内部因素：
高等教育资源分配不均
东部地区集中了全国大部分的高校和重点名牌高校，而少数民族聚居区及西部偏远地区的高校则分布较少，再加之国家在配置高等教育资源时采取的向重点高校倾斜的政策，造成东西部的巨大差异。
教育体制不完善
●教育行政化比较严重。
由于我国政治体制的特殊性，高等教育政策的制定者是政府部门和教育行政部门，政府会直接干预高校领导的任命、直接插手高校的发展规划、直接干涉高校的人员编制等，这种模式使得教育领域中价值尺度混乱，重效率、重实惠、重金钱、重世俗的现象普遍存在。
●政策目标不明确。
高校扩招政策从其酝酿之初，就不是为了解决特定的高等教育问题，而是作为医治当时我国内需不足、经济低迷的良药，是基于拉动经济增长的迫切需要。
招生政策不健全
越来越多的省份采取了自主命题的方式，在鼓励地方特色发展的同时，却也加剧了高考试卷内容的地方化和城市化色彩，不可避免的增大了农村和落后地区学生的入学难度。尽管如今国家已经减少了很多方面的加分政策，但是这些政策带来的不公平依然存在。
我国现行的各个省份自己划线录取的办法引发了地区性分数不平等、不公平现象。
此外，高招指标分配不合理亦是导致当今教育不公的重要因素。
高校收费制度引起的入学不公平
新中国的高校收费制度已经施行了20 多年，而近些年，在物价飞涨的同时，高等教育的学费也与日俱增，20 多年间上涨了20 多倍，上涨速度之快远远高于普通居民的收入增长，学费已经成为上学家庭难以解决的重担。
外部因素：
经济发展不平衡
经济基础决定上层建筑。教育质量的提高依赖于先进的教育资源和教学设备，这些教育资源和设备的采购都离不开资金。我国广大沿海，沿江的东部地区，经济发达，人口密集，教学条件优越，但是西部地区经济发展缓慢，使得教育明显的落后。
家庭社会分层对受教育机会的影响
家庭社会分层影响着学生的择校和专业，家庭社会分层对学生的入学方式有显著影响，家庭社会分层影响高等教育的过程公平，家庭社会分层影响高等教育的结果公平。
城乡差距带来的教育不公平
我国城乡在教育水平上还存在一定的差距，城乡居民对高等教育的认识不同，不同阶层大学生在就业时的基础条件不同，这些因素共同导致了我国农村学生很难进入高校学习，从而使农村大学生在高校中的数量不断减少，比例不断下降。
地方教育保护主义
各地高校为了本地经济等各方面的发展，不可避免地扩大在当地招生的比例，地方保护主义之风盛行。