of miRNA between human hepatoblastoma cell line Hep G2.2.15transfected with full2long HBV genome and its parent cell line Hep G2.M ethods T otal RNA were extracted from Hep G2.2.15cells and control Hep G2cells,respectively.miRNAs were then isolated from the total RNA.Mammalian miRNA microarrays containing509miRNA genes were employed to analyze the differentially expressed miRNAs between the two groups. miRNAs were considered to be up2or down2regulated when the fluorescent intensity ratio between the two groups was over42fold and global false positive is zero using SAM program.Validation of microarray results was carried out by real2time quantitative RT2PCR(qRT2 PCR).R esu lts C ompared with those of control Hep G2cells,a total of27miRNAs were differentially expressed(5.3%of all probes),a2 m ong which7were up2regulated and20were down2regulated in Hep G2.2.15cells.qRT2PCR verified that miR2181d expression was162 fold up2regulated and miR215a was92fold down2regulated in Hep G2.2.15cells,which was in agreement with the results of the microarray analysis.C onclusion The findings suggest that there are HBV replication2associated miRNAs in HBV genome2transfected Hep G2.2.15 cells.These up2and down2regulated miRNAs may be involved in the life cycle of HBV replication.The knowledge is helpful for further study to discover new m olecular targets for anti2HBV therapy. 【K ey w ords】 hepatitis B virus;microRNAs;gene expression 核苷类似物和重组α2干扰素是目前临床上重要的抗乙型肝炎病毒(HBV)药物,但其疗效有限[1]。Mi2 croRNA(miRNA)是一类长约22个核苷酸的内源性非编码单链RNA分子,它广泛参与转录后的基因表达调控。在HCV和HIV等慢性病毒感染中,miRNA的重要作用已得到证实[2-4],但其在HBV感染中的作用尚未见报道。本研究采用哺乳动物miRNA表达谱芯片技术检测了转染HBV全基因组的人肝母细胞瘤细胞系Hep G2细胞中miRNA的表达,以探讨肝细胞中是否存在与HBV复制相关的miRNA,为进一步研究HBV在肝细胞中复制的分子生物学机制奠定基础。 1 材料与方法 111 主要实验材料 肝母细胞瘤细胞系Hep G2细胞、Hep G212115细胞(转染HBV全基因组的Hep G2细胞)由解放军第302医院传染病研究所病毒性肝炎研 究室细胞库保存。DMEM高糖细胞培养液、胎牛血清FBS购自G ibco公司,G418购自Merck公司,总RNA 提取试剂T rizol购自Invitrogen公司,其他生化试剂购自Sigma公司。哺乳动物miRNA表达谱芯片含有509条探针,其中包括的人、大鼠、小鼠的成熟miRNA数分别为435、196和261个(数据来自2005年10月Sanger 数据库,因人、大鼠和小鼠的miRNA具有共同序列,故取三者的并集),由生物芯片北京国家工程研究中心提供。芯片实验所用共聚焦扫描仪LuxScan10K/ 【作者简介】 刘妍,医学硕士,助理研究员。主要从事病毒性肝炎分子生物学发病机制研究。已发表论文40余篇,获北京市科技进步二等奖1项,军队科技进步三等奖1项。E2mail:liuyan5360@1631com 【作者单位】 100039 北京 解放军第302医院传染病研究所病毒性肝炎研究中心(刘妍、戴久增、王琳、徐东平);生物芯片北京国家工程研究中心(张亮、赵建晴) 【通讯作者】 徐东平,E2mail:xudongpping@yahoo1com