MRIcro使用说明（人工翻译版）
MRIcro
系统win95或者随后的Linux系统
需求x86,或SUN微系统的x86 （我觉得这不是问题，支持32位的就行）
硬件支持16或24位色的
当前版本 1.40 build 1（这说明书有点老叻）
费用免费
作者Chris Rorden
描述：
把医疗图像转化为SPM友好分析格式。（SPM，即Scanning Probe Microscopy，扫描探针显微）。
可以逐次分析查看分析格式的图像。
创建分析格式的头文件。
创建3D兴趣区域（通过计算容量和密度）
兴趣区域的多层叠加。
旋转图像来符合SPM的模版图像。
输出图像格式包括BMP，JPEG，PNG，TIF。
结合图像：多个图像的相关查看。（观察相同坐标的PET或MRI扫描）
介绍
MRIcro允许在装有windows和Linux系统的电脑上浏览医疗图像。这是一个单机运行的程序，这他包裹郑重补充SPM的工具。MRIcro可以有效率的浏览和输出脑图像。除此之外，它还能使神经生理学家鉴定有意义的区域。MRIcro可以创建给其他平台输出脑图像的分析格式的头文件。
对其他Windows程序熟悉的使用者将发现这个软件非常简单好用。把鼠标停在按钮上一段时间将在这个按钮上出现一个文字暗示。万不得已，我们还揍了一个简要的使用手册来
描述基本的功能。
加载图像和主信息面板
MRIcro可以浏览各种各样的图像格式，包括SPM分析格式。分析格式的图像包括两个部分：一个是包括原始图像资料的img格式文件和一个描述图像维度的hdr格式的文件。MRIcor的住信息面板显示了头文件的信息和一系列的按钮这样你就可以打开浏览头文件。
Open Analyze format hdr/img pair这个按钮是你能有留言Analyze或者NIfTI格式的图像。当你按下这个按钮的时候，一个是你选择头文件去打开的对话会出现。MRIcro这时候就会试图打开一个邮箱头名字的图像文件。
图1主要信息面板。
Show extended header information这个按钮可以打开一个窗口来显示当前打开的头文件的信息。
slice浏览面板
slice浏览面板是你可以选择加载映像文件的表象。滑动选择要显示的片。（你可以在滑动条右边的编辑框编辑，或者请按Fn1/Fn2来观察连续的上一个或者下一slice，也可以用鼠标的滚轮来切换，如果有的话~~）。
图2 slice浏览面板当你浏览轴向面、横断面和冠状面视图的时候，你通过独立地调整三个编辑框可以设置X，Y，Z三个坐标。
改变图像亮度和控制对比度值的按钮在sun这个按钮旁边和反对比图像。这些数值描述了窗口的中心和窗口显示的宽度。窗口中心（window centre）指的是显示中等灰度的图像强度，同时窗口的宽度描述的范围在亮白和完全黑色之间。点击“auto contrast”（显示是以一个黑色箭头指向一个有缺口的白圈）设置图像的1%为完全的黑或完全的白。自动平衡工作对MRI扫描来说很好用，但是对CT扫描来说通常不太好用，这时骨头显示的比背景和脑组织都要亮。对CT扫描来说，你可以通过在“View”窗口选择一个“Contrast Preset[CT]”来做一个好的设置。例如，“Bone”这个预设置把窗口中心设置在400到2000之间（这样相对合理一些），这通常对CT扫描中发亮的骨是有效的。
图 3 你可以通过按住鼠标右键把需要调节对比度的区域从图像中框出来，来调节这个区域的对比度。亮度值（窗口中心）和对比度值（窗口宽度）的调节与选区是成比例的。注意：如果你选择了任何兴趣区的绘图工具，这个就不管用（按下快捷键Fn10来取消）。
图4 这个柱状图从侧面显示了这个名为“IconT1”图像的图像强度。用户也可以自定义兴趣区域来创
建条形图（看ROI部分详细介绍）。注意：Mn临界值列出，这个可以用来设置目标图像的图像强度比例来
匹配一个SPM模版（详细请见指南部分）。
Histogram这个按钮（在面板的左侧底部）显示立体像素在当前打开图像的亮度分布。（见上图）
滑动条上面显示的六个图标可以让你选择图像的展现方式：轴向，矢状，冠状，和投射（前面三个同时），自由旋转，多层面，三维渲染。如果这个图像跟选择的按钮不匹配，图像也就不会保存为轴向格式。在投射视图中，三个编辑栏显示在slice浏览区的靠上位置。可以使你独立的设置你想要观察的X，Y，Z坐标（也可以点击在图像上，来直接跳到鼠标所在的坐标）。
如果你想同时观察一个以上的图像（启动MRIcro不止一次），你可以“yoke”视图，这样同一个视图可以打开多次，成为每个图像（要用这种特性来进行工作，首先确保“yoke”复选框是打勾的）。Yoking将试图通过原图和原始坐标来匹配slice。这样你就可以比较一个图像和模版的正常化程度（原意是normalisation），同时能够通过比较PET扫描和分量T1 MRI 扫描图像来定位PET扫描的结构。
如果要同时查看一系列的横断和冠状slice，按下“multislice”按钮（有一个与一个箭头型slice紧挨着的三轴向slice的图标）。要运行这个功能，先要加载一个图像。每个slice可以在”options”窗口选择出，如这个手册“other commands”部分所说。
选择自由旋转按钮一起一个名为”Free Rotate”新窗口的出现（见下图）。这个窗口可以是你选择你想看那个斜剖部分。你可以独立的选择查看的，相片旋角（yaw），滚动，和倾斜度。
除此之外，你可以选择你想看那一片。“pivot”设置使你能够设置图像的轴向旋转运动。你也可以”nudge”（这是一个键，推进的意思）。（把图像放在框架中间）。最后，你可以设置新的图像尺寸。习惯的视图可以保存为，绘图图像（用”file/save as picture“命令），打印图格式，或者按在自由旋转窗口下面的”Save”按钮来创建一个8位的由你的旋转状态描述分析格式图片。注意，自由旋转工具中混合观察居中的和物体居中，这两者的坐标，可能会使你迷惑。（mix viewer centered和object centered）。
此外，当自由旋转的多重区域增益选定”interpolate”复选框，你可能会在这些区域周围看见一个轻微的光晕。
你可以通过按”3D“这个按钮生成一个3D立体渲染图（显示出一个矢状的大脑皮层描述）。
这个功能描述的细节在这个手册”volume rendering page“部分。
图5自由旋转视角可以用来定制视图。
Mirror按钮（它在标准或者镜像文本中出现显示字母”LR“，这取决于镜像是否被选择）使你能够翻转图像的左或者右。如果你选择镜像，在镜像模式中会出现一个消息提醒你：它不是好的编写区域。
有一个下拉菜单是选择颜色的色彩对照表（LUT）。在默认状态下，MRIcro以黑白状态或者高温金属的配色方案显示图片。然而，MRIcro也可以读取Osiris（欧西李斯）格式的色彩对照表，它可以让你使用不同的配色方案来查看图片。MRIcro支持（ship with）多个Osiris分布的色彩对照表，而且你还可以自己制定习惯的色彩LUTs。如果MRIcro在它自己的目录内发现任何LUT格式的文件，”drop-down”的下拉菜单将会列出这些文件的名字。从下拉菜单中选择你想要的配色方案。
有一个下拉菜单使你能够通过不规则尺寸的立体像素的选择来决定MRIcro怎样来显示图片。（例如你可以在X维上用2mm，Y上1mm的立体像素来显示图片）。首先，图像可以在“square”模式下浏览图像，这种情况下所有的像素都是正方形的，不管图像内部的像素是什么维度的。第二，亦可以在“stretch”状态下浏览图像，这种情况下使用“邻近估算法”（nearest neighbor approximation）”使立体像素尺寸跟slice内部维度成比例来浏览图像（尽管投射和多slice视图不是成比例的）。最后你可以在“smooth”模式下浏览：立体像素尺寸是成比例的并且使用“邻近估算法”（这就会创建一个24比特的图像，投射视图是正确成比例的）。
使用变焦因素功能（在slice浏览面板的右下方）来设置图像的比例，MRIcro允许你使用一倍到六倍的比例，这取决与你图像的尺寸和原始比例。这时你也许想要调整窗口的尺寸了（通过拖曳视窗的右下角）。
兴趣面板区域
MRIcro允许你涂画你感兴趣的三维区域（ROIs）。这对注解受到伤害脑区是非常有用的。除此之外，ROIs的容量是计算过的。换而言之，数个不同的独立ROIs可以相互叠加（在脑的图像上是以相同的模版来标准化了），这样可以让神经生理学家来评估共同受损的区域了。
ROIs可以存储到硬盘里以备将来查验。所有的ROIs都涂画在MRI图像的上方，而不是直接画在MRI图像上的。这意味着既可以用ROIs查看脑图像也可以不用ROIs。
MRIcro提供了相当数量的工具来生成和浏览ROIs。这些工具显示在“Region of interest”的一系列按钮上。下面对这些按钮从左到右来一一介绍。
图6兴趣区域面板包括了很多工具来标记病灶和特定的区域。如果你选择了一个ROI，体积将显示在左下角，这里是2.6立方厘米。
“open roi”按钮（它看起来好像是一个打开后出现ROI的文件夹）可以选择ROI[s]打开。如果你想打开多个ROIs，你可以按下“Ctrl”键选择你要打开的多个ROI的名字。
ROI信息按钮（它以一个“i”的图标显示）能够显示图像“interest”区的平均密度同时可以生成一个关于图像的直方图（这与“slice浏览部分”的直方图是一样的）。
“save ROI”按钮（它是一个这样的图标~~一个硬盘上叠加了一个ROI），这样你就能把你做的ROI存到硬盘上了。
使用“delet ROI on this slice（删除这张slice上的ROI）”按钮（好像一个铅笔橡皮）可以只移除当前所浏览slice上的ROI。这个按钮在你做ROI时犯了一个描绘轮廓或者填充错误时是有用的。
点击“delete entire ROI”(这个按钮像一个废纸篓)可以从内存里删掉现在所有的ROI[s]。如果在你做一个新的ROI之前，你已经打开了多个ROIs，你或许就会用到这个功能（你可以一次画一个ROI）。
“Delet entire ROI”按钮（是一个废纸篓上有一个ROI叠在上面的图标）可以用来关闭一个ROI。
接下来，有一个下拉菜单来定义你接下来要画的一个ROI的颜色（在你同时看多个ROI 的时候会自动启用一个多色彩的设置）。这个选择是红色，绿色，蓝色，白色，或者黑色。这可以使你选择一个显著的色彩。在你把图像打印成黑白前你可以把ROI设置成黑白色。
在加载多个ROIs之后，你可以在“ROI”菜单选择“ROI density colorbar”这一项画出ROIs 相叠加的部分。这些颜色指出了相互叠加ROIs的数目。最左边的颜色（深紫色）显示单个ROI的条目（即各个ROI自己的不跟其他ROI重叠的部分）。最右边的颜色（深红色）显示的则是重叠最多的部分。这个功能如下图所示。
图7这张图显示MRI有四个叠加的ROIs的多张slices。右上角的色条值得是ROI的强度（深紫色是一个ROI覆盖的区域，深红色是四个ROI共同覆盖的区域）。这四个图也示范了选择窗口显示右半球的功能。-这里连续的slices彼此叠加。多slices可以产生横断面slices（上面板）或者冠状面slices（下面板）。
选择一种两种画笔中的一种来勾描ROI的轮廓。这里有俩画笔：“closed”画笔（快捷键Fn6）会自动靠近你已经画的任何轮廓线。“open”画笔（快捷键Fn7）不会自动靠近轮廓线。“fill button”（涂料罐子图标，快捷键Fn8）可以用来填充你通过画笔所勾描的ROI（两种：右击选择的画笔）。在你做一个新的ROI之前你需要加载图像，清除掉所有当前的ROIs（使用“save ROI”或者“delete ROI”,这个上面说过），然后选择你要看的横断面，冠状面，或者矢状面slice（你不能在自由移动状态下画ROI，也不能在投射视图和多视图下画ROI）。在你使用画笔或者填充的时候，按住shift键可以在制作区域抹除ROIs。
在实践中，可以使closed pen来快速画出ROIs（快捷键Fn6）然后用Fn1和Fn2键上翻或者下翻slice。使用pen+shift来修剪一个ROI不想要的边缘。用左键来购苗ROI的轮廓然后移动到ROI的中间用右键来填充。画完用“Save ROI”储存。注意：ROI的容量列在兴趣区的旁边（以立方厘米cc或者立体像素数来衡量，当你切换slice或者存盘的时候更新这些信息）。
巫师帽子这个图标可以临时的隐藏一个兴趣区域（快捷键Fn9）。通过快速的隐藏和出现ROI，你可以知道你所画这个ROI是否正确的指示（map）了感兴趣的区域。
当鼠标指针移到一个图像的时候，两个有用比特的信息会立刻出现在兴趣区域面板的下面。文本最左边显示的是图像去鼠标的位置，另个一个是鼠标所在图像位点的密度。
旋转和剪裁面板
这个文件菜单包含一个“Save as…”为标签的命令。当这条命令被选中时，在旋转和剪贴板左下角会出现一个浮动面板，这个面板可以用来以SPM来标准化图像文件（把一个图像整合为一个标准的模版）。
图8旋转剪辑面板
这个clip的上下两个区域可以用来刮掉一个扫描的顶部或底部（例如，用SPM标准化整理一个有带多脊髓的扫描避免出现问题）。“Format”列框表可以用来把冠状或矢状的分析格式的图像转化为轴向格式（这时对SPM自然而然的偏爱,,）。要决定你的图像采用什么养的经典格式，点击“axial[flat] view”这个按钮在slice浏览面板，这将显示扫描的本机格式（例如，如果平面格式显示的是一个矢状图像，文件就是矢状格式的）。“flip left/right”复选框能反向生成图像。
你也可以选择“data”类型来保存图像。通常把图像保存为它的源格是明智的选择。Down-sampling（向下采样）一个图像（例如，把一个16-bite整体文件保存为一个8-bite的文件）这样可以用来节省硬盘的空间（这可能会影响图像的强度质量）。Up-sampling（向上采样）一个图像（例如，把一个16-bite的文件保存为32-bite的文件），当别的程序需要一个特殊格式的文件的时候，这个功能就显得有用了。如果你已经在slice浏览面板调整了对比设置，程序就会询问你是不是想把最亮的和最暗的立体像素剪切掉，然后你就可以自定义输出的对比度了。
图9 MRIcro 可以自动的显示剪切选择的数量，以这个为例，上面5个和下面10个slices将会被剪切掉。这个图还展现了“Hot Metal”色彩查找表。
如果你想在旋转之前把图像保存一下，你可以按下“preview”（预览）按钮来检查你的设置。预览功能可以让你看到旋转前后的两个slice。如果你的旋转是合适的，预览功能会向你展现两张横断slice（左边的一张比右边的一张更靠近腹侧）。检查确保左右镜像设置是正确的。
如果你选择了想要的剪切和复选框选项，按下位于窗口底部三个保存文件按钮中的一个来保存。“Save[Sun]”和“Save[Intel]”这两个按钮会把文件保存问分析格式图像。SPMwin、SPM99、SPM2和MRIcro这些软件都可以读取大的或者小的字节分析格式文件，虽然SPM96要求图像格式跟机器使用的相同。更多介绍详见technical部分。如果原始图像是一个多卷的图像（例如，img文件包含多个MRI扫描，这些扫描在相同的维度），MRIcro将会把每个卷并且把它保存为一个分开的分析文件格式hdr后缀的图像文件（因为SPM不能读取多卷的文件，这很有用）。“Save Dicom”按钮会把图像保存为DICOM格式的图像（在这个手册的DICOM部分描述）。注意：不管原始数据的格式是怎么选择的，DICOM格式图像都是8-bite （如果这是原始文件的格式）或者16-bite的图像格式的。
Overlays[统计地图]
“Overlay”菜单允许你在一张图像上叠加另一张图像。这对显示功能统计地图（通常这都是通过SPM软件从PET、fMRI或者SPECT数据实现的）。Overlays也可以用来检验两张图片的配准程度。在使用一个overlay之前，你应该首先选择一张你想使用的主图像（例如，从从菜单栏使用“Open”命令选择你的解剖学图像）。然后，在Overlay菜单使用“Load overlay”命令选择你想重叠的图像。Overlay功能不需要重新调整到跟解剖学图像相同的维度：MRIcro 会自动的调整data的维度（只要想要叠加的图像和原始图像的维度是相互正确标定的）。Overlay菜单也可以选择overlay的颜色亦或overlay是透明的还是不透明的。下面的图像显示左边功能区的overlay和overlay功能的标准化使用。更多细节，请访问overlay和volume rendering页面。
左边：功能结果可以覆盖叠加。右边：你可以在标准化后使用覆盖图来校准齐整度。
选择坐标
View菜单中“Select MNI/Talairach Coordinate”命令可以用来制定你想要浏览的脑区。在slice浏览面板，你可以选择你想要看图像中的哪一个slice。与此相比，坐标命令可以键入神经影像学的立体坐标，这个命令只在你的图像已经标准化的情况下是有用的（拉伸、旋转、居中来匹配一个可供参考的标准神经学框架结构）。这里有两个普及的脑神经学参考框架：MNI空间（通过SPM来使用）和Talairach空间（Talairach和Torneaux地图中使用的）。坐标窗口中的复选框可以用来设置你想要使用的参考框架（Talairach坐标的估算匹配，使用
的是Matthew 。
其他命令
“File”菜单中包含“save as picture”命令，这个命令允许你对当前的图像进行截图保存。支持的格式包括：BMP、JPEG、PNG和TIF格式。File菜单中的“Print”可以打印当前的显示图像。
ROI菜单包含的命令可以输出ROIs为big-endian（Sun）或者little-endian（Intel）分析格式图像。这些命令能保存当前显示的兴趣区域为一个8-bite的分析格式图片，这个图片可以作为一个SPM的mask蒙片（允许对大面积损伤的脑图像进行合理标准化）。注意：蒙片的值只有0（unmasked）或者100（masked），而且蒙片强度分度值设置为0.01（所以SPM 使用的蒙片像素值只是0和1）。
ROI菜单中“Export Image as ROI”功能会把分析格式图像转化为MRIcro的习惯性ROI 格式。注意：ROI格式是二进制的-ROI不会保存图像强度信息。选择这个命令之前先装载你想要转化的的图像。在你选择了这个条目的时候，会出现一个选择ROI强度阈值的窗口。对着你调整阈值，图像会预览包含在ROI中图像的一部分。如果你对这一部分满意的话你可以按下“Save as ROI”按钮来创造新的ROI。
除此之外，你可以在两个不同维度的图像之间转移一个兴趣区。一个此命令的范例是确定一个PET扫描中的皮质区域。使用“File/Transfer ROI”命令你可以在T1解剖学MRI扫描上做一个ROI然后把它复制到相应PET扫描上。
Etc菜单中的命令“Options”可以调节许多MRIcro的参数。首先，你可以在按下“mutisilice”按钮的情况下，选择你想要显示的slice。这有12个数据区域，允许同时浏览12个slice。设置为0的区域不会出现，这可以使你展示少于12个slice。你也可以选择multislice按钮来产生冠状面或横断面图像。在窗口底部的“defaults”按钮可以选择一组通用的已经跟SPM 的T1模版标准化过的有用的slice来浏览图像。“include sagittal”复选框选择，当“multislice”按钮按下的时候矢状视图是否出现。选择窗口也包含许多额外的描述多层视图怎样列出的复选框。几个非直观选择如下图所示，如果你选择了期望的选项，你可以按下”ok”来把你的选择保存下来，或者“Cancel”来直接无视你的改变。许多这一类的选项在指南中介绍，还有一些如下图所示。
图10如果选择窗口“Cumulative ROI boxed [CT]”选项选定了，矢状面图将会从选择的slices中推断区域（左侧面板）。这种情况下，你只需要在slices上画出ROIs就可以了。否则的话，矢状视图将会给每个slice 独自的显示ROIs。
图11右击multislice按钮可以给一个图像添加热点。热点被定义为一个文本文件，这个文本文件包括要叠加图像的X Y Z坐标和colour/shape（色彩/形状）。这个功能可以用来比较一个脑病病人的病灶和fMRI/PET 的热点来进行研究。以此为例，许多的热点可以画在额叶的ROI上。这张图也解释了“translusent ROI”（ROI
图12上面显示了两个轴向面slices的ROIs —一张主要是皮层下，而另一张主要是皮层的。当选择窗口的“Cumulative only true overlap”选定的时候，矢状视图将依照ROIs的真密度来显示ROI的密度（中间）。如果这个选项没有选定，矢状视图将合计所有的ROIs而不以来他们爱X轴的位置（右边）。注意
浏览医学图像
除了分析格式的文件外，MRIcro还可以浏览许多各种标准的医学图像文件，一个完整的这些格式列在的本指南的技术细节部分。MRIcro将会自动的发现你的图像，而不论它是不是分析格式，DICOM或者其他格式的。打开一个医学图像最简单的方法是把这个依序图像的文件图标拽或者拖曳到MRIcro上。除此之外还可以，选择“Import”菜单的“Open foreign…”命令，选择你的图像。对这个规则而言只有一个例外，ECAT图像：MRIcro不能识别ECAT 图像，并且只能识别一些ECAT7文件。对ECAT文件来说，你应该把文件转化为分析格式的文件（如下部分所讲）。
把医学图像转化为分析格式
SPM，Analyze，mri3dX和MRIcro都可以使用分析格式来作为他们本地图像格式。然而，许多扫描仪保存图像的格式都是DICOM或者他们自己的文件格式。工艺部分将介绍MRIcro 和其他程序能转化为分析格式的文件格式。
当你把医学图像转化为分析格式，你可以选择一系列可以重叠的2D图像，并把它们保存为一个单独同意的3D格式的分析格式的文件。选择”Import”菜单中“Convert foreign to
Analyze”命令将会产生一个新的窗口可以来描绘图像。我的指南仔细的描述了这个过程。ECAT 图像可以被转化，通过选择import菜单中的“Convert ECAT to Analyze”命令。ECAT图像可以保存为原始数据或扩展数据（把校准和比例因子考虑在内）-通过选择“Etc/Options”设置和设置“ECAT convert”值。最后，你可以使用“Import/SPMwin VHD to Analyze”命令。
MRIcro也可以把分析格式图像转化为DICOM格式。“Save as…”可以把一个要转变的图像转变为DICOM格式的图像保存。按下“Save DICOM”转化为DICOM格式的时候会产生Img 格式文件。图像也许不会严格遵守DICOM标准指南。然而，这种图像应该被大多数DICOM 图像浏览器所接受。产生的DICOM文件只能是8-bite或者16-bite的，并且是“anonymized”-分析头文件没有包含更多细节（例如：“病人名字，扫描日期，等”）
卸载（360，管家都可以卸干净。）