FLAIR=fluid attenuated inversion recovery，液体衰减反转恢复序列，在脑、脊髓MRI（核磁共振）中常用。在T2WI中可抑制脑脊液的高信号，使邻近脑脊液、具有高信号（长T2）的病变得以显示清楚。
FLAIR序列属于反转恢复序列（inversion recovery，IR），IR序列是属于获得MRI图像的技术中的序列技术。IR序列主要采用180°一90°一180°脉冲组合，在所有序列技术里，图像信息相对较多，但扫描时间相应地也较长。IR序列目前主要包括两种，一种就是FLAIR序列，另一种是STIR序列。
BLAST 核酸/氨基酸序列相似性比较 Blast (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLA ST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。如果您想进一步了解BLAST算法，您可以参考NCBI的BLAST Course ，该页有BLAST算法的介绍。 BLAST的功能 BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。 BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(19 90)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。从最初的BLAST发展到现在NC BI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对序列也考虑在内了。BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要 么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。 所查询的序列和调用的数据库则可以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。 通常根据查询序列的类型（蛋白或核酸）来决定选用何种BLAST。假如是作核酸－核酸查询，有两种BLAST供选择，通常默认为BLASTN。如要用TBLASTX也可，但记住此时不考虑缺口。 BLAST适用于本地查询。可以下载公共数据库，对于该数据库的更新和维护是必不可少的。如果要直接到网上查询也可以（即ＮetＢlast），但记住如果你认为自己的序列很有价值的话，还是谨慎为宜。 如何访问在线的BLAST功能服务? 您只要通过浏览器访问Blast主页(https://www.doczj.com/doc/af2975208.html,/) 。所有的查询和分析都通过浏览器来完成，就象您在您的本地机上一样方便和快捷。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
住宅空间设计概念 导读：我根据大家的需要整理了一份关于《住宅空间设计概念》的内容，具体内容：房屋空间是我们房子的承载容量的总称。我们房屋的空间设计上有很多种类，各种设计的科学与美观都是一门学问。那么，如何设计出美观的房屋空间呢?以下是我为你整理的住宅空间设计的概念，希望能帮到... 房屋空间是我们房子的承载容量的总称。我们房屋的空间设计上有很多种类，各种设计的科学与美观都是一门学问。那么，如何设计出美观的房屋空间呢?以下是我为你整理的住宅空间设计的概念，希望能帮到你。 住宅空间设计的概念 房屋空间设计—房屋空间设计的概念 空间设计是指房子装修完毕之后，利用那些易更换、易变动位置的饰物与家具，如窗帘、沙发套、靠垫、工艺台布及装饰工艺品、装饰铁艺等，对室内的二度陈设与布置以及布艺、挂画、植物等等。家居饰品，作为可移动的装修，更能体现主人的品位，是营造家居氛围的点睛之笔，它打破了传统的装修行业界限，将工艺品、纺织品、收藏品、灯具、花艺、植物等进行重新组合，形成一个新的理念。 房屋空间设计—房屋空间设计的分类 灵动空间，灵动是不把空间作为一种消极静止存在形式，而是寻找灵性，发挥可变、流动、新潮、靓丽的空间形式。为了能适合不同使用功能的需要，常采用灵活多变的分隔形式，如折叠门、可开闭的隔断、影剧场中的
升降舞台、活动墙面、天花板等。在某些需要隔声或保持一定小气候的空间，经常采用透明度大的隔断，以保持与周围环境的流通。 稳固空间，稳固空间是一种经过深思熟虑的使用不变、功能明确、位置固定的空间，因此可以用固定不变的界面围隔而成。如目前居室设计中常将厨房、卫生间作为固定不变的空间，而其余空间可以按用户需要自由分隔。 开敞空间和封闭空间，开敞空间是外向性的，限定度和私密性较小，开敞的程度取决于界面的围合、开洞的大小以及启闭的控制能力等。开敞空间和封闭空间有程度性的区别，如介于两者之间的半开敞和半封闭空间。现在我们的很多大学里都有房屋空间设计这个专业，这是当代建筑设计中必备的一门学科。我们在房屋空间设计中领悟和创新出更多款式的房屋设计，这些设计中不仅能满足不同的人群，人们的选择也多了。空间的设计让我们的房屋更美观，更科学。 住宅空间的设计 随着生活水平的提高，品位也在不断的升高，那么人们对住宅空间设计要求也越来越高。现代住宅空间相对而言，可分为动态空间、静态空间、流动空间、虚拟空间、共享空间等。一个好的住宅空间设计方案，可以让主人充分享受家的温馨。因此，设计师应该从考虑主人的需求和空间的实际情况入手，让主人已有的空间可以得到充分和合理的利用。 如纯白色的涂料，顶层的透光，使走道与室内空间过渡到宽畅的视野当中，主人与设计师在这里用心良苦。很简单的楼梯造型，把空间与采光紧密结合在一起，使阳光充分照射在楼梯与走道之间。家具与物品的合理摆
生物信息学中的序列比对算法 张永１，王瑞２ （１．南昌航空大学计算机学院，江西南昌３３００６３；２．江西大宇职业技术学院，江西南昌３３００３８） 摘要：生物信息学是以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。序列比对是生物信息学中的一个基本问题，设计快速而有效的序列比对算法是生物信息学研究的一个重要内容，通过序列比较可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息，序列比较的基本操作是比对。本文介绍了序列比对算法的发展现状，描述了常用的各类序列比对算法，并分析了它们的优劣。 关键词：生物信息学；双序列比对；多序列比对 中图分类号：ＴＰ３０１文献标识码：Ａ文章编号：１００９－３０４４（２００８）０３－１０１８１－０４ ＳｅｑｕｅｎｃｅＡｌｉｇｎｍｅｎｔＡｌｇｏｒｉｔｈｍｓｉｎＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ＺＨＡＮＧＹｏｎｇ１，ＷＡＮＧＲｕｉ２ （１．ＳｃｈｏｏｌｏｆＣｏｍｐｕｔｉｎｇ，ＮａｎｃｈａｎｇＨａｎｇｋｏｎｇＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｃｈａｎｇ３３００６３，Ｃｈｉｎａ；２．ＪｉａｎｇｘｉＤａｙｕＶｏｃａｔｉｏｎａｌＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｎａｎｃｈａｎｇ３３００３８，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｉｓｔｈｅｓｕｂｊｅｃｔｏｆｕｓｉｎｇｃｏｍｐｕｔｅｒｔｏｓｔｏｒｅ，ｒｅｔｒｉｅｖｅａｎｄａｎａｌｙｚｅｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔｉｓａｂａ－ｓｉｃｐｒｏｂｌｅｍｉｎＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，ａｎｄｉｔｓｍａｉｎｒｅｓｅａｒｃｈｗｏｒｋｉｓｔｏｄｅｖｅｌｏｐｒａｐｉｄａｎｄｅｆｆｅｃｔｉｖｅｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ．Ｗｅｍａｙｄｉｓｃｏｖ－ｅｒｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ，ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌａｎｄｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｉｎｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓｅｑｕｅｎｃｅｓｂｙｓｅｑｕｅｎｃｅｃｏｍｐａｒｉｎｇ．Ｔｈｉｓｐａｐｅｒｉｎｔｒｏｄｕｃｅｓｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐ－ｍｅｎｔａｃｔｕａｌｉｔｙｏｆｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ，ｄｅｓｃｒｉｂｅｓｖａｒｉｅｔｙｏｆｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔａｌｇｏｒｉｔｈｍａｎｄａｎａｌｙｓｅｓｔｈｅａｄｖａｎｔａｇｅｓａｎｄｄｉｓａｄ－ｖａｎｔａｇｅｓｏｆｔｈｅｍ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ；ＰａｉｒｗｉｓｅＳｅｑｕｅｎｃｅＡｌｉｇｎｍｅｎｔ；ＭｕｌｔｉｐｌｅＳｅｑｕｅｎｃｅＡｌｉｇｎｍｅｎｔ １引言 生物信息学是８０年代末随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新的交叉学科，最初常被称为基因组信息学。生物信息学是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是２１世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学和蛋白组学两方面，具体说，是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达结构与功能的生物信息。 生物信息学的研究重点主要体现在基因组学和蛋白质学两方面，具体地说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达结构和功能的生物信息。生物信息学的基本任务是对各种生物分析序列进行分析，也就是研究新的计算机方法，从大量的序列信息中获取基因结构、功能和进化等知识。在从事分子生物学研究的几乎所有实验室中，对所获得的生物序列进行生物信息学分析已经成为下一步实验之前的一个标准操作。而在序列分析中，将未知序列同已知序列进行相似性比较是一种强有力的研究手段，从序列的片段测定，拼接，基因的表达分析，到ＲＮＡ和蛋白质的结构功能预测，物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列的相似性比较。例如，有关病毒癌基因与细胞癌基因关系的研究，免疫分子相互识别与作用机制的研究，就大量采用了这类比较分析方法。这种相似性比较分析方法就称为系列比对（ＳｅｑｕｅｎｃｅＡｌｉｇｎｍｅｎｔ）。目前，国际互联网上提供了众多的序列比对分析软件。然而，不同的分析软件会得到不同的结果，同时所使用的参数在很大程度上影响到分析的结果。有时常常会由于采用了不合适的参数而丢失了弱的但却具有统计学显著性意义的主要信息，导致随后的实验研究走弯路。因此，生物信息学中的序列比对算法的研究具有非常重要的理论与实践意义。 序列比对问题根据同时进行比对的序列数目分为双序列比对和多序列比对。双序列比对有比较成熟的动态规划算法，而多序列比对目前还没有快速而又十分有效的方法。一般来说，评价生物序列比对算法的标准有两个：一为算法的运算速度，二为获得最佳比对结果的敏感性或准确性。人们虽已提出众多的多序列比对算法，但由于问题自身的计算复杂性，它还尚未得到彻底解决，是 收稿日期：２００７－１１－２５ 基金资助：南昌航空大学校自选（ＥＣ２００７０６０８６） 作者简介：张永（１９７７－），男，硕士，辽宁铁岭人，南昌航空大学计算机学院讲师，研究方向：生物信息学、信息处理；王瑞（１９７７－），男，江西大宇职业技术学院外语系助教。
第一节住宅室内设计概念 一、住宅 “住宅”是一种以家庭为对象的人为生活环境。它既是家庭的标志，也是社会文明的体现。 二、社区条件 住宅虽是一独立的家庭居住空间，但它只有归属于一个完整的社区系统，才能充分发挥其生活价值。社区概念，即人类在特定地域内共同生活的组织关系，包含精神与物质条件： 1 、精神条件 (1) 共同的集体背景：相同的传统、习俗教育、职业、宗教。 (2)浓厚的社区意识：相同的生活观念、行为规范和责任心 (3)和谐的整体环境：优美的景观，统一的建筑群。 (4)充分的文教设施：学校、公园、动物园、娱乐中心。 2 、物质条件 （1）完善的公共建筑：电力、电讯、系统。 （2）完善的福利设施：市场，托儿所、交通，卫生，停车场等 第二节住宅室内设计的家庭因素 家庭因素是决定住宅室内环境价值取向的根本条件，其中尤以家庭形态、家庭性格、家庭活动、家庭经济状况等方面的关系最为重要。住宅设计的因素是设计的主要依据和基本条件，也是住宅室内设计的创意取向和价值定位的首要构成要素，合理而协调地处理好这些因素的关系是设计成功的基础。 一、家庭形态 家庭形态包括：人数构成、成员间关系、年龄、性别等。家庭的发展成长阶段的不同，对住宅环境的需要也截然不同。 （一）新生期 家庭从新婚起到第一个儿女出生以前，人口简单，这种家庭无论是独立居住，或与上一代家庭共同居住，利弊参半。独立居住自由而富私密性；共同居住经济富足，有安全感，但私生活易受干扰。 （二）发展期家庭 儿女诞生至少年期、青年期，至另组新生期家庭。 1、发展前期 儿女诞生，至进入少年期。在此阶段，第一代需全力照顾第二代的成长，第二代需依赖第一代而生活。家庭居住形式以两代结合式为最佳一一即将两代的生活空间密切结合，加强有利于第一代成长的设计因素。 2、发展后期 儿女进入青年期始，至另组新生期家庭为止。在此阶段，第二代逐渐成熟，为使两代之间能在和谐亲密中保特适度独立生活和私密性，采用“两代自由式”或“两代分离式”为宜。 （三）再生期家庭 儿女另组家庭。人口减少，第一代人步入中晚年。 （四）老年期家庭 第二代完全离开家庭。 每个家庭在不同阶段的需要是截然不同的，事实上，只有根据实际人口年龄、性别结构和成员关系分别采取适宜形式，方能解决实际问题。
多重序列比对及系统发生树的构建 作者：佚名来源：生物秀时间：2007-12-31 【实验目的】 1、熟悉构建分子系统发生树的基本过程，获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识； 2、掌握使用Clustalx进行序列多重比对的操作方法； 3、掌握使用Phylip软件构建系统发生树的操作方法。 【实验原理】 在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的顺序，有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。 对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：⑴要对所分析的多序列目标进行比对（alignment）。⑵要构建一个进化树（phyligenetic tree）。构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法（discrete character methods）和距离依靠法（distance methods）。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的（例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点，而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的，也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状态，当多个序列进行进化树分析时，进化树的拓扑形状也就由这些碱基的状态决定了）。而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。进化树枝条的长度代表着进化距离。独立元素法包括最大简约性法（Maximum Parsimony methods）和最大可能性法（Maximum Likelihood methods）；距离依靠法包括除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法（Neighbor-joining）。⑶对进化树进行评估，主要采用Bootstraping法。进化树的构建是一个统计学问题，我们所构建出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模拟。如果我们采用了一个适当的方法，那么所构建的进化树就会接近真实的“进化树”。模拟的进化树需要一种数学方法来对其进行评估。不同的算法有不同的适用目标。一般来说，最大简约性法适用于符合以下条件的多序列：i 所要比较的序列的碱基差别小，ii 对于序列上的每一个碱基有近似相等的变异率，iii 没有过多的颠换/转换的倾向，iv 所检验的序列的碱基数目较多（大于几千个碱基）；
在寻找基因和致力于发现新蛋白的努力中，人们习惯于把新的序列同已知功能的蛋白序列作比对。由于这些比对通常都希望能够推测新蛋白的功能，不管它们是双重比对还是多序列比对，都可以回答大量的其它的生物学问题。举例来说，面对一堆搜集的比对序列，人们会研究隐含于蛋白之中的系统发生的关系，以便于更好地理解蛋白的进化。人们并不只是着眼于某一个蛋白，而是研究一个家族中的相关蛋白，看看进化压力和生物秩序如何结合起来创造出新的具有虽然不同但是功能相关的蛋白。研究完多序列比对中的高度保守区域，我们可以对蛋白质的整个结构进行预测，并且猜测这些保守区域对于维持三维结构的重要性。 显然，分析一群相关蛋白质时，很有必要了解比对的正确构成。发展用于多序列比对的程序是一个很有活力的研究领域，绝大多数方法都是基于渐进比对（progressive alignment）的概念。渐进比对的思想依赖于使用者用作比对的蛋白质序列之间确实存在的生物学上的或者更准确地说是系统发生学上的相互关联。不同算法从不同方面解决这一问题，但是当比对的序列大大地超过两个时（双重比对），对于计算的挑战就会很令人生畏。在实际操作中，算法会在计算速度和获得最佳比对之间寻求平衡，常常会接受足够相近的比对。不管最终使用的是什么方法，使用者都必须审视结果的比对，因为再次基础上作一些手工修改是十分必要的，尤其是对保守的区域。 由于本书偏重于方法而不是原理，这里只讨论一小部分现成的程序。我们从两个多序列比对的方法开始，接下去是一系列的利用蛋白质家族中已知的模体或是式样的方法，最后讨论两个具有赠送的方法，因为绝大多数公开的算法不能达到出版物的数量。在本章结尾部分将会列出更详细的多序列比对的算法。 渐进比对方法 CLUSTAL W CLUSTAL W算法是一个最广泛使用的多序列比对程序，在任何主要的计算机平台上都可以免费使用。这个程序基于渐进比对的思想，得到一系列序列的输入，对于每两个序列进行双重比对并且计算结果。基于这些比较，计算得到一个距离矩阵，反映了每对序列 Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of genes and Proteins Edited by A.D. Baxevanis and B.E.E. Ouellette ISBN 0-471-191965. pages 172-188. Copyright ? 1998 Wiley – Liss. Inc.
文章编号"#$$#%&’’()*$$’+$,%$*#’%$- 生物序列比对算法分析与比较 钟 诚#.宋 彬* )#/广西大学计算机与电子信息学院.广西南宁(,$$$’0*/中国科学技术大学计算机科学技术系.安徽合肥*,$$*&+ 摘要"序列比对是生物信息学的一个非常重要的操作/它可以预测生物序列的功能1结构和进化过程等/文中首先介绍双序列比对的基本算法0接着分析和比较多序列比对的四个常用模型和三类算法以及并行比对算法0最后.给出一些研究问题/ 关键词"生物信息学0双序列比对0多序列比对0精确算法0近似算法0启发式算法中图分类号"23,$#04-##文献标识码"5 生物信息学是一门综合数学1计算机科学和生物学的交叉学科6#7 / 生物信息学内涵非常丰富.其核心是基因组信息学.包括基因组信息的获取1处理1存储1分配和解释/基因组信息学的关键是8读懂9基因组的核苷酸顺序.即全部基因在染色体上的确切位置以及各:;5片段的功能0 在发现新基因信息之后模拟和预测蛋白质空间结构. 然后依据特定蛋白质的功能进行药物设计/生物序列中的信息在系统进化1生态守恒1疾病控制1病毒起源甚至<=>病毒统计和传播等的研究中是一个非常重要的基本工具6*7 .因此.序列比对是生物信息学的基础/序列比对分为全局比对)?@A B C @5@D E F G H F I +和局部比对)J A K C @5@D E F G H F I +/全局比对要求把一个序列中的所有符号和另一个序列中的所有符号进行匹配比较. 它描述整个序列的相似性/将两个序列进行比对就是双序列比对.它是比较两个生物序列相似性的重要工具/ 这个分析工具已经成功地运用到预测生物序列的结构1功能和进化例程中/随着生物医学中有更多的序列合成出来.人们开始用多序列比对来更好地研究生物序列/将多个序列进行比对就是多序列比对问题.它是一个将不等长的多个序列通过插入空格变成等长的过程.这些位 置上的空格代表着相比较的序列从共同的祖先通过插入L 删除操作的进化过程6,7 / 求解多序列比对问题的算法主要分为精确算法1近似算法和启发式算法三种/ #双序列比对 对于两个长度分别为M 的序列有*M N O M P )*M +Q )M Q +)M Q +R **M S T M 种比对情况.这是一个指数级复杂度的计算问题/#U &$年.;H H V @H G C F 和WX F Y K Z 基于动态规划方法6’7提出了第一个双序列比对算法6(7 #U -*年.?A I A Z 对其做了进一步的改进6[7/
有关信号卷积的相似性概念 02094025 陈亚杰 摘要 本文主要研究的是离散信号的相似性。本文阐述了信号卷积和信号相关的概念，通过比较，可以用信号卷积来判断信号的相关性即本文所说的相似性。本文还利用向量内积投影来说明相似性，最后用matlab 语言对本文提出的相似性进行仿真分析。 1.引言 卷积方法在信号与系统理论中占有重要地位。这里所要讨论的卷积积分是将输入信号分解为众多的冲激响应之和（这里是积分）。在LTI （Linear Time Invariant ）系统中的零状态响应是激励与系统的冲击响应的卷积积分。为比较信号与另一延时信号之间的相似程度，需引入相关函数的概念。相关函数是鉴别信号的有力工具，被广泛应用于雷达回波的识别，通信同步信号的识别等领域。本文分四章讨论，第二章将给出所需要的数学工具的说明，并介绍本文方法。第三章给出实验仿真。最后一章是对本文的一个总结。 2.理论 在向量中为了表示两向量的相似性，可以用向量的内积来说明 设存在两个向量，分别为a,b.其在平面为： 两向量的相关性就看夹角的大小，如果两个向量平行说明两个向量最相似。如果两个信号垂直说明两个向量相似性差。用公式表示为：>=<=θ 我们只通过角度判断其相似性，但当角度一定，长度发生变化时他们的相似程度明显不一样，所以我们通过下面的公式计算。 ) ||,|max (|cos ||||)||,|max (|,2222b a b a b a b a R θ=><=
这样我们就可以将两个非零向量的相似程度给表示出来。 因为不存在信号幅度为负值的信号，所以信号的相似性我们定义其在[0,1]间取值，所以 |) ||,|m ax (|cos ||||||)||,|m ax (|,|2222b a b a b a b a R θ=><= 卷积与傅里叶变换有着密切的关系。利用一点性质，即两函数的傅里叶变换的乘积等于它们卷积后的傅里叶变换，能使傅里叶分析中许多问题的处理得到简化。一般而言，给定两函数f1(t)，f2(t)，则积分 为f1(t)和f2(t)的卷积，常表示为 f(t)=f1(t)*f2(t) 而dt t f t f dt t f t f R )()()()()(212112τττ+=-=?? ∞∞-∞∞- dt t f t f dt t f t f R )()()()()(12 1221τττ+=-=??∞∞-∞ ∞- 如果上式两个函数的积分存在，我们将其称为)(1t f 和)(2t f 的互相关函数。 由式可见，互相关函数是两信号之间的时间差τ的函数。其值越大表明这两信号经过时移τ之后的相似程度越大。其离散形式为： )()()()()(212112k f n k f n k f k f n R k k +=-=∑∑∞ ∞-∞∞ - )()()()()(121221k f n k f n k f k f n R k k +=-=∑∑∞∞ -∞∞- 由卷积的性质可知，上式可写为： )(*)()(2112t f t f R =τ， )(*)()(1221t f t f R =τ； )(*)()(2112k f k f n R =， )(*)()(1221k f k f n R =； ()()()()ττ-τ=?∞ ∞-d t f f t f *t f 2121
实验二序列相似性搜索软件—BLAST的使用 一、实验目的：掌握序列相似性查询工具—BLAST使用方法和技巧，理解与序列相似性查询相关的几个基本概念。 二、实验原理：BLAST是基本的局部对位排列搜索工具，它通过搜索序列数据库来找出最优的无空位局部对比，从数据库中找出与查询序列的某些子序列相似的子序列。 三、实验器材：计算机，NCBI、EMBL生物信息学数据库的核苷酸序列、BLAST序列相似性搜索软件。 四、实验内容：应用上次或本次实验查找到的不同物种的不同基因组的核苷酸序列，在NCBI数据库中进行核苷酸序列的BLAST相似性搜索。 五、实验步骤： 1、打开NCBI网站的主页，然后点击网页左侧工具栏中的Sequence analysis项，进入到序列分析的主页面。 2、然后点击序列分析工具栏中的BLAST选项，进入相似性搜索的界面，然后选择核苷酸序列搜索软件BLASTn。 3、在进入核苷酸序列相似性搜索的界面后，在界面上Enter Query Sequence后面的方框中输入需要进行相似性搜索的序列，然后点击BLAST检索按钮，就可以进行搜索。 4、在进入搜索结果的界面后，就可以得到搜索结果的可视化图像和搜索得到的相关序列。 六、实验要求：每个组每个同学至少用4条核苷酸序列进行BLAST相似性搜索。将相似性搜索结果中的可视化图像和搜索的相关序列拷贝下来作为实验内容。 七、实验结果： 例1： （物种名、基因名）
实验结果： 1. （冬虫夏草，18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S） Legend for links to other resources:UniGene GEO Gene Structure Map Viewer PubChem BioAssay Sequences producing significant alignments: Accession Description Max score Total score Query coverage E value Max ident Links HQ918290.1 Paecilomyces sinensis 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence 11221122 98% 0.0 100%
第三章序列比较 序列比较是生物信息学中最基本、最重要的操作，通过序列比对可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息。序列比较的根本任务是：通过比较生物分子序列，发现它们的相似性，找出序列之间共同的区域，同时辨别序列之间的差异。在分子生物学中，DNA或蛋白质的相似性是多方面的，可能是核酸或氨基酸序列的相似，可能是结构的相似，也可能是功能的相似。一个普遍的规律是序列决定结构，结构决定功能。研究序列相似性的目的之一是，通过相似的序列得到相似的结构或相似的功能。这种方法在大多数情况下是成功的，当然，也存在着这样的情况，即两条序列几乎没有相似之处，但分子却折叠成相同的空间形状，并具有相同的功能。这里先不考虑空间结构或功能的相似性，仅研究序列的相似性。研究序列相似性的另一个目的是通过序列的相似性，判别序列之间的同源性，推测序列之间的进化关系。这里，将序列看成由基本字符组成的字符串，无论核酸序列还是蛋白质序列，都是特殊的字符串。本章着重介绍通用的序列比较方法。 序列的相似性 3.1 3.1序列的相似性 序列的相似性可以是定量的数值，也可以是定性的描述。相似度是一个数值，反映两条序列的相似程度。关于两条序列之间的关系，有许多名词，如相同、相似、同源、同功、直向同源、共生同源等。在进行序列比较时经常使用“同源”（homology）和“相似”（similarity）这两个概念，这是两个经常容易被混淆的不同概念。两条序列同源是指它们具有共同的祖先。在这个意义上，无所谓同源的程度，两条序列要么同源，要么不同源。而相似则是有程度的差别，如两条序列的相似程度达到30%或60%。一般来说，相似性很高的两条序列往往具有同源关系。但也有例外，即两条序列的相似性很高，但它们可能并不是同源序列，这两条序列的相似性可能是由随机因素所产生的，这在进化上称为“趋同”（convergence），这样一对序列可称为同功序列。直向同源（orthologous）序列是来自于不同的种属同源序列，而共生同源（paralogous）序列则是来自于同一种属的序列，它是由进化过程中的序列复制而产生的。
居住空间设计说明 一、住宅的概念 住宅是人们赖以生存最基本的也是最重要的生活场所，随着人类社会的进步而发展。室建筑师或设计师，应首先研究家庭结构、生活方式和习惯及地方特点，通过多样化的空间组合形成满足不同生活要求的住宅。住宅可概括为三种形式：单元式住宅、公寓式住宅以及别墅式住宅。尽管住宅的形式各有不同，但住宅空间环境却遵循着相同的设计原理。 (1)集合式住宅——往往占据市区中心，交通位置与市政条件不错，但不可避免的是容积率高、建筑密度大（2) 公寓式住宅——公寓式住宅一般建在大城市，大多数是高层大楼，标准较高，每一层有若干单独使用的套房，包括卧室、起居室、客厅、浴室、厕所、厨房、阳台等等，还有一部分附设于旅馆酒店之，供一些常常往来的中外客商及其家眷中短期租用。 (3) 别墅式住宅——一般都是带有花园草坪和车库的独院式平房或二、三层小楼，建筑密度很低，部居住功能完备，装修豪华，并富有变化，住宅水、电、暖共给一应俱全，户外道路、通讯、购物、绿化也有较高的标准。(4) 院落式住宅——的四合院住宅又称四合房，其布局特点是围绕院子，四边布置堂屋、住房和厨房等。一般门窗开向院子，对外不开窗。通常分前、两院，两院之间设垂花门。5) 集体宿舍——集体宿舍，是指机关、学校、企事业单位的单身职工、学生居住的房屋。一般居住人数类型有双人房间、三人房间、四人房间、六人房间、八人房间不等。两位随着经济发展、社会以人为本的体现，现在的集体宿舍公寓化基层不断更新、设施不断完善环境不断优化。住宅是以户为单位的，合理的空间布局是室设计的基础。设计之初，我们必须对所设计的空间进行现场测绘，掌握详细的尺寸，对空间有初步的印象与设想。空间的位置组合、顺畅的交通流线、适宜的光环境（特别是自然光，对于空间质量而言，首先要注意采光、通风、采暖等物理环境的设计）、健康的空气环境都是住宅空间设计的首要因素。其次，根据住宅功能的需要，在设计、选材、施工、管理和维修的整个过程中，设计师还应重视天然环保材料的使用、节能和可持续发展的原则、设计风格的个性化与精神化、经济造价的合理化等问题。例如，藤、砖、原木等材料的使用，不但体现了对环保材料的重视，还使空间充满了自然质朴的生活气息 1.空间多样化 居室设计因服务群体的文化层次、身份类别、收入水平、生活方式、生活习惯、性格爱好的差异，导致对居室空间功能的需求、空间的价值取向不同，呈现居室空间布局多样化发展的趋势。居室空间设计要求合理分区的充分利用和居室空间的扩展补充，使之整体格局紧凑，虚实相宜，各功能区之间协调融洽。 法国室设计师师考伦说:“当今很难说室设计有一个什么定则，因为在人们需求日益多样化、个性化的今天，再好的东西也会过时。新的风格不断出现并被人们所接受，这就使得今天的室设计作品多姿多彩，千变万化。” 2.色彩情感化
居住空间设计 课程概述： 环境艺术设计——居住空间设计是环境艺术设计专业的主干课程之一。居室空间设计是一门综合性课程，是环境艺术专业的一个重要的发展方向以及重要的专业设计课程，也是将室内设计方法与实际应用的相互贯通的实践性课程之一。 授课目的及任务： 通过本课程综合学习，能掌握室内空间设计的基本方法，能形成居室空间设计的相关要点，熟悉家居环境特性的设计方案，掌握现代居住空间流行设计理念，了解本专业实际发展趋向。具备规划一定面积的方案的设计能力而且还具备一定的实践工 作能力，实现技术型人才的培养目标。 第一节概念、分类 概念 居住空间-----住宅、家 ●住宅是我们的安身之所, 安神之所, 修身养性之所, 是意 识的内部环境 ,具有物理空间与文化空间的双重属性场所。 ●居住空间设计是为了满足人们生活休息、社交工作 的物质要求和精神要求所进行的理想内容的环境设计。
分类： (1)集合式住宅——往往占据市区中心，交通位置与市政条件不错，但不可避免的是容积率高、建筑密度大。
(2)公寓式住宅公寓式住宅一般建在大城市，大多数是高层大楼，标准较高，每一层内有若干单独使用的套房，包括卧室、起居室、客厅、浴室、厕所、厨房、阳台等等，还有一部分附设于旅馆酒店之内，供一些常常往来的中外客商及其家眷中短期租用。
(3)别墅式住宅——一般都是带有花园草坪和车库的独院式平房或二、三层小楼，建筑密度很低，内部居住功能完备，装修豪华，并富有变化，住宅水、电、暖共给一应俱全，户外道路、通讯、购物、绿化也有较高的标准。
(4)集体宿舍——集体宿舍，是指机关、学校、企事业单位的单身职工、学生居住的房屋。一般居住人数类型有双人房间、三人房间、四人房间、六人房间、八人房间不等。两位随着经济发展、社会进步、以人为本的体现，现在的集体宿舍公寓化基层不断更新、设施不断完善环境不断优化。
讨论一般时间序列相似的度量方式 1、概念： 时间序列的相似性度量是衡量两个时间序列的相似程度的方法。它是时间序列分类、聚类、异常发现等诸多数据挖掘问题的基础；也是时间序列挖掘的核心问题之一。 2、意义： 时间序列式进行序列查询、分类、预测的基本工作，寻求一种好的度量对提高挖掘任务的效率和准确性有着至关重要的意义。 3、影响因素： 两个序列是否相似，主要看它们的变化趋势是否一致。由于时间序列数据的复杂性特点，实际中不可能存在两条完全相同的时间序列，即使相似的时间序列往往也会呈现出各种各样的变化。所以，任何两个序列之间都存在着某种差异，影响这种差异的主要因素有： （1）噪声：现实的大多数时间序列数据都存在噪声，体现在图形上式指数据的曲线不光滑，即存在“毛刺”。 （2）振幅平移：即两条形态相似的时间序列分别绕高低不同的均值波动。（3）振幅伸缩：即两条时间序列的变化趋势相同，但其中一条时间序列在纵轴上似乎被拉伸或者压缩过一样，即两个序列的振幅不同。 （4）时间轴伸缩：是指两条时间序列的波形相似，但其中一条时间序列在时间轴上按比例伸缩。 （5）线性漂移：是指两条时间序列的波动节奏相似，但其中一条时间序列呈现线性递增或递减趋势。 （6）不连续性：是指两条时间序列整体的波动趋势相同，只是在别的时间点或段出现间断。
然而，在实际应用中情况要复杂得多，往往是以上多种因素交织在一起。时间序列的相似性并没有一个客观的定义，具有一定的个人偏好性，也就是说，不同的人或不同的应用场合对各种差异影响的重视程度是不一样的。给定两条时间序列 {}12,,....,n X x x x =和{}12=,,....m Y y y y ，相似性度量的问题就是在各种各样差异因素的影响下，寻求一个合适的相似性度量函数(),Sim X Y ，使得该函数能很好地反映时间序列数据的特点。 4、方法：目前时间序列相似性度量，最常用的有Minkowski 距离和动态时间弯曲。 一、Minkowski 距离 给定两条时间序列{}{}1 212....=....n n X x x x Y y y y =和 它们之间的Minkowski 距离如下： ()11,n p p i i i d X Y x y =??=- ???∑ Minkowski 距离是一种距离度量，因为它满足距离的三个条件： （1） 非负性：()(),0,,,0d X Y X Y d X Y ≥==当且仅当； （2） 对称性：()(),,;d X Y d Y X = （3） 三角不等式：()()(),,,d Y Z d X Y d X Z ≤+ 大多简单的相似性度量是Minkowski 距离及其它的变种，Minkowski 距离的优点是简单、直观且计算复杂度不高，与时间序列的长度成线性关系即序列长度的增加不会造成计算复杂程度的迅速提高。所以当训练集比较大时，Minkowski 距离比其他更有效。但是Minkowski 距离不支持时间序列的线性漂移和时间弯曲，且无法处理不等长的时间序列。
《时间序列相似性度量的研究》读书笔记 一、文章主要内容 时间序列的相似性度量是时间序列数据挖掘研究中的一个重要问题，是进行序列查询、分类、预测的一项基础工作。寻求一种好的度量对提高挖掘任务的效率和准确性有着至关重要的意义。目前从事这方面的研究除了少许理论论述外，几乎都采用一种固定的方法，即提出具体要求并提供实验数据。然而，大多数实验方法不是使用范围有限就是侧重点不同。为了提供一个比较全面的实验验证，用INN分类算法进行了大量的时间序列交叉验证实验。重新评估了其中的弹性度量，并使用不同应用领域的28个时间序列数据集进行比较，结果表明，该方法具有更高的准确性。 二、文章重点内容 1、时间序列的相似性度量 时间序列的相似性度量是时间序列数据挖掘研究中的一个重要问题，能反映数据中基本的相似性，这一点为时间序列的相似性检索、分类、预测等尤其可取。因此合理的相似性度量能够提高数据挖掘的有效性和准确性。 目前时间序列相似性度量，最常用的有欧氏距离(ED)和动态时间弯曲(DTW)。其它许多度量及它们的扩展已被广泛引用到文献和用于便利查询处理和时间序列数据挖掘。本文根据降维和压缩的方法定义距离度量。保证约简后的距离小于或等于原数据的真实距离。即满足无漏报原则，就是要求数据表示满足条件：DF(q，s)≤D(q，s)，其中：q是查询序列；s是数据集中的任意序列；是约简空间中的两序列距离；D是真实的两序列距离。 2、DTW DTW允许时间序列的延伸或压缩，查找结果要优于ED。而且可采用下界函数加速查找速度。带有动态窗口的时间弯曲s，不仅能提高计算效率而且能提高相似性测量精度。
另一组时间序列的相似性度量是在编辑距离概念的基础上形成的。它的思想是两个序列越相似，则将其中的一个序列通过插入、删除等操作变换成另一个序列所要做的功就越少。它们为时间序列的匹配定义了一系列操作及一个衡量这些操作所需的代价函数，事件序列间的相似距离就可以定义为将一个序列变换为另一个序列所需要操作的代价之和。然后，通过动态变换来计算编辑距离。最好的是LCSS，它利用最长公共子序列模型，适应设置的时间序列匹配字符的概念。阈值参数8已知，如果它们的距离少于￡。说明两个时间序列的两个点是匹配的。EDR是基于编辑距离的另一个相似性度量．和LCSS相比，EDR也用了一个阈值参数8，参数的作用是量化一对点0或1之间的距离。EDR根据空白的长度增强数据率．分配两个匹配部分间的差距。ERP距离包括了DTW 和EDR的优点。通过连续变化的参考点计算两个时间序列差距的距离。实质上，如果两个点之间的距离太大，ERP简单使用这些点中的一个和参考点计算之间的距离值。最近，计算编辑距离的一种新方法在文献『9] 4、数据世系分类 按照数据世系包含的数据源类型不同，数据的世系可分为在不同数据源间的数据演化过程和相同数据源内部数据的演化过程，即模式级和实例级数据演化过程。 （1）模式级数据世系：异构数据源间的数据共享问题一直是数据集成的核心问题之一。不同模式的数据源间进行的数据演化过程是数据集成的关键部分，由于不知道数据的具体形式从而无法标注数据项的世系，只能利用模式级数据问的对应关系追踪数据在不同模式间的演化过程。 （2）实例级数据世系：用户通过查询所有可能的映射关系，找到模式级数据的世系，想要获取更细粒度的世系，还需要在某数据源内部考察数据的演化过程，即实例级数据的世系。和模式级数据的世系不同，实例级的数据项可以被显式地表达出来，通过对数据进行标注得到更细粒度的数据世系。 5、数据世系的应用 在科学数据管理、商业应用等领域，特别是在分布式环境下，数据世系的管理获得了一些成果，R. Bose将数据处理过程分为以下几种方式：基于脚本或程序运行的、基于查询的、基于工作流管理系统的和基于服务的方式。 下表是典型的世系研究项目：
邢台学院专科电脑艺术设计专业教学大纲 住宅室内设计 课程说明 学时：40 学分： 课程属性：专业课开课专业：艺术设计 先修课程：专业透视与人体工程学CAD 3DMAX 后续课程：公共空间设计 1、课程的性质 本课程属艺术设计学专业的专业任选课程之一，适合艺术设计专业本科生学习，在人才培养过程中起到基础性、职业技能性的作用。住宅室内设计即为满足人们生产、生活的要求而有意识地营造理想化、舒适化的内部空间，同时，住宅室内设计是建筑设计的有机组成部分，是建筑设计的深化，再创造。 通过本课程的学习,要求学生了解住宅室内设计的含义、发展和基本特点，了解住宅室内设计的内容，分类和设计方法，理解住宅室内设计的基本概念和基本原理，能够把握相关概念和原理之间的区别和联系，能够熟练运用基本原理解决设计中所遇到的实际问题，学会运用室内设计原理完成实际工程中的设计任务。 2、教学目的 通过本学科学习与训练,要求学生对住宅室内设计的功用性能、经济意识、个性化理念、审美倾向以及住宅设计的民族化全面了解.能熟练的完成住宅平面、功能、装饰、艺术效果的全面掌握，以达到完成该学科研究目的。 3、课程教育方法与手段 身教胜于言教，教师在讲授理论知识的同时，应注重技法的示范辅导，及时解决和纠正学生在学习过程中的偏差和困难。鉴于住宅室内设计的特殊性，在教学中应须注意： （1）因材施教 （2）多媒体理论讲解 （3）实地考察 （4）命题方案设计 （5）讨论 4、课程考核方法与要求 由评分组对学生课堂作业、课外作业、考试作业进行综合评定。具体的有以下方法和要求： 命题设计：规定时间里完成方案设计。用平面图、立面图、剖面图、详图、效果图来表现。 作业制图和表现的形式：要求手绘和电脑结合。做成A3文本和A1展板。 5、参考教材与参考书目 教材：《室内设计基本原理》邹引李寅著ISBN：7-5084-3105-7 中国水利水电出版社 参考书目：《住宅室内设计》苏丹编著中国建筑工业出版社 《室内设计资料集》张绮曼主编中国建筑工业出版社 《室内环境设计》邹伟民编著西南师范大学出版社 Word 资料