（一）生物信息学数据库
实验目的：了解生物信息学的各大门户网站,了解数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
1、分别读取人CDK4的核酸序列及蛋白质序列，保存FASTA格式序列，熟悉数据库记录的flatfile格式，看懂其中的注释。
在NCBI数据库中读取人CDK4的核酸序列，步骤入下：
（1）选择核酸输入搜索栏中，点击Search。
（2）在Top Organisms中选择人（Homo sapients）
(3)在数据库出现的数据中选择合适的核酸序列，选择FASTA可以使序列以FASTA 的格式显示出来。GenBank形式则显示该序列的详细信息。
（4）保存的FASTA格式序列如下
>gi|345525417|ref|NM_000075.3| Homo sapiens cyclin-dependent kinase 4 (CDK4), mRNA CACCTCCTGTCCGCCCCTCAGCGCATGGGTGGCGGTCACGTGCCCAGAACGTCCGGCGTTCGCCCCGCC CTCCCAGTTTCCGCGCGCCTCTTTGGCAGCTGGTCACATGGTGAGGGTGGGGGTGAGGGGGCCTCTCTA GCTTGCGGCCTGTGTCTATGGTCGGGCCCTCTGCGTCCAGCTGCTCCGGACCGAGCTCGGGTGTATGGG
(5) 在NCBI数据库中读取人CDK4的蛋白质序列，步骤入下：选择蛋白质(Protein）将CDK4输入搜索栏中，点击Search。
选择CDK4[Homo sapiens]的FASTA格式
2、2BXI练习使用Jmol浏览蛋白质的三维结构。(https://www.doczj.com/doc/c514791696.html,/)先进入PDB，再查看。
无法访问此网站
3、练习使用Pubmed文献数据库
（1）Pubmed检索运算符
逻辑与：AND；逻辑或：OR；逻辑非：NOT。注：当当一个检索表达式中同时含有三个运算符时，运算顺序从左至右，括号可以改变运算顺序。
截词符：*，一个词或字拼写出部分字母后面加上一个截词符，chem*表示用词根进行检索。
双引号：“”，表示对引号中的短语进行检索。
检索字段标识符：[tag]，tag为字段名称。[ti]，[au]，[ta]，[la]，[pt]。常用字段组成如下：
(2) Pubmed文献数据库网址如下：https://www.doczj.com/doc/c514791696.html,
（3）Pubmed文献数据库界面如下：
（4）PubMed检索方法包括：基本检索、高级检索、主题检索、其他辅助检索。
I、基本检索：
①默认检索字段为主题、作者、期刊。
在检索栏里输入关键词、词(词组)或短语，其中，带有双引号” ”作为短语检索：”cancer therapy”；带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。还可以限制检索字段如liver cancer[ti]；作者：Smith J 、Smith[au]（注2002年以后的文献如果作者有全称，可用全称）。期刊刊名：可用期刊全称：GENE THERAPY[TA]；可用期刊简称：JAMA[TA]，(The Journal of the American Medical Association)；刊名中含有特殊字符，如[]、&等，要去掉：如J HAND SURG[AM] 输入时要写成J HAND SURG AM 。截词：chemo*，复杂表达式：liver cancer AND therapy，带有摘要文献的检索：liver cancer AND has abstract
②例如：查找关于支气管扩张剂治疗儿童哮喘的引文
关键词是支气管扩张剂、哮喘、儿童。首先将关键词输入搜索栏中，然后点击Search。
检索结果如下：
II 高级检索：搜索特定领域、浏览索引术语、结合搜索历史、预览搜索结果的数量。
①搜索特定领域
点击Advanced进入高级搜索界面
使用高级搜索生成器，在一个特定的搜索领域搜索，如作者、期刊名、出版如期等。
例如：搜索原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献
、
②浏览索引术语
首先在All Fields的下拉菜单中选择限定此，如Language
然后点击其中的“—”“+”可以删除和增加限定条目。
预览搜索结果数量：使用Add to history，可以在搜索结果出现前显示找到的引文
③结合搜索历史：使用高级搜索历史，可以将搜索结果合并后再以后的查询中使用。
进入Advance高级搜索中，在中，可以看到历史搜索记录，通过点击Add，可将其合并，然后再进行搜索。
III 主题检索
点击MeSH Database打开主题检索界面。
使用MeSH数据库找到条目。包括副标题。出版类型、补充概念和药理作用，然后建立一个PubMed搜索。MeSH数据库可以通过MeSH主题词，副标题、出版类型。辅助性概念等进行搜索。
IV结果的显示、保存
①结果的显示
显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种：（1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。（2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。
使用显示设置（Display Setting）:可以改变引文格式；更改每页的条目数量；对搜索结果进行排序。
②使用发送（Send to）：可以将引文保存在一个文件中；将引文暂时保存在剪贴
板将引文永久保存在我的NCBI收藏中；E-mail引文；订购期刊文章；打印搜索结果。使用结果页面控件（esults page controls）将结果移动到另一页。
保存记录：在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。
③其他辅助功能
检索策略的存储和调用：使用My NCBI(Cubby)、首先要登记注册、保存检索策略、定期浏览新的检索结果。
全文链接：点击进入所选引文
相关文献链接：
生物信息学软件及使 刘吉平 liujiping@https://www.doczj.com/doc/c514791696.html, 用概述 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
生物信息学是一门新兴的交叉学生物信息学的概念： 科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
分析和处理实验数据和公共数据，生物信息学软件主要功能 1.2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 3.实验数据的自动化管理 4.寻找、预测新基因及其结构、功能 5.蛋白质高级结构及功能预测（三维建模，目前研究的焦点和难点） 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
功能1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间 ?核酸：序列同源性比较，分子进化树构建，结构信息分析，包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和分布、开放阅读框（ORF ），蛋白编码区（CDS ）及外显子预测、RNA 二级结构预测、DNA 片段的拼接； ?蛋白：序列同源性比较，结构信息分析（包括Motif ，限制酶切点，内部重复序列的查找，氨基酸残基组成及其亲水性及疏水性分析)，等电点及二级结构预测等等； ?本地序列与公共序列的联接，成果扩大。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Dot plot 点阵图能够揭示多个局部相似性的复杂关系 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
网络数据库应用实训报告 日期：2016年3月18日班级：物联1411 一、实训目的和要求 1、掌握采用界面方式创建、修改、删除数据库； 2、掌握采用T-SQL 语句创建、修改、删除数据库； 二、实训所需仪器、设备 硬件：计算机软件：操作系统Windows7、SQLServer2008 三、实训内容 1）在管理平台中管理数据库。 （1）创建数据库“studentsdb”。 （2）查看studentsdb数据库的属性。 （3）修改数据文件大小为2MB，指定“最大文件大小”为5MB。日志文件的大小在每次填满时自动递增5%。 （4）将studentsdb数据库的名称更改为student_db。 2）使用T-SQL 语句管理数据库 （1）使用CREATE DATABASE 创建studb数据库，然后通过系统存储过程sp_helpdb查看系统中的数据库信息。 （2）使用ALTER DATABASE 修改studb数据库的设置，指定数据文件大小为5MB，最大文件大小为20MB，自动递增大小为1MB。（3）
为studb数据库增加一个日志文件，命名为studb_Log2，大小为5MB，最大文件大小为10MB。 （4）将studb数据库的名称更改为my_studb。 （5）使用DROP DATABASE 删除my_studb数据库。 四、实训步骤 （内容说明：1.大致的操作步骤；2.参数设置） 1）在管理平台中管理数据库。 （1）数据库右击→新建数据库→数据库名称“studentsdb”； （2）数据文件→初始大小→2MB （3）数据文件→点击自动增长下的→最大文件大小→限制文件大小→5MB； （4）日志文件→点击自动增长下的→文件增长→按百分比→5% （5） studentsdb右击→属性； （6） studentsdb右击→重命名→student_db； 2）使用T-SQL 语句管理数据库 命令如下： CREATEDATABASE studb on PRIMARY ( NAME='student_db', FILENAME='C:\Program Files\Microsoft SQL Server\MSSQL10.MSSQLSERVER\MSSQL\DATA', size=4MB, MAXSIZE=20MB, FILEGROWTH=1 ) log on ( NAME='stusb_log2', FILENAME='C:\Program Files\Microsoft SQL
一、名词解释： 1.生物信息学：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。利用数学知识建立各种数学模型; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。 2.二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。 3.FASTA序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。 4.genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释；第三部分是引文区，提供了这个记录的科学依据；第四部分是核苷酸序列本身，以“//”结尾。 5.Entrez检索系统：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。 6.BLAST：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。P94 7.查询序列（query sequence）：也称被检索序列，用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。P98 8.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。P29 9.空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。P29 10.空位罚分：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。P37 11.E值：衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列（query）相匹配的随机或无关序列的概率，E值越接近零，越不可能找到其他匹配序列，E 值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小，也即相似性越能反映真实的生物学意义。P95 12.低复杂度区域：BLAST搜索的过滤选项。指序列中包含的重复度高的区域，如poly（A）。 13.点矩阵（dot matrix）：构建一个二维矩阵，其X轴是一条序列，Y轴是另一个序列，然后在2个序列相同碱基的对应位置（x，y）加点，如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线，如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线；如果完全没有相似性则不能连成直线。 14.多序列比对：通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一个总体的比对，以观察它们在结构上的异同，来回答大量的生物学问题。 15.分子钟：认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。 16.系统发育分析：通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。 17.进化树的二歧分叉结构：指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两个子分支。 系统发育图：用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图，是引入时间概念的支序图。 18.直系同源：指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，具有相似或不同的功能。（书：在缺乏任何基因复制证据的情况下，具有共同祖先和相同功能的同源基因。）
. . 《数据库原理与技术》实验报告 实验一、数据定义及更新语句练习 一、实验容 建立如下mySPJ数据库，包括S，P，J，和SPJ四个基本表(《数据库系统概论》第二章习题5中的四个表)，要现关系的三类完整性。 S(SNO,SNAME,STATUS,CITY); P(PNO,PNAME,COLOR,WEIGHT); J(JNO,JNAME,CITY); SPJ(SNO,PNO,JNO,QTY)； 二、完成情况
附上按照实验容编写的程序代码。（小四号字，宋体） 三、实验结果 1、插入一条记录 2、①将p表中的所有红色零件的重量增加5。 ②将spj表中所有供应商的QTY属性值减少10。用子查询。
3.利用Delete语句删除p表中的所有红色零件的记录。 附上各个步骤所用的实验用例与结果显示（小四号字，宋体） 四、问题与解决 （小四号字，宋体） 1 ．实验中遇到的问题及解决过程 2 ．实验中产生的错误及原因分析 首先写出执行语句不成功的时候系统报告的错误信息。然后分析错误原因，并给出解决办法。
实验二简单查询和连接查询 一、实验容 （一）完成下面的简单查询： ①查询所有“”的供应商明细； ②查询所有“红色”的14公斤以上的零件。 ③查询工程名称中含有“厂”字的工程明细。 （二）完成下面的连接查询： ①等值连接：求s表和j表的相同城市的等值连接。 ②自然连接：查询所有的供应明细，要求显示供应商、零件和工程的名称，并按照供应、工程、零件排序。 ③笛卡尔积：求s和p表的笛卡尔积。 ④左连接：求j表和spj表的左连接。 ⑤右连接：求spj表和j表的右连接。 二、完成情况 （一）完成下面的简单查询： ①查询所有“”的供应商明细； ②查询所有“红色”的14公斤以上的零件。
1.计算生物信息学（Computational Bioinformatics）是生命科学与计算机科学、数理科学、化学等领域相互交叉而形成的一门新兴学科，以生物数据作为研究对象，研究理论模型和计算方法，开发分析工具，进而达到揭示这些数据蕴含的生物学意义的目的。 2.油包水PCR (Emulsion PCR) : 1) DNA片段和捕获磁珠混合; 2) 矿物油和水相的剧烈震荡产生油包水环境; 3) DNA片段在油包水环境中扩增;4) 破油并富集有效扩增磁珠。 3.双碱基编码技术：在测序过程中对每个碱基判读两遍，从而减少原始数据错误，提供内在的校对功能。代表测序方法：solid 测序。 4.焦磷酸测序法：焦磷酸测序技术是由4种酶催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应,适于对已知的短序列的测序分析,其可重复性和精确性能与SangerDNA测序法相媲美,而速度却大大的提高。焦磷酸测序技术不需要凝胶电泳,也不需要对DNA样品进行任何特殊形式的标记和染色,具备同时对大量样品进行测序分析的能力。在单核苷酸多态性、病原微生物快速鉴定、病因学和法医鉴定研究等方面有着越来越广泛的应用。例如：454测序仪 ：用蛋白质序列查找核苷酸序列。 :STS是序列标记位点（sequence-tagged site）的缩写，是指染色体上位置已定的、核苷酸序列已知的、且在基因组中只有一份拷贝的DNA短片断，一般长200bp －500bp。它可用PCR方法加以验证。将不同的STS依照它们在染色体上的位置依次排列构建的图为STS图。在基因组作图和测序研究时，当各个实验室发表其DNA测序数据或构建成的物理图时，可用STS来加以鉴定和验证，并确定这些测序的DNA片段在染色体上的位置；还有利于汇集分析各实验室发表的数据和资料，保证作图和测序的准确性。 :表达序列标签技术（EST，Expressed Sequence Tags）EST技术直接起源于人类基因组计划。 ：生物信息学数据库。UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因。 :开放阅读框（ORF，open reading frame )是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列，不能被终止子打断。编码一个蛋白质的外显子连接成为一个连续的ORF。 10.分子钟检验：只有分子钟的，没听过分子钟检验。一种关于分子进化的假说，认为两个物种的同源基因之间的差异程度与它们的共同祖先的存在时间(即两者的分歧时间)有一定的数量关系
1.利用图形用户界面创建，备份，删除和还原数据库和数据表（50分，每小题5分） ●数据库和表的要求（第五版教材第二章习题 6 要求的数据库） 数据库名：SPJ，其中包含四张表：S表, P表, J表, SPJ表 ●完成以下具体操作： (1)创建SPJ数据库，初始大小为 10MB，最大为50MB，数据库自动增长，增长方 式是按5％比例增长；日志文件初始为2MB，最大可增长到5MB，按1MB增长。 数据库的逻辑文件名和物理文件名均采用默认值。 (2)在SPJ数据库中创建如图2.1-图2.4的四张表(只输入一部分数据示意即可)。 S表： P表： J表： SPJ表：
(3)备份数据库SPJ（第一种方法)：备份成一个扩展名为bak的文件。（提示： 最好先删除系统默认的备份文件名，然后添加自己指定的备份文件名） (4)备份数据库SPJ（第二种方法)：将SPJ数据库定义时使用的文件(扩展名为 mdf,ldf的数据文件、日志文件等)复制到其他文件夹进行备份。 原位置: 新的位置： (5)删除已经创建的工程项目表(J表)。 (6)删除SPJ数据库。（可以在系统默认的数据存储文件夹下查看此时SPJ数据 库对应的mdf,ldf文件是否存在） 删除过后文件不存在 (7)利用备份过的bak备份文件还原刚才删除的SPJ数据库。（还原数据库）
(8)利用备份过的mdf,ldf的备份文件还原刚才删除的SPJ数据库。（附加） (9)将SPJ数据库的文件大小修改为100MB。 (10)修改S表，增加一个联系电话的字段sPhoneNo，数据类型为字符串类 型。 2.利用SQL语言创建和删除数据库和数据表（50分，每小题5分） ●数据库和表的要求 数据库名：Student，其中包含三个表：S：学生基本信息表；C：课程基本信息表；SC：学生选课信息表。 ●完成以下具体操作： (1)用SQL语句创建如图2.5-图2.7要求的数据库Student，初始大小为20MB， 最大为100MB，数据库自动增长，增长方式是按10M兆字节增长；日志文件初
《数据库系统原理》实验报告 专业：＿＿＿信息安全＿＿＿＿ 班号：＿＿＿＿＿＿＿ 学号：＿＿＿＿＿＿ 姓名：＿＿＿＿＿＿＿＿ 实验日期：＿＿＿＿＿＿＿＿＿ 上机地点：＿＿＿＿＿＿＿＿＿ 实验环境： 报告日期：2012年 4月26日
一、实验内容、过程及完成情况（必须有所用的SQL 语句、语句执行效果） 1、第三章习题3（P127）：用SQL语句建立第二章习题5 （P74）中四个表，创建的基本表应考虑数据完整性 （1）打开cmd，进入mysql.exe文件所在的文件夹。 然后以用户名root密码123456登录。 如下图所示 图1 （2）执行创建数据库语句：create database mytest1; 然后执行语句：show databases查看库，发现mytest1库建立成功。 如下图所示 图2
（3）选择数据库mytest1，然后执行创建表S的语句：CREATE TABLE S ( SNO CHAR(2), SNAME VARCHAR(8), STATUS SMALLINT, CITY VARCHAR(8), PRIMARY KEY （SNO） ); 如下图所示 图3 （4）执行语句describe S; 显示表S的结构。如下图所示 图4 （5）在mytest1中，执行创建表P的语句： CREATE TABLE P( PNO CHAR(2), PNAME VARCHAR(8), COLOR CHAR(2), WEIGHT SMALLINT, PRIMARY KEY (PNO) ); 如下图所示
图5 （6）显示表P的结构，如下图所示 图6 （7）在mytest1中，执行创建表J的语句：CREATE TABLE J( JNO CHAR(2), JNAME VARCHAR(8), CITY VARCHAR(8), PRIMARY KEY (JNO) ); 如下图所示 图7 （8）显示表J的结构，如下图所示
1.使用系统存储过程(sp_rename)将视图“V_SPJ”更名为“V_SPJ_三建”。（5分） exec sp_rename v_spj, v_spj_三建; 2.针对SPJ数据库，创建并执行如下的存储过程：（共计35分） (1)创建一个带参数的存储过程—jsearch。该存储过程的作用是：当任意输入一个工 程代号时，将返回供应该工程零件的供应商的名称(SNAME)和零件的名称(PNAME) 以及工程的名称(JNAME)。执行jsearch存储过程，查询“J1”对应的信息。（10 分） create proc jsearch @jno char(2) as select sname, pname, jname from s,p,j,spj where s.sno=spj.sno and p.pno=spj.pno and j.jno=spj.jno and spj.jno=@jno; 执行： exec jsearch 'J1'
(2)使用S表，为其创建一个加密的存储过程—jmsearch。该存储过程的作用是：当执 行该存储过程时，将返回北京供应商的所有信息。（10分） 创建加密存储过程： create proc jmsearch with encryption as select * from s where s.city='北京'; sp_helptext jmsearch; (3)使用系统存储过程sp_helptext查看jsearch, jmsearch的文本信息。（5分） 用系统存储过程sp_helptext查看jsearch： exec sp_help jsearch; exec sp_helptext jsearch;
一、搜索生物信息学数据库或者软件 数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。 核酸序列数据库有GenBank，EMBL，DDB等，核酸序列是了解生物体结构、功能、发育和进化的出发点。国际上权威的核酸序列数据库有三个，分别是美国生物技术信息中心（NCBI）的GenBank ，欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank（简称EMBL），日本遗传研究所的DDBJ 蛋白质序列数据库有SWISS-PROT，PIR，OWL，NRL3D，TrEMBL等， 蛋白质片段数据库有PROSITE，BLOCKS，PRINTS等， 三维结构数据库有PDB，NDB，BioMagResBank，CCSD等， 与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP，CATH，FSSP，3D-ALI，DSSP等， 与基因组有关的数据库还有ESTdb，OMIM，GDB，GSDB等， 文献数据库有Medline，Uncover等。 另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。
生物信息学数据库覆盖面广，分布分散且格式不统一, 因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务，如EBI的SRS(Sequence Retrieval System)包含了核酸序列库、蛋白质序列库，三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具，用户可以进行多个数据库的多种查询。 二、搜索生物信息学软件 生物信息学软件的主要功能有： 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间； 提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验；寻找、预测新基因及预测其结构、功能； 蛋白高级结构预测。 如：核酸序列分析软件BioEdit、DNAClub等；序列相似性搜索BLAST；多重系列比对软件Clustalx；系统进化树的构建软件Phylip、MEGA等；PCR 引物设计软件Primer premier6.0、oligo6.0等；蛋白质二级、三级结构预测及三维分子浏览工具等等。 NCBI的网址是：https://www.doczj.com/doc/c514791696.html,。 Entrez的网址是：https://www.doczj.com/doc/c514791696.html,/entrez/。 BankIt的网址是：https://www.doczj.com/doc/c514791696.html,/BankIt。 Sequin的相关网址是：https://www.doczj.com/doc/c514791696.html,/Sequin/。 数据库网址是：https://www.doczj.com/doc/c514791696.html,/embl/。
数据库实验报告 集团文件版本号：（M928-T898-M248-WU2669-I2896-DQ586-M1988）
课程名称：数据库原理与应用 实验内容：数据库安全性管理 作者所在系部：网络工程系 作者所在专业：网络工程 作者所在班级： B13521 作者姓名：李文阳 作者学号： 指导教师姓名：王振夺 北华航天工业学院教务处制 实验四数据库安全性管理 一、实验目的 1、理解数据库的安全性机制； 2、掌握SQL Server 2005的验证模式、登录管理、用户管理、角色 管理以及权限管理； 二、实验内容 （一）附加上次实验所创建的数据库“db_Library”，并回顾该库的数据表信息。 （二）设置SQL Server的安全验证模式，并以两种方式尝试登录。
（三）登录账户管理 1、以管理员身份登录SQL Server，修改sa的密码。 2、使用SQL语句创建一个SQL Server登录账户，账户名为你的名字拼音，密码自定义。创建完成后，以该账户来进行登录。 3、使用SQL语句来修改上述登录账户的密码。 4、禁用上述登录账户连接SQL Server，并进行验证。 （四）数据库用户管理 1、使用SQL语句添加db_Library数据库用户User2，其登录账户为上题所创建的SQL Server登录账户，使用默认dbo架构，并赋予该用户能够运行Select语句的权限。 （五）权限管理 1、使用SSMS将创建数据表和创建视图的权限授予User2。 2、使用SQL语句将对db_Library数据库中图书信息表的查询、插入、以及对书名和作者列的修改权限授予用户User2。 3、使用SSMS收回User2创建数据表和创建视图的权限。 4、使用SQL语句收回User2修改书名和作者列的权限。 （六）删除上述所建立的数据库用户以及登录账户。 三、实验步骤 主要实现的SQL语句。 使用T-SQL语句创建一个SQL Server登录账户，账户名为你的名字拼音，密码自定义。创建完成后，以该账户来进行登录。
. 西安科技大学 《数据库原理及应用》课程设计报告 题目：寄宿学校管理信息系统的设计与实现 学院：计算机科学与技术学院 专业及班级：软件工程1202及1203班 学号：1208010206 1208010207 1208010303 姓名：李倩魏楠楠王青枝 日期：2014年7月9日
目录 1课程设计目的及意义 (2) 2设计内容及人员分工 (2) 3 需求分析 (2) 3.1 需求陈述 (2) 3.2 功能需求 (2) 3.3 数据需求 (3) 3.4 其它需求 (3) 4 数据库设计 (3) 4.1概念结构设计 (3) 4.2逻辑结构设计 (4) 4.3数据表结构设计 (4) 5 系统功能设计 (6) 6 系统实现 6.1 开发环境 (7) 6.2 数据库的创建与连接技术 (7) 4.3 主要功能的运行结果及代码 (9)
7 总结 (13) 参考文献 (13) 1、课程设计的目的和意义 课程设计目的：通过本课程设计，培养学生具有C/S模式的数据库应用软件系统的 设计和开发能力；熟练掌握SQL Server数据库的使用，熟练掌握使用VC、VB或其它开发工具开发数据库应用的能力；为毕业设计打下坚实的基础。学生根据所学的数据库原理与程序设计的知识, 通过对一个实际问题的分析,设计与实现,将原理与应用相结合,使学生学会如何把书本上学到的知识用于解决实际问题,培养学生的动手能力；另一方面,使学生能深入理解和灵活掌握教学内容。 课程设计的意义：通过对这个系统的设计，让我们更加熟悉SQL Sever 2008的相关操 作，也巩固了这学期学习的数据库的一些知识，让我们更懂得数据库的重要性无论是在生活中，还是在软件的设计和制作过程中。让我们学会了数据库的设计，经历了数据库设计的几个阶段，比如需求分析，概念结构设计，逻辑结构的设计，都让我们努力的去想，去做，懂得数据库的优化，想想怎么做才是最好的。做出一个比较满意的数据库设计。 2、设计内容及人员分工 魏楠楠：数据库的需求分析，概念设计 王青枝：数据库逻辑设计，表结构设计 李倩：数据库触发器创建实现 3、需求分析 3.1 需求陈述： 某寄宿学校需要开发一个信息管理系统，通过该管理系统可以对学生的日常事务进行管理： 校长助理：可以对学生的档案进行管理，可以进行新增、删除、查询、修改等操作。 财务人员：进行每月的收费和退费工作，每个学生的每月费用包括住宿费，伙食费220，在6-8月收取空调费20，在11-2月收取取暖费20，每个学期的开学初（3月、9月）收取书本费（不定）。住宿费分三种情况：双职工的子女为60，单职工的子女80元，父母均不在本单位工作为100元。每个班的老师在每天要申报本班学生的出勤表，由校长助理完成
南华大学计算机科学与技术学院 实验报告 （2013 ~2014 学年度第二学期） 课程名称:数据库原理与技术实验名称:认识DBMS 姓名：学号： 专业：软件工程班级：2班 地点：教师：刘征海
实验一认识DBMS 一、实验要求 1、利用管理工具创建数据库、表和表间关系 (1) 利用SQL Server Management Studio 创建数据库，名称为【学生选课YYXXXX】。其中YY为专业代号，计算机为JS，软件工程为RJ，网络为WL，数媒为SM；XXXX为各位同学的学号中的最后四位 (2) 在【学生选课YYXXXX】中建立数据表，表的定义如下所示。 学生YYXXXX(学号，姓名，性别，出生日期，院系名称，备注)； 课程YYXXXX(课程号，课程名，先行课，学分)； 选修YYXXXX(学号，课程号，分数)。 要求定义每张表的主码，为属性选择合适的数据类型，决定是否允许为空， 为【性别】和【学分】属性定义默认值。 (3) 定义表之间的关系。 (4) 分别为表录入几行数据记录，同时练习数据的修改和删除操作。
1）实验操作过程截图如下：
2、利用SQL 语句创建数据库、表和表间关系 在SQL Server Management Studio 中新建查询，实现以下操作。 (1) 用SQL 语句创建数据库，名称为“StudentCourseYYXXXX”。其中YYXXXX 为各位同学的学号中的最后四位。 (2) 用SQL 语句创建StudentCourseYYXXXX 中的3 张表，同时指定主码、外码、默认值等。 (3) 比较“学生选课YYXXXX”和StudentCourseYYXXXX 两个数据库是否一致。 二、实验代码及操作结果显示 新建数据库： create database StudentCourseRJ0214 新建StudentsRJ0214表： create table StudentsRJ0214( Sno nchar(10) primary key, Sname nchar(10) not null, Ssex nchar(10) , Sbirthday date , Sdept nchar(10) , Memo nchar(10) ) 新建CoursesRJ0214表： create table CoursesRJ0214( Cno nchar(10) ,
《数据库管理系统》实验报告2010/2011学年第2学期 实验项目：认识DMBS系统 班级： 学生：（学号） 地点：经管院A 实验室 机器号：rlzy17 指导教师： 时间：2012 年 3 月15 日 经济管理学院信息管理教研室
实验要求: 将实验成果文件压缩，以<班级>_<学号>_<实验X>.RAR文件形式交付指导老师，需包含对作品的说明文件。 １．记录实验内容 ２．总结分析实验中的收获心得 教师 评语 一、实验内容和步骤：（描述实验的主要内容和关键步骤，记录屏幕截图） 1.使用企业管理器，创建用户自己的专用数据库（用完整学号命名） 企业管理器是SQL Server 主要的管理工具，它是SQL Server中用户用得最多的一个工具，也是SQL Server提供的用户管理界面。它提供了简单易用的管理控制台(MMC)用户界面，使初学者可以通过菜单和向导的模式建立数据库、定义数据表、备份和还原、数据导入导出、以及管理用户权限和数据库安全级别等高级功能。在这里，用户可以以图形化方式管理所能访问的全部SQL 服务器，包括数据库（Database）、数据装换服务(Data Transformation Services)、管理(Managerment)、安全(Security)等管理. 1）在本地磁盘创建一个数据库（用学号240103817命名），有一个数据文件和日志文件，将文件名称分别命名为240103817和240103817_log，物理名称命名为240103817_data.mdf 和240103817_log.ldf，初始大小都为3MB，增长方式分别为10%和1MB，数据文件最大为500MB，日志文件大小不受限制。
滨江学院 题目数据库实验报告（一） 学生姓名 学号 系部电子工程系 专业通信工程 指导教师林美华 二Ｏ一三年十二月十八日
实验一数据库的定义实验 本实验需要2学时。 一、实验目的 要求学生熟练掌握和使用SQL、SQL Server企业管理器创建数据库、表、索引和修改表结构，并学会使用SQL Server 查询分析器接收语句和进行结果分析。 二、实验内容 1 创建数据库和查看数据库属性。 2 创建表、确定表的主码和约束条件。为主码建索引。 3 查看和修改表结构。 4 熟悉SQL Server企业管理器和查询分析器工具的使用方法。 三、实验步骤 1 基本操作实验 (1) 使用企业管理器按教材中的内容建立图书读者数据库。 （2）在企业管理器中查看图书读者数据库的属性，并进行修改，使之符合要求。 （3）通过企业管理器，在建好的图书借阅数据库中建立图书、读者和借阅3个表，其结构为； 图书（书号,类别,,作者,书名,定价,作者）. 读者(编号，,单位,性别,)． 借阅(书号,读者编号,借阅日期) 要求为属性选择合适的数据类型，定义每个表的主码.是否允许空值和默认值等列级数据约束。 （4）在企业管理器中建立图书、读者和借阅3个表的表级约束．每个表的主码约束．借阅表与图书表间、借阅表与读者表之间的外码约束，要求按语义先确定外码约束表达式．再通过操作予以实现．实现借阅表的书号和读者编号的惟一性约束：实现读者性别只能是“男”或“女”的Check(检查)约束。 2 提高操作实验 (一) 将教材中用SQL描述的建立学生--课程操作．在SQL Server企业管理器中实现。库中表结构为： 学生（学号,,年龄,性别,所在系）． 课程（课程号,课程名,先行课）． 选课（学号,课程号,成绩） 要求: 1)建库、建表和建立表间联系。， 2)选择合适的数据类型。 3)定义必要的索引、列级约束和表级约束． 四、实验方法 l创建数据库 （1）使用企业管理器创建数据库的步骤 1)从“开始”菜单中选择；“程序”“Microsoft SQL2000”“企业管理器”.
网络数据库应用实训报告 日期：2016 年3月18 日班级：物联1411 一、实训目的和要求 1、掌握采用界面方式创建、修改、删除数据库； 2、掌握采用T-SQL 语句创建、修改、删除数据库； 二、实训所需仪器、设备 硬件：计算机软件：操作系统Windows7、SQLServer2008 三、实训内容 1）在管理平台中管理数据库。 （1）创建数据库“studentsdb”。 （2）查看studentsdb 数据库的属性。 （3）修改数据文件大小为2MB，指定“最大文件大小”为5MB。日志文件的大小在每次填满时自动递增5%。 （4）将studentsdb 数据库的名称更改为student_db。 2）使用T-SQL 语句管理数据库 （1）使用CREATE DATABASE 创建studb 数据库，然后通过系统存储过程sp_helpdb 查看系统中的数据库信息。 （2）使用ALTER DATABASE 修改studb 数据库的设置，指定数据文件大小为5MB，最大文件大小为20MB，自动递增大小为1MB。
（3）为studb 数据库增加一个日志文件，命名为studb_Log2，大小为5MB，最大文件大小为10MB。 （4）将studb 数据库的名称更改为my_studb。 （5）使用DROP DATABASE 删除my_studb 数据库。 四、实训步骤 （内容说明：1.大致的操作步骤；2.参数设置） 1）在管理平台中管理数据库。 （1）数据库右击→新建数据库→数据库名称“studentsdb”； （2）数据文件→初始大小→2MB （3）数据文件→点击自动增长下的→最大文件大小→限制文件大小→5MB； （4）日志文件→点击自动增长下的→文件增长→按百分比→5% （5） studentsdb右击→属性； （6） studentsdb右击→重命名→student_db； 2）使用T-SQL 语句管理数据库 命令如下： CREATE DATABASE studb on PRIMARY ( NAME='student_db', FILENAME='C:\Program Files\Microsoft SQL Server\MSSQL10.MSSQLSERVER\MSSQL\DATA', size=4MB, MAXSIZE=20MB, FILEGROWTH=1 ) log on ( NAME='stusb_log2', FILENAME='C:\Program Files\Microsoft SQL
生物信息学复习题 一、名词解释 生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoring matrix），空位（gap），空位罚分，E 值, 低复杂度区域，点矩阵（dot matrix），多序列比对，分子钟，系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致 树（consensus tree），bootstrap，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codon bias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif），序列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept， 折叠子，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，Gene Ontology Consortium，表谱（profile）。 二、问答题 1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系 2）试述生物信息学研究的基本方法。 3）试述生物学与生物信息学的相互关系。 4）美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主要工作是什么请列举3个以上NCBI 维护的数据库。 5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系 6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途 什么 7）简述BLAST搜索的算法。 8）什么是物种的标记序列 9）什么是多序列比对过程的三个步骤 10）简述构建进化树的步骤。 11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。 12）简述邻接法（NJ）的算法思想。 13）简述最大简约法（MP）的算法思想。 14）简述最大似然法（ML）的算法思想。 15）UPGMA构树法不精确的原因是什么 16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其 含义。 17）试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18）如何用BLAST发现新基因 19）试述SCOP蛋白质分类方案。 20）试述SWISS-PROT中的数据来源。 21）TrEMBL哪两个部分 22）试述PSI-BLAST 搜索的5个步骤。 三、操作与计算题 1）如何获取访问号为U49845的genbank文件解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息： LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999 2）利用Entrez检索系统，对核酸数据搜索，输入如下信息，将获得什
数据库实验报告
数据库原理及应用（本科）实验指导书 -计算机信息教研室- 二○一二年五月 精心整理，用心做精品0
目录 实验1 创建数据库与数据表 (2) 实验2 简单查询和连接查询 (10) 实验3 嵌套查询和集合查询 (12) 实验4 数据完整性 (14) 精心整理，用心做精品1
时间：机房号：得分： 实验1 创建数据库与数据表 实验目的： 1．熟悉SQL SERVER环境； 2．掌握数据库和数据表的创建和删除，实践SQL的CREATE、ALTER 和DROP命令； 3．掌握数据表的创建和数据记录的插入方法。 实验内容： 1. 创建教学管理“JXGL”数据库，并建立学生STUDENT、课程COURSE 和选修SC三个数据表，各表中的数据如下所示： 学生STUDENT： Sno Sname Ssex Sage Sdept 95001 李勇M 20 CS 95002 刘晨 F 19 IS 95003 王敏 F 18 MA 95004 张立M 18 IS 课程COURSE： Cno Cname Cpno Ccredit 1 数据库 5 4 2 数学 2 3 信息系统 1 4 4 操作系统 6 3 5 数据结构7 4 6 数据处理 2 精心整理，用心做精品2
7 C语言 6 4 选修SC： Sno Cno Grade 95001 1 92 95001 2 85 95001 3 88 95002 2 90 95002 3 80 2. 创建供应系统“GYXT”数据库，其中包括供应商表S、零件表P、工程项目表J和供应情况表SPJ四个数据表，各表中数据如下所示。 供应商S： SNO SNAME CITY S1 精益天津 S2 万胜北京 S3 东方北京 S4 丰泰隆上海 S5 康健南京 零件P： PNO PNAME COLOR WEIGHT P1 螺母红12 P2 螺栓绿17 P3 螺丝刀蓝14 P4 螺丝刀红14 P5 凸轮蓝40 P6 齿轮红30 工程项目J： JNO JNAME CITY J1 三建北京 J2 一汽长春 J3 弹簧厂天津 J4 造船厂天津 精心整理，用心做精品3
数据库实验报告姓名学号
目录 一．实验标题：2 二．实验目的：2 三．实验内容：2 四．上机软件：3 五．实验步骤：3 （一）SQL Server 2016简介3（二）创建数据库 4 （三）创建数据库表 7（四）添加数据17 六．分析与讨论： 19
一．实验标题： 创建数据库和数据表 二．实验目的： 1.理解数据库、数据表、约束等相关概念； 2.掌握创建数据库的T-SQL命令； 3.掌握创建和修改数据表的T-SQL命令； 4.掌握创建数据表中约束的T-SQL命令和方法； 5.掌握向数据表中添加数据的T-SQL命令和方法三．实验内容： 1.打开“我的电脑”或“资源管理器”，在磁盘空间以自己的姓名或学号建立文件夹； 2.在SQL Server Management Studio中，使用create database命令建立“学生-选课”数据库，数据库文件存储在步骤1建立的文件夹下，数据库文件名称自由定义； 3.在建立的“学生-选课”数据库中建立学生、课程和选课三张表，其结构及约束条件如表所示，要求为属性选择合适的数据长度； 4.添加具体数据；
四．上机软件： SQL Server 2016 五．实验步骤： （一）SQL Server 2016简介 1.SQL Server 2016的界面 2.启动和退出SQL Server 2016 1)双击图标，即出现SQL Server2016的初始界 2)选择“文件”菜单中的“退出”命令，或单击控制按钮中的“×”即可 注意事项： 1.在退出SQL Server 2016之前，应先将已经打开的数据库进行保存， 2.如果没有执行保存命令，系统会自动出现保存提示框，根据需要选择相应的操作
实验成绩 《数据库系统原理及应用》实验报告 实验一 SQL Server数据库和表 专业班级：软件1402 姓名魏振方学号201416920306 完成时间：2016.10.17_ 一、实验目的 熟悉SQL Server Management Studio（SSMS）的工作环境；掌握图形化和命令建立数据库的两种方法；熟练掌握T-SQL语句创建、修改和删除表；熟练掌握T-SQL语句插入、修改和删除表数据 二、实验内容及要求 1. 采用图形化方式创建学生—课程数据库，要求： 1) 使用SSMS创建测试数据库test，数据文件初始大小为5MB，最大大小50MB，按5MB增长；日志文件初始为2MB，最大可增长到10MB，按2MB增长；其余参数取默认值。 2.以下操作全部采用命令即T-SQL语句进行 1）用T-SQL语句删除创建的数据库test。 2) 用T-SQL语句创建数据库stu,所有选项取默认值。 3）在stu数据库中创建三个表，关系模式如下所示： 学生表：Student(Sno,Sname,Ssex,Sage,Sdept) 课程表：Course(Cno,Cname,Cpno,Ccredit)，其中Cpno为外码 学生选课表：SC(Sno,Cno,Grade)，其中Sno为外码，Cno为外码 3.用图形化的方式向student、course和sc表添加记录,每个表至少5条记录 4.用T-SQL语句分别对三张表执行增删改操作，操作例子自己设计 三、实验步骤和结果
1、使用SSMS创建测试数据库test，数据文件初始大小为5MB，最大大小50MB，按5MB 增长；日志文件初始为2MB，最大可增长到10MB，按2MB增长；其余参数取默认值 图 1 2、用T-SQL语句删除创建的数据库test。 T-SQL语句： USE master GO drop database test; 图 2 3、用T-SQL语句创建数据库stu,所有选项取默认值。 T-SQL语句：create database stu;