以下仅是个人的解剖顺序，仅供参考，有不足之处，请各位老师指正。
先把死鸡（活鸡先致死，致死方法可以选择颈静脉放血或者第一颈椎脱臼法）放到消毒盆里泡一下，然后将鸡放正，伸直头颈，腿及翅膀。用解剖剪剪破大腿部的皮肤，用手顺着破口将胸部皮肤，腿部皮肤拔掉，露出胸肌和腿肌，目的是看有没有出血点，出血斑，如果有，并且是陈旧性的，可以判断有法氏囊病，如果肌很难分开，感觉像太阳晒过，可以判断肾不好，如果大群一夜间得过呼吸道，可以判断是肾传支（这一点，一般的老师都知道，另外本人再补充一下我从肌肉上能看到的病变：一、肌肉光滑，没有变色，死亡的鸡只如果是仰面朝上，并且是大个的，可以初步判断死于小肠球虫。二、肌肉发白，感觉像水泡过样，死亡鸡只仰面朝上，并且是大个，可以初步判断死亡原因是肠炎。）
接下来要做的是用手指顺着胸部的皮肤伸到头部，然后用解剖剪剪开，就可以看到胸腺，有人看胸腺看的很细，比如说前四对出血是流感，全部出血是新城疫等等说法，而本人认为胸腺是反应机体免疫的一个器官，胸腺大说明免疫力强，胸腺萎缩说明机体免疫力差鸡群治疗起来有一定的难度（比如得过阴性法氏囊的鸡胸腺都会缩小的）。
接下来就是剪开喉头，气管。主要是看看有没有粘液，有没有出血，如果有要考虑呼吸道症状。看完气管，本人要看的就是法氏囊，看法氏囊是否肿大，出血，有没有胶冻样渗出物，是否萎缩。（法氏囊肿大，剪开后里面有出血，可以怀疑有隐性法氏囊或者有其他免疫抑制病。如果有胶冻样渗出物说明是典型的法氏囊，治疗需要打抗体，如果萎缩，说明前期得过法氏囊，现在免疫抑制了。）
接下来要看的直肠，直肠如果出血，可以初步怀疑有温和型流感存在。另外还要看看直肠里的内容物，这最能说明粪便是怎么样的。如果有未消化的饲料和肠粘膜脱落，那鸡群里肯定有一部分鸡拉料粪，也就说明，有肠炎存在。然后本人会看盲肠扁桃体。外观扁桃体肿大，剪开后盲肠扁桃体明显肿大，出血，可以判断有新城疫（温和型的一般不是很明显，但这一症状是判断非典型新城疫最具代表性的病变，典型的一般比较明显）。
接下来要看盲肠，如果盲肠暗红色，那就是盲肠球虫，患盲肠球虫的鸡肛门上带有血。看完盲肠看盲肠间的回肠，卵黄蒂下十公分左右和十二指肠降端是否有岛屿状突起（如果这三处有两处，可以考虑有新城疫存在，典型新城疫三处都会有凸起，严重的甚至可能会有溃疡）。在此
说明，很多老养殖户或新技术员都还认为
判断新城疫的标准是看腺胃乳头是否有出血，现在新城疫越来越不是那么明显了，胃乳头出血的在实践中见到的也比较少了。本人判断新城疫的主要依据是：第一，盲肠扁桃体，这个能很准确的判断是否有隐性新城疫。第二看肠道岛屿状突起，如果有一处突起，就要考虑有隐性新城疫。如果两处以上有，那新城疫就是比较典型了。
接下来要看的是直肠，直肠如果出血，可以初步怀疑有温和型流感存在。另外还要看看直肠里的内容物，这最能说明粪便是怎么样的。如果有未消化的饲料和肠粘膜脱落，那鸡群里肯定有一部分鸡拉料粪，也就说明，有肠炎存在。然后本人会看盲肠扁桃体。外观扁桃体肿大，剪开后盲肠扁桃体明显肿大，出血，可以判断有新城疫（温和型的一般不是很明显，但这一症状是判断非典型新城疫最具代表性的病变，典型的一般比较明显）。
接下来要看盲肠，如果盲肠暗红色，那就是盲肠球虫，患盲肠球虫的鸡肛门上带有血。看完盲肠看盲肠间的回肠，卵黄蒂下十公分左右和十二指肠降端是否有岛屿状突起（如果这三处有两处，可以考虑有新城疫存在，典型新城疫三处都会有凸起，严重的甚至可能会有溃疡）。在此说明，很多老养殖户或新技术员都还认为判断新城疫的标准是看腺胃乳头是否有出血，现在新城疫越来越不是那么明显了，腺胃乳头出血的在实践中见到的也比较少了。本人判断新城疫的主要依据是：第一，盲肠扁桃体，这个能很准确的判断是否有隐性新城疫。第二看肠道岛屿状突起，如果有一处突起，就要考虑有隐性新城疫。如果两处以上有，那新城疫就是比较典型了。
接下来要看的是心脏，看看心包膜是否有黄色或白色干酪物，如果有，一般是沙门氏菌或者大肠杆菌。还要看心冠脂肪和心内肌是否有出血，如果有，也要考虑流感。接下来就是支气管了：将胸肌剪下，把支气管上部的骨头剪掉，露出支气管，用剪子剪从三叉处剪开，看看里面有没有黄色干酪物。最后把肺脏用拇指挑出来，看看肺脏是否坏死或者有结节等。
以上仅仅是我个人解剖的顺序和判断疾病的依据，还要不完全之处，希望见谅。