《生物信息学》先锋版中译本第二版科学出版社
打分政策:60% 期末考试（70%掌握内容、25% 熟悉内容、5% 理解内容）（请注意红体与黑体字）
A: 生物信息学概述
1. 生物信息学：生物信息学是生物学和信息技术的结合，是现代科学的又一个分支学科，它利用计算机对大量生物数据进行分析处理。生物信息学把用于存储和搜索数据的数据库开发，与用于分析和确定大分子序列、结构、表达模式和生化途径等生物数据集之间的关系的统计工具和算法的开发结合在一起。
数据库
生物信息学主要由三大部分组成算法与统计工具
分析与解释
测序策略：逐个克隆法、全基因组鸟枪法
计算机在生物信息学中的作用：生物信息学需要计算机快速、可靠地执行重复任务的能力以及处理问题的能力。然而，生物信息学中涉及的许多问题仍需要专家的人工处理，同时原始数据的完整性和质量也很关键。
生物信息学课程范围：使初学者理解生物信息学的基本原理，并获得相应的应用能力。具体包括生物信息学的一些关键领域：数据库使用、序列和结构分析工具、注释工具、表达分析以及生化和分子途径分析。
2. 生物信息学实例：
——数据库界面Genbank/EMBL/DDBJ, Medline, SwissProt, PDB, …
——序列搜索与比对BLAST, FASTA, Clustal, MultAlin, DiAlign
——基因搜索Genscan, GenomeScan, GeneMark, GRAIL
——蛋白结构域分析与鉴定pfam, BLOCKS, ProDom,
——基因调控元件的计算机模式识别Gibbs Sampler, AlignACE, MEME
——蛋白折叠预测PredictProtein, SwissModeler
生物信息学网站：包括生物信息学资源、各种数据库和生物信息学分析工具的网站
3. 五个必须知道的生物信息学网站：（详细参考书本p9）
NCBI (The National Center for Biotechnology Information)https://www.doczj.com/doc/c24147238.html,/
EBI (The European Bioinformatics Institute)https://www.doczj.com/doc/c24147238.html,/
The Canadian Bioinformatics Resource http://www.cbr.nrc.ca/
SwissProt/ExPASy (Swiss Bioinformatics Resource)http://expasy.cbr.nrc.ca/sprot/
PDB (The Protein Databank)https://www.doczj.com/doc/c24147238.html,/PDB/
B: 数据采集
一、DNA, RNA和蛋白质测序
1. DNA测序原理：
DNA测序是采用全自动的链终止反应完成的，这一技术通过加入限量的双脱氧核苷酸来
产生有特定终止碱基的嵌套DNA片段。共有4种反应，每种代表DNA 4个碱基中的一个，每个碱基分别带有不同的荧光标记。DNA片段通过聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)分离，当每个片段移动到凝胶的末端时可以通过扫描仪读取序列。
2. DNA序列类型：
DNA序列来源主要有3种方式。基因组DNA直接来自基因组，包括基因和基因外核酸序列，真核生物的基因组DNA包含内含子；cDNA由mRNA反转录而来，并且只对应于基因组中能表达的部分，它不包含内含子；最后，重组DNA来自实验室，包含克隆载体等人工
DNA分子。
3. 基因组测序策略：
一次读段(one read)只能用于短的DNA分子(约800bp)测序，所以大的DNA分子，如基因组，必须首先将其打碎成片段。基因组测序可以分为两种方式：霰弹法测序(shot-gun sequencing)包括随机DNA片段的生成，通过大量片段测序来覆盖整个基因组；与之相反，克隆重叠群测序（clone contig sequencing）包括亚克隆系统的产生及其测序。
4. 序列质量控制：
通过在DNA双链上进行多次读段完成高质量序列数据的测定。可使用如Phred等程序对最初的跟踪数据(trace data)进行碱基识别和质量判断。载体序列和重复的DNA片段被屏蔽后，使用Phrap程序将序列拼接成重叠群(contigs)，剩下的不一致部分通过人工校对解决。
5. 单遍（Single-pass）测序：
低质量的序列数据可以由单次读段产生（单遍测序，single-pass sequencing）。尽管不很准确，但单遍序列如ESTs和GSSs，可以以低廉的价格快速大量地产生。
6. RNA测序：
大部分RNA序列可以从相应的DNA序列推断得到，但是需要用特殊的方法来识别被改变的核苷，这些方法包括：生化实验、核磁共振谱( NMR spectroscopy)、质谱
7. 蛋白质测序：
目前，大部分蛋白质测序是通过质谱(MS)技术进行的，应用这一技术可以通过测量真空中离子的分子质量／电荷比来计算精确的分子质量。软离子化方法可以对蛋白质这样的大分子进行质谱分析。通过比较经胰蛋白酶裂解而获得的多肽片段的分子质量与从数据库中蛋白质的虚拟消化(virtual digest)预测而来的分子质量的异同推断序列。通过在碰撞室(collision cell)中产生的蛋白质片段嵌套集合可以进行重新测序，并可通过单个氨基酸残基计算不同长度片段间分子质量的差异。
二、蛋白质结构的确定
1. X-ray 衍射晶体学：
X衍射晶体学是一种通过精确定向的蛋白质晶体的X射线衍射模式来确定蛋白质结构的方法。这种方法中，X射线因晶体中原子的电子密度和空间方向的不同而发生散射，可用傅立叶变换的数学方法从衍射数据中重构电子密度图，以建立结构模型。
2. 核磁共振谱：
NMR是某些原子的一种属性，即在外加磁场范围内原子通过吸收电磁辐射可以在不同的磁状态间转换。吸收光谱的性质受原子类型及其周围化学性质影响，所以NMR spectroscopy 可以区分不同的化学功能团。核磁共振谱也因空间上原子的接近而改变。NMR谱的分析可以重建原子的三维构型，产生一系列结构模型。这一技术只适合小的可溶性蛋白的分析。3. 其他方法：
对于大的不容易结晶的蛋白质，需要用其他的分析方法来推测结构，这包括X射线纤维衍射、电子显微镜和CD光谱(circular dichroism spectroscopy) 。
C:数据库——内容、结构和注释
一、文件格式
1. 三种常用序列格式：
常用核酸和蛋白序列格式：①NBRF/PIR格式文件名后缀为：.pir o或.seq
②FASTA格式文件名后缀为：.fasta
③GDE格式文件名后缀为gde
例：
ID代码: 5H1B_CA VPO
序列登录号: O08892
NBRF/PIR格式:
>P1; 5HT1B_CA VPO
Guinea pig serotonin receptor accession: O08892
MGNPEASCTPPA VLGSQTGLPHANVSAPPNNCSAPSHIYQDSIALPWKVLLVVLLALIT... FAST A格式:
>5HT1B_CA VPO O08892 | guinea pig serotonin receptor
MGNPEASCTPPA VLGSQTGLPHANVSAPPNNCSAPSHIYQDSIALPWKVLLVVLLALIT... GDE格式:
% 5HT1B_CA VPO O08892 | guinea pig serotonin receptor
MGNPEASCTPPA VLGSQTGLPHANVSAPPNNCSAPSHIYQDSIALPWKVLLVVLLALIT...
2. 比对序列文件：
可用下述常用格式中任何一种：NBRF/PIR, FASTA,GDE
多序列比对格式：MSF, PHYLIP and ALN
3. 结构数据文件：
结构数据用PDB格式的平面文件(flat files)来维护，这类文件包含：正交的原子坐标值（X, Y, Z轴）；注释、说明和实验细节。
NOTE：1、ATOM行以字符计数，而不是以单词计数；
2、NMR文件没有分辨率REMARK行。
二、已注释的序列数据库
1. 初级序列数据库：
保存raw sequence data, 并对每个条目做了进一步的注释：feature table---properties of seq.
2. 辅助序列数据库：
特别类型的序列数据. eg. ESTs, GSSs and unfinished genomic seq. data
3. 序列提交：Sequence（序列）→Internet（互联网）→NCBI/EMBL/DDBJ（数据库）
4. SWISS-PROT 和TrEMBL：
SWISS-PROT: 收集了确认的蛋白质序列及与结构、功能和所属蛋白质家族有关的注释信息。
TrEMBL: 翻译了初级核酸数据库中的编码序列。TrEMBL中各条目的注释不如
SWISS-PROT中的条目那样详细。
5. 数据库查询：
Searching by Sequence similarity→BLAST
Text-based Searching→Entrez or SRS accession number
accession number：提供基因及其产物的唯一标示号
D: 生物数据检索
一、通过Entrez 和DBGET/LinkDB进行数据检索
1. 访问分布数据：利用专业的数据检索工具Entrez, DBGET和SRS进行数据库搜索
2. Entrez：Entrez 可以用来搜索NCBI 中集成的所有数据库包括GenBank, OMIM 以及文
献数据库MEDLINE
3. NCBI 和Entrez：Entrez→All databases模式搜索，以文本是形式进行
文本搜索：以单词或逻辑短语为关键词
4. DBGET/LinkDB
DBGET/ LinkDB : 日本京都大学和人类基因组中心联合开发的集成数据检索系统。它整合了20数据库并与KEGG相关联。
LinDB: is a database of links, each of which is represented as a binary relation in the form of: dbname1:identifier1 --> dbname2:identifier2
DBGET: has powerful capabilities to search against this graph object
The molecular biology databases in the world can be retrieved uniformly by specifying the combination of the database name and the identifier: dbname:identifier
Identifier：organism:gene
三种搜索模式：bget, bfind, blink
二、使用SRS 的数据检索
1.开源SRS：SRS 由欧洲生物信息研究所开发，其集成有80多个分子生物学数据库。SRS 可下载和安装在本地计算机上使用。
2.使用SRS ：SRS 与Entrez 和DBGET的数据分类的原理不同。
SRS的使用包括选择一个或多个分组，在每一个选定的组中选择一个或多个现有的数据库。查询方式有两种: 标准模式、扩展模式。
3.安装SRS ：SRS 可以通过脚本语言ICARUS编程来查询使用者自己的数据库。
E: 通过序列相似性标准搜索序列数据库（重难点章节）
一、以序列相似性标准搜索序列数据库
1. 序列相似性搜索
1.1. 序列相似性搜索：
通过序列相似性来搜索数据库，我们可以找到与所查询序列相似的序列。可以用这些找到的序列信息来预测查询序列的结构或功能。依据相似性进行预测是生物信息学中强大而且广泛使用的方法，其根本依据是分子进化。
当序列拥有—个共同的祖先序列时，它们往往在序列、结构和生物学功能上具有相似性。这很可能是生物信息学上最重要的思想，因为它使得我们可以进行预测。
1.2. 序列比对：
任何一对DNA序列都有一定程度的相似。
序列比对：是使相似度量化的第一步，用来区分偶然性的相似和真实的生物学关系。
比对结果：以变化（突变）、插入或缺失（indels或空位）来显示序列之间的差异，这些差异可以用进化术语来说明。
1.3. 比对算法：
动态规划算法（Dynamic programming algorithms）可以计算两条序列之间的最佳联配。
两个变体:
Smith-Waterman algorithm: local align.
Needleman-Wunsch algorithm: global align.
当序列不是全长关联时局部比对是有效的。例如仅在某些特定功能域相似的蛋白质序列，或仅在外显子区域关联的DNA序列等。
Local alignment---BLAST
1.4.比对打分和空位罚分：
用简单的比对打分来测量相同匹配残基的比例或数目。得从比对打分中扣去空位罚分，以保证比对算法能得出有生物学意义的结果而没有太多的空位。
Score: S = sum (si) + sum (xk)
空位罚分可以根据预期的应用进行调整。有下述三种情况：
固定罚分: 与空位长度无关；
比例罚分:与空位长度成比例；
放射罚分: 包括gap opening和gap extension两部分罚分
Constant: x=u+vk, v=0
Proportional: x=u+vk, u=0
Affine: x=u+vk, u, v≠0
k is the number (length) of the linked gaps
例：SEQ1: AA TTGA TTG CGCA T T TAAAGGG
SEQ2: AACTGA- - - CGCA T C TTAAGGG
K=3
我们并不总是很清楚空位罚分常数u和v该采用什么值，这在某种程度上依赖于所比对的序列的性质。
Close sequence relationship: higher gap penalties
Distant relationships: lower gap penalties
1.5. 序列相似性测量：
序列相似度可用比对算法、序列一致性百分率（percentage sequence identities）或更复杂的方法得出的分值来量化。
SEQ1: AA TTGA TTG CGCA T T TAAAGGG
SEQ2: AACTGA- - -CGCA T C TTAAGGG
percentage sequence identities: (16/22) ×100=73%
Note：
必须是在长的比对结果中找到的高比例一致，才有可能反映真正的生物学或进化关系。
对DNA序列来说，比对序列并使序列一致性百分率（即percentage sequence identities ）最大化是合乎情理的。但对蛋自序列而言，则应该更多地考虑组成序列的单体的属性。某些氨基酸之间的替代比其他氨基酸更频繁，所以，在蛋白序列比对算法中需要考虑这个因素。
1.6.相似性和同源性：
任何序列之间均存在相似，但是仅当序列是从一个共同的祖先进化而来时，它们才是同源的。同源序列常常具有相似的生物学功能, 但是基因复制的进化机制允许生物体有多余的基因
拷贝。这些多余的基因拷贝于是自由地进化出新的功能，成为有不同功能的同源基因。
直系同源（orthologs）: 不同物种的两个同源基因有相同的功能，就称它们是直系同源;
旁系同源（paralogs）: 当同一或不同物种的两个基因有不同的功能，就把它们称为是旁系同源.
不同功能的同源基因的例子：溶解酶（lysozyme，一种酶）和α-乳白蛋白（α-lactalbumin，一种哺乳动物调节蛋白）。这些蛋白质有非常相似的序列，几乎已肯定是同源的，但却有极其不同的功能。
2.氨基酸替换矩阵（难点）
2.1. 相同氨基酸数目的最大化：
比对蛋白质序列从而使相同的氨基酸数目（即percentage sequence identities）最大化。其中，每对匹配的相同氨基酸对比对分值的贡献是1，不一致的氨基酸对对比对分值的贡献是0。（如下图所示）
这是对密切相关的序列进
行比对的好方法，但这并
不能揭示远亲之间的进化
关系。
2.2. 进化：因为要维持蛋白质结构和功能，所以编码蛋白质的序列的进化比基因组的大多数其他部分的进化更为缓慢。一个例外是快速进化也可能发生在新近复制基因的多余拷贝中。
2.3. 允许的替换：进化中蛋白序列的变化往往包括相近属性氨基酸间的替代，因为这样才能保持蛋白质的结构稳定。
比如：同一进化家族的蛋白质序列通常表现为有相似物理化学性质的氨基酸间的替代。
2.4. 替换打分矩阵：
这些矩阵给进化中所有可能的氨基酸替换打分，分值越高，意味着替换的可能性越大。进行序列比对的动态规划算法可以采用从这些矩阵得到的分值来进行运算。E.g. BLOSUM62 and PAM250.
PAM: Accepted Point Mutations（认可的点突变）
PAM250: 表示矩阵的进化距离是每100个残基有250个氨基酸变化。
PAMn: n值越小，表示进化距离越短。
PAM250
BLOSUM: blocks substitution matrix
BLOSUM62: 用于构造矩阵的blocks的最小序列一致性百分数至少为62%。
更小数字的BLOSUM矩阵表示更长的进化距离（BLOSUM50所代表的进化距离要比BLOSUM62要长）。
Note: BLOSUM 矩阵通常比PAM 好用。
Blossum62
Note:一致氨基酸比对的分值也有差异，这反映了氨基酸在天然蛋白序列中的出现频率的不
同。两个相同的非常见氨基酸的比对（如W和W）要比两个相同的常见氨基酸的比对更有可能反映一个进化上有意义的比对。因此，相同的非常见氨基酸的比对具有更高的分值。2.5. 意义：替换打分矩阵可以查找蛋白质序列间较远的亲缘关系。
NOTE：蛋白序列比对比核酸序列比对更可能找到较远的亲缘关系。
2.6. 可视化：点阵图（Dot plots）-点阵图是使序列相似性可视化并找到重复片段的一一个非常好的方法。
3. 数据库搜索: FAST A 和BLAST：
3.1. 数据库搜索：把查询序列与数据库中每条序列依次比对并返回最高分（最相似）序列，就能找到与查询序列相近的序列。这可以通过动态规划算法完成，但实际上常用的是更快的近似方法。
3.2. 算法和软件：
BLAST和FAST A提供了非常快速的序列数据库搜索途径。与动态规划不同，它们并不能保证找到数据库里每条序列的最佳可能比对，但实际上这对性能的影响通常来说是最小的。
它们最初通过搜索短的一致或接近一致匹配的字母（word）片段，然后再将这些片段延伸到更长的匹配。
BLAST和FAST A都基于同样的假设，即高分值的比对结果可能含有短的一致或近似一致的序列片段（short stretches or words) 。
（1）BLAST: W (word length); T (threshold score);
寻找长度为W比对得分> T 的words
↓
扩展这些words 直到比对得分跌落到一定值,
产生大量HSP s (high-scoring segment pairs)
↓
通过动态规划比对好全部序列高打分区域，
得出最终比对结果及其分值。
（2）FAST A: ktup;
寻找完全匹配的长度为ktup的words
↓
寻找含有高密度words 匹配的ungapped 的序列比对;
将其组装成高分值的gapped 的序列比对
↓
通过动态规划比对好全部序列高打分区域，
得出最终比对结果及其分值。
3.3. 统计得分：
相似度记分的p值是指获得至少与两条无关序列间的偶然相似性一样高的分值的概率。低p 值表明重要的匹配，这些匹配可能会有真实生物学意义。相关的E值是至少与所识别的相似性记同样高分值的偶然事件的期望频率。两序列间相似度的低p值对应于大数据库搜索的高E值。low p→high E当E值很小的时候和p值很接近
3.4. 敏感性和特异性：
敏感性衡量数据库中真实生物序列关系的比例，该关系表现为击中项（hit）。
特异性指的是对应于真实生物学关系的击中项的比例。
这些测度量化了数据库搜索策略的优良度。
Sensitivity: Sn = ntp / (ntp + nfn ) Specificity: Sp = ntp / (ntp + nfp )
注：（tp: true positive；fn: false negative；fp: false positive）
改变E和p的默认值会导致这些互补的优良度测量方法之间的平衡。
3.5. 数据库类型：
数据库和查询序列可以是蛋白质或核苷酸序列，不同种类的序列和组合有不同的查询策略。一般来说，如果使用编码蛋白质的核苷酸数据库和／或将查询序列翻译成蛋白质序列，搜索会更加敏感。
3.6. 可行例子和现有程序：
BLAST at the NCBI、FAST A at the EBI——搜索许多一般用途的序列数据库。RESULTS: 按E value 排序
NOTE: 必须检查有关序列的比对结果以发现序列间相似的区域。
NCBI的BLAST网站：https://www.doczj.com/doc/c24147238.html,/BLAST/（建议自己动手操作以加深理解）
4.序列过滤：
4.1. 非特异性的序列相似：
一些类型的序列相似要比其他类型难揭示进化关系。
Examples: 低组成复杂度区域间的相似，短的重复片段间的相似以及编码普通结构的蛋白序列（如卷曲螺旋）间的相似等。
4.2. 相似性搜索：
上述区域类型会降低相似性搜索结果的质量，所以在搜索前常常要将其从搜索序列中过滤掉。
SEG and DUST: detect and filter low complexity sequences;
XNU: filter short period repeats;
COILS: detect the presence of potential coiled coil structures.
5.数据库迭代搜索和PSI-BLAST
5.1. 寻找进化关系：
趋异进化可以使蛋白质序列变得无法识别，但却保持结构和功能的相似。而BLAST和FASTA此类方法有时只能发现数据库中的一小部分进化关系。有许多生物信息学搜索已经着重于发现序列间的疏远进化关系。
5.2. 数据库的迭代搜索：
PSI-BLAST是一种迭代的搜索方法，可以提高BLAST和FASTA的相似序列发现率。
每次迭代都发现一些中间序列，用来在接下去的迭代中寻找查询序列的更多疏远相关序列。PSI-BLAST常常可以找到比BLAST结果多达两倍的进化关系。
PSI-BLAST的潜在问题是存在不相关序列对迭代结果的污染，而其难点则与蛋白质的结构域的结构有关。
F: 多重序列比对: 基因和蛋白家族（实验四）
一、多序列比对和家族关系
1.多序列比对：家族性蛋白质和核苷酸序列的内在关系可以用多序列比对来阐明。当所考察的序列不同时，保守的残基往往是维持稳定结构或生物学功能的关键残基。多序列比对可以揭示关于蛋白质结构和功能的许多线索。与两序列比对相比，多序列比对更富含进化保守关系的信息，因此通常能告诉我们更多的信息。
2.软件：最著名的是ClustalW 软件包，ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX.
3.渐进比对：目前大多数程序使用渐进的比对方法，该方法有运行速度较快的优点。该法以两序列比对来初步评价序列的相关性，并在这个基础上构建向导树（guide tree）；然后使用向导树逐步添加序列到比对中，从最密切相关的序列开始到距离最远的序列结束。
渐进比对方法通常非常有效，但也存在一个问题，即比对过程中早期产生的比对错误不能被矫正而是被“冻结”在比对结果中。生物化学知识有时能够提供正确的比对信息。当自动产生的比对结果不太理想时，就需要软件来人工编辑比对结果。
渐进比对过程中常用到几种精练方法。例如在Clustal程序包中，
1）空位罚分发生变化以使空位插入更有可能发生在亲水的环状区域；
2）根据比对序列的相关程度可以采用不同的氨基酸替换打分矩阵。
二、蛋白家族和模式数据库
1.蛋白家族：把序列分配到蛋白质家族中是预测蛋白质功能的一种非常有价值的方法。已开发出许多方法来代表蛋白质家族信息，这些方法存储在二级蛋白质家族数据库中。
2.一致序列：是把多序列比对的信息压缩至单条序列。主要的缺点是除了在特定位置最常见的残基（>60%）之外，它们不能表示任伺概率信息。
一致序列的缺陷：
1）大量来自序列的不含一致残基的信息被忽略掉，即使这些位点包含所允许的保守替换。2）一致序列的产生说明了任何蛋白家族的表示是有偏向的，这主要是由于来源的序列集是有偏向的。
3.数据库：
1）PROSITE数据库：包含与蛋白质家族成员、特定蛋白功能及翻译后修饰有关的序列模式。数据库是人工编排的，任何已知的假阳性或假阴性都会报道出来。
在PROSITE中, 特殊的符号，包括方括号（如[LIVM])、波形括号（如{FD}）和x(n)用来表示模式中每个位点可供选择的残基。
PROSITE 模式的特点：它们长度比序列全长短得多;它们允许特定位置的替换。因此，它们能够发现家族中的远亲关系，也能够帮助我们了解家族成员共有的结构或功能信息。
PROSITE 模式有很多缺点：首先，它们长度较短使得不相关序列中有假阳性的存在;其次，虽然它们允许描述特定位置的变化，但无法计算该变化的概率。
2）PRINTS和BLOCKS：它们用来自序列最保守区域的多序列比对的无空位片段(blocks or motifs)来表示蛋白质家族。通过更多代表序列的信息，它们有可能比短PROSITE模式更为敏感。
如果能匹配某特定家族相关motif的一个子集就意味着它们有发现剪接突变体、序列片段以及代表亚家族的能力。两者都已有基于WWW的数据库搜索引擎。
这些数据库中的motifs要比PROSITE模式覆盖更大的序列区域。与PROSITE不同，序列中motifs的匹配通常要考虑氨基酸替换矩阵，因而对某一固定模式不要求严格的匹配。因此，这种匹配更为敏感（可以找到更多远亲关系）和更加特异（更少的假阳性出现）。
三、蛋白结构域家族
1.结构域家族：许多蛋白质是由结构域以模块化的方式构建的。因此蛋白质家族的研究其实是对蛋白质结构域家族的研究。Prodom是由自动方法产生的蛋白质结构域序列的数据库，这一数据库来自于蛋白质序列数据库。
2.序列轮廓：又称为权重矩阵，它们表示完全的结构域序列，是一种描述蛋白结构域家族相关序列的方法。多序列比对中每个位点的氨基酸都有分值，并且特定位置插入或缺失的可能性均有一定的衡量方法。序列轮廓可以被用作某些PROSITE数据库条目中序列模式之外的替代方法。
3.隐马尔可夫模型：这类模型是蛋白质结构域家族序列的一种严格的统计模型，包括序列的匹配，插入和缺失状态，并根据每种状态的概率分布和状态间的相互转换来生成蛋白质序列。代表某蛋白结构域家族的模型从该家族中生成序列的概率较高，从其他家族中生成序列的概率较低。现在已有算法可以近似地得出从某特定家族模型中生成一条新的蛋白序列的概率，而且它们可以用来把新的蛋白序列归类到某一蛋白家族中。
4.网上资源：Pfam和SMART可以被用于蛋白质结构域家族的分析。Interpro联合了PROSITE, PRINTS, Pfam, Prodom和SMART，从而形成了一个整合的资源。
G: 系统发育学（实验四）
一、系统发育学、遗传分类学和存在论
1.物种间的相似性和差异性可以被用来推断进化关系（系统发育学）。这是因为，如果两物种非常相似，它们可能拥有一个新近的共同祖先。确定生物体间进化关系的科学分支即系统发育学。三种方法：表现型分类法、遗传分类法、进化分类法
系统发育分析：许多不同的特征能够用于系统发育的分析中，但是核苷酸和蛋白质序列是最为常用的，因为它们为所有的生命形式所共有（允许研究关系密切或疏远的类别），而且可以客观地比较。序列间的相关性可以使用序列比对算法客观地量化。这即是生物信息学在系统发育学中所起的重要作用。序列系统发育分析背后的简单原理是：两条序列间相似度越高，从一条序列变成另一条序列所需要的突变就越少，因而它们拥有的共同祖先就越近。然而，从这类分析得出的任何进化关系必须假定：所比较的序列存在不变的突变率并且没有差异选择。但是这些条件实际上很难达到。
二、构建系统发育树
1.系统发育树是一种显示进化关系的简单方法，物种由节点（nodes）表示，遗传路径由枝（links）来表示。
系统发育树可以从相似度表（similarity tables ）或距离表（distance tables ）中构建而来。这些表显示了生物体中一套给定特征间的相似性，采用匹配的百分比（相似度表），或者差异的百分比（距离表）来表示。
三种建树方法：距离矩阵法、最大简约法、最大似然法
2.建树软件：PAUP (phylogenetic analysis using parsimony)、PHYLIP (phylogenetic inference package)
3.检验方法：一棵给定的树不一定能准确地代表进化历史。然而，数据的可靠性可以通过下述方法进行评估：1）如果不同方法构建树能得出同样的结果，这可很好证明该树是可信的。
2）Bootstrapping和jack-knifing方法:重新取样并构建更多的树来评估。
三、大分子序列的进化
1.DNA在进化过程中积累突变，导致了不同株系后代DNA、RNA和蛋白质序列的分歧。基于大分子序列间差异的系统发育树被称为分子系统发育。
由于内部突变率和选择压力的差异，不同大分子序列进化速率不同，使得对亲缘关系较近和较远的生物体都可以进行系统发育分析
2.大分子序列的选择：对于密切相关的生物体，使用一种快速进化的分子如线粒体DNA 比较合适。对于有很大分歧的系统发育关系，则需要用高度保守的分子如核糖体RNA。
注意不要选择不适当的大分子序列来解释明显的系统发育关系。
H: 序列注释（实验三）
一、基因组注释原理
1.注释：这一术语是指从原始序列数据中获得有用的生物学信息。这主要是指在基因组.DNA 中寻找基因和其他功能元件（结构注释），并给出这些序列的功能信息（功能注释）。
由于基因结构和基因组组织的不同，原核生物和真核生物的基因组注释涉及不同的问题。
2.用计算机寻找基因：可以用计算机来预测基因组DNA上基因的位置。这可以通过信号自动检测[寻找保守的模体(motif)]、内容自动检测（寻找序列背景类似基因的区域）和同源性搜索（寻找与以前已发现的基因序列相匹配的区域）等方法的组合来完成。然而，没有一种基因查找的方法是100%可靠的。
Signals 是不连续的局部序列模体，如启动子，剪切供体和受体位点，起始和终止密码子，以及polyA尾位点。
Contents 是不同长度的扩展序列，如编码区、CpG岛(CpG island )等。
Homologies 是已知基因之间的匹配，如代表基因的表达序列标签(EST s)序列等。
3.检测ORFs（可读框）：
ORF: 一段较长（>300bp）的位于起始密码子(usually, A TG) 和终止密码子(无义密码子, TGA, TAG or TAA)之间的有义密码子序列，
在细菌基因组中，基因很少有内含子的中断。因此，检测基因的有效途径是对基因组序列进行六个可读框的翻译并识别长的可读框(ORF)。
4.检测Exons 和Introns
在高等真核生物基因组中，基因呈分散状分布，并被大量的长内含子所中断。外显子太短，从而不能仅仅通过ORF搜索来发现，所以需要采用包括外显子检测和内容自动检测、剪切信号的识别这种组合方法，并结合cDNA序列等辅助信息来构建全长基因的模型。
二、注释工具和资源
1.基因预测软件
基因预测程序使用从头算预测（ab initio methods）and/or 同源搜索（homology searches）来识别基因组DNA中的基因。NCBI ORF finder 通过执行六个可读框的翻译来识别ORFs。对于复杂的真核生物基因组，则需要更复杂的统计分析方法。
2.测量预测准确性：没有一个基因查找程序是100%精确的，所以较好的方法是使用几个程序来注释相同的基因组序列。预测精度用敏感性（能正确预测真正的基因或外显子）和特异性（能正确排除假基因或假外显子）来衡量。
3.注释流水线：处理从基因组计划中产生的大量数据的唯一途径是使用连续的流水线---注释流水线“飞速”注释。
I: 结构生物信息学（实验六）
一、蛋白结构的概念模型
1.结构类型和概念模型
三种不同的蛋白结构类型：纤维蛋白（如胶原质）；球状蛋白，它往往存在于如细胞质和细胞外液等水性溶剂中；内在膜蛋白，它存在于生物膜的脂质环境当中。
2.球状蛋白中，线性氨基酸多聚体折叠成球状的紧凑形状从而形成一种三维结构。球状蛋白在水性溶剂中往往是可溶的，其折叠受疏水效应控制，疏水效应使疏水氨基酸侧链朝向蛋白质的结构核心，远离溶剂。
3.内在膜蛋白是生物信号和跨膜运输系统的关键元件。这些蛋白存在于生物脂质膜中，遵循与球状蛋白不同的结构原则。它们包含与跨膜片段（常常但不总是螺旋）有关的多条普通的疏水氨基酸链，并由膜外水性环境中的更多亲水回环连接。
4.二、三、四级结构概念：
1）球蛋白通常包含规则的二级结构的元件，如α-helices (H) 和β-strands (E or B).
α-helices 由每个氨基酸的主链上的C＝O功能团和氨基酸沿着螺旋的四个残基上的H-N 功能团之间的氢键来稳定。
β-strands由主链上的残基与多肽其他部分形成的链中的残基连接形成的。这意味着单一β链不能孤立地存在，它在空间上总是与至少另一条链相邻。这种由连续的、空间上相邻的、以氢键相连的链形成的扭，曲的折叠结构被称为β折叠片。
2）三级结构是单一多肽链的完全三维原子结构。它可以被看作是二级结构元件的组合，二级元件之间由主要存在于蛋白质表面的不规则回环(C，coils)连接。
3）几种三级结构可以组装起来形成生物学功能上的四级结构。
5.结构域：自然界通过组合独立的组件单元或通常具有较简单功能的结构域创造了具有复杂功能的蛋白质。许多蛋白质含有大量的结构域，这些结构域往往是混合类型的，如混合的内在膜和球结构域。
6.进化：球状蛋白中的环的表面残基要比疏水核心中的残基进化更快。内在膜蛋白中，进化最慢的是那些在跨膜结构域中的残基。
二、蛋白质三维结构与其功能的关系：蛋白质依赖于其三维结构的形状和关键功能域的性质来执行生物功能。蛋白质结构的知识对于理解蛋白质功能是关键的，这也是其在生物信息学中有很大重要性的一个原因。
三、蛋白质结构和功能的进化（关系）
1.结构和功能约束：进化接受蛋白质中氨基酸残基发生的对蛋白质结构稳定或蛋白功能来说中性或有利的变化。出于结构或功能的需要，残基可以被保留下来。当氨基酸残基能独特地实现特定的结构作用时，它们能被保留。这种情况常常出现在cysteine, glycine and proline.
2.多序列比对：理解结构怎样进化有助于我们理解多序列比对。关键的结构和功能残基常常是保守的。插入和缺失主要出现在亲水的表面回环中，而不是规则的二级结构元件中。
这个效应可以在多序列比对中观察到，比对结果往往是由对应于二级结构元件的较保守残基和来自表面回环的不保守残基交替组成的。
3.整体蛋白质折叠的进化：如果两条自然出现的蛋白质序列可以比对，并且80个以上的残基的比对显示出25%以上的相似度，那么它们将共有同样的基本结构。
Sander and Schneider’s rule:
t (L) = 290.15L-0.562（其中L指的是比对的长度，t指保证结构相似所需的一致度百分比阈值。）
4.结构的保留：蛋白质结构往往被保留，甚至由于进化使序列改变到不能被识别时结构仍被
保留。所以结构知识是理解蛋白质进化的—个关键因素。
5.功能的进化：虽然结构往往被进化保留下来，功能却会发生变化。有许多蛋白质，其序列和结构非常相似，但功能却不相同。当功能发生变化，关键的功能残基也变化了，多序列比对常常能清楚地显示出这一点。
四、结构数据的获取、展示和分析
1.获取数据：通用搜索引擎: SRS and NCBI
专业搜索引擎:RSCB: https://www.doczj.com/doc/c24147238.html,/pdb
2.结构的可视化：常用的观察结构数据的程序:RasMol;
TOPS: https://www.doczj.com/doc/c24147238.html,
3.结构和功能位点的分析
PDBSum: 包含了清晰的结构数据摘要和对结构数据库每一条目的分析，这些条目都可以通过访问号来访问，其提供的信息包括二级结构、二硫键位置、配体结合位点、活性位点、关键残基、分子间相互作用图、折叠拓扑以及酶的EC号等信息。
SURFNET: 该软件能够帮助确定蛋白表面潜在的功能位点，特别是酶的活性位点。然后考虑这些位点的结构能揭示该新结构的何种可能功能。预测蛋白表面任何潜在位点的实际功能仍是目前生物信息学研究的一个前沿课题。
五、结构比对
1.要在关系非常疏远的蛋白序列之间找到正确的、有生物学意义的比对是很难的，因为它们只含有极少比例的相同残基。但在这种情况下，结构信息能帮上忙，因为进化往往尽量少地改变结构。叠加相似结构的骨架以发现相同结构残基的过程被称为结构比对。
2.软件：DALI: https://www.doczj.com/doc/c24147238.html,/dali
3.结构相似性：结构比对方法通常会创建衡量结构相似度的尺度。最常见的衡量尺度是RMSD（root mean square difference），许多程序都用这个标准，它是指最佳结构重叠中比对残基的α碳原子间位置的均方差。RMSD = [sum(di2)/N]0.5
4.结构相似性搜索：我们常常需要搜索序列数据库以查询某一序列的相似序列，同样，有时我们也需要搜索结构数据库以查询与某一结构相似的结构，这也是很有意义的。
Web-based search engines:
DALI; SSAP;TOPS;V AST and RCSB
六、已知三维结构的蛋白分类: CA TH 和SCOP
1.为什么要将蛋白质进行结构分类?蛋白质结构在进化中要比蛋白质序列保守得多。因此，根据结构的标准对蛋白质进行分类是把蛋白质划分为各种家族的最有效的方法，可以揭示远距离的进化关系。
蛋白质结构分类的方法主要依据序列比较方法和结构比较方法。
2.折叠或拓扑：所有的分类都是将具有同样的整体折叠或拓扑的蛋白归为一类。具有同样的折叠或拓扑类型的蛋白质或多或少地都含有同样的SSEs（secondary structure elements），以同样的方式相连接并位于同样的相对空间位置。
CA TH （拓扑）和SCOP折叠水平把蛋白质分成具有相同总体折叠的组。
3.同源体与相似体：Homologs (homologous proteins) 是从某一共同祖先趋异进化而来的蛋白，它们相互关联，并具有同样的折叠。Analogs (analogous proteins) 有同样的折叠，但关于共同祖先的其他证据却不充分。
4.Super-folds （超折叠）是指在进化中可能不止出现一次的蛋白质折叠。普遍认为它们具
有物理化学性质上的某种优势，在SCOP与CA TH中它们以含有几个同源超家族的折叠或拓扑的形式存在。比如TIM桶和免疫球蛋白的折叠。
七、蛋白质结构预测简介
1.原因：结构预测是有意义的，因为通过实验来确定结构仍然要比通过实验确定序列慢得多。结构预测帮助我们理解蛋白质的功能和作用机制，对合理的药物设计也是很有意义的。Levinthal和Anfinsen的早期工作使得结构预测成了又一个极有发展潜力的科学领。
2.什么是结构预测：一般说来，结构预测是指仅依据蛋白序列的信息来预测蛋白质每个原子在三维空间中的相对位置。
结构预测方法包括：比较建模法（comparative modeling）, 折叠识别法（fold recognition）, 二级结构预测法（secondary structure prediction）, 从头预测法（ab initio prediction）以及跨膜片段预测法（transmembrane segment prediction）。
按理论基础可分为:
ab initio prediction: 尝试计算并最小化自由能，或得出一个合适的近似最小值的方法。knowledge-based prediction: 尝试使用已知结构数据库中的信息来预测蛋白质结构。(comparative modeling, fold recognition).
Blind testing: CASP (Critical Assessment of Structure Prediction)
八、通过比较建模预测结构（建模步骤）
1.理论基础：在80个以上残基的比对中，一致性达到25%以上的序列采用的是相同的基本结构。这是比较建模预测的理论基础。
2.内容：比较建模所必需的是目标序列和模板结构序列之间的比对。从用户的角度来看，比对过程是比较建模法中最关键的步骤。因此，有必要从结构和功能的角度来检查比对结果的有效性。
模板结构可以通过标准的序列相似性搜索的方法来找到。该方法的主要限制是缺乏合适的模板结构，但结构基因组学计划正在改变这个局面。
3.过程：已知结构（模板）作为结构预测的基础。这个过程从概念上看包括保守核心残基的定位、可变回环的模型化、侧链的定位和优化，以及模型的提炼。保守残基和一些侧链的位置可以直接从模板结构信息中推导出，可变回环的建模常利用备件算法，对于侧链的定位也有精密的算法来获得优化包裹的疏水核心。
4.精确性几乎完全是由比对的质量控制的。好的比对结果通过大多数主要软件包将会产生精确的结构预测。在所有的结构预测方法中，比较建模法建立的模型最精确。
精确性通常以预测结构与目标序列真实结构之间α碳原子位置距离的均方差（RMSD）来衡量。低于1.0?的RMSD值说明预测结果非常好。
5.现有资源：SWISS-MODEL：比较建模法
软件: SWISS-PDBVIEWER (http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html)
九、二级结构预测（方法、原理、相应的软件、预测策略）
1.什么是二级结构预测：当某一特定目标序列没有合适的相关模板结构时，可以考虑采用二级结构预测法。与比较建模法不同的是，该方法并不产生一个全原子三级结构模型，而是对每个残基二级结构状态进行预测，即预测该二级结构是否是螺旋、链或延伸以及圈。这种预测有时也被称为三状态预测。
许多方法是基于二级结构偏好的思想，这种偏好是用某一残基对特定二级结构偏好的数值来反映的。早期的方法能达到60%精确度。早期方法的例子有基于Chou-Fasman法则的方法和基于信息论的GOR方法。
2.多序列信息：使用相关序列的多序列比对结果可以揭示某些特定二级结构的保守模式，从而显著地提高了二级结构预测的精确度，使得目前这方面预测的精确度达到了66%左右。
3.现有技术方法的准确率：目前的方法对蛋白质正确预测的残基比例高于70%。精确度的增加可能是由于越来越多的结构数据和越来越高级的算法。必须牢记的一点是所有的二级结构预测方法都已经利用已知的蛋白结构数据进行了“训练”，因此，这些方法特别偏好那些与“训练”蛋白质相似的蛋白，而对其他蛋白，例如内在膜蛋白，则预测效果较差。
4.跨膜片段的预测：内在膜蛋白中的跨膜片段可以通过搜索跨越脂质膜的连续疏水残基来进行预测。有些方法还预测跨膜片段的方向（进—出）或拓扑结构，但是这通常都不太准确。跨膜片段往往含有较高比例的疏水残基，长度常常在20个残基以上，对应于6-7个跨膜螺旋的螺旋圈。这种相对较长的强烈疏水残基系列在可溶性球蛋自中很少见。这意味着可以基于疏水残基系列来进行预测。
Tools: TMPred, TMHMM and TopPred.
5.现有的工具：ExPASy (http://www.expasy.ch)
十、高级蛋白质结构预测与预测策略
1.折叠识别：折叠识别致力于检测非常疏远的结构和进化关系。它能检测出蛋白质采取了某种已知折叠，即使该蛋白质与任何已知结构的蛋白质都没有显著的序列相似性（<25%）。通过使用序列和结构信息，折叠识别方法通常试图找出某已知折叠库中最一致的折叠。折叠识別也叫做线程(threading)。
折叠识别的输出通常是查询序列与一条或多条已知其结构的、与查询序列关系疏远的序列之间的比对。因此，通过使用通常的比较建模方法就可以得出被预测蛋白质的全三维结构。
2.从头开始：这类方法试图从基本原理预测蛋白质结构，但是，与前面讲述的比较建模、二级结构预测和折叠识别等方法相比，从头开始预测的方法目前还是不大有效。
3.预测策略：
Step 1: 鉴定出该查询序列中的任何特征。E.g. 潜在跨膜片段; 低组成复杂度; 卷曲螺旋（coiled coils）; 已知结构域或序列的整体结构域(通过Interpro); 其他相关序列和亚序列(domains) (通过PSI-BLAST)。如果蛋白质是多结构域的，而且序列中结构域的位置可以找出，那么分别预测每个结构域将会很有用。
Step 2: 采取一个适当的预测方法。
首选comparative modeling，如果不成功, 则进行secondary structure prediction (可应用到对任何序列的结构预测，但对球蛋白的结构域预测更为精确) ，二级结构预测之后要进行fold recognition ，该方法能确定二级结构是如何包裹成三级折叠的，但是应该谨慎使用这类方法。
第六单元整理与复习 板块一：课文内容回顾 18.《牛和鹅》记叙了“我们”在回家的路上被鹅追赶，后来在金奎叔的帮助下赶走了鹅的故事，并借助金奎叔的话告诉我们（看待周的事物，如果从不同的角度出发，就会得到不同的结果）。 19.《一只窝囊的大老虎》通过讲述作者上小学时扮演老虎，因为不会豁虎跳而使演出失败的故事，表现了作者（求真）的精神和（对童年生活的眷恋）之情。 20.《陀螺》一文以（陀螺）为线索，主要叙述了作者的一只其貌不扬的陀螺战胜大陀螺的事情，作者从中悟到了（“人不可貌相，海水不可斗量”）的道理，并体会到了成长中的快乐。 板块二：识字加油站 1、听写词语 甚至顽皮故意脖子扑打忙乱大概助威 昏乱结实汉子可笑平白摸索跪下捶背 绕圈脱离惹怒握住摔倒任凭掐住摇摆 文艺表演角色期待排练危机充分自信 提示撤换紧张砸锅至今片段咱俩圈套 衣裤逃跑头罩亏得挖坑否则旋转况且
椅子仍然尤其预料顽强溃败自豪旋风 士兵帅气品尝小丑恨不得冰天雪地重整旗鼓得心应手手舞足蹈摇头晃脑不动声色通情达理哄堂大笑无缘无故 2、认读词语 拳头捶背衣襟胳膊酒瓶恐怖欺负轮流 羡慕角色殷切撇嘴笨拙瞌睡陀螺冰尜 妩媚铁钉绰号角锥鼻涕责骂懊恼恍惚 嘲笑寂寞挑衅扭身辉煌荣誉由衷韭菜 芥菜芹菜青蒜辣椒莲藕红薯芋头 3、易错读音 捶(chuí)背甚(shèn)至拳(quán)头 胸(xiōng)口胳膊(bo) 掐(qiā)算 黄昏(hūn) 摔(shuāi)打凭(píng)借 囊(náng)括羡(xiàn)慕砸(zá)开 殷(yīn)切豁(huò)虎跳撇(piě)嘴 笨拙(zhuō) 钉(dīng)子兵(bīnɡ)器 彻(chè)底丑(chǒu)小鸭旋(xuán)转 可恨(hèn) 帅(shuài)气况(kuàng)且4、多音字
（0456）《体育公共关系》复习思考题 一、名词解释 1、体育组织 2、体育公众 3、公众 4、大众传播 5、体育公共关系专题活动 6、企业文化 7、组织形象 8、传播 9、礼仪 10、体育公共关系部 11、记者招待会 12、目标导向 13、互利观念 14、公众观念 15、职业道德 16、体育公共关系计划的实施 17、公共关系活动(实务) 18、从众心理 19、公关策划 20、整合营销传播 21、公共关系 22、差异观念 23、美誉度 24、体育竞赛 25、社会公益活动 二、简答题 1、公共关系与社会上抨击的“庸俗的拉关系”现象有什么本质上的区别？ 2、如何理解“体育公共关系是以推动体育发展总体目标的一类公共关系策划和实 践活动”这句话？ 3、什么是体育组织？体育组织的构成要素有哪些？ 4、体育组织有何特性？ 5、体育公众的界定及其特征
6、体育公共传播有何特点？ 7、体育公共关系的作用 8、试阐述实现体育公共关系的协调功能，需要行使哪些职责？ 9、举例说明体育公共关系的效益功能 10、试述体育公共关系的基本原则对现实体育组织目标的作用 11、体育公共关系从业人员应如何树立自己的形象？ 12、体育公共关系从业人员应该具备哪些能力？如何获得这些能力？ 13、什么是公众？什么是受众？其主要区别是什么？ 14、作好边缘公众的工作对组织的发展有什么意义？ 15、社区体育公共关系的处理技巧 16、什么是大众传播？它有哪些特点？ 17、简述大众传播与体育的关系 18、大众传播媒介有哪些类别？在体育公关活动中如何选择合适的传播媒介？ 19、试举例说明传播技巧在各类公关关系活动中的作用。 20、体育公共关系策划在体育实践工作中有何重要意义？ 21、体育公共关系策划的步骤 22、简述体育公共关系计划实施中的反馈调整原则。 23、体育公共关系评估一般分为几个步骤？它们之间有什么关系？ 24、体育公共关系活动评估的重要性 25、礼仪在体育公共关系活动中的价值体现 三、论述题 1、常见的体育新闻稿件的写作方法有哪几种？ 2、简述体育公共关系新闻的主要特征 3、简述体育公共关系广告的类型及创作技巧 4、什么是体育公共关系专题活动？它对体育组织的发展有什么作用？ 5、体育庆典的公关意义何在？ 6、什么是CI策划？其意义体现在哪些方面？ 7、什么是企业文化？如何理解体育类企业文化？ 8、企业文化的特征与功能有哪些 9、企业组织的企业文化对公共关系活动有哪些影响？ 10、培育企业文化的途径有哪些？ 11、论述在商品经济条件下，体育工作必须开展公共关系工作的理由。 （0456）《体育公共关系》复习思考题答案 三、名词解释 1、作为体育公共关系活动主体的体育组织，它是人们按照特定的目标、任务和形 式建立起来的协调力量和行为的合作系统。 2、因面临某个共同问题而形成的并与体育组织利益相关且相互影响、互相作用的 社会群体称为体育公众 3、公众，是指与特定的社会组织发生联系，并对其生存发展具有影响的个人、群
生物信息学复习题 名词解释 1. Homology (同源):来源于共同祖先的序列相似的序列及同源序列。序列相似序列并不一定是同源序列。 （直系同源）：指由于物种形成的特殊事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，它们具有相似的功能。 （旁系（并系）同源）：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因复制产生的一组基因，这些基因在功能上的可能发生了改变。基因复制事件是促进新基因进化的重要推动力。 (异同源)：通过横向转移，来源于共生或病毒侵染而产生的相似的序列，为异同源。 Score：The sum of the number of identical matches and conservative (high scoring) substitutions in a sequence alignment divided by the total number of aligned sequence characters. Gap总是不计入总数中。 6.点矩阵（dot matrix）：构建一个二维矩阵，其X轴是一条序列，Y轴是另一个序列，然后在2个序列相同碱基的对应位置（x，y）加点，如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线，如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线；如果完全没有相似性则不能连成直线。 7. E值：得分大于等于某个分值S的不同的比对的数目在随机的数据库搜索中发生的可能性。衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列（query）相匹配的随机或无关序列的概率，E值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小，也即相似性越能反映真实的生物学意义，E值越接近零，越不可能找到其他匹配序列。 值：得分为所要求的分值比对或更好的比对随机发生的概率。它是将观测得到的比对得分S，与同样长度和组成的随机序列作为查询序列进行数据库搜索进行比较得到的HSP（高分片段对）得分的期望分布联系起来计算的。通常使用低于来定义统计的显著性。P=1-e-E 9.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法,是序列相似性分析的基础，其不同的选择将会出现不同的分析结果。 10．空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。 ：美国国家生物技术信息学中心，属于美国国立医学图书馆的一部分，具有BLAST, Entrez ,GenBank等工具，还具有PubMed文献数据库。另外还具有Genome, dbEST, dbGSS , dbSTS, MMDB, OMIM, UniGene, Taxonomy, RefSeq, etc. 序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有大于号（>）开始的核苷酸或者氨基酸序列的新文件，其中大于号后可以跟上序列的相关信息，其他无特殊要求。 13genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释，主要包含生物功能或数据库信息；第三部分是feature，对序列的注释；第四部分是序列本身，以“统发生树（Phylogenetic tree ）是研究生物进化和系统发育过程中的一种用树状分支图来概括各种生物之间亲缘关系，是一种亲缘分支分类方法。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。是用来研究物种进化与多样性的基础，是相近物种相关生物学数据的来源。17.基因树与物种树：物种树反映一组物种进化历程的系统树，其中每一个内部节点就代表一个物种形成的过程，而基因树则是代表来源于不同物种的单个同源基因的差异构建的系统树，而其内部的一个节点则代表一个祖先基因分化为两个新的独特的基因序列的事件。基因
【名师课堂】部编版四年级语文下册 第六单元知识点梳理 知识点一：字音精讲 1.易读错的字音 吃荤（hūn）攥（zuàn）着黝（yǒu）黑苇絮（xù）笤（tiáo）帚（zhōu）扭（niǔ）身糠（kāng）皮嗖嗖（sōu）哐（kuāng）啷（lāng）门槛（kǎn）拧（níng）紧推搡（s ǎng） 劫（jié）难糠（kāng）皮嘟囔（nāng）刀鞘（qiào）咧（liě）嘴趔（liè）趄（qiè）吆（yao）喝漩（xuán）涡恍（huǎng）惚（hū）嘱（zhǔ）咐雪屑（xiè）济济（jǐ）轮廓（kuò）捋（luō）下祈（qí）求 2.易混淆的多音字 zuān（钻研） lù（露营） sāi（塞车） luò（落叶） bā（扒开） zhá（挣扎） 钻露塞落 là（落下）扒扎 zā（包扎）zuàn（钻石） lòu（露面） sài（边塞） lào（落枕） pá（扒手） zhā（扎起） 知识点二：词语精讲 1.词语听写 保姆滋味谜语翘起恍惚和尚潦草沮丧倔强拘束熟悉妨碍倾覆空寂抛落抚摸清新 唯恐遗憾晋察冀藏猫猫光溜溜睁眼瞎鼓囊囊手榴弹红绸子大拇指暖和和亮堂堂 毛茸茸蓬松松笑眯眯芦苇芦花柔软扭身泥鳅发愣苇席哐啷咔啦枪栓嗖嗖拧紧胳膊劫难炕沿枕头鬼脸戒指柜板枪声扒开敌人尸首漩涡防备慌忙 2.熟记四字词语
咕咚咕咚哗啦哗啦唔哩哇啦推推搡搡嘟嘟囔囔嗷嗷直叫风靡全国一生不吭 哭声嘹亮老老少少干干净净漫天大雪咯吱咯吱啧啧称赞有志不在年高飘飘悠悠 钻上钻下黝黑发亮嗡嗡嗡嗡歪歪斜斜吧嗒吧嗒 3.形近字 柜（柜子）绸（绸缎）尸（尸体）慌（慌忙）搏（搏击）晋（晋中）炕（土炕）栓（木栓） 拒（拒绝）调（调节）户（户口）谎（说谎）膊（胳膊）普（普通）坑（火坑）拴（拴紧） 4.近义词 潦草—马虎沮丧—失落镇静—沉着拘束—拘谨抱怨—埋怨妨碍—阻碍厚实—结实空寂—空旷 唯恐—害怕歪歪斜斜—歪歪扭扭柔软—柔嫩扭身—转身发愣—发呆劫难—灾难温和—温柔 防备—防守慌忙—慌乱嘱咐—叮嘱恍惚—隐约倔强—固执 5.反义词 镇静—慌乱拘束—洒脱熟悉—陌生鲜明—灰暗空寂—热闹便宜—昂贵仰—俯 柔软—坚硬温和—严厉慌忙—镇静恍惚—清楚倔强—温顺潦草—工整沮丧—兴奋 6.词语搭配 (惊慌)地看着 (嗷嗷)地叫着 (飘飘悠悠)地飞来 (雪白)的芦花 (飘着)的浮云 (悲伤)地哭着（愤怒)地指着 (鹅毛般)的苇絮 (明亮)的眼睛 (黄绿)的芦苇 知识点三：句子精讲 1.比喻句 （1）一只胖胖的手在我的手掌里,像一条倔强的活鱼一样挣扎着。 （2）蓝蓝的天上飘着的浮云像一块一块红绸子，映在还乡河上，像开了一大朵一大朵鸡冠花。（3）芦花开的时候，远远望去，黄绿的芦苇上好像盖了一层厚厚的白雪。风一吹，鹅毛般的苇絮就飘飘悠悠地飞起来，把这几十家小房屋都罩在柔的芦花里。
一：名词解释 1.生物信息学 2.NCBI 3.PubMed 4.生物芯片 5.BLAST 6.UniProt 7.电子克隆 8.EMBL 二：填空题 1.基因芯片可以分为 2. 人类基因组全序列分析分两大步骤即制图和测序，并最终绘制出四张 图谱： 3. 分子系统发生分析主要分为三个步骤即 4. 国际上最主要的三大核酸序列数据库分别是 5. 蛋白质得分矩阵有 7. 文献是掌握科研进展的最直接方式，目前由NCBI维护的大型文献资源 是。 3. 用于核酸序列比对中常见的三种得分矩阵，分别为 4. 根据生物芯片探针分子类型的不同，可以将生物芯片哪三种， 5. 核酸序列分析所获得的信息主要有（举例说明四个） 6. 限制性酶切分析是分子生物学实验中的日常工作之一，这方面最好的
限制酶数据库是 三：选择题 1、如果试图确定一个新蛋白质序列属于哪一个蛋白质家族，或该序列 可能包含何种结构域或功能位点，应使用：（） A: PROSITE数据库 B: DDBJ数据库 C: PIR数据库 D: PDB数据库 2、构建序列进化树的一般步骤不包括：（） A：建立DNA文库 B：建立数据模型 C：建立取代模型 D：建立进化树3、BLAST教案所程序中，哪个方法是不存在的？（） A：BLASTP B：BLASTN C：BLASTX D:BLASTQ 4. 以下常见的几个物种，哪一个目前还没有完成全基因组测序：（）A: 茶树 B: 玉米 C: 水稻 D: 小鼠 5、向核酸序列数据库（GenBank/EMBL/DDBJ）提交数据，应该使用下面 哪个软件：（）。 A： Blast B：Sequin C：SRS D：Swiss-Model 6、在蛋白质序列数据库中比较查询手头未知的蛋白质序列，应使用Blast中哪个具体的算法：（）。 A：BLASTX B：tBLASTN C：BLASTP D：BLASTN 7、下列中属于一级蛋白质结构数据库的是：（） A：EMBL B：DDBJ C：PDB D：SWISS-PROT 8、下面不属于SWISS-PROT蛋白质数据库的注释范畴的是：（）A: 与其它蛋白质的相似性 B: 蛋白质的二级结构 C: 由于缺乏该蛋白质而引起的疾病 D: 核酸的功能描述 9、下列属于蛋白质二级结构预测的软件程序是（） A： BLASTX B：SOPMA C：DNAstar D：GO
语文A版四年级语文上册第六单元知识梳理 分类：教学札记 2011-12-29 20:45阅读(?)评论(0) 第六单元知识梳理 单元知识分析： 本单元围绕“诚信、真爱”这一主题编排四篇课文，通过本单元的学习， 使学生认识到“诚信”比金钱更重要，父爱有很多种，真爱有别于溺爱，他能促使人进步，健康成长，爱是相互的，人与大自然中的生命也有爱，蝉的生命是短暂的，但它却利用有限的生命尽情歌唱。 单元学习目标： 学生从课文的学习中能感受到诚信的魅力，体会到真爱的温暖，树立积极向上的人生态度，教师要在教学中整合多种资源，关注课内外，关注学生已有的生活经验，引导学生走进教材，通过多种形式的诵读感悟文章的语言和意境，达到在读中识字，在读中提高朗读能力、在读中悟理，在读中积累运用语言的目的。 语文乐园中安排了象形字、反义词构成的四字词语，关于“雪”的名诗名句，写字板，阅读欣赏，学会读广告并按广告的要求写广告。 单元知识框架：
21、《比金钱更重要》课后练习 一、基础知识 1、会写字填空 检测侧身碰撞车辆照顾陌生车票无人知晓 2、近义词选择填空 义务责任 （1）教育好学生是教师的（）。 （2）好好学习是学生的（）。 事故故障 （1）他的汽车出了一点（），发动不起来。 （2）那边围了许多人，好像出了什么（）。 3、加一加，再组词 ＿＿＿（）＿＿＿（） 成＿＿＿（）则＿＿＿（） ＿＿＿（）＿＿＿（） 4、多音字 ----------------（） ----------------（）尽重 ----------------（） ----------------（）
二、病句门诊 1、早晨，我穿着毛衣和帽子去上学。 _________________________________________________________ 2、春天的北京是个美丽的季节。 _________________________________________________________ 3、准备去买一批书。 _________________________________________________________ 三、阅读理解 1、课内阅读（阅读课文1-----3段回答问题） （1）文中用到的关联词是___________________，请你用这个关联写一句 话。 ------------------------------------------------------------------------------------------------ （2）那句话说明绿色小汽车的主人也有过失，但“我”主动承认事故责任？ 用“------------”在文中画出来。 （3）没有见到车主，“我”是怎么做的？说明了什么？ ______________________________________________________________ ___ ______________________________________________________________ ___ 2、课外阅读 太好啦太好啦听妈妈说我家的电脑跨上了信息高速路我情不自禁地欢呼起来电脑网络这个新鲜玩意儿到底是什么呢爸爸告诉我：“它就像一个遍布全球的巨大蜘蛛网，把每一个国家，每一个城市，甚至每一个家庭连接到一起。在互联网里，可以查阅信息，便捷地了解周围的世界；可以用自己的电子邮箱和全世界的小朋友建立联系；还可以参加网络上的购物、拍卖等各种活动。有了网络，咱们的地球就变成了一个小村庄，五湖四海的人们可以随时进行交流。 （1）、把文中缺标点符号的地方补上标点符号。
公共关系基础教案 此文档为WORD版可编辑修改
公共关系基础教案 目录 第一章形成意识 第一节公共关系的含义 第二节公共关系的基本特征 第三节现代公共关系的兴起和发展及对我国现代化建设的促进 第四章沟通协调 第一节组织内部的公共关系 第二节组织外部的公共关系 第五章培养素质 第一节公共关系人员的形象 第三节公共关系人员的基本条件 第三节公共关系人员的能力 第六章交际礼仪 第一节一般社交礼仪 第二节对外交往礼仪 第三节有关场合礼仪 第七章语言表达 第一节交际与交际技巧 第二节语言表达的基本要求 第三节陈述、说明和议论
第四节即兴发言 第八章演讲商谈 第一节演讲的作用和风度第二节演讲的语言技巧 第三节商谈的原则和过程第九章活动策划 第一节公共关系活动的方式第二节公共关系专题活动第四节公共关系策划 第十章 第十一章
第一章形成意识 第一节公共关系的含义 【教学内容分析】 学习公共关系科学，首先要了解公共关系的基本含义，公共关系的基本概念，通过案例的分析学习深入了解体会公共关系的内涵。 【教学目标】 知识目标和技能目标：理解公共关系的基本含义，公共关系状态、公共关系活动、公共关系 意识,树立初步的公共关系意识。 情感目标：提高公共关系学习的信心和热情。 【教学重点和难点】 教学重点：理解公共关系的基本含义，公共关系状态、公共关系活动、公共关系意识。 教学难点：树立公共关系意识，提高学生学习公共关系的信心。 【课时安排】1课时 【教学方法】讲述法、案例分析法、讨论法
【课堂外延】 1．知识补充：案例推荐 (1)有一位老人家的海尔电冰箱坏了，声音像拖拉机的响声一样大，老人家吓坏了，赶紧查海尔的服务电话，打过去。“我家的冰箱坏了，需要你们过来修一下”。然后告之在什么地点，冰箱大约什么样之类的。半个小时左右，一位服务人员骑着摩托过来了，进门就拿出一个单子说；“先生你先给我签字。老人心想冰箱还没给我修，让我签什么字？他说：“你帮我签一下，你是几点给我打的电话，还有我是几点到达的就可以”。 签完以后，他走到冰箱处，听一听，摸了摸，说：“先生你这个冰箱在这儿肯定修不好，需要拉走，我们会在两小时内把冰箱拉走，同时用一台冰箱来替换这个冰箱”。他走之前，老人问：“你进家门不看冰箱，为什么先签那个”。他说我们有一个时间的要求，必须在若干分钟内达到，让客户确认，不然要扣我们的工资，这让我们有了压力，必须高质量的完成好我们的工作。 两小时内，来了一个汽车，好几个人抬走了坏的冰箱，把替换的冰箱弄好，装上，插上电源，布都给你擦干净了，大约两天以后再把修好的给你送过来，替换的再拉走。后来老人讲如果我还需要微波炉，就买海尔的，就买海尔的。 （2）美国有一个豪诚公司，是多元化发展的公司。有一次两个员工出差，飞机在空中盘旋好长时间，机组人员已经通知所有乘客，飞机面临很大威胁。经过四十几分钟的空中搏斗以后，飞机安全着陆了，豪诚这两个员工就想利用这个机会宣传一下公司，他们向乘务人员要了纸笔写下了这样的字，“豪诚公司祝大家永远平安”、“豪诚公司向战胜这次空难的所有同胞致敬，并请你们享用豪诚的啤酒”。 当这两个员工手中拿着纸片下飞机的时候，所有的记者的镜头，所有记者的跟踪访问都围绕他俩展开，由此豪诚公司的啤酒生意在整个美国西部地区首屈一指。 （3）《公共关系实例与运作》中公关职能一章的〈长城托起长城饭店〉 2．拓展训练： 在我们身边，可以开展哪些公关活动，提高同学们的礼仪形象，做文明学生，并提高自己所在组织（班级）的形象。
——古A．名词解释 1. 生物信息学：广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获取，加工，储存，分配，分析和解释。狭义是指综合应用信息科学，数学理论，方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据的科学。 2. 基因芯片：将大量已知或未知序列的DNA片段点在固相载体上，通过物理吸附达到固定化（cDNA芯片），也可以在固相表面直接化学合成，得到寡聚核苷酸芯片。再将待研究的样品与芯片杂交，经过计算机扫描和数据处理，进行定性定量的分析。可以反映大量基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。 3. NCBI：National Center for Biotechnology Information.是隶属于美国国立医学图书馆（NLM）的综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 4. EMBL：European Molecular Biology Laboratory.EBI为其一部分，是综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 5. 简并引物：PCR引物的某一碱基位置有多种可能的多种引物的混合体。 6. 序列比对：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。
7. BLAST：Basic Local Alignment Search Tool.是通过比对(alignment)在数据库中寻找和查询序列(query)相似度很高的序列的工具。 8. ORF：Open Reading Frame.由起始密码子开始，到终止密码子结束可以翻译成蛋白质的核酸序列，一个未知的基因，理论上具有6个ORF。 9. 启动子：是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必须的一段DNA序列。原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成，核心启动子包括-35区（Sextama box）TTGACA，-10区（Pribnow Box）TATAAT，以及+1区。真核生物启动子包括远上游序列和启动子基本元件构成，启动子基本元件包括启动子上游元件（GC岛，CAAT盒），核心启动子（TATA Box，+1区帽子位点）组成。 10. motif：模体，基序，是序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式。 11. 分子进化树：通过比较生物大分子序列的差异的数值重建的进化树。 12. 相似性：序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相似DNA碱基或氨基酸残基序列所占的比例。 13. 同源性：两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论。
第六单元考点梳理 考点一：字音 1. 易混的多音字 ｎāｎｇ（软鼓囊囊）ｋēｎｇ（一声不吭） 囊ＮáＮＧ（皮囊）吭ＨáＮＧ（引吭高歌） sāi（活塞）qiáng（坚强） 塞sài（边塞）强qi ǎng（勉强） sè（堵塞）jiàng （倔强） 2. 易读错的字 晋级（jìn）扭打（ｎｉǔ）捆绑（kǔn）枪栓（ｓｈｕāｎ）苇絮（ｘù）扒开（ｂā）趁机（ｃｈèｎ）安徽（ｈｕī）嘴唇（ｃｈúｎ）倔强（ｊｕé） 沮丧（ｊǔ）叮嘱（ｚｈǔ）嘹亮（ＬＩáＯ）纸屑（ｘｉè）搓手（ｃｕō） 祈求（ｑí）遗憾（ＨàＮ）沮丧（ｊǔ）轮廓（ｋｕò） 考点二：词语听写 土炕铅笔迈步胳膊劫难绸缎扒开敌人尸首趁早慌张防备戒指晋察冀消防栓飘飘悠悠哗啦哗啦歪歪斜斜 推推搡搡软鼓囊囊日益高涨满头大汗一声不吭不约而同 考点三：词语积累 1. 词语搭配 厚厚的白雪鹅毛般的苇絮柔软的芦花长长的步枪光溜溜的脊背
2. 3. 4. 考点四：句子赏析 1. 我们是中国人，我们爱自己的祖国。。 品析：这是雨来能够掩护革命干部、同敌人作斗争的思想基础，正是因 为雨来有对祖国深切的爱，才有了后面勇救交通员、勇斗敌人的故事。 2. 有志不在年高。 品析：有志气不在于年纪大，指人贵在有志，不能凭年龄大小来衡量志 气的大小；只要有志气，年轻也能做出优异成绩。这是人们对雨来的赞扬， 雨来热爱祖国、勇敢机智的品质深深感动、激励着芦花村的人们。 考点五：课文理解 可怕的狂热 奇妙的事情 金黄的稻草 细软的绒毛 空寂的街上 清新的空气 近义词 针刺般的寒冷 劫难—— 灾难 趔趄—— 踉跄 商量—— 商议 防备—— 防范 爽气—— 爽快 胆怯—— 害怕 拘束—— 拘谨 妨碍—— 阻碍 祈求—— 祈祷 反义词 温和—— 暴躁 柔软—— 僵硬 防备—— 松懈 凶恶—— 和善 紧张—— 松懈 狂热—— 冷淡 镇静—— 慌乱 厚实—— 单薄 欣喜—— 悲伤 描写人物性格特点的词语 文质彬彬 宽以待人 知难而上 不拘小节 直率坦诚 足智多谋 目中无人 逆来顺受 光明磊落 心直口快 谨小慎微 斤斤计较
1、公共关系的英文是（ A ） A 、 publicrelations B 、 publicrelation C 、 publicationrelations D 、 publication relation 2、公共关系学可直接称为（ A ） A 、公众关系 B 、人际关系 C 、人群关系 D 、社区关系 3、组织与公众联结的方式是（ B ） 6、公共关系的主体是（ C ） 7、公共关系的客体是（ A ） 8、公共关系的中介环节是（ B ） 9、（ B ）是指与组织虽有关系，但联系较少，影响较小的一类公众，其重要性最 小。 第2章 第1章 A 、大众传播 B 、传播 C 、人际沟通 D 、 舆论宣传 A 、社会公众 B 、传播 C 社会组织 D 、 政府官员 A 、社会公众 B 、传播 C 社会组织 D 、 政府官员 A 、社会公众B 、传播C 社会组织 D 、 政府官员 A 、潜在公众B 、边缘公众C 独立公众 D 、知晓公众 10、（C ）又称为中立公众或不确定公众 或未表态的公众。 ,是指那些持中立态度或态度不明确 A 、潜在公众 B 、边缘公众 C 独立公众 D 、知晓公众
11、利用新闻媒介揭露垄断企业“愚弄公众”的现象，形成了美国近代史 上著名的（C）。 A、报刊宣传运动 B、便士报C揭丑运动D、民主政治运动12、1906年, 艾 维李发表的著名文件是（B）。 A、《有效的公共关系》B《原则宣言》C《公众舆论之形成》D、《公共关系学》 13、被誉为“公共关系之父”的是（艾维。 李）。 第3章 16、组织形象的基础是（D）。 A、员工形象 B、管理形象C机构形象D、产品形象17、设计一个具有独特风格的组织名称和商标是处于（B）。A、初创时期B、发展困难时期C发展顺利时期D、形象受损时期 18、民主参与法是用来协调（D）的。 A、外部公众关系 B、顾客公众关系 C、媒介公众关系 D、内部公众关系 19、树立交往合作的观念，提高社交能力属于公众关系的（D） 。 A、优化环境功能 B、提高素质功能C塑造形象功能D、协调关系功能 20、组织公共关系活动的出发点应当是（A）。 A、从事实出发 B、从理想出发C从利益出发D、从专家意见出发 21 、组织最需要广告宣传，可恰恰拿不出大笔广告费是组织处于（ 初创时期B、发展困难时期C发展顺利时期D、形象受损时期A）A、 第4章 26、公共关系部是一种具有服务性质的、较高层次的间接（D） 。 A、管理者 B、领导者C生产者D、管理部门
中科院生物信息学期末考试复习题 陈润生老师部分： 1.什么是生物信息学，如何理解其含义？为什么在大规模测序研究中，生物信息学至关重要？ 答：生物信息学有三个方面的含义： 1)生物信息学是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和 解释的所有方面，是基因组研究不可分割的部分。 2)生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，破译隐藏在DNA序列中的遗传语 言，特别是非编码区的实质；同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测；其本质是识别基因信号。 3)生物信息学的研究目标是揭示“基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律”。它 是当今自然科学和技术科学领域中“基因组、“信息结构”和“复杂性”这三个重大科学问题的有机结合。 2.如何利用数据库信息发现新基因，其算法本质是什么？ 答：利用数据库资源发现新基因，根据数据源不同，可分2种不同的查找方式： 1)从大规模基因组测序得到的数据出发，经过基因识别发现新基因： （利用统计，神经网络，分维，复杂度，密码学，HMM，多序列比对等方法识别特殊序列，预测新ORF。但因为基因组中编码区少，所以关键是“数据识别”问题。）利用大规模拼接好的基因组，使用不同数据方法，进行标识查找，并将找到的可能的新基因同数据库中已有的基因对比，从而确定是否为新基因。可分为：①基于信号，如剪切位点、序列中的启动子与终止子等。②基于组分，即基因家族、特殊序列间比较，Complexity analysis，Neural Network 2)利用EST数据库发现新基因和新SNPs： （归属于同一基因的EST片断一定有overlapping，通过alignment可组装成一完整的基因，但EST片断太小，不存在数据来源，主要是拼接问题） 数据来源于大量的序列小片段，EST较短，故关键在正确拼接。方法有基因组序列比对、拼接、组装法等。经常采用SiClone策略。其主要步骤有：构建数据库；将序列纯化格式标准化；从种子库中取序列和大库序列比对；延长种子序列，至不能再延长；放入contig库①构建若干数据库：总的纯化的EST数据库，种子数据库，载体数据库，杂质、引物数据库，蛋白数据库，cDNA数据库； ②用所用种子数据库和杂质、引物数据库及载体数据库比对，去除杂质； ③用种子和纯化的EST数据库比对 ④用经过一次比对得到的长的片段和蛋白数据库、cDNA数据库比较，判断是否为已有序列，再利用该大片段与纯化的EST数据库比对，重复以上步骤，直到序列不能再延伸； ⑤判断是否为全长cDNA序列。 （利用EST数据库：原理：当测序获得一条EST序列时，它来自哪一个基因的哪个区域是未知的（随机的），所以属于同一个基因的不同EST序列之间常有交叠的区域。根据这种“交叠”现象，就能找出属于同一个基因的所有EST序列，进而将它们拼接成和完整基因相对应的全长cDNA序列。而到目前为止，公共EST数据库(dbEST)中已经收集到约800万条的人的EST序列。估计这些序列已覆盖了人类全部基因的95%以上，平均起来每个基因有10倍以上的覆盖率。）
四年级第八册第六单元整组教学 专题走进田园热爱生活 一．单元要点分析 本组教材围绕“走进田园，热爱乡村”这一专题，编排了四篇文章。都围绕乡村生活，田园风光来叙事描写。 《乡下人家》描写了富有诗意的乡村生活；《牧场之国》展现了异国的田园风光；《古诗词三首》更是生动地再现了一幅幅乡村风光，田园诗趣的图画；《麦哨》则侧重于描绘了乡村儿童在田间无拘无束，充满乐趣的童年生活。每篇文章虽然从不同角度描写了乡村的景色和生活，描写方法也各具特色，但都表达了同样的情感，即对乡村田园生活由衷地热爱，赞美与向往。 21 乡下人家 文章按房前屋后的空间顺序和春夏秋三季，白天傍晚夜间的时间顺序交叉描写，展现了乡下人家朴实自然和谐，充满诗情画意的乡村生活，也赞扬了乡下人家热爱生活，善于用自己勤劳的双手装点自己的家园，装点自己生活的美好品质。作者还通过对动植物拟人化的描写来表达自己热爱乡村生活的情感。 22 牧场之国 课文为我们描绘了荷兰牧场白日的辽阔无际，宁静和谐和夜晚的祥和寂静，神秘含蓄，让我们看到了荷兰牧场和运河交错的独特地形，看到了荷兰蓝天，碧草，牛羊组成的优美迷人，自然和谐的景观，所以作者四次讲到“这就是真正的荷兰”。这既是作者在向人们介绍荷兰的特点，更是对荷兰的美景发出的赞叹。本文语言生动，形象传神，比喻，拟人是本文语言上的一个突出特点。 23 古诗词三首 《古诗词三首》分别写了乡村田园与水乡渔村的勤劳，快乐的生活，表达了乡野生活的平静，安宁。在读中体会田园，渔乡的生活，或繁忙或闲适，或安宁，以读来体会理解，对诗歌展开想象，进行相象，补充，构成美好的画面，用自己的语言进行描绘，使文章更加生动，具体。 24 《麦哨》 以生动有情趣的笔调抒写着乡村孩子快乐的童年，在声声麦哨里，孩子们勤劳地割草，快乐地嬉戏，嘴馋地吮吸，表现了乡村浓浓的欢乐。教学中了解作者
1.体育组织的含义 作为体育公共关系活动主体的体育组织，它是人们按照特定的目标、任务和形式建立起来的协调力量和行动的合作系统。 2.体育组织的构成要素 1.目标及任务 2.人员 3.物质条件 4.内在结构与机制 5.信息联系 3.体育公共关系的性质 1.以公众为目标 2.以获得美誉为目标 3.以真诚为信条 4.以互惠为原则 5.以沟通为手段 6.以长期性、战略性、持久性为基本方针 4.体育公众 因面临某个共同问题而形成的与体育组织利益相关且相互影响、相互作用的社会群体称为体育公众。 体育公众的特征： 相关性、同质性、群体性、多维性、可变性。 5.体育公众的分类 1.根据体育公众与体育组织的相互关系分类：内部体育公众和外部体育公众 2.根据体育公众对体育组织的不同态度分类：顺意体育公众，逆意体育公众，独立体 育公众。 3.根据体育公众对体育组织的重要性不同分类：首要体育公众，次要体育公众，边缘 体育公众 6.体育公共关系传播的特点：双向性，共享性，快速性，广泛性（25） 7.信息传播在体育公共关系中的作用 1.信息传播可以使体育公共关系主体准确地把握自身与现实环境及其关系的真实状 况 2.信息传播可以使体育公共关系主体增强选择能力，扩大选择范围，从而提高决策的 可行性 3.信息传播可以使体育公共关系主体的预定目标易于实现。 8.体育公共关系传播的基本方式 一．人际传播 特征：1个体性强 2参与度高 3从传播的信息看，其交流的手段丰富，符号多样化 4从传播的反馈看，其速度最快，交流的双方最易于相互调整适应 5最富有人情味 6不利于信息广泛、迅速、准确的传递 二．体育组织传播 特称：1.有特定的传播主体——体育组织
公共关系学复习资料： 1、公关三要素：社会组织，公众，传播活动。公关三特征：以事实为依据、以传播为手段、以互惠为原则。 形象：公众对社会组织的总体评价，也是社会组织的表现与特征在公众心目中的反映。 2、公共关系的含义：社会组织为了塑造组织形象，通过传播、沟通手段来影响公众的科学与艺术。它有公共关系状态、公共关系活动、公共关系学科这三种指代。 3、组织形象识别：组织形象识别是由社会组织制作识别体系，进行公关传播活动，进入公众视野，从而形成组织形象。 组织形象识别系统包括：物系统——VI（设计整合化）——组织的脸 人系统——MI（理念共识化）——组织的心事系统——BI（活动环境化）——组织的手评介组织形象的三个基本指标：认知度（一个社会组织被社会公众所认识、知晓的程度，包括深度和广度）、美誉度（一个社会组织获得公众赞美、称誉的程度）、和谐度（一个社会组织在发展运行过程中，获得目标公众态度认可、情感亲和、言语宣传、行为合作的程度） 4、公关的兴起和发展： 1\艾维.李，核心理论：公众必须被告知—向公众讲真话； 2\伯纳斯，核心理论：投公众所好； 3\卡特里普与森特，《有效公共关系》，公关圣经； 4\格鲁尼格，公关实践的四种模式：新闻代理模式，公共信息模式，双向非对称模式，双向对称模式。 5中国公关兴起的背景： 闭关锁国走向对外开放；计划经济走向市场经济；政府本位走向社会组织本位；社会媒介资源匮乏走向媒介化社会。 中国公关目前存在的问题：社会公众对公共关系的认识还存在很多误区；整个公关市场仍处于无序状态，缺乏统一的收费标准和服务规范；高素质公关人才的严重缺乏制约了中国公关业的迅速发展；理论研究比较滞后：公关理论水平滞后于公关实践水平、公关基础理论研究滞后于应用性研究、公关研究者的理论视角存在偏差、公关理论研究资源严重缺乏。 中国公关发展趋势：公关运作的国际化和本土化融合趋势大大增强；公关公司定位从代理性发展为咨询顾问性；公关专业服务进一步细化和深化；中资客户将成为中国公关咨询业市场新一轮竞争的焦点；公关人才市场竞争将更趋激烈；公关理论研究更加深入。 4、公共关系的本质属性： （广告本质属性——“付费性”；新闻本质属性——“真实性”；营销本质属性——“交易性”；人际关系本质属性——“个体性”）公共关系的本质属性是“公共性”，即“第三方市场”。公共关系是一种“组织——公众——环境”关系：从组织的角度来看，公共关系通过倡导组织对社会责任的担当，来说通、监督和制造民意，公关人员扮演着“组织的良心”和“道德卫士”的角色；从公众、环境的角度来看，它又代表着公众和环境的意见，向组织传达、沟通。 4、公共关系“4P”: 公众性：Public，是一种对象性；公开性：Publicity，是一种手段性； 公共舆论性：Public Opinion，是一种内容性；公益性：Public Interest，是一种伦理属性。 5、公共关系基本特征： 说真话：是有效公共关系的一个必要条件——信息真实、态度真诚、好事要出门、坏事要讲清 做善事：是积极公共关系的活动方式——利己利人，有社会责任感。 塑美形：是成功公共关系的追求目标——对组织美誉度、和谐度的提升（理念美、行为美、视觉美） 公共关系通俗定义:公共关系是一门说真话、做善事、塑美形的科学和艺术。 6、公共关系的主要功能： 说服：改变组织或公众的态度和行为；制造舆论；影响民意。 倡导：倡导一种组织定位和品牌个性；倡导一种文化认同；倡导优惠的产业政策、优良的以营环境、健康的消费理念。 咨询：为决策提供信息咨询；协助拟定和选择决策方案；从公共关系角度评价决策效果；为确立决策目标提供咨询建议。 管理：战略管理；信息管理；传播管理；关系管理；声誉管理；危机管理；议题管理；活动管理。 7、公关与新闻的比较： 相同点：1都是一种信源的提供者，而且在很大程度上，新闻依赖于公关人员提供的信息。2他们都有相似的价值观，即以事实为基础，以说真话为原则，代表了第三方立场，具有一定的公信力。3他们在舆论上互相控制，在信源上互相依赖，为了交换资源和达成
生物信息学复习题 一、名词解释 生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoring matrix），空位（gap），空位罚分，E值, 低复杂度区域，点矩阵（dot matrix），多序列比对，分子钟，系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致树（consensus tree），bootstrap，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codon bias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif），序列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept，折叠子，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，Gene Ontology Consortium，表谱（profile）。 二、问答题 1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系 2）试述生物信息学研究的基本方法。 3）试述生物学与生物信息学的相互关系。 4）美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主要工作是什么请列举3个以上NCBI 维护的数据库。 ￥ 5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系 6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么 7）简述BLAST搜索的算法。 8）什么是物种的标记序列 9）什么是多序列比对过程的三个步骤 10）简述构建进化树的步骤。 11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。 12）简述邻接法（NJ）的算法思想。 13）简述最大简约法（MP）的算法思想。 14）简述最大似然法（ML）的算法思想。 ? 15）UPGMA构树法不精确的原因是什么 16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其含义。 17）试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18）如何用BLAST发现新基因 19）试述SCOP蛋白质分类方案。 20）试述SWISS-PROT中的数据来源。 21）TrEMBL哪两个部分 22）试述PSI-BLAST 搜索的5个步骤。[ 3） 三、操作与计算题 1）如何获取访问号为U49845的genbank文件解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息： LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999
人教版小学四年级上册语文第六单元知识点整理 第六单元（人间真情）体会：我体会到人与人之间要互相关爱，互相帮助。 教材内容分析： 本组教材编排了三篇精读课文、两篇略读课文。《古诗两首》表现了朋友间真挚的爱，《搭石》体现了乡亲们淳朴的爱，《跨越海峡的生命桥》展现了爱的奇迹，《卡罗纳》诠释了爱的真谛，《给予是快乐的》阐释了爱的哲理。这一篇篇充满人间真情和爱意的课文一定会拨动学生爱的心弦，激起仿效的意愿。 第二十课《古诗两首》 一、《黄鹤楼送孟浩然之广陵》是一篇精读课文，为唐代大诗人李白所写。这首诗表达了诗人送别好友时无限依恋的感情，也写出了祖国河山的壮丽美好。 《送元二使安西》是盛唐著名诗人、画家和音乐家王维所著的一首脍炙人口的送别诗。王维的好友元二将远赴西北边疆，诗人特意从长安赶到渭城来为朋友送行，其深厚的情谊，不言可知。这首诗既不刻画酒筵场面，也不直抒离别情绪，而是别巨匠心地借别筵将尽、分手在即时的劝酒，表达出对友人的留恋、关切和祝福。 二、课内知识 1、这两首诗都是（送别诗），《黄鹤楼送孟浩然之广陵》是唐代大诗人李白所写，这首诗表达了诗人送别好友时无限依恋的感情，也写出了祖国河山的壮丽美好。诗的前两行叙事，后两行写景。 《送元二使安西》的作者是唐代著名诗人王维。表达出对友人的留恋、关切与祝福。 2、诗句意思 （1）故人西辞黄鹤楼，烟花三月下扬州。
这句诗的意思是：我的好友孟浩然在繁花似锦的阳春三月，由黄鹤楼出发，乘船东行到扬州去。“烟花三月”写出了三月的扬州烟雾迷蒙、繁花似锦的景象。 （2）孤帆远影碧空尽，唯见长江天际流。这句诗的意思是：我伫立江边，目送友人的小舟愈行愈远，渐渐消失在水天相接的地方，只望见浩浩荡荡的江水流向天际。“孤帆”并不是说浩瀚的长江上只有一只帆船，而是说诗人的注意力全部集中在好友乘坐的那只帆船上。 （3）劝君更尽一杯酒，西出阳关无故人。 这两行诗由写景转入送别：朋友，请再喝尽这杯醇香的美酒吧，等你西行出了阳关之后，就再也没有一个交情深厚的老友了。“更”字表明（酒已劝了多次、尽了多杯。） 3.相关链接： 送别诗：王维《山中送别》：山中相送罢，日暮掩柴扉。春草年年绿，王孙归不归？ 高适《别董大》：千里黄云白日曛，北风吹雁雪纷纷。莫愁前路无知己，天下谁人不识君。 三、课内阅读题： 黄鹤楼送孟浩然之广陵 故人西辞黄鹤楼，烟花三月下扬州。 孤帆远影碧空尽，惟见长江天际流。 （１）这首诗的作者是_______代大诗人________，其中诗中的“故人”是________。我们以前学过这位作者的诗有____________和________。我还知道他另外一首赠别诗是________。我们学过的这位“故人”的诗有______________。 （２）这首诗紧扣一个“送”字展开，“送”的时间是_____________，“送”的地点是