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AFNI使用指南(连载)--精心整理的AFNI教程
特别奉献精心整理的AFNI使用指南，以飨读者。
目录
0 前言 (1)
1 如何获得并安装AFNI (1)
2 基本概念 (1)
2.1 数据集 (1)
2.2 数据集的存储 (2)
2.3 数据集块和子数据集块 (2)
2.4 集合或路径 (2)
2.5 文件类型 (2)
3 AFNI的交互界面 (2)
3.1 启动AFNI (2)
3.2 AFNI界面 (3)
3.3 在Batch Mode下使用AFNI命令 (4)
3.4 AFNI的Plugins (4)
4 数据分析基本步骤………………………………………插页1~13
5 数据处理基本步骤 (5)
5.1 原始功能像的重建 (5)
5.2 转换成AFNI格式 (5)
5.3 功能像层面时间校正和运动校正 (7)
5.4 功能像的时间域滤波 (12)
5.5.a 功能像的空间平滑 (12)
5.5.b 补充内容 (16)
包括去除头皮外伪影、去除异常时间点、时间序列时间点数据的标准化
(difference/mean)、多个run的数据连接及去线性漂移。
5.6.a 单个被试通用线性模型分析及结果显示 (22)
包括1D 参考波创建、t-检验及相关分析(及Cluster Analysis)、3dDecon-
volve反卷积分析。
5.6.b 激活图的clustering, montage, and render (31)
5.7 空间标准化(切换至Talairach坐标系) (34)
5.8 统计图的空间平滑 (39)
5.9 被试统计图的组分析 (39)
6 ROI(Region of Interesting)绘制及分析 (45)
6.1 手动绘制ROI及ROI分析 (45)
6.2 从激活图创建ROI (51)
附录1 DICOM图像标准 (52)
附录2 rnxpc源程序 (52)
附录3 应用于3dDeconvlve分析的脚本源程序 (53)
附录4 AFNI Programs & Plugins (56)
0 前言(Preface)
MCW AFNI是―Medical College of Wisconsin Analysis of Functional NeuroImage‖的缩写形式。由美国Wisconxin医学院生物物理研究所开发研制，主要开发者为Cox博士。
AFNI是一个交互式的脑功能成像数据分析软件。它可以将低分辨率的脑功能成像的实验结果叠加在具有较高分辨率的脑结构成像上进行三维显示。
AFNI程序分为两种，一种是利用AFNI界面本身直接运行的程序(GUI mode)，另一种是脱离AFNI界面执行的辅助程序(Batch mode)。另外还提供了可供扩展功能的Plugins。
1 如何获得并安装AFNI(How to download and install AFNI)
AFNI可运行在多个操作系统下，推荐使用Linux系统。可在https://www.doczj.com/doc/7815873112.html,/afni下载源程序linux_gcc32.tgz ，并解压至/usr/local/bin目录下，可以直接使用。如提示无执行权限，可使用chmod 777 *命令修改文件权限。(Linux的使用技巧：输入命令后，长文件名可以输入部分字母，然后按Tab键自动补上；对于较长的命令行，可在行尾加上空格和‖\‖回车再续行)
2 基本概念(Fundamental AFNI concepts)
数据集(datasets) 和集合(session) 是AFNI 中的两个基本概念，下面作简要的介绍。
2.1 数据集(datasets)
AFNI 中的基本数据单位是数据集(datasets)，它是指由一个或者多个图像的3D 数据块(bricks)以及与之相关的附加信息所组成的数据集。数据集有两种基本的类型：解剖数据集和功能数据集。AFNI 在进行数据集处理时在任何时候都是以解剖数据集作为背景，再将功能数据集叠加到解剖数据集上。
对于功能数据集，它有5 种类型：fim、fith、fico、fitt和fift。其中各个类型的具体解释如下：
(注：f为function功能，i为intensity强度，th表示threshold阈值，co表示correlation相关，tt表示t-test，ft表示F-test)
fim 表示功能强度，每个体素用一个值表示。
fith 表示功能强度及阈值，每个体素用2 个值表示，第一个值表示―强度‖，第二个值表示阈值，用来表示哪一个点是激活点。
fico 表示功能强度及相关性，每个体素用2 个值表示，第一个值表示―强度‖，第二个值表示相关系数( -1.0 到1.0 之间) ，当给出一个显著性值p 时，确定激活点。
fitt 表示功能强度及t-test，每个体素用2 个值表示，第一个值表示―强度‖，第二个值是t 检验值，当给出一个显著性值时，确定激活点。
fift 表示功能强度及F-test ，每个体素用2 个值来表示，第一个值表示强度，第二个值是F检验值，当给出一个显著性值时，确定激活点。
对应于每个体素的值，可以有4 种数据类型:byte、short、float和complex。
Byte型为8位有符号整数，表示范围为0~255，最多有3位有效数字；
Short型为16位有符号整数，表示范围为-32768~32767，最多有5位有效数字；
Float型为32位实数，最多有7位有效小数。
在AFNI 中，数据集存储为两种类型的文件：头文件(header) 和块文件(brick) 。
所有的数据集都有规定的命名方式，其基本形式是：prefix + view. NAME。
prefix 由用户指定；―+ view‖表示数据集的显示形式(坐标系)，由AFNI自动生成，通常有3 种类型即：+orig，+acpc，+tlrc，分别表示原始数据、ACPC和Talairach坐标系。NAME 可为BRIK或HEAD。
块文件存储了所有的3D 原始数据(Brick)及由AFNI程序计算衍生的统计参数数据。
头文件包含了所有的辅助信息，它提供了解释块文件的所有信息，以ASCII 的形式存储。通常包含以下信息：
(1) 每个体素x，y，z方向的大小(mm)；
(2) 数据集的轴向：例如，X-axis为R-L，
Y-axis为AP，Z-axis为I-S，则为水平层面；
(3) 数据集在扫描坐标的定位；
(4) 3D数据集每个sub-brick之间的时间间隔
3D+time数据集为fMRI的基本数据集；
(5) 统计结果衍生的功能数据集，头文件包括与统计方法有关的参数，如t-test、F-test的自由度。
2.2数据集的存储
然而，并不是每一个数据集都必须包含一个BRIK文件。当需要时图像的显示可以由真正含有.BRIK文件的父数据集变换而来。这种功能称为―Warp-on-Demand‖，如空间标准化时生成的Talairach图像。
在程序设计时,图像数据集数组可以有两种方式实现存储。一种是使用malloc函数分配内存空间，另一种是使用UNIX 的mmap 函数。mmap 函数直接将.BRIK文件映射到内存地址空间。这种映射是以只读方式实现。
2.3数据集块和子数据集块
一个数据集可以含有一个或多个3D 数据集子块(sub-bricks)。例如，一个3D+time数据集本质上是由包含3D 数据集子块构成的数组，每一个时间点的数据可以是一个数据集子块(sub-brick)；又如，一个bucket数据集也是由多个
3D 数据集子块组成。
2.4 集合或路径(session)
包含一系列数据集的路径称为一个session，AFNI 只读取形式为*. HEAD 和*. BRIK 的文件。也就是说，只能在某一个实际路径中运行AFNI。
所有存放在同一session的数据集，如果显示格式相同，则认为x,y,z坐标是配准的。所以可将一数据集(常为功能数据集)重叠在另一数据集上(常为解剖数据集)，即使其轴向和体素大小不一致。
通常，在同一session目录中，是从一个被试一次扫描session中获得及其衍生的数据，通常包括：
(1) 解剖参考数据集(SPGR 或MP-RAGE)；
(2) 10~20个3D+time EPI function runs；
(3) 从3D+time数据集计算获得的统计数据集，用来显示激活；
(4) 从orig转换至tlrc的数据集，用于被试间的比较。
2.5 文件类型
AFNI除能识别BRIK和HEAD文件外，还可以识别下列文件格式：
ANALYZE (.hdr/.img file pairs)：SPM, FSL所使用的格式；
MINC (.mnc)：MNItools所使用的格式；
CTF (.mri, .svl)：MEG analysis volumes；
NIfTI-1 (.nii)：一个新的由AFNI, SPM, FSL, and BrainVoyager达成协议的标准格式；
ASCII text (.1D)：按列排放的数字，如刺激处理参数。
3 AFNI的交互界面
3.1 启动AFNI
将当前目录切换至数据集所在目录，直接键入AFNI启动界面。AFNI从当前目录读取数据集。
AFNI –dir1 dir2 则AFNI可从列出的目录中读取数据；
AFNI –R 则AFNI可从当前目录及其所有子目录读取数据集。(-Recursively，递归地)
3.2 AFNI界面
(1) 主界面(下图)
通常，坐标系都是按RAI的次序(DICOM标准)，x = Right (negative) to Left (positive)，y = Anterior (negative) to Posterior (positive)，z = Inferior (negative) to Superior (positive)。
通常，通过Switch Underlay
选择高分辩率的解剖数据集，而
通过Switch Overlay选择低分辩
率的功能数据集(并且根据需要
插值至解剖像分辩率和翻转至
解剖像轴像)。
(2) Define OverLay窗口(右图)
(3) Define DataMode窗口(下图)
Plug-ins 功能(具体功能见后面的数据分析步骤)
(4) 图像和图表窗口
图像(Image)窗口
Disp用于改变显示方式，Mont (Montage)用于对Slice进行剪切(顾名思义，同电影剪切一样)，如同时显示2行4例，再设置一定的间距(spacing)，可以美观地显示结果。
图表(Graph)窗口
其中，Opt用于控制显示选项，FIM用来提供对功能数据集的交互的统计计算(详见后述)。
(5) 其它窗口(如to3d, Draw Dataset, Render等)，分别见后面数据分析步骤。
3.3 在Batch模式下使用AFNI命令
3.4 AFNI的Plug-ins(见上述)
4. 数据分析基本原则
(请参考PDF文件)
5数据处理基本步骤
(1) 原始功能像的重建(reconstruction of raw functional images) (P-files)
(2) 转换成AFNI格式(conversion to AFNI format)
(3) 功能像层面时间校正和运动校正(slice timing correction and motion correction of functional images)
(4) 功能像的时间域滤波(temporal filtering of functional images)
(5) 功能像的空间平滑(spatial blurring of functional images) <可选>
去除头皮外伪影、时间序列时间点数据的标准化(difference/mean)、多个run的数据连接及去线性漂移可在该步骤后进行。
(6) 单个被试通用线性模型分析(single-subject analysis with GLM)及结果显示
可以对得到的图像进行提取clusters、渲染(render)及剪辑(montage)，以达到最美观的效果。
(7) 变换至Talairach坐标系(/空间归一化或标准化)(Talairach transforming /Spatial normalization)
(8) 统计图的空间平滑(spatial blurring of statistical map) <可选>
(9) 各被试统计图的组分析(Group analysis of individual statistical maps)
在整个分析过程中，我们应该利用AFNI优秀的可视化功能对数据进行visual check。
5.1 原始功能像的重建
Scanner保存的功能数据通常以K空间形式。也就是说，数据实际上是图像数据的Fourier变换。可使用epirecon将K 空间的图像进行Fourier变换生成图像。Epirecon也可以进行对不同类型的图像变形做校正。另外除了直接调用epirecon外，还可以调用sip程序，通过sip再转而调用epirecon。Sip程序同时建立一些标准的目标和日志文件，这些在以后的分析和调试中都十分用用。
其它一些与图像重建及格式转换有关的软件包括：MRIcro, ezdicom, dicom2, etc.
有关DICOM图像标准，参见附录1。
5.2 转换成AFNI格式(with program to3d)
记录实验日志很重要，这对数据分析很有帮助。
(1) 复制图像文件、排序
将光盘中的数据复制到硬盘并分类。
(笔者注：一般可根据文件大小确定图像类别，如通常最大的文件为功能像，因为它同时包含多个层面，并且文件数通与时间点数一致；其次中等大小的文件为3D像，因为其分辨率较高，通常为128个；最小的文件为解剖像，通常为20个。将三种类别的图像分别分类放到3个目录中，分别起直观简洁的目录名，如xx-epi, xx-3d, xx-ana，xx为被试名称或ID。)
3D像(spoiled grass, SPGR)：128 items；
解剖像(FSE ? )：20 items
(注：以扫描所得的层面数而定)
功能像(EPI): 如果是多个run就可以命名为run1, run2, … …，文件数通常与TRs数目一致。
举例，在记录fMRI研究中，实验设计为：
提示实验开始(2s)-- 系统饱和>[提示(2s)-->呈现记忆材料(40s)-->提示(2s)-->回忆(30s)-->提示(2s)-->基线
(20s)]-->结束(2~6s)
―[……]‖中步骤重复6次。
TR为2s，则共有299个时间点，则有299个图像文件。
由于描扫方式不同(如隔行扫描)，所以生成的图像文件需要进行重新排序，可以用dicom2文件查看图像并生成包括头信息的同名txt文件，再用rnxpc程序进行排序。(rnxpc源程序参见附录2)
(2) 使用t3d创建解剖数据集(SPGR的3D像和FSE解剖像)
(笔者注：各厂商生产的Scanner，原始文件名称不同，如GE的I.*文件和Simense 的*.IMA文件)
进入已经排序的3D或解剖像目录(cd xx-3d或cd xx-ana)后，直接键入to3d *，出现to3d程序界面：
该例中，to3d已从图像文件的头信息获得必需的信息，所以不需再进行参数调整，只需在窗口的底部填写session directory(session目录)和prefix(前缀)。(笔者注：可点击View Images按钮查看图像)
对于无头信息的裸图像(naked images)，则需进行参数设置，这时记录翔实的实验日志非常关键。执行to3d命令后出现界面：
上图黄色矩形框中的警告文字表示发现图像中有负值，需点击Byte Swap [2]按钮进行转换(未转换前的图像如下图示)。
出现这种现象是因为Intel/Linux和Sun/SGI系统使用的数字内码的不同。
另外，在窗口上部需填写一些信息，左面为数据集的轴向信息，中间为体素(像素)和视野的大小，右面为每一轴向第一层面的位移。轴向信息可由查看图像窗口获知(横跨屏幕的为x轴,上下方向为y轴, z轴可通过滑动图像窗口下部的slider确定)；体素和体素大小及层面位移需根据实验日志填写。
对于3D(SPGR)像，选择irregular(即x,y,z各不同)；对于功能像(EPI)和解剖(SE)像，选择square(即x=y,需填写z 方向体素大小)。
(3) 使用to3d创建功能数据集(EPI)
功能数据集是EPI 3D+time数据集。需要指定一些参数才能运行，命令行如下：
to3d –time:zt nz nt TR tpattern (e.g. to3d –time:zt 20 299 2s altplus)
*笔者注：层面通常先以space (z)排序，再以time (t)排序；-time:zt就表示如此，20为全脑的层面数，299为时间序列的帧数(时间点数或TRs)；根据实验具体参数略有不同。2s为重复时间(TR)，如果填写0，则为从头信息读取。altplus 为数据获取方式，可分为正向间隔获取(altplus/alt+z)、逆向间隔获取(altminus/alt-z)、正向顺序获取(seqplus/seq+z)、逆向顺序获取(seqminus/seq-z)和同时获取(simult)等。其它的包括zero(3D扫描)和@filename时间模式包含在文件中)。其中alt为alternatively, seq为sequentially。(对于排列方式未知的图像，可用aiv命令查看)
另X轴方向应设为右到左(R--L)；Y轴设为从前到后(A—P)；Z轴设为从下到上(I—S)(RAI坐标系)。AFNI并不能识别左右侧，因此对新机器或左右侧信息对研究具有重要意义的数据，在采集时做标记，如在左侧贴上几颗鱼肝油丸。
设置好各参数后，选择Save Dataset将出现下面的窗口：
窗口中指出奇异值(outliers, 即与同一时间序列中其它数据点显然不同的值)；通常早期的outlier可能是长轴磁场饱和至稳态值之前的瞬时效果导致；而以后的则可能由头动、scanner故障导致。
5.3 功能像层面时间校正和运动校正
(1) 时间校正
对于一个给定的脑体积，每个层面图像获取时间稍有不同。层面的精确时间依赖于成像的设置。通常，层面以顺序获取，或以隔行获取(偶数行先获取，然后再奇数行)的方式进行。尤其是在后者，相邻层面的时间位移将导致相邻层面的信号变化显著，尤其是在事件相关实验设计中。虽然，这样的差异不会影响个别的体素分析，但任何涉及层面间功能时间序列平均、插值的处理过程将会受层面时间差异的影响。
这些处理过程包括3维空间平滑、cluster平均、运动校正以及空间标准化(e.g. to Talairach space)。当对功能数据集进行任一上述处理时，就需要对层面时间差异进行校正。在AFNI中，可以使用命令3dTshift实现，但一个更简单地方法就是在进行运动校正时使用-tshift选项(见下面的例子)。时间校正在运动校正前进行，因为运动校正涉及邻近层面的插值，如果邻近层面存在时间差异会使插值不准确。
Usage: 3dTshift [options] dataset
将输入数据集的体素时间序列进行移位，从而使各层面对齐到相同时间原点(temporal origin)。默认地，使用头文件中的层面间移位信息(slice-wise shifting information)(由to3d程序输入的‖tpattern‖信息)。
?插值(interpolate) ?方法: 去除趋势(detrend) 恢复趋势(retrend)
输入数据集可以接一个子数据块选择器(参考3dcalc –help)
输出数据集时间序列将重新插值至新的时间格(temporal grid)，这也许不是分析数据的最好方法，但非常便利。
注意：
* 请注意混叠(aliasing)现象：超过1/(2*TR)以上的频率不能被正确的插值。对于绝大多数3D fMRI数据，这意味心率和呼吸频率不能在该程序中被正确的处理。
* 对于高速fMRI 成像的开始的图像通常与较后的图像具有不同的质量，因为纵向磁化至稳态值之间的瞬时效果(如前所述的outlier)。这些图像应该不要包括在插值范围内。举例，如果你希望排除刚开始的4个图像，那么输入的数据集应按‘prefix+orig[4..$]‘形式指定。或者，可以使用‘-ignore ii‘选项。
* 最好在3dvolreg之前使用3dTshift。
Options:
-verbose = 在程序运行的时候显示一些信息
-TR ddd = 用'ddd' 作为TR值, 而不使用包含在数据集头信息内的值。可以附后缀's' 或'ms'
分别表示秒和毫秒
-tzero zzz = 配准每个层面的时间们移为'zzz'; 'zzz' 值必须介于最小和最大位移之间
注: 默认配准时间为'tpattern' 值均值(来自数据集头信息或-tpattern选项)
-slice nnn = 配准每个层面的位移为'nnn' 层面的时间位移
注：选项-tzero或-slice只能用1个
-prefix ppp = 用'ppp' 作为输出文件的前缀。默认是'tshift'
-ignore ii = 忽略最前面'ii' 个时间点(points)(默认ii=0)。最初的ii个值在输出文件中不发生改变
(不管-rlt选项)；也不会用于detrending 和time shifting
-rlt or –rlt+ = 在位移前，去除每个时间序列的均值和线性趋势。默认在位移后再加回这些值。
-rlt表示在输出中去除这些值；而-rlt+表示在输出中只加回均值。
-Fourier|linear|cubic|-quintic|heptic表示采用傅立叶或一、三、五、七次拉格郎日多插项插值方法
-tpattern ttt = 使用'ttt' 作为时间模式, 而不采用输入的数据文件头信息中包含的时间模式。
tpatter的定义可以为altplus(=alt+z), altminus(=alt-z), seqplus(seq+z), seqminus(seq-z),
@filename
举例：如果nz = 5, TR = 1000, 那么inter-slice time为dt = TR/nz = 200。在这个例子中，层面位移为下列数字：S L I C E N U M B E R
Tpattern 0 1 2 3 4 Comment ————————————————————————————
altplus 0 600 200 800 400 Alternating in the +z direction
alt+z2 400 0 600 200 800 Alternating, but starting at #1
altminus 400 800 200 600 0 Alternating in the -z direction
alt-z2 800 200 600 0 400 Alternating, starting at #nz-2
seqplus 0 200 400 600 800 Sequential in the -z direction
seqplus 800 600 400 200 0 Sequential in the -z direction ——————————————————————————————
如果使用@filename作为tpattern, 那么nz个以ASCII码存储的数字从文件中读取，并作为每个层面的时间位移(offsets)。
输入数据集可以是：
'r1+orig[3..5]' {sub-brick selector}
'r1+orig<100.200>' {sub-range selector}
'r1+orig[3..5]<100..200>' {both selectors}
'3dcalc( -a r1+orig -b r2+orig -expr 0.5*(a+b) )' {calculation}
(2) 运动校正
将不同方式和不同时间获取的图像进行对齐，从而利于体素-体素(voxel-by-voxel)比较。这样功能时间序列将更少地受被试运动的影响；如果图像正确的校正的话，可以比较不同session的结果。
绝大多数图像校正都使用pairwise alignment方法。即给出一个基准图像(base image)J(x)和一个要进行校正的图像(target image)I(x)，寻找一种几何变形(geom. transformation)T[x]，使得I(T[x])≈J(x)。
T[x]依赖于一些参数：目标是寻找一些参数使得变换后的I与J最拟合。为校正整个时间序列，每个3D Volume In(X)都通过自己的变换Tn[X]进行与J(x)配准，n=0,1,…；所以结果也是一个时间序列In(Tn[X])，用户必须选择基准图像J(x)。
绝大多数图像校正都需进行3种算法选择：如何测量I(T[x])和J(x)之间的误差E？如何调正T[x]的参数使得E最小？如何对I(T[x])进行插值至J(x)的网格(grid)？
在fMRI图像处理过程中，刚体模型配准问题可以分为两步：(1)刚体模型：首先通过迭代法估计出描述空间坐标之间变换参数的最佳值，然后用这些参数对需要配准的图像进行空间变换和必要的内插处理。(2) 图像重取样(re-sample)：图像重取样是决定变换到新的空间坐标之后每个体元的值。经过变换之后的体元位置大多数情况下不是正好一个体元位置，所以需要通过插值法重新取样。方法包括取最相邻体元的值(0阶重取样)或多点线性插值(一阶重取样)。几种插值方法可以使用，默认的是Fourier，最准确但速度最慢。其它的有1, 3, 5, 7次拉格郎日多项式插值(linear, cubic, quintic and heptic)。
目前的AFNI程序通过灰度(强度)值进行图像的配准。
E=平方差的加权和= Sx w(x) ? {I(T[x]) - J(x)}2
EPI, 但SPGR和EPI之间不行。?SPGR, EPI?所以只对类似的图像可以进行配准，如SPGR
□ 3D Registration?Plugins?3dvolreg或Define Datamode
用来对3D volume(sub-brick)进行对齐。T[x]有6个参数：R-L, A-P, I-S轴的位移及沿I-S, R-L, A-P轴的旋转(分别对应于Roll, Pitch, Yaw)。常用于session内(intra-session)和session间(inter-session)的对齐。对于发生在单个TR(2-3s)内的运动则无法校正。
Usage: 3dvolreg [optinos] dataset
e.g. 3dvolreg -base 4 -heptic -clipit -zpad 4 -prefix fred1_epi_vr -dfile fred1_vr_dfile fred1_epi+orig
-base 4 T 选择输入数据集(fred1_epi+orig)的子数据块(sub-brick) #4作为基准图像J(x)
也可以写成-base fred1_epi+orig[4]。可以使用不同的图像作为基准图像，但大多数情况下，
但最好使用最靠近解剖像扫描的时间点，因为这时描扫参数相似。
-heptic T 选择7次拉格郎日多项式插值方法(见前述)
-clipit T 将负的体素值设为0(注：负值是由于高次插值方法导致的伪影)
-zpad 4 T 在进行shift/rotation前，将每个耙图像(target image, 即I(x))垫0四层(Zero padding)，最后再去掉。对于Fourier插值法，Zero padding非常需要。同样多项值插值方法也适合，因为如果有较大的旋转，如果不垫0的话将会有数据丢失
-prefix fred1_epi_vr T 指定输出文件的前缀
-dfile fred1_vr_dfile T 将估计的运动参数输出至指定的1D 文件(以后可使用1dplot绘图显示)
为查看是否有较大的平移和旋转，可以查看运动参数文本文件：
1dplot -volreg -dx 5 -xlabel Time ?fred1_vr_dfile[1..6]‘
( [1..6] 指出运动参数文件中6 列包括平移和旋转的估计值)
可以看出，在160s附近有最大的运动，因为被试在此时刻头动了一下。
3dvolreg可以相当好地处理小的运动(motion)，但是较大的运动(> 1mm) 不能被正确地校正。可以用AFNI查看运动校正后的数据集看是否是这样。时间序列会显示什么样(i.e. 是否有运动有关的数据不连续点)? 沿着时间轴是否还有明显的运动?
3D?Plugins?同样的操作，可以通过点击Define DateMode Registration完成，界面如下：
Datasets用于选择输入和输出数据集；Parameters用于选择基准图像和Resampling插值方法；Outputs用于指出1D输出文件名称。填写完毕，点击Run+Close即可。
□ 2D?Plugins?2dImReg或Define Datamode Registration
2dImReg用于对齐2D层面图像。T[x]有3个参数(x-, y-轴的位移和z-轴的旋转)。对于矢状面的EPI扫描，如果被试点头的运动快于TR，则无法被3dvolreg校正，所以只能用2dImReg校正。如果有可能的话，在3dvolreg之后再运行2dImReg去除点头运动非常有意义。
2dImReg使用比较简单：
2dImReg -input fred2_epi+orig -basefile fred1_epi+orig -base 4 -prefix fred2_epi_2Dreg
2dImReg的功能同样可由Plugins来完成，点击2D Registration, 出现界面如下：
同3D Registration，分别选择输入和输出数据集有基准图像，点击Run+Close即可。
□ 同被试不同session之间的校正(对同一被试进行持续多日的研究)
如果进行纵向研究或对长时期神经行为(如Learning)的研究，则需进行inter-session registration。Session之间的变换通过计算每个Session高分辩率的解剖像来实现。因为to3d可以定义1个session内EPI和SP-GR之间关系；而3dvolreg可以计算不同session间的关系；所以可以将EPI数据集从session 2转换至sessoin 1的轴向。
Inter-session校正存在的问题：
a. 被试的头放置位置不同(方向和定位都不同)；所以xyz坐标和解剖位置都不对应。(如下图，Day 1和Day 2的层面位于同一体素的并非同一组织，需进行旋转，然后进行平移。
b. 扫描覆盖的解部结构不同。
c. EPI和SPGR之间的几何关系在不同session之间不同。
d. 层面厚度也可能不同(不过可以尽量避免此点)。
如下图，进行旋转时还需要注意一个问题，即旋转的原点应该相同(以SPGR 中心)，否则需要先进行中心平移。
上述问题的解决方案：
a. 在旋转后再加上适当的平移(on top of熟练掌握, 在...之上, 另外, 紧接着)；
允许不同天进行的实验(E1-E2)之间进行xyz方向的平移，以及EPI和SPGR之间(E1-S1和E2-S2)的中心平移(center shifts)
b. 将EPI数据集垫加(pad)额外的层面(zeros slices)，这样进行对齐的数据集可以包含所有session的所有数据
c 对数据集进行Zero padding可在to3d(创建数据集)时进行，也以后使用3dZeropad进行
d 3dvolreg和3drotate可以进行zero pad 从而使输出符合网格父数据集(―grid parent‖ dataset)的大小和位置。
进行intra-subject S2-to-S1变换的步骤
a. 计算S2-to-S1的变换关系
3dvolreg –twopass –clipit –zpad 4 –base S1+orig –prefix S2reg S2+orig
b. 旋转/位移参数保存在S2reg+orig.HEAD文件中
c. 如果以前没有做(e.g. in to3d)，对E1数据集进行Zero pad
3dZeropad –z 4 –prefix E1pad E1+orig
d. 对E1数据集进行intra-session校正
3dvolreg –clipit –base ?E1pad+orig[4]‘ –prefix E1reg E1pad+orig
e. 对E2数据集进行intra-session校正，同时进行大的旋转/位移校正至Session的坐标系(需要的信息存在
S2reg+orig.HEAD)
3dvolreg –clipit –base ?E2+orig[4]‘ –rotparent S2reg+orig –gridparent E1reg+orig –prefix E2reg E2+orig
注：-rotparent 告知inter-session变换关系从哪获得
-gridparent 定义输出的新数据集的网格位置及大小
输出数据集将取决于E1reg+orig的需要进行平移和Zero padded
上面讨论的步骤没有考虑不同层面厚度(EPI and/or SPGR)时的问题。最好的解决方案是在扫描时尽量对同一类型图像使用相同的层面厚度；当然，如果没有做到这一点，可以使用3dZregrid对数据集进行线性插值，从而具有相同的厚度。
上面的步骤也没有考虑存在头信息内(from to3d, e.g. ?alt+z‘)的层面依赖的时间位移。在插值至新的旋转后的网格时，体素的值再也不能说来自某一特定的时间位移，因为来自不同层面的数据集将集合在一起。在做空间插值之前，首先对数据集进行时间位移至共同的时间原点非常有意义。时间位移可以使用3dTshift或3dvolreg –tsihft完成。
5.4 功能像的时间域滤波
数据可以在线性模型拟合前使用3dFourier进行时间域的过滤，将会对时间序列进行相当严格的频率域过滤。Usage: 3dFourier [options] dataset (Afni 3d+time 数据集)
-prefix 新的输出3d+time数据集名称[默认为fourier]
-lowpass f 低通滤波的界值(f Hz)
-highpass f 高通滤波的界值(f Hz)
-ignore n 忽略最开始的n个图像[默认为1]
-retrend 任何均值和线性趋势在滤波前去除，在滤波后再恢复
注: lowpass和highpass可以一起用，构建成band-pass。
例：3dFourier -prefix run_1_vr_lp -lowpass 0.05 -retrend run_1_vr+orig
低通(low pass)滤波界值(cutoff value)是基于输入刺激模型的频率谱(i.e. the 1D files)，如下图(图像经过反转色彩)。
时间滤波在线性模型拟合前平滑数据，而提供更好的模型拟合。
在选择频率界值时应该保守一点，并在时间滤波后用AFNI查看时间序列。
5.5.a 功能像的空间平滑
在一些时间点，你可能想对你的数据进行空间平滑(smooth)或模糊(blur)。因为两个原因。一是许多平滑操作及空间平滑趋向于平均图像中的较高空间频率噪声，因此，具有较大范围的激活区域仍然保存，但一些较小范围的激活被去除。二是集合被试间的数据之前，需要进行空间模糊(blurring)，因为脑解剖结构即使在标准化至标准脑空间(Talairach)后也存在差异，因此它们的功能激活区有可能并不精确重叠。
在数据处理过程中主要有三个步骤可以进行空间平滑。数据在重建(如使用hamming或fermi filter选项)时可被平滑。这样做具有优势：在它们进行进一步处理前消除不需要的噪声或伪影。然而，在重建过程中的空间平滑是层面内的(in-plane)。也就是说，它为每个脑层面独立应用平滑，因此不考虑层面间的不需要的较高空间频率噪声，也没有对被试间层面方向的功能激活配准产生帮助。
第2个可以进行空间平滑的时间是恰在第1次各被试内数据统计分析前。这是(必须)使用原始数据时间序列的最后阶
Spring Security-3.0.1 中文官方文档（翻译版） 这次发布的Spring Security-3.0.1 是一个bug fix 版，主要是对3.0 中存在的一些问题进行修 正。文档中没有添加新功能的介绍，但是将之前拼写错误的一些类名进行了修正，建议开发者以这一版本的文档为参考。 另：Spring Security 从2010-01-01 以后，版本控制从SVN 换成了GIT，我们在翻译文档的时候，主要是根据SVN 的变化来进行文档内容的比对，这次换成GIT 后，感觉缺少了之前那种文本比对工具，如果有对GIT 熟悉的朋友，还请推荐一下文本比对的工具，谢谢。 序言 I. 入门 1. 介绍 1.1. Spring Security 是什么？ 1.2. 历史 1.3. 发行版本号 1.4. 获得Spring Security 1.4.1. 项目模块 1.4.1.1. Core - spring-security-core.jar 1.4.1. 2. Web - spring-security-web.jar 1.4.1.3. Config - spring-security-config.jar 1.4.1.4. LDAP - spring-security-ldap.jar 1.4.1.5. ACL - spring-security-acl.jar 1.4.1.6. CAS - spring-security-cas-client.jar 1.4.1.7. OpenID - spring-security-openid.jar 1.4. 2. 获得源代码 2. Security 命名空间配置 2.1. 介绍 2.1.1. 命名空间的设计 2.2. 开始使用安全命名空间配置 2.2.1. 配置web.xml 2.2.2. 最小
2．1、Spring Web MVC是什么 Spring Web MVC是一种基于Java的实现了Web MVC设计模式的请求驱动类型的轻量级Web框架，即使用了MVC架构模式的思想，将web层进行职责解耦，基于请求驱动指的就是使用请求-响应模型，框架的目的就是帮助我们简化开发，Spring Web MVC也是要简化我们日常Web开发的。 另外还有一种基于组件的、事件驱动的Web框架在此就不介绍了，如Tapestry、JSF等。 Spring Web MVC也是服务到工作者模式的实现，但进行可优化。前端控制器是DispatcherServlet；应用控制器其实拆为处理器映射器(Handler Mapping)进行处理器管理和视图解析器(View Resolver)进行视图管理；页面控制器/动作/处理器为Controller接口（仅包含ModelAndView handleRequest(request, response) 方法）的实现（也可以是任何的POJO类）；支持本地化（Locale）解析、主题（Theme）解析及文件上传等；提供了非常灵活的数据验证、格式化和数据绑定机制；提供了强大的约定大于配置（惯例优先原则）的契约式编程支持。 2．2、Spring Web MVC能帮我们做什么 √让我们能非常简单的设计出干净的Web层和薄薄的Web层； √进行更简洁的Web层的开发；
√天生与Spring框架集成（如IoC容器、AOP等）； √提供强大的约定大于配置的契约式编程支持； √能简单的进行Web层的单元测试； √支持灵活的URL到页面控制器的映射； √非常容易与其他视图技术集成，如Velocity、FreeMarker等等，因为模型数据不放在特定的API里，而是放在一个Model里（Map数据结构实现，因此很容易被其他框架使用）； √非常灵活的数据验证、格式化和数据绑定机制，能使用任何对象进行数据绑定，不必实现特定框架的API； √提供一套强大的JSP标签库，简化JSP开发； √支持灵活的本地化、主题等解析； √更加简单的异常处理； √对静态资源的支持； √支持Restful风格。 2．3、Spring Web MVC架构
java基础教程:Java基础 疯狂代码 https://www.doczj.com/doc/7815873112.html,/ ?:http:/https://www.doczj.com/doc/7815873112.html,/BlogDigest/Article75483.html Java简介 Java是由Sun Microsystems公司于1995年5月推出的Java程序设计语言（以下简称Java语言）和Java平台的总称。用Java实现的HotJava浏览器（支持Java applet）显示了Java的魅力：跨平台、动态的Web、Internet计算。从此，Java被广泛接受并推动了Web的迅速发展，常用的浏览器现在均支持Java applet。另一方面，Java技术也不断更新。 Java平台由Java虚拟机（Java Virtual Machine）和Java 应用编程接口（Application Programming Interface、简称API）构成。Java 应用编程接口为Java应用提供了一个独立于操作系统的标准接口，可分为基本部分和扩展部分。在硬件或操作系统平台上安装一个Java平台之后，Java应用程序就可运行。现在Java平台已经嵌入了几乎所有的操作系统。这样Java程序可以只编译一次，就可以在各种系统中运行。Java应用编程接口已经从1.1x版发展到1.2版。目前常用的Java平台基于Java1.4，最近版本为Java1.7。 Java分为三个体系JavaSE(Java2 Platform Standard Edition，java平台标准版 )，JavaEE(Java 2 Platform,Enterprise Edition，java平台企业版)，JavaME(Java 2 Platform Micro Edition，java平台微型版)。 2009年04月20日，oracle（甲骨文)宣布收购sun。 1991年，Sun公司的James Gosling。Bill Joe等人，为电视、控制考面包机等家用电器的交互操作开发了一个Oak（一种橡树的名字）软件，他是Java的前身。当时，Oak并没有引起人们的注意，直到1994年，随着互联网和3W的飞速发展，他们用Java编制了HotJava浏览器，得到了Sun公司首席执行官Scott McNealy的支持，得以研发和发展。为了促销和法律的原因，1995年Oak更名为Java。Java的得名还有段小插曲呢，一天，Java小组成员正在喝咖啡时，议论给新语言起个什么名字的问题，有人提议用Java（Java是印度尼西亚盛产咖啡的一个岛屿），这个提议得到了其他成员的赞同，于是就采用Java来命名此新语言。很快Java被工业界认可，许多大公司如IBM Microsoft.DEC等购买了Java的使用权，并被美国杂志PC Magazine评为1995年十大优秀科技产品。从此，开始了Java应用的新篇章。 Java的诞生时对传统计算机模式的挑战，对计算机软件开发和软件产业都产生了深远的影响： （1）软件4A目标要求软件能达到任何人在任何地方在任何时间对任何电子设备都能应用。这样能满足软件平台上互相操作，具有可伸缩性和重要性并可即插即用等分布式计算模式的需求。 （2）基于构建开发方法的崛起，引出了CORBA国际标准软件体系结构和多层应用体系框架。在此基础上形成了Java.2平台和.NET平台两大派系，推动了整个IT业的发展。 （3）对软件产业和工业企业都产生了深远的影响，软件从以开发为中心转到了以服务为中心。中间提供商，构件提供商，服务器软件以及咨询服务商出现。企业必须重塑自我，B2B的电子商务将带动整个新经济市场，使企业获得新的价值，新的增长，新的商机，新的管理。 （4）对软件开发带来了新的革命，重视使用第三方构件集成，利用平台的基础设施服务，实现开发各个阶段的重要技术，重视开发团队的组织和文化理念，协作，创作，责任，诚信是人才的基本素质。 总之，目前以看到了Java对信息时代的重要性，未来还会不断发展，Java在应用方面将会有更广阔的前景。 ; JAVA-名字起源 Java自1995诞生，至今已经14年历史。Java的名字的来源：Java是印度尼西亚爪哇岛的英文名称，因盛产咖啡而闻名。Java语言中的许多库类名称，多与咖啡有关，如JavaBeans(咖啡豆)、NetBeans(网络豆)以及ObjectBeans (对象豆)等等。SUN和JAVA的标识也正是一杯正冒着热气的咖啡。 据James Gosling回忆，最初这个为TV机顶盒所设计的语言在Sun内部一直称为Green项目。我们的新语言需要一个名字。Gosling注意到自己办公室外一棵茂密的橡树Oak，这是一种在硅谷很常见的树。所以他将这个新语言命名为Oak。但Oak是另外一个注册公司的名字。这个名字不可能再用了。 在命名征集会上，大家提出了很多名字。最后按大家的评选次序，将十几个名字排列成表，上报给商标律师。排在第一位的是Silk(丝绸
spring mvc学习教程(一)-入门实例 引言 1.MVC：Model-View-Control 框架性质的C层要完成的主要工作：封装web请求为一个数据对象、调用业务逻辑层来处理数据对象、返回处理数据结果及相应的视图给用户。 2.简要概述springmvc Spring C 层框架的核心是DispatcherServlet，它的作用是将请求分发给不同的后端处理器，也即使用了一种被称为Front Controller 的模式（后面对此模式有简要说明）。Spring 的C 层框架使用了后端控制器来、映射处理器和视图解析器来共同完成C 层框架的主要工作。并且spring 的C 层框架还真正地把业务层处理的数据结果和相应的视图拼成一个对象，即我们后面会经常用到的ModelAndView 对象。 一、入门实例 1. 搭建环境 在spring的官方API文档中，给出所有包的作用概述，现列举常用的包及相关作用： org.springframework.aop-3.0.5.RELEASE.jar：与Aop编程相关的包 org.springframework.beans-3.0.5.RELEASE.jar：提供了简捷操作bean的接口org.springframework.context-3.0.5.RELEASE.jar：构建在beans包基础上，用来处理资源文件及国际化。 org.springframework.core-3.0.5.RELEASE.jar：spring核心包 org.springframework.web-3.0.5.RELEASE.jar：web核心包，提供了web层接口org.springframework.web.servlet-3.0.5.RELEASE.jar：web 层的一个具体实包，DispatcherServlet也位于此包中。 后文全部在spring3.0 版本中进行，为了方便，建议在搭建环境中导入spring3.0 的所有jar 包（所有jar 包位于dist 目录下）。 2.编写HelloWorld实例 步骤一、建立名为springMVC_01_helloword，并导入上面列出的jar 包。 步骤二、编写web.xml配置文件，代码如下：
Spring开发教程 Spring教程 (1) Spring框架概述 (2) Spring是什么？ (2) Spring的历史 (3) Spring的使命（Mission Statement） (3) Spring受到的批判 (3) Spring包含的模块 (4) 总结 (5) Spring的IoC容器 (6) 用户注册的例子 (6) 面向接口编程 (7) （用户持久化类）重构第一步——面向接口编程 (8) 重构第二步——工厂（Factory）模式 (9) 重构第三步——工厂（Factory）模式的改进 (9) 重构第四步－IoC容器 (10) 控制反转（IoC）/依赖注入（DI） (10) 什么是控制反转/依赖注入？ (10) 依赖注入的三种实现形式 (11) BeanFactory (13) BeanFactory管理Bean（组件）的生命周期 (14) Bean的定义 (15) Bean的之前初始化 (19) Bean的准备就绪（Ready）状态 (21) Bean的销毁 (21) ApplicationContext (21) Spring的AOP框架 (21) Spring的数据层访问 (21) Spring的声明式事务 (21) Spring对其它企业应用支持 (22)
名词解释 容器： 框架： 框架 容器 组件： 服务： Spring框架概述 主要内容：介绍Spring的历史，Spring的概论和它的体系结构，重点阐述它在J2EE中扮演的角色。 目的：让学员全面的了解Spring框架，知道Spring框架所提供的功能，并能将Spring 框架和其它框架（WebWork/Struts、hibernate）区分开来。 Spring是什么？ Spring是一个开源框架，它由Rod Johnson创建。它是为了解决企业应用开发的复杂性而创建的。Spring使用基本的JavaBean来完成以前只可能由EJB完成的事情。然而，Spring 的用途不仅限于服务器端的开发。从简单性、可测试性和松耦合的角度而言，任何Java应用都可以从Spring中受益。 ?目的：解决企业应用开发的复杂性 ?功能：使用基本的JavaBean代替EJB，并提供了更多的企业应用功能 ?范围：任何Java应用 简单来说，Spring是一个轻量级的控制反转(IoC)和面向切面(AOP)的容器框架。 ■轻量——从大小与开销两方面而言Spring都是轻量的。完整的Spring框架可以在一个大小只有1MB多的JAR文件里发布。并且Spring所需的处理开销也是微不足道的。此外，Spring是非侵入式的：典型地，Spring应用中的对象不依赖于Spring的特定类。 ■控制反转——Spring通过一种称作控制反转（IoC）的技术促进了松耦合。当应用了IoC，一个对象依赖的其它对象会通过被动的方式传递进来，而不是这个对象自己创建或者查找依赖对象。你可以认为IoC与JNDI相反——不是对象从容器中查找依赖，而是容器在对象初始化时不等对象请求就主动将依赖传递给它。 ■面向切面——Spring提供了面向切面编程的丰富支持，允许通过分离应用的业务逻辑与系统级服务（例如审计（auditing）和事务（）管理）进行内聚性的开发。应用对象只实
Spring基础入门 一、基础知识 1.依赖注入、控制反转 依赖注入：在运行期，由外部容器动态地将依赖对象注入到组件中 控制反转：应用本身不负责依赖对象的创建及维护，依赖对象的创建及维护是由外部窗口负责得。这样控制权就由应用转移到了外部容器，控制权的转移就是所谓的反转。 2.spring 的主要特性。 （1）降低组件之间的耦合度，实现软件各层之间的解耦。 （2）可以使用容器提供的众多服务，如：事务管理服务、消息服务、JMS 服务、持久化服务等等。 （3）容器提供单例模式支持，开发人员不再需要自己编写实现代码。 （4）容器提供了AOP 技术，利用它很容易实现如权限拦截，运行期监控等功能。 （5）容器提供的众多辅作类，使用这些类能够加快应用的开发，如：JdbcTemplate、HibernateTemplate. （6）对主流的应用框架提供了集成支持。 3.常用技术 控制反转/依赖注入---面向切入编程---与主流框架的整合、管理--- 二、实例拓展 1.准备搭建环境 dist\spring.jar lib\jakata-commons\commons-loggin.jar 如果使用了切面编程，还需下列jar 文件： lib\aspectj\aspectjweaver.jar 和aspectjrt.jar lib\cglib\cglib-nodep-2.1.3.jar 如果使用了jsr-250 中的注解，还需要下列jar 文件： lib\j2ee\common-annotations.jar 2.搭建并测试环境 建立名为spring_01_base项目，根据需求导入jar包。建立一个Junit测试单元SpringEnvTest，测试代码如下： @Test public void testEnv() { ApplicationContext ctx = new ClassPathXmlApplicationContext("beans.xml"); } beans.xml 配置文件在此省略（见下）。运行此测试如无错，则说明环境搭建成功。 说明：beans.xml 可以在类路径下进行配置，也可以在具体的目录下配置。可以是一个配置文件，也可以是多个配置文件组成String 数组传入。 3.实例 作如下准备工作：（1）建立UseDao接口，代码如下： package com.asm.dao; public interface UserDao { void save(); }
Spring教程 作者：钱安川（Moxie）
Spring教程 (1) Spring框架概述 (3) Spring是什么？ (3) Spring的历史 (4) Spring的使命（Mission Statement） (4) Spring受到的批判 (4) Spring包含的模块 (5) 总结 (6) Spring的IoC容器 (6) 用户注册的例子 (7) 面向接口编程 (8) （用户持久化类）重构第一步——面向接口编程 (8) 重构第二步——工厂（Factory）模式 (9) 重构第三步——工厂（Factory）模式的改进 (10) 重构第四步－IoC容器 (11) 控制反转（IoC）/依赖注入（DI） (11) 什么是控制反转/依赖注入？ (11) 依赖注入的三种实现形式 (12) BeanFactory (14) BeanFactory管理Bean（组件）的生命周期 (15) Bean的定义 (16) Bean的之前初始化 (19) Bean的准备就绪（Ready）状态 (21) Bean的销毁 (21) ApplicationContext (21) Spring的AOP框架 (21) Spring的数据层访问..................................................................................... 错误！未定义书签。Spring的声明式事务..................................................................................... 错误！未定义书签。Spring对其它企业应用支持......................................................................... 错误！未定义书签。 名词解释 容器： 框架： 组件： 服务：
Spring教程
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Spring框架概述 主要内容：介绍Spring的历史，Spring的概论和它的体系结构，重点阐述它在J2EE中扮演的角色。 目的：让学员全面的了解Spring框架，知道Spring框架所提供的功能，并能将Spring 框架和其它框架（WebWork/Struts、hibernate）区分开来。 Spring是什么？ Spring是一个开源框架，它由Rod Johnson创建。它是为了解决企业应用开发的复杂性而创建的。Spring使用基本的JavaBean来完成以前只可能由EJB完成的事情。然而，Spring 的用途不仅限于服务器端的开发。从简单性、可测试性和松耦合的角度而言，任何Java应用都可以从Spring中受益。 ?目的：解决企业应用开发的复杂性 ?功能：使用基本的JavaBean代替EJB，并提供了更多的企业应用功能 ?范围：任何Java应用 简单来说，Spring是一个轻量级的控制反转(IoC)和面向切面(AOP)的容器框架。 ■轻量——从大小与开销两方面而言Spring都是轻量的。完整的Spring框架可以在一个大小只有1MB多的JAR文件里发布。并且Spring所需的处理开销也是微不足道的。此外，Spring是非侵入式的：典型地，Spring应用中的对象不依赖于Spring的特定类。 ■控制反转——Spring通过一种称作控制反转（IoC）的技术促进了松耦合。当应用了IoC，一个对象依赖的其它对象会通过被动的方式传递进来，而不是这个对象自己创建或者查找依赖对象。你可以认为IoC与JNDI相反——不是对象从容器中查找依赖，而是容器在对象初始化时不等对象请求就主动将依赖传递给它。 ■面向切面——Spring提供了面向切面编程的丰富支持，允许通过分离应用的业务逻辑与系统级服务（例如审计（auditing）和事务（）管理）进行内聚性的开发。应用对象只实现它们应该做的——完成业务逻辑——仅此而已。它们并不负责（甚至是意识）其它的系统级关注点，例如日志或事务支持。 ■容器——Spring包含并管理应用对象的配置和生命周期，在这个意义上它是一种容器，你可以配置你的每个bean如何被创建——基于一个可配置原型（prototype），你的bean 可以创建一个单独的实例或者每次需要时都生成一个新的实例——以及它们是如何相互关联的。然而，Spring不应该被混同于传统的重量级的EJB容器，它们经常是庞大与笨重的，难以使用。 ■框架——Spring可以将简单的组件配置、组合成为复杂的应用。在Spring中，应用对象被声明式地组合，典型地是在一个XML文件里。Spring也提供了很多基础功能（事务管理、持久化框架集成等等），将应用逻辑的开发留给了你。 所有Spring的这些特征使你能够编写更干净、更可管理、并且更易于测试的代码。它
Spring3 MVC - 3到Spring MVC框架简介 Spring3 MVC框架简介 Spring MVC是Spring的框架的Web组件。它提供了丰富的功能，为建设强大的Web应用程序。Spring MVC框架的架构，并在这样的高度可配置的方式，每一块的逻辑和功能设计。此外Spring可以毫不费力地与其他流行的Web框架，如Struts，WebWork的，的Java Server Faces和Tapestry集成。这意味着，你甚至可以告诉Spring使用Web框架中的任何一个。比Spring更不紧耦合的servlet或JSP 向客户端呈现视图。喜欢速度与其他视图技术集成，Freemarker的，Excel或PDF现在也有可能。 Spring3.0 MVC系列 ?第1部分：到Spring 3.0 MVC框架简介 ?第2部分：在Spring 3.0 MVC创建Hello World应用程序 ?第3部分：在Spring 3.0 MVC的形式处理 ?第4部分：Spring3 MVC的Tiles Support与Eclipse中的例子插件教程 ?第5部分：Spring3 MVC的国际化及本地化教程与范例在Eclipse ?第6部分：Spring3 MVC示例教程Spring主题 ?第7部分：创建Spring3 MVC Hibernate 3的示例在Eclipse中使用Maven的 在Spring Web MVC，你可以使用任何对象作为命令或表单支持对象，你不需要实现框架特定的接口或基类。Spring的数据绑定是高度灵活的：例如，将验证错误类型不作为应用系统错误，可以通过评估的不匹配。因此，你不必重复你的业务对象的属性，简单的无类型的字符串，在表单对象仅仅是为了处理无效的意见，或正确转换的字符串。相反，它往往是最好直接绑定到业务对象。 请求处理生命周期 Spring的Web MVC框架是，像许多其他Web MVC框架，要求为导向，围绕一个中心的servlet，它把请求分派给控制器，提供其他功能，有利于开发Web应用而设计的。Spring DispatcherServlet DispatcherServlet是Spring IoC容器完全集成，并允许我们使用的每一个Spring的其他功能。
一、理论知识 1.依赖注入、控制反转 依赖注入：在运行期，由外部容器动态地将依赖对象注入到组件中 控制反转：应用本身不负责依赖对象的创建及维护，依赖对象的创建及维护是由外部窗口负责得。这样控制权就由应用转移到了外部容器，控制权的转移就是所谓的反转。 2.spring 的主要特性。 （1）降低组件之间的耦合度，实现软件各层之间的解耦。 （2）可以使用容器提供的众多服务，如：事务管理服务、消息服务、JMS 服务、持久化服务等等。 （3）容器提供单例模式支持，开发人员不再需要自己编写实现代码。 （4）容器提供了AOP 技术，利用它很容易实现如权限拦截，运行期监控等功能。 （5）容器提供的众多辅作类，使用这些类能够加快应用的开发，如：JdbcTemplate、HibernateTemplate. （6）对主流的应用框架提供了集成支持。 3.常用技术 控制反转/依赖注入---面向切入编程---与主流框架的整合、管理--- 二、基本实例 1.准备搭建环境 dist\spring.jar lib\jakata-commons\commons-loggin.jar 如果使用了切面编程，还需下列jar 文件： lib\aspectj\aspectjweaver.jar 和aspectjrt.jar lib\cglib\cglib-nodep-2.1.3.jar 如果使用了jsr-250 中的注解，还需要下列jar 文件： lib\j2ee\common-annotations.jar 2.搭建并测试环境 建立名为spring_01_base项目，根据需求导入jar包。建立一个Junit测试单元SpringEnvTest，测试代码如下： @Test public void testEnv() { ApplicationContext ctx = new ClassPathXmlApplicationContext("beans.xml"); } beans.xml 配置文件在此省略（见下）。运行此测试如无错，则说明环境搭建成功。 说明：beans.xml 可以在类路径下进行配置，也可以在具体的目录下配置。可以是一个配置文件，也可以是多个配置文件组成String 数组传入。 3.实例 作如下准备工作：（1）建立UseDao接口，代码如下： package com.asm.dao; public interface UserDao { void save(); } （2）建立UserDao接口的实现类，UserDaoImpl package com.asm.dao.impl;
尚学堂马士兵Spring文档 课程内容 1.面向接口（抽象）编程的概念与好处 2.IOC/DI的概念与好处 a)inversion of control b)dependency injection 3.AOP的概念与好处 4.Spring简介 5.Spring应用IOC/DI（重要） a)xml b)annotation 6.Spring应用AOP（重要） a)xml b)annotation 7.Struts2.1.6 + Spring2.5.6 + Hibernate3.3.2整合（重要） a)opensessionInviewfilter（记住，解决什么问题，怎么解决） 8.Spring JDBC 面向接口编程（面向抽象编程） 1.场景：用户添加 2.Spring_0100_AbstractOrientedProgramming a)不是AOP:Aspect Oriented Programming 3.好处：灵活 什么是IOC（DI），有什么好处 1.把自己new的东西改为由容器提供 a)初始化具体值 b)装配 2.好处：灵活装配
Spring简介 1.项目名称：Spring_0200_IOC_Introduction 2.环境搭建 a)只用IOC i.spring.jar , jarkata-commons/commons-loggin.jar 3.IOC容器 a)实例化具体bean b)动态装配 4.AOP支持 a)安全检查 b)管理transaction Spring IOC配置与应用 1.FAQ:不给提示： a)window – preferences – myeclipse – xml – xml catalog b)User Specified Entries – add i.Location: D:\share\0900_Spring\soft\spring-framework-2.5.6\dist\resources\sprin g-beans-2.5.xsd ii.URI: file:///D:/share/0900_Spring/soft/spring-framework-2.5.6/dist/resource s/spring-beans-2.5.xsd iii.Key Type: Schema Location iv.Key: https://www.doczj.com/doc/7815873112.html,/schema/beans/spring-beans-2.5.xsd 2.注入类型 a)Spring_0300_IOC_Injection_Type b)setter（重要） c)构造方法（可以忘记） d)接口注入（可以忘记） 3.id vs. name a)Spring_0400_IOC_Id_Name b)name可以用特殊字符 4.简单属性的注入 a)Spring_0500_IOC_SimpleProperty b) Spring入门教程 中国软件评测中心陈兵1．Spring简介 （1）Spring是什么 Spring是轻量级的J2EE应用程序开源框架。它由Rod Johnson创建。它是为了解决企业应用开发的复杂性而创建的。Spring使用基本的JavaBean来完成以前只可能由EJB完成的事情。然而，Spring的用途不仅限于服务器端的开发。从简单性、可测试性和松耦合的角度而言，任何Java应用都可以从Spring中受益。 Spring的核心是个轻量级容器（container），实现了IoC（Inversion of Control）模式的容器，Spring的目标是实现一个全方位的整合框架，在Spring 框架下实现多个子框架的组合，这些子框架之间彼此可以独立，也可以使用其它的框架方案加以替代，Spring希望提供one-stop shop的框架整合方案Spring不会特别去提出一些子框架来与现有的OpenSource框架竞争，除非它觉得所提出的框架够新够好，例如Spring有自己的 MVC框架方案，因为它觉得现有的MVC方案有很多可以改进的地方，但它不强迫您使用它提供的方案，您可以选用您所希望的框架来取代其子框架，例如您仍可以在Spring中整合您的Struts框架。 Spring的核心概念是IoC，IoC的抽象概念是「依赖关系的转移」，像是「高层模块不应该依赖低层模块，而是模块都必须依赖于抽象」是IoC的一种表现，「实现必须依赖抽象，而不是抽象依赖实现」也是IoC的一种表现，「应用程序不应依赖于容器，而是容器服务于应用程序」也是IoC的一种表现。回想一下面向对象的设计原则：OCP原则和DIP原则。 Spring的核心即是个IoC/DI的容器，它可以帮程序设计人员完成组件（类别们）之间的依赖关系注入（连结），使得组件（类别们）之间的依赖达到最小，进而提高组件的重用性，Spring是个低侵入性（invasive）的框架，Spring中的组件并不会意识到它正置身于Spring中，这使得组件可以轻易的从框架中脱离，而几乎不用任何的修改，反过来说，组件也可以简单的方式加入至框架中，使得组件甚至框架的整合变得容易。 Spring最为人重视的另一方面是支持AOP（Aspect-Oriented Programming）， 这次发布的Spring Security-3.0.1 是一个bug fix 版，主要是对3.0 中存在的一些问题进行修正。文档中没有添加新功能的介绍，但是将之前拼写错误的一些类名进行了修正，建议开发者以这一版本的文档为参考。 另：Spring Security 从2010-01-01 以后，版本控制从SVN 换成了GIT，我们在翻译文档的时候，主要是根据SVN 的变化来进行文档内容的比对，这次换成GIT 后，感觉缺少了之前 那种文本比对工具，如果有对GIT 熟悉的朋友，还请推荐一下文本比对的工具，谢谢。 序言 I. 入门 1. 介绍 1.1. Spring Security 是什么？ 1.2. 历史 1.3. 发行版本号 1.4. 获得Spring Security 1.4.1. 项目模块 1.4.1.1. Core - spring-security-core.jar 1.4.1. 2. Web - spring-security-web.jar 1.4.1.3. Config - spring-security-config.jar 1.4.1.4. LDAP - spring-security-ldap.jar 1.4.1.5. ACL - spring-security-acl.jar 1.4.1.6. CAS - spring-security-cas-client.jar 1.4.1.7. OpenID - spring-security-openid.jar 1.4. 2. 获得源代码 2. Security 命名空间配置 2.1. 介绍 2.1.1. 命名空间的设计 2.2. 开始使用安全命名空间配置 2.2.1. 配置web.xml 2.2.2. 最小 ’ OpenDoc Series Spring开发指南 文档说明 参与人员： 作者联络 见权权权权权 xiaxin(at)https://www.doczj.com/doc/7815873112.html, (at) 为email @ 符号 发布记录 版本日期作者说明 0.5 2004.6.1 夏昕第一预览版 0.6 2004.9.1 夏昕补充“持久层”内容。 OpenDoc版权说明 本文档版权归原作者所有。 在免费、且无任何附加条件的前提下，可在网络媒体中自由传播。 如需部分或者全文引用，请事先征求作者意见。 如果本文对您有些许帮助，表达谢意的最好方式，是将您发现的问题和文档改进意见及时反馈给作者。当然，倘若有时间和能力，能为技术群体无偿贡献自己的所学为最好的回馈。 另外，笔者近来试图就日本、印度的软件开发模式进行一些调研。如果诸位可以赠阅日本、印度软件研发过程中的需求、设计文档以供研究，感激不尽！ Spring开发指南 前言 2003年年初，笔者在国外工作。其时，一位与笔者私交甚好的印度同事Paradeep从公司离职去斯坦福深造，临走送给笔者一本他最钟爱的书籍作为纪念。 工作间隙，时常见到他摩娑此书，摇头不止（印度人习惯和中国人相反，摇头代表肯定、赞同，相当于与中国人点头。笔者刚开始与印度同僚共事之时，每每组织项目会议，一屋子人频频摇头，让笔者倍感压力……J）。 下班后，带着好友离职的失落，笔者夹着这本书走在回家的路上，恰巧路过东海岸，天色依然明朗，随意坐上了海边一家酒吧的露天吧台，要了杯啤酒，随手翻弄着书的扉页，不经意看见书中遍布的钢笔勾画的线条。 “呵呵，Paradeep这家伙，还真把这本书当回事啊”，一边笑着，一边摊开了此书，想看看到底是怎样的书让这样一个聪明老练的同事如此欣赏。 从此开始，这本书伴随笔者度过了整整一个月的业余时间…….. 这本书，也就是出自Rod Johnson的： 《Expert One-on-One J2EE Design and Development》 此书已经由电子工业出版社出版，译版名为《J2EE设计开发编程指南》。 半年后，一个新的Java Framework发布，同样出自Rod Johnson的手笔，这自然引起了笔者极大的兴趣，这就是SpringFramework。 SpringFramework实际上是Expert One-on-One J2EE Design and Development一书中所阐述的设计思想的具体实现。在One-on-One一书中，Rod Johnson倡导J2EE实用主义的设计思想，并随书提供了一个初步的开发框架实现（interface21开发包）。而SpringFramework正是这一思想的更全面和具体的体现。Rod Johnson在interface21开发包的基础之上，进行了进一步的改造和扩充，使其发展为一个更加开放、清晰、全面、高效的开发框架。 本文正是针对SpringFramework的开发指南，讲述了SpringFramework的设计思想以及在开发中的实际使用。同时穿插了一些笔者在项目实作中的经验所得。Spring入门教程
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