基因组学重点分类修
订版
基因组学(Genomics):指以分子生物学技术、计算机技术和信息网络技术为研究手段，以生物体内全部基因为研究对象，在全基因背景下和整体水平上探索生命活动的内在规律及其内外环境影响机制的科学。
C值悖理(矛盾)(C-value paradox):在结构、功能很相似的同一类生物
中，甚至在亲缘关系十分接近的物种之间，它们的C值可以相差数10倍乃至上百倍。
隔裂基因(split gene )：指基因内部被一个或更多不翻译的编码顺序即内含子所隔裂。
重叠基因：编码序列彼此重叠的基因。
基因内基因：在核基因组中较普遍，常在内含子包含其他基因。
反义基因：与已知基因编码序列互补的的负链编码基因，参与基因的表达调
控，可以干扰靶基因mRNA专录与翻译。
克隆重叠群法(clone contig method ，作图法测序)：以大片段定位的克隆为基础的定向测序战略主要采用克隆步移法或称重叠群法。这种逐步测序的方法花时间多，但精确。
全基因组鸟枪法(whole-genome shotgun method ):是随机先将整个基因组打
碎成小片段进行测序，最终利用计算机根据序列之间的重叠关系进行排序和组装，并确定它们在基因组中的正确位置。全基因组鸟枪法是一种快速获得真核基因组的方法。
遗传作图(Genetic mapping )：采用遗传学分析方法将基因或其它DNA序列标定在染色体上构建连锁图。这一方法包括杂交实验，家系分析。遗传图距单位为厘摩(cM),每单位厘摩定义为19交换率。(相对位置)
物理作图(Physical mapping ):采用分子生物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基因组实际位置。物理图的距离依作图方法而异，如辐射杂
种作图的计算单位为厘镭(cR),限制性片段作图与克隆作图的图距为DNA的分子长度，即碱基对(bp, kb)。(绝对位置)
微卫星序列(SSR :或称简单串联重复(STR，重复单位较短。重复序列只
有1-6个核苷酸，分布在整个基因组，10-50个重复单位。
LOD值：是指基因连锁可能性的对数，用于初步判断所研究的2个基因是否位
于同一染色体上。
限制性作图：将限制性酶切位点标定在DNA分子的相对位置。
重叠群(contig):可以通过末端的重叠序列相互连接形成连续的DNA长片段的一组克隆称为重叠群。
指纹：指确定DNA羊品所具有的特定DNA片段组成，一个克隆的指纹表示了该
克隆所具有的指定序列的特征，可以同其他克隆产生的同类指纹比较。
STS作图(指纹作图序列标签)：根据STS序列设计引物，扩增文库当中的克隆，能扩出条带的克隆都含有序列重叠的插入子。
作图试剂(mappi ng reage nt) : STS作图过程中将已知的STS定位在染色体或
基因组中的DNA区段，这些STS标记和作图用的染色体区段以及DNA克隆。
辐射杂种群(radiation hybrid pan el) :通过放射杂交产生的融合细胞群称为
辐射杂种群。
双脱氧链终止法(the cha in term in ation method ):是通过合成与单链DNA
互补的多核苷酸链来读取待测DNA分子的顺序。
化学降解法(chemical degradation method ):是将双链DNA分子用化学试剂
处理，产生切口，用同位素标记进行测序。
覆盖面(或深度)：每个核苷酸在完成顺序中平均出现的次数，或者说完成顺序的长度与组装顺序长度之比。
BAC末端序列(BAC-end sequeneed): 一个BAC克隆插入片段两端的已测序的序列，不包括内部顺序.可用于确定BAC的排列方向以及重叠群(contig)在支架(scaffold) 中的排列方向。
重叠群(contig): 一群相互重叠的克隆或DNA顺序,可以是草图顺序或精确顺序(finished), 包括连续的(内部无间隙)或不连续的(内部含间隙)DNA顺序,未锚定到染色体上。
草图顺序(draft sequenee):人类基因组测序计划定义为经Phred Q20软件认
可覆盖测序克隆片段3-4倍的DNA顺序?含间隙或无间隙,排列方向和位置未 ^定。精确顺序(finished sequenee):顺序差错率(错误碱基数)低于0.01%的DNA序
列，排列方向确定，内部不含间隙，一般测序覆盖率在8-10个单倍体基因组。支架(scaffold): 一组已锚定在染色体上的重叠群,内部含间隙或不含间隙.。顺序间隙：因覆盖率的原因而留下的未能测序的顺序，仍存在于克隆文库中，这类间隙称为顺序间隙。
物理间隙：因克隆载体自身的限制或DNA顺序特殊的组成等原因造成某些顺序
丢失或未能克隆，这类间隙称为物理间隙。
同源性(homology)基因系：指起源于同一祖先但序列已经发生变异的基因成员。
一致性（identity）:指同源DNA顺序的同一碱基位置的相同的碱基成员,或者蛋白质的同一氨基酸位置的相同的氨基酸成员，可用百分比表示。
相似性（similarity）:指同源蛋白质的氨基酸序列中一致性氨基酸和可取代氨基酸所占的比例。可取代氨基酸系指具有相同性质如极性氨基酸或非极性氨基酸的成员，它们之间的代换不影响蛋白质（或酶）的生物学功能。
拟Northern杂交：根据已知的DNA序列设计引物，从mRNA群体中扩增基因产物，再以DNA为探针与之杂交。
跳跃基因或转座子：一段DNA顺序可以从原位上单独复制或断裂下来，插入另一位点，并对其后的基因起调控作用，此过程称转座，这段序列称跳跃基因或转座子。填空或选择：
1. 基因组学包括3个不同的亚领域：:结构基因组学、功能基因组学、比较基因组
学。
2. 异常结构基因的分类：重叠基因、基因套基因、反义基因。
3. 用于遗传学作图的DNA标记：限制性片段长度多态性（RFLP、简单序列长度
多态性（SSLP、单核苷酸多态性（SNP 。
4. SSLP的类型：小卫星序列、微卫星序列（SSR。
5. 根据SNP在基因中的位置，SNP可分为：基因编码区SNP（cSNP、基因周边
SNPSSNP、基因间SNP（iSNP）。
6. 遗传作图的方法：两点测验法、三点测验法。
7. 不同模式生物的连锁分析（连锁分析分为3大范畴）：有性杂交实验、
系谱分析、DNA专移。
8. 非遗传学的作图技术统称物理作图，常用的方法有4类：限制性作图、
基于克隆的基因组作图、荧光原位杂交（FISH）、序列标签位点（STS）。
9. 重叠群组建：染色体步移法、指纹法。
10. 指纹作图的分类：限制性带型指纹、重复顺序DNA旨纹、重复顺序DNA PCR或分散重复顺序PCR序列标签STS作图。
11. 如何获得作图试剂：放射杂交、克隆文库。
12. DNA测序的方法：双脱氧链终止法、化学降解法。
13. 覆盖面相关公式：P o=e m（m为覆盖面，即单倍体基因组数；e为自然对数底数）
14. 间隙的类型：顺序间隙、物理间隙。
15. 基因组测序的其他路线：重要区域的优先测序、EST测序、浏览测序。
16. 内含子扫描时的注意事项：密码子偏好、外显子一内含子边界、上游调控序列。
仃.同源性基因的分类：直向同源基因、共生同源基因（水平基因）。
18. 基因功能的检测：基因失活、基因过表达。
19. 突变库构建的方法：转座子路线、随机插入法。
20. 突变库表达载体的类型：Ac-载体、DsE-载体。
判断、简答或问答：
1. 克隆重叠群法的策略：
先构建遗传图，再利用几套高度覆盖的大片段基因组文库（BAC PAC等）获得精
细的物理图，选择合适的BAC或PAC克隆测序，利用计算机拼装。BAC内的空洞基本上都可以利用设计引物等手段填补，形成一条完整的BAC序列。然后由相互关联、部分重叠的BAC克隆连成一个大的重叠群（Contig ）。
2. 全基因组鸟枪法的策略：
是随机先将整个基因组打碎成小片段进行测序，最终利用计算机根据序列之间
的重叠关系进行排序和组装，并确定它们在基因组中的正确位置。
3. SSLP的类型及SSR勺优缺点：
小卫星序列：有时又称可变串联重复（VNTR，重复单位较长。由15~65bp的基本单位串联而成主要分布在染色体末端。
微卫星序列（SSR :或称简单串联重复（STR，重复单位较短。重复序列只有1-6个核苷酸，分布在整个基因组，10-50个重复单位。
SSR技术的优点是：
（1）在基因组中随机分布，检测的多态性频率高。
（2）PCR特异引物，重复性好。
（3）共显性，操作相对简单。
SSR技术的缺点是：
（1）SSF需要测序和设计引物，因而需要大量的人力、物力和时间。
（2）另外其种属特异性强，开发所需的费用高昂，因此一些实验室进行了合
作，共同开发微卫星引物。
4. 遗传作图的方法：
理论基础：采用一组分子标记构建遗传图的方法主要依赖于连锁分析。
基本方法：两点测验法和三点测验法
5. 细菌的遗传作图：
细菌遗传作图的主要困难在于这类生物是单倍体，不发生减数分裂，因此要设计一些方法使细菌DNA同源区段发生交换，主要采用部分二倍体作图技术。
6. 为什么需要物理作图技术？为什么不能直接从遗传作图进入测序阶段？主要有以下原因：
（1）遗传图谱分辨率有限：由于人类及其大多数高等真核生物来说，不可能获得巨大数量的后代，因此可用于研究的减数分裂体就少很多，连锁分析就受限制，导致标记密度的减小，从而影响遗传作图。
（2）遗传图覆盖面低：由于染色体交换区域的不平衡，有些区段很少发生交换，难以获得高密度连锁图。
（3）遗传图分子标记的排列有时会出现差错：遗传作图依赖子代的重组及分离比，由于环境及取样误差，有时结果会出现差异，相同的标记在连锁图上位置
不一样。
7. 限制性作图的基本原理：
方法是通过比较不同限制性内切酶切割所产生DNA片段大小：
（1）首先用一种酶处理样品后，电泳确定DNA片段的大小。
（2）然后用第二种酶处理，获得第二组片段。
（3）最后用两种酶混合处理，获得第三组片段。
收集上述资料进行对比组装：
（1）两种酶切位点交替出现的区段用加减法确定其的相对位置。
（2）连续出现2个或多个相同酶切位点的区段，采用部分酶解法。
（3）切点过多时可以采用末端同位素标记结合部分酶解进行绘图。
8. 大于50kb的基因组能否用限制性作图？
答案是肯定的。通过选择靶DNA分子中的稀有酶切位点酶可以克服限制性酶切作图的局限性。
9. 染色体细胞图：通过原位杂交可以将基因或DNA分子标记定位在染色体的某一区域，由此绘制的基因或DNA分子标记所在的染色体位置图成为细胞图。最常用的技术为荧光原位杂交（FISH）。
10. STS作图（序列标记位点作图）的原理：
（1）基因组中单一序列标签位点都有独一无二组成，有固定的位置。
（2）两个STS出现在同一片段的机会取决于他们在基因组中的距离，彼此靠的
越近，分离的几率越小，彼此相隔越远，分离的几率越大。
（3）两个STS之间相对距离的估算与连锁分析的原理一样，它们之间的图距根
据它们的分离频率来算。
（4）两个片段含有同一STS序列时，可断定两个片段彼此重叠。
11. 双脱氧链终止法基本原理：
通过合成与单链DNA互补的多核苷酸链，由于合成的互补链可在不同位置随机终止反应，产生只差一个核苷酸的DNA分子，从而来读取待测DNA分子的顺序。12. 双脱氧链终止法主要步骤：
（1）制备单链模板：模板、DNA聚合酶、引物、4种dNTP
（2）ddNTP的加入：在反应系统中加入双脱氧（碱基）核苷三磷酸
（ddNTP，DNA聚合酶并不能区分dNTP和ddNTP由于ddNTP在3' 端碳原子连接的是氢原子而不是羟基，不能与下一个核苷酸的磷酸集团发生脱水聚合反应只要双脱氧核苷酸掺入3'端，该链就停止延伸，链端掺入单脱氧核苷酸的片段可继续延伸。如此得到3'端终止于ddNTP的—系列长度不等的核酸片段。
（3）读取序列：典型的链终止法分为4组，每一组分别加入ddATR ddCTP ddGTP和ddTTF，浓度低于dNTP反应终止后，每一组链终止样品反应液在聚丙烯酰胺凝胶中各占1个泳道，分离长短不一的核酸片段（长度相邻者仅差一个碱基），DN/序列根据凝胶中新链显示的位置信号读取；根据片段3'端的双脱
氧碱基，可依次阅读合成片段的碱基排列顺序。
13. 基因组测序策略：
（1）按照大分子DNA克隆绘制的物理图分别在单个大分子DNA内部进行测序和序列组装，然后将彼此相连的的大分子克隆按排列次序搭建支架，最后以分子标记为向导将搭建的支架分别锚定到基因组整合图上（作图测序）；
（2）个基因组DNA丁断成小片段后克隆到质粒载体上，然后随机挑选克隆对插入片段进行测序，并以测序的序列构建重叠群，在此基础上搭建支架，以分子标记为向导将搭建的支架分别锚定到基因组整合图上（全基因组随机测序或鸟枪法测序）。
14. 鸟枪法序列组装与作图法序列组装的原理及优缺点：
1.鸟枪法序列组装：
原理：鸟枪法的序列组装是直接从已测序的小片段中寻找彼此重叠的测序克隆，然后依次向两侧邻接的序列延伸。这一方法不需要预先了解任何基因组的情况，即使
缺少遗传图谱和物理图谱，也可以完成整个基因组的组装。
优点：
测序速度快，并且无须提供相关的遗传图谱和物理图谱。
缺点：
（1）对于结构复杂的大基因组而言，鸟枪法的序列组装的起始阶段工作量非常大。
（2）首先需要对小片段进行序列分析，找出重叠群，需要分析的小片段的数量太大，达到现有计算机能力的极限。
（3）基因组中普遍存在的重复序列是十分棘手的问题，在序列组装时可能出现错误连接，使某些片段从原位置跳到另一无关位置。
(4)因此，对于缺少重复顺序的小基因组(<5Mb而言，鸟枪法仍为最佳的选择，但对于大基因组而言，还需要更加有效的策略。
15. 作图法序列组装：
原理：实践证明，在5Mb的范围内，用鸟枪法进行测序组装可以获得较好的效
果。因此，对于大基因组而言，可以先将基因组DNA分解为若干个较大的DNA
片段，构建基因组文库。每个大片段克隆可以独立进行鸟枪法测序，亦可以组建重叠群后进行鸟枪法测序。因此称为克隆重叠群测序法。
优点：适合于大基因组的测序。
缺点：测序速度慢，并且须提供相关的遗传图谱和物理图谱。
16?基因同源性只有“是”和“非”的区别无所谓百分。
17.两种RNAi现象：
基因组学对我们的影响 基因组学是研究生物基因组和如何利用基因的一门学问。用于概括涉及基因作图、测序和整个基因组功能分析的遗传学分支。该学科提供基因组信息以及相关数据系统利用，试图解决生物，医学，和工业领域的重大问题。基因组研究应该包括两方面的内容：以全基因组测序为目标的结构基因组学和以基因功能鉴定为目标的功能基因组学，又被称为后基因组研究，成为系统生物学的重要方法。 基因组是1924年提出用于描述生物的全部基因和染色体组成的概念。1986年由美国科学家ThomasRoderick提出的基因组学是指对所有基因进行基因组作图(包括遗传图谱、物理图谱、转录本图谱),核苷酸序列分析,基因定位和基因功能分析的一门科学。自从1990年人类基因组计划实施以来,基因组学发生了翻天覆地的变化,已发展成了一门生命科学的前沿和热点领域。 现在广泛公布的人类以及一系列其他生物体的基因组序列为我们描绘出了最基础的生物学以及生物医学信息。这些仍然很难破译的密码包含了细胞的结构和功能的的全部遗传指令信息，而这一信息又是揭开生物系统复杂性所必需的。阐明基因组的结构以及确定大量编码元素的功能可以建立基因组学与生物学的联系，从而加速我们对所有生命科学领域的探索。 把基于基因组的知识转化为人类健康的福祉，人类基因组测序，以及基因组学其他最近及预期的研究成果，极大地有助于我们了解遗传因素在人类健康和疾病中的角色，精确确定非遗传因素，并迅速将
新发现用于疾病的预防、诊断和治疗。美国国家研究院在其为HGP的最初远景规划中清楚地表明，人类基因组序列将改善人的健康状况，而它后来的五年计划也再一次明确了这一观点。但是这一点怎样才能实现还未得到更清晰的说明。随着HGP最初目标的完成，现在正是广泛发展和应用基因组战略改善人类健康、并预见和避免潜在伤害的时机。鉴定基因和路径在健康和疾病中的角色，测定它们与环境因素之间的关系；发展、评价以及应用以基因组为基础的诊断方法来预测对疾病的易感性，预测药物反应，疾病的早期诊断，疾病在分子水平上的精确分类；开发和应用促进基因组信息转化成治疗进步的方法。 促进基因组学的应用，最大程度地发挥效益，将危害降到最低基因组学通过学术研究和政策讨论一直处于对科学技术对社会的冲击进行严密关注的最前沿。如上文所述，基因组学主要能够造福于健康方面，但是除此之外，基因组学还能在社会其他领域有贡献。就像HGP和相关研究在基础生物学和健康方面开拓的新领域，同时为研究社会问题创造了机会，甚至可以使我们更全面地了解如何定义自己和他人。 在未来的几年内，社会不仅会为基因组学引起的无数的问题而探讨，而且还必须制定和贯彻相应的政策来解决它们。除非研究能够给出可信的数据和严格的方法作为决断的依据，否则这些政策就将是错误的，还可能会给我们大家带来潜在的危害。要想获得成功，这个研究就必须包含发展概念上的工具和共享语言的“基础”调查，和更多使用这些工具来探索制定适当的综合不同的观点的公共政策的“应用
现代分子生物学 第一章 DNA的发现： 1928年，英国Griffith的体内转化实验 1944年，Avery的体外转化实验 1952年，Hershey和Chase的噬菌体转导实验 分子生物学主要研究内容（p11） DNA的重组技术 基因表达调控研究 生物大分子的结构功能研究——结构分子生物学 基因组，功能基因组与生物信息学研究 第二章 DNA RNA组成 脱氧核糖核酸 A T G C 核糖核酸 A U G C 原核生物DNA的主要特征 ①一般只有一条染色体且带有单拷贝基因； ②整个染色体DNA几乎全部由功能基因与调控序列组成； ③几乎每个基因序列都与它所编码的蛋白质序列呈线性对应状态。 染色体作为遗传物质的特点： （1）分子结构相对稳定（贮存遗传信息） （2）通过自我复制使前后代保持连续性（传递遗传信息） （3）通过指导蛋白质合成控制生物状态（表达遗传信息） （4）引起生物遗传的变异（改变遗传信息） C值以及C值反常 C值单倍体基因组DNA的总量 C值反常C值往往与种系进化的复杂程度不一致，某些低等生物却有较大的C值。如果这些DNA 都是编码蛋白质的功能基因，那么，很难想象在两个相近的物种中，他们的基因数目会 相差100倍，由此推断，许多DNA序列可能不编码蛋白质，是没有生理功能的。 DNA的中度重复序列，高度重复序列 中度各种rRNA，tRNA以及某些结构基因如组蛋白基因都属于这一类 高度卫星DNA 核小体 是由H2A H2B H3 H4 各2分子生成的八聚体和约200bp的DNA构成的，H1在核小体外面。 真核生物基因组的结构特点 ①基因组庞大； ②大量重复序列； ③大部分为非编码序列，90％以上； ④转录产物为单顺反子； ⑤断裂基因； ⑥大量的顺式作用元件； ⑦DNA多态性：SNP和串联重复序列多态性； ⑧端粒（telomere）结构。
第一章基因组学 1、学习基因组学所面临的挑战和意义? 全面鉴定人类基因组所编码的结构和功能成分；发展对人类基因组的可遗传变异的详细理解；发展基于基因组学的方法来预测疾病的敏感性和药物反应，疾病的早期检验，以及疾病的分子分类；应用新的基因和代谢通路的知识开发有效的、新的疾病治疗方法发展；理解物种间的进化变异及其机制；关键农作物基因的克隆和功能验证；基于基因组的工具来提高农作物产量，解决世界粮食危机及全球温饱问题。 2、DNA作为遗传物质的优点？ 信息量大，集成度高；碱基互补配对，保证精确复制；核糖2’碳位脱氧，在水溶液中稳定 性好；以T取代U，没有C脱氨变U的危险。 3、证明DNA双螺旋的证据？ 各种生物物理证据；X射线衍射图谱；碱基比例；模型构建。 4、DNA、RNA的两个重要化学差异有哪些？ 碱基组成；链数。 5、原核、真核生物基因组的不同点？ 原核生物：基因组为环状双链DNA分子；只有一个复制起始点；具有操纵子结构：指数个功能上相关的基因串联在一起,连同上游的调控区和下游的转录终止信号构成基因的表达单位：一般无重叠基因；基因是连续的,无内含子；编码区在基因组中的比例；基因组中重复 序列很少；具有编码同工酶的基因(isogene)：同工酶是指具有相同催化功能而化学结构不 同的酶,它受一个或几个基因座等位基因；分子中有多功能识别区域复制、转录起始区复制、转录终止区 真核生物：体细胞: 两套基因组（二倍体细胞）性细胞: 一套基因组（单倍体细胞）；基因组结构复杂,数目庞大, 多个复制起始点；mRNA为单顺反子：真核基因转录产物为单顺反子，即一种基因编码一种多肽链或RNA链，每个基因转录有各自的调节元件；含大量重复 序列；非编码序列占90%以上；基因间有间隔区(spacer DNA),基因为断裂基因(split gene) 即内含子,外显子；功能相关的基因串联在一起形成基因家族 7、真核生物染色体三大要素及功能？ 着丝粒：控制细胞分裂时染色体的取向和移动；端粒：防止染色体末端粘连，保证DNA长度稳定；复制原点：起始DNA复制。 8、染色体末端的端粒为什么很重要？ 维持染色体结构的完整性，防止染色体被核酸酶降解及染色体间相互融和；防止染色体结构基因在复制时丢失，解决了末端复制的难题。 9、人类基因组中存在哪些类型的重复DNA? 串联重复基因： 6、简述DNA组成基因的两个重要实验？ 第二章基因组的复制 1、在Meselson-Stahl的实验前，我们不知道DNA复制是“弥散型”“半保留型”或“全保留型”，描述经几种不同方式复制，子代分子DNA中DNA的区别？ 2、什么是半不连续复制模型？ 前导链（leading strand）：以5’-3’方向连续合成的DNA 链 滞后链（lagging strand）：总体上沿着3’到5’方向延伸，但以小片段形式(5￠-3￠)不连续合成，最后共价连接起来 3、为什么需要RNA引物来引发DNA复制呢？ （1）RNA引物可以提供3’-OH末端作合成新DNA链起点。
研究进化基因组学进展 摘要：进化基因组学是利用基因组数据研究差异基因功能、生物系统演化、从基因在水平探索生物进化的学科。随着近年来基因组数据的不断增加，进化基因组学得到了长足的发展。进化基因组学主要包括从基因组水平理解和诠释生物进化和新基因分析研究探索两方面的内容。本文介绍了进化基因组学研究的主要内容和较为常用的方法，以及近年来在细菌、酵母、果蝇进化基因组学方面的研究进展。 关键词：进化基因组学系统进化比较基因组学新基因 正文 随着基因测序技术的不断进步以及基因组学的飞速的发展，人们积累了大量的基因组学数据，利用所得的大量的基因组数据与进化生物学相结合，在基因组水平研究生物进化机制，随即产生了进化基因组学。 近年来进化基因组学取得了长足的进展，在研究差异基因功能、生物系统演化、从基因在水平探索生物进化的终极方式等方面有重大突破，对人类理解生命现象和过程有重要作用。 研究系统进化学通常包括两个关键步骤：一方面，在不同物种中鉴定同源性特佂，另一方面利用构建系统进化树的方法比较这些特征，进而重新构建这些物种的进化历史[1]。针对这两个关键步骤，传统系统进化学，常采用基于形态学数据和单个基因研究的同源性状鉴定和重建系统进化树（常包括距离法、最大简约法、概率法）[1]的方法来研究。在目前拥有丰富基因组数据的条件下，我们可以分析基因组数据，利用进化基因组学研究系统进化。 一、目前进化基因组学的研究内容主要集中于两个方面：（1）在比较不同生物的基因数据的基础上，从基因组水平理解和诠释生物进化；（2）通过对新基因的分析研究探索基因进化过程的规律两个方面。在进行全基因组进化分析方面，进化基因组学主要集中于构建系统进化树、研究基因组进化策略、研究生物功能变化和进化机制、进化和生态功能基因组学、基因注释的等方面；在新基因方面
生物五界：动物、植物、真菌、原生生物和原核生物；生物三界：真细菌、古细菌、真核生物 具有催化活性的RNA分子称为核酶（ribozyme）核酶催化的生化反应有：自我剪接、催化切断其它RNA、合成多肽键、催化核苷酸的合成 新基因的产生：基因与基因组加倍1）整个基因组加倍；2）单条或部分染色体加倍；3）单个或成群基因加倍。DNA水平转移：原核生物中的DNA水平转移可通过接合转移，噬菌体转染，外源DNA的摄取等不同途径发生，水平转移的基因大多为非必须基因。动物中由于种间隔离不易进行种间杂交，但其主要来源于真核细胞与原核细胞的内共生。动物种间基因转移主要集中在逆转录病毒及其转座成分。 外显子洗牌与蛋白质创新：产生全新功能蛋白质的方式有二种：功能域加倍，功能域或外显子洗牌 基因冗余：一条染色体上出现一个基因的很多复份(复本）当人们分离到某一新基因时，为了鉴定其生物学功能，常常使其失活，然后观察它们对表型的影响。许多场合，由于第二个重复的功能基因可取代失活的基因而使突变型表型保持正常。这意味着，基因组中有冗余基因存在。看家基因很少重复，它们之间必需保持剂量平衡，因此重复的拷贝很快被淘汰。与个体发育调控相关的基因表达为转录因子，具有多功能域的结构。这类基因重复拷贝变异可使其获得不同的表达控制模式，促使细胞的分化与多样性的产生，并导致复杂形态的建成，具有许多冗余基因。 非编码序列扩张方式：滑序复制、转座因子 模式生物海胆、果蝇、斑马鱼、线虫、蟾蜍、小鼠、酵母、水稻、拟南芥等。模式生物基因组中G+C%含量高, 同时CpG 岛的比例也高。进化程度越高, G+C 含量和CpG 岛的比例就比较低 如果基因之间不存在重叠顺序，也无基因内基因（gene-within-gene），那么ORF阅读出现差错的可能只会发生在非编码区。细菌基因组中缺少内含子，非编码序列仅占11%, 对阅读框的排查干扰较少。细菌基因组的ORF阅读相对比较简单，错误的机率较少。高等真核生物DNA的ORF阅读比较复杂：基因间存在大量非编码序列（人类占70%）；绝大多数基因内含有非编码的内含子。高等真核生物多数外显子的长度少于100个密码子 内含子和外显子序列上的差异：内含子的碱基代换很少受自然选择的压力，保留了较多突变。由于碱基突变趋势大多为C-T,故A/T的含量内含子高于外显子。由于终止密码子为TAA\TAG\TGA，如果以内含子作为编码序列，3种读码框有很高比例的终止密码子。 基因注释程序编写的依据：1）信号指令，包括起始密码子，终止密码子，终止信号，剪接受体位和供体位，多聚嘧啶序列，分支点保守序列2）内容指令，密码子偏好，内含子和外显子长短 基因功能的检测：基因失活、基因过表达、RNAi干涉 双链DNA的测序可从一端开始，亦可从两端进行，前者称单向测序，后者称双向测序。 要获得大于50 kb的DNA限制性片段必需采用稀有切点限制酶。 酵母人工染色体（YAC）1）着丝粒在细胞分裂时负责染色体均等分配。2）端粒位于染色体端部的特异DNA序列，保持人工染色体的稳定性3）自主复制起始点（ARS）在细胞中启动染色体的复制 合格的STS要满足2个条件：它应是一段序列已知的片段，可据此设计PCR反应来检测不同的DNA片段中是否存在这一顺序；STS必需在染色体上有独一无二的位置。如果某一STS在基因组中多个位点出现，那么由此得出的作图数据将是含混不清的。 遗传图绘制主要依据由孟德尔描述的遗传学原理，第一条定律为等位基因随机分离，第二条定律为非等位基因自由组合，显隐性规律/不完全显性、共显性、连锁 衡量遗传图谱的水平覆盖程度饱和程度 基因类型：transcribed, translatable gene (蛋白基因) ；transcribed but non-translatable gene ( RNA基因)Non- transcribed, non-translatablegene ( promoter, operator ) rRNA基因，tRNA基因, scRNA基因, snRNA基因, snoRNA基因, microRNA基因 基因组(genome)：生物所具有的携带遗传信息的遗传物质总和。 基因组学（genomic）：用于概括涉及基因作图、测序和整个基因功能分析的遗传学分支。 染色体组（chromosome set）：不同真核生物核基因组均由一定数目的染色体组成，单倍体细胞所含有的全套染色体。 比较基因组学（comparative genomics）：比较基因组学是基因组学与生物信息学的一个重要分支。通过模式生物基因组与人类基因组之间的比较与鉴别，为分离重要的候选基因，预测新的基因功能，研究生物进化提供依据。（目标）
中美两国中小学体育教学内容的比较研究 本文运用文献资料法、专家访谈法、历史研究法、比较研究法等方法，对两国中小学体育教学内容的发展历程、教学内容的主要特点、发展中存在的主要问题等进行比较分析，认为：（1）两国在对体育教学内容进行改革时，都非常注重对学生社会适应性的培养的需要以及科学发展的需要，充分体现人性化的特点。美国密歇根州在制定体育教学内容时，将“培养适应社会发展的学生”作为重要标准。中国中小学的体育课程改革一直在持续，也注重了学生的主体需求，但对“培养适应社会发展”和“科学发展”的效果并不突出。（2）美国的中小学课程设计体现的较为突出，尤其是在编选教材时，强调项目开展的多样化和弹性化；在此基础上，注重与当地社会和生活习惯的结合，使体育课程具有乡土化和民族化的特点，灵活开展体育教学，极大地调动了学生的积极主动性，也为终身体育的开展奠定了坚实的基础。（3）中小学学校体育的开展，是养成终身体育行为的关键所在，如何使学生能够将学校所学会的运动项目一直坚持下去，是体育课程设置不可忽略的重要因素之一，因此，利于终身体育运动的非竞技性运动技能进入各国体育课程中，做到健身性和娱乐性的统一。 标签：中国；美国；教学内容；体育教学；比较 随着新一轮基础教育课程的改革，进行教学内容改革显得十分迫切与必要，中国中小学推行新一轮体育教学改革已有一些时日了，但是在取得成绩的同时，也暴露了一些问题。本文主要是对中美两国中小学体育教学内容进行比较，从两国教学内容的发展历程为切入点，分析两国教学内容上存在的差异，并通过美国改革所取得的经验对我国学校体育教学内容选择、制定给予一定的启示，有利于借助先进经验解决问题，且为深化发展我国的学校体育提供理论借鉴。 一、研究对象与方法 （一）研究对象 本为主要以中美两国中小学体育教学内容为研究对象 （二）研究方法 1.文献资料法 通过在中国知网期刊数据库搜索有关中国学校体育、比较教育、比较体育、美国初等教育等相关理论的专著，并利用知网搜集大量的文献，了解相关研究前沿，收集美国及密歇根州基础课程改革和体育课程改革相关的文件、政府报告、体育课程标准，为本文研究提供理论依据。 2.逻辑分析法
第四章基因与基因组学（答案） 一、选择题 （一）单项选择题 1.关于DNA分子复制过程的特点，下列哪项是错误的? A.亲代DNA分子双股链拆开，形成两条模板链 B.新合成的子链和模板链的碱基互补配对 C.复制后新形成的两条子代DNA分子的碱基顺序与亲代的DNA分子完全相同 D. 以ATP、UTP、CTP、GTP和TDP为合成原料 E.半不连续复制 *2.建立DNA双螺旋结构模型的是： A.Mendel B.Morgan C.Hooke D.Watson and Crick E.Sthleiden and Schwann *3.下列哪个不属于基因的功能? A.携带遗传信息 B.传递遗传信息 C.决定性状 D.自我复制 E.基因突变 4.DNA分子中核苷酸顺序的变化可构成突变，突变的机制一般不包括： A.颠换 B.内复制 C.转换 D.碱基缺失或插入 E.不等交换 5.下列哪一种结构与割(断)裂基因的组成和功能的关系最小? A.外显子 B.内含子 C.TATA框 D.冈崎片段 E.倒位重复顺序 *6.在一段DNA片段中发生何种变动，可引起移码突变? A.碱基的转换 B.碱基的颠换 C.不等交换 D.一个碱基对的插入或缺失 E.3个或3的倍数的碱基对插入或缺失 7.从转录起始点到转录终止点之间的DNA片段称为一个： A.基因 B.转录单位 C.原初转录本 D.核内异质RNA E.操纵子 8.在DNA复制过程中所需要的引物是； A.DNA B.RNA C.tRNA D.mRNA E.rRNA 9.下列哪一项不是DNA自我复制所必需的条件? A.解旋酶 B.DNA多聚酶 C.RNA引物 D. ATP、GTP、CTP和TTP及能量 E.限制性内切酶 10.引起DNA形成胸腺嘧啶二聚体的因素是 A.羟胺 B.亚硝酸 C.5-溴尿嘧啶 D.吖啶类 E.紫外线 11.引起DNA发生移码突变的因素是 A.焦宁类 B.羟胺 C.甲醛 D.亚硝酸 E.5-溴尿嘧啶 12.引起DNA分子断裂而导致DNA片段重排的因素 A.紫外线 B.电离辐射 C.焦宁类 D.亚硝酸 E.甲醛 13.可以引起DNA上核苷酸烷化并导致复制时错误配对的因素 A.紫外线 B.电离辐射 C.焦宁类 D.亚硝酸 E.甲醛 14.诱导DNA分子中核苷酸脱氨基的因素 A.紫外线 B.电离辐射 C.焦宁类 D.亚硝酸 E.甲醛 15.由脱氧三核苷酸串联重复扩增而引起疾病的突变为 A.移码突变 B.动态突变 C.片段突变 D.转换 E.颠换 16.在突变点后所有密码子发生移位的突变为 A.移码突变 B.动态突变 C.片段突变 D.转换 E.颠换 *17.异类碱基之间发生替换的突变为 A.移码突变 B.动态突变 C.片段突变 D.转换 E.颠换 18.染色体结构畸变属于 A.移码突变 B.动态突变 C.片段突变 D.转换 E.颠换 *19.由于突变使编码密码子形成终止密码，此突变为 A.错义突变 B.无义突变 C.终止密码突变 D.移码突变 E.同义突变 *20.不改变氨基酸编码的基因突变为 A.同义突变 B.错义突变 C.无义突变 D.终止密码突变 E.移码突变 21.可以通过分子构象改变而导致与不同碱基配对的化学物质为 A.羟胺 B.亚硝酸 C.烷化剂 D.5-溴尿嘧啶 E.焦宁类 *22.属于转换的碱基替换为 A.A和C B.A和T C.T和C D.G和T E.G和C *23.属于颠换的碱基替换为 A.G和T B.A和G C.T和C D.C和U E.T和U （二）多项选择题
基因组学研究的应用前景摘要：基因组学是一门研究基因组的结构，功能及表达产物的学科，基因组的结构不仅是蛋白质，还有许多复杂功能的RNA,包括三个不同的亚领域，及结构基因组学，功能基因组学和比较基因组学。近几年，基因组学在微生物药物，细菌，病毒基因，营养基因方面都有进展，其前景是光明的。 关键词：基因研究未来结构 一、微生物药物产生菌功能基因组学研究进展 微生物药物是一类化学结构和生物活性多样的次级代谢产物，近年来多个产生菌基因组序列已经被测定完成，在此基础上开展的功能基因组研究方兴未艾，并在抗生素生物合成，形态分化，调控，发育与进化及此生代谢产物挖掘等方面有着新的发现，展现出广阔的研究前景，青霉素及其衍生的《》内酰胺类抗生素极大地改善了人类的卫生保健和生活质量，并促进研究人员不断对其工业生产菌株类黄青霉进行遗传改良和提高其产量，从而降低生产成本。经过60年的随机诱变筛选，当前青霉素产量至少提高了三个数量级，同时，青霉素的生物合成机理也得到了较为清晰的阐述，其pcbAB编码的非核糖体肽合酶ACVS~DPcbc编码的异青霉素N合成酶IPNS位于细胞质中，而苯乙酸COA连接酶PenDE编码的IPN酰基转移酶位于特殊细胞器一微体中。 研究发现，青霉素合成基因区域串联扩增，产黄青细霉胞中微体含量增加都可显著提高青霉素产量。然而随机诱变筛选得到的黄青霉工业菌株高产的分子机制尚不明确。为此，2008年荷兰研究人员联合国美国venter基因组研究所对黄青霉wisconsin54—1225进行了基因组测试和分析，并进一步利用DNA芯片技术研究了wisconsin54—1255及其高产菌株DS17690在培养基中是否添加侧链前体苯乙酸情况下的转录组变化，四组数据的比较分析发现，有2470个基因至少在其中一个条件下是差异表达的，根据更为严格的筛选标准，在PPA存在的条件下，高产菌相比测序菌株有307个基因转录是上调的，和生长代谢，青霉素前体合成及其初级代谢和转运等功能相关，另有271个基因显著下调，主要是与生长代谢及发育分化相关的功能基因。 二、乳酸菌基因组学的研究进展
基因文库：包括基因组文库和部分基因文库。将含有某种生物不同基因的许多 DNA片段，（导入受体菌的群体中储存，各个受体菌分别含有这种生物的不同的基因，称为基因文库。） 蛋白激酶：是指能够将磷酸集团从磷酸供体分子转移到底物蛋白的氨基酸受体上的一大类酶。 蛋白磷酸酶：是具有催化已经磷酸化的蛋白质分子发生去磷酸化反应的一类酶分 子，与蛋白激酶相对应存在，共同构成了磷酸化和去磷酸化这一重要的蛋白质活性的开关系统。 受体：是细胞膜上或细胞内能识别外源化学信号并与之结合的蛋白分子。是信息分子的接收分子，它们的化学本质是存在于细胞表面或细胞内的蛋白分子。mRNA剪接：去除初级转录物上的内含子，把外显子连接成为成熟RNA的过程前导链：在复制过程中，连续复制的链的前进方向始终与复制叉前进方向一致称为前导链 校对：DNApolI的3’到5’外切酶活性将错配的A水解下来，同时利用5’到3’聚合 酶活性补回正确配对的C，复制可以继续下去，这种功能称为校对 核小体：真核生物染色质由DNA与蛋白质构成，其基本单位是核小体。各两分子的H2A、H2B、H3、H4构成八聚体的核心组蛋白，双链DNA缠绕在这一核心上形成核小体的核心颗粒。颗粒之间再由DNA和组蛋白H1构成的链接区相连形成串珠样结构。 解链温度/融解温度(Tm)：在解链过程中，紫外吸光度的变化ΔA260达到最大变化值的一半时所对应的温度定义为DNA的解链温度或融解温度。Tm值：DNA在加热变性过程中，紫外吸收值达到最大值的50%时的温度 增色效应：在DNA解链过程中，由于有更多的共轭双键得以暴露，含有DNA的溶液在260nm 处的吸光度随之增加，这种现象称为DNA的增色效应 DNA复性：当变性条件缓慢除去后，使原来两条彼此分离的DNA链重新缔合，形成双螺旋结构，这个过程称为DNA的复性。 退火：热变性的DNA经缓慢冷却后可以复性，这一过程称为退火。 DNA变性：某些理化因素（温度，pH，离子强度）导致DNA双链互补碱基对之间的氢键发生断裂，使DNA双链解离为单链的现象 DNA复制：以亲代DNA分子为模板按照碱基配对原则合成子代DNA分子的过程。广义也指DNA或RNA基因组的扩增过程，其化学本质是酶促脱氧核苷酸聚合反应 不对称转录：在DNA分子双链上，按碱基互补配对规律能指导转录生成RNA的一股链作为模板指导转录，另一股链则不转录，这种模板选择性称为不对称转录 转录：以DNA为模板合成RNA的过程称为转录。 逆转录：是以RNA为模板合成DNA的过程，即RNA指导下的DNA合成。此过程中，核酸合成与转录（DNA到RNA）过程与遗传信息的流动方向（RNA到DNA）相反称为逆转录 颠换：嘌呤被嘧啶取代或反之。 转换：DNA链中一种嘌呤被另一种嘌呤取代，或嘧啶被另一种嘧啶所取代。
基于个案研究的中美课堂差异比较 中美课堂差异比较—以中美小学数学课堂为例之文献综述宏观 中国的“课堂教学任务过于细化，重视纪律在课堂中的地位，强调整齐划一，以教师为主体，采用灌输式教学方式。课堂气氛是‘一言谈’，学生需要做大量的笔记，容 易失去兴趣，知识结构单一，学习被动。1” 而美国的课堂“如开讨论会，形散而神不散。课堂中提问与回答不断，以学生为主体，教师采用启发式、引导式、方法教学。鼓励‘群言谈’，使学生积极参与到教学活 动中去，收获大，效率高。2” 美国课堂的整体特点。首先在班级人数上，美国课堂人数在25左右，属于小班教学，上课多实行同质或异质编组合作的方式；在教学环境的布置上，教师拥有自己的独立教 室，教师办公室和教室没有严格的区分，不同班级的学生在不同时段按课表进来上 课；在学生使用的教材上，教材很厚，但里面的内容色彩鲜艳，信息缤纷，具有吸 引力和真实性；在课堂教学上，在个性化教室鲜明氛围（如历史课教室墙上贴满了 缩小版的各国国旗）的辅助下，教师采用人性化的课堂管理方式，课堂氛围轻松活 泼，教学内容理论知识和实践内容相结合（如历史课既重视重大时事又传授简单的 股票操作实践原理）。 （一）课堂教学差异比较 1.师生关系 中国历来重视师道尊严，教师在课堂上拥有至高无上的权威，这使中国的整个课堂教学具有单向性、等级性和秩序性的特点； 而美国的师生之间是民主平等的关系，教师只是承担着“平等中的首席” 的角色，师生在课堂上彼此互相尊重，这使美国的课堂教学呈现出双主体性的 特点。 中国课堂上，教师是主角； 美国课堂上，学生是主角。 中国课堂上教师依然是主导和权威，美国课堂师生之间多是平等友好的关系，“不过自改革开放以来，中国教育受西方的影响，师生关系已有所改善，将 1瞿睿,浅谈中美课堂教学差异,新课程(下),2012,(12):109 2瞿睿,浅谈中美课堂教学差异,新课程(下),2012,(12):109
基因组学答案 名词解释： 1基因组：生物的整套染色体所含有的全部DNA序列 2物理作图;采用分子生物学技术直接将DNA标记，基因或克隆标定在基因组的实际位置所构建的位置图，物理图的距离依作图方法而异，辐射杂种作图的计算单位为厘镭（cR），限制性片段作图与克隆作图的图距单位为DNA的分子长度，即碱基对 3单核苷酸多态性：基因组中单个核苷酸的突变称为点突变 4蛋白质组：基因组表达的最终结果是一组蛋白质 5开放阅读框：所有编码蛋白质的基因都含有开放读框，它们由一系列5指令氨基酸的密码子组成 6兼性异染色质：细胞中非持久性的异染色质，仅在某些细胞或细胞的某一阶段出现 7副突变：指在杂合子中某一等位基因影响同一座位上另一等位基因的表达 8表观遗传：不涉及DNA序列的编译，但基因的表达模式发生了可遗传的改变，并能通过有丝分裂和减数分裂将改变的基因表达模式传递给子细胞或下一代的过程 9染色质重建：染色质由收缩状态向伸展开放状态的转变 10基因组印记：印记基因的表达取决于它是在父源染色体上还是在母源染色体上，来自父源和母源的印记基因有所不同 1C值;指的是一个单倍体基因组中DNA的总量 2限制性片段长度多态性：由于同源染色体同一区段DNA序列的差异，当用限制酶处理时，可产生产生长度不同的限制性片段。3微卫星序列：其重复单位为1-6个核苷酸，由10-50个重复单位串联组成 4遗传作图：采用遗传学分析方法将基因或其它DNA分子标记标定在染色体上构建连锁图称之为遗传连锁图 5基因等高线：指连续分布的具有相似碱基组成的DNA片段，她们在基因组中成片相嵌排列 6组成性异染色质：这是所有细胞中均有的一种持久性的结构，这些染色质不含任何基因，总是保持紧密的组成状态 7基因组：生物的整套染色体所含有的全部DNA序列 8染色体重排：涉及染色体不同区段相对位置的重新排列，是基因组进化的重要途径之一 9转录物组：基因组在整个生命过程中所表达的全部转录产物的总和 10假基因：指来源于功能基因但已使其活性的DNA序列，有沉默的假设基因，也有可转录的假基因 基因组学简答题： 1生物基因中有哪些异常结构基因？ 重叠基因、基因内基因、反义基因 2有哪些DNA分子标记？ 限制性片段长度多态性、简单序列长度多态性、单核苷 酸多态性 3miRNA的生物学功能有哪些？ 1在ｍＲＮＡ翻译起始后干扰翻译的继续进行2在翻译的起始阶段阻止翻译起始复合物的组装3促使ｍＲＮＡ降解4遗传密码有什么特点？ 通用性、兼并性、摇摆、偏爱、偏离（课本230） 5真核生物DNA复制有哪些特点？ 1互补单链的合成以５’－３’极性方式进行 2ＤＮＡ两条分子链的合成在时间上和空间上的非对称性的 3ＲＮＡ其实合成不需要引物，但ＤＮＡ起始复制需要引物。 4细胞中新链ＤＮＡ的合成以碱基互补方式进行 6简述高等真核生物基因组序列组成。 高度重复序列，中度重复序列，单一序列，基因主要位于单一序列 7简述细胞器基因组起源的内共生理论 细胞器中基因表达的过程与细菌的情况相似。细胞器基因与细菌基因序列的相似性高于同源核基因。因此内共生学说认为线粒体和叶绿体是游离细菌的化身，他们曾于远古的真核细胞结合，并最终定居在真核细胞中。 8基因租的cpG岛有什么特点？ 1）已知的大多数的CPG岛都位于管家基因和大部分阻止专一性表达基因的5’侧翼区以及基因的第一个的外显子区。2）CpG 岛中双碱基CpG均为甲基化。而整个基因组中约60%-80%的CpG 军备甲基化。 9比较遗传图与物理图的组成可以得到什么启示？ 1）重组率随让染色体长度的增加而递减，人类的21号染色体的长臂的重组率为1Cm/Mb，短臂侧围2Cm/mb；2）大多数染色体近着丝粒区重组率受到抑制，远着丝粒区重组率趋向增加；3）染色体连锁不平衡的碱基组成和基因组成有明显的特征 10生物进化历程中，新基因有哪些产生方式？ 1基因加倍后的趋异2外显子或结构域洗牌3逆转录及其随后的趋异或重排4外源基因水平转移5基因裂变和融合6非编码序列转变为编码序列 论述题： 1叙述真核生物与原核生物基因组的差异。 1）真核基因组指一个五中的单倍体染色体组所含有的整套基因，原核一般只有一个环状DNA分子，其上所含有的基因为一个基因组：2）原核的染色体分子量较小，基因组含有大量单一顺序，真核基因组存在大量非编码序列：3）原核还含有各种质粒和转座因子：4）真核的基因组都是由DNA序列组成，原核基因组还可能由RNA组成 2概述基因组的研究内容 1）以原基因测序为目标的结构基因学；2）以基因功能鉴定为目标的功能基因学 3有哪些试验方法可以研究基因功能 剔除，RNA干扰，过量表达
杨振宁教授在中国科协2000年年会开幕式上发表题为《中国的文化和科学技术》的演讲中，通过对比美国学生与亚洲学生之间的不同，说明了美国与亚洲在文化和教育上的差别。他指出，美国的中学生在考试中是比不上亚洲学生的，他们常常只能考倒数的名次，但也有人开玩笑说，恰恰是美国学生考倒数的名次，才成就了美国创新的氛围和新经济的发展。杨振宁教授概括说：美国学生兴趣广泛，亚洲学生则往往钻入狭窄的专业；美国学生东奔西跑，亚洲学生按部就班；美国学生活力充沛，亚洲学生安安静静；美国文化培养学生勇敢，亚洲文化则训练学生胆怯；美国学生有信心，亚洲学生则没有信心；美国学生傲慢，亚洲学生谦逊……。这些话不得不令我们反思：为什么美国学生有个性，而亚洲学生包括中国学生没有或缺乏个性呢？无论从传统还是从当今上讲，我国教学理念的主流都是一元性的，都是排斥创造性的。在几千年的封建社会，大一统体制上构建起来的一体化社会在人们的心理上设置了一个强制性一元化的思维模式，人们的思维向度只能囿于这一固定的模式中。建立在分散的个体小农经济基础之上的庞大的封建国家机构，需要信仰和观念的同步化，需要一种奴性文化，人们只能求同，只能从一个视角、一个向度去接受现成的统一结论，把人们的思想牢牢地固定在了具有强烈排他性的圣贤典籍上。中国传统教育遵从的是以循旧性为特征的一元性的思维方式，如所谓“法先王”、“注经解经”、“以圣人是非为是非”等等，它导致了社会的死寂、沉寥、单调，形成了抱残守缺、否定创新的陈旧世风。在封建社会和封建教育中形成和强化起来的金字塔形的等级制度和家族制度，必然导致反对个性，个人没有选择和自主的自由，人人必须迎合世俗。因此，封建专制及其教育只会造就一代一代狭隘、封闭，因循、保守、目光短浅、求稳苟安和没有超越意向的无棱无角的奴才，只会形成“行高于人，众必非之”的反对多样性和嫉恨新异的恶劣世风。鲁迅先生曾对此痛心疾首：“我独不了解中国人何以于旧状况那么心平气和，于较新的机运就这么疾首蹙额；于已成之局那么委曲求全，于初兴之事就这么求全责备？”1[1] 直到近现代，封建专制的一元化思维模式才逐渐遭到了外来文化的强烈冲击。中国共产党人就是这种一元化思维模式的最大叛逆者，勇敢地接受了来自西的马克思主义和先进文化。但由于传统文化的巨大惯性和现实体制中的某些弊端，一元化思维方式仍然深刻而顽固地存在于现今的社会和教育中，成为我国深化教育改革和全面推进以培养学生创新素质为重点的素质教育的强大阻抗力。在教学中，我们遵从的是一元化的真理观和价值观，压制多样性和选择性，过分追求结论和获取结论的方式的唯一性和统一性，说一不二、不容置疑，即便张玉庭：《可悲的“安分守已”》（《文汇报》1995年6月28日）。不理解、不赞成的结论和认知方式也必须接受，一味要求学生认同，力图把学生的认知过程和思维方式规范到预先设定的统一的模式中。这种意在使人“听话”和“安分守已”的一元性教学方式，严重抑制了教学的多样性和丰富性，扼杀了学生的个性和创造性。在某小学学生的作业本上有这么几个造句：“想——我想听到开花的声音。”“活泼——河里的水很活泼。”“悄悄—我们听不懂小鱼的悄悄话.”“丢——上街时，毛毛把爸爸丢了。”“爬——牵牛花像个小弟弟，爬在树上。”2[2]应该说，这些句子造得很是精彩、生动传神，充满了童心、童趣和儿童特有的想象力和创造力。可是，正是这样一些句子，却被老师那么干脆地打了一个大“×”。理由无他：开花不可能有声音；活泼只能用来形容人或动物；鱼根本不会说话；孩子把爸爸丢了，这不符合常识；把牵牛花比作小弟弟爬树，这不利于提倡“五讲”、“四美”。多么霸气！僵化死板一旦达到这种理直气壮的程度，天真浪漫而富有创造天性的孩子们便不得不“缴械投降”、安分守已了。孩子们的鲜明个性和创造
宏基因组学概述
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宏基因组学概述 王莹，马伊鸣 （北京交通大学土木建筑工程学院环境140２班） 摘要:随着分子生物学技术的快速发展及其在微生物生态学和环境微生物学研究中的广泛应用，促进了以环境中未培养微生物为研究对象的新兴学科——微生物环境基因组学(又叫宏基因组学、元基因组学，英文名Mｅｔａｇenomics)的产生和快速发展。宏基因组学通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNＡ,构建宏基因组文库，利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能．在短短几年内,宏基因组学研究已渗透到各个领域，包括海洋、土壤、热液口、热泉、人体口腔及胃肠道等,并在医药、替代能源、环境修复、生物技术，农业、生物防御及伦理学等各方面显示了重要的价值。本文对宏基因组学的主要研究方法、热点内容及发展趋势进行了综述 关键词:宏基因组宏基因组学环境基因组学基因文库的构建 Mａcｒo summary of Ｍetagenｏｍｉcs WanｇＹｉng，Ma Ｙi-Mｉｎｇ (BeｉjinｇＪiaoｔｏngUniｖeｒsiｔy, Inｓtitute of civiｌ enｇｉneerｉｎｇ,）Key ｗords:Metａgenｏmｅ; Ｍetagenoｍiｃs;The eｎviｒｏｎｍental genｏmics 宏基因组学（Meｔａgeｎomｉｃｓ)又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNＡ,构建宏基因组文库,利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。它是在微生物基因组学的基础上发展起来的一种研究微生物多样性、开发新的生理活性物质（或获得新基因）的新理念和新方法。其主要含义是:对特定环境中全部微生物的总DNA(也称宏基因组，metａgeｎomｉc)进行克隆,并通过构建宏基因组文库和筛选等手段获得新的生理活性物质；或者根据ｒDNA数据库设计引物,通过系统学分析获得该环境中微生物的遗传多样性和分子生态学信息。 1.起源 宏基因组学这一概念最早是在19９８年由威斯康辛大学植物病理学部门的Jo Haｎｄelsman等提出的,是源于将来自环境中基因集可以在某种程度上当成一个单个基因组研究分析的想法，而宏的英文是"meta－"，具有更高层组织结构和动态变化的含义。后来伯克利分校的研究人员Kevin Chen和LｉoｒPaｃｈｔer将宏基因组定义为"应用现代基因组学的技术直接研究自然状态下的微生物的有机群落,而不需要在实验室中分离单一的菌株"的科学。 2 研究对象 宏基因组学(Ｍeｔagenｏｍics)是将环境中全部微生物的遗传信息看作一个整体自上而下地研究微生物与自然环境或生物体之间的关系。宏基因组学不仅克服了微生物难以培养的困难, 而且还可以结合生物信息学的方法, 揭示微生物之间、微生物与环境之间相互作用的规律, 大大拓展了微生物学的研究思路与方法, 为从群落结构水平上全面认识微生物的生态特征和功能开辟了新的途径。目前, 微生物宏基因组学已经成为微生物研究的热点和前沿, 广泛应用于气候变化、水处理工程系统、极端环境、人体肠道、石油污染、生物冶金等领域, 取得了一系列引人瞩目的重要成果。 3 研究方法
分子生物学 1．DNA的一级结构：指DNA分子中核苷酸的排列顺序。 2．DNA的二级结构：指两条DNA单链形成的双螺旋结构、三股螺旋结构以及四股螺旋结构。 3．DNA的三级结构：双链DNA进一步扭曲盘旋形成的超螺旋结构。 4．DNA的甲基化：DNA的一级结构中，有一些碱基可以通过加上一个甲基而被修饰，称为DNA的甲基化。甲基化修饰在原核生物DNA中多为对一些酶切位点的修饰，其作用是对自身DNA产生保护作用。真核生物中的DNA甲基化则在基因表达调控中有重要作用。真核生物DNA中，几乎所有的甲基化都发生于二核苷酸序列5’-CG-3’的C上，即5’-mCG-3’. 5．CG岛：基因组DNA中大部分CG二核苷酸是高度甲基化的,但有些成簇的、稳定的非甲基化的CG小片段,称为CG岛,存在于整个基因组中。“CG”岛特点是G+C含量高以及大部分CG二核苷酸缺乏甲基化。6．DNA双螺旋结构模型要点： （1）DNA是反向平行的互补双链结构。 （2）DNA双链是右手螺旋结构。螺旋每旋转一周包含了10对碱基，螺距为3.4nm. DNA双链说形成的螺旋直径为2 nm。每个碱基旋转角度为36度。DNA双螺旋分子表面存在一个大沟和一个小沟，目前 认为这些沟状结构与蛋白质和DNA间的识别有关。 （3）疏水力和氢键维系DNA双螺旋结构的稳定。DNA双链结构的稳定横向依靠两条链互补碱基间的氢键维系，纵向则靠碱基平面间的疏水性堆积力维持。 7．核小体的组成： 染色质的基本组成单位被称为核小体，由DNA和5种组蛋白H1,H2A,H2B,H3和H4共同构成。各两分子的H2A,H2B,H3和H4共同构成八聚体的核心组蛋白，DNA双螺旋缠绕在这一核心上形成核小体的核心颗粒。 核小体的核心颗粒之间再由DNA和组蛋白H1构成的连接区连接起来形成串珠样结构。 8．顺反子（Cistron）：由结构基因转录生成的RNA序列亦称为顺反子。 9．单顺反子（monocistron）：真核生物的一个结构基因与相应的调控区组成一个完整的基因，即一个表达单位，转录物为一个单顺反子。从一条mRNA只能翻译出一条多肽链。 10．多顺反子(polycistron): 原核生物具有操纵子结构，几个结构基因转录在一条mRNA链上，因而转录物为多顺反子。每个顺反子分别翻译出各自的蛋白质。 11．原核生物mRNA结构的特点: (1) 原核生物mRNA往往是多顺反子的，即每分子mRNA带有几种蛋白质的遗传信息。 （2）mRNA 5‘端无帽子结构，3‘端无多聚A尾。 （3）mRNA一般没有修饰碱基。 12．真核生物mRNA结构的特点： （1）5‘端有帽子结构。即7－甲基鸟嘌呤－三磷酸鸟苷m7GpppN。 （2）3‘端大多数带有多聚腺苷酸尾巴。 （3）分子中可能有修饰碱基，主要有甲基化。 （4）分子中有编码区和非编码区。 14．tRNA的结构特点 （1）tRNA是单链小分子。 （2）tRNA含有很多稀有碱基。 （3）tRNA的5‘端总是磷酸化，5’末端核苷酸往往是pG. （4）tRNA的3‘端是CCA－OH序列。是氨基酸的结合部位。 （5）tRNA的二级结构形状类似于三叶草，含二氢尿嘧啶环（D环）、T环和反密码子环。 （6）tRNA的三级结构是倒L型。D环和T环在L的拐角上。 15．rRNA （1）rRNA是细胞内含量最丰富的RNA，它们与核糖体蛋白共同构成核糖体，后者是蛋白质合成的场所。 （2）核糖体和rRNA一般都用沉降系数S表示大小。原核生物核糖体的沉降系数为70S，由50S和30S 两个大小亚基组成，30S小亚基含有16SrRNA和21种蛋白质。50S大亚基含有23S和5SrRNA以及 34种蛋白质。真核生物沉降系数为80S，由大小亚基组成。40S小亚基含有18SrRNA和30多种蛋 白质。60SrRNA含有5S、5.8S和28SrRNA 以及大约45种蛋白质。 16．核酶（ribozyme）：某些RNA分子能催化自身或其他RNA分子进行化学反应，即具有酶样的催化活性，这类具有催化活力的RNA称为核酶。核酶分为3类：(1) 异体催化的剪切型。（2）自体催化的剪切型（3）内含子的自我剪切型。 17．核内不均一RNA（hnRNA）：真核生物转录生成的mRNA前体即为hnRNA。这类mRNA前体必须经过一系列的加工处理才能变成成熟的mRNA。加工过程的主要环节包括：（1）5‘端加帽（2）3’端加尾（3）内含子的切除和外显子的连接（4）分子内部的甲基化修饰（5）核苷酸序列的编辑作用。 18．miRNA:是一种单链小分子RNA，广泛存在于真核生物中，是一组不编码蛋白质的短序列RNA，其特点就是高度的保守性、时序性和组织特异性。研究表明miRNA可能决定组织和细胞的功能特异性，也可能参与了复杂的基因调控，对组织的发育起重要作用。 19．siRNA：小干扰RNA。是人工合成的短的双链RNA，它可抑制细胞内特定基因的表达，导致转录后基因失