晶体学软件简介
作者：liguowu 文章来源：本站原创点击数：21085 更新时间：2007-03-20
DISK1
绘图类
raswin94.zip绘晶体结构图的原代码，晶体结构绘图，分子3D微观立体结构的软件，可以旋转，以多个模式观看，并可以存成普通图形文件。
晶体绘制F35.ZIP 绘制晶体图(f35_eng.exe f35_doc.exe)
icmlited.exe 3维分子浏览工具，是MolSoft公司出品的软件ICM的简化版，免费推出，但功能十分强大。
cosmoplayer21.zip 用WEB 显示3D 图的插件
3D-CRYSTALS.ZIP 3D图形库及说明
shdem60.exe 晶体绘图
crysconI.exe 用原子坐标画粉末图
vmd16.exe 分子绘图(原代码vmd16sr.zip vmd-16src.tar.gz)
acdcs10.exe 二维分子结构绘图程序。…
PWCgraph.exe Crystallographica根据原子坐标绘晶体图、粉末图等，并对其间的关系进行分析( PASCL方式输入)(Crystallographica v1.6 : Name: Team UCF s/n: 1234567890 Licenses: 9999 Normal: TRWAAHYHHJIR Student: MWYATPPUHJIR Opal: ABWWKBUVHJIR Lite: CG ZNLWITHJIR Teaching: TJSEMVVBHJIR)
PWExPack.exe Crystallographica 服务包
STRUPLO for Windows (version 1.0)晶体结构绘图
Ortep-3 绘热振动椭圆图
DTMM40 是一个简单易用的(有机)3维分子模型显示、编辑与构建程序，可以以各种模式显示3维分子。
dm2demo.exe绘晶体结构图的DEMO
crystal96.zip 用晶体结构数据生成POV和VRML文件
DRAWv24.zip用晶体结构数据(ATOM文件)生产POV和VRML文件的原代码
ch20w32.exe IE与NetScape浏览器插件，安装后，可以直接用浏览器观看PDB格式的文件，直接在浏览器中观看3D分子。
WLViewerLite35.exe 3维分子浏览工具，是分子模拟公司出品的软件Weblab ViewPro的简化版，免费推出，但功能也十分强大。可读取PDB
格式及其他数种格式的分子文件
ATOMWIN40 atoms中文汉化版
结构分析与解析
晶体结构测定软件包(zaoscail.exe)—套包含了以下全部解结构程序的程序包，ABSEN, GETSPG, GENINS, SHELXS-86, SHELXS-97, SHELXL-
97-2,
ORTEX, CIFTAB, RASTEP and RENDER, FORMATS, Powdis, Powutl
Ciftab and Psicalc.非常超值。
zaoscail.exe晶体结构测定软件包
wcromer.zip 计算散射因子
zthma32.zip 热振动分析
laue.zip 根据HKL确定空间群
setup-beta1-dec00.exe (crystals.exe) 自动晶体结构测定及分析软件(很好用)
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SMOaNIM w NO丄bid djzimd
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jB|no9|oiu-J9；U! 'S6UU 'ssueid 'SUOISJO; 'ssiBue 'spuoq s i) suoi;e|no|eo |eou；9iuo96 pjepue;s jo X；9IJBA 36JB| e 6u!；u3iu3|diu! |oo; O!qdej6o||e;sXj □ 9HIBSJ9A e S! ；| ° 6u!；U9iU9|diU! |oo; O!i|dej6o||e;sXjo 9|q!；ediuoo 26X13HS 8I!IBSJ9A e sj 。苜工出心胡孫助晋胡封一Z6X13HS 吐NO丄bid
Z6-dlS pue Z6-1X13HS se qons SLUBJ6OJC I」e|ndod」sq;o o; ssoejjsiui seq pue 'siUEJbojd O!qdej6o||e;sXjo siqeiieAe Xneoiiqnd ;ssq sq; jo SLUOS JOJ ino Xipusuj-jssn pue ;us;sisuoo e sspiAOJd ；| S9|no9|oiu neius JOJ e;ep u oipej^ip X BJ-X |B;S X JO 3|6UIS 6uisX|eue pue Buiuipj 'B UIAIOS JOJ SLUBJ6OJC I jo LUS;S X S s/v\opui/v\-SI/\l e si 自胡旱乡xoui/v\ diz ^g|,-x6/v\
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呀翌助議君尬渤孫勃暫dizsoeo '应謁弓应當￡胃'￡胃&寅皿動暫 '轟醸墓翱角加滋誓回刃阴勃暫。渤孫勃暫皐酗身'章渤聃曾瑟 '堪询笨宙'
自畐宙⑥smopujM ①一者04 OJURS X JO djz djziQ
zmoilin.exe 分子构建与观察软件，是Tinker软件的Windows界面程序
dtmm4setup.exe是一个简单易用的3维分子模型显示、编辑与构建程序，可以以各种模式显示3维分子，并能进行编辑。本版本为时间限制版，
只可在2000年内使用。
gopenmol.win32.1.4.zip —个显示并分析分子结构及其特性，计算分子轨道、电子势的软件包
icmlited.exe 3维分子浏览工具，是MolSoft公司出品的软件ICM的简化版，免费推出，但功能十分强大。可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件java3d-1_2-win.exe使用JAVA技术编写的三维分子查看器，需要安装Java3D，2.1M，后才能执行，此版本使用浏览器执行
m2m34dem.exe主要用来进行各种分子文件的转换，支持30种主要分子格式，也可以用来进行3维分子的简单显示。可将PDB格式输出为P OV格式后，用POV-RAY进行渲染，生成非常漂亮的三维图形。演示版只支持样板文件与原子数小于20的分子文件格式的转换。
Mage_5_75.exe 读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。Kinemage格式是一种电脑图像交互式演示格式
MP2install.exe MolPOV是PDB格式至POV格式转化工具，可以将大分子PDB格式文件转化为POV格式
DISK2
粉末衍射软件
pcw23.exe根据结构绘粉末图，计算晶粒度和畸变，晶胞参数精修，结构尝试（很好用）
powder2.zip （powder1.zip）晶胞参数计算，指标化
wincell.zip零点校正、晶胞参数精测、根据晶胞参数计算指标
chekcell.zip晶胞参数计算，对称测试
celref.zip精测晶胞参数（与chekcell.zip相同，功能更强）
UnitCell.zip 晶胞参数计算
Xrayscan.zip 指标化程序（DOS）
relatedwin32.zip 指标化程序（DOS）
crysinst.exe 指标化软件包（DICVOL，ITO，TREOR90）
indx.zip根据晶胞参数、空间群计算指标
poudrix.zip根据原子坐标计算粉末图
index.zip 未知晶胞的粉末法指标化
Pulwin1.zip 图谱拟合
gemstone.zip 宝石鉴定
pearson.xls EXCEL的谱线拟合（可以用于分析拟合方法）
derb.zip粉末PDF数据分析（原代码）
PXALL.zip POWDER5
rietan94.exe Rietveld精修软件，94版带原代码
wgetspec.zip查空间群的对称坐标
equiv.zip查找空间群的对称坐标（与wgetspec.zip相似）
wulff.zip 画赤平投影圆
truecell.zip复合晶胞查找
lepage.zip格子转换
dispano.zip散射因子F系数查找
convert301.zip 文件转化
orientex.zip 劳挨法晶体定向
scatfac.zip计算原子散射因子
gretep.zip 绘热振动参数图
overlap.zip提取合法结构因子峰
getspec.zip计算对称操作
gfour.zip 傅立叶计算（可与FULLPROF连用）
winplotr.zip FULLPROF 软件包（是winfp98 的2001 新版本）
valence.exe键价计算
getspec.for计算对称操作
gtsplb.for计算特定位置表
coue.zip a program that converts Crystal atomic constraints
into GSAS constraints in a forn that can be
cut and pasted into the GSAS atom menu in EXPEDT.
rietan2000.zip 粉晶全谱拟合晶胞参数精修RIETAN-2000 is a multi-purpose pattern-fitting system
drxwin2245_demo.zip 粉晶图形处理寻峰、拟合等DRXWIN Windows-based graphical and Analytical Tools for XRD Powder Patterns. Wor
ks with files from several diffractometers.
powder18.zip 粉末拟合软件dos
rietq23.zip 粉末拟合，结构精修程序（windows）
diffuse.zip 粉末拟合原代码（for）
ARITVE is 粉末法进行结构和晶胞参数精修 a program for modelling amorphous
WinMProf.exe 粉末法结构精修程序Rietveld profile refinement program
janainst_new_pentium.zip jana2000用粉末数据解结构和精修结构程序
k-inst8.zip 粉末谱线拟合An interactive and graphical X-ray line profile fitting program XFIT
tracdemo.exe 粉末图处理，寻峰、指标化、晶胞参数精修、晶粒度及定量分析
winfit.zip x 射线图谱线拟合，晶粒度、晶格畸变分析软件package for complete profile-analysis of x-ray reflections
renexe.zip 编辑分析衍射图（拟合等，用于分析峰形较弥散的衍射图）Renex is diffraction patterns editor and analyser for Windows.It has b een specifically designed to works with overlapped peaks and "non-ideal" or "noisy" patterns. X-ray diffraction data.
hklgen.zip 根据晶胞参数生成HKL指标
sginfo_1_01.zip空间群信息
winfp98.zip多相全谱拟合，结构精修、定量分析
ConvX.exe 文件格式转换
xry96dos.zip DOS的粉末法结构精修程序
zefsaII99.zip粉末法结构测定程序（C原代码）
SWS.zip 一组DOS程序（包括对称群投点，等效点对称，点群晶面，元素周期表，衍射仿真，2D绘图，赤平投影，傅立叶变换演示，晶体习性图，晶体结构图，Rietveld仿真图，平面群，劳埃衍射仿真等16个程序，含说明）
Maud.zip Maudgl.zip updateMaud.zip 衍射谱拟合分析
babel94.zip 文件转换、查找Program designed to interconvert a number of file formats currently used in molecular moldeling. rpm for Linux available at ftp site.
Db2di.zip db 计算（dos）
Db9807a2.zip DB 粉末法软件（DOS）
Dmplot3.48.zip BD9411 粉末绘图kriber_1.0.zip 计算键长键角的原代码
ensetup.exe 粉末法解结构（DEMO ）farhan.zip 定性定量分析（dos）
qfact.zip 粘土001衍射宽化因子theta.zip 2o-d 值转换
lpdfdemo.exe （lookPDF）查PDF 卡片
zpowder.exe结构精修程序
Diffuse-4.0-beta.exe结构精修全谱拟合绘图软件包（dos）bgmnwin32.zip 解结构程序（dos demo）
crossbed.zip 测量层旋转度struct.zip 计算001结构因子superlat.zip反射曲线计算x-ray.zip又是一个反射曲线计算txrddemo.zip PDF 查找程序（DEMO 版）db9411.zip windows 界面的Rietveld 程序
DISK3
C原代码
diff.zip 拟合c原代码
gnuplot.zip 曲线绘图
gpcontrib.zip 数据拟合绘图函数库
raswin-94 绘3d结构图
graph.zip 绘图c原代码
viewtools.zip 3d图形的观看和打印
xnd118.zip 多相粉末法晶体结构精修 1.1
8
xnd120.zip 多相粉末法晶体结构精修 1.20
xnd_1.zip 多相粉末法晶体结构精修 1.0
xnd95.zip 多相粉末法晶体结构精修win95
atominfo96.zip 原子散射因子
crystal96.zip 晶体结构绘图（球、键、多面体）并生成VRML文件
DRAWv24.zip 将晶体结构文件生成VRML文件
drawxtl96.zip 生成POV 和VRML 文件
cc3d_src,lib,doc VRML 查看原代码
sourc106.zip晶体结构绘图
vmd16sr.zip 3d绘图原代码
wcromer.zip 计算f' f"因子的原代码
csize.c晶粒度计算
zefsaII99.zip沸石结构分析程序
atoms.zip蛋白结构显示原代码c语言
gcube2plt.c立方高斯算法
babel-94
mm2_params.c
mmconv.zip
moldy.zip 分子动力学仿真程序
multi.zip
Raster3D_2.4b.zip 绘3d 分子图
rayshade40.zip射线跟踪程序
react.zip 化学反应动力模拟程序
react2.zip
reg_sub.zip 由分子振动产生xyz
sginfo96.zip 空间群信息表
simpro.zip 拟合程序
simref1.zip
Espoir.zip Espoir 分子图形绘图包MS Visual C++ 6 Compaq Visual Fortran 6.1 spectrum.c产生光谱频率和振幅
steric.zip分子参数计算配位键角等
translit.zip
vaxtostd.c
nab5.zip 创建描述高分子核酸
nab5_v10.zip创建描述高分子核酸 1.0
nab5_v11.zip创建描述高分子核酸 1.1
otf.zip 高分子绘图程序
otf-0.2.zip高分子绘图程序0.2
viewmol-221.zip 蛋白分子绘图
periodic.zip
visad1_1.zip交互式运算系统
cod14src.exe自动代码生成器
quatfit.c四元素法添加原子拟合
mmio.zip 宏模型结构输入输出MMIO stands for "MacroModel Input-Output" documentation.zip ps 宏代码
dsql.3.zip分布式SQL C原代码
dynal.zip 窗体库
fda.zip fda输入程序
gs7.zip GS原代码
tinkersource.zip 晶体结构建模tinker原代码及说明
Fortran原代码
ccp4-4.1.1.zip ccp4晶体学原代码库
Db9807d.for 著名的Rietveld精修程序（98版）
dbws94.zip 著名的Rietveld精修程序（94版）
dbw89.zip 著名的Rietveld精修程序（89版）
camel1975.txt 吸收校正75
camel1977.txt 吸收校正77
atom.zip计算原子电荷密度
reci.zip电子衍射指标化
fousyn.zip最大熵分析原代码
treor.zip未知晶胞参数的指标化原代码prium.zip指标化和晶胞参数精修
cif_rho.dic 创建CIF数据目录
ciftbx.zip CIF 文件转换
FATRIET.zip Rietveld精修软件原代码
al3_f矩阵运算
derb.zip粉晶定量分析（PDF法）
diffuse.zip PDF法全谱拟合结构精修
espoir00.zip ESPOIR3.5 WINDOWS 版
fullprof97.zip rietveld 全谱拟合
getspec.zip计算对称操作
mprof96.zip Rietveld 的拟合程序
ortep00.zip ORTEP-III热椭球绘图程序
overlap.zip 用Le Bail法产生结构因子powder91.zip粉末图指标化程序sir92.zip结构解析程序
sirpow92.zip粉末法结构解析
xdgeom.zip
xdini.zip小分子晶体结构分析软件
xtal00.zip小分子晶体结构分析软件
gn21.zip 神经网络演示PASCAL
gtsplb.for计算特定位置表
Tools工具
xc1.zip x —windows 系统原代码
XWIN32.zip x —windows 系统原代码
F2C FORTRAN 到C的转换，不熟悉fortran程序者的福音kriber_1.1.zip pascal 到C 的转换程序
晶体学经典Fortran原代码
fordap-70 exfft-80 treor-90 espoir-00
reduce-70 multan-80 dicvol-91 ortep-00
ortep-71 normal-80 powder-91 xtal-00
sadiana-71 search-80 rmca-92 diffax-01
wilson-72 dicvol-82 pluto-92
xanadu-73 xrs-82 sir-92#
agnost-74 mprof-83 sirpow-92#
icon-74 ito-84 stidy-92
linex-74 orffe-84 tmacle-92
camel-75 struplo-84 xyz-92
latcon-75 treor-84 absorb-93
dls-76 block-85 parst-93
shelx-76 exfft-85 sbgbbg-93
camel-77 getspec-85 strumo-93
lazy-77 geom-85 aritve-94
louv-77 lsq-85 dbws-94 xfls-77 ortep-85 cascade-95 celref-78 rbls-85 difabs-95 fordap-79 search-85 gtsym-95 shelx-79 sort-85 ccsl-96 volcal-79 wtanal-85 lhpm-96 hole-86 mprof-96 powd12-86 ortep-96 shadow-86 struvir-96 shelxs-86 caos-97 visser-86 cif2sx-97 appleman-87 difrac-97 ito-87 dirdif-97 patsee-87 fullprof-97 pawley-87 glassvir-97 wppf-87 laue-97 dragon-88 tessel-97 mcmag-88 xhydex-97 pro-fit-88 iucrval-98 xlat-88 lapod-98 dbw-89 thma-98 fullprof-89 espoir-99 rietan-89 hydrogen-99 pluto-?? promet-99
DISK 4
粉末法软件
常用分子生物学软件简 介 公司内部编号：（GOOD-TMMT-MMUT-UUPTY-UUYY-DTTI-
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster
斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显着性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退
1.3 晶体学基础（空间点阵） 金属及非金属材料在固态通常都是晶体，它们的许多特性都与其结晶状态有关。因此，作为材料科学工作者，首先要熟悉晶体的特征及其描述方法。本节将扼要地介绍晶体学的基础知识，包括以下几方面内容： (1)空间点阵及其描述、晶系和点阵类型。 (2)晶体取向的解析描述：晶面和晶向指数。 (3)晶体中原子堆垛的几何学，堆垛次序，四面体和八面体间隙。 熟练地掌握以上内容，关键是要多练习、多应用。以上内容不仅是学习材料课程的基础，也是学习其他许多专业课程（如X射线衍射、电子衍射、固体物理等）的基础。因此，要求学生对这些内容，能掌握得非常透彻、非常熟练。 一、晶体与非晶体 1 晶体的定义 物质的质点(分子、原子或离子)在三维空间作有规律的周期性重复排列所形成的物质叫晶体。 图1 金属及其他许多材料的长程有序排列 2 非晶体 非晶体在整体上是无序的，但原子间也靠化学键结合在一起，所以在有限的小范围内观察还有一定规律，可将非晶体的这种结构称为近程有序。 图 2 水蒸气的短程有序玻璃的短程有序 3 晶体的特征 （1）周期性 固态物质按其原子或分子的聚集状态可分为两大类，一类是晶体，另一类是非晶体。晶体的一个基本特征就是其中的原子或原子集团都是有规律地排列的，这个规律就是周期性，即不论沿晶体的哪个方向看去，总是相隔一定的距离就出现相同的原子或原子集团。这个距离也称为周期。显然，沿不同的方向有不同的周期。非晶体不具有上述特征。在非晶体中原子（或分子、离子）无规则地堆积在一起。液体和气体都是非晶体。在液体中，原子也处于相对紧密聚集的状态，但不存在长程的周期性排列。对于金属液体的结构，我们在学习后面的内容时将会有进一步的了解。 固态的非晶体实际上是一种过冷状态的液体，只是它的物理性质不同于通常的液体。玻璃是一个典型的固态非晶体，所以，往往将非晶态的固体称为玻璃态。 （2）有固定的凝固点和熔点 晶体还有一些其他的特点。例如，从液体到固态晶体的转变是突变的，有一定的凝固点
晶体学基础与晶体结构习题与答案 1. 由标准的(001)极射赤面投影图指出在立方晶体中属于[110]晶带轴的晶带，除了已在图2-1中标出晶面外，在下列晶面中哪些属于[110]晶带？(1-12)，(0-12)，(-113)，(1-32)，(-221)。 图2-1 2. 试证明四方晶系中只有简单立方和体心立方两种点阵类型。 3. 为什么密排六方结构不能称作为一种空间点阵？ 4. 标出面心立方晶胞中（111）面上各点的坐标。 5. 标出具有下列密勒指数的晶面和晶向：a)立方晶系(421)，(-123)，(130)，[2-1-1]，[311]；b)六方晶系(2-1-11)，(1-101)，(3-2-12)，[2-1-11]，[1-213]。 6. 在体心立方晶系中画出{111}晶面族的所有晶面。 7. 在立方晶系中画出以[001]为晶带轴的所有晶面。 8. 已知纯钛有两种同素异构体，密排六方结构的低温稳定的α-Ti和体心立方结构的高温稳定的β-Ti，其同素异构转变温度为882.5℃，使计算纯钛在室温(20℃)和900℃时晶体中(112)和(001)的晶面间距(已知aα20℃=0.29506nm，cα20℃=0.46788nm，aα900℃=0.33065nm)。 9. 试计算面心立方晶体的(100)，(110)，(111)，等晶面的面间距和面致密度，并指出面间距最大的面。 10.平面A在极射赤平面投影图中为通过NS及核电0°N，20°E的大圆，平面B的极点在30°N，50°W处，a)求极射投影图上两极点A、B间的夹角；b)求出A绕B顺时针转过40°的位置。 11. a)说明在fcc的(001)标准极射赤面投影图的外圆上，赤道线上和0°经线上的极点的指数各有何特点，b)在上述极图上标出(-110)，(011)，(112)极点。 12. 图2-2为α-Fe的x射线衍射谱，所用x光波长λ=0.1542nm，试计算每个峰线所对应晶面间距，并确定其晶格常数。 图2-2 13. 采用Cu kα(λ=0.15418nm)测得Cr的x射线衍射谱为首的三条2θ=44.4°，64.6°和81.8°，若(bcc)Cr的晶格常数a=0.28845nm，试求对应这些谱线的密勒指数。
常用生物软件大汇总 序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据->分析->结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Vector NTI Suite 还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析->结果三步调用。 l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构 l Align X-序列相似性比较 l Align Xblocks-序列局部完全相同比较 l ContigExpress-将小片段拼装成长序列 l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式 l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具 l Matrix Editor-矩阵数据编辑 l Tools Manager-连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。 Omiga 2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga 2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W 进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange 快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供 选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。 DS gene :Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys 公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene 是GCG 的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI 的界面影响,DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、
晶体学基础知识点及 思维导图
HOMEWORKS 知识点 晶体结构Crystal structure 点阵结构Lattice 晶胞Unit cells 晶系Crystal systems 布拉菲格子The Bravais lattices 点群 point group 空间群space group
关系Relationships/思维导图Mind mapping
具体中文解释 粒子抽象成点，形成了点阵结构，而这些点连接起来就形成了晶格，可以说点阵和晶格具有同一性，但区别于点阵具有唯一性，晶格不具有。同样我们需要区别“lattice”的意义 它在这应该准确的代表点阵结构而不是单单的点阵，点阵结构是具体的客观存在的而点阵是人为抽象出来的，相比于点阵对应的点阵点，点阵结构对应的就是结构基元。 晶胞堆砌成了点阵结构，晶胞又具有晶胞参数和晶胞内容两方面，也就是说可以这么表示晶胞=点阵格子+结构基元。根据晶胞的晶胞参数我们可以把晶体的结构从宏观上分为七个方面，也就是七大晶系.七大晶系结合晶胞类型产生了14种Bravais晶格 点群表示的是晶体中所包含所有点对称操作的（旋转、反应、反演）的集合。（晶体的宏观性质不变)。点群描述了分子结构和晶体的宏观对称性（后来老师讲点群只是对于结构基元里的原子的对称排布，我个人后来查阅思考了一下，这是局限的，点群所描述的对称性正是可以描述宏观的晶格以及肉眼可见 的晶体的对称性，所以它才被 引为宏观对称性。） 微观对称元素：点阵、滑移面、旋转轴（无数阶次） 而晶体的宏观对称元素和微观对称元素在内的全部对称元素的一种组合就构成晶体的一种微观对称类型也就是空间群，它反应的是内部微观结构的对称性（结构基元内部原子）或者是微观的晶胞堆积方式的不同。 晶体的宏观对称性就是晶体微观对称性的宏观表现。 晶系与对称的关系：七种晶系从宏观的对称操作来看，有旋转、反射、反演，这些构成的是32种点群。而晶系必须符合平移操作（晶体对称定律的要求），结合平移我们限定了它有14种Bravais 格子。再结合微观对称元素，就会得到230种空间群。
一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综 合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA
竞赛要求: 初赛要求：晶体结构。晶胞。原子坐标。晶格能。晶胞中原子数或分子数的计算及与化学式的关系。分子晶体、原子晶体、离子晶体和金属晶体。配位数。晶体的堆积与填隙模型。常见的晶体结构类型，如NaCl、CsCl、闪锌矿（ZnS）、萤石（CaF2）、金刚石、石墨、硒、冰、干冰、尿素、金红石、钙钛矿、钾、镁、铜等。 决赛要求：晶体结构。点阵的基本概念。晶系。宏观对称元素。十四种空间点阵类型。 第七章晶体学基础 Chapter 7. The basic knowledge of crystallography §7.1 晶体结构的周期性和点阵 (Periodicity and lattices of crystal structures) 一、.晶体 远古时期,人类从宝石开始认识晶体。红宝石、蓝宝石、祖母绿等晶体以其晶莹剔透的外观，棱角分明的形状和艳丽的色彩，震憾人们的感官。名贵的宝石镶嵌在帝王的王冠上，成为权力与财富的象征，而现代人类合成出来晶体，如超导晶体YBaCuO、光学晶体BaB2O4、LiNbO3、磁学晶体NdFeB等高科技产品，则推动着人类的现代化进程。 世界上的固态物质可分为二类，一类是晶态，一类是非晶态。自然界存在大量的晶体物质，如高山岩石、地下矿藏、海边砂粒、两极冰川都是晶体组成。人类制造的金属、合金器材，水泥制品及食品中的盐、糖等都属于晶体，不论它们大至成千万吨，小至毫米、微米，晶体中的原子、分子都按某种规律周期性地排列。另一类固态物质，如玻璃、明胶、碳粉、塑料制品等，它们内部的原子、分子排列杂乱无章，没有周期性规律，通常称为玻璃体、无定形物或非晶态物质。 晶体结构最基本的特征是周期性。晶体是由原子或分子在空间按一定规律周期重复排列构成的固态物质，具有三维空间周期性。由于这样的内部结构，晶体具有以下性质： 1、均匀性：一块晶体内部各部分的宏观性质相同，如有相同的密度，相同的化学组成。晶体的均匀性来源于晶体由无数个极小的晶体单位（晶胞）组成，每个单位里有相同的原子、
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由T urner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠
你现时的得分是55！ 你的成绩低于作业及格要求，请重做！ 错误情况： 单选题 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 3.当晶带轴和光轴重合时，晶带轴的极射赤面投影是？ 正确答案：D.基圆 6.下列（）属于极射赤面投影的应用。 正确答案：B.多晶体的择优取向 多选题 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1.下列关于四轴坐标系中矢量表示错误的是（）？ 正确答案：B.OK=ua1+va2+ta3 C.OK=ua1+ua2+ua3+wc D.OK=ua1+ta2+ta3+wc 4.选择下列有关分子键描述正确的项（）。 正确答案：A.以弱静电吸引的方式 B.分子或原子团相互连接 C.原子间存在相互作用 D.原子能够相互结合成分子或晶体 5.选择下列有关分子键描述正确的项（） 正确答案：A.以弱静电吸引的方式 B.分子或原子团相互连接 C.原子间存在相互作用 D.原子能够相互结合成分子或晶体 6.下列选项中属于结构通报符号的有（）？ 正确答案：A.A1-fcc B.A2-bcc C.B1-NA,Cl结构 D.B2-CeCl结构 判断题 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1.球面投影不可以真实的表示晶体上的各种要素的空间几何关系。 正确答案：错 3.极射赤面投影，把一个晶体当中的面和方向投影到一个平面上，一般分为球面投影和平面投影两步。 正确答案：对 5.平移一个周期相当于不动，所以反演和四次旋转-反演轴均不能与平移结合而形成新的宏观对称元素。 正确答案：错 返回
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具体中文解释 粒子抽象成点，形成了点阵结构，而这些点连接起来就形成了晶格，可以说点阵和晶格具有同一性，但区别于点阵具有唯一性，晶格不具有。同样我们需要区别“lattice”的意义它在这应该准确的代表点阵结构而不是单单的点阵，点阵结构是具体的客观存在的而点阵是人为抽象出来的，相比于点阵对应的点阵点，点阵结构对应的就是结构基元。 晶胞堆砌成了点阵结构，晶胞又具有晶胞参数和晶胞内容两方面，也就是说可以这么表示晶胞=点阵格子+结构基元。根据晶胞的晶胞参数我们可以把晶体的结构从宏观上分为七个方面，也就是七大晶系.七大晶系结合晶胞类型产生了14种Bravais晶格 点群表示的是晶体中所包含所有点对称操作的（旋转、反应、反演）的集合。（晶体的宏观性质不变)。点群描述了分子结构和晶体的宏观对称性（后来老师讲点群只是对于结构基元里的原子的对称排布，我个人后来查阅思考了一下，这是局限的，点群所描述的对称性正是可以描述宏观的晶格以及肉眼可见的晶体的对称性，所以它才被引为宏观对称性。） 微观对称元素：点阵、滑移面、旋转轴（无数阶次） 而晶体的宏观对称元素和微观对称元素在内的全部对称元素的一种组合就构成晶体的一种微观对称类型也就是空间群，它反应的是内部微观结构的对称性（结构基元内部原子）或者是微观的晶胞堆积方式的不同。 晶体的宏观对称性就是晶体微观对称性的宏观表现。 晶系与对称的关系：七种晶系从宏观的对称操作来看，有旋转、反射、反演，这些构成的是32种点群。而晶系必须符合平移操作（晶体对称定律的要求），结合平移我们限定了它有14种Bravais 格子。再结合微观对称元素，就会得到230种空间群。
材料科学基础基础知识 点总结 Revised as of 23 November 2020
第一章材料中的原子排列 第一节原子的结合方式 2 原子结合键 （1）离子键与离子晶体 原子结合：电子转移，结合力大，无方向性和饱和性； 离子晶体；硬度高，脆性大，熔点高、导电性差。如氧化物陶瓷。 （2）共价键与原子晶体 原子结合：电子共用，结合力大，有方向性和饱和性； 原子晶体：强度高、硬度高（金刚石）、熔点高、脆性大、导电性差。如高分子材料。 （3）金属键与金属晶体 原子结合：电子逸出共有，结合力较大，无方向性和饱和性； 金属晶体：导电性、导热性、延展性好，熔点较高。如金属。 金属键：依靠正离子与构成电子气的自由电子之间的静电引力而使诸原子结合到一起的方式。 （3）分子键与分子晶体 原子结合：电子云偏移，结合力很小，无方向性和饱和性。 分子晶体：熔点低，硬度低。如高分子材料。 氢键：（离子结合）X-H---Y（氢键结合），有方向性，如O-H—O （4）混合键。如复合材料。 3 结合键分类 （1）一次键（化学键）：金属键、共价键、离子键。 （2）二次键（物理键）：分子键和氢键。 4 原子的排列方式 （1）晶体：原子在三维空间内的周期性规则排列。长程有序，各向异性。 （2）非晶体：――――――――――不规则排列。长程无序，各向同性。 第二节原子的规则排列 一晶体学基础 1 空间点阵与晶体结构 （1）空间点阵：由几何点做周期性的规则排列所形成的三维阵列。图1-5 特征：a 原子的理想排列；b 有14种。 其中： 空间点阵中的点－阵点。它是纯粹的几何点，各点周围环境相同。 描述晶体中原子排列规律的空间格架称之为晶格。 空间点阵中最小的几何单元称之为晶胞。 （2）晶体结构：原子、离子或原子团按照空间点阵的实际排列。 特征：a 可能存在局部缺陷； b 可有无限多种。 2 晶胞图1－6 （1）――－：构成空间点阵的最基本单元。 （2）选取原则： a 能够充分反映空间点阵的对称性； b 相等的棱和角的数目最多； c 具有尽可能多的直角； d 体积最小。 （3）形状和大小 有三个棱边的长度a,b,c及其夹角α,β,γ表示。 （4）晶胞中点的位置表示（坐标法）。 3 布拉菲点阵图1－7 14种点阵分属7个晶系。 4 晶向指数与晶面指数 晶向：空间点阵中各阵点列的方向。 晶面：通过空间点阵中任意一组阵点的平面。
1.4 晶向指数和晶面指数 一晶向和晶面 1 晶向 晶向：空间点阵中各阵点列的方向（连接点阵中任意结点列的直线方向）。晶体中的某些方向，涉及到晶体中原子的位置，原子列方向，表示的是一组相互平行、方向一致的直线的指向。 2 晶面 晶面：通过空间点阵中任意一组阵点的平面（在点阵中由结点构成的平面）。晶体中原子所构成的平面。 不同的晶面和晶向具有不同的原子排列和不同的取向。材料的许多性质和行为（如各种物理性质、力学行为、相变、X光和电子衍射特性等）都和晶面、晶向有密切的关系。所以，为了研究和描述材料的性质和行为，首先就要设法表征晶面和晶向。为了便于确定和区别晶体中不同方位的晶向和晶面，国际上通用密勒（Miller）指数来统一标定晶向指数与晶面指数。 二晶向指数和晶面指数的确定 1 晶向指数的确定方法 三指数表示晶向指数[uvw]的步骤如图1所示。 (1)建立以晶轴a，b，c为坐标轴的坐标系，各轴上的坐标长度单位分别是晶胞边长a，b，c，坐标原点在待标晶向上。 (2)选取该晶向上原点以外的任一点P(xa，yb，zc)。 (3)将xa，yb，zc化成最小的简单整数比u，v，w，且u∶v∶w = xa∶yb∶zc。 (4)将u，v，w三数置于方括号内就得到晶向指数[uvw]。 图1 晶向指数的确定方法 图2 不同的晶向及其指数 当然，在确定晶向指数时，坐标原点不一定非选取在晶向上不可。若原点不在待标晶向上，那就需要选取该晶向上两点的坐标P(x1，y1，z1)和Q(x2，y2，z2)，然后将(x1-x2)，(y1-y2)，
(z 1-z 2)三个数化成最小的简单整数u ，v ，w ，并使之满足u ∶v ∶w =(x 1-x 2)∶(y 1-y 2)∶(z 1-z 2)。则[uvw ]为该晶向的指数。 显然，晶向指数表示了所有相互平行、方向一致的晶向。若所指的方向相反，则晶向指数的数字相同，但符号相反，如图3中[001]与[010]。 说明： a 指数意义：代表相互平行、方向一致的所有晶向。 b 负值：标于数字上方，表示同一晶向的相反方向。 c 晶向族：晶体中原子排列情况相同但空间位向不同的一组晶向。用
XRD,以及晶体结构的相关基础知识(ZZ) Theory 2009-10-25 17:55:42 阅读355 评论0 字号：大中小 做XRD有什么用途啊，能看出其纯度?还是能看出其中含有某种官能团？ X射线照射到物质上将产生散射。晶态物质对X射线产生的相干散射表现为衍射现象，即入射光束出射时光束没有被发散但方向被改变了而其波长保持不变的现象，这是晶态物质特有的现象。 绝大多数固态物质都是晶态或微晶态或准晶态物质，都能产生X射线衍射。晶体微观结构的特征是具有周期性的长程的有序结构。晶体的X射线衍射图是晶体微观结构立体场景的一种物理变换，包含了晶体结构的全部信息。用少量固体粉末或小块样品便可得到其X射线衍射图。 XRD（X射线衍射）是目前研究晶体结构(如原子或离子及其基团的种类和位置分布，晶胞形状和大 小等)最有力的方法。 XRD 特别适用于晶态物质的物相分析。晶态物质组成元素或基团如不相同或其结构有差异，它们的衍射谱图在衍射峰数目、角度位置、相对强度次序以至衍射峰的形状上就显现出差异。因此，通过样品的X射线衍射图与已知的晶态物质的X射线衍射谱图的对比分析便可以完成样品物相组成和结构的定性鉴定；通过对样品衍射强度数据的分析计算，可以完成样品物相组成的定量分析； XRD还可以测定材料中晶粒的大小或其排布取向（材料的织构）...等等，应用面十分普遍、广泛。 目前XRD主要适用于无机物，对于有机物应用较少。 关于XRD的应用，在[技术资料]栏目下有介绍更详细的文章，不妨再深入看看。 如何由XRD图谱确定所做的样品是准晶结构？XRD图谱中非晶、准晶和晶体的结构怎么严格区分？ 三者并无严格明晰的分界。 在衍射仪获得的XRD图谱上，如果样品是较好的"晶态"物质，图谱的特征是有若干或许多个一般是彼此独立的很窄的"尖峰"（其半高度处的2θ宽度在0.1°~0.2°左右，这一宽度可以视为由实验条件决定的晶体衍射峰的"最小宽度"）。如果这些"峰"明显地变宽，则可以判定样品中的晶体的颗粒尺寸将小于300nm，可以称之为"微晶"。晶体的X射线衍射理论中有一个Scherrer公式，可以根据谱线变宽的量估算晶粒在 该衍射方向上的厚度。 非晶质衍射图的特征是：在整个扫描角度范围内（从2θ 1°~2°开始到几十度）只观察到被散射的X 射线强度的平缓的变化，其间可能有一到几个最大值；开始处因为接近直射光束强度较大，随着角度的增加强度迅速下降，到高角度强度慢慢地趋向仪器的本底值。从Scherrer公式的观点看，这个现象可以视为由于晶粒极限地细小下去而导致晶体的衍射峰极大地宽化、相互重叠而模糊化的结果。晶粒细碎化的极限就是只剩下原子或离子这些粒子间的"近程有序"了，这就是我们所设想的"非晶质"微观结构的场景。非晶质衍射图上的一个最大值相对应的是该非晶质中一种常发生的粒子间距离。
https://www.doczj.com/doc/7013722379.html,/forum.php?mod=viewthread&tid=42540&fromuid=1149670 常用分子生物学软件的入门介绍 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 https://www.doczj.com/doc/7013722379.html,/forum.php?mod=viewthread&tid=42540&fromuid=1149670
第一章晶体结构 在自然界的固态物质中，具有规则几何外形的晶体很早就引起了人们的关注，尽管目前对非晶态物质的研究日趋活跃，但迄今为止，人们对固体的了解大部分来自对晶体的研究。本章主要讨论晶体中原子排列的几何特征，并简要地介绍X射线衍射的原理和方法。 §1．1晶体的共性 如果将大量的原子聚集到一起构成固体，那么显然原子会有无限多种不同的排列方式。而在相应于平衡状态下的最低能量状态，则要求原子在固体中有规则地排列。若把原子看作刚性小球，按物理学定律，原子小球应整齐地排列成平面，又由各平面重叠成规则的三维形状的固体。 人们很早就注意一些具有规则几何外形的固体，如岩盐、石英等，并将其称为晶体。显然，这是不严格的，它不能反映出晶体内部结构本质。事实上，晶体在形成过程中，由于受到外界条件的限制和干扰，往往并不是所有晶体都能表现出规则外形；一些非晶体，在某些情况下也能呈现规则的多面体外形。因此，晶体和非晶体的本质区别主要并不在于外形，而在于内部结构的规律性。迄今为止，已经对五千多种晶体进行了详细的X射线研究，实验表明：组成晶体的粒子（原子、离子或分子）在空间的排列都是周期性的有规则的，称之为长程有序；而非晶体内部的分布规律则是长程无序。 各种晶体由于其组分和结构不同，因而不仅在外形上各不相同，而且在性质上也有很大的差异，尽管如此，在不同晶体之间，仍存在着某些共同的特征，主要表现在下面几个方面。1．自范性 晶体物质在适当的结晶条件下，都能自发地成长为单晶体，发育良好的单晶体均以平面作为它与周围物质的界面，而呈现出凸多面体。这一特征称之为晶体的自范性。
2． 晶面角守恒定律 由于外界条件和偶然情况不同，同一类型的晶体，其外形不尽相同。图1-1-1给出理想石英晶体的外形，图1-1-2是一种人造的石英晶体，表明由于外界条件的差异，晶体中某组晶面可以相对地变小、甚至消失。所以，晶体中晶面的大小和形状并不是表征晶体类型的固 有特征。 那么，由晶体内在结构所决定的晶体外形的固有特征是什么呢？实验表明：对于一定类型的晶体来说，不论其外形如何，总存在一组特定的夹角，如石英晶体的m 与m 两面夹角为60°0′，m 与R 面之间的夹角为38°13′，m 与r 面的夹角为38°13′。对于其它品种晶体，晶面间则有另一组特 征夹角。这一普遍规律称为晶面角守恒定律，即同一种晶体在相同的温度和压力下，其对应晶面之间的夹角恒定不变。 3． 解理性 当晶体受到敲打、剪切、撞击等外界作用时，可有沿某一个或几个具有确定方位的晶面 图1-1-1 理想石英晶体 图1-1-2 一种人造石英
第3讲 教学要求：1. 复习明确晶体和非晶体的概念 2. 明确格子构造的概念以及与实际晶体构造之间的关系 3. 大致了解晶体的分类知识 4. 详细讲解并要求学生掌握记熟空间格子构造，熟练掌握14种布拉维格子 的构造特点及晶格参数的特点 5.熟练掌握晶面指数的标定步骤 教学重点：晶体的概念、布拉维格子构造、晶面指数的标定 教学难点：晶体学基础比较抽象，备课中需多准备形象立体感强的图形，讲解速度控制较慢，尽量引导学生课堂中记忆布拉维格子构造，通过例子联系晶面指数标 定过程 教学拓展：介绍《物相分析》、《材料研究方法》、《材料结构表征及应用》书中相应的部分以便学生课后参看 讨论：课堂上提问学生所掌握的晶体学基础知识的内容，比较选修有关结晶学课程的学生和未选修结晶学课程学生掌握晶体学知识的范围差异，抽10分钟左右的 时间讨论，以便掌握讲课难度和速度。 作业：1. 晶体和非晶体的概念？ 2. 熟练写出布7种拉维格子的名称和相应的晶格参数？ 晶体学基础知识 一．晶体的定义与特征 晶体的概念：人类对晶体的认识，是从石英开始的。古代人们把外形上具有规则的几何 多面体形态的石英（水晶）称为晶体。后来，人们把凡是天然的具有几何多面体的固体，例 如：石盐、方解石、磁石等都成为晶体。 有缘学习更多＋谓ｙｇｄ３０７６考证资料或关注桃报：奉献教育（店铺）
本世纪初（1912），X射线衍射分析方法的应用研究了晶体内部结构后，发现：一切晶体不论其外形如何，它的内部质点（原子、离子、、分子）都是有规则排列的，即：晶体内部相同质点在三维空间均呈周期性重复，构成了格子构造。因此，对晶体做出如下定义：晶体是内部质点在三维空间成周期性重复排列的固体。或者：晶体是具有格子构造的固体。 ?晶体是原子或者分子规则排列的固体； ?晶体是微观结构具有周期性和一定对称性的固体； ?晶体是可以抽象出点阵结构的固体; ?在准晶出现以后，国际晶体学联合会在 1992年将晶体的定义改为：“晶体是能够给出明锐衍射的固体。” 非晶质体：晶体内部质点在三维空间不做规律排列，不具格子构造，称为非晶质体或非晶质。例如：玻璃、塑料、沥青等。从内部结构来看，非晶质体中质点的分布无任何规律可循，其内部结构只具有统计均一性，非晶质体的性质在不同方向上是同一的。在外形上非晶质体不能自发地长成规则的几何多面体形态，而是一种无规则形态的无定形体。 晶体与非晶体 非晶体是指组成物质的分子（或原子、离子）不呈空间有规则周期性排列的固体。它没有一定规则的外形，如玻璃、松香、石蜡等。它的物理性质在各个方向上是相同的，叫“各向同性”。它没有固定的熔点。所以有人把非晶体叫做“过冷液体”或“流动性很小的液体”。 晶体和非非晶质体在一定条件下是可以转换的。列如：使用年久的玻璃，常会出现一些所谓的“霉点”，是因为玻璃向结晶态转变的雏晶，此过程成为：晶化或脱玻化，相反的转化，晶体因内部质点的规律排列受到破坏而向非晶体转变，称为非晶化或玻璃化。例如，某些含放射性元素的矿物晶体，由于放射性元素在蜕变过程中放出核能，破坏了晶体内部的结构，而产生了非晶质化的现象。
常用生物学软件简介 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能： a) 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。 c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。 g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。 h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm 值范围和引物3’端的稳定性等。 i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用 户可保存自己的特殊设置。 网址： https://www.doczj.com/doc/7013722379.html,/ 2． Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector⑴ NTI：作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite 中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。BioPlot⑵：BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱，如疏水性和抗原性；并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析，如：退火温度、自由能和GC含量等。AlignX⑶：AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较，以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基，并绘制进化树；为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX 可以识别所有标准TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept 和ASCII Text。ContigExpress⑷：Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列，也可以是直