Functions of DNA methylation: islands, start sites, gene bodies and beyond DNA甲基化功能：岛，起始位点，基因体和其他
peter a. jones
摘要DNA 甲基化通常被描述为一个“沉默”的表观遗传标记，的确，5-甲基胞嘧啶的功能最初是在20世纪70年代提出。现在，归功于甲基化绘图的基因组规模的改良，我们可以评估在不同的基因组背景下的DNA甲基化：在基因体上，在调控元件和重复序列上，转录起始位点有或者没有CpG岛。新出现的图片是DNA甲基化功能似乎随背景而改变，DNA甲基化和转录的关系比我们最先认识到的更为微妙。有必要提高我们对DNA甲基化的功能的理解，为了解释这个疾病标记中观察到的变化，比如癌症。
两篇重要的文章在1975年分别表示胞嘧啶残基的甲基化在CpG二核苷酸背景中能作为表
观遗传标记。这些文章提出序列可以被重新甲基化，即甲基化通过一种机制的体细胞分裂
能够被遗传，包括一种能识别半甲基化CpG回文的酶，甲基基团的存在，可以由DNA吉合蛋
白和DNA甲基化直接沉默基因解释。虽然这些关键原则中的几个被证明是正确的，解开DNA
甲基化与基因沉默的关系已被证明是具有挑战性的。
在CpG序列背景下，在动物身上的大部分工作都集中在5-甲基胞嘧啶（5mC。据
报道，在哺乳动物的其他序列的甲基化广泛分布在植物和一些真菌中。在哺乳动物中，非
CpG甲基化的功能目前未知。在这里我主要集中在哺乳动物基因组中的CpG甲基化，
包括在其他动物和植物中观察到的差异的讨论。
理解DNA甲基化的功能需要通过基因组考虑甲基化的分布。超过一半的基因脊椎动
物的基因组包含短（约1 kb ）CpG丰富的区域称为CpG岛（CGIS，其余的基因组因
为CpGs而耗尽。当5mCS过自发或酶胸腺嘧啶脱氨基作用被转换成胸腺嘧啶，认为基
因组的损失是由于甲基化的序列在种族中的脱氨基；认为CGI 存在是因为他们可能是从来
没有或只有瞬时甲基化。然而，有很多关于准确定义CGI 是什么的讨论，虽然在哺乳动物基
因组中的启动子的CpG密度有双峰分布，有中等CpG密度存在的区域。直到最近，很多对DNA甲基化的研究集中在CGIs转录起始位点（TSSS，正是这种工作这往往塑造了对DNA甲基化功能的广泛认同。
基因组甲基化研究的最新方法（图1）-例如，使用亚硫酸氢盐处理DNA（它能检测到5mC和羟甲基胞嘧啶；见图1）-强调的是甲基化在转录单位中的位置，影响其与基因控制的关系。例如，在TSS区附近的甲基化开始，但是在基因体中的甲基化不堵塞，甚至可能刺激转录延伸，和令人兴奋的新的证据表明，基因体的甲基化可能对剪接有影响。如着丝粒重复区域的甲基化对染色体稳定性很重要（例如，在有丝分裂中的染色体分离），也有可能抑制转座因子的表达从而有一个基因组稳定性的作用。在改变增强子、绝缘子和其他调控原件的活性方面，甲基化的作用才开始受到重视。
然而虽然有很多在TSSs上的甲基化的CpGs与一些沉默基因有联系的证据，重新甲基化和基因沉默的时间现在开始得到阐明。
DNA甲基化的功能本质上链接到建立、维护和移除甲基组的机制上，这些机制到处可见，但是一些关键点需要铭记在心。它已经知道很多年，DNA甲基转移酶，包括
所谓的DNA1新甲基化转移酶Dnmt3a和Dnmt3b是早期发展建立的DNA甲基化模式的本质。我们弄明白这是如何发生的有很大的帮助，在某些情况下，核小体DNA是重
新甲基化酶的底物。基底的重新甲基化，核小体内的组蛋白修饰深刻地影响这些酶诱导从头甲基化能力。这是以前认为的存在本身能维持建立DNA甲基化的模式，但现在
我们知道这是不真实的，DNMT3A和DNMT3持续的参与是对甲基化的维。三个DNMTs 中的每一个都是胚胎或新生儿的成长所必需的，完全缺乏的甲基化与体细胞或者癌细胞的发育能力是不相容的，但不是胚胎干细胞（ESCS 17。DNMT3最近已被证明对造血干细胞的分化很重要，又指着5mC在脊椎动物分化的基础。关于基因沉默重新甲基化的时间，又进入一个
的范围。提出直接作为riggs2 和霍利迪和pugh1 不可能是基因沉默的主要途径。
被动或主动删除5mC意味着建立后续基因表达能接受的状态。DNA去甲基化酶的
研究已经很长时间了，已经充满了许多失败的开始，但现在更广泛接受的是去甲基化酶的存在。最近，大量的文献表明，主动去甲基化是可以实现的，虽然这需要一种机制，最终涉及细胞分化或者DNA修复和碱基的切除而不是甲基群直接从5mc组成成分中移除。比如（TET 甲基胞嘧啶双加氧酶参与，活化诱导胞嘧啶核苷脱氨酶（AID）和胸腺嘧啶DNA糖基化酶（TDG活性和被甲基化和在基因中的激活现在已经阐明。
事实上，TET3的缺乏导致脱甲基CpG位点在关键基因的失败比如Oct4 （也称为Pou5f1）或在父亲基因组上的Nan og和延误胚胎发育。
DNA甲基化的改变是现在已知的遗传事件和包括在人类致癌中。因此，了解DNA 甲基化的作用对于理解生病过程是必不可少的。在本文中，我对背景中无关紧要的基因组中的DNA甲基化的功能进行了评估，与特定的重点与转录的关系（已知和未知的重点总结在表2）。然后我介绍了可能的机制，DNA甲基化可能用到，例如，通过改变蛋白结合，我思考了剩下的问题。
在转录起始位点
模式在CpG岛的转录起始位点。大多数的CGIs维持了体细胞中的非甲基化。当有CGIs 的基因在TSS是活跃的，它们的启动子通常有在TSS上的NDRs表示的特征，而这些NDRs 通常是两侧的含有组蛋白变体H2A. Z的核小体。是用在赖氨酸4
（H3K4me3上的组蛋白H3标记的。基因表达的水平被转录因子控制。CGI的启动子
被抑制有不同的机理，比如由多梳蛋白调节的启动子。例如，胚胎发育的主要调节基因编码被在ESCs和分化的细胞里的不能表达这些基因的多梳蛋白抑制，如肌源性的
分化1 (MyoDJ或者修补盒6 (Pax6)，他们有在TSS上的核小体和被H3K27me标
记，和失活的基因有关系。
然而，一些被抑制的基因使启动子CGIS甲基化。启动子CGISs的甲基化通常限制抑制状态的长期稳定的基因。例子包括印记基因，位于失活的X 染色体基因与专门表达生殖细胞的基因和假设在体细胞中表达不合适的基因。能持续100 多年寿命CGIs的DNA甲基化抑制的稳定性对CGIs的生存无影响。因为在体细胞中的这些区域中任何脱氨基事件不会传递种系给后代。我们仍然没有完全弄明白为什么少数CpG岛
甲基化，而不是大多数。
在非CpG岛的TSS的模式。和他们的TSSs上的有CGIs基因相比，在TSS上CpG很弱的基因是大幅波动发生在启动子甲基化水平的基因。非CGI TSS的基因在原
始生殖细胞基因中表达的是在TSS上的非甲基化，因此在ESCs上专门表达的基因或者在精子细胞的组织特异性基因经常显示甲基化而不是在卵母细胞或者体细胞中表达。众所周知的例子是Oct4和Nanog基因编码的转录因子，维持干细胞状态是必不可少的。最近的研究表明，Oct4和NANO启动子可能被AID和/或者TET3活化甲基化。然而，一些组织特异性的基因在精子和ESCs中显示甲基化，仅仅显示在被表达
的基因中特异性组织的脱甲基化。
一个全基因组研究假定在非CGIs 和表达之间的甲基化没有相反的关系存在，但是数据的再分析表明表达和甲基化之间的这种关系事实上显然是全基因组。由于长期关注CGIs,我们仍然不知道在控制非CGI TSS甲基化作用的细节。
甲基化转录起始沉默吗？
在上面描述的一些抑制的TSS甲基化观察，DNA甲基化和转录起始之间的功能关系是什么？有确凿的证据，在TSSs的CGIs甲基化在DNA装配进核小体后不能启动转录。然而，是沉默还是甲基化的问题在这个领域首先就进行了长时间的讨论。洛克等人的早
期实验。清楚地表明，失活的X 染色体上的Hprt 基因的甲基化发生在染色体灭活之后。换句话说，甲基化似乎是“锁定”加强先前沉默状态的X 连锁基因。虽然
在常染色体基因上的大多数的CGIs在体细胞上保持非甲基化，少数（v 10%在正常组织和细胞中甲基化，但关于沉默的重新甲基化方面的期限没有深入的研究。如上所述，最近发现DNMT的作用对造血干细胞分化的提高怀疑长期“锁定”模型普遍性。由于作者的研究结果表明，甲基化酶对相当短命的细胞类型分化非常重要，看来可能是DNA甲基化在启动时有一个更有指导意义而不是加强沉默。
然而，在癌细胞的基因组范围研究，表明被多梳蛋白复合物沉默的CGI的启动子
基因比在癌症中的其他基因更可能甲基化：即甲基化之前的沉默状态。因此，似乎沉默之前的甲基化是一般机制，但数据尚未成熟到肯定的程度。除了改变自己在CpG岛，组织特异性的改变发生在它们周围的边上。然而，对这些变化还不了解。关于DNA甲
基化的期限的证据有一致的想法，甲基化增加了一个表观遗传状态的稳定性水平。有趣的是，它不是要求在一些物种中为达到这个目的，包括黑腹果蝇和酵母。
转录和重新甲基化之间的关系。DNA甲基化可能不作为一个初始的沉默机制
的原因正开始被理解。欧意等人的开创性工作表明，细胞表达DNMT3L中的重新甲基
化过程（这是一个有活性的同源DNMT3和DNMT3的催化剂）是通过DNMT3A和DNMT3L 的每一个两个分子的四聚体复合物完成的，还需要一个核小体。活跃的TSS是废弃的
核小体和因此缺乏重新甲基化的底物。最近，我们通过测试在胚胎中用维甲酸诱导癌细胞分化0CT4沉默的动力学来直接测试了启动重新甲基化的核小体的作用。这些实验表明，在Oct4的远端增强子和Na nog启动子上，分化后，第一个核小体出现了,
DNA 甲基化与肿瘤 一、DNA甲基化与基因表达 5-甲基胞嘧啶是天然存在的修饰碱基，甲基化的 mCpG ，在DNA 双链中对称出现。哺乳类动物基因组约60 %的表达基因5′端启动子存在未被甲基化的CpG岛,而启动子区域外的CpG岛大都为 mCpG。正常情况下，非活化的X染色体、印迹基因等的启动子区域的CpG岛为甲基化状态，而看家基因的 CpG岛则是去甲基化状态。 DNA 甲基化状态与基因表达呈负相关。其调控作用主要在转录水平抑制基因表达。 DNA甲基化的检测方法 经过亚硫酸盐处理后的DNA中胞嘧啶（C）转变为胸腺嘧啶（T）,但是甲基化的中的CpG二核苷酸C 未转变为T，而无甲基化的CpG二核苷酸则发生这种转变，由此可以推断DNA是否发生甲基化。TATAGGGCGAATTGGGCCCTCTAGATGCATGCTCGAGCGG CCGCCAGTGTGATGGATATCTGCAGAATTGCCCTTTAGTAT TGTTTGGTGAAATGGTACGTGTTTATAATTTTAGTTATTTAG GAGGTTGAGGTAGGAGGATTTTTTGAGTTTAGGAGTTTAA GTTTAGTTTGGGTAATATAGTTTAGTGGTTATATTAAAAAA AGTAAAATAGTCGGGCGCGGTGGTTTACGTTTGTAATTTTA GTATTTTGGGAGGTCGAGGCGGGTGGATTACGAGGTTAGG AGGTTGAGATTATTTTAAGGGCAAT
DNA 甲基化抑制基因转录的分子机制 ①DNA 双螺旋结构的大沟为DNA 与多种转录因子的作用部位，mCpG的甲基化胞嘧啶突入大沟，抑制转录因子的结合而抑制转录。②mCpG 激活阻遏蛋白因子，如DMAP1、TSG101、 Mi2等，通过阻遏蛋白因子的作用抑制转录。③DNA甲基化与组蛋白乙酰化的研究发现，组蛋白H3、H4 的赖氨酸去乙酰化后带负电荷,与带正电荷的DNA 结合更紧密,不利于转录过程中的聚合物解聚，从而抑制基因转录。甲基化的CpG 结合蛋白(MeCPs) 与DNA 的mCpG结合,并与组氨酸去乙酰化酶(HDAC) 形成复合物共同抑制转录。 二、DNA甲基化与肿瘤 以往的研究认为癌基因激活、抑癌基因失活主要是基因突变、缺失导致的DNA 序列改变。在肿瘤研究中，检测到许多肿瘤的重要基因并未发生突变、缺失，基因表达的异常主要通过DNA 甲基化实现。癌基因的去甲基化和抑癌基因的甲基化状态，可导致癌基因激活、抑癌基因的失活。癌基因的低甲基化和抑癌基因的高甲基化改变是肿瘤细胞的一个重要特征。 DNA 甲基化状态的改变导致基因结构和功能的异常，与肿瘤发生的关系是近年来研究的热点。 DNA甲基化的异常与基因突变、缺失等基因组异常也有密切的关系
DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶(DNMTs)的催化下,将甲基基团转移到胞嘧啶碱基上的一种修饰方式。它主要发生在富含双核苷酸CpG岛的区域,在人类基因组中有近5万个CpG岛[5]。正常情况下CpG岛是以非甲基化形式(活跃形式)存在的，DNA甲基化可导致基因表达沉默。DNMTs的活性异常与疾病有密切的关系,例如位于染色体上的DNMT3B基因突变可导致ICF综合征。有报道[6]表明，重度女性侵袭性牙周炎的发生与2条X染色体上TMP1基因去甲基化比例增高有关。DNMT基因的过量表达与精神分裂症和情绪障碍等精神疾病的发生也密切相关。风湿性疾病等自身免疫性疾病特别是系统性红斑狼疮(SLE)与DNA甲基化之间关系已经确定[7]，在SLE病人的T细胞发现DNMTs活性降低导致的异常低甲基化。启动子区的CpG岛过度甲基化使抑癌基因沉默,基因组总体甲基化水平降低导致一些在正常情况下受到抑制的基因如癌基因被激活[8],都会导致细胞癌变。 甲基化作用是转录水平上表达调控的基本方式之一。由于宿主细胞基因组DNA中不 同位点的甲基化程度存在某种平衡，并形成一定的空间结构特点。一旦转基因的整合破坏了这种平衡及空间特征，破坏后的结构便成为宿主基因组防御系统识别的信号，使新整合的DNA 序列发生不同程度的甲基化，甲基化基因序列则通过抑制甲基化DNA结合蛋白(MeCP2)的结合而抑制转录的顺利进行Ⅲo。在拟南芥中发现了DNA甲基化可以导致基因沉默汹埘]。在基因沉默过程中，外源或内源性信号引起部分DNA序列中CpG的甲基化，甲基化CpG结合域蛋白2(MeCP2)结合到甲基化的胞嘧啶上聚集HDACs使组蛋白去乙酰化，该蛋白与去乙酰化的组蛋白通过聚集更多的DNA 甲基转移酶来加强沉默信号，从而引起基因沉默H?。 ?。DNA甲基化对染色质结构和基因表达的作用很可能是通过一组蛋白介导的，这些蛋白可能含有共同的高度保守的甲基化的CpG结合结构域(MBD)L45 J。DNA甲基化在基因印记、x染色体失活、某些疾病的发生发展中发挥重要作用。其直接作用机制可能是CpG岛甲基化干扰了一些转录因子(transcription factor，TF)与基因调控区的结合，使甲基从DNA分子大沟中突出，从而阻止转录 因子与基因相互作用。间接机制可能是由于甲基化DNA与甲基化DNA结合蛋白结合或DNA甲基化改变染色质结构，这2种情况都间接阻碍TF与DNA结合从而抑制转录m1。DNA甲基化一般是通过转录抑制机制来调节特定基因的，具体的机制可能有：5一MeC伸入DNA双螺旋大沟，影响转录因子的结合；序列特异的甲基化DNA结合蛋白(MDBP一1，MDBP一2)与甲基化的启动子序列特异性结合而抑制转录因子与靶序列的结合；甲基化CpG结合蛋白(MeCPl，MeCP2)与甲基化的二核苷酸CpG结合，发挥类似转录抑制蛋白的作用H“。一般DNA甲基化会通过干扰转录因子与识别位点结合和招募组蛋白乙酰转移酶(histon acefltransfeI"SeS，HATs)、组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylases，HDACs)形成辅助阻遏复合体，使基因沉默而抑制其表达，而去甲基化则使沉默的基因重新激活Ⅲ卜 ＤＮＡ甲基化尤其是基因启动子区ＣｐＧ岛的高甲基化，会导致基因表达的下降或沉默。甲基化抑制基因的表达目前认为要有两个方面，一方面甲基化引起的基因结构改变可直接阻碍一些转录因子与其结合位的结合；另一方面可能与一些甲基化
提到遗传，我们都已经习惯于这样的概念，即基因组的编码信息存在于ACGT 这四种碱基的排列顺序中。然而，诸如胞嘧啶的甲基化修饰及其分布，组蛋白的乙酰化等，同样影响着表型。这就构成了表观遗传学(epigenetics)的主要研究内容。其实，早在1942年，C.H.Waddinton就提出了表观遗传学的概念，他指出，表观遗传与遗传相对，主要研究基因型和表型的关系。而现在，对于表观遗传学，比较统一的认识是，其研究在没有细胞核DNA序列改变的情况时，基因功能的可逆的可遗传的改变。也就是说，在不改变基因组序列的前提下，通过DNA 和组蛋白的修饰等来调控基因表达，其中又以DNA甲基化(DNA methylation)最为常见，成为表观遗传学的重要组成部分。随着人类基因组计划的开展，科学家们开始在基因组水平来研究表观遗传学，逐步形成表观基因组学(epigenomics)。表观基因组学就是要在整个基因组水平来研究表观遗传过程以及与这些过程密切相关的特定基因组区域的识别与鉴定。2000年10月，人类表观基因组协会(Human Epigenome Consortium)由欧盟赞助，启动了旨在于人类6号染色体MHC 区域首先做出DNA的甲基化图谱的先导计划(Pilot Project)。该计划顺利完成，引导启动了2003年的人类表观基因组计划(Human Epigenome Project，HEP)。2005年，美国国家卫生院(NIH)下属的国立癌症研究所启动了癌症基因组先导计划。2006年，该所与国立人类基因组研究所一起共同启动癌症基因组计划(Cancer Genome Project)。表观基因组学和DNA甲基化与癌症的研究成为新的热点。本文将简要介绍DNA甲基化与CpG岛，癌症与DNA甲基化，和DNA甲基化的重要检测方法。DNA甲基化与CpG岛：在人类表观遗传学研究中，最常见的就是CpG二核苷酸中胞嘧啶的甲基化修饰。其主要过程是，在CpG甲基化结合蛋白(Methyl-CpG Binding Proteins,MBDs) 和DNA甲基化转移酶(DNA methyltransferases, DNMTs)的作用下，使CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶转变成为5’甲基胞嘧啶。在正常人类的DNA中，约有3-6%的胞嘧啶被甲基化。在哺乳动物中，约有50,000,000个CpG二核苷酸，其中70%的被甲基化。而那些可被甲基化的CpG 二核苷酸并非随机的分布于基因组序列中，相反，在基因组的某些区域中，通常是基因的启动子区域，5’端非翻译区和第一个外显子区，CpG 序列密度非常高，超过均值5倍以上，成为鸟嘌呤和胞嘧啶的富集区，称之为CpG岛(CpG Islands, CGIs)。CpG岛的概念最早由Adrian Bird提出，他称之为
DNA甲基化 甲基化检测服务-亚硫酸氢钠处理后测序法(bisulfite genomic sequencing PCR, BSP)是利用未甲基化的胞嘧啶可以被亚硫酸氢钠发生脱氨基变为尿嘧啶的原理，用两一特异性引物扩增后测序。测序法克服了只能针对单个位点检测，并且这些位点必须是限制性内切酶识别位点的缺点，可以对任何基因序列的甲基化状态进行检测。 甲基特异性的PCR扩增（MS-PCR）示意图 DNA甲基化（英语：DNA methylation） DNA甲基化是一种表观遗传修饰，它是由DNA甲基转移酶（DNA methyl-transferase, DNMT）催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)作为甲基供体，将胞嘧啶转变为5-甲基胞嘧啶（mC）的一种反应，在真核生物DNA中，5-甲基胞嘧啶是唯一存在的化学性修饰碱基。CG二核苷酸是最主要的甲基化位点，它在基因组中呈不均匀分布，存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的区域，在哺乳动物中mC约占C总量的2－7％。DNA甲基化是表观遗传修饰的主要方式，能在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。为外遗传编码（epigenetic code）的一部分，是一种外遗传机制。DNA甲基化过程会使甲基添加到DNA分子上，例如在胞嘧啶环的5'碳上：这种5'方向的DNA甲基化方式可见於所有脊椎动物。在人类细胞内，大约有1%的DNA碱基受到了甲基化。在成熟体细胞组织中，DNA甲基化一般发生於CpG双核苷酸（CpG dinucleotide）部位；而非CpG甲基化则於胚胎干细胞中较为常见。植物体内胞嘧啶的甲基化则可分为对称的CpG（或CpNpG），或是不对称的CpNpNp形式（C与G是碱基；p是磷酸根；N指的是任意的核苷酸）。特定胞嘧碇受甲基化的情形，可利用亚硫酸盐定序（bisulfite sequencing）方式测定。DNA甲基化可能使基因沉默化，进而使其失去功能。此外，也有一些生物体内不存在DNA甲基化作用。
Hereditas (Beijing) 2014年5月, 36(5): 403―410 https://www.doczj.com/doc/ed11195668.html, 综 述 收稿日期: 2014-01-07; 修回日期: 2014-01-27 基金项目:国家自然科学基金项目(编号：30921140311，31261140372)资助 作者简介:邓大君，教授，研究方向：肿瘤病因学和DNA 甲基化研究。E-mail ：dengdajun@https://www.doczj.com/doc/ed11195668.html, DOI: 10.3724/SP.J.1005.2014.0403 网络出版时间: 2014-3-3 12:41:25 URL: https://www.doczj.com/doc/ed11195668.html,/kcms/detail/11.1913.R.20140303.1241.001.html DNA 甲基化和去甲基化的研究现状及思考 邓大君 北京大学肿瘤医院／研究所, 北京 100142 摘要: DNA 甲基化通过调节基因转录、印记、X 染色体灭活和防御外源性遗传物质入侵等, 在细胞分化、胚胎 发育、环境适应和疾病发生发展上发挥重要作用, 是当前表观遗传学研究的热点领域之一。文章介绍了在过去几年中TET 介导的DNA 羟甲基化及其在早期胚胎发育中的作用, DNA 主动去甲基化及其与被动去甲基化的关系, DNA 甲基化建立及其与组蛋白修饰、染色质构象、多梳蛋白和非编码RNA 结合等关系方面的重要研究进展和存在的问题以及DNA 甲基化的转化应用前景。 关键词: DNA 甲基化; 去甲基化; 表观遗传学; 稳态; 转化研究 DNA methylation and demethylation: current status and future per-spective Dajun Deng Peking University Cancer Hospital and Institute , Beijing 100142, China Abstract: DNA methylation plays important roles in cell differentiation, embryonic development, host adaptations to environmental factors, and pathogenesis through regulation of gene transcription and imprinting, X-inactivation, and de-fense of foreign genetic material invasion, is currently one of the hottest research fields on epigenetics. In the past few years, a number of important findings on DNA methylation have been achieved. These findings include discovery of TETs-catalyzed cytosine hydroxymethylation and its functions in the early embryonic development; the relationship be-tween active and passive DNA demethylation; establishment and maintenance of DNA methylation patterns and their asso-ciations with histone modifications, chromatin configuration, polycomb group proteins and non-coding RNA bindings. DNA methylation has become a new potential biomarker and therapy target. Keywords: DNA methylation; demethylation; epigenetics; homeostasis; translational research DNA 甲基化是指DNA 序列中的腺嘌呤(A)或胞嘧啶(C)碱基在甲基化转移酶的催化下与甲基发生共价结合, 可在细胞分裂过程中传递给子细胞的表 观遗传现象。由DNA 腺嘌呤甲基化酶(DNA adenine methylase, DAM)催化形成的O 6-甲基腺嘌呤(6mA)是一种CTAG 序列复制后维持甲基化, 在细菌表观
DNA甲基化研究综述 The summarize of the research on DNA methylation 郭文媛 （生物技术1353227） 摘要：DNA 甲基化是真核生物表观遗传学中一种重要的基因表达调控方式，是一种酶催化的修饰过程。其是在DNA 甲基转移酶催化下，将甲基基团转移到胞嘧啶的5 位碳原子上，使之转变成5-甲基胞嘧啶的化学修饰过程。在人类和其他哺乳动物中，此修饰过程通常发生在5'-CpG-'二核苷酸的胞嘧啶上。大量相关研究表明，DNA 甲基化与人类疾病密切相关。 Abstract: DNA methylation is an important epigenetic regulation of gene expression in eukaryotes．It is a kind of enzyme catalysis modification process: refers to the chemical modification process of DNA methyltransferase catalysis，the transfer of methyl groups onto cytosine carbon atom 5，making them into 5-methyl cytosine．In humans and other mammals，the modification process usually occurs in 5＇CpG -＇dinucleotide cytosine．A large number of relevant studies have shown that DNA methylation is closely related to human diseases． 关键词: DNA 甲基化; 甲基转移酶;表观遗传学; CpG 岛; Dnmt1; Dnmt3a; Dnmt3b; 基因沉默; DNA甲基化结合蛋白; 人类表观基因组计划 Key words: DNA methylation; Methyltransferase; Epigenetics; CpG island; Dnmt1; Dnmt3a; Dnmt3b ; Gene Silencing ;MBD; human epigenomeproject 表观遗传学研究的是不改变DNA 的一级结构而改变表型的一种基因表达调控机制，主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰、染色体重构、RNA 干扰等。 DNA甲基化是重要的表观遗传修饰之一，在大多数真核生物中广泛存在。DNA 甲基化水平受到环境、疾病、年龄和性别等因素的影响，处于动态的变化过程中。不同的细胞、组织或个体之间，甚至同一细胞或个体的不同发育时期，其DNA 甲基化状态和程度都可能存有差异。 2003 年10 月，人类表观基因组计划委员会正式宣布投资和启动人类表观基因组计划( human epigenomeproject，HEP) 。HEP 的主要目标是研究人类所有基因在主要组织以及200 多种细胞中正常和疾病状态下的甲基化模式，并在基因组水平绘制不同组织正常和疾病状态时的甲基化变异位点图谱[4]，本文结合2013年至今DNA甲基化研究文献，综述了DNA 甲基化分布特点和与疾病关系等方面的研究情况。 1.DNA甲基化 1.1DNA甲基化与DNA去甲基化 DNA 甲基化是表观遗传( Epigenetic) 的一种重要表现方式，指在DNA 甲基转移酶( DNA methyltransferase，DMT) 的催化下，以s －腺苷甲硫氨酸( SAM) 为甲基供体，将甲基转移到特定碱基上的过程。 DNA 去甲基化也被称为DNA 甲基化丢失(lossof DNA methylation), 即甲基基团从胞嘧啶上消失的过程。包含主动去甲基化与被动去甲基化2 种模式。 1.2DNA甲基化分布 DNA 甲基化在生物体的分布并不是随机的，而是呈现一定的规律性。
分子生物学综述 题目：DNA甲基化的研究方法与技术姓名：常一鸣 班级：15级检验一班 学号：2015222672
摘要：DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。随着对甲基化研究的不断深入，各种各样甲基化检测方法被开发出来以满足不同类型研究的要求。这些方法概括起来可分为三类：基因组整体水平的甲基化检测、基因特异位点甲基化的检测和新甲基化位点的寻找。 关键字：表观遗传学；DNA甲基化；甲基化研究方法 1 导言 早在1942年,C.H.Waddington首次提出表观遗传学(epigenetics)的概念,并指出表观遗传与遗传是相对的,它主要研究基因型和表型的关系。几十年后,霍利迪(R. Holiday)针对表观遗传学提出了更新的系统性论断，也就是人们现在比较统一的认识[1]，即在不改变基因组序列的前提下，通过DNA和组蛋白的修饰来调控基因表达，这种修饰以DNA甲基化最为常见。其主要任务是绘制出人类基因组中甲基化可变位点图谱，即不同组织与疾病状态下，5-甲基胞嘧啶出现及其分布频率的图谱，以指导和系统地研究DNA甲基化在人类表观遗传、胚胎发育、基因印记、等位基因失活及肿瘤发生中的重要作用[2]。DNA甲基化的研究，逐渐成为新的研究热点。随着对甲基化研究的不断深入，各种各样甲基化检测方法被开发出来以满足不同类型研究的要求。让我一一介绍现有的大部分DNA甲基化研究方法，并对其相关特性进行简要分析与总结。
DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一,可能存在于所有高等生物中。DNA甲基化能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。甲基化的主要形式有5-甲基胞嘧啶,N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鸟嘌呤。原核生物中CCA/TGG和GATC常被甲基化，而真核生物中甲基化仅发生于胞嘧啶。DNA的甲基化是在DNA甲基化转移酶（DNMTs）的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶转变为5'甲基胞嘧啶。这种DNA修饰方式并没有改变基因序列，但是它调控了基因的 表达[3]。脊椎动物基因的甲基化状态有三种：持续的低甲基化状态,如管家基因；去甲基化状态,如发育阶段中的一些基因；高度甲基化状态,如女性的一条失活的X染色体[4]。 1.2 DNA 甲基化的生物学作用 1.2.1 DNA 甲基化与遗传印记、胚胎发育 DNA甲基化在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育过程中起着极其重要的作用。研究表明胚胎的正常发育得益于基因组DNA适当的甲基化。例如：缺少任何一种甲基转移酶对小鼠胚胎的发育都是致死性的（Li 等1992年和Okano等1999年）[3]。此外，等位基因的抑制(allelic repression)被印记控制区(imprinting control regions,ICRs)所调控,该区域在双亲中的一个等位基因是甲基化的[4]。印记基因的异常表达可以引发伴有突变和表型缺陷的多种人类疾病。如：脐疝-巨舌-巨大发育综合征(Beckwith-Wiedemann Syndrome, BWS)和Prader-Willi/Angelman综合征等[5]。