miseq 多样性分析
miseq1.sh：
工作内容：原始数据过滤，Flash连接，寻找index，生成各个样品的有效序列和有效序列数（youxiao.txt），过滤得优质序列，序列group
序列去杂（mothur，自己粘贴命令）
miseq2.sh：
工作内容：生成优质序列ID(good.id)和每个样品的优质序列数量(count.txt)，提取优质序列，绘图（序列长度分布图）。
生成OTU列表，注释（注意参考基因组，需要修改参数），格式转化（biom--txt），精简，格式转化（txt-->biom）,画venn图
画稀释曲线（若分组情况有异，需要修改此处的map文件，注意参考基因组）
画丰度分布曲线
make shared（mothur 手动）
miseq3.sh:
工作内容：画生物多样性指数表（index.txt）,多样品物种分布（taxa）和画多样品物种分布图（taxa_summary），
以组为单位的多样品物种分布图（taxa_summary_group，分组情况根据客户要求，有特殊情况更改map文件）
物种丰度差异性分析前半部分(根据分组更改map文件)
mothur 做metastats 根据分组情况更改ds.txt和map文件（手动）
miseq4.sh:
工作内容：物种丰度差异性分析的后面部分，megan，beta多样性分析（根据分组修改map，得到PCoA图和nmds图）
画PCA（根据分组修改map），画heatmap，物种相关性分析（network前部分）
network otu.association（手动mothur）
#219
miseq5.sh:
工作内容：画物种群落结构