【OCG前】
1996年《游☆戏☆王》漫画开始在《周刊少年Jump》连载
原作者为漫画家高桥和希。原作起初包括多种游戏内容，后来集中于集换卡牌游戏“M&W”。1998年 Bandai推出以《游戏王》原作中登场的集换卡牌游戏“M&W”为题材的集换卡牌1998年 KONAMI在GB平台发售游戏《游戯王デュエルモンスターズ（游戏王决斗怪兽）》
能造成5000点伤害的稀有魔法卡《火炎地狱》是其特征。
1999年 KONAMI获得《游戏王》版权
【第1期】
卡片特征：
卡图右下方没有卡号。
卡片右下角没有银色的防伪标记。
怪物卡的攻击力、守备力印在很大的方框里，几乎和描述文字的方框一样大。
魔法陷阱卡没有效果类型标记，不容易区别装备魔法和通常魔法，不容易区别永续陷阱、通常陷阱、反击陷阱。
地形魔法、仪式魔法分别印着“魔法カード·フィールド”、“魔法カード·仪式”。
这时还没有永续魔法卡和速攻魔法卡。
规则有两种，分别是エキスパートルール（专家规则）和公式ルール（官方规则）。
专家规则：
主卡组40枚以上，无上限。
SIDE15枚，额外卡组无限制。
MATCH战1胜2平时算平手。
决斗开始时双方LP8000。
决斗时有一方卡组耗尽的话，这时LP多的玩家获胜。
手札枚数没有上限。
先攻第1回合不能抽卡，不能攻击。
官方规则
在上述“专家规则”的基础上追加：
魔法卡、陷阱卡每回合只能出场1张。
召唤5星以上的怪物不需要祭品。
融合召唤时必须使用场上的怪物，自己场上和对手场上的怪物都可以用。
1999年2月4日《Vol.1》发售
游戏王OCG的开端。
原作中游戏爱用的《ブラック·マジシャン（黑魔导）》《暗黒騎士ガイア（黑暗骑士盖亚）》登场。除此两张外收录的怪物卡均为下级怪物。
《地割れ（地割）》是这时OCG最出色的怪物除去系魔法卡，《落とし穴（落穴）》是这时OCG 最强的怪物除去系陷阱卡。
虽然是最早的卡包，却收录了OCG最强的怪物除去系魔法卡之一《ブラック·ホール（黑洞）》。1999年3月1日《BOOSTER1》发售
这是OCG采用Bandai的卡片自动贩卖机发售的第一个系列。
《BOOSTER1》收录的一些卡片和《Vol.1》重复，其后的BOOSTER系列也都与之前的卡包有重复。
1999年3月18日《STARTER BOX》发售
长久以来号称原攻击力最高的怪物《青眼の白龙（蓝眼白龙）》和最强的怪物除去系魔法卡《サンダー·ボルト（雷击）》登场。
原作中活跃的《ドラゴン族·封印の壺（龙族封印之壶）》《融合》等登场，永续陷阱卡诞生。《海》《荒野》等地形魔法卡登场。
附送计算器、规则说明书及决斗场等。
预约特典卡是《エルフの剣士（精灵剑士）》。此外，在剧场限定发售的STARTER BOX有5张卡与一般版本不同。
1999年3月27日《Vol.2》发售
苏生卡的始祖《死者苏生》、强力的攻击抑制卡《光の护封剣（光之护封剑）》登场。
1999年5月《BOOSTER2》发售
《アサシン（暗杀者）》、《カクタス（卡库塔斯）》、《机械の巨兵（机械巨兵）》、《マキャノン（魔加农）》四款攻击力1700的上级怪物卡登场，罕贵度是RARE，发售时是观赏卡。
1999年5月5日官方新手入门说明书发售
融合怪物《炎の剣士（炎之剑士）》做为初回限定的特典卡付属。
1999年5月27日《Vol.3》发售
原作中活跃的《真紅眼の黒竜（真红眼黑龙）》《竜騎士ガイア（龙骑士盖亚）》、艾克佐迪亚的第一个部件《封印されし者の左足（被封印者的左足）》、以《人喰い虫（食人虫）》为代表的反转效果怪物和最强的抽卡系魔法卡《强欲な壶（强欲之壶）》登场。
《墓掘りグール（掘墓的食尸鬼）》登场，除外的概念诞生。
1999年6月下旬《LIMITED EDITION 1》开始配送
收录原作中游戏、海马、城之内使用的卡片各3张。
1999年7月8日GB平台的《遊戯王デュエルモンスターズⅡ 闇界決闘記（游戏王决斗怪兽2 暗界决斗记）》及其攻略本上卷发售
附属卡10枚，包括原作中羽蛾使用的《究極完全態·グレート·モス（究极完全态大飞蛾）》等昆虫族系列、孔雀舞使用的最强魔法陷阱除去系魔法卡《ハーピィの羽根帚（鹰身女妖的羽毛扫帚）》、海马使用的恐怖陷阱卡《死のデッキ破壊ウイルス（死之卡组破坏病毒）》等。究极大飞蛾是最早的特殊召唤怪物，但这时还没有苏生限制，可以用《天使的施舍》等将其丢进墓地后苏生来制压全场。其在DM1、2、3、4、7、8中更是能从青虫自动进化出场，在那时是非常出色的怪物。
究极大飞蛾3500的攻击力已经超越蓝眼白龙，但这时其为极低概率封装的游戏附属卡，因此一般仍认为攻击力最强的怪物是蓝眼白龙。
此游戏是最早的每回合能使用复数张卡的游戏王游戏，且每回合都能将手札补充到5张，是《ファイヤー·ボール》（火球）》等伤害轻微的BURN系卡片最辉煌的游戏。此游戏中《火炎地狱》入手困难且伤害从5000变为1000，但仍是最强的BURN系卡片，且此游戏中可以投入任意张相同的卡，故投入大量火炎地狱即可决定胜利。
攻略本附属卡是艾克佐迪亚的第二个部件《封印されし者の右腕（被封印者的右手）》，这是OCG最早的书籍附属卡。
1999年7月17日《BOOSTER3》发售
强力的永续陷阱卡《血の代偿（血之代偿）》登场。
1999年7月22日《Vol.4》发售
原作中活跃的《デーモンの召唤（恶魔的召唤）》《ハーピィ·レディ三姉妹（鹰身女妖三姐妹）》等登场。恶魔的召唤以其强大的攻击力影响了当时的环境。
优秀的墓地回收卡《圣なる魔术师（神圣魔术师）》《暗の仮面（暗之假面）》登场。
对策各种族、属性的《戦士抹殺》等魔法卡登场。
最早的罕贵度为平卡的怪物除去系卡片《鉄のサソリ（铁蝎）》登场。
艾克佐迪亚的第三个部件《封印されし者の右足（被封印者的右足）》登场。
1999年8月《BOOSTER4》发售
优秀的手札交换卡《天使の施し（天使的施舍）》登场。
攻击力1900的《ヂェミナイ·エルフ（双生精灵）》、攻击力1850的《メカ·ハンター（机械猎手）》登场，OCG下级怪物的攻击力开始激增，许多上级怪物被时代抛弃。
对应单张卡片的对策卡《ホワイト·ホール（白洞）》等登场，表露出这时OCG的青涩。1999年8月5日《游戏王决斗怪兽2 暗界决斗记》攻略本下卷发售
附属卡《封印されし者の左腕（被封印者的左手）》登场，艾克佐迪亚还差最后一个部件。1999年8月20日集英社的《ザ·ヴァリュアブル·ブック（大图鉴）》发售
最早的仪式怪物《スカルライダー（骷髅骑手）》和它的仪式魔法一起作为附属卡登场。1999年8月26日第1回全国大会开幕
为营造大会气氛，专门制作了卡片《王国》《王国への船出》《王の右手の栄光》。
1999年9月《PREMIAM PACK 1》限定发售开始。
起初是在东京进行的《遊戯王デュエルモンスターズII 闇界決闘記》大会上限定发售，但因会场过于混乱而中止，后来改为通信贩卖。
共10种，每包5张。原作中活跃的《時の魔術師（时间魔术师）》等登场。
《封印されしエクゾディア（被封印的艾克佐迪亚）》登场，艾克佐迪亚五体在OCG集齐，特殊胜利卡组【エクゾディア（艾克佐迪亚）】诞生。
1999年9月23日《Vol.5》发售
攻击力3200的《ブラック·デーモンズ·ドラゴン（暗黑魔龙）》登场，正式夺去了《蓝眼白龙》原攻击力最高的宝座。暗黑魔龙为9星怪物，但部分错版卡印成8星。
优秀的控制权夺取卡《心変わり（变心）》、2：1除去系魔法卡《死者への手向け》登场。1999年10月《BOOSTER5》发售
优秀的陷阱对策卡《王宫のお触れ（王宫的通告）》、优秀的手札交换系反转效果怪物《メタモルポット（变形壶）》、长期活跃的BURN系陷阱卡《自业自得》、长期活跃的卡组破坏系反转效果怪物《ニードルワーム（针虫）》登场。
1999年11月18日《Vol.6》发售
OCG最强的反击陷阱卡《神の宣告（神之宣告）》、陷阱对策反击陷阱卡《盗賊の七つ道具（盗贼的七道具）》、魔法对策反击陷阱卡《マジック·ジャマー（魔法干扰阵）》等登场，反击陷阱卡诞生。
优秀的检索怪物《クリッター（三眼怪）》《黒き森のウィッチ（黑森林的魔女）》登场，此时其从任何地方送去墓地都能发动效果，【エクゾディア（艾克佐迪亚）】大大加速。
《仮面魔道士（假面魔道士）》《白い泥棒（白衣怪盗）》等为代表的战斗诱发效果和《キャノン·ソルジャー（加农炮兵）》为代表的起动效果开始出现。
1999年12月《BOOSTER6》发售
融合怪物最强的支持卡之一《デビル·フランケン（恶魔弗兰肯）》登场，一击必杀的战术开始流行，艾克佐迪亚的急速集齐更使先攻的优势变得非常巨大。这一时期的OCG被称为猜拳游戏。
《心眼の女神（心眼之女神）》等融合素材代用怪物及《融合贤者》等支持融合召唤的卡片登场。
与弗兰肯有相似之处的《ゲール·ドグラ（盖尔·多格拉）》一并登场，当时的设计目的是将融合怪物送进墓地后苏生，但不久苏生限制的规则成型，之后5年间该怪物基本属于废纸。同调怪物登场后，该怪物得到了能将同调怪物送去墓地的调整，使用它进行战斗的可能性仍在探索中。
优秀的BOUNCE系反转效果怪物《ペンギン·ソルジャー（企鹅士兵）》登场，震撼了当时的
环境。
1999年12月9日PS平台的《遊戯王真デュエルモンスターズ封印されし記憶（游戏王真决斗怪兽被封印的记忆》和其攻略本发售
附属卡5种。战斗动画第一次使用了3D图像。故事似乎是围绕着神秘的暗游戏展开，在当时引起轰动，但后来证实故事是制作方原创的，并未剧透漫画的剧情。
1999年12月16日《EX》发售
包括游戏卡组、游戏SIDE、海马卡组、海马SIDE。收录了当时代表性的上级战斗力《恶魔的召唤》、优秀的魔法卡《黑洞》《死者苏生》《变心》《地割》、优秀的陷阱卡《落穴》等，还收录了豪华的新卡：惊人的遗言系魔法卡《遗言状》与长期活跃的防御系陷阱卡《和睦の使者（和睦之使者）》。
封装了《ロード·オブ·ドラゴン－ドラゴンの支配者－（龙之支配者）》与《ドラゴンを呼ぶ笛（呼龙笛）》，是OCG早期“取对象”与“不取对象”的著名例证。
1999年12月18-19日ジャンプフェスタ2000（JUMP FESTA2000）开幕
《PREMIUM PACK 2》在会场限定发售。共8张，为4种仪式怪物及其对应的仪式魔法。2000年1月27日《Vol.7》发售
最强的攻击反应型陷阱卡之一《圣なるバリア－ミラーフォース－（圣防护罩-反射镜力-）》登场。
最早的能在对手回合发动诱发即时效果的怪物《クリボー（栗子球）》登场，它也是手札诱发系效果怪物的开端。
原作中活跃的《カタパルト·タートル（弹射龟）》《リボルバー·ドラゴン（左轮手枪龙）》等登场。
《異次元の戦士（异次元的战士）》《サンダー·ドラゴン（雷龙）》等长期活跃的卡片登场。《ダーク·エルフ（暗精灵）》登场，标志着高攻击力但带有不利效果的怪物的设计理念形成。《TM-1ランチャースパイダー（TM-1火箭炮蜘蛛）》登场，是最早的罕贵度为平卡的最上级怪物。
《火炎地狱》终于加入OCG，伤害仅剩最初的五分之一，还会对自身造成伤害。
2000年3月《BOOSTER7》发售
最强的魔法陷阱除去系魔法卡之一《大岚（大风暴）》登场。
收录了最后的单卡对策系陷阱卡《グリフォンの翼（狮鹫之翼）》。
2000年3月23日《DARK CEREMONY EDITION》发售
收录8款仪式怪物及其对应的仪式魔法，包括《PREMIUM PACK 2》的全部内容。
2000年4月1日制限改订
最早的限制卡始自1999年，但那时没有禁止卡，只有三张限制卡，它们是《雷击》《黑洞》《落穴》。落穴以当时最强陷阱卡的身份与神一般的同伴站在一起。
2000年愚人节，艾克佐迪亚五部件及《强欲之壶》《变心》《圣防护罩》《遗言状》被限制，《雷击》《黑洞》保持限制，《死者苏生》《天使的施舍》《鹰身女妖的羽毛扫帚》被准限制。
《落穴》制限解除。
【第2期】
卡的特征：
卡图右下方有了○○－○○ 这样的卡号。
描述文字的方框约有记述攻守的方框的2倍大。
卡片右下角有了防伪标记。
永续魔法、速攻魔法诞生。
魔法陷阱卡的效果标记诞生。
规则修订，称为“新专家规则”。有了连锁的概念。
新专家规则：
主卡组40枚以上，无上限。
SIDE15枚，额外卡组无限制。
决斗开始时双方LP8000。
决斗时必须抽卡但是无卡可抽则败北。
手札枚数没有上限，但是自己回合的结束阶段时手札超过6张的话要舍弃到6张。
先攻第1回合可以抽卡，不能攻击。
2000年4月20日动画片《遊☆戯☆王デュエルモンスターズ（游戏王决斗怪兽）》开始放送
此后包括原创内容在内共播放了四年半。
2000年4月20日《Magic Ruler －魔法の支配者－（魔法的支配者）》发售，第2期开始“ハンデス三種の神器（《いたずら好きな双子悪魔（爱恶作剧的双子恶魔）》《強引な番兵（强引的番兵）》《押収》，合称“手札破坏三神器”）”登场。
恐怖的墓地堆积+检索卡《苦渋の選択（苦涩的选择）》、恐怖的控制权夺取卡《强夺》登场。优秀的魔法陷阱除去系速攻魔法卡《サイクロン（旋风）》、优秀的魔法陷阱BOUNCE系魔法卡《ハリケーン（飓风）》登场。速攻魔法卡诞生。
永续魔法卡《墓守の使い魔（守墓的使魔）》登场，由于当时OCG以怪物间的攻防为主要决胜手段，被认为“造成攻击者的犹豫，影响比赛进行”。永续魔法卡诞生。
这时的OCG注重怪物的攻击力，是下级怪物《マハー·ヴァイロ（摩诃毗卢）》的黄金时代。一张平卡装备《悪魔のくちづけ（恶魔之吻）》就能让其获得2750的攻击力，凌驾当时任何上级怪物。而登场卡包里的4张装备魔法是其人气迅速上升的保障，《强夺》将其夺取后的攻击力上升量更是可以期待抵消强夺本身的副作用，因此该卡成为能够长期维持在场上的强大战斗力。
最强的仪式怪物之一、最强的1星怪物之一《サクリファイス（纳祭之魔）》登场，但其对应的仪式魔法没有收录。
2000年4月20日《ザ·ヴァリュアブル·ブック2（大图鉴2）》发售
附属卡是原作中活跃的《ダーク·アイズ·イリュージョニスト（邪眼幻想师）》及纳祭之魔对应的仪式魔法《イリュージョンの儀式（幻想的仪式）》。
2000年5月15日制限改订
《强夺》被准限制，《鹰身女妖的羽毛扫帚》被限制，但是“ハンデス三種の神器”逍遥法外。2000年5月18日《青眼の白龍伝説－LEGEND OF BLUE EYES WHITE DRAGON－（蓝眼白龙传说）》发售
《Vol.1》《STARTER BOX》复刻。
2000年6月23日《Booster R1》发售
《BOOSTER1》《BOOSTER2》及《黑暗骑士盖亚》复刻。
2000年7月13日《Pharaoh's Servant －ファラオのしもべ－（法老的仆人）》发售
恐怖的反转效果怪物《サイバーポッド（电子壶）》登场。
卡通怪物和遗言怪物诞生。
优秀的装备魔法《巨大化》、优秀的攻击抑制魔法《平和の使者（和平使者）》登场。
全体除外系怪物《光の追放者》登场。
此卡包是第一个收录仪式怪物的普通卡包。
2000年7月13日GB平台的《遊戯王デュエルモンスターズⅢ 三聖戦神降臨（游戏王决斗怪兽3 三圣战神降临）》及其攻略本上卷发售
游戏附属卡8种，包括磁石战士α、β和恐怖的手札归还怪物《キラー·スネーク（杀手蛇）》。预约特典卡为原作中杏子爱用的《デュナミス·ヴァルキリア（神力女武神）》，初回特典为原作中羽蛾的王牌《インセクト女王（昆虫女王）》。
是第一款出现效果怪物的游戏王题材游戏，并采用和OCG相同的祭品召唤规则。虽然名叫三圣战神降临，但是无法使用三幻神。
攻略本附属卡为原作中城之内爱用的《漆黒の豹戦士パンサーウォリアー（漆黑之豹战士）》。2000年07月15 制限改订
“ハンデス三種の神器”被规制：《押收》《强引的番兵》被限制，《爱恶作剧的双子恶魔》被准限制。
《守墓的使魔》以“过分的卡组破坏且拖慢战斗”为理由遭到准限制。
2000年8月10日《幻の召喚神－PHANTOM GOD－（幻之召唤神）》发售
《Vol.2》《Vol.3》及已经是限制卡的艾克佐迪亚五部件复刻。
2000年8月10日《PREMIUM PACK 3》及《游戏王决斗怪兽3 三圣战神降临》的攻略本下卷发售
2000年8月15日制限改订
《巨大化》被限制。
2000年8月20日アジアチャンピオンシップ（亚洲冠军赛）开幕
这是日本以外第一次游戏王OCG大会。
2000年9月9日《Booster R2》发售
《BOOSTER3》《BOOSTER4》及《龙骑士盖亚》复刻。
2000年9月28日《Curse of Anubis －アヌビスの呪い－（阿努比斯的诅咒）》发售
能够封印陷阱卡的优秀上级怪物《人造人間－サイコショッカー（人造人精神震撼者）》、能够严重扰乱战场的反转效果怪物《カオスポッド（混沌壶）》、能够有效压制对方战术核心的永续魔法卡《禁止令》登场。
能够封印魔法卡并主动自灭的恐怖陷阱卡《王宮の勅命（王宫的敕命）》、能够封印抽卡的恐怖陷阱卡《刻の封印（刻之封印）》登场。
《抹殺の使徒（抹杀的使徒）》、《撲滅の使徒（扑灭的使徒）》等对抗覆盖卡片的卡登场。BURN卡《停戦協定（停战协定）》、魔法陷阱破坏卡《砂塵の大竜卷（沙尘的大龙卷）》、战斗辅助卡《銀幕の鏡壁（银幕镜壁）》等长期活跃的陷阱卡登场。
《リビングデッドの呼び声（活死人的呼声）》《早すぎた埋葬（过早的埋葬）》两大通用苏生卡、反转怪物最爱的通用苏生卡《浅すぎた墓穴（过浅的墓穴）》及通常怪物回收卡《補充要員》登场，《苦渋の選択》威力陡增，艾克佐迪亚卡组开始变得可怕。
《DNA改造手術》《便乗》等登场，许多新的战术得以诞生。
原作中活跃的《バスター·ブレイダー（破龙剑士）》《墓荒らし（盗墓者）》登场。
2000年10月26日《暗黒魔竜復活－REVIVAL OF BLACK DEMONS DRAGON－（暗黑魔龙复活）》发售
《Vol.4》《Vol.5》复刻。
2000年11月1日制限改订
强劲的《死者苏生》《电子壶》《杀手蛇》《强夺》《光之护封剑》被限制。
当时十分强力的《混沌壶》《人造人精神震撼者》被限制。
强力的《大岚》《王宫的敕命》被准限制。
2000年11月23日《EX-R》发售
是《EX》《クロス·ソウル（灵魂交错）》《手札抹殺》和教学录像带的套装。
2000年11月23日《Booster R3》发售
《BOOSTER5》《BOOSTER6》及《恶魔的召唤》复刻。
2000年12月7日GB平台的《遊戯王デュエルモンスターズ4 最強決闘者戦記（游戏王决斗怪兽4 最强决斗者战记）》及其攻略本上卷发售
游戏分为游戏卡组、海马卡组、城之内卡组三套，附属卡各5张，初回特典是三幻神各一张。部分附属卡的卡名涉及克苏鲁神话。
磁石战士γ及《磁石の戦士マグネット·バルキリオン（磁石战士电磁武神）》、魔法抑制系永续陷阱卡《魔封じの芳香（魔封的芳香）》及恐怖的BURN系陷阱卡《破坏轮》登场。2000年12月14日《Thousand Eyes Bible －千眼の魔術書－（千眼的魔术书）》发售
最强的1星怪物、最强的融合怪物——恐怖的《サウザンド·アイズ·サクリファイス（千眼纳祭神）》登场。作为其融合素材，1星、攻守皆0、无效果的史无前例的单体最弱怪物《千眼の邪教神》登场。
优秀的魔法陷阱压制卡《大寒波》、优秀的攻击抑制卡《グラヴィティバインド－超重力の網－（超重力之网）》、机械族可怕的爆发力之源《リミッター解除（限制解除）》以平卡的罕贵度登场。
最早的连续攻击怪物《隼の騎士（隼骑士）》、最早的贯通攻击怪物《猛進する剣角獣（猛进的剑角兽）》、最早的半上级怪物《魔導ギガサイバー（魔导电子巨人）》登场。
原作中城之内爱用的《鉄の騎士ギア·フリード（铁骑士基亚·弗里德）》登场，这时还没有人知道他的可怕。
出自KONAMI成名之作《宇宙巡航机》系列的《超時空戦闘機ビック·バイパー（超时空战斗机 V形蛇）》登场，在相当一段时间里是完全的FUN卡组。
此卡包是最后一个收录10种以上通常怪物的普通卡包。
2000年12月21日《サウザンド·ルール·バイブル（千之规则圣书）》发售
附属卡是《増殖》。
2000年12月21日《ザ·ヴァリュアブル·ブック3（大图鉴3）》发售
附属卡是《ロケット戦士（火箭战士）》《悪夢の鉄檻（噩梦的铁栏）》及《游戏》《城之内》《海马》《ペガサス（帕伽索斯）》四张人物卡。人物卡无法在决斗中使用。
2000年12月23、24日ジャンプフェスタ2001开幕
《PREMIUM PACK 4》在会场进行先行发售。普通发售在2001年1月18日开始。
共6种，包括《黑魔导》、黑魔导的辅助卡、人气极高的《ブラック·マジシャン·ガール（黑魔导少女）》及优秀的攻击反应型陷阱卡《魔法の筒（魔法之筒）》。
2001年1月15日制限改订
强劲的《苦涩的选择》《限制解除》《王宫的敕命》《魔法之筒》《停战协定》《活死人的呼声》被限制。
强劲的《三眼怪》《黑森林的魔女》《破坏轮》《抹杀的使徒》被准限制。
【艾克佐迪亚】卡组采用的《补充要员》被限制。当时十分强力的《フォース（原力）》被准限制。
《光之护封剑》《遗言状》从限制缓和为准限制。
缺乏限制理由的《守墓的使魔》制限解除。
2001年2月22日《鋼鉄の襲撃者－METAL RAIDERS－（钢铁的袭击者）》发售
《Vol.6》《Vol.7》《BOOSTER7》复刻。
2001年4月19日《Spell of Mask －仮面の呪縛－（假面的咒缚）》发售
强力的装备魔法卡《魔導師の力（魔导师之力）》《団結の力（团结之力）》登场。
攻击抑制型陷阱卡《モンスターBOX（怪物箱）》、祭品封印卡《生贄封じの仮面（封印祭牲的假面）》登场。
强力的召唤反应型全体除去陷阱《激流葬》登场。
恐怖的抽卡加速卡《生還の宝札（生还的宝札）》登场。
原作中活跃的《仮面魔獣マスクド·ヘルレイザー（假面魔兽地狱修道士）》登场。蓝眼白龙以新的罕贵度Ultimate Rare复刻。
2001年5月《LIMITED EDITION 3》开始配送
《スケープ·ゴート（替罪羊）》登场。
2001年5月28日制限改订
当时十分强力的《团结之力》被限制。《混沌壶》《补充要员》从限制缓和为准限制。
《遗言状》制限解除。
2001年6月28日《STRUCTURE DECK－遊戯編－》发售
《疾風の暗黒騎士ガイア（疾风的黑暗骑士盖亚）》、《翻弄するエルフの剣士（翻弄敌人的精灵剑士）》登场。
《黑魔导少女》的卡图变更。
2001年7月5日GBA平台的《遊戯王デュエルモンスターズ5 エキスパート1（游戏王决斗怪兽5 专家1）》及其攻略本上卷发售
游戏附属卡5张，包括《黒衣の大賢者（黑衣大贤者）》与效果独一无二的《エクスチェンジ（手札对换）》。
此游戏第一次采用了OCG规则。
攻略本附属卡为《遺言の仮面（遗言的假面）》。
2001年7月21日《Labyrinth of Nightmare －悪夢の迷宮－（噩梦之迷宫）》发售
特殊召唤抑制怪物《昇霊術師ジョウゲン（升灵术师奘玄）》、优秀的墓地控制怪物《霊滅術師カイクウ（灵灭术师海空）》及新的特殊胜利卡《ウィジャ盤（通灵盘）》登场。《ダーク·ネクロフィア（暗黑人偶妮可罗菲娅）》登场，是最早的从墓地除外卡片来特殊召唤的怪物。
《融合解除》《ダーク·ヒーローゾンバイア（暗黑英雄尸魔侠）》登场。
《黑魔导》以Ultimate Rare复刻。
2001年8月8日《游戏王决斗怪兽5 专家1》的攻略本下卷发售
附属卡为《仮面魔獣デス·ガーディウス（假面魔兽死亡护法师）》。
2001年8月30日《Booster Chronicle》发售
从《BOOSTER1》到《BOOSTER6》及《絶対防御将軍》复刻。
2001年9月6日PS2平台的《遊戯王真デュエルモンスターズⅡ 継承されし記憶（游戏王真决斗怪兽2 被继承的记忆）》及其攻略本发售
游戏附属卡5张。游戏采用非OCG规则。注射天使莉莉和天空骑士柏修斯在游戏中登场，后来OCG化。
2001年9月20日《Struggle of Chaos －闇を制する者－（暗之制止者）》发售
良好的1：1怪物除去卡《ならず者傭兵部隊（流氓的佣兵部队）》、战士族优秀的检索魔法《増援》、战士族良好的回收卡《戦士の生還（战士生还）》、恶魔族良好的领袖《冥界の魔王ハ·デス（冥界的魔王哈·迪斯）》登场。
《非常食》登场。《恶魔的召唤》以Ultimate Rare复刻。
统一种族卡组开始流行。
2001年10月25日《STRUCTURE DECK－城之内編－》发售
《太陽の戦士（太阳战士）》、《コマンド·ナイト（指挥骑士）》登场。
2001年11月29日《Mythological Age －蘇りし魂－（复苏之魂）》发售
灵魂怪物诞生。
OCG史上最凶的怪物卡、能够永久封锁抽卡的《八汰乌》登场，彻底颠覆胜利条件的恐怖陷阱卡《ラストバトル！（最后一战！）》登场，能把整个局面彻底重置的恐怖反转怪物《ファイバーポッド（纤维壶）》登场。
优秀的召唤反应型陷阱卡《奈落の落とし穴（奈落的落穴）》、优秀的控制权交换卡《強制転移》、优秀的特殊召唤对策卡《王宮の弾圧（王宫之弹压）》登场。
普通攻击便可能终结比赛的可怕灵魂怪物《火之迦具土》、水属性良好的场地魔法卡《伝説の都アトランティス（传说之都亚特兰蒂斯）》、支付2000生命值后攻击力可以暂时达到3400的良好下级怪物《お注射天使リリー（注射天使莉莉）》登场。
能进行一次自己再生的下级怪物《ドル·ドラ（多尔·多拉）》登场。
2001年12月20日GBA平台的《遊戯王デュエルモンスターズ6 エキスパート2（游戏王决斗怪兽6 专家2）》及攻略本上卷发售
游戏附属卡3张，预约限定卡为《デス·ヴォルストガルフ（死亡魔导龙）》。
攻略本附属卡是改变游戏规则、让陷阱卡在覆盖的回合就能使用的恐怖卡片《王家の神殿（王家之神殿）》。
2001年12月22日《PREMIUM PACK 5》发售
共9张，均为复刻。
2002年1月1日制限改订
强劲的《纤维壶》《八汰乌》《破坏轮》被限制，《最后一战！》被准限制。
在当时十分有力的《魔导师之力》被限制。
为了对抗八汰乌，《杀手蛇》制限解除，这在现在是不可想象的。
《巨大化》制限解除。
2002年1月22日《游戏王决斗怪兽6 专家2》攻略本下卷发售
附属卡是《聖獣セルケト（圣兽塞勒凯特）》。
2002年1月24日《STRUCTURE DECK－海馬編－》发售
最早的一体双祭怪物《カイザー·シーホース（帝王海马）》、不死族优秀的自己再生怪物《ヴァンパイア·ロード（吸血鬼领主）》登场。
此卡包收录了3款蓝眼白龙，分别为英文、日文、中文。
2002年1月25日《ザ·ヴァリュアブル·ブック4（大图鉴4）》发售
附属卡是原作中活跃的《万力魔神バイサー·デス（万力魔神死亡拷问）》与《レジェンド·デビル（传说的恶魔）》。
2002年1-2月《Vジャンプ（VJUMP）》2002年2月号发售
附属卡为能将陷阱卡魔法化的恐怖怪物卡《処刑人－マキュラ（处刑人魔修罗）》。
2002年3月21日《Pharaonic Guardian －王家の守護者－（王家的守护者）》发售
《守護者スフィンクス（守护者斯芬克斯）》等周期反转怪物登场。
黑蝎团、能够改变怪物表示形式的《太陽の書（太阳之书）》与《月の書（月之书）》、优秀的控场怪物《王虎ワンフー（王虎）》、不死族优秀的苏生卡《生者の書－禁断の呪術－（生者之书禁断的咒术）》等登场。
恐怖的手札补充卡《悪夢の蜃気楼（噩梦的海市蜃楼）》登场。
优秀的手札破坏·情报获取卡《ダスト·シュート（滑槽）》登场。
《デス·ラクーダ（死亡骆驼）》《タイム·イーター（时间吞噬者）》和第5期以前的大会奖品卡复刻。
2002年3月21日《STRUCTURE DECK－ペガサス·Ｊ·クロフォード編－（STRUCTURE DECK-帕伽索斯·J·克罗弗多篇）》发售
《トゥーンのもくじ（卡通目录）》登场。
《王国》《王国への船出》《王の右手の栄光》复刻。
2002年3-5月《週刊少年ジャンプ 2002年4·5合併号（周刊少年JUMP 2002年4·5合并号）》发售
附属卡为可以将卡组与墓地交换的恐怖卡片《現世と冥界の逆転（现世与冥界的逆转）》。和原作中一样，这张卡迅速成为无比强大的【现世与冥界的逆转】卡组之核心。
2002年5月1日制限改订
强劲的《黑森林的魔女》《处刑人魔修罗》《变形壶》《爱恶作剧的双子恶魔》《大岚》《手札抹杀》《过早的埋葬》《光之护封剑》《现世与冥界的逆转》被限制。强劲的《增援》被准限制。由于规则问题，《多尔·多拉》被限制。
在当时十分强大的《注射天使莉莉》《纽特》《流氓的佣兵部队》《哥布林暴发户》《无谋的贪心》被限制。在当时十分强大的《守护者斯芬克斯》《切り込み隊長（切入敌阵的队长）》被准限制。
【第3期】
卡片特征：
卡图右下方的卡号是○○○—○○○。
卡的格式采用“世界统一格式”，文本栏大幅扩大，怪物卡的攻守用卡片右下的ATK/DEF表示。
魔法陷阱卡的效果描述文字尺寸缩小，可以记述大量的文本了。
301-307间，“魔法(まほう)カード”印成“魔法(マジック)カード”。
2002年5月16日《新たなる支配者（新的支配者）》发售，第3期开始。
不死族优秀的战斗耐性及手札破坏怪物《魂を削る死霊（削魂的死灵）》登场。
守墓系列等登场。
能将1星的弱小怪物变成千眼纳祭神的恐怖特殊召唤卡《突然变异》登场。能够大量堆积墓地的特殊召唤卡《名推理》登场。
通用2：1交换卡《サンダー·ブレイク（雷破）》、能够瞬间歼灭对方主力怪物并持续BURN 的可怕怪物《溶岩魔神ラヴァ·ゴーレム（熔岩魔神）》登场。
《大逆転クイズ（大逆转谜题）》登场，新的战术诞生。
2002年6月20日《DUELIST LEGACY Volume.1》发售
《Magic Ruler －魔法の支配者－》《Pharaoh's Servant －ファラオのしもべ－》《Curse of Anubis －アヌビスの呪い－》《黒衣の大賢者（黑衣大贤者）》《ビッグ·シールド·ガードナー（巨盾守卫者）》复刻。
2002年7月4日GBA平台的《遊戯王デュエルモンスターズ7 決闘都市伝説（游戏王决斗怪兽7 决斗都市传说）》及其攻略本上卷发售
游戏附属卡3张：万力魔神、《究極竜騎士》与《魔法効果の矢（魔法效果之矢）》。预约限定特典是《F·G·D》。
2002年7月18日《ユニオンの降臨（同盟降临）》发售
同盟怪物诞生。
2002年8月4日《游戏王决斗怪兽7 决斗都市传说》攻略本下卷发售
2002年8月22日《DUELIST LEGACY Volume.2》发售
《青眼の白龍伝説－LEGEND OF BLUE EYES WHITE DRAGON－》《幻の召喚神－PHANTOM GOD－》《暗黒魔竜復活－REVIVAL OF BLACK DEMONS DRAGON－》、《处刑人魔修罗》、《手札对换》复刻。
2002年9月19日《黒魔導の覇者（黑魔导之霸者）》发售
收录大量与魔力指示物有关的卡片，标志着指示物的诞生。
亚马逊系列、优秀的下级怪物《魔導戦士ブレイカー（魔导战士破坏者）》《王立魔法図書館》《魔導雑貨商人》登场。
能够招来无数怪物的《魔導サイエンティスト（魔导科学家）》、能够毁灭整个种族的《同族感染ウィルス（同族感染病毒）》两大凶恶怪物登场。
对抗控制权夺取的《洗脳解除》登场，为新的战术创造了条件。
2002年10月4日《ザ·ヴァリュアブル·ブック5（大图鉴5）》发售
附属卡是《デビルズ·サンクチュアリ（恶魔圣域）》《メタル·リフレクト·スライム（金属反射史莱姆）》及英文版《リボルバー·ドラゴン（左轮手枪龙）》。
2002年11月“Vジャンプ·週刊少年ジャンプ合同抽選プレゼント计划（VJUMP·少年JUMP联合礼物抽选计划）”实施
获奖者赠送英语版磁石战士一套。
2002年11月1日《遊☆戯☆王キャラクターズガイド真理の福音（游戏王角色解读真理之福音）》发售
《友情 YU-JYO（友情 YU-JYO）》《結束 UNITY（团结 UNITY）》登场。
2002年11月21日《ガーディアンの力（守护者之力）》发售
守护者系列登场。手札归还卡《蝶の短剣－エルマ（蝶之短剑回音）》配合铁骑士，成为恐怖的无限魔力源。
优秀的除去系怪物《異次元の女戦士（异次元的女战士）》登场，在卡组中大量投入，威力强劲。
《魔鏡導士リフレクト·バウンダー（魔镜导士限界反射者）》登场，怪物的战斗受到一定妨害。
优秀的效果怪物对策卡《スキルドレイン（技能吸收）》登场。
《おジャマトリオ（扰乱三人组）》《最終突撃命令》等效果新奇的卡片登场，新的战术得以开发。
通过动画版（乃亚篇）开展的卡片赠送活动启动。
2002年12月4日《遊☆戯☆王》漫画第31卷发售
附属卡为《ファラオの審判（法老的审判）》。
2002年12月12日《DUELIST LEGACY Volume.3》发售
《Thousand Eyes Bible －千眼の魔術書－》《Spell of Mask －仮面の呪縛－》《Labyrinth of Nightmare －悪夢の迷宮－》《ブレイドナイト（刀锋骑士）》复刻。
2003年1月1日制限改订
《杀手蛇》《三眼怪》《同族感染病毒》《魔导战士破坏者》《噩梦的海市蜃楼》《蝶之短剑回音》《天使的施舍》被限制。
《强制转移》被准限制。
2003年1月16日《BOOSTER PACK COLLECTORS》发售
收录《タルワール·デーモン（塔瓦弯刀恶魔）》一张、《新たなる支配者》《ユニオンの降臨》《黒魔導の覇者》《DUELIST LEGACY Volume.1》《DUELIST LEGACY Volume.2》各1包、《ガーディアンの力》2包。
2003年1月23日《DUELIST LEGACY Volume.4》发售
《鋼鉄の襲撃者－METAL RAIDERS－》《Booster Chronicle、STRUCTURE DECK－遊戯編－》《STRUCTURE DECK－城之内編－》《STRUCTURE DECK－海馬編－》《STRUCTURE DECK－ペガサスＪクロフォード編－》《インセクト女王（昆虫女王）》复刻。
2003年2月20日《闇魔界の脅威（暗魔界的威胁）》、GBA平台的《遊戯王デュエルモンスターズ8 破滅の大邪神（游戏王决斗怪兽8 破灭的大邪神）》及其攻略本上卷发售
象棋恶魔诞生。
恐怖的无限月之书《月読命》、良好的战斗反应型陷阱卡《炸裂装甲》登场。
《終焉のカウントダウン（终焉的倒计时）》登场，新的战术得以开发。
游戏附属卡3张，预约特典为《ブラック·マジシャンズ·ナイト（黑魔导骑士）》。
2003年4月10日制限改订
拥有当时非常坚固的对效果自己再生能力与当时下级怪物无法撼动的攻击力的《吸血鬼领主》被限制。
能够造成强大反射伤害的《魔镜导士限界反射者》被限制。
《处刑人魔修罗》从限制缓和为准限制。
《守护者斯芬克斯》《纽特》《原力》《限制解除》《补充要员》解除制限。
2003年4月17日GBA平台的《遊戯王デュエルモンスターズインターナショナルワールドワイドエディション（游戏王决斗怪兽国际版）》及其攻略本发售
附属卡为英文版三幻神。
此游戏是《游戏王决斗怪兽6 专家2》的6国对应版，删除了不能在决斗中使用的卡片。2003年4月22日《游戏王决斗怪兽8 破灭的大邪神》的攻略本下卷发售
附属卡为不死族优秀的检索怪物《ゴブリンゾンビ（哥布林僵尸）》。
2003年4月24日《混沌を制す者（制止混沌者）》发售
最强的效果怪物系列“カオス”（混沌）登场。在强大的手札交换卡、检索卡、墓地堆积卡与回收卡的支持下，其简易的召唤条件和恐怖的效果将游戏环境彻底粉碎。
【カオス】全盛时代开始。
《異次元の偵察機（异次元的侦察机）》登场，这时被认为是没有多大价值的卡。
2003年4月24日《DUELIST LEGACY Volume.5》发售
《Struggle of Chaos －闇を制する者－》《Mythological Age －蘇りし魂－》《Pharaonic Guardian －王家の守護者－》和《究极完全态大飞蛾》复刻。
2003年4月《LIMITED EDITION 5》开始配送
分游戏包和海马包，各5种类。游戏包包括《ソウルテイカー（灵魂捕获者）》，海马包则包括《ヴィクトリー·ドラゴン（胜利龙）》。这时的胜利龙卡组还属于FUN卡组。
2003年5月22日《STRUCTURE DECK－遊戯編－ Volume.2》发售
《ディメンション·マジック（次元魔法）》登场。
不知什么原因，在王样的卡包里收录了《大革命》。
是STRUCTURE DECK中第一个一刀流卡堆（第三期的四个都是一刀流卡堆）。是第一个复刻出自STRUCTURE DECK的卡片的STRUCTURE DECK。
从这里开始，STRUCTURE DECK附送决斗场。
2003年7月1日制限改订
《混沌帝龙终焉的使者》被限制。《混沌战士开辟的使者》逍遥法外。【カオス】的时代丝毫未被撼动。
2003年7月17日《暗黒の侵略者（黑暗的侵略者）》发售
强力的魔法回收·怪物除外系怪物卡《混沌の黒魔術師（混沌的黑魔术师）》与强力的归还系魔法卡《次元融合》登场，【混黒1キル（混黑OTK）】开始开发。
《海竜－ダイダロス（海龙-泰达路斯）》登场。
收录了很多复刻卡。
2003年8月7日《STRUCTURE DECK－城之内編－ Volume.2》发售
《おろかな埋葬（愚蠢的埋葬）》登场。
2003年8月10日第1回世界大会开幕
世界大会禁用カオス及纽特、吸血鬼领主等当时强得逆天的怪物。
16名代表参加了OCG大会，9名代表参加了GBA大会。
OCG大会的结果是香港代表使用装满神器的超手札破坏卡组夺冠。GBA大会的结果是法国代表夺冠。
从此世界大会成为惯例。
2003年9月19日《ザ·ヴァリュアブル·ブック6（大图鉴6）》发售
《マキシマム·シックス（最大值6）》《デンジャラスマシン TYPE-6（危机机器TYPE-6）》《第六感》登场。
最强的骰子系卡片——能够疯狂抽卡或疯狂堆墓的恐怖陷阱《第六感》进一步推进了カオス的隆盛。这一时期的OCG被称为骰子游戏。
2003年10月15日制限改订
《混沌战士开辟的使者》、《魔导科学家》、《混沌的黒魔術師》被限制。
但是，【カオス】和【サイエンカタパ（魔导科学家弹射卡组）】的气势几乎丝毫未减。
能够利用生还的宝札抽尽卡组的《暗黒のマンティコア（暗黑之蝎尾狮）》被准限制。
《变形壶》从限制缓和为准限制。
2003年11月20日《天空の聖域（天空圣域）》发售
天使族良好的地形魔法《天空の聖域（天空圣域）》登场。《ゼラの戦士（杰拉的战士）》及其光与暗的成长形态——《大天使ゼラート（大天使杰拉特）》与《デビルマゼラ（大魔王魔杰拉）》登场。
第一位帝——《雷帝ザボルグ（雷帝扎博尔格）》登场。那时有“上級モンスターは捨て蘇生が基本（上级怪物基本是靠丢进墓地再苏生）”的评价，依靠祭品召唤的帝系列不被看好。优秀的BOUNCE卡《伝説の柔術家（传说的柔术家）》、优秀的速攻魔法卡《エネミーコントローラー（敌人操纵器）》登场。
墓地堆积·特殊召唤系魔法卡《モンスターゲート（怪兽之门）》登场。
2003年12月11日《STRUCTURE DECK－海馬編－ Volume.2》发售
优秀的速攻魔法卡《收缩》登场。
2003年12月11日《ストラクチャーデッキ - デラックスセット -（STRUCTURE DECK 上级者套装）》发售
收录蓝眼究极龙一张、《DUELIST LEGACY Volume.1》《DUELIST LEGACY Volume.2》《DUELIST LEGACY Volume.3》《DUELIST LEGACY Volume.4》《DUELIST LEGACY Volume.5》《STRUCTURE DECK －遊戯編－ Volume.2》《STRUCTURE DECK－城之内編－ Volume.2》各一套及红、绿卡套各50枚。
其收录的蓝眼究极龙为错版卡，印着“融合·效果”，其实不是效果怪物。
2003年12月20 21日ジャンプフェスタ2004开幕
《PREMIUM PACK 6》在会场先行发售。共6种类，包括良好的战斗耐性怪物《マシュマロン（棉花糖）》。
2004年1月22日BOOSTER PACK COLLECTORS TIN 2004发售
收录混沌帝龙1张、《闇魔界の脅威》《混沌を制す者》《暗黒の侵略者》《天空の聖域》《DUELIST LEGACY Volume.3》《DUELIST LEGACY Volume.4》《DUELIST LEGACY Volume.5》各1包。2004年2月5日GBA平台的《遊戯王デュエルモンスターズエキスパート3（游戏王决斗怪兽专家3）》及其攻略本发售
游戏附属卡3张，包括《D.D.アサイラント（D.D.暗杀者）》。
2004年2月5日《BEGINNERS PACK》发售
包括游戏《游戏王决斗怪兽专家3》，《STRUCTURE DECK－遊戯編－ Volume.2》《STRUCTURE
DECK－海馬編－ Volume.2》各一套及教学录像带。
附属特典是一套艾克佐迪亚五部件。
2004年2月26日《ファラオの遺産（法老的遗产）》发售
优秀的反转效果怪物《深淵の暗殺者（深渊的暗杀者）》、优秀的融合辅助怪物《沼地の魔神王（沼地的魔神王）》、优秀的攻击抑制型永续魔法《レベル制限Ｂ地区（等级限制B地区）》登场。
《エンド·オブ·アヌビス（终结之阿努比斯）》登场。
《人海战术》《玉碎指令》等通常怪物辅助卡登场。
2004年3月1日制限改订
OCG史上最初的禁止卡诞生。它们是：
《お注射天使リリー（注射天使莉莉）》
《サイバーポッド（电子壶）》
《ファイバーポッド（纤维壶）》
《八汰乌》
《いたずら好きな双子悪魔（爱恶作剧的双子恶魔）》
《苦渋の選択（苦涩的选择）》
《心変わり（变心）》
《サンダー·ボルト（雷击）》
《ハーピィの羽根帚（鹰身女妖的羽毛扫帚）》
《王宮の勅命（王宫的敕命）》
前后场的单方面彻底破坏卡及能够单方面封印魔法的卡片消失了，一击导致无法还击的《八汰乌》也消失了，但是【カオス】和【魔导弹射】卡组仍能使用。
也是从这时起，制限改订的日期基本定为每年的3月1日和9月1日。
2004年3月25日《STRUCTURE DECK－マリク編－（STRUCTURE DECK 马利克篇）》发售《魔法石の採掘（魔法石的采掘）》、《邪神の大災害（邪神的大灾害）》登场。
在第3期的四个一刀流卡堆STRUCTURE DECK中，是构筑最差的一个。
2004年4月21日《遊☆戯☆王R》漫画开始连载
2004年4月《LIMITED EDITION 6》开始配送
参加《周刊少年JUMP2004年21-24号手札交换卡《暗之诱惑》、越来越容易宣言正确的《心灵崩坏》、瞬间烧尽对手生命值的《魔力爆发》遭到限制。
光属性的无敌之剑《欧尼斯特》、黑羽的加速器《黑旋风》、封印陷阱卡的《王宫的通告》、对抗特殊召唤的《王宫的弹压》、对抗场上怪物效果的《技能吸收》遭到准限制。这是META系卡片第一次受到如此强烈的冲击。
许多卡组的重要卡片、许多手札交换系卡片遭到打压，支配环境的【光道】与复活的【不死同调】受到猛烈打击，【META BEAT】受到严重影响，【BF】等受到影响。
《电子龙》《终焉之王迪米斯》《蒲公英狮》《黄泉青蛙》《团结之力》从限制缓和为准限制，【狮子黄泉帝】接近复活。
《地碎》从限制卡一口气制限解除，《暗之假面》制限解除。【除去齿轮】完全复活。
本次制限改订并未规制调整者及同调怪物。
【第4期】
卡片特征：
卡图右下的卡号格式是○○○－NN○○○。其中NN代表该卡的发行地区（JP=日本 KR=韩国EN=世界范围英语版 SP=西班牙 FR=法国 IT=意大利）
罕贵度方面，在SR以上出现了UR，有60种UR卡。单纯的Parallel、Secret罕贵度不再出
现。
卡片的体裁变化。
2004年5月27日《SOUL OF THE DUELIST》发售，第4期开始。
从这里开始，普通卡包收录的卡片变为60种，不再收录复刻卡。
第二位帝——《氷帝メビウス（冰帝美比乌斯）》登场。
《ホルスの黒炎竜（荷鲁斯之黑炎龙）》、武装龙、究极昆虫等LV怪物系列登场，LV怪物诞生。
优秀的手札破坏兼情报获取卡《マインドクラッシュ（心灵崩坏）》登场。
2004年6月24日《BEGINNER'S EDITION 1》发售
《DUELIST LEGACY Volume.1》《DUELIST LEGACY Volume.2》《DUELIST LEGACY Volume.3》复刻。
2004年7月2004年度日本选考会召开
绝大多数玩家使用的卡组是【カオス】。最终选出的日本代表里包含【魔导弹射】卡组，让人们意识到OTK的危险性。
2004年7月下旬《LIMITED EDITION 6》开始配送
三色齿轮登场，这时由于能力值低下而没有受到关注。
2004年7月25日第2次世界大会开幕
在美国开幕。冠军是日本代表，卡组是【カオス】。
2004年7月29日PS2平台的《遊戯王カプセルモンスターコロシアム（游戏王胶囊怪兽圆形竞技场）》及其攻略本发售
此游戏非OCG规则。游戏附属卡3张，包括《アビス·ソルジャー（深渊的战士）》。攻略本的附属卡仍是深渊的战士，两者只是罕贵度及卡号不同
2004年8月5日《RISE OF DESTINY》发售
第三位帝——《炎帝テスタロス（炎帝泰斯塔罗斯）》登场。
半上级怪物《可変機獣ガンナードラゴン（可变机兽炮手龙）》登场。
《创世神》《心镇壶》登场。
鹰身女妖的新配合卡登场。
2004年8月5日《PREMIUM PACK 7》发售
共8张，是唯一收录了平卡的PREMIUM PACK，包括平卡的《異次元からの帰還（来自异次元的归还）》。
2004年8月25日《ザ·ヴァリュアブル·ブック7（大图鉴7）》发售
附属卡是剧场版《光のピラミッド（光之金字塔）》中活跃的的《青眼の光龍（蓝眼光龙）》与《光のピラミッド（光之金字塔）》。
2004年9月1日制限改订
カオス的最强卡、最强的帝——《混沌帝龙终焉的使者》被禁止。
强力的《死者苏生》和《圣防护罩》被禁止。因为这2张是原作里重要的卡，一些拥护原作的玩家批评这是“损伤游戏气氛”的行为。通用检索《三眼怪》和《黑森林的魔女》都被禁止。《黑洞》《天使的施舍》被禁止。
当时十分强力的《团结之力》成为第一张被禁止的装备魔法卡。
强力的《旋风》《激流葬》《死之卡组破坏病毒》《第六感》被限制。
能够通过连续技瞬间烧尽对方手札的《神殿を守る者（神殿守卫者）》《变形壶》被限制。《注射天使莉莉》《电子壶》《纤维壶》《苦涩的选择》《变心》从禁止卡缓和为限制卡。
电子壶的解放导致了【MCV】与【Vドラコントロール（VDRACONTROL，胜利龙CONTROL）】的诞生，《胜利龙》在它们之中成为了一击结束MATCH的破坏神。
2004年9月23日《EXPERT EDITION Volume.1》发售
《新たなる支配者》《ユニオンの降臨》《黒魔導の覇者》《ガーディアンの力》《闇魔界の脅威》复刻。
2004年10月3日书籍《MASTER GUIDE》发售
附属卡是《死霊ゾーマ（死灵佐玛）》与《地縛霊の誘い（地缚灵的诱惑）》。
2004年10月6日动画《遊☆戯☆王デュエルモンスターズGX（游戏王决斗怪兽GX）》开始放送
放送持续了三年半。
2004年11月25日《FLAMING ETERNITY》发售
优秀的自己再生兼魔法陷阱全体除去卡《ネフティスの鳳凰神（奈芙提斯之凤凰神）》登场。有条件的怪物全体除去卡《ライトニング·ボルテックス（闪电旋涡）》、《魔のデッキ破壊ウイルス（魔之卡组破坏病毒）》、优秀的防御系陷阱卡《威嚇する咆哮（威吓之咆哮）》登场。《レスキューキャット（救援猫）》登场，当时仅是兽族的一般辅助卡。
第四位帝——《地帝グランマーグ（地帝格兰玛格）》登场。
融合咒印生物系列登场。
抽卡陷阱《ゴブリンのやりくり上手（哥布林的经营手腕）》登场，不久【やりくりターボ（经营TURBO）】卡组现身。
2004年12月9日《ストラクチャーデッキ－ドラゴンの力－（STRUCTURE DECK 龙族之力）》《ストラクチャーデッキ－アンデットの脅威－（STRUCTURE DECK 不死族的威胁）》发售
从此STRUCTURE DECK有了主题的概念。
不死族的威胁是收录同名卡最多的STRUCTURE DECK，卡组完成度相当高。
2004年12月9日《BEGINNER'S EDITION 2》发售
《DUELIST LEGACY Volume.3》《DUELIST LEGACY Volume.4》《DUELIST LEGACY Volume.5》及《イリュージョンの儀式（幻想的仪式）》复刻。
2004年12月9日《ストラクチャーデッキ - デラックスセット - Volume.2（STRUCTURE DECK 上级者套装第二部）》发售
收录胜利龙一张、《BEGINNER'S EDITION 1》《EXPERT EDITION Volume.1》《STRUCTURE DECK －海馬編－ Volume.2》《STRUCTURE DECK－マリク編－》各一套、蓝色及紫色卡套各50个。2004年12月15日《遊☆戯☆王デュエルモンスターズ光のピラミッド（游戏王决斗怪兽光之金字塔）》小説版发售
抽奖活动选出的玩家得到了英文版的《青眼の光龍（蓝眼光龙）》与《ワタポン（棉花球）》。2004年12月18-19日ジャンプフェスタ2005开幕
《PREMIUM PACK 8》在会场先行发售。共5张。
2004年12月30日GBA平台的《遊戯王デュエルモンスターズインターナショナル2（游戏王国际版2）》发售
附属卡3张，包括控制权夺取卡《精神操作》。游戏收录的卡较少，决斗单调。通关后可以无视禁限组建卡组。
2004年底《LIMITED EDITION 7》开始配送
参加《VJUMP2004年12月号》进行的活动的人们得到了4张卡，包括《所有者の刻印（所有者的刻印）》。
2005年1月7日《游戏王国际版2》的攻略本发售
2005年1月20日《ストラクチャーデッキ－灼熱の大地－（STRUCTURE DECK 灼热的大地）》发售
以炎属性LOCKBURN为主题。
2005年1月20日《BOOSTER PACK COLLECTORS TIN 2005》发售
收录《エンド·オブ·アヌビス（终结之阿努比斯）》1张、《SOUL OF THE DUELIST》《RISE OF DESTINY》《FLAMING ETERNITY》《BEGINNER'S EDITION 1》《EXPERT EDITION Volume.1》各1包。
2005年2月24日《THE LOST MILLENNIUM》发售
E·HERO及《游戏王GX》动画中的许多卡片登场，包括地、水、火、风四灵使。
岩石族的FINISHER《メガロック·ドラゴン（巨岩龙）》登场。
优秀的控制权夺取卡《洗脑》登场。
《異次元の生還者（异次元的生还者）》登场，当时被认为是对抗威风八面的《异次元的女战士》的对策卡。
2005年3月1日制限改订
强劲的《处刑人魔修罗》《纤维壶》《噩梦的海市蜃楼》《押收》《苦涩的选择》《强引的番兵》《变心》《蝶之短剑回音》《第六感》被禁止，许多OTK卡组受到影响。
恐怖的《魔导科学家》终于被禁止，【魔导弹射】卡组淡出OCG。
《三眼怪》《团结之力》从禁止缓和为限制。《圣防护罩》也从禁止缓和为限制，不少喜欢原作的玩家表示高兴。
《天使的施舍》和《爱恶作剧的双子恶魔》从禁止缓和为限制，和《强欲之壶》并称为“三種の神器（三种神器）”。
强力的《异次元的女战士》《棉花糖》被限制。当时十分强力的《奈芙提斯之凤凰神》《闪电旋涡》《魔之卡组破坏病毒》被限制。
强力的《深渊的暗杀者》《等级限制B地区》《超重力之网》被准限制。当时十分有力的《黑蝎-飞速逃跑的齐克》《深渊之战士》被准限制。
【やりくりターボ】的核心卡《哥布林的经营手腕》《非常食》被准限制，加上失去了海市蜃楼，速度大减。
《吸血鬼领主》《哥布林暴发户》缓和为准限制，《混沌壶》制限解除。
由于异次元的女战士变成限制卡，异次元的生还者暂时无人问津。
2005年3月4日《遊☆戯☆王R》第1卷发售
附属卡是《冥王竜ヴァンダルギオン（冥王龙断罪神）》。
2005年3月17日《ストラクチャーデッキ－海竜神の怒り－（STRUCTURE DECK 海龙神之怒）》发售
水属性主题。与《STRUCTURE DECK 不死族的威胁》并称为第四期最好的STRUCTURE DECK。《海龙神-尼奥泰达路斯》登场。
2005年3月17日《EXPERT EDITION Volume.2》发售
《混沌を制す者》《暗黒の侵略者》《天空の聖域》《ファラオの遺産》复刻。
2005年3月17日《MASTER COLLECTION》发售
收录《荷鲁斯之黑炎龙LV8》《创世神》《奈芙提斯之凤凰神》《古代的机械巨人》各一张、《SOUL OF THE DUELIST》《RISE OF DESTINY》《FLAMING ETERNITY》《THE LOST MILLENNIUM》《BEGINNER'S EDITION 1》《BEGINNER'S EDITION 2》《EXPERT EDITION Volume.1》《EXPERT EDITION Volume.2》各1包。
2005年5月26日《CYBERNETIC REVOLUTION》发售
最强的半上级怪物《サイバー·ドラゴン（电子龙）》登场，环境激变。
《电子龙》的融合体《サイバー·ツイン·ドラゴン（电子双生龙）》《サイバー·エンド·ドラゴン（电子终结龙）》为高速OTK提供了新思路，《突然变异》即将大放异彩。
《龍の鏡（龙之镜）》《ミラクル·フュージョン（奇迹融合）》《パワー·ボンド（力量结合）》
登场。
看似威力轻微的BURN系陷阱《マジカルエクスプロージョン（魔力爆发）》登场。
青蛙系列登场。
2005年6月15日《ストラクチャーデッキ－戦士の伝説－（STRUCTURE DECK 战士的传说）》发售
《神剣－フェニックスブレード（神剑-凤凰刃）》登场。和蝶之短剑一样，它被用在了看似毫不相关的恐怖连续技中。
2005年6月30日《ジャンプヒーローズ（JUMP英雄）》发售
附属卡是《テュアラティン（图拉丁）》。
2005年7月2005年度日本选考会开幕
将近半数的参赛者使用了【変異カオス】卡组，《突然变异》头顶青天。
【除去ガジェット（除去齿轮）】卡组受到注目。
2005年7月21日NDS版《遊戯王デュエルモンスターズ NIGHTMARE TROUBADOUR（游戏王决斗怪兽噩梦吟游诗人）》及其攻略本发售
游戏附属卡3张，是沉默魔术师系列及原作中搭配其使用的《マジシャンズ·サークル（魔法阵）》。攻略本附属卡1张。
收录卡片超过1000张，第一次收录了在OCG规则下使用的三幻神。是唯一涉及动画版乃亚篇的游戏王题材游戏，也是最后一部以武藤游戏为主人公的游戏王题材游戏。
游戏最后，法老王走进了冥界之门，故事在光之中完结。在ENDING画面可以在下屏玩神经衰弱小游戏。
2005年8月7日第3次世界大会开幕
在日本开幕，参赛代表40人。
世界冠军是希腊代表，卡组是【变异カオス】。
GBA世界大会参赛代表14人，决胜战在两位日本选手间进行。
2005年8月11日《ELEMENTAL ENERGY》发售
E·HERO大幅强化，暗黑界系列登场。四灵使的凭依装着形态登场。《ハイドロゲドン（氢素龙）》登场。
巨大战舰系列登场。
《貪欲な壺（贪欲之壶）》登场，【雑貨貪欲ターボ（杂货贪欲TURBO）】开始开发，这类卡组里开始使用大量怪物卡。
暗黑界被期待用于对抗双子恶魔并和天使之施配合。
2005年8月25日《ザ·ヴァリュアブル·ブック8（大图鉴8）》发售
附属卡为《破壊竜ガンドラ（破坏龙甘多拉）》《死霊騎士デスカリバー·ナイト（死灵骑士）》。2005年9月1日制限改订
风靡于世的【変異カオス】受到猛烈打压。《混沌战士开辟的使者》被禁止，カオス归于静寂。
从此使用《カオス·ソーサラー（混沌巫师）》的卡组被称为【カオス】卡组。【除去齿轮】更加受到注目。
强劲的《杀手蛇》《天使的施舍》、《爱恶作剧的双子恶魔》《破坏轮》和《圣防护罩》被禁止。强劲的《突然变异》《千眼纳祭神》《深渊的暗杀者》《月读命》《月之书》《替罪羊》《限制解除》被限制。
《ブラック·ホール（黑洞）》和《押收》从禁止卡缓和为限制。
《黑蝎-飞速逃跑的齐克》《吸血鬼领主》《切入敌阵的队长》制限解除。
天使之施和双子恶魔变成了禁止卡，导致暗黑界暂时无人问津。
2005年下半年规则变更
【MCV】【トランス】等OTK卡组、MATCHKILL卡组制压环境，导致了新规则的制订：每回合的行动不应超过3分钟，超越比赛时间（40分钟）后以エキストラターン（额外回合）决定胜负
一回合行动十几分钟来进行LOOP的卡组、故意拖延比赛时间来获取MATCH胜利的卡组遭到规则打压。可是胜利龙继续在【Vドラコントロール】中扮演着MATCH终结者。
2005年下半年《エターナルRパック（元素R包，即LIMITED EDITION 8）》开始配送
参加《VJUMP2005年8月号》进行的活动的人们得到了4张卡，包括《アルカナナイトジョーカー（天位骑士）》与《召喚僧サモンプリースト（召唤僧）》。
2005年9月22日《ストラクチャーデッキ－魔法使いの裁き－（STRUCTURE DECK 魔法使的裁决）》发售
复刻了市场上几乎断货的《魔导战士破坏者》《月读命》《次元魔法》，收录了《神圣魔术师》《过早的埋葬》《活死人的呼声》《混沌巫师》等禁止·限制级别的强力卡片。
2005年10月13日《遊戯王デュエルモンスターズGX めざせデュエルキング！（游戏王决斗怪兽GX 目标是决斗王！）》及其攻略本发售
号称收录了系列最多的1200张卡，其实大部分是凡骨；BUG和规则错误倒确实是历代最多的。游戏附属卡3张。攻略本附属卡1张。
2005年10月13日DUEL DISK发售
决斗盘。不能使用卡套。当然，也没有立体化投影之类的火星科技。
附属卡1张，附送《STRUCTURE DECK－遊戯編－ Volume.2》。
2005年10月20日《デュエリストパック－十代編－（决斗者包十代篇）》《デュエリストパック－万丈目編－（决斗者包万丈目篇）》发售
最早的决斗者包。十代包是个E·HERO堆，卖点是容易入手《融合》。万丈目包是个杂堆，卖点是容易入手XYZ系列、《地獄の暴走召喚（地狱的暴走召唤）》与《打ち出の小槌（万宝锤）》。2005年11月17日《SHADOW OF INFINITY》发售
这是第一个没有收录通常怪物的普通卡包。
三幻魔登场。
最强的仪式怪物《終焉の王デミス（终焉之王迪米斯）》登场。
与迪米斯共用仪式魔法的《破滅の女神ルイン（破灭之女神露茵）》登场。
他们对应的仪式魔法《エンド·オブ·ザ·ワールド（世界末日）》登场，但它并不是迪米斯日后叱咤风云时使用的仪式。
《デビルドーザー（恶魔铲土虫）》登场。这时没有人想得到它日后的表现。
《黄泉ガエル（黄泉青蛙）》登场，成为【帝コントロール（帝CONTROL）】和【推理ゲート（推理门）】等卡组的利器。【黄泉帝】卡组出现。
《継承の印（继承之印）》登场，这时只不过是极难发动的苏生卡。
2005年12月1日《ACADEMY DUEL DISK》发售
决斗盘。体积异常巨大。可以使用卡套。还是没有立体化投影之类的火星科技。
附属卡4张，附送《デュエリストパック－十代編－》《デュエリストパック－万丈目編－》各5包。
2005年12月8日《ストラクチャーデッキ－守護神の砦－（STRUCTURE DECK 守护神之砦）》发售
地属性、岩石族主题。复刻了长期绝版的《和睦的使者》，但是新卡只有3张。
是SD1以来的STRUCTURE DECK中第一个没有大岚的（下一个没有大岚的STRUCTURE DECK是SD13。从SD13开始到2010年初的SD系列均没有大岚），不过收录了与大岚效力相当的《ギ
ガンテス（基冈提斯）》。
2005年12月8日《EXPERT EDITION Volume.3》发售
《SOUL OF THE DUELIST》《RISE OF DESTINY》《FLAMING ETERNITY、THE LOST MILLENNIUM 复刻。
2005年12月17日漫画版《遊☆戯☆王GX》开始连载
2005年12月17-18日ジャンプフェスタ2006开幕
《PREMIUM PACK 9》在会场先行发售。普通发售在2006年3月。共10张，包括机甲武装系列。
2006年1月19日《BOOSTER PACK COLLECTORS TIN 2006》发售
收录《E·HERO スチーム·ヒーラー（元素英雄蒸汽医治者）》一张、《CYBERNETIC REVOLUTION》《ELEMENTAL ENERGY》《SHADOW OF INFINITY》《デュエリストパック－十代編－》《デュエリストパック－万丈目編－》《EXPERT EDITION Volume.3》各1包。
2006年1-2月《Vジャンプ2006年2月号（VJUMP2006年2月号）》发售
附属卡为《ダンディライオン（蒲公英狮）》，其迅速加入了黄泉帝，【狮子黄泉帝】诞生。2006年2月16日《ENEMY OF JUSTICE》发售
此卡包也没有收录通常怪物。
D-HERO登场。天使族强化：宣告者系列、光神机系列登场。鸟兽族最强的辅助陷阱卡《ゴッドバードアタック（神鸟攻击）》登场。
但是此卡包的最大亮点是《閃光の追放者（闪光的追放者）》《次元の裂け目（次元裂缝）》《マクロコスモス（大宇宙）》三大全体除外系卡片登场，后两张更是极易获得的平卡，当时被认为是风行一时的【狮子黄泉帝】卡组的劲敌。
在除外系卡片的支持下，《异次元的侦察机》与《异次元的生还者》成为不死之身，强劲的【次元帝】【次元BEATDOWN】得以诞生。
原作中活跃的《罅割れゆく斧（逐渐罅裂之斧）》登场。这是最后一张由普通卡包收录的出自原作的卡片。
能够将卡组的通常魔法送去墓地并在下个自己回合发动其效果的《D-HERO ダイヤモンドガイ（命运英雄钻石人）》登场，日后被调整为可以无视COST发动魔法卡的效果，使许多新的战术得以诞生。
2006年2月23日GBA平台的《遊戯王デュエルモンスターズエキスパート2006（游戏王决斗怪兽专家2006）》及其攻略本发售
2006年世界大会官方指定软件。BUG较少，收录卡片则是历代最多的2000余张。初始卡组可以从第4期的6个STRUCTURE DECK中选择。没有故事模式，“决斗模拟器”的色彩浓重。虽然BUG较少，但是2006年游戏版世界大会的冠军被利用《创造代行者金星》的无限空击BUG组建的【大逆转谜题】卡组夺走。
游戏附属卡3张，攻略本附属卡1张。包括原始太阳系列。
2006年2月23日《遊戯王ワールドチャンピオンシップ2006セット（游戏王世界冠军赛2006套装）》发售
包括《真红眼暗龙》《ヴァンパイアジェネシス（吸血鬼创世主）》《ヘルフレイムエンペラー（狱火帝皇）》《海龙神-尼奥泰达路斯》各一张，游戏《遊戯王デュエルモンスターズエキスパート2006》，《ストラクチャーデッキ－戦士の伝説－》《ストラクチャーデッキ－魔法使いの裁き－》各一套，《遊戯王ONLINE》游戏软件及《デュエルパス Phase3（游戏王ONLINE 用）》。
2006年3月1日制限改订
针对当时风行的【Vドラコントロール】，《ヴィクトリー·ドラゴン（胜利龙）》被禁止。