Classifying potassium ion channels from sequence
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离子通道在细胞中的功能调控离子通道是一类跨膜蛋白,在细胞膜上形成孔道,可以允许离子分子在细胞内外之间进行运输。
离子通道在细胞中具有广泛的功能调控作用,包括调节细胞膜电位、维持离子平衡、参与细胞兴奋性传递等。
首先,离子通道调节细胞膜电位。
细胞膜电位是指细胞内外两侧离子浓度差所形成的电位差。
离子通道通过调节细胞内离子的通过程度来调节细胞膜电位。
例如,钠通道和钾通道是参与动作电位形成的关键离子通道。
在动作电位的产生过程中,钠通道迅速开启导致钠离子内流,使细胞膜内电位上升,而钾通道的开启又使钾离子外流,恢复细胞膜电位的负值。
通过这样的开关作用,离子通道能够快速改变细胞膜电位,并调节细胞的兴奋性。
其次,离子通道维持离子平衡。
细胞内外的离子浓度差是保持细胞内外环境稳定的重要因素。
离子通道能够调节离子的通透性,以维持细胞内外的离子平衡。
例如,钙通道是细胞内钙离子浓度调节的关键通道。
细胞膜上的钙通道能够在感受到外界刺激后迅速开启,使钙离子内流,从而改变细胞内钙离子浓度。
钙离子浓度的变化能够触发一系列细胞信号传导过程,调节细胞的代谢、增殖和分化等生理功能。
此外,离子通道参与细胞兴奋性传递。
兴奋性传递是神经元之间传递信号的重要过程,离子通道在其中起到了重要的调节作用。
例如,神经元细胞膜上的钠通道和钾通道能够调节动作电位的产生和传导,从而参与神经冲动的传递。
此外,阻塞或激活特定离子通道也能够影响神经递质的释放,进一步影响神经元之间的信息传递。
除了以上功能,离子通道还参与细胞体内外离子浓度的调节、细胞内信号转导和兴奋性的维持等生理过程。
对离子通道的研究有助于我们进一步了解细胞的功能机制,并为治疗相关疾病提供新的策略。
例如,一些疾病如心律失常、癫痫等与离子通道的功能异常有关,通过调节离子通道活性可能有助于治疗这些疾病。
总之,离子通道在细胞中具有广泛的功能调控作用。
通过调节细胞膜电位、维持离子平衡、参与细胞兴奋性传递等机制,离子通道能够调控细胞内外离子浓度,维持细胞的正常功能。
生物膜离子通道百科名片生物膜离子通道示意图生物膜离子通道(ion channels of biomembrane)是各种无机离子跨膜被动运输的通路。
生物膜对无机离子的跨膜运输有被动运输(顺离子浓度梯度)和主动运输(逆离子浓度梯度)两种方式。
被动运输的通路称离子通道,主动运输的离子载体称为离子泵。
生物膜对离子的通透性与多种生命活动过程密切相关。
例如,感受器电位的发生,神经兴奋与传导和中枢神经系统的调控功能,心脏搏动,平滑肌蠕动,骨骼肌收缩,激素分泌,光合作用和氧化磷酸化过程中跨膜质子梯度的形成等。
目录1111111111展开生物膜离子通道简介活体细胞不停地进行新陈代谢活动,就必须不断地与周围环境进行物质交换,而细胞膜上的离子通道就是这种物质交换的重要途径.人们已经知道,大多数对生命具有重要意义的物质都是水溶性的,如各种离子,糖类等,它们需要进入细胞,而生命活动中产生的水溶性废物也要离开细胞,它们出入的通道就是细胞膜上的离子通道. 离子通道由细胞产生的特殊蛋白质构成,它们聚集起来并镶嵌在细胞膜上,中间形成水分子占据的孔隙,这些孔隙就是水溶性物质快速进出细胞的通道.离子通道的活性,就是细胞通过离子通道的开放和关闭调节相应物质进出细胞速度的能力,对实现细胞各种功能具有重要意义.两名德国科学家埃尔温·内尔和贝尔特·扎克曼即因发现细胞内离子通道并开创膜片钳技术而获得1991年的诺贝尔生理学奖.研究简史在生物电产生机制的研究中发现了对离子通透性的变化。
1902年J.伯恩斯坦在他的膜学说中提出神经细胞膜对钾离子有选择通透性。
1939年A.L.霍奇金与A.F.赫胥黎用微电极插入枪乌贼巨神经纤维中,直接测量到膜内外电位差。
1949年 A.L.霍奇金和B.卡茨在一系列工作基础上提出膜电位离子假说,认为细胞膜动作电位的发生是膜对纳离子通透性快速而特异性地增加,称为“钠学说”。
尤其重要的是,1952年A.L.霍奇金和 A.F.赫胥黎用电压钳技术在巨神经轴突上对细胞膜的离子电流和电导进行了细致地定量研究,结果表明Na+和K+的电流和电导是膜电位和时间的函数,并首次提出了离子通道的概念。
细胞膜氯离子通道1. 引言细胞膜氯离子通道是细胞膜上的一种重要的离子通道,它负责调节细胞内外氯离子的平衡,参与多种生理过程。
本文将介绍细胞膜氯离子通道的结构、功能以及其在生物体中的重要作用。
2. 结构细胞膜氯离子通道主要由蛋白质组成,其结构可以分为两类:受体激活的和电压门控的。
2.1 受体激活型氯离子通道受体激活型氯离子通道是通过受体与配体的结合来打开或关闭的。
这类通道包括GABA(γ-氨基丁酸)受体和甘氨酸受体等。
当相应的神经递质或药物结合到这些受体上时,会引起蛋白质构象变化,使得通道开放并允许克服能垒通过。
2.2 电压门控型氯离子通道电压门控型氯离子通道是通过细胞内外电位的变化来调节的。
这类通道包括GABAA受体和CLC家族等。
当细胞膜电位发生变化时,通道会从关闭状态转换为开放状态,使得氯离子进入或离开细胞。
3. 功能细胞膜氯离子通道在生物体中具有多种重要功能。
3.1 稳定细胞内外电位差细胞膜氯离子通道可以调节细胞内外的氯离子浓度,从而稳定细胞的内外电位差。
这对于正常的神经传递、肌肉收缩等生理过程至关重要。
3.2 调节细胞水平氯离子是体内调节渗透压和水平的重要成分之一。
通过调节细胞膜上的氯离子通道开放程度,可以控制细胞内水分平衡,保持正常的细胞功能。
3.3 参与免疫反应氯离子通道在免疫反应中也起到重要作用。
它们参与调节免疫细胞的活性和功能,影响炎症反应、免疫细胞迁移等过程。
3.4 调节酸碱平衡细胞膜氯离子通道还参与调节细胞内外的酸碱平衡。
通过调节细胞内氯离子浓度,可以影响细胞内外的pH值,维持正常的酸碱平衡。
4. 细胞膜氯离子通道与疾病异常的细胞膜氯离子通道功能与多种疾病相关。
4.1 先天性氯离子通道缺陷症先天性氯离子通道缺陷症是由于细胞膜上的氯离子通道功能异常引起的一类遗传性疾病。
常见的先天性氯离子通道缺陷症包括囊性纤维化、甘汞中毒等。
4.2 神经系统相关疾病某些神经系统相关疾病也与细胞膜氯离子通道功能异常有关。
离子通道药物的筛选及研究随着现代医学的发展,越来越多的疾病被归于离子通道缺陷所引起。
离子通道是一个嵌入细胞膜的蛋白质通道,调节着细胞内外离子的平衡与交换。
钾离子、钠离子、钙离子和氯离子等是离子通道中主要的离子。
一旦离子通道出现问题,细胞内外的离子平衡必然受到干扰,从而影响神经、心血管、肌肉等生理功能。
离子通道药物是治疗离子通道相关疾病的重要手段,包括心律失常、肌无力症、癫痫等多种疾病。
因此,筛选和研究离子通道药物具有重要意义。
一、离子通道药物的筛选离子通道药物的筛选首先需要了解离子通道分布的组织和细胞学结构,以便确定筛选的靶点。
常见的靶点包括钠离子通道、钾离子通道、钙离子通道等。
其次,需要通过药物分子模拟方法进行离子通道药物的库筛选。
离子通道药物的分子量通常较大,跨膜区域具有大量的疏水性氨基酸残基,因此,药物分子分布在跨膜区间,是离子通道药物筛选的难点。
此外,通过离子通道药物的细胞注射实验,也能筛选出离子通道药物。
专业实验室通常会利用膜片钳技术进行电生理研究,以记录细胞膜上的离子通道电流。
利用这些电流,分析药物对离子通道进行调节的作用,最终筛选出具有高效性和安全性的离子通道药物。
二、离子通道药物的研究离子通道药物的研究需要从药物的作用机制、药物的动力学和药效学等方面进行深入研究。
1. 作用机制离子通道药物的作用机制主要是靶点对药物的亲和力和作用程度。
因此,需要进行靶点结构的深入研究。
研究人员可以使用X-射线衍射技术,通过解析离子通道的高分辨率晶体结构,了解药物在靶点上的作用方式。
此外,还可以使用生物信息学技术,预测药物与离子通道蛋白的亲和力和相互作用机理,从而为药物设计提供理论依据。
2. 动力学动力学主要研究药物在体内吸收、分布、代谢和排泄等生物转化过程。
研究人员可以通过药物的药代动力学研究,来了解药物在体内的转化机制,预测药物对人体的毒性和副作用,并制定更加个性化、有效的调控方案。
3. 药效学药效学主要研究药物的疗效和副作用,以及这些效应与药物剂量和浓度之间的关系。
CLASSIFYING POTASSIUM CHANNELS FROM SEQUENCEASHOK PALANIAPPANa, b AND ERIC G. JAKOBSSONa, b, c, d, e
*
aCenter for Biophysics and Computational Biology, bBeckman Institute, cDepartments ofBiochemistry and dMolecular and Integrative Physiology, eNCSA Senior ResearchScientist, University of Illinois, Urbana, IL 61820, USA
ABSTRACT:
Potassiumchannels are an ancient, diverse protein family. Individual K channels are assigned to various subfamilies based on biochemical andelectrophysiological characterization. Computational methods utilizing sequence, structure and function data and schematizing a classification that provides for annotation of new channel sequences are useful. A difficulty in classifying K channels arises from the diversity in their attributes, namely membrane topology, gating, conduction, and other electrophysiological properties. We suggest a hypothesis that the permeation pathway, the one structural domain common to all K channels, contains enough information about the entire channel that a phylogenetic analysis of this domain functions as a channel subfamily classifier. The hypothesis is validated by: 1) showing that it replicatesthe classification for human potassium channels existing in the Human Genome *Corresponding author(jake@ncsa.uiuc.edu)Organization (HUGO) database, 2) providing a classification for two-pore K channels that also points to their origin, and 3) showing the existence of a new K channel subfamily that had not previously been identified in the human genome. We provide classification for many human potassium channel genes that had not been previously classified. A related investigation into the evolutionary conservation of structural features of the K channel permeation pathway in human and prokaryotes is also detailed. INTRODUCTION:Potassium channels are the most ancient family of the voltage-gated ion channel superfamily. All fully sequenced eukaryotic genomes code for at least one potassium channel protein, and most code for many, which also agrees with the theory that the “pump-leak” model for ion and water cellular homeostasis, which depends on potassium channels in the plasma membrane, is ubiquitous in eukaryotic cells (Jakobsson, 1980). An ability to selectively pass potassium ions must be important to most prokaryotes too (supplement to Koonin (2000)). Potassium channels have evolved to play critical roles in many diverse cellular processes. This functional diversity has come about in large part by their acquisition of various regulatory modules to modulate their gating and conductance properties and in some eukaryotes, by their association with auxiliary components as well (Yi et al., 2001). Some key roles played by potassium channels include electrical excitability, electrolyte balance, volume regulation, sensory signal transduction and immune response regulation. Regulatory factors for potassium channels include membrane voltage, pH, cyclic nucleotides, intracellular calcium, ATP, polyamines, G-proteins, and temperature. The classification of potassium channels into distinct subfamilies has classically depended on their biochemical characterization (i.e., the nature of the particular physiological regulation) as well as electrophysiological characteristics (large vs. small conductance, fast vs. slow inactivation, depolarization-activated or hyperpolarization-activated etc.). Automated sequence annotation pipelines, including those using ‘profile-based’ approaches, do not succeed in discriminating among even the primary voltage-gated ion channel families, i.e., the K+-, Na+-, and Ca2+- channel families. Since electrophysiological studies are time-consuming in the least, it would be useful to devise a robust computationally-based classification method that proceeds from and utilizes the already present large repository of information about potassium channels. An analytical approach to classification would ideally take stock of the biological definition of potassium channels, and account for their diversity.
Potassium channels, structurally, are membrane proteins that have a signature selectivity filter (almost always G[YF]G) (Heginbotham et al., 1994) in a “pore region” that is flanked by transmembrane helices on either side. Together, this structural motif constitutes the “permeation pathway” of the channel and subfamily designations commonly indicate the ‘attachments’ to this basic design. The pore-forming monomers are usually referred to as alpha-subunits and most often form homotetramers in the membrane in order to function. It is reasonable to suppose that the diverse functional properties of potassium channels necessarily stem from the nature of their particular sequences (Anfinsen, 1973; Danchin, 1999; Orengo et al., 1999). Hydropathy plots, which can be used to infer