10-3-1
采用GAMESS, HF/6-31G(d)计算
反应物：
气相：Total Energy = -313185.421886 Kcal/Mol
溶剂化：Total Energy = -320855.0145 Kcal/Mol
气相：Total Energy = -62343.3171 Kcal/Mol
溶剂化Total Energy =-62460.3983 Kcal/Mol
反应物总能量：
气相
-313185.421886 Kcal/Mol+（-62343.3171 Kcal/Mol）=-375528.7389 Kcal/Mol
溶剂化后：
-320855.0145 Kcal/Mol+（-62460.3983 Kcal/Mol）=-383315.4128Kcal/Mol
中间体1
气相： Total Energy = -375552.4562 Kcal/Mol
溶剂化： Total Energy = -544300.1875 Kcal/Mol 过渡态
气相：E= -375530.237194 Kcal/Mol
溶剂化：E= -538290.9905 Kcal/Mol
中间体2
气相：E= -375611.0735 Kcal/Mol
溶剂化：Total Energy = -544428.1875 Kcal/Mol 产物：
气相：Total Energy = -87245.465945 Kcal/Mol
溶剂化Total Energy = -87270.0137 Kcal/Mol
气相：energy = -288356.67816 Kcal/Mol
溶剂化 energy = -288473.7594 Kcal/Mol
产物总能量：
气相：-87245.465945+（-288356.67816）=-375602.1236
Kcal/Mol
溶剂化后：-87270.0137 +( -288473.7594)=-375743.7731Kcal/Mol 气相反应势垒
溶剂化反应势垒
采用Mopac，PM3方法计算
反应物：
气相：Total Energy = -11108.6433 Kcal/Mol
溶剂化：Total Energy = -11109.9208 Kcal/Mol
气相：Total Energy = -10139.2662 Kcal/Mol
溶剂化：Total Energy = -10234.6847 Kcal/Mol
反应物总能量：
气相：-11108.6433+（-10139.2662）=-21247.9095 Kcal/Mol
溶剂化后：-11109.9208+（-10234.6847）=-21344.6055 Kcal/Mol
中间体1：
气相：Total Energy = -21258.0499 Kcal/Mol 溶剂化:Total Energy = -21340.9771 Kcal/Mol 过渡态：
气相：Total Energy = -21252.5012 Kcal/Mol 溶剂化：Total Energy = -21320.1352 Kcal/Mol 中间体2：
气相：Total Energy = -21313.8820 Kcal/Mol 溶剂化：
Total Energy = -21386.9799 Kcal/Mol
产物：
Total Energy = -13958.4182 Kcal/Mol
溶剂化Total Energy = -13959.8811 Kcal/Mol
气相：Total Energy = -7348.6109 Kcal/Mol
溶剂化：Total Energy = -7428.9169 Kcal/Mol
产物总能量：
气相：-13958.4182+（-7348.6109）=-21307.0291 Kcal/Mol
溶剂化后：-13959.8811+（-7428.9169）=-21388.7980 Kcal/Mol
气相反应势垒
溶剂化反应势垒过渡态的优化1、甲酸和水分子形成的络合物的构型优化------------- GAMESS Interface ------------
GAMESS Job: Minimize (Energy/Geometry) UHF/6-31G(d)
Finish @ energy = -166150.964067 Kcal/Mol (-264.778634 Hartrees) ------------------------------------------
2、尿素和水形成氢键
------------ GAMESS Interface ------------
键长?Energy(Kcal/Mol)
1.3-118774.2312
1.366-118776.493623
1.4-118776.0249
1.5-118770.2623
1.6-118760.5165
1.65-118754.8873
1.68-118751.4025
1.72-118746.7390
1.8-118737.9809
1.88-118731.0972
3O+2CH 2
OH -118720.1110GAMESS Job: Minimize (Energy/Geometry) UHF/6-31G(d)
Finish @ energy = -188258.689979 Kcal/Mol (-300.009567 Hartrees)------------------------------------------
3、3O+2CH 2OH
平衡键长1.366
------------ GAMESS Interface ------------
GAMESS Job: Minimize (Energy/Geometry) UHF/6-31G(d)
Finish @ energy = -118776.493623 Kcal/Mol (-189.282548 Hartrees)------------------------------------------
扫描
----------- GAMESS Interface ------------
GAMESS Job: Minimize (Energy/Geometry) UHF/6-31G(d)
Finish @ energy = -46927.58803 Kcal/Mol (-74.783934 Hartrees)
------------------------------------------
生成醛的过渡态：
------------ GAMESS Interface ------------
GAMESS Job: Optimize to Transition State UHF/6-31G(d)
Finish @ energy = -118742.639222 Kcal/Mol (-189.228597 Hartrees)
------------------------------------------
过渡态的确定
虚频为272.84 I
1 2 3 4 5
FREQUENCY: 272.84 I 208.13 26.24 15.82 13.97
REDUCED MASS: 10.74103 5.35183 8.27579 8.31406 8.05505
IR INTENSITY: 5.18451 0.06758 0.01497 0.01009 0.03495
6 7 8 9 10
FREQUENCY: 57.81 262.92 297.45 520.05 923.21
REDUCED MASS: 6.68774 3.17727 1.02681 4.63662 1.22834 IR INTENSITY: 0.08217 1.03754 2.85461 0.67520 0.01894
11 12 13 14 15
FREQUENCY: 1055.85 1157.41 1257.13 1438.30 1639.96
REDUCED MASS: 1.14502 1.25540 1.10513 1.88731 1.79969 IR INTENSITY: 0.17598 0.02378 0.44347 2.26790 1.15950
16 17 18
FREQUENCY: 3275.58 3389.89 3954.48
REDUCED MASS: 1.05075 1.11678 1.06988
IR INTENSITY: 0.11542 0.00404 0.58203
心得体会:
溶剂化效应
(1) 其相互作用：a.成键作用 b.长程相互作用
(2) 对溶剂化效应的模拟可分为显式溶剂化模型及隐式溶剂化模型。
(3) 溶剂化效应：a.气相构型、频率（溶剂化效应：只算单点能）b.如果构型、频率、能量全部用PCM计算，则耗时、难收敛，一般而言并不推荐。
一.解释概念(20分,每个4分) 卫星DNA 复制体逆转座子反式激活因子衰减子与衰减作用 三、问答题(50分) 1. 说出双链DNA复制起始有关的五种重要的酶或蛋白并简述它们的功能。(15分) 2. 简述增强子的特点和性质及作用机制。(10分) 3. 简述真核RNA聚合酶II的转录起始复合物装配过程和转录起始(15分) 4. DNA限制性内切酶EcoRI是人们熟悉的常用内切酶,它是在大肠杆菌 (E.coli)R株中发现的,它被广泛用于分子克隆操作和DNA分析。pUC质粒是常用克隆载体之一,它的多克隆位点上有EcoRI、BamHI、KpnI、HindIII等酶切点。假如要你把一段由EcoRI切割产生的外源DN**段克隆到pUC质粒中,并把重组质粒转化大肠杆菌R株来扩增,已知条件是所用的R菌株中只有EcoRI一种限制性内切酶,你设计如何做才能确保成功?为什么?(10分) 武汉大学2002分子生物学 三.问答: 1.简述(或绘图说明)真核细胞RNA聚合酶II转录的起始需要哪些基本转录因子及其装配过程(15分) 2.简述(或绘图说明)色氨酸操纵子弱化的机制(15分) 3.在讨论基因家庭时经常提到胚胎、胎儿和成体形成的蛋白质,这些述语是指什么现象?可用什么术语来描述这一类基因家族(5分) 4. 你正在进行Southern blot分析,并刚刚完成凝胶电泳部分,下一步是将胶浸泡在NaOH溶液中使DNA变性为单链,为了节约时间,你跳过这一步,直接把DNA 从胶上转到硝酸纤维素膜上,你将标记好的探针与膜杂交,却发现放射自显影结果是一片空白,哪里错了呢?(5分)
一、下列名词翻译成中文，并简要解释 1、Domains and motifs 2、Alternative splicing 3、Reporter genes 4、The PCR cycle 5、Restriction mapping 6、Multiple cloning sites 7、DNA libraries 8、Proteomics 9、Replicon 10、Semi-conservative replication 二、简答题(共5题,每题8分,共40分) 1、请列举三种以上蛋白质纯化技术,并说明不同纯化技术的简单原理。 2、简述DNA损伤与DNA突变之间的区别与相互关系。 3、简述密码的简并性(degeneracy)和同义密码子(synonymous codon)及其在生物学上的重要性。 4、简述原核生物转录起始与转录终止过程中所涉及的主要蛋白质和核酸结构及其具体作用。 5、简述cDNA文库的构建过程。 三、论述题(共5题,1-4题每题15分,第5题10分,共70分) 1、人类基因组计划完成的社会意义和科学意义是什么？ 2、什么是操纵子(operon)？试说明色氨酸操纵子(Trp operon)在原核基因表达调控中的调控机制和重要作用。 3、请简要解释顺式作用元件与反式作用因子,并举二例加以说明它们的相互作用方式。 4、试说明真核细胞与原核细胞在基因转录、翻译及DNA的空间结构方面存在的主要差异,表现在哪些方面？ 5、限制性核酸内切酶有哪几种类型？哪一种类型的限制酶最适合于基因工程,为什么？请简要说明其理由。
武汉大学 2001年攻读硕士学位研究生入学考试试题 科目名称:分子生物学 科目代码: 477 一、解释概念(20分,每个4分) 卫星DNA 复制体逆转座子反式激活因子衰减子与衰减作用 二、填空(30分,每空1分,请将答案写在答卷上) 1. 从病毒到高等生物的研究表明,遗传物质是。 2. 冈崎片段的发现证实了双链DNA的复制,在复制过程中,一条新生链的合成 是的,称为链;而另一条链的合成是的,称为链。 3. 大肠菌中有三种DNA聚合酶,其中的pol I的作用是,而pol III的作用是。pol I和pol III都有的三种活性是、、。 4. 由于真核细胞染色体DNA的复制要有一段RNA为引物,因此线状的DNA复制后必须存在着5’端缩短的问题。已发现有一种端粒蛋白称为,它由构成,可以使单链DNA的5’延长。 5. 对DNA损伤有几种修复系统,其中只有修复系统可以造成DNA变异,与这一系统有关的一套基因平时受到一称为的抑制蛋白所抑制,它发挥抑制作用是结合在一段约20bp 长的称为的DNA序列上,当DNA损伤时,另一种蛋白质称为把这种抑制蛋白水解后,修复系统的基因才会被激活。 6. 真核细胞中有三种依赖于DNA的RNA聚合酶分别合成不同的RNA,RNA pol I负责合成,RNA pol II负责合成,RNA pol III负责合成。 7. 大分子互相作用是分子生物学的重要内容,包括蛋白质之间、蛋白质与DNA或RNA之间的互相作用,蛋白质有四种重要的结构花式与大分子互相作用有关,这些结构花式是, , 。 8. NO是气体小分子信号,它可由脱氨产生,它的作用方式是直接与酶作用使产生cGMP(环式GMP)。 9. 真核mRNA的5’端通常有帽子结构,3’端有polyA。在polyA上游有一保守序列称为polyA信号,其序列为。polyA能提高mRNA的翻译水平是由于: (1) (2) 。 10. G-蛋白关联受体是一类重要的细胞表面受体,它的结构特色是,它发挥信号传递作用的两条途径是途径和途径。 三、问答题(50分) 1. 说出双链DNA复制起始有关的五种重要的酶或蛋白并简述它们的功能。(15分) 2. 简述增强子的特点和性质及作用机制。(10分) 3. 简述真核RNA聚合酶II的转录起始复合物装配过程和转录起始(15分) 4. DNA限制性内切酶EcoRI是人们熟悉的常用内切酶,它是在大肠杆菌(E.coli)R株中发现的,它被广泛用于分子克隆操作和DNA分析。pUC质粒是常用克隆载体之一,它的多克隆位点上有EcoRI、BamHI、KpnI、HindIII等酶切点。假如要你把一段由EcoRI切割产生的外源DN**段克隆到pUC质粒中,并把重组质粒转化大肠杆菌R株来扩增,已知条件是所用的R菌株中只有EcoRI一种限制性内切酶,你设计如何做才能确保成功?为什么?(10分) 武汉大学
0.012 0.010 0.008 0.006 0.004 0.002 0.000 k (L o r e n t z ) 分子光谱模拟 姓名： 学号： 专业： 日期：151207&151214 一.实验内容 1.红外光谱模拟 1.1 用PM3理论方法计算H2O 分子红外光谱 图1-1 GAMESS 程序中PM3方法预测的H2O 分子的红外光谱 用0.974来标定计算的频率，然后做出红外光谱图
得到的振动频率分别为1698 cm-1、3770 cm-1、3880 cm-1 与标准值1594cm-1，3657cm-1，3756cm-1比较三个频率都偏大。说明半经验方法计算的红外光谱可靠性不高，若采用高水平计算方法，理论计算一实验值会符合很好，但同时会提高对计算机资源的要求。 2.拉曼光谱光谱模拟 2.1用HF/6-31G(d)计算的CH4分子的拉曼谱图 图2-1 HF/6-31G(d)计算的CH4分子的拉曼谱图 3.紫外可见光谱的模拟 3.1计算甲酸分子5个垂直激发的单重态和三重态，2个绝热激发的单重态和三重态，并确定垂直激发和绝热激发波长。 3.1.1 甲酸分子5个单重态垂直激发能(HF/6-31G(d)) ①利用GAMESS程序HF/6-31G（d）理论水平优化基态 Total Energy =-118450.0392 Kcal/Mol ②手动修改输入方式，其中NSTATE=5 甲酸分子（HCOOH）分子的5个单重态的垂直激发能
λ=1/△E(cm)=10^7/△E(nm) 经过换算，5个单重态的垂直激发波长分别为179nm、120nm、111nm、109nm、100nm均位于紫外区内。 3.1.2 甲酸分子5个三重态垂直激发能(HF/6-31G(d)) ①利用GAMESS程序HF/6-31G（d）理论水平优化基态 Total Energy =-118450.039 Kcal/Mol ②手动修改输入方式，其中NSTATE=5 MULT=3 甲酸分子（HCOOH）分子的5个单重态的垂直激发能 经过换算，5个三重态的垂直激发波长分别为198nm、195nm、122nm、116nm、109nm均位于紫外区内。 HF/6-31G(d)实验下HCOOH分子垂直激发波长表（单位：nm） 3.1.3甲酸分子2个单/三重态绝热激发能(HF/6-31G(d))
一、初二物理机械运动实验易错压轴题（难） 1．细心的小轩发现水箱接口处使用不同水管，出水口水流喷射的远近不同．于是，小轩想探究“水压相同时影响水管出水口水流速度大小的因素”。为此，他提出了三个猜想：①与水管的长度有关；②与水管的内径大小有关；③与水管的材质有关．为了验证猜想，小轩设计如图所示实验装置。 （1）实验过程中，需控制水箱中水的深度不变，从而使接口处水的压强________。保持出水口的高度h不变，通过____________来反映出水口水流速度的大小．在接口处接材质相同的不同水管多次实验，实验数据如下表： 实验序号 长度l （cm） 内径d （cm） 喷射距离s（cm） 1 40 1.014 2 1.516 3 2.020 4 70 1.012 5 1.515 6 2.017 7 100 1.011 8 1.513 9 2.014 （2）实验需要的测量工具是________。 （3）比较序号________可得到的初步结论是：当材质和内径一定时，水管长度越长，出水口水流速度越小；比较序号1、2、3可得到的初步结论是：当材质和长度一定时， _____。 （4）综上所述，当其他条件一定时，水管长度越长，内径越小，出水口水流速度 ________。
（5）为验证猜想③，接下来的操作应该为_____________。 【来源】【专题】备战2020届中考物理二轮复习题型专练题型08-创新探究题 【答案】不变喷射距离刻度尺 1、4、7或2、5、8或3、6、9 水管内径越大，出水口水流速度越大越小用内径和长度相同，材质不同的水管多次实验 【解析】 【分析】 【详解】 (1)[1]液体压强与液体的深度有关。使接口处水的压强不变，需控制水箱中水的深度不变。 [2]水流速度的越大喷射距离越远，可以通过喷射的距离反映水流的速度。 (2)[3]实验中需要刻度尺测量水管长度、水管内径、喷射距离。 (3)[4]比较1、4、7或2、5、8或3、6、9发现实验中水管材质和内径相同，而水管长度不同，水管长度越长喷射距离越短，说明当材质和内径一定时，水管长度越长，出水口水流速度越小。 [5]比较1、2、3或4、5、6或7、8、9发现当水管材质和长度相同，而内径不同，内径越小，水管长度越长喷射距离越短，说明当材质和长度一定时，水管内径越小，出水口水流速度越小。 (4)[6]综上所述，当其他条件一定时，水管长度越长，内径越小，出水口水流速度越小。 (5)[7]猜想③为出水口水流速度与水管的材质有关，所以为验证猜想③应当用内径和长度相同，但材质不同的水管多次实验。 2．物理实验小组的同学在学习“测量平均速度”时，想测量从斜面上滑下的物体在不同阶段时的平均速度，设计了如图所示的实验装置；让小车从带有刻度（分度值为1cm）的斜面顶端由静止滑下，图中的圆圈是小车到达A、B、C三个位置时电子表的显示时间（圆圈里面的数字分别表示“小时∶分∶秒”）则 （1）实验是根据公式________进行测量的； （2）中为了方便计时，应使斜面的坡度较________（填“大”或“小”）。金属片的作用是________。 （3）在AB段运动的路程s AB是________dm；在AC段运动的平均速度v AC是 ________m/s； （4）验前必须熟练使用电子表，如果小车到达C点还没有停止计时，则会使所测量的运动速度偏________。 【来源】河北省石家庄市平山县2019-2020学年八年级（上）期中考试物理试题
考试复习重点资料（最新版） 资料见第二页 封 面 第1页
分子生物复习题及答案 一、填空题 1．病毒ΦX174及M13的遗传物质都是单链DNA。 2．AIDS病毒的遗传物质是单链RNA。 3．X射线分析证明一个完整的DNA螺旋延伸长度为3.4nm。 4．氢键负责维持A-T间（或G-C间）的亲和力 5．天然存在的DNA分子形式为右手B型螺旋。 二、选择题（单选或多选） 1．证明DNA是遗传物质的两个关键性实验是：肺炎球菌在老鼠体内的毒性和T2噬菌体感染大肠杆菌。这两个实验中主要的论点证据是（C）。 A．从被感染的生物体内重新分离得到DNA作为疾病的致病剂 B．DNA突变导致毒性丧失 C．生物体吸收的外源DNA（而并非蛋白质）改变了其遗传潜能 D．DNA是不能在生物体间转移的，因此它一定是一种非常保守的分子E．真核心生物、原核生物、病毒的DNA能相互混合并彼此替代 2．1953年Watson和Crick提出（A）。
A．多核苷酸DNA链通过氢键连接成一个双螺旋 B．DNA的复制是半保留的，常常形成亲本-子代双螺旋杂合链 C．三个连续的核苷酸代表一个遗传密码 D．遗传物质通常是DNA而非RNA E．分离到回复突变体证明这一突变并非是一个缺失突变 3．DNA双螺旋的解链或变性打断了互补碱基间的氢键，并因此改变了它们的光吸收特性。以下哪些是对DNA的解链温度的正确描述？（C、D）A．哺乳动物DNA约为45℃，因此发烧时体温高于42℃是十分危险的B．依赖于A-T含量，因为A-T含量越高则双链分开所需要的能量越少 C．是双链DNA中两条单链分开过程中温度变化范围的中间值 D．可通过碱基在260nm的特征吸收峰的改变来确定 E．就是单链发生断裂（磷酸二酯键断裂）时的温度 4．DNA的变性（A、C、E）。 A．包括双螺旋的解链B．可以由低温产生 C．是可逆的D．是磷酸二酯键的断裂 E．包括氢键的断裂
2002年 三、问答： 1、简述（或绘图说明）真核细胞RNA聚合酶II转录的起始需要哪些基本转录因子及其装配过程（15分） 2、简述（或绘图说明）色氨酸操纵子弱化的机制（15分） 3、在讨论基因家庭时经常提到胚胎、胎儿和成体形成的蛋白质，这些述语是指什么现象？可用什么术语来描述这一类基因家族（5分） 4、你正在进行Southern blot分析，并刚刚完成凝胶电泳部分，下一步是将胶浸泡在NaOH溶液中使DNA变性为单链，为了节约时间，你跳过这一步，直接把DNA从胶上转到硝酸纤维素膜上，你将标记好的探针与膜杂交，却发现放射自显影结果是一片空白，哪里错了呢？（5分） 2001年 三、问答题（50分） 1．说出双链DNA复制起始有关的五种重要的酶或蛋白并简述它们的功能。（15分） 2．简述增强子的特点和性质及作用机制。（10分） 3．简述真核RNA聚合酶II的转录起始复合物装配过程和转录起始（15分） 4． DNA限制性内切酶EcoRI是人们熟悉的常用内切酶，它是在大肠杆菌（E.coli）R株中发现的，它被广泛用于分子克隆操作和DNA分析。pUC质粒是常用克隆载体之一，它的多克隆位点上有EcoRI、BamHI、KpnI、HindIII等酶切点。假如要你把一段由EcoRI切割产生的外源DNA片段克隆到pUC质粒中，并把重组质粒转化大肠杆菌R株来扩增，已知条件是所用的R菌株中只有EcoRI一种限制性内切酶，你设计如何做才能确保成功？为什么？（10分）
2003年分子生物学 一。下列名词翻译成中文，并简要解释4*10 1.Domains and motifs 2. Alternative splicing 3.Reporter genes 4. The PCR cycle 5.Restriction mapping 6.Multiple cloning sites 7.DNA libraries 8.Proteomics 9.Replicon 10. semi-conservative replication 二。简答题8*5 总计40分 1. 请列举三种以上的蛋白质纯化技术，并说明不同技术的简单原理。 2. 说说DNA损伤与DNA突变之间的区别和相互关系。 3. 简述密码的简并性（degeneracy）和同义密码子（synonymous codon）及其在生物上的重要性。 4. 简述原核生物转录起始与转录终止过程中涉及到的主要蛋白质和核酸结构及其具体作用。 5. 简述cDNA文库的构建过程。 三。问答题（1-4每题15，5题10，总计70） 1. 人类基因组计划完成的社会意义和科学意义是什么？ 2. 什么是操纵子（operon）?试说明色氨酸操纵子（Trp operon）在原核基因表达调控中的调控机制和重要作用。 3. 简要解释顺式作用元件与反式作用因子，并举二例说明他们的相互作用方式。 4. 试说明真核细胞与原核细胞在基因转录，翻译及DNA的空间结构方面存在的主要差异，表现在哪些方面？ 5. 限制性核酸内切酶有哪几种类型？哪一种类型的限制酶最适合于基因工程，为什么？请简要说明理由。 2004年武汉大学硕士研究生入学考试分子生物学试卷 一名词翻译与解释 1synonymous codons 2RNA editing 3Spliceosome 4Microarray 5Plaque hybridization 6Open reading frame 7Ribozyme 8RFLP
一、选择题 ( 共 3题 15分 ) 1. 5 分 (3611) 3611 H 2S 2O 8可由电解法制取，阳极反应为：2H 2SO 4 → H 2S 2O 8 + 2H + + 2e - ，阳极副反应为O 2的析出。阴极析氢效率为100%，已知电解产生H 2，O 2的气体体积分别为9.0 L 和2.24 L （标准态下），则生成H 2S 2O 8的物质的量为： （ ） (A) 0.1 mol (B) 0.2 mol (C) 0.3 mol (D) 0.4 mol 2. 5 分 (7149) 7149 试由管孝男速率方程式 d θ /d t ＝ k a p θ -μ －k d θ γ 导出弗伦德利希吸附等温式 V =k p 1/ n 式中 n ＝μ＋γ 3. 5 分 (7150) 7150 试由叶洛维奇速率方程式 d θ /d t ＝k a p e － g θ －k d e h θ 导出 乔姆金吸附等温式 θ ＝1/α ln(A 0p ) 式中 α =g +h ， A 0=k a /k d 二、填空题 ( 共 7题 35分 ) 4. 5 分 (4453) 4453 可将反应 Ag ++ Cl -─→ AgCl(s) 设计成电池为 。 已知 25℃时电池的 E ?= 0.576 V ，则电池反应的 ?r G m $ (298.15 K) = ， AgCl(s) 的活度积 K sp = ，电池反应达平衡时，电动势 E 等于 ______ 。 5. 5 分 (5841) 5841 反应 A + 2B → P 的反应机理如下∶ A + B 11 k k -垐垎噲垐C ， C + B 2 k ??→P 其中 A ，B 为反应物，P 为产物，C 为高活性中间物，则： d c p /d t = ，在 ______________ 条件下，总反应表现为二级。 6. 5 分 (7652) 7652 用渗透压法测大分子化合物的摩尔质量属于 _____ 均摩尔质量；用光散射法得到的 摩尔质量属于 ____ 均摩尔质量；沉降速度法得到 _____ 均摩尔质量；粘度法测得的 称为粘均摩尔质量，一般近似地认为它属于 ____ 均摩尔质量。 请填：(A) 质均 (B) 数均 (C) Ｚ均 或 (D) 平均 7. 5 分 (4860) 4860
分子生物学名词解释 1、gel electrophoresis(凝胶电泳) 2、restriction endonuclease(限制性内切酶) 3、hybridization(杂交) 4、probe（探针） 5、Autoradiogram（放射自显影） 6、DNA cloning 7、DNA ligase（DNA连接酶） 10、transformants（转化子） 11、copy DNA（cDNA） 12、DNA library 13、colony hybridization（菌落杂交） 14、oligonucleotide（寡聚核苷酸） 15、site-directed mutagenesis（定位突变） 16、shotgun sequencing（鸟枪法测序） 17、contig（叠连群） 18、annotation（注释） 19、transcriptome（转录组） 20、BLAST（基本局部比对搜索工具） （11.7.2015） 21、tandem mass spectrometry（MS-串联质谱） 22、interactome（互作组） 23、DNA foot printing（DNA足迹） 24、insulator（绝缘子） 25、homeodomain（同源结构域） 26、mediator（中介蛋白） 27、bromodomain（同源调节域） 28、chromodomain（染色质结构域） 29、locus control region-LCR（位点控制区域） 30、heterochromatin（异染色质） （11.10.2015） 31、euchromatin（常染色质） 32、epigenetic regulation（表观遗传调控） 33、constitutive expression（组成型表达） 34、operator（操作子） 35、operon（操纵子） 36、CTD（c端结构域） 37、lysogenically（溶源生长） 38、lytically（裂解） 39、prophage（原噬菌体） 40、antitermination（抗终止作用） 41、retroregulation（逆向调控）
分子模拟实验作业——设计实验 -----------二氯卡宾与甲醛环加成反应的理论研究 一、实验背景 在大二的有机实验中，我接触到了连续合成实验，其中有一类反应为相转移催化合成·卡宾及其反应。卡宾（Carbene）亦称为碳烯，是一类具有六个加点字的两价碳原子活性中间体，构造式为：CH2。其中的氢原子可以被其他原子或基团所取代，这类取代物称为卡宾体或取代卡宾。卡宾是缺电子的，具有很强的亲电性，可发生多种反应。在有机合成中常使之与烯烃反应以制取环丙烷衍生物，上网查阅资料后，我想到了可以结合本学期所学的分子模拟理论计算方法来模拟二氯卡宾与甲醛环加成反应。（题目来源于有机化学实验和查阅到的文献）二氯卡宾是一种取代卡宾，通常由氯仿与强碱作用产生： CHCl3 + Base ：CH2 + HB + Cl- 为了进一步探讨卤代卡宾与含有不对称π键物质环加成反应的机理,本文对单重态二氯卡宾与甲醛加成生成二氯环氧丙烷反应： 进行了量子化学从头算的研究,得到了该反应的反应机理,并对其反应机理作了理论分析说明.同时计算了该反应在不同温度下的热力学函数和动力学性质,并作了讨论。 二、实验内容 ①用分子轨道理论分析二氯卡宾与甲醛环加成的机理 用Chem3D软件做出二氯卡宾与甲醛的分子轨道能级图，计算分子轨道，并图示二氯卡宾和甲醛的HOMO和LUMO轨道的形状和能量。将所有分子轨道按能级排列次序，并以此分析两反应物的轨道匹配情况。（优化条件：Gamess Interface，HF/6-31G(d)）
对于该环加成反应的机理可借助于分子轨道图进行分析。根据轨道对称匹配条件，在反应过程中，应首先是C1的2p 空轨道插入甲醛的成键π轨道，但因甲醛中的羰基是一极性基团，π键电子云密集于氧端，故C1的2p 空轨道将从氧端插入其π轨道.因π电子向C1的2p 空轨道中的迁移，从而使二者首先生成了一半环状的中间配合物。由于二氯卡宾的?孤对电子与甲醛C 端的反键π轨道之间有着较强的成键作用，故随着反应的进行，二氯卡宾将在C1C20平面内按逆时针方向发生旋转.同时H1-C2和H2-C2键也由在中间配合物中与C1C20的共
2015年武汉大学885分子生物学考研真题（B卷）及详解 一、专业术语翻译与解释（共10小题，每小题4分，共40分） 1．Exon 答：Exon中文名称是外显子，是指断裂基因的一部分，包含在一个基因的转录物中，并在核内RNA剪接过程中保存下来成为细胞质中信使RNA的一部分。外显子在编码蛋白基因中处于三个明显的区域：第一部位，不翻译成蛋白质部分，是RNA转录物起始部分的信号并含有引导mRNA到核糖体进行蛋白质合成的顺序；第二部位是含有翻译成蛋白质氨基酸顺序的信息部分；第三部位是转录为mRNA的一部分含有翻译终止和加多腺苷酸尾的信号。 2．Promoter 答：Promoter中文名称是启动子，是指基因中控制基因表达（转录）的起始时间和表达的程度的一个组成部分。启动子本身并不控制基因活动，而是通过与转录因子结合而控制基因活动的。启动子就像"开关"，决定基因的活动。 3．Proteomics 答：Proteomics中文名称是蛋白质组学，是指一种基因组所表达的全套蛋白质，即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。蛋白质组学本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全面的认识。
4．Frame-shift mutation 答：Frame-shift mutation中文名称是移码突变，是指由于插入或缺失非3的倍数个的核苷酸导致阅读框发生移动，随着转译成不正常的氨基酸的一种突变。这种突变通常会导致多肽链上一系列的氨基酸发生变化，严重影响后续蛋白质或酶的结构和功能。 5．Wobble hypothesis 答：Wobble hypothesis中文名称是摆动假说，是解释遗传密码简并性的假说，克里克于1966年提出。具体内容是：对氨基酸专一的密码子的头两个碱基与相应转移RNA上反密码子的第2个和第3个碱基互补配对，而密码子的第3个碱基（3＇端）与反密码子5'端碱基的配对专一性相对较差。在反密码子的5＇位置上常发现次黄嘌呤（Ⅰ）或与之相似，仅能形成2个氢键的嘧啶。 6．Single-strand binding protein 答：Single-strand binding protein中文名称是单链结合蛋白，又称DNA结合蛋白，是指结合于螺旋酶沿复制叉方向向前推进产生的单链区，防止新形成的单链DNA重新配对形成双链DNA或被核酸酶降解的蛋白质，是DNA复制所必须酶。DNA解旋后，DNA分子只要碱基配对，就有结合成双链的趋向。 7．Tandem affinity purification 答：Tandem affinity purification中文名称是串联亲和纯化，是指一种可以经过两步特异性亲和纯化可快速得到生理条件下与靶蛋白质存在真实相互作用的蛋白质来研究体内蛋白质相互作用的新技术。
2001年攻读硕士学位研究生入学考试试题 一、解释概念（20分，每个4分） 卫星DNA 复制体 逆转座子 反式激活因子 衰减子与衰减作用 二、填空（30分，每空1分，请将答案写在答卷上） 1. 从病毒到高等生物的研究表明，遗传物质是。 2. 冈崎片段的发现证实了双链DNA的复制，在复制过程中，一条新生链的合成是的，称为链；而另一条链的合成是的，称为链。 3. 大肠菌中有三种DNA聚合酶，其中的pol I的作用是，而pol III的作用是。pol I和pol III都有的三种活性是。 4. 由于真核细胞染色体DNA的复制要有一段RNA为引物，因此线状的DNA复制后必须存在着5’端缩短的问题。已发现有一种端粒蛋白称为，它由构成，可以使单链DNA的5’延长。 5. 对DNA损伤有几种修复系统，其中只有修复系统可以造成DNA变异，与这一系统有关的一套基因平时受到一称为的抑制蛋白所抑制，它发挥抑制作用是结合在一段约20bp长的称为的DNA序列上，当DNA损伤时，另一种蛋白质称为把这种抑制蛋白水解后，修复系统的基因才会被激活。 6. 真核细胞中有三种依赖于DNA的RNA聚合酶分别合成不同的RNA，RNA pol I负责合成，RNA pol II负责合成,RNA pol III负责合成。 7. 大分子互相作用是分子生物学的重要内容，包括蛋白质之间、蛋白质与DNA或RNA之间的互相作用，蛋白质有四种重要的结构花式与大分子互相作用有关，这些结构花式是，，，。 8. NO是气体小分子信号，它可由脱氨产生，它的作用方式是直接与酶作用使产生cGMP（环式GMP）。 9. 真核mRNA的5’端通常有帽子结构，3’端有polyA。在polyA上游有一保守序列称为polyA信号，其序列为。polyA能提高mRNA的翻译水平是由于： （1）（2）。 10. G-蛋白关联受体是一类重要的细胞表面受体，它的结构特色是，它发挥信号传递作用的两条途径是途径和途径。 三、问答题（50分） 1．说出双链DNA复制起始有关的五种重要的酶或蛋白并简述它们的功能。（15分） 2．简述增强子的特点和性质及作用机制。（10分） 3．简述真核RNA聚合酶II的转录起始复合物装配过程和转录起始（15分） 4．DNA限制性内切酶EcoRI是人们熟悉的常用内切酶，它是在大肠杆菌（E.coli）R株中发现的，它被广泛用于分子克隆操作和DNA分析。pUC质粒是常用克隆载体之一，它的多克隆位点上有EcoRI、BamHI、KpnI、HindIII等酶切点。假如要你把一段由EcoRI切割产生的外源DNA片段克隆到pUC质粒中，并把重组质粒转化大肠杆菌R株来扩增，已知条件是所用的R菌株中只有EcoRI一种限制性内切酶，你设计如何做才能确保成功？为什么？（10分）
分析模拟实验实验报告（二） 武汉大学化学与分子科学学院 一、实验结果
2.问题7-1-2 画“三键链”的结果是什么？ 答: “三键链”画不出来 3.问题7-1-3 画出多个联苯环的共轭结构 答：画不出“多联苯环的共轭结构” 5.问题7-3-1 计算H2O的二聚体的结构
6.问题7-4-1 7.问题7-4-2 简介：IUPAC名称为 benzylidene[1,3-bis(2,4,6-trimethylphenyl)-2-imidazolidinylidene]dichloro(tricy clohexylphosphine)ruthenium——苯亚甲基·[1,3-双(三甲基苯基)-2-咪唑啉亚基]·二氯·(三环己基膦)合钌。它具有比原催化剂更高的活性和选择性以及相似的稳定性，但对空气和水敏感，因此需要在氮气或氩气惰性气氛中使用。其催化活性比第一代催化剂提高了两个数量级，在开环复分解聚合反应中的用量可以降低到百万分之一，在某些关环复分解反应中的用量也仅为万分之五。特别适用于低张力的环状烯烃及位阻较大的多取代烯烃的合成。
原因：1.表现中心金属原子钌（Ru）与各配体之间在空间结构上的关系，包括两个卡宾基团和一个膦配体以及两个氯原子。 2.凸显催化剂中的杂原子 二、实验收获 相较于第一次这两次对于Chem3D使用才真正感觉到Chem3D的实用与方便。 学习到了三种不同的分子结构模型创建方法，经过自己的实践操作深刻体会到各个方法之间的差别，基本可以在应用时做到根据需求与情况选择合适的建模方法。 了解了4种分子结构最优化计算方法Hartree-Fock、MP2、B3LYP和PM3，并分别使用这四种计算方法计算H2O的二聚体的结构。体会不同的理论方法的计算结果的差异。进行计算时应该遵从从简单到复杂的原则，对于不同的分子与反应选择合适的计算方法，既保证计算结果的准确性又要能够提高计算速度。
武汉大学动物实验中心实验动物使用计划方案(2014版) （用于实验动物科研和教学） 一、项目信息（在“□”中打钩用“ ”表示） 二、项目来源:（在“□”中打钩用“ ”表示） 项目类型请填写：国家重大专项、973计划、863计划、国家/省/市/校级自然科学基金或其它类型基金 三、动物实验操作人员经历和培训: 所列人员开展工作必须通过相关实验动物专业技能培训考核和武汉大学动物实验中心培训，请简述与本方案涉及的动物有关的工作经历和培训，并提供证明材料复印件。 四、研究目的和意义: 以一般非生物医学背景人员为对象，用通俗的语言描述研究目的（做什么？），对人类、 五、实验设计和动物实验操作步骤（本部分也可以实验方案作为附件提交）
根据实验内容填写以下实验信息： ●实验分组：描述实验组及对照组，动物数 ●动物标记：描述耳朵标记、纹身、项圈等的详细情况 ●繁殖：描述繁殖的需要和方法 ●注射或接种：描述注射的物质、容量、剂量、注射部位、针头的大小和注射时间表 ●采集血液：描述采血容积、频率、部位、针的大小和方法 ●外科手术：描述操作过程，在第八条详细描述 ●保定方法：短期保定和长期保定（保定椅，项圈，背心，锁链） ●疼痛和麻醉：动物有何种疼痛，用何种麻醉或镇痛剂，在第九条描述麻醉剂和镇痛剂。 ●动物的紧张：预期对动物不利的影响，电击，水淹，噪音，强光等 ●在本中心外的动物操作：在如何在另外一个机构所开展的与动物有关的工作 ●动物模型的建立方法：如何诱导动物致病或疾病模型建立的方法 ●饮食要求：特殊的饮食和/或食物或水的限制 ●危险物质：会用到何种危险物质，有何种危害性和防护措施 ●动物安乐死：明确决定实施安乐死的标准和方法，例如：动物体重下降超过原体重的 20%，无法进食，严重感染，肿瘤，肿瘤体积过大，治疗无效，器官脏器失能等。。 ●兽医护理：动物发生疾病是应采取的治疗措施。 六、实验动物信息 针对使用的每一种动物的品系填写每一栏。如果使用了3种以上或3个品系以上的动
考研心得 本人是2015年考上武汉大学化学与分子科学学院高分子化学与物理专业研究生的一名学生，之前在考研论坛留下过自己的QQ，所以有很多学弟学妹找到我，有时候我也比较忙，没有时间及时的一一回复。现在我每天抽一点时间来总结一下我的考研复习心得，以帮助大家更好的了解相关的情况吧。在此，也特别申明一下，本文为我个人的真实心得体会，都是慢慢回顾自己的复习过程然后一个字一个字的打出来的，文中的某些观点、建议可能并不一定正确，每个人的学习方法还是有区别的，希望大家仅供参考吧！有说的不好的地方也欢迎大家指正！ 首先，我想说说关于为什么考研：就本人的观点认为，目前国内的教育模式导致大部分年轻人不知道自己的兴趣所向，根本不知道自己喜欢做什么，也没有好好想过以后出来做什么事。身边有很多人都考研，所以自己也跟着考。我觉得如果你是出于这样的想法去考研的话还是建议你三思！研究生不像本科那样，像我们理科生基本上是要天天待在实验室里面，而且工作了的话基本上也与这一行有关，如果不喜欢这一行的话趁早改变主意！想好以后要做什么再决定是不是真的选择考研。 目标院校和专业的选择：很多人在选择学习型和专业是很纠结，又想考好学校，又想好专业，还有就是只想混个研究生文凭而已。我的观点是，好专业比好学校更有用。毕竟以后自己很可能就是搞这一行了，所以好好选一个专业吧。选择院校是我建议大家还是量力而行，很多人想报985或者211之类的，我觉得每个人都应该清楚自己的实力，实力有多少就选择个什么样的学校，如果报个985到时候没考上要调剂的时候就比较麻烦了，调剂很多时候都没什么好学校或者没好专业了。选择的院校和专业最好以前有学长或者学姐考上过，这样会有比较大的帮助，资料和经验都比较容易得到，会省很多事的。 合适的目标+坚持不懈的努力=成功！ 在考研的途中有1~2个靠谱的研友也是很有帮助的，人太多了我觉得反而不好。 公共课的复习我就不说了，我觉得都大同小异吧，网上也有很多。下面我详细讲一下我复习的武大的四大化学。 都知道武大的化学学院基本上都是考四大化学（分析、物化、无机、有机），一听到这个有不少人都会被吓住，觉得会很难。是的，我当时也不敢考，分析我还没学过。所以我当时最开始选择那个考数学和普通化学的那个材料物理与化学专业。从14年3月份开始复习数学，到了5月底6月初了，我问了一下我们专业的老师，他建议我还是考四大化学。他让我报高分子化学与物理这个专业，因为这个专业与我们学的也比较接近，再就是这个专业可以选考高分子化学和物理而避开有机！很多人都说武大的有机很难，确实是这样的！当时我非常的纠结！！！那时候数学的线代都看完了，快要去买全书了，我回去想了两天，然后不知道怎么突然也就决定了，就换了吧，考四大化学！因为我没学过分析化学，所以开始看分析上册，估计看了10天左右吧，看到了第五章左右，那时候6月中旬了，我们还有好几门期末考试，考完还有学年论文。。。所以6月份也没看什么书了。 7月份了，我的复习才真正开始！ 7月份我每天上午搞英语，下午和晚上搞分析化学。前20天只看分析上册，我没学过分析化学，所以我那时候先把上册看了两遍。后10天开始，每天下午看无机化学上册，每天一章，晚上是看分析下册。下册是仪器分析，如果没有终点话会一点头绪都没有而浪费掉很多时间！我那时候基本上都是抓重点看！分析上册的重点就是3/5/6/7/8/9/10，其他章节基本上可以不看！分析下册我没有花很多时间，因为我们上一届有学长去武大上了那个暑期内部培训班（大家暑假左右可以留意一下，14年停办了一年，不知道为什么，所以我没有去），就是划重点的，里面给了一些PPT，下册有一个总结性的PPT，基本上要考的都在上
物理科学与技术学院物理学基地班 本科人才培养方案 一、专业代码、专业名称 专业代码：070201、080402 专业名称：物理学基地班 Physics 材料科学与技术试验班材料物理Materials Physics 二、专业培养目标 坚持以学生为本的“创造、创新、创业”（“三创”）教育理念，贯彻“加强基础、分类培养、通专融合、个性发展”的方针，充分发挥学校人文底蕴深厚、学科门类齐全，多学科交叉培养人才的办学优势，培养适应经济和社会发展需要的“厚基础、宽口径、高素质、强能力”，具有“三创”精神和能力的复合型人才、拔尖创新人才和行业领军人才。 培养学生掌握物理学的基本理论与方法，具有系统的较宽的物理学、化学和材料科学的理论基础、理论知识和熟练的实验技能，获得基础研究或应用研究的初步训练，能运用物理知识和方法进行科学研究和技术开发，具有较强的知识创新能力和较广泛的科学适应能力，能在物理学或材料等相关的科学技术领域中从事科研、教学、技术开发和相关的管理工作的高级专门人才。 三、专业特色和培养要求 本专业除要求学生具有扎实、宽厚的物理学、数学基础理论知识和必需的化学基础理论知识外，还要求对物理学的新发展、近代物理学在高新技术和生产中的应用，以及与物理学密切相关的交叉学科和新技术的发展有所了解。本基地班实行导师全程指导制。 毕业生应获得以下几方面的知识和能力： (1）系统地掌握物理学的基本理论、基本知识、基本实验方法和技能，具有基础扎实、适应性强的特点和自学新知识、新技术的能力；具有运用物理学的理论和方法进 行科学研究、应用研究、教学和相应管理工作的能力。 (2)掌握系统的数学、计算机等方面的基本原理、基本知识。 (3)较熟练地掌握一门外国语，能够阅读本专业的外文书刊。 (4)了解相近专业以及应用领域的一般原理和知识。 (5)了解物理学的理论前沿、应用前景和最新发展动态以及相关高新技术的发展状况。 (6)掌握资料查询、文献检索及运用现代信息技术获得最新参考文献的基本方法；具有
武汉大学化学与分子科学学院 《分子模拟实验》实验报告 化学反应模拟 指导老师：侯华 姓名：陆文心 专业：化学弘毅班 学号：2012301040179 日期：2014年11月13日、11月20日（周四下午） 一、实验内容 问题10-1-1仿照CH4的例子，计算甲基自由基（·CH3）的生成焓（与实验值35kcal/mol 比较）和生成自由能，可采用B3LYP/6-31G(d)理论方法。 ①优化自由基结构，获得总能量： E(CH3) = -24977.699059 kcal/mol ②在优化结构的基础上，用同一方法计算振动频率，在输出文件中找到：零点能为 18.633681 kcal/mol，焓H为21.212 kcal/mol。对焓进行零点能修正： H298K - H0K = H298K– ZPE = (21.212 - 18.633681) kcal/mol = 2.578319 kcal/mol ③从输出文件中找到熵的数据S = 50.463 cal/(mol·K)。
④用同样的理论方法分别计算C 原子和H 原子的能量： E(C) = -23734.548073 kcal/mol E(H) = -311.785384 kcal/mol ⑤计算绝对零度下甲基自由基的生成焓： ?H f,0K ?(M )=∑x?H f,0K ?(X )atoms ?(∑xE (X )atoms ?E (M )?ZPE) = {(1×169.98 + 3×51.63) - [1×(-23734.548073) + 3×(-311.785384) - (-24977.699059) -18.633681]} kcal/mol = 35.7 kcal/mol ⑥298K 时的生成焓，根据以下公式计算： ?H f,298K ?(M )=?H f,0K ?(M )+(H M 298K ?H M 0K )?∑x(H X 298K ?H X 0K )std atoms = [35.7 + 2.578319 - (1×0.25+3×1.01)] kcal/mol = 35.0 kcal/mol 与实验值（35 kcal/mol ）符合得很好。 ⑦根据下列公式计算298K 时的生成自由能： ?G f,298K ?=?H f,298K ??298.15K ×(S M ??∑xS X ?atoms ) = [35.0 - 298.15×(50.463 - 1×1.36 - 3×15.6)/1000] kcal/mol = 34.3 kcal/mol 问题10-2 优化搜索过渡态。 1. CH 3CF 3解离生成CH 2CF 2和HF 的反应 CH 3CF 3原始结构：
实验3 -13 铁磁物质磁化特性曲线的测定 铁磁物质的磁化曲线，是指给予它的不同的磁化场H 与相应而生的随磁化场而改变的磁感应强度B 之间的关系曲线，即B -H 曲线。 影响铁磁物质的磁化曲线的因素很多。材料的杂质含量、晶体结构、加工方式、外界温度、内部的应力以及磁化历史等都会对磁化特性产生影响。由于影响磁化特性的因素很多，因此B -H 的关系就特别复杂。直至今天，人们还未从理论上定量描述、确定磁化曲线的分析表达式。于是人们就用实验的方法来测定其磁化曲线。 【实验目的】 1．了解铁磁物质的基本磁化特性。 2．掌握铁磁物质磁化特性曲线的测量方法。 【仪器用具】 1．冲击电流计。 2．标准互感器：0.05H ，额定电流0。15A 。 3．螺绕环。 4．多量程的直流安培计：0.1／0.3…15／30A 。 5．滑线电阻器。 6．转盘电阻箱：0.1～9999.9Ω. 7．晶体管稳压电源：0～30V,0～5A. 8．单相调压变压据。 9．交流安培计。 【实验原理】 1．H 、B 的测量原理 如图3-13-1所示，T 为一铁环，其横截面的半径为r ．环的半径为R ，且有2πR ＝L ＞＞r 。在铁环上均匀、紧密地绕满N 1匝线圈，这就构成一个为铁心所充满的螺绕环。如果线圈通过电流I ，则铁心中的磁场强度可根据安培环路定律得出： I L N H 1 （3-13-1） 铁心中的磁感应强度B 可用冲击法测量。为获取磁通量的变化量以测量B ，特在磁环 上绕了N 2匝副线圈。 2．起始磁化曲线 铁磁质从没有被磁化的状态（即H ＝0时。铁磁质的B ＝0）开始，从零单调地增大磁场H ，求出相对应的B ，这样测绘出来的曲线称为起始磁化曲线，如图 3-13-2所示。由图可见，铁磁