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数据预处理

1、第一步用MRI covert进行数据转换,一共3个run,一个结构像。
分别转化rawdata到data【生成以f开头的文件】,rawdata3d到data3d中。MRIconvert转换不对3D图像进行reorient,所以没有o开头和co开头的文件。后续处理还需要对方向进行转换。但是用DPARSF转换格式的话默认的是生成一个4D文件,怎么办呢?最近刚刚学会,大家可能也都会了,但还是分享给我这样的小白——就是在DPARSF的安装目录里面有一个dcm2nii文件夹,只需要把里面的dcm2nii.ini文件用记事本打开,修改里面的两个参数(4D=1和SingleNIIFile=1都改为0),就可以批处理转换了。

2、首先删除了前两个TR,看有的静息态数据处理说要删掉前十个的,这个我们导师给的一个教程里面说删前两个,不知道是不是任务态一般都删除前两个啊?
再进行时间校正(slice timing),需要输入的参数如下
data——session3次,分别对应3个run——选转换的文件
Number of slices 32
TR 2
TA 2-(2/32)
slice order 2:2:32 1:2:31
reference slice 1
3、头部校正参数 realign(est&res)
data——用dependency选择3个session【时间校正过后的数据】
以下全部默认参数

4、配准 coregister(estimate)
reference image 选择data中的mean开头文件
souce image 用dependency选择data3D的文件(结构像)
其他参数默认
5、头像分割 segment
Data选择被试的结构像,这时候不能使用dependency所以手动定位到被试结构像dicom 转换后的文件

affine regula: 选择的是东亚人的脑模版,这个好像有的教程说选欧洲人的,有的说选东亚人的?师兄们怎么看,这个实验用的被试没有外国人。

6、标准化normalize(write)
spm8—normalise(write)——data生成new subject
parameter file使用dependency 选择subj——MNI
images to write使用dependency选择Slice Timing:slice timing corr:Images Sess1~Sess3
bounding box 看的教程,改大了一些
【-90 -126 -72
90 90 108】
voxel sizes3 3 3运行,这个教程上有的说1 1 1,有的说3 3 3,额也不知道选哪个

7、再做一次校正normalise(write),平均脑文件标准化
new subject
parameter file使用dependency 选择subj——MNI
images to write手动选择被试的T1像
bounding box 这里网上教程说默认的偏小,我按照教程上说的该打了一些
【-90 -126 -72
90 90 108】
voxel sizes 为3 3 3
运行
8、平滑smooth,FWHM选为分辨率的二倍,即6 6 6


另外,现在大家一般采用DPARSF来做任务态数据的预处理,因为其批处理的功能很好用,效率高而且不容易出错。这个具体做法可以参考DPARSF网站上的视频教程。

最后,附上自己整理的预处理教程和一阶分析、二阶分析教程,是自己看了很多版本,在许多前人

的基础上整合梳理的,其实自己新增的东西不是很多,主要是把网上的各种教程整理了一下,相信这已经是最全的任务态预处理至组分析的教程了。再往后ROI分析和相关分析的教程不知道哪些老师师兄师姐同门有,有的话不知道可不可以上传一下分享一下,急需啊!!!!!!!!!!!

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