秸秆发酵堆肥相对于传统的焚烧秸秆当肥料有很大的优势，第一减少了空气的污染，其次提高了秸秆的利用率，让秸秆的营养成分得到充分的利用。发酵后的秸秆做肥料更适合用来种植。
秸秆发酵堆肥具体操作步骤如下：
1、选好堆肥地点：在漫长的冬季里，气温一直很低，为了加快秸秆的发酵速度，堆制场地最好选在背风向阳的地方，四周夹上障子。这样既能提高环境的温度，又能防止牲畜和畜禽的破坏，保证秸秆肥的堆制质量。
2、搞好玉米秸秆处理：先把玉米秸秆用铡草机或铡刀切成3～4厘米长，也可用粉碎机进行粉碎，但不要粉得过碎，然后用人粪尿或稀释的畜禽粪汤进行浸泡，以浸透为宜。
3、原料配比要适当：堆制玉米秸秆肥，原料配比很关键。一般配制方法是：70%的切碎的玉米秸秆、30%份畜禽粪;或是切碎的玉米秸秆、土、牲畜粪、人粪尿，配制比例为6:1:2:1;不管采取哪一种方法，秸秆和水的比例都应以1:3 为宜。
(4)选择适宜的堆制方法：把备好的原料用足量的水浇透后拌均匀，在平地或粪堆上进行堆制，如气温在0℃以上时可用热水引温，低于0℃时要点火引温。先在堆底土上堆一车粪便，在粪便中间扒个坑，坑内放些干柴点燃，然后再压上 20厘米左右的秸秆，见到冒烟后再盖上一层粪便，待堆的各处都透白霜或冒热气时，再往堆的四周添已拌好的配料。一次添料不可过多，哪里透出白霜就往哪里添料，不透霜不能添料。同时，要做到尽量堆大堆，以保持温度，加快发酵速度，堆高一般为1.5米左右。
(5)严格控制堆内温度：堆后7天左右开始发热，不久将会出现高温。在发酵期间温度应控制在50～60℃，这对微生物分解纤维细菌活动最为有利。如果温度超过70℃ 时，这种细菌活动就会停止。因此，在堆制时必须先将玉米秸秆浸湿、吸足水分，软化秸秆组织，便于微生物浸入进行分解活动;并且一些养分也必须溶解在水里才能被微生物吸收利用，可加速秸秆的发酵腐熟速度。当然，也要防止温度过低，过低时会拖延发酵的时间。在降雪后要及时扫除堆上的积雪，防止秸秆堆表面结冰，而降低堆内温度。
(6)为微生物活动创造条件：玉米秸秆肥的腐熟过程，就是微生物分解有机质的过程，秸秆腐熟的快慢与秸秆微生物活动有密切关系。因此，在堆制时要适当加入一些人粪尿或碳酸氢铵，增加碳氨之比，促进微生物的分解活动。堆制后10天左右翻倒一次，以后每隔7天倒一次，共倒3～4 次。翻倒的作用主要是使原料混拌均匀、受热一致和流通空
气，保证好气性微生物活动繁殖快，促
进秸秆腐烂，缩短堆腐时间。
(7)及时调节堆内的酸度：堆内的微生物适宜在中性和微碱性条件下进行活动，当酸度过大时，可适量加入少量的石灰或草木灰以中和堆内的酸度，保持微生物活动有良好的生活环境。这样堆制的玉米秸秆肥，经过25～30天就可达到黑、烂、臭的质量标准。