【生物科技公司】第十章微生物分类及鉴定帮助你理清基本概念规律
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微生物的分类与鉴定PPT教案
第15页/共38页
书355
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第17页/共38页
一、经典分类鉴定方法（生理生化为主，形态为辅）
● 通常指长期以来，在常规鉴定中普遍 采用的 （形态 、 生理、生化、生态、生活史、血清 学反应 等指标 ）
第18页/共38页
◆传统分类的细菌鉴定程序
第19页/共38页
●细菌自动鉴定系统
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology ( 2 ed) Vol .1: The Archaea & the Deeply Branching &
Phototrophic Bacteria,
( 2001)
Vol. 2: Proteobacteria( 2004)
第26页/共38页
16s rRNA作为细菌进化的 计时器
●生物共有的 ●一定的信息量（1542个核苷酸） ●一定的保守性 ●便于比较研究
第27页/共38页
（4）16s rRNA核苷酸序列分析
提取DNA
● DNA-PCR法
↓ PCR扩增16SrRNA
↓ PCR产物纯化分析
↓ 16SrRNA序列测定
转硝酸纤维素膜 ↓
加入放射性标志参照菌DNA（单链） ↓
洗去未杂交DNA ↓
闪烁计数器计数测定放射强度
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结论： 1. DNA同源性≥ 60% （同种） 2. DNA同源性≥ 70% （同亚种） 3. DNA同源性60~ 70% （不同亚
种） 4. DNA同源性20~ 60% （同属）
卷
类型
群（Section） 主要代表
肠杆菌，假单孢
Vol. 1 G-
微生物分类与鉴定PPT课件
第27页/共58页
一、 原核微生物分类系统
（一）《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(18601937) 伯杰氏手册: 是目前进行细菌分类、鉴定的最重要参考书， 其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进行 鉴定所需做的实验的具体方法。
第34页/共58页
界Ⅱ：真细菌(Bacteria)
部17：γ-变形细菌(γ-Proteobacteria，150属854 种)
部18：δ-变形细菌(δ-Proteobacteria，39属128 种)
部19：ε-变形细菌(ε-Proteobacteria，6属56种) 部20：梭菌(Clostridia)和相关细菌(73属403种) 部21：柔膜菌(Mollicutes，10属191种)
（二）伯杰氏系统细菌学手册 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
第一版 1984年问世，至1989年出齐，共4卷。 第二版 由George Garrity主编分为5卷，将从2000年 起陆续出版。这一版纳入了研究核糖体RNA测序所产 生的许发育)分类系统。
• 部2：产甲烷菌(Methanogens，21属97种) • 部3：盐杆菌(Halobacteria，14属50种) • 部4：热原体(Thermoplasma，2属4种) • 部5：热球菌(Thermococci，5属19种)
第32页/共58页
界Ⅱ：真细菌(Bacteria)
部6：产液菌(Aquifex)和相关细菌(3属5种) 部7：栖热袍菌(Thermotoga)和Geotogas，9
一、 原核微生物分类系统
（一）《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(18601937) 伯杰氏手册: 是目前进行细菌分类、鉴定的最重要参考书， 其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进行 鉴定所需做的实验的具体方法。
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界Ⅱ：真细菌(Bacteria)
部17：γ-变形细菌(γ-Proteobacteria，150属854 种)
部18：δ-变形细菌(δ-Proteobacteria，39属128 种)
部19：ε-变形细菌(ε-Proteobacteria，6属56种) 部20：梭菌(Clostridia)和相关细菌(73属403种) 部21：柔膜菌(Mollicutes，10属191种)
（二）伯杰氏系统细菌学手册 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
第一版 1984年问世，至1989年出齐，共4卷。 第二版 由George Garrity主编分为5卷，将从2000年 起陆续出版。这一版纳入了研究核糖体RNA测序所产 生的许发育)分类系统。
• 部2：产甲烷菌(Methanogens，21属97种) • 部3：盐杆菌(Halobacteria，14属50种) • 部4：热原体(Thermoplasma，2属4种) • 部5：热球菌(Thermococci，5属19种)
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界Ⅱ：真细菌(Bacteria)
部6：产液菌(Aquifex)和相关细菌(3属5种) 部7：栖热袍菌(Thermotoga)和Geotogas，9
微生物的分类和鉴定方法
定义：单细胞或多细胞， 无细胞壁，有细胞核和细
胞器
特点：形态多样，结构简 单，繁殖迅速
分类：纤毛虫、鞭毛虫、 孢子虫、肉足虫等
应用：环境监测、污水处 理、生物制药等领域
显微镜观察：观察微生物的形状、 大小、颜色等特征
培养特性：观察微生物在不同培 养基上的生长情况
生理生化反应：检测微生物的酶 活性、代谢产物等生理生化特性
况
蛋白质组学：通 过分析微生物的 蛋白质组成和功 能来鉴定其种类
和特性
添加标题
添加标题
添加标题
添加标题
汇报人：XX
补体结合试验等
优点：快速、简 便、灵敏度高
Hale Waihona Puke 局限性：需要已 知的抗原或抗体，
且可能受到其他 因素的影响
添加标题
添加标题
添加标题
添加标题
DNA序列分析： 通过比较DNA序 列来确定微生物 的种类和亲缘关
系
基因测序：通过 测序微生物的基 因来鉴定其种类
和特性
基因芯片技术： 利用基因芯片技 术快速检测微生 物的基因表达情
定义：具有细 胞壁、细胞膜、 细胞核等细胞 结构的微生物
分类：分为酵 母菌、霉菌和 蕈菌三大类
特征：生长缓 慢，形态多样， 可产生孢子进 行繁殖
应用：在食品、 医药、环保等 领域有广泛应 用
0
0
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1
2
3
4
定义：一类能进行光合作用的微生物，包括蓝藻、绿藻、红藻等 特点：具有叶绿素，能进行光合作用，产生氧气 分类：根据形态、结构、生理特性等进行分类 应用：可用于污水处理、生物燃料、食品添加剂等领域
血清学鉴定：利用抗原抗体反应 进行微生物的鉴定
微生物学微生物的分类和鉴定【可编辑PPT】
②基因序列
《伯杰氏细菌鉴定手册》（Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology），第九版的伯杰氏手册基于细 胞壁的特性将原核生物分成四大类群，其中薄壁菌和厚壁菌两 个类群物种数量最多。
类群I：薄壁菌（革兰氏阴性菌） 组1：暗细菌纲（不进行光合作用） 组2：不产氧光合细菌纲（光合细菌，不产氧） 组3：产氧光合细菌纲（光合细菌，产氧）
草鱼肠道中弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定与PCR-SSCP分析
郑璐1，吕爱军1*，胡秀彩2，曹成亮1，蒋继宏2 (1.徐州师范大学生命科学学院，江苏 徐州 221116； 2.江苏省药用植物生物技术重点实验室，江苏 徐州 221116)
摘要：从草鱼（Ctenopharyngodon idellus）肠道中分离到3株细菌，暂时编
亚种(subspecies, subsp) 亚种是进一步细分种时所用的单元，一般指除 某一明显而稳定的特征外，其余鉴定特征与模 式种相同的种，是变种的同义词。
例2：酿酒酵母椭圆变种 Saccharomyces cerevisiae var．ellipsoideus
（五）菌株(strain) 又称品系（在非细胞型的病毒中则称毒株或株），表示 任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒）繁殖而 成的纯遗传型群体及其一切后代。 模式菌株（Type strain)：是一个种的具体活标本，必须是 该菌种的活培养物，是由一个被指定为命名的模式菌株 传代而来。
（2）细胞组分水平 （3）蛋白质水平 分类依据：
（4）核酸水平
• 微生物形态 • 生理特性 • 抗原特性 • 分子生物学方法
一、微生物分类鉴定中的经典方法
二、微生物分类鉴定中的现代方法
（一）通过核酸分析鉴定微生物遗传型
《伯杰氏细菌鉴定手册》（Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology），第九版的伯杰氏手册基于细 胞壁的特性将原核生物分成四大类群，其中薄壁菌和厚壁菌两 个类群物种数量最多。
类群I：薄壁菌（革兰氏阴性菌） 组1：暗细菌纲（不进行光合作用） 组2：不产氧光合细菌纲（光合细菌，不产氧） 组3：产氧光合细菌纲（光合细菌，产氧）
草鱼肠道中弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定与PCR-SSCP分析
郑璐1，吕爱军1*，胡秀彩2，曹成亮1，蒋继宏2 (1.徐州师范大学生命科学学院，江苏 徐州 221116； 2.江苏省药用植物生物技术重点实验室，江苏 徐州 221116)
摘要：从草鱼（Ctenopharyngodon idellus）肠道中分离到3株细菌，暂时编
亚种(subspecies, subsp) 亚种是进一步细分种时所用的单元，一般指除 某一明显而稳定的特征外，其余鉴定特征与模 式种相同的种，是变种的同义词。
例2：酿酒酵母椭圆变种 Saccharomyces cerevisiae var．ellipsoideus
（五）菌株(strain) 又称品系（在非细胞型的病毒中则称毒株或株），表示 任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒）繁殖而 成的纯遗传型群体及其一切后代。 模式菌株（Type strain)：是一个种的具体活标本，必须是 该菌种的活培养物，是由一个被指定为命名的模式菌株 传代而来。
（2）细胞组分水平 （3）蛋白质水平 分类依据：
（4）核酸水平
• 微生物形态 • 生理特性 • 抗原特性 • 分子生物学方法
一、微生物分类鉴定中的经典方法
二、微生物分类鉴定中的现代方法
（一）通过核酸分析鉴定微生物遗传型
微生物的分类和鉴定方法
农业废弃物资源化
利用
通过对农业废弃物中微生物的研 究和利用，可以实现农业废弃物 的资源化利用，促进农业可持续 发展。
食品领域：食品安全检测、食品添加剂研发等
食品安全检测
利用微生物分类鉴定技术，可以快速准确地检测食品中的有害微 生物，保障食品安全。
食品添加剂研发
通过对微生物产生的天然产物进行研究和改造，可以开发出新型、 安全的食品添加剂，提高食品的口感和营养价值。
要点三
显微镜检查
使用显微镜对染色后的微生物进行观 察和分析，记录其形态和结构特征。 在显微镜检查时应注意选择合适的放 大倍数和光源强度，以便更准确地观 察和分析微生物的特征。
05
微生物分类鉴定中常见问 题及解决方法
形态学特征模糊或易混淆问题
形态学特征模糊
某些微生物在形态上非常相似，容易造成混淆。解决方法包括使用高分辨率显微镜、电子显微镜等先 进技术进行更细致的观察，以及结合其他鉴定方法如生理生化特性、分子生物学技术等进行综合判断 。
免疫学鉴定方法
免疫荧光技术
利用特异性抗体与荧光染料结合，形成荧光抗体，再与待检微生物结合，通过荧 光显微镜观察荧光信号，从而鉴定微生物的种类。
酶联免疫吸附试验（ELISA）
将特异性抗体与固相载体结合，加入待检微生物后，再加入酶标记的二抗，最后 加入底物显色，通过比色法测定吸光度值，从而鉴定微生物的种类。
微生物的分类和鉴 定方法
汇报人：XX 2024-01-21
பைடு நூலகம்
目 录
• 微生物分类概述 • 微生物鉴定方法 • 微生物分类体系与命名规则 • 微生物鉴定实验设计与操作技巧 • 微生物分类鉴定中常见问题及解决方法 • 微生物分类鉴定在各个领域应用前景展望
《微生物分类鉴定》课件
土壤改良
微生物分类鉴定有助于了解土壤中微生物的种类和数量，分析土壤肥力和健康状况，为土 壤改良和治理提供科学依据。
在工业领域的应用
食品工业
微生物分类鉴定在食品工业中具 有广泛应用，如酸奶、面包、酒 类等产品的生产和质量控制都需 要对微生物进行准确的分类鉴定 。
环保工程
在废水处理和垃圾发酵等环保工 程中，通过微生物分类鉴定可以 了解微生物群落的结构和功能， 优化处理工艺和提高处理效率。
详细描述
通过分析微生物的基因组序列，如 16S rRNA基因序列、DNA指纹图谱 等，进行系统发育分析，确定微生物 的种属关系。该方法准确性高，适用 于各种微生物的分类鉴定。
免疫学鉴定法
总结词
利用特异性抗体与微生物抗原的结合反应进行分类鉴定的方 法。
详细描述
通过制备特异性抗体，利用抗原-抗体反应的原理，对微生物 进行检测和鉴定。该方法特异性强、灵敏度高，适用于临床 诊断和生物安全检测等领域。
THANKS
THANK YOU FOR YOUR WATCHING
制药工业
在抗生素、酶制剂等生物药物的 生产中，通过微生物分类鉴定可 以筛选出具有生产能力的菌株， 提高药物的生产效率和纯度。
05
微生物分类鉴定未来展望
基因组学在微生物分类鉴定中的应用
基因组学的发展为微生物分类鉴定提供了更准确、更全面的 手段。通过全基因组测序和比较基因组学，可以更深入地了 解微生物的遗传背景和进化关系，为分类鉴定提供更可靠的 依据。
在农业领域的应用
植物病害诊断
通过微生物分类鉴定，可以确定引起植物病害的病原微生物种类，为农民提供准确的病害 诊断和防治方案，有助于保护农作物生长和产量。
生物防治
利用有益微生物对植物病害进行生物防治是当前研究的热点，通过微生物分类鉴定，可以 筛选出具有拮抗作用的微生物菌株，为生物防治提供有效的生物资源。
微生物分类鉴定有助于了解土壤中微生物的种类和数量，分析土壤肥力和健康状况，为土 壤改良和治理提供科学依据。
在工业领域的应用
食品工业
微生物分类鉴定在食品工业中具 有广泛应用，如酸奶、面包、酒 类等产品的生产和质量控制都需 要对微生物进行准确的分类鉴定 。
环保工程
在废水处理和垃圾发酵等环保工 程中，通过微生物分类鉴定可以 了解微生物群落的结构和功能， 优化处理工艺和提高处理效率。
详细描述
通过分析微生物的基因组序列，如 16S rRNA基因序列、DNA指纹图谱 等，进行系统发育分析，确定微生物 的种属关系。该方法准确性高，适用 于各种微生物的分类鉴定。
免疫学鉴定法
总结词
利用特异性抗体与微生物抗原的结合反应进行分类鉴定的方 法。
详细描述
通过制备特异性抗体，利用抗原-抗体反应的原理，对微生物 进行检测和鉴定。该方法特异性强、灵敏度高，适用于临床 诊断和生物安全检测等领域。
THANKS
THANK YOU FOR YOUR WATCHING
制药工业
在抗生素、酶制剂等生物药物的 生产中，通过微生物分类鉴定可 以筛选出具有生产能力的菌株， 提高药物的生产效率和纯度。
05
微生物分类鉴定未来展望
基因组学在微生物分类鉴定中的应用
基因组学的发展为微生物分类鉴定提供了更准确、更全面的 手段。通过全基因组测序和比较基因组学，可以更深入地了 解微生物的遗传背景和进化关系，为分类鉴定提供更可靠的 依据。
在农业领域的应用
植物病害诊断
通过微生物分类鉴定，可以确定引起植物病害的病原微生物种类，为农民提供准确的病害 诊断和防治方案，有助于保护农作物生长和产量。
生物防治
利用有益微生物对植物病害进行生物防治是当前研究的热点，通过微生物分类鉴定，可以 筛选出具有拮抗作用的微生物菌株，为生物防治提供有效的生物资源。
微生物的分类和鉴定
微生物的分类和鉴定微生物是指一些无法被肉眼看见的微小生物体，包括细菌、真菌、病毒、藻类等。
它们分布在自然界的各个角落中，有些可以帮助人类完成一些任务，有些则可以危害人类的健康和生命。
要想深入了解微生物，就需要对其进行分类和鉴定。
微生物分类的基础是形态学和生理学。
根据形态、结构和特征可将微生物分为单细胞和多细胞两种。
单细胞微生物主要包括细菌、放线菌和蓝藻等，而多细胞微生物主要包括真菌和藻类等。
细菌是最常见的一种微生物，其主要形态有球形、杆状、螺旋形等。
细菌能够利用无机、有机物质进行代谢活动，并能把这些物质转化为能量和新生物体。
细菌可以被广泛应用于药品、食品、饮料、纺织品等领域。
放线菌是一种具有菌丝体的微生物，外形上有别于细菌，也被称为“菌丝菌”。
放线菌的代谢活动非常活跃，能产生多种抗生素等物质，因此在药品生产中具有很大的应用价值。
蓝藻是一种原生光合细菌，通常生长在水中。
蓝藻利用光合作用可以把二氧化碳和水转化为能量和有机化合物，并释放氧气。
蓝藻对环境保护具有很大的作用，可以修复受污染的水体。
真菌是指一类生活在土壤、树木、植物和动物体表面的生物，通常是由菌丝组成的。
真菌可以分为支链菌、酵母菌和担子菌等多种类型。
真菌能够分解有机物质，促进土壤的肥力，同时也可以用于食品和药品生产。
藻类是一类生活在水中或潮湿环境中的微生物，可以分为绿藻、褐藻、红藻等多种类型。
藻类具有光合作用能力，可以产生氧气，同时也是食物链中的重要组成部分。
微生物鉴定主要包括生化鉴定、形态学鉴定和分子生物学鉴定等方法。
生化鉴定主要针对细菌的代谢能力进行检测，可以通过菌液反应、酶活性测试等方式进行鉴定。
形态学鉴定则是通过显微镜观察微生物的形态、大小、结构等特征，从而鉴定其分类和属种。
分子生物学鉴定利用DNA分析技术进行微生物的鉴定，可以更加准确和快速地确定微生物的种类和属种。
总的来说，微生物分类和鉴定是对微生物进行科学研究和应用的基础。
了解微生物的分类、特征和生态环境，有助于人们更好地利用和控制微生物，从而创造出更好的生产生活环境。
微生物的分类与鉴定
二、生理生化特征
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关； 酶及蛋白质都是基因产物；
对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较
测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多；
营养类型； 与氧的关系；
对温度的适应性；
对渗透压的适应性；对pH的适应性； 代谢产物等
二、生理生化特征
在以实用为主要目的表型分类中，生理生化特征往往是细菌分类鉴 定的主要特征。肠道菌科细菌属和种的分类鉴定就是如此。
有许多不同类型的抗原。
生态特征：与其他生物的关系、自然界的分布、致 病性等
一、形态学特征 细胞形态及其染色特性、 运动性、 培养特征、 特殊的细胞结构 等等。 微生物分类和鉴定的重要依据之一： a）易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特殊 形态结构的细菌；
b）许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相对 的稳定性；
可用sp.或spp.来表示，
例如 Bacillus sp. 一株芽孢杆菌(单数)
Bacillus spp. 若干芽孢杆菌(复数)
二、微生物的命名
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念” 种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
微生物的命名法
同种微生物彼此之间的区别不如变种 显著，一般表现在菌体的化学组分上。
Hale Waihona Puke 如：结核杆菌人型、牛型和禽型。
在微生物学的研究中运用最为广泛。
第十章微生物分类与鉴定精选精品PPT
若种相是差 最>基1本0%的微为分不类生同单属位物。， 的主要特点，由微生物构造，形状或由科学家命名
种名：为 0% ;若相差< 2%为同种。
5．菌株（strain）:
拉
丁
文
形
容词
，
为
微
生
物
次
要
特征
，
字首
小
写
，
为微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。 种名：为拉丁文形容词，为微生物次要特征，字首小写， 为微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。
（一）分类单位：
• 界、门、纲、目、科、属、种
• 种是最基本的分类单位， • 每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科.....
1. 种：
种是一个基本分类单位，是一大群表型特 征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内其 他种有明显差别的菌株的总称。
这里的种仅仅是指种的模式种或典型种
微生物的命名法
2．新种：
学名都依属与种而命名 不同种相差5%以上；
当文章中前面已出现学名时，后面可将属名缩写成一至三个字母。
(属十名）：16拉Sr丁RN文A的属名词名或用+作种名词名的形+容（词，首字首次大写定，表名示 人）+现定名人+定名年份
微生物的主要特点，由微生物构造，形状或由科学家命名
属若名同+源种性属名70+%（名以首上次：为定种名拉的人水）丁平+现，文定20名%的以人上+定名可名能年词是份属或的水用平。作名词的形容词，字首大写，表示
微生物的命名法
4. 型（form）: 同种微生物的各种类型。
如：血清型、抗原型
5．菌株（strain）: 又称品系：一种微生名法
微生物的分类和鉴定方法
微生物的分类和鉴定方法微生物是一类微小的生物体，包括细菌、真菌、病毒等。
它们广泛存在于地球上的各个角落，对环境、人类健康以及生物系统的平衡具有重要影响。
准确的微生物分类和鉴定方法对于研究微生物、开展微生物相关工作具有重要意义。
本文将从微生物的分类和鉴定方法两个方面进行探讨。
一、微生物的分类微生物的分类是根据它们在形态、结构、生理特征、遗传信息等方面的差异而进行的。
目前，微生物主要被分为以下几类：1. 细菌：细菌是一类单细胞、无细胞核的微生物，形态多样，包括球菌、杆菌、螺旋菌等。
根据细菌的生理特性、代谢途径和环境需求等，可以将其细分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。
2. 真菌：真菌是一类多细胞或单细胞的真核生物。
它们通过孢子繁殖，主要包括酵母菌、霉菌等。
真菌可以根据生殖方式和菌丝结构的特点进行分类。
3. 病毒：病毒是一种非细胞的微生物，只能通过感染宿主生物来进行繁殖。
病毒可以根据核酸类型、外壳结构和感染宿主范围等进行分类。
二、微生物的鉴定方法微生物的鉴定方法是指通过一系列实验和技术手段来确定微生物的分类和鉴别微生物的种类。
常用的微生物鉴定方法有：1. 形态学鉴定：通过观察微生物的形态特征，如大小、形状、颜色等，来确定其分类。
例如，细菌的形态鉴定可以通过显微镜观察细菌的形态结构，真菌的鉴定可以通过观察菌落和菌丝结构。
2. 生理生化特性鉴定：通过测定微生物的生理生化特性，如生长适宜温度、代谢产物等，来判断其分类。
例如，酸碱度试验可用于区分细菌的鉴定。
3. 分子生物学鉴定：利用分子生物学技术，如PCR、DNA测序等，对微生物的核酸序列进行分析，从而确定微生物的分类和鉴定。
这种方法通常具有高度准确性和可靠性。
4. 免疫学鉴定：通过检测微生物与抗体的相互作用，例如免疫沉淀试验、免疫荧光染色等，来鉴定微生物的种类。
综上所述，微生物的分类和鉴定方法是通过对微生物的形态、结构、生理特征、遗传信息等方面进行观察和实验，来确定其分类和鉴定。
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（生物科技行业）第十章微生物分类及鉴定帮助你理清基本概念规律第十章微生物分类及鉴定一.分类学基础分类学(taxonomy)：生物分类的科学微生物分类学(microbialtaxonomy):研究微生物分类理论和技术方法的学科1.M分类学三个组成部分(既独立又相互关联的三个部分):分类(classification)鉴定(identification或determination)命名(nomenclature)分类(classification)：根据相似性或相关性(进化亲缘关系)将生物归属为类群或分类单元. 鉴定(identification或determination)：决定某一特定分离物归属于某一已确定分类单元的过程。
命名(nomenclature)：给予分类类群单元与公布规则相符的名称.2.分类单元及其等级分类单元(taxon,复数taxa)：是指具体的分类群，如：原核生物界(Procaryotae)、杆菌科(Enterobacteriaceae)、枯草芽孢杆菌(Bacillussubtilis)等都分别代表一个分类单元。
国际公认的7个生物分类单元:界(亚界),门(亚门),纲(亚纲),目(亚目),科(亚科),属(亚属),种(亚种).除此之外,在M的分类中,还常使用一些非正式的类群术语,亚种以下常用培养物、菌株、居群和型；种以上常使用群、组、系等类群名称；近年伍斯还在界之上使用域(domain)，他把全部生物分为古生菌域、细菌域和真核生物域，域下面再分界，把"域"作为分类单元的最高等级。
(1).种(species):物种，生物分类中基本的分类单元和分类等级。
高等生物中，物种通常被看作是彼此杂交能繁殖的自然群体，这个群体与其他群体在生殖上是隔离的。
在这里，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准。
微生物的种：菌株的一个集合，这批菌株有许多共同稳定特征，并与其他类菌株有显著区别。
有相似G+C组成，DNA杂交同源性在70%以上的菌株的集合。
(2).亚种(subspecies):是正式分类单元中地位最低的分类等级。
当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元--亚种。
变种是亚种的同义词。
在《国际细菌命名法规》(1976年修订本)发表以前，变种是种的亚等级，因"变种"一词易引起词义上的混淆，1976年后，细菌种的亚等级一律采用亚种，不再使用变种。
(3).属(genus):介于种(或亚种)与科之间分类等级，也是生物分类中的基本分类单元。
通常是把具有某些共同特征或密切相关的种归为一个高一级的分类单元，称之属。
(4).科(family):系统分类中，把具有某些共同特征或相关的属归为更高一级的分类单元称为科。
(5).培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。
如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
纯培养(pureculture):单一微生物细胞繁殖产生的培养物.(6).菌株(strain)：在一个特定分类学中至少与其他一些群体是可以区别的生物群体。
是来自单个或纯培养物的微生物，一个种内菌株间在许多方面有小差别。
(7).居群(population)："population"一词也有人译为群体、种群或群丛等，是指一定空间中同种个体的组合。
(8).型(form或type)：常指亚种以下的细分。
当同种或同亚种不同菌株之间的性状存在差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。
由于"type"一词既代表"型"又可代表"模式"，为避免混淆，现在对表示型的词作了修改，用"var"代替"type"。
现将较常用的型的含义及其表达方式列于表中。
常用型的术语及其含义p322(9).群(group),组(section),系(series):这些类群名称用在不同场合，常常有非常不同的含义，可以是种水平上的类群，也可以代表属以上等级的分类单元的集合。
如《伯杰氏系统细菌学手册》第一版中，主要根据表型特征将全部原核生物分为33组。
将假单胞菌属(Pseudomonas)内的90个种分为5组。
3.微生物的命名(1).命名法则•所有正式分类单元的学名,必须用拉丁词或其他词源经拉丁化的词命名.•属名:一般拉丁字名词，字首字母大写,主要特征.•种名:林奈氏双名法，由二个拉丁字组成，属名(字首字母大写)+种名加词(全部小写) Pseudomonasaeruginosa,Mycobacteriumtuberculosis,Bacillusthuringiensis 若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp.来表示单数，spp.来表示复数.例如Bacillus sp.Bacillus spp.•亚种名:三元式组合;属名+种名加词+subsp.亚种名加词Alcaligenesdenitrificans subsp.xylosoxydans反硝化产碱杆菌氧化木糖亚种Bacillussubtilus subsp.nigar枯草芽孢杆菌黑色亚种•属级以上分类单元的名称:特定的词尾目alesRickettsiales(立克次氏体目)科aceaeRickettsiaceae(立克次氏体科)属Rickettsia(立克次氏体属)•属名,种名,亚种名印刷体一律斜体.(2).命名模式模式:是一定分类单元命名的依据,即对于一个分类单元的命名,应指定一个命名模式,它是该分类单元的基本单元,但不一定是该分类单元中最典型或具有代表性的基本单元.种和亚种的命名模式是模式菌株;属和亚属的命名模式是模式种;科(以及高于科的分类单元)的命名模式是模式属.(3).新名称的合格发表:国际细菌命名法规规定,对于一个新名称的有效发表,必须在InternationalJournalofSystematicandEvolutionaryMicrobiology(IJSEM)上发表,或其他杂志发表后，必须向IJSEM递交论文拷贝，同时将该菌株培养物保存在美国ATCC或德国DSMZ。
IJSEM每期公布批准的菌种名，并为其收录在Bergey’sManualofSystematicBacteriology 中做好准备。
发表新名称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词，如新目"ord.nov."、新属"gen.nov."、新种"sp.nov."等。
例如：Pyrococcusfuriosus sp.nov.表明该菌(猛烈火球菌)是一个新发表的种。
4.细菌分类系统----Bergey’sManualBergey’sManualofDeterminativeBacteriology1923年宾夕法尼亚大学的细菌学教授DavidBergy和四个同事发表了细菌分类法,至1994年,发行了第9版.从1974年的第8版开始,已经成为世界通用的“官方的分类”。
(如1974年第八版，撰稿人多达130多位，涉及15个国家；现行版本撰稿人多达300多人，涉及近20个国家)Bergey’sManualofSystematicBacteriology1984-1989年分4卷出版第一版（给出的系统基本上是表型性的），目前正在分5卷出版该手册的第二版（rRNA,DNA和蛋白质，系统发育）。
伯杰氏系统细菌学手册第一版分类大纲p326伯杰氏系统细菌学手册第二版分类大纲p327从1984年伯杰氏系统细菌学手册第一版开始发行以来，细菌分类已取得了巨大进展，新命名的种成倍增加、新描述的属也在170个以上，尤其是80年代末以来，rRNA、DNA、蛋白质序列分析方法日趋实用，因而为细菌的系统发育积累了不少新的资料。
伯杰氏系统细菌学手册第二版中更多地采用了核酸序列资料对分类群进行新的调整，无疑这是细菌系统发育分类的重大进展.二.微生物分类鉴定的特征和技术1987年,Wayne等提出:一个种的所有菌株DNA的相似性接近或大于70%, Tm≤5℃(一个正式的微生物种的分子学定义)1990年,Murry等提出,只根据核酸序列这种系统发育特征来确定一个属或者一个种是不切实际的.属的最初的分类应该依据表型特征,再确切的分类应该依据于分子学特征.1.形态学特征(1)培养特征:最重要是菌落特征：如菌落的形状、大小、颜色、隆起、表面状况、质地、光泽、水溶性色素等.(2)细胞形态:形态(球形、杆状、弧形、螺旋形、丝状、分枝及特殊形状)大小(其中最重要的是细胞的宽度或直径)排列(单个、成对、成链或其他特殊排列方式)(3)特殊的细胞结构:鞭毛(有无鞭毛、着生位置及其数量);芽孢(有无芽孢、形状、着生位置、孢囊是否膨大)孢子(孢子形状、着生位置、数量及排列);其他(荚膜、细胞附属物为柄、丝状物、鞘、蓝细菌的异形胞、静止细胞和连销体等);超微结构(细胞壁、细胞内膜系统、放线菌孢子表面特征等)(4)细胞内含物:异染颗粒、聚β-羟丁酸等类脂颗粒、硫粒、气泡、伴孢晶体等(5)染色反应:革兰氏染色、抗酸性染色(6)运动性:鞭毛泳动、滑行、螺旋体运动方式2.生理生化特征以实用为主要目的表型分类中，大量原核生物的属和种，仅仅根据形态学特征是难以区分和鉴别的，所以生理生化特征往往是这些医学上或其他应用领域中重要细菌分类鉴定的主要特征。
(1)营养类型:光能自养、光能异养、化能自养、化能异养及兼性营养型(2)对氮源的利用能力:对蛋白质、蛋白胨、氨基酸、含氮无机盐、N2等的利用(3)对碳源的利用能力:对各种单糖、双糖、多糖以及醇类、有机酸等的利用(4)对生长因子的需要:对特殊维生素、氨基酸等的依赖性(5)需氧性:好氧、微好氧、厌氧及兼性厌氧(6)对温度的适应性:最适、最低及最高生长温度及致死温度(7)对pH的适应性:在一定pH条件下的生长能力及生长的pH范围(8)对渗透压的适应性:对盐浓度的耐受性或嗜盐性(9)对抗生素及抑菌剂的敏感性:对抗生素、氰化钾(钠)、胆汁、弧菌抑制剂或某些染料的敏感性(10)代谢产物:各种特征性代射产物(11)与宿主的关系:共生、寄生、致病性等值得强调的是，由于不少生理生化特征是染色体外遗传因子编码的、加上影响生理生化特征表达的因素比较复杂，所以根据生理生化特征来判断亲缘关系进行系统分类时，必须与其他特征特别是基因型特征综合分析，否则就可能导致错误的结论。
3.血清型和噬菌体型(1).血清型:细菌细胞和病毒等都含有蛋白质、脂蛋白、脂多糖等具有抗原性的物质方法:凝集反应;沉淀反应(凝胶扩散、免疫电泳);补体结合;直接或间接的免疫荧光抗体技术;酶联免疫等抗原性组分:全细胞、细胞壁、鞭毛、荚膜或粘液层、纯化的蛋白质(以比较不同细菌同源蛋白质之间的结构相似性)。