克林霉素磷酸酯为抗革兰氏阳性菌和厌氧菌的抗生素，是临床经典药物之一，适用于老年、幼儿、哺乳期妇女等广泛人群，具有较高的安全性和耐受性。但鉴于该药对革兰氏阴性菌基本没有抗菌活性，因此临床上对于抗感染经验治疗和中重度感染常常需要和其他抗生素联合使用。
美国疾病控制中心及外科协会治疗混合感染和重度感染的其中四个 标 准 方 案
1、注射用克林霉素磷酸酯+喹诺酮类（氧氟、环丙沙星）
2、注射用克林霉素磷酸酯+头孢类（头孢拉定、头孢唑林钠等）
3、注射用克林霉素磷酸酯+单酰类（氨曲南、亚胺培南-西拉司丁钠）
4、注射用克林霉素磷酸酯+氨基糖苷类（链霉素、卡那霉素等）
其中，克林霉素磷酸酯和氨曲南联合使用被认为是治疗腹部感染的黄金方案。
虽然克林霉素磷酸酯可以和多种药物联合应用，但是该药应该单独配制，不宜加入复杂输液中使用，否则可能出现配伍反应。在联合用药的过程中也应该注意药物的相互作用，以避免不良反应的发生。
与克林霉素磷酸酯配伍禁忌的药物有：
氨苄青霉素、苯妥英钠、巴比妥盐酸盐、氨茶碱、必嗽平、葡萄糖酸钙、硫酸镁、炎唬宁、阿昔洛韦等混合会产生白色絮状物或凝固。克林霉素（磷酸盐）与地塞米松（磷酸盐）(0.5%pH值6.5~7.0)呈理化配伍禁忌。
药物相互作用：
和巴比妥及其他肌肉松弛药联合使用时会增加肌松效果，和氨基糖苷类联合使用时要减少剂量，大剂量使用时也会出现肌肉松弛效应。和含二价金属离子的药物联合使用时可能出现皮疹，如骨科常用的钙剂、伤科接骨片（含二价汞离子）、舒筋活血片（含二价铜离子）等。和红霉素有拮抗作用，不宜合用。