第1章 UG NX 6操作基础
Unigraphics （简称UG）是美国Siemens公司推出的一套集CAD/CAE/CAM为一体的三维机械设计平台，也是当今世界广泛应用的计算机辅助设计、分析和制造的软件之一，广泛应用于汽车、航空航天、机械、消费产品、医疗器械和造船等行业，它为制造行业产品开发的全过程提供可靠的解决方案，功能涉及概念设计、工程设计、性能分析以及制造加工等。
UG NX 6入门基础
常用工具
文件操作
对象操作
坐标系操作
视图和布局
图层操作
表达式语言
【表达式】对话框
部件间的表达式
台灯的染色
拨盘的生成
凸台形零件的建立
本章要点本
章案例
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1.1 UG NX 6入门基础
1.1.1 UG 软件的特点及模块介绍
UG 是美国Siemens 公司推出的一套集CAD/CAM/CAE 于一体的软件系统，是
当今世界上最先进的计算机辅助设计、分析和制造软件之一，它的功能覆盖了从概念设计到产品生产的整个过程，并且广泛地运用在汽车、航天、模具加工及设计和医疗器械行业等方面。它提供了强大的实体建模技术和高效的曲面建构能力，能够完成最复杂的造型设计，与装配功能、2D 出图功能、模具加工功能及
PDM 之间的紧密结合，使UG 在工业界成为一套无可匹敌的高级CAD/CAM 软件系统。CAD 功能实现了目前制造行业中常规的工程分析、设计和绘图功能的自动化。用户能够方便地绘制出任何复杂的实体以及造型特征。UG 的各项功能都是通过各自的应用模块来实现的，这些功能模块都可以在【开始】菜单中找到，如图1-1所示。下面对UG NX 6软件的几个主要应用模块以及功能作简单介绍。
图1-1 【开始】菜单
1．基本环境
基本环境是启动UG 运行的第一个模块，是其他应用模块的公共运行平台。它支持打开已存的部件文件、建立新的部件文件、绘制工程图以及输入、输出不同格式的文件等操作，也提供图层控制、视图定义和屏幕布局、表达式和特征查询、对象信息和分析、显示控制和隐藏以及再现对象等操作。
2．建模模块
实体建模集成了基于约束的特征建模和显性几何建模两种方法，提供符合建模的方案，使用户能够方便地建立二维和三维线框模型、扫描和旋转实体、布尔运算及其表达式。实体建模是特征建模和自由形状建模的必要基础。
特征建模提供对建立和编辑标准设计特征的支持，常用的体素建模方法包括圆
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柱、圆锥、球、圆台、凸垫及孔、键槽、腔体、倒圆和倒角等。为了基于尺寸和位置的尺寸驱动编辑以及参数化定义特征，特征可以相对于任何其他特征或对象定位，也可以被引用复制，以建立特征的相关集。
自由形状建模能够进行复杂曲面和实体模型的设计，它是实体建模和曲面建模技术功能的合并，包括沿曲线的扫描、用一般二次曲线创建二次曲面体以及在两个或更多的实体间用桥接的方法建立光滑曲面，也可以采用逆向工程，通过曲线/点网格定义曲面，通过点拟合建立模型，还可以通过修改曲线参数或通过引入数学方程控制和编辑模型。
用户定义的特征提供一种交互方法，使用户基于自定义特征的概念去捕捉和存储部件，还可以利用一个已存在的参数化实体模型定义特征变量、建立参数间关系以及设置默认值等。
3．装配建模
3
装配建模是用于产品的模拟装配，支持“由底向上”和“由顶向下”的装配方法。装配建模的主模型可以在总装配的上下文中设计和编辑，组件以逻辑对齐、贴合和偏移等方式被灵活地配对或定位，改进了性能并减少了存储的需求。参数化的装配建模可以为描述组件间的配对关系，以及部件之间共享建模参数，是产品开发的并行工作。
4．制图模块
制图模块是用实体模型自动生成平面工程图，也可以利用曲线功能绘制平面工程图。在模型上的改变，工程图将被自动更新。制图模块提供自动的视图布局（包括基本视图、剖视图、向视图和细节视图等），可以自动或手动标注尺寸，还可以自动绘制剖面线、形位公差和表面粗糙度标注等。利用装配模块创建的装配信息可以方便地建立装配图，包括快速地建立装配图剖视图和爆炸图等。
1.1.2 UG 产品设计概述
UG 公司于1991年并入美国EDS 公司，它集成了美国航空航天和汽车工业的经验，成为机械集成化CAD/CAE/CAM 主流软件之一，是知识驱动自动化技术领域中的领先者，实现了设计优化技术与基于产品和过程的知识工程的结合，UG 具有以下优势：
（1）UG 是一个完全参数化软件，为零部件的系列化建模、装配和分析提供基础支持。
（2）UG 为机械设计、模具设计以及电器设计单位提供一套完整的设计、分析和制造方案。
（3）UG 可以管理CAD 数据以及整个产品开发周期中所有相关数据，实现逆向工程和并行工程等先进设计方法。
（4）UG 可以创建包括自由曲面在内的复杂模型，有强大的装配功能，并在
轻松上手
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装配模块中运用了引用集的设计思想。
1.1.3 UG NX 6工作环境及设置
本节介绍UG 的主要工作界面及各部分功能，了解这些部分的位置和功能之后才能有效地进行设计工作。UG NX 6主工作区如图1-2所示，包括标题栏、菜单栏、工具栏、工作区、快捷菜单、资源栏、坐标系、提示栏、状态栏等。
图1-2 UG 工作环境
标题栏
标题栏用来显示软件名称、版本号以及当前的模块和文件名等信息，如果对部件已经做了修改，但还没进行保存，其后面还会显示“（修改的）”提示信息。
菜单栏
菜单栏包括了本软件的主要功能，直接显示在图形窗口顶部标题栏下。菜单栏选项被称为菜单标题，每一项对应一个UG NX 6的功能类别。它们分别是【文件】菜单、【编辑】菜单、【视图】菜单、【插入】菜单、【格式】菜单、【工具】菜单、【装配】菜单、【信息】菜单、【分析】菜单、【首选项】菜单、【窗口】菜单和【帮助】菜单。每个菜单中会显示所有与该功能有关的命令，如图1-3所示。有些命令在菜单中并不显现，可到相应的工具栏中查找。
工具栏
UG NX 6有很多工具栏，当启动默认设置时，系统只显示其中的几个，工具栏是一行图标，每个图标代表一个功能。工具栏与菜单中的命令相对应，执行相同的功能，可以使用户避免在菜单栏中查找命令的繁琐，方便操作。UG 各功能模块提供了许多使用方便的工具栏，用户还可以根据自己的需要及显示屏的大小对工具栏
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图标按钮进行设置。
工作区
工作区是绘图的主区域。
对话框、提示栏与状态栏
在UG中选择一个菜单命令或单击某个图标按钮时，会弹出相应的对话框，有
的对话框还存在多个下级对话框。这些对话框一般用来设置参数、输入文本或执行
某项功能等。大多数对话框底部有【确定】、【应用】和【取消】按钮，例如【边倒
圆】对话框中各按钮的含义说明如图1-4所示。
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图1-3 【文件】菜单图1-4【边倒圆】对话框
提示栏默认在界面的左上方，显示关于当前选项期待输入的提示信息，这些信息指示下一步需要采取的动作。
状态栏默认在界面的右上方，用于显示系统状态及功能执行情况。在执行某项功能时，其执行结果会显示在状态栏中。
在执行各种功能操作时，应注意提示栏和状态栏中的相关信息。通过这些信息可以知道下一步应如何进行操作及相关操作的结果，以便作出正确的选择。
坐标系
UG中的坐标系分为工作坐标系（WCS）和绝对坐标系（ACS），其中工作坐标系是用户在建模时直接应用的坐标系。
快捷菜单
快捷菜单在工作区中右击鼠标即可打开，其中含有一些常用命令及视图控制命令，可以方便绘图工作。
1.1.4 鼠标及快捷键的应用
1．鼠标的用法
标准鼠标键包括鼠标左键、鼠标中键和鼠标右键。鼠标各键的常用功能如
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表1-1所示。
表1-1 鼠标的常用功能
鼠 标 按 键
用 途
左键 选择和拖动对象
中键
操作中的“确定”。在窗口图形中按住中键不放，即可旋转视图 在窗口图形中的右键 显示快捷菜单，也是用左键选择的对象的动作信息
在图标或在一对话框中选项菜单上的鼠标箭头
显示图标或选项标记
2．快捷键的使用
在UG NX 6工作环境中，用户除了可以用鼠标操作以外，还可以使用键盘上
的按键来进行系统的操作与设置。用户使用这些键是为了加速操作，提高效率，各命令的快捷键都在菜单命令的后面加了标识符。例如，【Ctrl+N 】就是常用的快捷键，其功能是新建文件。
【Enter 】键：在对话框中代表【确定】按钮。
箭头键：在单个显示框内移动光标到单个的单元，如菜单项的各命令。 【Tab 】键：用于光标位置切换。它以对话框中的分隔线为界，每按一次
【Tab 】键，系统就会自动以分隔线为准，将光标往下循环切换。
1.2 常 用 工 具
1.2.1 工具栏的概述
工具栏是一行图标，每个图标代表一个功能，是为快速访问常用的操作而设计的，这样可以使用户避免在菜单栏中查找命令的繁琐，方便操作。在模块应用中，为了使用户有较大的图形窗口，所以在默认状态下只显示一些常用的工具栏及其常用的图标，而不是显示所有工具栏及其所有图标。
1．显示和消隐工具栏
利用【工具栏】菜单
将光标移动到工具栏中，单击鼠标右键，弹出【工具栏】菜单，菜单中列出所有当前装载的一系列工具栏的名称。其中包含系统工具栏和用户定制的工具栏，标
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记说明该工具栏当前被显示，如图1-5所示。如想显示某个工具栏，则选中显示工具栏前面的复选框；如想消隐工具栏，则取消选中要消隐的工具栏前面的复选框。
利用【定制】对话框
为定制工具栏的可见性和内容，还可选择【工具】-【定制】命令，在弹出的【定制】对话框中进行相关设置。
2．使用工具提示
工具提示是一个文本框，这个文本框告诉用户该工具的作用。无论该工具栏在当前模块下是否可用，UG 都会显示工具提示。
为了看到工具提示，可以将鼠标光标放在工具图标上，在光标下就会出现一个文本框，如图1-6所示。
3．工具栏上图标的可见性
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工具栏按功能分为许多种，例如，菜单栏、成型特征工具栏和标准工具栏，工
具栏中有很多小的图标，每个小图标代表一种功能。但是系统默认状态下，不是每个工具栏上所有图标都显示出来，只显示其中的几个。用户想要选择需要的图标可以单击工具栏右侧的【工具栏选项】按钮（指向下方的三角箭头），选择命令，将光标放在工具栏名称上即可看到该工具栏上可用的工具清单，选中工具清单上图标前的复选框，即可把该图标显示在工具栏上，取消选中图标前的复选框，则工具栏上该图标消隐。具体操作如图1-7所示。
图1-5 【工具栏】菜单 图1-6 工具提示 图1-7 显示工具栏上的图标操作
1.2.2 自定义工具栏
用户可根据自己的需要定制工具栏，使操作更简便。工具栏的具体定制方法有以下几种：
选择【工具】-【定制】命令。
在对话框区或已显示的工具栏上单击鼠标右键，在弹出的快捷菜单中选择
【定制】命令。
单击工具栏右侧的【工具栏选项】按钮（三角箭头指向下方的箭头），选
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择命令，接着会出现菜单，然后选择【定制】命令，具体操作如图1-8所示。
在【工具条】选项卡中选中【车身设计】复选框，然后选中【文本在图标下面】复选框，则可以在【车身设计】工具栏的每个图标下面都显示相应的文本。如果取
消选中【文本在图标下面】复选框，则不在【车身设计】工具栏的每个图标下面显示相应的文本，具体操作如图1-9所示。
图1-8 【定制】对话框
图1-9 工具栏图标的设置
1.2.3 资源栏
资源栏包括装配导航器、部件导航器、主页浏览器和历史记录等，如图1-10所示。
单击导航器或浏览器按钮会弹出一个窗口，单击按钮可以使页面处于固定状态，单击按钮可以使页面处于滑移状态，如图1-11所示。
的在线帮
历史记录
弹
图1-10 资源栏 图1-11 【导航器】固定状态
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1.2.4 点选择
用UG 绘图的过程中，常会遇到需要指定一个点的情况，此时，系统弹出【点】对话框，如图1-12所示，【点】对话框还可以独立使用，用户可以利用该对话框构造点。构造点的方法有两种：
在【点】对话框中输入点坐标。
在【点】对话框中捕捉点方式。选择【插入】-【基准/点】-【点】命令，
弹出【点】对话框，具体操作如图1-13
所示。
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图1-12 【点】对话框 图1-13 【点】操作
1.2.5 类选择
在UG 各模块的使用中需要选择对象。通过限制选择对象的类型、图层、颜色和其他选项类选择器可以快速地选择对象，方便用户操作。当需要选择对象时，系统弹出如图1-14所示的对话框。选择方式如图1-15所示。
限制选择对象的范围限制选择对象的范围
限制选择对象的范围
图1-14 【类选择】对话框
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选择【分量】选项，再按住【Shift 】键，选择【实体】选项
选择【基准】选项，再按住【Ctrl 】键，选择【公差特征】选项
图1-15 【类选择】操作
择命1.3 文 件 操 作
文件的操作包括新建文件、打开/关闭文件、保存文件和导入/导出文件操作等，
这些操作可通过选择如图1-16所示的【文件】菜单中的各种命令来完成，也可以通过单击如图1-17所示的工具栏上的图标来完成。
【文件】菜单
图1-16 【文件】菜单 图1-17 工具栏上的图标
1.3.1 新建文件
选择【文件】-【新建】命令，或在工具栏上单击【新建】按钮或按【Ctrl+N 】
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快捷键，即可打开【文件新建】对话框，如图1-18所示。
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图1-18 【文件新建】对话框
在【文件新建】对话框中确定新建文件的存储路径，然后在【名称】文本框中输入文件名，文件类型可自由选择（默认后缀名.prt ），在【单位】下拉列表框中选择将要创建零件的尺寸单位，UG 提供了3种度量单位：英寸、毫米和全部，设置完成后单击【确定】按钮即可。
1.3.2 打开和关闭文件
1．打开文件
选择【文件】-【打开】命令，或单击工具栏中的【打开】按钮，或按【Ctrl+O 快捷键，都可打开【打开部件】对话框，如图1-19所示。
选中
图1-19 【打开部件】对话框
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可以看到对话框中的文件列表框中列出了当前工作目录下的所有文件，用户可以直接选择要打开的文件，或在查找范围中指定文件所在的路径，然后单击 按钮。
还可以选择【文件】-【最近打开的部件】命令来选择需要的文件。具体操作如图1-20所示。
图1-20 【最近打开的部件】操作
在【打开部件】对话框中没有“毫米”和“英寸”的单位选项按钮，因
为文件中部件的单位是在建立时就决定的，之后是不可以改变的。
2．关闭文件
关闭文件可以通过选择【文件】-【关闭】下的子菜单命令来完成。具体操作如图
1-21所示。
图1-21 文件关闭操作
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选择【选定的部件】命令，弹出如图1-22所示的对话框，用户可选取想要关闭的文件，然后单击【确定】按钮即可。
选择【所有部件】命令后，则可以关闭所有的文件。
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图1-22 【关闭部件】对话框
1.3.3 导入/导出文件
1．导入文件
选择【文件】-【导入】命令后系统弹出一个子菜单，具体操作步骤如图1-23所示，该子菜单中提供了UG 与其他应用程序文件格式的接口，常用的有【部件】【CGM 】、【IGES 】、【DXF/DWG 】和【仿真】等格式。
导入
图1-23 【导入】子菜单
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2．导出文件
选择【文件】-【导出】命令后系统会弹出子菜单，可以将UG 文件导出为除自身外的多种文件格式，包括图片、数据文件和其他各种应用程序文件格式。选择各命令后，系统会显示相应的对话框供用户操作。
1.3.4 文件操作参数的设置
1．装配加载选项
选择【文件】-【选项】-【装配加载选项】命令，弹出如图1-24所示的对话框。 2．保存选项
选择【文件】-【选项】-【保存选项】命令，弹出如图1-25所示的对话框，在
该对话框中可进行相关参数的设置。
默认选中、取消选中该复选框时，系统会将所有组件一起载入，反之系统仅允许用户打开部分组件文件
【显示会话文件夹】
，
图1-24 【装配加载选项】对话框
图1-25 【保存选项】对话框
1.4 对 象 操 作
当要对对象（点、线、面等）进行操作时，首先需要选择对象，选择对象可以用鼠标在图形界面中直接选择，也可以在导航器中选择。
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1.4.1 观察对象
（1）用快捷菜单观察对象，在工作区单击鼠标右键，弹出如图1-26所示的快捷菜单。
（2）通过工具栏或【视图】菜单观察对象，如图1-27所示。
该命令位置 该命令视图，
用鼠标在工作
选择【视图】
拉菜单
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图1-26 快捷菜单 图1-27 观察对象操作
1.4.2 选择对象
在UG 建模过程中，为了方便、快速地选择目标体，可以有多种方法来选择对象。最常用的是选择【编辑】-【选择】命令，弹出如图1-28所示的子菜单。
地选择
图1-28 【选择】子菜单
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1.4.3 更改对象显示方式
选择【编辑】-【对象显示】命令或按【Ctrl+J 】快捷键，弹出如图1-29所示的对话框，通过该对话框可编辑所选择对象的层、颜色、网格数和着色等参数。
图1-29 【编辑对象显示】对话框
实训1-1——台灯的染色
单击【打开】按钮，打开“7-1tdzp.prt ”文件，选择【编辑】-【对象显示】命令，设置颜色，结果如图1-30
所示。
图1-30 台灯的染色
——参见附带光盘“Ch1\7-1tdzp.prt ”。 ——参见附带光盘“Ch1\1-1tdrs.prt ”。 ——参见附带光盘“Ch1\AVI\S1-1.avi ”。
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1．单击【打开】
按钮，选择并打开7-1tdzp.prt 文件，
如右图所示。
选择“7-1tdzp
.prt ”文件，单击【OK 】按钮，打开如图所示的台灯
2．采用【编辑】-
【对象显示】功能，按如图所示设置颜色。
选择“实体”，单击【确定】按钮，弹出对话框
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3．采用【编辑】-
【对象显示】功能，设置如图所示的颜色。
单击【颜色】按钮，弹
出对话框
按钮，弹出对话框
4．经整理，结果
如右图所示。
1.4.4 隐藏和重现对象
当工作窗口图形太多，以致不便于操作时，需要将暂时不需要的对象（草图、
基准面和曲线等）隐藏，选择【编辑】-【显示和隐藏】命令，弹出子菜单，如 图1-31所示。该功能是对对象实现隐藏和显示功能。具体操作如图1-32所示。
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该命令
该命令
图1-31 【显示和隐藏】子菜单
，
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图1-32 【显示和隐藏】操作
1.4.5 对象的变换
选择【编辑】-【变换】命令，弹出如图1-33面和实体等进行变换。
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选择【编辑】－【变换】命令，弹出对话框
单击【确定】按钮，弹出对话框
按钮按钮按钮按钮按钮
按钮
按钮按钮按钮按钮按钮按钮
绕指定的轴线旋转指定角度相对于指定参考平面作镜像相对于参考坐标系中的位置从指定的参考轴旋转到指定从指定的参考点集缩放、重通过平移、缩放和旋转变换
按钮按钮按钮按钮按钮
按钮按钮按钮按钮
点并与
图1-33 【变换】对话框
【矩形阵列】和【圆形阵列】同第4章【实例特征】中的功能类似，【平移】、【绕点旋转】、【绕直线旋转】、【重定位】和【在两轴间旋转】同第6章【移动组件】中的功能类似，这里不作详细介绍。
对象的几何变换只能用于变化几何对象，不能用于变换视图、布局和图纸等，
变化过程中可以使用【移动】和【复制】命令多次，但每使用一次都建立一个新对象，所实训1-2——拨盘的生成
采用【草图】功能，绘制草图；采用【拉伸】功能，拉伸成实体；采用【编辑】- 【变换】功能，生成实体；采用【求差】功能，完成拨盘的生成，如图1-34所示。
mi引物设计原则 1. 引物的长度一般为15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应。 2. 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错配。引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发机率增加。 3. 引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基A。另外，引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败。5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。 4. 引物序列的GC含量一般为40-60%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。 5. 引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。Tm值的计算有多种方法，如按公式Tm＝4(G+C)＋2(A+T)，在Oligo软件中使用的是最邻近法(the nearest neighbor method)。 6. ΔG值是指DNA双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。应当选用3’端ΔG值较低（绝对值不超过9），而5’端和中间ΔG 值相对较高的引物。引物的3’端的ΔG值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应。 7. 引物二聚体及发夹结构的能值过高（超过4.5kcal/mol）易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行。 8. 对引物的修饰一般是在5’端增加酶切位点，应根据下一步实验中要插入PCR 产物的载体的相应序列而确定。 引物序列应该都是写成5-3方向的， Tm之间的差异最好控制在1度之内， 另外我觉得扩增长度大一些比较好，500bp左右。 要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构，就要避开它。如这一段不能
引物设计和Primer-BLAST的应用 Lv Peng 2015.11.18
CONTENT 1.PCR-引物设计目的 2.引物设计原则 3.设计引物软件 4.在线设计工具 5.probeBase 简介
1.1PCR（Polymerase Chain Reaction） 聚合酶链式反应 1971 Khorana 提出设想 1985 Kary Mullis 发明了PCR 1986年5月 Mullis在冷 泉港实验室 做专题报告 冷泉港实验室（The Cold Spring Harbor Laboratory，缩写CSHL），又译为科尔德斯普林实验室。
几不同的PCR技术 1.扩增已知序列两侧DNA的PCR：反向PCR（Inverse PCR，IPCR）、锚定PCR（anchored PCR）、RACE（Rapid Amplification of cDNA Ends）、连接介导的PCR（ligation-mediated PCR，LM-PCR）； 2.检测有限量稀有靶序列，即一对引物扩增产物不足以以通过凝胶电泳观察到的时：巢式PCR（nested PCR）； 3.快速、灵敏、特异而准确定量的PCR：实时荧光定量PCR （real-time quantitative PCR，RQ-PCR）。
特性 优化 碱基组成 （G+C ）含量应在40%-60%，4种碱基要分布均匀；长度 一般为18-27个核苷酸长度。上下游引物长度差别不能大于3bp ；重复和自身互补序列 不能有大于3bp 的反向重复序列或自身互补序列存在；上下游引物互补性一个引物的3’末端序列不能结合到另一个引物的任何位点上； 解链温度（Tm ） 两个引物的Tm 值相差不能大于5℃，扩增产物与引物的Tm 值相差不能大于10℃3’末端 引物3’末端碱基尽量为G 或C ，不能使3’末端有NNGC 或NNCG 序列引物序列不要有局部的GC rich 或AT rich （特别是3’端），避开T/C 或A/G 的连续结构 1.2引物设计原则 引物特性及优化设计
图解spss探索分析实例 最后更新：2012-12-10 阅读次数：【字体：小中大】 探索分析是在对数据的基本特征统计量有初步了解的基础上，对数据进行的更为深入详细的描述性观察分析。它在一般描述性统计指标的基础上，增加了有关数据其他特征的文字与图形描述，显得更加细致与全面，有助于用户思考对数据进行进一步分析的方案。主要的分析如下： （1）观察数据的分布特征：通过绘制箱锁图和茎叶图等图形，直观地反映数据的分布形式和数据的一些规律，包括考察数据中是否存在异常值等。过大或过小的数据均有可能是奇异值、影响点或错误数据。寻找异常值，并分析原因，然后决定是否从分析中删除这些数据。因为奇异值和影响点往往对分析的影响较大，不能真实地反映数据的总体特征。 （2）正态分布检验：检验数据是否服从正态分布。很多检验能够进行的前提即总体数据分布服从正态分布。因此，检验数据是否符合正态分布，就决定了它们是否能用只对正态分布数据适用的分析方法。 （3）方差齐性检验：用Levene检验比较各组数据的方差是否相等，以判定数据的离散程度是否存在差异。例如在进行独立右边的T检验之前，就需要事先确定两组数据的方差是否相同。如果通过分析发现各组数据的方差不同，还需要对数据进行方差分析，那么就需要对数据进行转换使得方差尽可能相同。Levene检验进行方差齐性检验时，不强求数据必须服从正态分布，它先计算出各个观测值减去组内均值的差，然后再通过这些差值的绝对值进行单因素方差分析。如果得到的显著性水平（Significance）小于0.05，那么就可以拒绝方差相同的假设。 探索分析的具体操作步骤如下： 打开数据文件，选择【分析】（Analyze）菜单，单击【描述统计】（Descriptive Statistics）命令下的【探索】（Explore）命令，SPSS将弹出"探索"（Explore）对话框，如图3-9所示。 在"探索"（Explore）对话框中，左边的变量列表为原变量列表，通过单击按钮可选择一个或者几个变量进入右边的"因变量列表"（Dependent List）框、"因子列表"（Factor List）框和"标注个案"（Label Cases by）列表框。因变量是用户所研究的目标变量。因子变量是影响因变量的因素，例如分组变量。标注个案是区分每个观测量的变量，如雇员的ID等。例如，研究同一班级男生和女生的身高差距时，就可将"身高"变量列入"因变量列表"（Dependent List）
利用IN T ERN ET设计PCR引物举例 周咏东 华西医科大学附属第一医院眼科(610041) 国际互联网上信息资源十分丰富,给人们的生活、学习和工作带来了极大的方便。过去,需要设计PCR引物时,研究人员需要查阅大量文献,有时因无法查到原文,或无相关报道,会使研究工作一开始就不能顺利开展。笔者在科研中发现,有许多科研人员未能掌握I NT ERN ET上有关引物设计的共享资源,故结合实际应用经验予以介绍。使你的科研工作如虎添翼。 IN T ER NET上设计引物,分为两个步骤: 1 检索待扩增基因的DN A序列 首先接入IN T ERN ET,然后键入网址:w w w.ncbi.nlm. nih.g ov便进入了美国国家医学图书馆的生物技术信息中心的主页。在“Sear ch”右边的检索框内选择“G enBank”,然后在“fo r”右边的框内键入你检索的基因序列名,如“human Bcl-2cDN A sequence”,点击“Go”,检索就开始了。 出现的下一网页是“Cur rent Q uery”即告诉你检索出相关文献的数目。如你对结果不满意,该网页下半部分有“A dd T er m(s)to Q uer y”和“M o dify Cur rent Q uer y”两栏供你重新检索;如你对检检索结果满意,即可点击“Retr iev e XX”(X X 为查出的文献数)。接着即显示了刚才调出的文献名。你可选择一篇最符合的,然后将“Display”键右边的框内选择为FA ST A r epor t”(这是下一步设计引物所规定的),点击“D is-play”健,你要的序列就显示出来了。 最后,将这段序列全选,在“编辑”栏中点击“复制”,将此窗口最小化,重开窗口,进入下一步骤。 2 引物的设计 在新开的窗口中,健入网址w ww.g eno me.w https://www.doczj.com/doc/cb4704988.html, 你即进入了“Whitehead Instit ut e for Bio medical R eser ch/ M IT Cent er for Genome Resear ch”的主页。在主页中先找到“G enome Center Softw ar e”标题,在其中的标题为“Ex peri-mental W eb-based Softw ar e”中,点击“W WW.P rimer P ick-ing(Pr imer3)”,此项,我们将用此网上软件设计引物。 网页上显示为“P r imer3o ld V ersio n”及“Click Her e T o T r y N ex t Ver sio n”,这两个版本大同小异,随便用哪一个。关键是在“Paste sour ce sequence belo w”文字下方的大空框内,粘贴上第一步查出的那段序列。然后根据自己的要求,对列出的各项引物设计指标作相应变动,否则为默认。确认指标设定完毕后,点击粘贴序列框下方的“Pick Pr imer s”键,你即得到了所需的引物,显示在“P rimer3O utput”网页上,共有5对,你可按需任选其一。 通过上述两个步骤,你如愿以偿,是不是很简便、快捷?快动手试一试吧!。 编辑 陈小娜 2.1.2非标准数字影像设备上网直接接入模块 该模块用于解决一部分带有数字网络接口,但又仅符合生产厂家内部标准的设备上网问题。以往,生产数字影像设备的众多厂家由于没有统一的上网标准,使医院相当一部分数字影像设备难以上网,因此,该模块须克服许多困难和问题,在实践中逐渐地、局部性地予以实现和完善。 2.1.3 非标准数字影像设备上网间接接入模块 此模块专用于对医院过去引进的,生产厂商根本就没提供上网接口的一部分早期非标准数字影像设备,通过对影像重新A/D的方法让它们间接上网。 2.2 数字影像会诊中心模块 建立医院数字影像局域网与PA CS系统,其核心意义在于能够方便地汇集各种各类检查的数字影像,提供给专家进行综合会诊。因此,在PA CS局域网基础上,建立硬件设施过硬、图像显示清晰、显示技术优良,能同时方便地显示各种数字诊断影像的数字化影像会诊中心,在很大程度上将代表整个项目的临床诊断价值与水平。2.3 数字影像局域网网络工程模块 网络工程模块包括:网络服务器、数据存储与管理软件系统模式、网络布局与工作站分布、网络构架与布线等等。此部分模块归属于计算机Intr anet信息网络工程范畴,对当前医院影像局域网In-tr anet的软硬件性能指标及设备系统的可扩展性具有决定性的作用。 2.4 各工程模块的信息流与局域网系统P ACS软件模块 如果说硬件是骨架,软件就是血液。建立了良好的硬件平台以后,必须要建立合理的网络信息流向和配以优良的PA CS 软件系统,才能保证整个系统能够正常运行。因此,这是建立数字影像会诊中心时,必须很好建立的又一个重要模块。 总之,医院建立数字影像局域网,并逐步过度到最终院际广域网连接已是二十一世纪医院计算机网络发展的必然趋势。我们必须紧跟这一时代发展潮流,扎扎实实从手上工作做起,理清各个系统模块关系,做好各方面技术储备,为医院建立数字影像局域网及P A CS系统作好准备。 编辑 杨立新 142?医学信息2001年3月第14卷第3期 Internet应用●
1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度（primer length）常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA 聚合酶进行反应。 3.引物GC含量在40%~60%之间，Tm值最好接近72℃。 GC含量（composition）过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。另外，上下游引物的Tm值（melting temperature）是寡核苷酸的解链温度，即在一定盐浓度条件下，50%寡核苷酸双链解链的温度。有效启动温度，一般高于Tm值5~10℃。若按公式Tm= 4（G+C）+2（A+T）估计引物的Tm值，则有效引物的Tm为55~80℃，其Tm 值最好接近72℃以使复性条件最佳。 4.引物3′端要避开密码子的第3位。 如扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。 5.引物3′端不能选择A，最好选择T。 引物3′端错配时，不同碱基引发效率存在着很大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T时，错配的引发效率大大降低，G、C 错配的引发效率介于A、T之间，所以3′端最好选择T。 6. 碱基要随机分布。 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错误引发（False priming）。降低引物与模板相似性的一种方法是，引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C，因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。 7. 引物自身及引物之间不应存在互补序列。 引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。 两引物之间也不应具有互补性，尤其应避免3′ 端的互补重叠以防止引物二聚体（Dimer与Cross dimer）的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。 引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话，应尽量使其△G值不要过高（应小于4.5kcal/mol）。否则易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR 反应不能正常进行。 8. 引物5′ 端和中间△G值应该相对较高，而3′ 端△G值较低。 △G值是指DNA 双链形成所需的自由能，它反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性，△G 值越大，则双链越稳定。应当选用5′ 端和中间△G值相对较高，而3′ 端△G值较低（绝对值不超过9）的引物。引物3′ 端的△G 值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA 聚合反应。（不同位置的△G值可以用Oligo 6软件进行分析） 9.引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。 引物的5′ 端决定着PCR产物的长度，它对扩增特异性影响不大。因此，可以被修饰而不影响扩增的特异性。引物5′ 端修饰包括：加酶切位点；标记生物素、荧光、地高辛、Eu3+等；引入蛋白质结合DNA序列；引入点突变、插入突变、缺失突变序列；引入启动子序列等。引物的延伸是从3′ 端开始的，不能进行任何修饰。3′ 端也不能有形成任何二级结构可能。 10. 扩增产物的单链不能形成二级结构。
1.引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。最好位于编码区5’端的300-400bp区域 内，可以用DNAman,Alignment 软件看看结果。 2. 产物不能形成二级结构（自由能小于58.61KJ/mol）。 3.引物长度一般在17-25碱基之间,上下游引物不能相差太大。 4.G+C含量在40%~60%之间，45-55％最佳。 5.碱基要随机分布，尽量均匀。 6.引物自身不能有连续4个碱基的互补。 7.引物之间不能有连续4个碱基的互补。 8.引物5′端可以修饰。 9.3′端不可修饰，而且要避开AT,GC rich的区域，避开T/C,A/G连续结构（2-3个）。 10. 引物3′端要避开密码子的第3位。 11.引物整体设计自由能分布5‘端大于3’端，且3‘端自由能最好小于9KJ/mol。 可用oligo 6 软件进行比对看结果的情况。 12.做荧光定量产物长度80-150bp最好，最长是300bp. 13.引物设计避免DNA污染，最好跨外显子接头区。 14.引物与非特异性扩增序列的同源性最好小于70％或者有8个互补碱基同源。 15.查看有无假基因的存在。假基因就是无功能的DNA序列，与需要扩增的目的片段长 度相似。 16.TM值在58-62度之间。 17.引物设计的软件Primer 5.0 有专门针对荧光的。 设计的目的是在两个目标间取得平衡：扩增特异性和扩增效率。引物分析软件将试图通过使用每一引物设计变化的预定值在这两个目标间取得平衡。设计引用有一些需要注意的基本原理： ①引物长度 一般引物长度为18~30碱基。总的说来，决定引物退火温度（Tm值）最重要的因素就是引物的长度。有以下公式可以用于粗略计算引物的退火温度。 在引物长度小于20bp时：[4(G+C)+2(A+T)]-5℃ 在引物长度大于20bp时：62.3℃+0.41℃(%G-C)-500/length-5℃ 另外有许多软件也可以对退火温度进行计算，其计算原理会各有不同，因此有时计算出的数值可能会有少量差距。为了优化PCR反应，使用确保退火温度不低于54℃的最短的引物可获得最好的效率和特异性。
核酸环介导等温扩增技术（LAMP）引物设计与实例Time：2009-12-07 PM 14:52 Author:bioer Hits: 1459 times 烟头整理 LAMP的特点 LAMP与以往的核酸扩增方法相比具有如下优点： (1)操作简单 LAMP核酸扩增是在等温条件下进行，对于中小医院只需要水浴锅即可，产物检测用肉眼观察或浊度仪检测沉淀浊度即可判断。对于RNA的扩增只需要在反应体系中加入逆转录酶就可同步进行(RT-LAMP)，不需要特殊的试剂及仪器。 (2)快速高效 因为不需要预先的双链DNA热变性，避免了温度循环而造成的时间损失。核酸扩增在l h内均可完成，添加环状引物后时间可以节省1/2，多数情况在20-30 rain均可检测到扩增产物。且产物可以扩增至109倍，达0.5 mg/mL。应用专门的浊度仪可以达到实时定量检测。 (3)高特异性 由于是针对靶序列6个区域设计的4种特异性引物。6个区域中任何区域与引物不匹配均不能进行核酸扩增。故其特异性极高。 (4)高灵敏度 对于病毒扩增模板可达几个拷贝，比PCR高出数量级的差异。 缺点： 由于LAMP扩增是链置换合成，靶序列长度最好在300 bp以内。>500 bp则较难扩增。故不能进行长链DNA的扩增。由于灵敏度高。极易受到污染而产生假阳性结果。故要特别注意严谨操作，以及在产物的回收鉴定、克隆、单链分离方面均逊色于传统的PCR 方法。 引物设计实例 LAMP引物设计的在线网站(http://primerexplorer.jp/e/)，只要导入靶基因就能自动生成成组引物。 以某一微生物的鞭毛基因为例讲解一下LAMP引物设计的过程： 首先单击浏览按钮选择靶基因序列文件，靶序列默认的是小于22 kbp。支持三个类型的文件，普通文本格式（仅含序列）, FASTA格式和GenBank 格式文件。
问题 题项 从未使用 很少使用 有时使用 经常使用 总是使用 1 2 3 4 5 a 1 电脑 a 2 录音磁带 a 3 录像带 a 4 网上资料 a 5 校园网或因特网 a 6 电子邮件 a 7 电子讨论网 a 8 CAI 课件 a 9 视频会议 a 10 视听会议 一．因子分析的定义 在现实研究过程中，往往需要对所反映事物、现象从多个角度进行观测。因此研究者往往设计出多个观测变量，从多个变量收集大量数据以便进行分析寻找规律。多变量大样本虽然会为我们的科学研究提供丰富的信息，但却增加了数据采集和处理的难度。更重要的是许多变量之间存在一定的相关关系，导致了信息的重叠现象，从而增加了问题分析的复杂性。 因子分析是将现实生活中众多相关、重叠的信息进行合并和综合，将原始的多个变量和指标变成较少的几个综合变量和综合指标，以利于分析判定。用较少的综合指标分析存在于各变量中的各类信息，而各综合指标之间彼此是不相关的，代表各类信息的综合指标成为因子。因子分析就是用少数几个因子来描述许多指标之间的联系，以较少几个因子反应原资料的大部分信息的统计方法。 二．数学模型 i m im i i i i U F F F F Z +++++=αααα · · · 332211 i Z 为第i 个变量的标准化分数；（标准分是一种由原始分推导出来的相对地位量数，它是用来说明原始分在所 属的那批分数中的相对位置的。） m F 为共同因子； m 为所有变量共同因子的数目；
i U 为变量i Z 的唯一因素； im α为因子负荷。（也叫因子载荷，统计意义就是第i 个变量与第m 个公共因子的相关系数,它反映了第i 个变 量在第m 个公共因子上的相对重要性也就是第m 个共同因子对第i 个变量的解释程度。） 因子分析的理想情况，在于个别因子负荷im α不是很大就是很小，这样每个变量才能与较少的共同因子产生密切关联，如果想要以最少的共同因素数来解释变量间的关系程度，则i U 彼此间不能有关联存在。 所谓的因子负荷就是因子结构中原始变量与因子分析时抽取出共同因子的相关，即在各个因子变量不相关的情况下，因子负荷im α就是第i 个原有变量和第m 个因子变量间的相关系数，也就是i Z 在第m 个共同因子变量上的相对重要性，因此，im α绝对值越大则公共因子和原有变量关系越强。在因子分析中有两个重要指针：一为“共同性”，二为“特征值”。 所为共同性，也称变量共同度或者公共方差，就是每个变量在每个共同因子的负荷量的平方总和（一横列中所有因子负荷的的平方和），也就是个别变量可以被共同因子解释的变异量百分比，这个值是个别变量与共同因子间多元相关的平方。从共同性的大小可以判断这个原始变量与共同因子间的关系程度。如果大部分变量的共同度都高于0.8，则说明提取出的共同因子已经基本反映了各原始变量80%以上的信息，仅有较少的信息丢失，因子分析效果较好。而各变量的唯一因素就是1减掉该变量共同性的值，就是原有变量不能被因子变量所能解释的部分。 所谓特征值，是每个变量在某一共同因子的因子负荷的平方总和（一直行所有因子负荷的平方和），在因子分析的的共同因子抽取中，特征值最大的共同因子会最先被抽取，其次是次大者，最后抽取的共同因子的特征值会最小，通常会接近于0。将每个共同因子的特征值除以总题数，为此共同因子可以解释的变异量，因子分析的目的之一，即在因素结构的简单化，希望以最少的共同因子能对总变异量做最大的解释，因而抽取的因素越少越好，但抽取的因子的累积变异量越大越好。 三．SPSS 中实现过程 （一）录入数据
The central role of UDPGDH played in capsule and other polysaccharides synthesis. KPS, capsule polysaccharide; LPS,lipopolysaccharide 简并引物设计方法 （1）利用NCBI搜索不同物种中同一目的基因的蛋白质或cDNA编码的氨基酸序列因为密码子的关系，不同的核苷酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的，所以氨基酸序列才是真正保守的。首先利用NCBI的Entrez检索系统，查找到一条相关序列即可。随后利用这一序列使用BLASTP（通过蛋白查蛋白），在整个NR数据库中查找与之相似的氨基酸序列。 （2）对所有的序列进行多序列比对将搜索到的同一基因的不同氨基酸序列进行多序列比对，可选工具有Clustal W/X，也可在线分析。所有序列的共有部分将会显示出来。“*”表示保守，“：”表示次保守。 （3）确定合适的保守区域设计简并引物至少需要上下游各有一个保守区域，且两个保守区域相距50~400个氨基酸残基为宜，使得PCR产物在150~1200bp 之间，最重要的是每一个保守区域至少有6个氨基酸的保守区，因为每条引物至少18bp左右。 若比对结果保守性不是很强很可能找不到6个氨基酸序列的保守区，这时可以根据物种的亲缘关系，选择亲缘关系近的物种进行二次比对，若保守性仍达不到要求，则需进行三次比对，总之，究竟要选多少序列来比对，要根据前一次的结果反复调整。最终目的就是有两个6个氨基酸且两者间距离合适的保守区域。 （4）利用软件设计引物当得到保守区域后，就可以利用专业的软件来设计引物了，其中Primer 5.0 支持简并引物的设计，将参与多序列比对的序列中的任一条导入Primer 5.0 中，将其翻译成核苷酸序列，该序列群可用一条有简并性的核苷酸链来表示（其中R=A/G，Y=C/T，M=A/C，K=G/T，S=C/G，W=A/C/T，B=C/G/T，V=A/C/G，D=A/G/T，N=A/C/G/T，该具有简并性的核苷酸链必然包含上一步中找到的氨基酸保守区域的对应部分，在Primer 5.0 中修改参数，令其在两个距离合适的保守的nt区域内寻找引物对，总之要保证上下游引物都落在该简并链的保守区域内，结果会有数对，分数越高越好。 （5）对引物的修饰若得到的引物为： 5-NAGSGNGCDTTANCABK-3 则简并度=4×2×4×3×4×3×2=2304，很明显该条引物的简并度很高不利于PCR，可以通过次黄嘌呤代替N（因为次黄嘌呤可以很好的和4种碱基配对）和根据物种密码子偏好这两种方法来降低简并度。 这样设计出来的简并引物对，适用于比对的氨基酸序列所属物种及与这些物种分类地位相同的其他物种。 简并引物设计原则
1-2890(引物1) #1: Product of length 640 (rating: 171) Contains region of the molecule from 1 to 640 Tm: 72.1 C TaOpt: 48.8 C GC: 32.3 Sense Primer: CCTGGTTAATCCAAATCAC Similarity: 100.0% Length: 19 Tm: 44.1 C GC: 42.1 dH: -142.0 kcal/mol dS: -372.4 cal/mol dG: -29.2 kcal/mol Antisense Primer: GACAGGCCCTAATTAAGTT Similarity: 100.0% Length: 20 Tm: 45.0 C GC: 42.1 dH: -158.0 kcal/mol dS: -418.4 cal/mol dG: -31.5 kcal/mol Tm Difference: 0.9 GC Difference: 0 #1: Product of length 540 (rating: 171) Contains region of the molecule from 1 to 540 Tm: 72.2 C TaOpt: 49.4 C GC: 33.1 Sense Primer: CCTGGTTAATCCAAATCACT Similarity: 100.0% Length: 20 Tm: 45.8 C GC: 40.0 dH: -149.8 kcal/mol dS: -393.2 cal/mol dG: -30.8 kcal/mol Antisense Primer: ATAAGATTTGAGGTCAGCCA Similarity: 100.0% Length: 20 Tm: 46.4 C GC: 40.0 dH: -147.7 kcal/mol dS: -386.3 cal/mol dG: -30.7 kcal/mol Tm Difference: 0.6 GC Difference: 0.0 1-2890(引物2) #1: Product of length 603 (rating: 171) Contains region of the molecule from 514 to 1116 Tm: 73.9 C TaOpt: 50.3 C GC: 37.0 Sense Primer: TTGAAGATGGCTGACCT Similarity: 100.0% Length: 18 Tm: 42 C GC: 47.1 dH: -129.6 kcal/mol dS: -335.0 cal/mol dG: -27.9 kcal/mol Antisense Primer: GGAGGCCCTTTAACTTAA
第4章 探索式因素分析 在社会与行为科学研究中，研究者经常会搜集实证性的量化资料來做验证，而要证明这些资料的可靠性与正确性，则必须依靠测量或调查工具的信度或效度（杨国枢等，2002b ）。一份好的量表应该要能够将欲研究的主题构念（Construct ，它是心理学上的一种理论构想或特质，无法直接观测得到）清楚且正确的呈现出来，而且还需具有「效度」，即能真正衡量到我们欲量测的特性，此外还有「信度」，即该量表所衡量的结果应具有一致性、稳定性，因此为达成「良好之衡量」的目标，必须有以下两个步骤：第一个步骤是针对量表的题项作项目分析，以判定各项目的区别效果好坏；第二步骤则是建立量表的信度与效度。量表之项目分析、信度检验已于第2、3章有所说明，本章将探讨量表之效度问题。 4-1 效度 效度即为正确性，也就是测量工具确实能测出其所欲测量的特质或功能之程度。一般的研究中最常使用「内容效度」（Content Validity ）与「建构效度」（Construct Validity ）来检视该份研究之效度。 所谓「内容效度」，是指该衡量工具能足够涵盖主题的程度，此程度可从量表内容的代表性或取样的适切性来加以评估。若测量内容涵盖所有研究计划所要探讨的架构及内容，就可说是具有优良的内容效度。在一般论文中，常使用如下的描述来「交代」内容效度： 而所谓「建构效度」系指测量工具的内容，即各问项是否能够测量到理论上的构念或特质的程度。建构效度包含收敛效度（Convergent Validity ）与区别效度（Discriminant Validity ），收敛效度主要测试以一个变量（构念）发展出的多项问项，最后是否会收敛于一个因素中（同一构念不同题目相关性很高） ；而区别效度为判别问项可以与其它构念之问项区别的程度（不同构
PCR引物设计与分析 摘要：本文简单的介绍了PCR技术以及PCR引物设计原则和技巧，并以一段序列为例，介绍两种引物设计软件的使用方法。一般性引物自动搜索可采用“Premier Primer 5”软件，而引物的评价则可采用“Oligo 6”软件。 关键词：PCR；引物设计；软件； 1PCR 聚合酶链式反应（英文全称：Polymerase Chain Reaction），简称PCR。聚合酶链式反应（PCR）是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法，由高温变性、低温退火（复性）及适温延伸等几步反应组成一个周期，循环进行，使目的DNA 得以迅速扩增，具有特异性强、灵敏度高、操作简便、省时等特点。它不仅可用于基因分离、克隆和核酸序列分析等基础研究，还可用于疾病的诊断或任何有DNA,RNA的地方。 PCR又称无细胞分子克隆或特异性DNA序列体外引物定向酶促扩增技术。 类似于DNA的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性--退火（复性）--延伸三个基本反应步骤构成：①模板DNA的变性：模板DNA经加热至90~95℃一定时间后，使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备；②模板DNA与引物的退火（复性）：模板DNA经加热变性成单链后，温度降至55~60℃，引物与模板DNA单链的互补序列配对结合；③引物的延伸：DNA模板--引物结合物在DNA聚合酶的作用下，于70~75℃，以dNTP为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链重复循环变性--退火--延伸三过程，就可获得更多的“半保留复制链”，而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2～4分钟，2～3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。 参加PCR反应的物质主要有五种即引物、酶、dNTP、模板和Mg2+。引物是PCR特异性反应的关键，PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。理论上，只要知道任何一段模板DNA序列，就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物，利用PCR就可将模板DNA在体外大量扩增。 2引物设计原则及注意
PCR引物设计原则 引物(Primer)是人工合成的两段寡核苷酸序列。 1、引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应。 2、G十C含量：应在40%-60%之间，PCR扩增中的复性温度一般是较低Tm 值引物的Tm值减去5-10度。引物长度小于20时，其Tm恒等于4(G十C)十2(A十T)。 3、碱基分布的随机性：应避免连续出现4个以上的单一碱基。尤其是不应在其3’端出现超过3个的连续G或C，否则会使引物在G十C富集序列区错误引发. 4、引物自身：不能含有自身互补序列，否则会形成发夹样二级结构. 5、引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的互补重叠。引物3’端最好选T，错配的几率与A 相比大大的降低了。G、C之间错配的概率小于A、T. 6、引物的5’端可以修饰，而3’端不能进行修饰。5’端的修饰包括：加酶切位点，标记生物素，荧光，地高辛、Eu3+等，引入蛋白质结合的DNA序列，引入点突变，插入突变、缺失突变序列、引入启动子序列。因为引物的延伸是从3’端开始的，因而3’端不能进行任何修饰，另外3’端也不能有形成任何二
级结构的可能。 如何设计引物 不同的核苷酸序列表达的氨基酸氨基酸序列是相同的，所以氨基酸序列才是真正保守的。 引物最好在模板cDNA的保守区域内设计（DNA的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的，在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件比对（Alignment）,各基因相同的序列就是该基因的保守区）。 PCR引物设计 PCR反应中有两条引物，即5′端引物和3′引物。设计引物时以一条DNA单链为基准（常以信息链为基准），5′端引物与位于待扩增片段5′端上的一小段DNA序列相同；3′端引物与位于待扩增片段3′端的一小段DNA序列互补。 引物设计软件 Primer Premier5.0 （自动搜索）* vOligo6 （引物评价） vVector NTI Suit vDNAsis vOmiga vDNAstar vPrimer3 （在线服务）
DNA测序结果分析比对（实例） 关键词：dna测序结果2013-08-22 11:59来源：互联网点击次数：14423 从测序公司得到的一份DNA测序结果通常包含.seq格式的测序结果序列文本和.ab1格式的测序图两个文件，下面是一份测序结果的实例： CYP3A4-E1-1-1(E1B).ab1 CYP3A4-E1-1-1(E1B).seq .seq文件可以用系统自带的记事本程序打开，.ab1文件需要用专门的软件打开。软件名称：Chromas 软件Chromas下载 .seq文件打开后如下图： .ab1文件打开后如下图： 通常一份测序结果图由红、黑、绿和蓝色测序峰组成，代表不同的碱基序列。测序图的两端（下图原图的后半段被剪切掉了）大约50个碱
基的测序图部分通常杂质的干扰较大，无法判读，这是正常现象。这也提醒我们在做引物设计时，要避免将所研究的位点离PCR序列的两端太近（通常要大于50个碱基距离），以免测序后难以分析比对。 我的课题是研究基因多态性的，因此下面要介绍的内容也主要以判读测序图中的等位基因突变位点为主。 实际上，要在一份测序图中找到真正确实的等位基因多态位点并不是一件容易的事情。一般认为等位基因位点假如在测序图上出现像套叠的两个峰，就是杂合子位点。实际比对后才知道，情况并非那么简单，下面测序图中标出的两个套峰均不是杂合子位点，如图并说明如下：
说明： 第一组套峰，两峰的轴线并不在同一位置，左侧的T峰是干扰峰；第二组套峰，虽两峰轴线位置相同，但两峰的位置太靠近了，不是杂合子峰，蓝色的C峰是干扰峰通常的杂合子峰由一高一略低的两个轴线相同的峰组成，此处的序列被机器误判为“C”，实际的序列应为“A”，通常一个高大碱基峰的前面 1~2个位点很容易产生一个相同碱基的干扰峰，峰的高度大约是高大碱基峰的1/2，离得越近受干扰越大。 一个摸索出来的规律是：主峰通常在干扰峰的右侧，干扰峰并不一定比主峰低。最关键的一点是一定要拿疑似为杂合子峰的测序图位点与测序结果的文本序列和基因库中的比对结果相比较；一个位点的多个样本相比较；你得出的该位点的突变率与权威文献或数据库中的突变率相比较。 通常，对于一个疑似突变位点来说，即使是国际上权威组织大样本的测序结果中都没有报道的话，那么单纯通过测序结果就判定它是突变点，是并不严谨的，因一份 PCR产物中各个碱基的实际含量并不相同，很难避免不产生误差的。对于一个未知突变位点的发现，通常还需要用到更精确的酶切技术。 (责任编辑：大汉昆仑王)
S P S S皮尔逊相关分析实 例操作步骤 Prepared on 21 November 2021
SPSS皮尔逊相关分析实例操作步骤 选题： 对某地29名13岁男童的身高（cm）、体重（kg），运用相关分析法来分析其身高与体重是否相关。 实验目的： 任何事物的存在都不是孤立的，而是相互联系、相互制约的。相关分析可对变量进行相关关系的分析，计算29名13岁男童的身高（cm）、体重（kg），以判断两个变量之间相互关系的密切程度。 实验变量： 编号Number，身高height（cm），体重weight（kg） 原始数据： 实验方法： 软件：
操作过程与结果分析： 第一步：导入Excel数据文件? 1.open data document——open data——open； 2. Opening excel data source——OK. 第二步：分析身高（cm）与体重（kg）是否具有相关性 1.在最上面菜单里面选中Analyze——correlate——bivariate?，首先 使用Pearson，two-tailed，勾选flag significant correlations 进入如下界面： 2.点击右侧options，勾选Statistics，默认Missing Values，点击 Continue 输出结果： 图为基本的描述性统计量的Array输出表格，其中身高的均值 （mean）为、标准差（standard deviation）为、样本容量 （number of cases）为29；体重的均值为、标准差为、样本容量为29。两者的平均值和标准差值得差距不 显着。 Correlations 身高（cm）体重(kg) 身高（cm）Pearson Correlation1.719** Sig. (2-tailed).000 Sum of Squares and Cross- products Covariance N2929 体重(kg)Pearson Correlation.719**1 Sig. (2-tailed).000 Sum of Squares and Cross- products Covariance N2929
LAMP原理及引物设计与实例 ．LAMP引物的设计 LAMP引物的设计主要是针对靶基因的六个不同的区域，基于靶基因3' 端的F3c、F2c和Flc区以及5' 端的Bl、B2和B3区等6个不同的位点设计4种引物。 FIP(Forward Inner Primer)：上游内部引物，由F2区和F1C区域组成，F2区与靶基因3’端的F2c区域互补，F1C区与靶基因5' 端的Flc区域序列相同。 F3引物：上游外部引物(Forward Outer Primer)，由F3区组成，并与靶基因的F3c区域互补。 BIP引物：下游内部引物(Backward Inner Primer )，由B1C和B2区域组成，B2区与靶基因3' 端的B2c区域互补，B1C域与靶基因5' 端的Blc区域序列相同. B3引物：下游外部引物(Backward Outer Primer )，由B3区域组成，和靶基因的B3c区域互补。 2．扩增原理 60-65℃是双链DNA复性及延伸的中间温度，DNA在65℃左右处于动态平衡状态。因此，DNA在此温度下合成是可能的。利用4种特异引物依靠一种高活性链置换DNA聚合酶。使得链置换DNA合成在不停地自我循环。扩增分两个阶段。 第1阶段为起始阶段，任何一个引物向双链DNA的互补部位进行碱基配对延伸时，另一条链就会解离，变成单链。上游内部引物FIP的F2序列首先与模板F2c结合（如图B所示），在链置换型DNA聚合酶的作用下向前延伸启动链置换合成。外部引物F3与模板F3c结合并延伸，置换出完整的FIP连接的互补单链（如图C所示）。FIP上的F1c与此单链上的Fl 为互补结构。自我碱基配对形成环状结构（如图C所示）。以此链为模板。下游引物BIP与B3先后启动类似于FIP和F3的合成，形成哑铃状结构的单链。迅速以3' 末端的Fl区段为起点。以自身为模板，进行DNA合成延伸形成茎环状结构。该结构是LAMP基因扩增循环的起始结构。 第2阶段是扩增循环阶段。以茎环状结构为模板，FIP与茎环的F2c区结合。开始链置换合成，解离出的单链核酸上也会形成环状结构。迅速以3’末端的B1区段为起点，以自身为模板。进行DNA合成延伸及链置换．形成长短不一的2条新茎环状结构的DNA，BIP引物上的B2与其杂交。启动新一轮扩增。且产物DNA长度增加一倍。在反应体系中添加2条环状引物LF和LB，它们也分别与茎环状结构结合启动链置换合成，周而复始。扩增的最后产物是具有不同个数茎环结构、不同长度DNA的混合物。且产物DNA为扩增靶序列的交替反向重复序列。 https://www.doczj.com/doc/cb4704988.html,MP的特点 LAMP与以往的核酸扩增方法相比具有如下优点： (1)操作简单，LAMP核酸扩增是在等温条件下进行，对于中小医院只需要水浴锅即可，产
mi引物设计原则 1、引物的长度一般为15-30 bp,常用的就是18-27 bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA聚合酶进行反应。 2、引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其就是3’端相似性较高的序列,否则容易导致错配。引物3’端出现3个以上的连续碱基,如GGG或CCC,也会使错误引发机率增加。 3、引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率,末位碱基为A的错配效率明显高于其她3个碱基,因此应当避免在引物的3’端使用碱基A。另外,引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败。5’端序列对PCR影响不太大,因此常用来引进修饰位点或标记物。 4、引物序列的GC含量一般为40-60%,过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。 5、引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。Tm值的计算有多种方法,如按公式Tm＝4(G+C)＋2(A+T),在Oligo软件中使用的就是最邻近法(the nearest neighbor method)。 6、ΔG值就是指DNA双链形成所需的自由能,该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。应当选用3’端ΔG值较低(绝对值不超过9),而5’端与中间ΔG值相对较高的引物。引物的3’端的ΔG值过高,容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应。 7、引物二聚体及发夹结构的能值过高(超过4、5kcal/mol)易导致产生引物二聚体带,并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行。 8、对引物的修饰一般就是在5’端增加酶切位点,应根据下一步实验中要插入PCR产物的载体的相应序列而确定。 引物序列应该都就是写成5-3方向的, Tm之间的差异最好控制在1度之内, 另外我觉得扩增长度大一些比较好,500bp左右。 要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链就是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不