关于发布国家重点基础研究发展计划（含重大科学研究计划）
2007年度项目申报指南的通知
各有关单位：
国家重点基础研究发展计划是以国家重大需求为导向，对我国未来发展和科学技术进步具有战略性、前瞻性、全局性和带动性的基础研究发展计划，主要支持面向国家重大战略需求的基础研究领域和重大科学研究计划。
围绕落实《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006－2020年）》，科技部2007年将继续部署国家重点基础研究发展计划(含重大科学研究计划)项目。现将2007年度项目申报指南（重要支持方向和申报要求）予以公布，请你们根据2007年度申报指南组织项目，并按照编写提纲填报项目申请书（项目申请书编写提纲在973计划网站“申报专栏”下载）。
国家重点基础研究发展计划项目实行网上申报（网上申报流程和有关事项将于2007年3月上旬在973计划网站上另行通知），2007年度项目受理日期为3月15日8:00至3月30日17:00，逾期不予受理。
973计划网站：https://www.doczj.com/doc/616549425.html,
咨询电话：010-******** 58881073 58881557 58881076
受理部门：科技部基础研究管理中心
传 真：010-********
电子邮件：jcc973@https://www.doczj.com/doc/616549425.html,
科技部基础研究司
二OO七年二月十五日
附件1
国家重点基础研究发展计划(含重大科学研究
计划)2007年度重要支持方向
一、农业领域
1.农产品有害物质形成机理及控制途径
研究农产品（粮食、蔬菜、畜禽产品）中危害人类健康的外源性化合物及其代谢产物的产生机制、演化规律和控制原理，为建立农产品有害物质控制理论与技术体系奠定基础。
2.植物生殖发育、育性及其激素调控的分子基础研究
研究植物有性生殖发育重要环节和育性转换的分子基础，研究植物生殖发育激素调控中的激素代谢、修饰和相互作用网络，揭示植物激素调控生殖发育和相关产量性状的分子机理，为作物产量的分子改良提供理论依据及育种材料。
3.农作物特殊营养成分的代谢及其调控研究
研究主要粮食作物特殊营养成分（维生素、黄酮等）代谢途径以及环境因子对作物代谢和品质的影响与调控机制，研究重要经济作物特殊代谢成分和风味成分的生物合成途径，揭示农作物特殊代谢物（营养、抗营养和风味成分）的生物合成途径及其调控机制，为创建农作物新种质资源提供科学基础。
4.牧草及乡土草遗传及选育的基础研究
开展牧草及乡土草（维系生态环境健康的主要草种）种质资
源、品种选育及遗传改良的基础研究，为优良牧草与乡土草品种培育及生态环境建设提供科学依据；开展南方可持续发展水奶牛产业的理论设计与模式研究，为农业结构调整和可持续发展提供理论支撑。
5.农作物杂种优势机理及其利用新途径研究
研究杂种优势的分子遗传学基础及比较遗传学，揭示雄性不育与育性恢复的分子生物学机理，探索提高杂种优势利用效率的新途径及其机理，为建立杂种优势分子育种的方法体系奠定科学基础。
6.农业鼠害暴发性灾害成灾规律、预测及可持续控制的基础研究
研究人类活动和气候异常对鼠类种群大暴发的影响及种群调节，鼠害生态治理和不育控制的行为学和生态学，建立中长期、大尺度鼠害发生的预测方法和模式，提出农业鼠害可持续控制的新手段、新理论、新策略。
7.农业转基因安全研究
开展转基因生物外源基因引发非预期效应的类型及分子机理，转基因生物对非靶标生物的影响及环境安全性和食用安全性等重大共性科学问题研究，为国家实施转基因安全管理、促进转基因生物产业发展提供科学支撑。
8.肥料的减施、增效和农田土地可持续利用的研究
开展有机、无机肥料协同效应机理及科学施用，典型区域不
同栽培模式下养分与环境要素协同机制研究，农田养分时空有效性及其调控机制，土壤保育、作物增产、肥料高效利用和减少施用化肥的途径与模式研究，为提高肥料利用率、在集约化栽培区减施化肥20-30％提供理论依据和相应的科学措施，提高农田土壤质量，改善生态环境。
二、能源领域
1.我国煤安全开采相关基础科学问题研究
针对我国煤炭资源开采的采矿环境，研究煤炭资源开采过程中重大工程灾害的发生条件与发生机理，为建立煤炭资源开采的安全技术体系和预防、控制灾害发生提供科学基础。
2.我国低丰度大型天然气藏形成、分布及高效开采的基础研究
研究中国地质条件下形成大型低丰度天然气藏的有效生成、排出及运聚成藏机理，提供低丰度大气藏勘探的理论基础。研究双孔双相介质地震波场模拟与地震波传播理论及气层检测方法，提供复杂气藏地震识别的理论基础。研究低渗气藏岩石物理特征及渗流机理，发展最佳开采方法，为天然气资源高效采出提供理论基础。
3．我国石油资源勘探开发新理论、新方法研究
研究我国典型复杂地质体地球物理响应的基本特征与规律，形成刻画复杂地质体地球物理成像与识别的地球物理理论，为发展适于我国石油勘探的地球物理关键技术奠定科学基础；开展特
低渗透油藏、深层特稠超稠油油藏及特高含水期油藏的渗流理论研究，提高低品位油藏采收率的基础研究，为我国大型低品位石油资源有效开发提供科学基础。
4．高效、低污染内燃机的基础科学问题研究
开展“均质压燃，低温燃烧”新一代内燃机燃烧理论研究，重点研究超高压、脉动燃料喷射条件下雾化和混合过程强化机理，燃烧室内非定常湍流强度和尺度控制及其对传热和传质过程的影响，燃烧室内组分（燃料、空气和再循环气体）的浓度和温度分层控制及其对着火和燃烧速率的影响等。在上述研究的基础上提出高效、清洁利用石油和天然气的新方法。
5.大规模发展风能、生物质能等可再生新能源关键问题的科学基础
结合我国适于发展较大规模风能地区风力资源、自然环境、社会条件等的特点，研究适宜的(例如：风速不高、价格低廉的小型风电站)风能系统，相关部件及技术基础所涉及的科学问题。研究在我国具体情况下有效地开发生物质能的途径或生物质废料利用的基础科学问题。
6．开发低价、高密度储能储电体系的基本途径及基础科学问题
针对燃料电池汽车、电动汽车等环保交通工具广泛使用的高密度、低价格蓄电池(或其它蓄电系统)或高密度蓄氢(能)系统，提出或选择有希望实现低价和高能密度的蓄电、蓄能途径，研究
其基本蓄能(电)过程及其改进，所用基本材料及制备等相关基础科学问题。
7.我国大规模发展核裂变能的科学基础问题
针对我国建设以压水堆(或先进压水堆)为主导的数千万千瓦的核电系统，研究我国必须自行解决的关键技术有关的基础科学问题，如研制所需特殊材料的基础研究，核废料处理等核安全相关基础科学问题。
8．高效热功转换与先进节能理论和方法
开展燃气轮机的先进动力循环系统中燃料化学能释放与高性能热－功的转换，高效高稳定性压气机设计技术有关气动/结构的耦合机制与调控方法研究。开展大幅度减低冶金、建材、化工等高能耗行业能耗的理论和方法，以及过程节能和建筑节能设计理论的基础研究。
三、信息领域
1. 太赫兹器件和光子集成器件相关基础研究
开展基于真空电子学或固态光子学的太赫兹辐射源、超导接收技术相关基础科学问题研究，开展高集成度光子芯片和光信息处理器件相关基础研究，为我国信息器件创新提供科学基础。
2.微纳传感器系统和系统级封装的基础研究
开展用于传感器网络的,具有感知、计算和无线通信能力的网络微传感器芯片系统研究；开展微纳生物医学传感器及超敏感探测相关基础研究；开展系统级封装的基础研究：如三维多层结构电磁与热场分析，多层低温共烧陶瓷（LTCC）布线，微纳无源元件和基于LTCC技术的无源集成等。
3.宽带数字通信基础理论研究
针对高效综合利用通信系统的时间、频率、空间等各种资源，重点开展信道的自适应通信理论、新型信道编解码方法、高效调制方案、基带处理与天线的协同优化模型、抗干扰机理与方法、网络容量优化理论等方面研究，建立并发展新型的多址复用理论及调度算法，以期在逼近Shannon理论限的基础研究方面取得突破。
4.多业务光网络新体系和可管理的IP网的基础研究
重点研究高速大容量传输和动态灵活交换体制、多层多域光网络协同控制体系结构、资源分配算法、多业务自适应提供机制等，发展具有多业务适应性、可扩展性和高生存性等功能的光网络新体系。围绕新一代IP网络的可管理性、安全性、鲁棒性和普适性等需求，重点研究具有业务感知能力的网络资源动态分配方式、QOS保证机制、分布智能与集中管理的优化组合等,在网络体系结构和基础协议方面取得创新。
5.计算系统虚拟化的基础研究
针对实现计算系统的“高效化”、“普适化”和“人机协同化”，围绕“计算资源的优化”、“应用的个性化”、“体系结构的透明化”、“计算结果的可视化和可信化”等关键问题，在继承和发展现有信息资源的前提下，开展信息资源的按需聚合、计算系统的动态构建、安全和可信的执行机制、协同和普适的运行环境等方面的基础研究，实现对目前计算系统的理论和机理的重大改进。
6.需求工程—对复杂系统的软件工程的基础研究
针对基于语义网络的资源聚合，以及对复杂系统的安全、确认和验证的强烈需求，开展这类复杂系统的软件工程的基础研究，探索行之有效的需求获取方法，实现“用户主导、面向领域”的需求建模过程，形成促进协同工作和逐步优化的需求规格，构建真实可信的需求验证理论和方法，为实现科学的需求管理奠定理论和方法基础。
7.对非结构化信息处理与知识推理的基础研究
重点开展对人的感知、识别、学习、联想、记忆、推理等认知过程及其机理的研究，对信息多模的表示与融合、基于感知与认知的知识挖掘、基于元知识的视频理解、新的音视频编码理论、人机结合的知识处理、知识推理的验证等理论和实现途径的基础研究，提出非结构化信息（如文本、语音、视频等）与知识处理的理论和实现方法。
8．网络与信息安全相关基础研究
重点开展网络与信息安全的体系结构，安全协议理论，密钥理论和加密算法，可信计算理论，信息渗透及其检测理论，信息过滤、检测与预警的理论和方法，灾难恢复、故障容错和容灾备份等方面的基础研究，为发展我国网络和信息安全体系提供科学支撑。
四、资源环境领域
1.大陆动力学过程与成矿规律
研究大陆壳幔相互作用过程、机制和动力学背景，壳幔作用的成矿机理，各种类型成矿系统的时空分布规律、基本特征和相互关系,建立大陆成矿理论体系。
2.冰冻圈动态过程及其与环境相互作用机理
研究冰冻圈变化过程与趋势，冰冻圈变化的气候、水文、生态、环境效应，青藏高原积雪变化对长江中、下游气候影响的机理，建立应对冰冻圈变化的适应性评价指标及综合评估体系，提出减缓和适应对策。
3.干旱区陆表过程对人类活动、气候变化的响应与调控
研究重点干旱、半干旱区、水、土、气、生过程及其相互作用，人类活动与气候波动对陆表过程的影响机制，陆表过程的变化趋势及其环境效应评价理论与指标体系，提出环境调控对策与管理模式。
4.环境污染与控制修复机理
大气二次污染物形成机制及控制途径。研究典型区域大气氧化性、细颗粒物、云雾可溶性组分等二次污染的共性特征，大气二次污染物形成机制，提出控制途径。
重点区域水环境质量演变、水环境基准和土壤环境基准研究。研究重点区域环境质量演变和水环境基准、土壤环境基准的确定，地表饮用水源污染物的生态与健康效应，提出污染物输移演替规律，发展水环境基准、土壤环境基准的风险评估原理与方法。
高放射性核污染环境修复的基础研究。研究高放射性核污染的生态安全性评价，阐明高放射性核污染生态环境修复机理。
5．生物多样性保育基础研究
开展重点区域生物多样性演变规律与保育途径研究，重点研究濒危资源动植物种群野生种群复壮机理和人工种群衰退机理，提出濒危野生动植物人工种群的繁育策略，为我国濒危动植物重要物种的资源复壮和可持续利用奠定基础。
6.大陆边缘动力学与油气资源
研究我国相关海域新生代大陆岩石圈在张裂、分离和弧后扩张时的变性特征、动力机制和演化模式，中生代主动大陆边缘的构造组合、空间展布及其与区域板块构造动力学演化的关系，阐明大陆边缘盆地油气形成机理。
7.大洋与近海相互作用及其海洋环境效应
研究大洋环流与我国近海相互作用机理，能量和物质交换的关键过程，大洋环流源地的环流结构及时空变化，阐明大洋环流的低频变异机制及其对我国海洋水文、生态与环境的影响。
五、人口与健康领域
1.我国重大出生缺陷的发生机理与防控基础研究
针对我国发生率高、危害重大的出生缺陷，根据流行病学调查的资料，从基因与环境影响（化学、物理、生物等）两方面开展系统深入研究，阐明它们的发生机理，为发展有效的防控措施提供科学基础。
2.心脏疾病发病机制的基础及早期干预的研究
研究心脏疾病中心力衰竭和重要心律失常疾病发病的分子机理，寻找与确证早期诊断生物标志物，为疾病早期诊断、干预以及治疗的新思路奠定基础。
3．我国重要致盲疾病的发病机制及防治研究
根据重要致盲眼病的流行病学调查，从分子水平研究重要致盲眼病的发病机理，探索新的防治思路和方法，为提高疾病的防治水平提供理论基础和新手段。
4．我国重要精神疾病防治基础研究
针对忧郁症与精神分裂症，根据流行病学调查的资料，从基
因与环境影响两方面开展系统深入研究，阐明它们的发生机理，为发展有效的防控与治疗方法与措施提供理论基础。
5.免疫识别与免疫调节的基础研究
研究机体免疫系统对于重要抗原的识别以及免疫应答调控的细胞和分子机制，阐述免疫识别和免疫调节相关分子的结构特点及其相互作用机制，研究免疫反应发生、发展的基本规律和组成基础，为重要免疫性疾病如自身免疫性疾病、过敏性疾病等的防治提供新思路、新方法。
6.重要有害环境因素的危害机理与防治基础研究
研究有害环境因素如电磁辐射等对人体的生物效应、发生危害的机理，为提出切实可行的防治措施提供科学依据。
7．我国特有资源药物的基础研究
从我国特有的真菌药物资源或动植物毒素出发，加速认识和挖掘我国天然药用资源，研究真菌次生代谢产物或毒素多肽的作用机理，并进而进行分子改造与修饰，为发展重大原创性药物奠定科学基础。
8．重要传染病基础研究专项
乙型肝炎重症化临床监测及防治的基础研究。重点开展乙型肝炎病毒分子病毒学与重症肝炎的致病机制、乙型肝炎重症化的临床转归与分子遗传、重症乙型肝炎肝细胞损伤的免疫机制以及重症乙型肝炎临床病程的监测，初步阐明乙型肝炎重症演变发病的机制及相关因素，提出乙型肝炎重症化的主要监测指标和评估体系。
肠道微生态与感染的基础研究。重点开展免疫功能低下患者肠道菌群生态失衡的分子机制、肠道微生态变化与感染性疾病发
生发展的关系及机制、常见的肠源性感染细菌移位的分子机制以及微生态调节防治感染的分子机制，通过肠道微生态与人体感染性疾病的关系研究，探明诱发肠道微生态失衡与感染性疾病发生发展的关系，提出感染微生态防治的新方法。
疟疾、血吸虫等重大热带病防治基础研究。重点开展日本血吸虫、疟原虫等病原体耐药机制、抗原变异规律、与蚊媒和宿主相互作用的关键因子及其在疾病发生发展、传播和免疫应答中的作用机制研究，阐明日本血吸虫和疟原虫的致病机制，为重大热带病防治技术的突破提供理论支撑。
艾滋病防治新途径研究。以目前成熟的马传染性贫血疫苗为基本模型，重点开展慢病毒基因组变异、强毒株与疫苗株毒力差异及免疫原性差异等研究，阐明艾滋病等慢病毒的毒力变异机理和免疫逃逸、机体保护性免疫等机制，为进一步开展艾滋病疫苗研究提供理论依据。
9．中医理论专项
基于临床的针麻镇痛的基础研究。选择针麻临床的适宜病证，坚持中医针灸理论指导，在肯定针麻临床优势的基础上，围绕针刺麻醉中镇痛这一关键环节，运用传统与现代研究的方法，开展针麻镇痛的中医理论（如穴位特异性、选穴规律、针刺麻醉方法等）及作用机制的研究，阐明针麻镇痛的理论依据和科学内涵，为针麻临床的推广应用提供科学依据。
中药性味功效相关理论的基础研究。以中医理论为指导，运
用多学科手段和方法，以中药性味理论为核心，开展包括性味、归经、升降沉浮等在内的与中药的安全性、有效性密切相关的关键问题的基础研究，重点研究药性的物质基础、治疗过程中所体现的药效作用及其运用规律，揭示中药药性理论的科学内涵，为中药新药的创制和提高中医药临床疗效提供理论依据。
基于中医特色疗法的理论基础研究。选择确有疗效、有较好推广应用和研究基础、但尚未纳入正规中医院校教材的中医特色疗法，结合临床开展理论基础研究，以期提出新观点、新学说，丰富或完善其理论内涵，为发展中医临床治疗的新方法提供理论依据。
六、材料领域
1.高性能水泥组成与高性能化的基础研究
水泥熟料组成与结构优化、建立与水化活性的关系，研究高胶凝性水泥熟料与辅助胶凝材料的优化复合，关注于高胶凝性水泥熟料强度的提高、高性能水泥单位质量能耗和环境负荷的降低。
2.人工结构材料的设计、制备、性能和效应的基础研究
研究人工结构材料的结构单元的制备、组装与集成的新原理、新方法、新技术，发展具有特色的制备科学。揭示人工结构材料的能带与结构单元及其组装的对称性间的关系，揭示新现象、新效应。设计、制备具有特定功能的人工结构材料与器件，为一代高新技术的发展提供理论基础和技术储备。
3.硅基光电子材料的基础研究
探索硅基发光的新材料、新原理、新器件，解决硅基光电子
的光源问题，实现硅基电致激光，硅基光互联，构造硅基单片光电集成。
4．智能型电流变液的基础研究
系统研究介电颗粒的类型、尺寸、表面修筛，基质流体的性质，及其对电流变液的切变模量、屈服强度的影响，阐明微观机制，揭示其规律，获得可实用化的电流变液。并在减震、降噪，或机电一体化智能控制方面，研制成一种可实用化的原型器件。
5.光催化材料的基础研究
以光催化材料直接分解水制氢及实现降解与矿化水和空气中的污染物为重点，开展光催化材料基础研究，发展利用可见光波段太阳能的光催化新材料。
6．紧缺战略金属矿产资源高效分离提取的基础研究
重点研究低品位矿物高效分离提取的基础理论，以及多金属复杂矿的原子经济冶金过程基础理论，发展高效低成本紧缺战略金属矿产资源新冶金体系和新方法。
7．高性能轻金属及其合金材料制备及加工的基础研究
重点研究镁合金或钛合金的液态成形、塑性成形、加工的新原理、新方法。微观和介观层次上合金强韧化机理，合金微观组织和性能与制备加工过程有关参数间的关系及其性能调控等基础科学问题。
七、综合交叉领域
1．先进制造的科学基础
重点研究强场、多场耦合等极端环境条件下制造相关的关键科学问题，以及大型制造装备设计、结构优化、寿命和可靠性等方面的基础科学问题。
2.面向生命科学研究和先进医疗器械的方法、技术和设备的
创新
重点研究具有动态、适时、无损、灵敏、高分辨等特征的生命科学检测、成像、分析与操纵方法，以及用于重大疾病分析和诊断的先进成像医疗器械的新原理和方法。
3．微流控学与微流控技术相关基础研究
开展微流控学与微流控技术相关基础科学问题研究，发展用于药物高通量、低消耗（微克－纳克级）筛选，化学合成条件筛选，疾病早期诊断的新方法。
4.重大工程灾变机理与控制理论
重点研究复杂条件下坝堤溃决风险预测与控制的理论和方法以及坝堤的溃决灾变机理，地下洞库群在多种场力作用下水、原油、地质体等多种介质相互作用的变形与破坏机理与规律等。
5.城市灾害机理和危机应急处置的科学基础
研究城市重大突发性灾害（火灾、地震、气象灾害等）和突发事件的预防、预警与处置等关键技术中的重大科学问题，以及灾害事故和人类行为学特征信息获取与识别为主体的公共安全信息技术理论。
6.轨道交通相关科学问题研究
重点研究高速铁路大系统的动态行为，多场（应力场、温度场、电磁场等）耦合作用下材料表面损伤和结构失效机制，高速动态脱轨机理，建立高速列车安全服役的表征方法，揭示轮轨、
弓网和结构复合失效机制，为高速列车安全运行提供科学支撑。
7.空气动力学基础研究
开展高速飞行器及其推进系统、大型风力发电机专用高性能叶片等涉及的气动问题研究，主要研究飞行器、大型风力发电机等运行时气动噪声产生机理和传播特性，减阻降噪的空气动力学理论和有效方法等。
8.过程科学中的重要科学问题研究
重点研究工业生物过程、化工过程的规律性和物质转化等过程的科学问题，包括不同尺度耦合的反应和传递过程中控制步骤的鉴别与调控，工业生物过程中化学、生物的相互作用和耦合等。
9．遥感与对地观测的基础科学问题研究
重点开展主/被动遥感定量化反演模型与地表及地下生态环境参数定量探测理论、多时空分辨率对地观测数据的同化理论、空间遥感散射辐射传输机理与多源信息融合理论等方面的研究。
八、重要科学前沿领域
重点支持经过自然科学基金等前期培育取得重要进展，可望取得重大突破的科学前沿研究；基于国家重大科学工程开展的前沿科学研究；基于重大国际合作计划开展的基础科学前沿研究；其他可望取得重大突破的科学前沿交叉综合研究。如放射性核束物理与核天体物理，粒子束与物质相互作用的微观机理，物质功能的结构设计与调控，宇宙学前沿及相关重大问题研究，天文和
宇宙探测重大前沿，中国大陆地壳结构与岩石物性规律，天然气水合物的成藏机理及分布规律，人工选择与基因组的进化研究，复杂体系的化学反应动力学，基于全球实时海洋观测计划（ARGO 计划）开展的前沿科学研究等。
九、蛋白质研究重大科学研究计划
1．蛋白质研究的技术和方法的创新
蛋白质分离和鉴定的新技术新方法研究 重点开展复杂生物体系中高丰度蛋白质的去除新技术和低丰度蛋白的分离富集新技术，多维、多模式、阵列式的蛋白质高效分离以及液质联用质谱高灵敏鉴定的新技术新方法研究。
蛋白质功能研究的新技术与新方法 重点开展蛋白质的翻译后修饰鉴定和细胞定位新技术，蛋白质动态相互作用实时检测、细胞内分子水平的可视化和动态三维成像新技术和新方法研究，发展生物大分子的单分子研究方法,发展蛋白质功能研究相关的适配体分子技术方法。
蛋白质结构研究的新技术与新方法 重点开展蛋白质等生物大分子三维结构测定（如电镜，X-射线晶体衍射，核磁共振波谱）的新技术、同步辐射技术在结构生物学中的应用，以及膜蛋白制备与结晶的新技术和新方法研究。
2．蛋白质三维结构研究
重点开展重要细胞信号转导通路中的蛋白质相互作用的三维结构基础，与基因表达调控相关的重要蛋白质及蛋白质复合物的三维结构基础，膜上受体蛋白及通道蛋白的三维结构与功能，肿瘤、心血管病、神经与精神性疾病、代谢性疾病及感染性疾病等分子机理相关的重要蛋白质及蛋白质复合物的三维结构与功能，蛋白质/多肽毒素的结构与功能研究，完成一批具有重要生
理功能的蛋白质和蛋白质复合体的三维结构测定和功能研究。
3．蛋白质定位、转位、翻译后修饰和动态相互作用研究
重点研究蛋白质在细胞内的定位、跨膜转运和动态转位的机理、调节和效应，蛋白质翻译后修饰的发生、调节及生理效应，蛋白质分子之间的动态相互作用机制及其与蛋白质发挥功能的关系，探索蛋白质定位、转位、翻译后修饰、动态相互作用机制，深入认识蛋白质发挥功能的分子基础。
4．DNA损伤修复的分子机制研究
重点获取在DNA损伤修复中基因表达信息（包括蛋白质和ncRNA），分析相关的分子变化规律和相互作用机制，结合肿瘤研究中与DNA损伤修复相关的重要科学问题，开展相关蛋白质调控因子的研究，探索DNA损伤和修复过程中基因转录和蛋白质表达的变化规律、调节机制，以及蛋白质与核酸的相互作用。
5．代谢性疾病相关的蛋白质研究
开展与人类重要代谢性疾病相关的研究，阐明蛋白质代谢的重要途径和调控网络，寻找疾病分子标志物和诊断方法。重点研究小分子代谢产物的代谢途径及其生物学功能，阐述小分子代谢产物在疾病发生中的作用；利用代谢组学等研究方法，发现有应用前景的疾病代谢谱和分子标志物，开展对疾病进行分型研究，确定代谢异常的新诊断方法。
6. 蛋白质相关的计算生物学研究
针对蛋白质结构与功能预测、蛋白质分子相互作用、蛋白质动态行为分子模拟等瓶颈问题，开展相关计算生物学研究。重点发展蛋白质三维结构的理论预测新方法，蛋白质相互作用的理论预测新方法，蛋白质及其复合体动态行为的分子动力学模拟研究，构建生物通路（或网络）中重要分子事件的三维结构模型。
7. 重大疾病发生发展的蛋白质研究
选择严重威胁我国人民健康并有较好蛋白质研究基础的重大疾病，如恶性肿瘤、心血管疾病、神经及精神性疾病和肝脏疾病等，开展致病机理研究。重点开展从正常生理状态到疾病发生发展过程中的比较蛋白质组学研究，结合生物信息学以及系统生物学的手段，规模化、通量化的筛选和鉴定与这些疾病病理过程密切相关的重要蛋白质，揭示这些疾病发生发展的分子机制，确认一批具有应用价值的分子标记物和药物靶标。
十、量子调控研究重大科学研究计划
1．电子自旋量子调控研究
为实现电子自旋量子器件和自旋量子比特，制备高铁磁转变温度的磁性半导体、半金属及其异质结构，研究半导体、铁磁/半导体、稀磁半导体/半导体结构中的自旋产生、注入、输运，自旋相干演化的检测和退相干机制，开拓电子自旋的超快相干调控的新原理、新技术和探测、读出单个自旋态的方案。
2．量子有序现象的预测、表征和调控研究
研究过渡金属氧化物等材料中的电荷、自旋、轨道有序现象及它们之间的相互竞争与制约，发展理论预言和数值模拟方法，开拓检验和表征有序现象的实验方法和技术，揭示电荷、自旋、轨道有序导致的复杂相图，探索调控和运用电荷、自旋、轨道有序现象的方法。
3．基于分子和分子体系的量子调控研究
实现分子内部电子运动状态在时间域、空间域和能量域的精确测量和控制，研究分子激发态中多种量子态的竞争和电荷、能量转移，以及量子相干导致的态简并、耦合、纠缠，探索通过分子激发态进行量子调控的可能途径；调控单分子和分子体系电荷、自旋、轨道自由度，研究其对分子体系输运、磁性和光电等特性的影响。
4．基于核自旋的量子调控研究
为实现基于在束缚体系中（如离子阱等）核自旋量子态的量子调控，研究束缚场涨落、激光噪音等引起的各种退相干过程的机理及抑制退相干的途径，探索和发展通过外场调控强束缚体系中核自旋量子态的方法。
十一、纳米研究重大科学研究计划
1．纳米尺度亚波长结构的制备、光学性质与器件研究
亚光波长尺度的周期、准周期、非周期纳米结构的精确可控制备研究，亚光波长纳米结构的奇异光电性质及其机理研究，基于上述奇异性质的器件原理和应用探索。
2．基于纳米结构的相变机理及在高密度存储中的应用
重点研究可以应用到高密度、低功耗、非挥发存储器件的纳米材料体系，研究纳米结构的相变机理和存储介质的阻抗变化机制，开展新型器件结构、相关工艺与测试技术研究，提高器件的重复读写速度与次数，实现相变纳米结构在高密度存储器件中的应用。
3．纳米材料在显示器件及技术中的原理和可能应用
研究用于显示器件纳米材料的选择原则、物性分析、组装加工技术，特别是所用纳米材料的定位、定向生长，图案结构制造，特性测量，进而研制原型器件的运行原理、基本结构、表征参量、性能评估，评价应用前景。特别鼓励新型显示器件的原理、材料、结构和有关技术的探索。
4．单个生物分子、亚细胞结构与功能以及单个细胞的高灵敏度、高选择性、多指标的检测与操纵方法
重点研究细胞水平以下的生物纳米结构、功能及其可应用于细胞鉴别的原理与相关的检测方法，探索单个细胞的高灵敏度、高选择性的检测方法，为基于细胞水平的疾病早期诊断技术的发展提供基础。