第1章1)什么是C-值悖理什么是N-值悖理
C-值悖理：生物基因组的大小同生物进化所处地位的高低无关的现象。
N-值悖理：基因数目与进化程度或生物复杂性的不对应性，称之为N值悖理
2)什么是序列复杂性?
基因组中不同序列的DNA总长，用bp 表示。
3)RNA分子有哪些种类
mRNA tRNA rRNA scRNA snRNA snoRNA 小分子干扰RNA
4)不编码蛋白质的RNA包括哪些类型
tRNA rRNA scRNA snRNA snoRNA 小分子干扰RNA
5)什么是假基因假基因是如何形成的
来源于功能基因但已失去活性的DNA序列，有沉默的假基因，也有可转录的假基因。
产生假基因的原因有很多，如编码序列出现终止密码子突变，或者插入和缺失某些核苷酸使mRNA移码，造成翻译中途停止或者异常延伸，合成无活性的蛋白质。
6)假基因能否表达?为什么
能，假基因相对于原来的基因已经失去功能但是可能产生新的功能。
最初人们认为, 假基因是不能转录的基因, 随着基因组数据的积累, 现在已知有不少假基因仍然保持转录的活性, 特别是起源于重复基因的假基因和获得启动子加工的假基因，但假基因的转录产物已失去原有的功能, 如产生残缺蛋白质。
7)如何划分基因家族?什么是超基因家族
基因家族：将来自共同的祖先，因基因加倍或变异产生了许多在DNA序列组成上基本一致而略有不同的成员划分为一个基因家族。
超基因家族：起源于共同祖先，由相似DNA序列组成的许多基因亚家族或相似的基因成员构成的群体，它们具有相似的功能。
8)低等生物与高等生物基因组组成有何差别为什么会产生这些差别
低等生物：1)结构紧凑，一般不存在内含子（古细菌除外）；
2)大小在5 Mb以下；
3)缺少重复序列；
4)很少非编码序列。
高等生物：1)结构松弛，含有大量重复序列；
2）基因大多为断裂基因，由内含子和外显子构成；
3)由线性DNA与蛋白质组成染色体结构； 4)含有细胞器基因组。
9）有哪些结构异常的基因？举例说明。
重叠基因：编码序列彼此重叠的基因。
1.单个的mRNA可以编码2种或多种蛋白质。例如：大肠杆菌噬菌体ΦX174基因组长5386bp，共编码11个基因，有7个基因为重叠基因，其中3个重叠基因A，A*和B共享部分3’端序列。
2.由不同的启动子转录的彼此重叠的mRNA，各自编码不同的蛋白质。例如：人类核基因组INK4a/ARF座位有2个蛋白质产物p16和p19，他们利用同一座位的不同启动子，第一个外显子不同，但共享第二和第三个外显子，产生两个不同读框的mRNA。
基因内基因：一个基因的内含子中包含其他基因。例如：线虫基因组中一个编码甘氨酸合成酶的基因FGAM有21个内含子，内含子9中含有一个独立的基因，内含子11中含有4个独立的基因。
反义基因：与已知基因编码序列互补的负链编码的基因。例如：大麦有3个可在种胚糊粉层专一性表达的α-淀粉酶基因，2个为A型，一个为B型，由赤霉素诱导表达。基因组中已检测到编码A型α-淀粉酶反义RNA基因，它的表达受控于脱落酸，这是脱落酸拮抗赤霉素的分子机制之一。
第2章
名词解释
遗传图、物理图、重叠群、小卫星、微卫星
问答题：
1.理想的遗传作图标记应该满足哪些条件？RFLP、SSLP和SNP标记各有什么特点和优缺点？
2. 造成遗传图发生偏离的因素有哪些？
1)什么是遗传图？遗传作图的理论基础是什么？
遗传图是应用遗传学分析方法将基因或其他DNA序列标定在染色体上构建的连锁图。
基础：孟德尔1865年首次描述的遗传学原理。
2）什么是分子标记？有哪些分子标记?各有什么特点
是指以DNA片段为标记，通过DNA片段的电泳使DNA产生多态性。
限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphisms,RFLP）
特点：1）.处于染色体上的位置固定。
2）.同一亲本及其子代相同位点上的多态性片段特征不变。
3）.同一凝胶电泳可显示同一位点不同的多态性片段，具有共显性特点。
4）.有两种等位形式。
简单序列长度多态性（simple sequence length polymorphisms,SSLP）
具有多等位性。
又可分为可变串联重复（variable number of tandem repeat,VNTR）
特点：多态信息含量较高，但数量有限，而且在基因组上分布不均匀，不适合PCR扩增。
简单串联重复序列（single sequence repeat,SSR）
特点：1) 染色体上的位置相对固定;
2) 操作简单，可以用PCR扩增；
3) 同一凝胶电泳可显示不同多态性片段,表现为共显性；4) 有多种等位形式。
单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNP）
特点：1)理论上同一碱基位置SNP等位形式最多为4，但多数为2.
2)直接从STS 测序中可寻找到SNP.
3)数量极大,
4)SNP与人类易感性疾病有关, 涉及药物基因组学.
5)编码区SNP主要分布在密码子的第3个碱基位置.
3）什么是RFLP？为什么会产生RFLP
限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphisms）：由于同源染色体同一区段DNA序列的差异，当用限制酶处理时，可产生长度不同的限制性DNA片段，这些DNA片段经琼脂糖凝胶电泳分离，可直接显示不同个体同一位点的DNA组成的差异。
凡是可以引起酶切位点变异的突变如点突变和一段DNA的重新组织（如插入和缺失造成酶切位点间的长度发生变化）以及碱基突变等均可导致RFLP的产生
4）?什么是SSR标记为什么会产生SSR？SSR标记有哪些优点?
SSR标记：是一类由几个核苷酸（一般为1~6个）为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列。
主要产生于DNA复制时出现的“滑序”事件以及SSR序列等位形式之间的不等交换。
优点：1) 染色体上的位置相对固定，数量丰富且分布均匀;
2) 操作简单，可以用PCR扩增；
3) 同一凝胶电泳可显示不同多态性片段,表现为共显性；
4) 有多种等位形式。
5)什么是SNP
基因组中单个核苷酸的突变。
6)是什么原因造成染色体不同区段之间交换频率的差别
同源染色体之间的不均等交换。
7)什么是重组热点
染色体上某些比其他位点有更高交换频率的位点。
第3章
名词解释
限制性作图、序列标记位点、序列标记位点作图、作图试剂、、克隆文库、指纹
问答
物理作图的主要方法有哪些？原理分别是什么？各有什么优缺点？
什么叫序列标记位点？序列标记位点需要具备什么条件？如何在基因组当中寻找序列标记位点？
如何组建克隆重叠群？
1）什么是基因组物理图?物理图与遗传图有何不同有了遗传图为什么还要绘制物理图？
直接检测DNA标记在染色体上的实际位置。
前者是描述的基因相对位置,后者是具体的碱基位置
因为遗传图存在以下缺点：
1.遗传学图谱分辨率有限。
2.遗传学图的覆盖面较低。
3.遗传图分子标记的排列会出现偏差。
2)如何制备与分离大分子DNA
采用脉冲凝胶电泳（pulsed-filed gel electrophoresis ,PFGE）将一个方向不断变换的电场，取代简单的单一电场（单向电场)使电泳中受阻的DNA分子在电场改变时扭转迁移方向，较小的分子比较大的分子重新排列的快，以此达到分离的目的。分辨率达到10Mb。
3)何谓限制性作图
将限制性酶切位点标定在DNA分子的相对位置。
4)什么是YAC载体?它有什么优缺点
酵母人工染色体（yeast artificial chromosome,YAC），具有酵母染色体的特性，以酵母细胞为宿主，能在酵母细胞中复制。
优点: 容量大, 插入片段可达1400 kb.
缺点: 转化效率低；插入子稳定性差；嵌合克隆比例高, 达48%；插入DNA的制备相当困难。
5)什么是BAC载体?它有什么优缺点?
细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)，具有细菌染色体的特性，以细菌细胞为宿主，能在细菌细胞中复制。
优点：单拷贝复制，不会因重组发生嵌合；采用类似制取质粒的方法直接克隆DNA，便于机械化操作。
6)什么是重叠群（contig）?如何构建重叠群
相互重叠的DNA片段组成的物理图成为重叠群。
最早采用染色体步移法，首先丛集引文库中挑选一个随机或者指定的克隆，将该克隆的起始末端序列分离纯化作为探针，然后再基因文库中找到与之重叠的第二个克隆。在第二个克隆的基础上重复操作程序寻找第三个克隆，一次延伸，直到完成所需要的重叠群。
7)STS作图依据的原理是什么
两个STS出现在同一片段的机会取决于他们在基因组中的距离，彼此靠的越近，分离的几率越小。
两个STS之间相对距离的估算与连锁分析的原理一样，它们之间的图距根据它们的分离频率来算。
8)什么是DNA指纹?有哪些DNA指纹
DNA指纹：指确定DNA样品所具有的特定DNA片段组成。
种类：限制性带型（restriction pattern）指纹；重复序列（repetitive DNA）指纹；重复序列DNA PCR(repetitive DNA PCR)或者分散重复序列PCR（interspersed repeat element PCR, IRE-PCR）;STS作图（STS content mapping）指纹。
第4章
名词解释：
顺序间隙、物理间隙、支架、覆盖面
问答：
自动化测序的原理？
基因组测序与组装有哪些策略？他们各有什么优缺点？
重叠群之间的间隙有哪两种？
1)DNA测序中采用的DNA多聚酶与细胞的DNA多聚酶有什么差别
1.高酶活性
2.无5’→3’外切酶活性
3.无3’→5‘外切酶活性
2）?鸟枪法测序与作图法测序有何差别
鸟枪法测序把基因组全部打散成短序列，测序后通过程序寻找互相覆盖的部分进行连接得到整个的序列结果。
适合小，简单，重复序列少的基因组，测序速度快，并且无须提供相关的遗传图谱和物理图谱，效率高。
作图法先将DNA分解成长序列，然后把长序列通过mapping定位到染色体上某段位置,再把长序列打散成短序列进行测序，适合大分子DNA克隆，测序时间长，依赖遗传图谱和物理图谱，效率低。
3)为何原核生物基因组更适合鸟枪法测序
因为原核生物基因组结构紧凑，一般不含有内含子（古细菌除外），大小在5Mb以下，缺少重复序列，很少非编码的序列。
而鸟枪法适合基因组小，简单，重复序列少的测序。
4)图解说明BAC克隆测序与序列组装的过程.
书82页
5)为何BAC克隆测序和全基因组鸟枪法测序都会留下间隙（gap）
任何基因组的测序都不可避免的会出现序列间隙和物理间隙。
6)什么是物理间隙?什么是序列间隙?如何填补这两类间隙
物理间隙：构建基因组文库被丢失的DNA序列，他们从已有的克隆群体中永远的消失。物理间隙的缝合需要利用其他载体或者宿主菌重新构建一个基因组文库，然后利用间隙两侧的序列作为探针，或者制备相应的PCR引物，从新文库筛选阳性克隆，重新测序。
序列间隙：测序时遗漏的序列，这些序列任然保留在尚未挑选到的克隆中。序列间隙可以通过利用相邻已知顺序作为探针，筛选已有的基因组文库，挑选阳性克隆重新测序进行缝合。
7)大型基因组鸟枪法测序的缺点是什么?如何克服这些缺点
容易产生间隙，组装时容易出错
与作图法结合或多次测序多次组装
8)基因组鸟枪法测序要构建大小不同的插入片段克隆文库,原因何在
1.采用多个基因组文库时因为任何一种载体都会因某些插入片段与宿主菌的不兼容而不能扩增，使一些DNA
片段丢失
2.多种质粒文库也增加了克隆片段的总长，扩大了覆盖面
3.10kb文库的构建有助于在2kb质粒来源的两端测序序列组装时校正由重复序列产生的差错
4.Fosmid和BAC文库的构建可以使下片段DNA文库组建的重叠群在大分子克隆中有效而准确地归并与整合，避免了再全基因组范围内直接进行重叠群排序所产生的错误，可提高序列组装的效率，保证序列组装的可信度。
9)为何着丝粒区和近端粒区DNA的测序非常困难
重复序列多
第5章
1)简述原核生物和真核生物基因结构的特点与差别.
真核生物有内含子外显子
2)什么是ORF?
开放读框（open reading frame），由一系列指令氨基酸的密码子组成。
3)什么是序列同源性?什么是序列一致性?什么是序列相似性
同源性：起源于同一祖先但发生变异的序列之间的关联性。
一致性：同源DNA序列的同一碱基位置上相同的碱基成员，或蛋白质中同一氨基酸位置相同的氨基酸成员的比例。相似性：同源蛋白质氨基酸序列中一致性氨基酸和可取代氨基酸所占的比例。
4)什么是直系同源基因?什么是共生同源基因?它们的差别是什么
直系同源基因：不同物种之间的同源基因，他们来自物种分割之前的同一祖先。
共生同源基因：同一生物内部的同源基因，他们常常是多基因家族的不同成员，其共同的祖先可能存在于物种形成之前或之后。
直系来自不同物种，共生来自同一物种。
5)蛋白质结构域在基因注解中有何意义
由于蛋白质的整体功能是通过各个结构之间的协同作用而实现的，因此结构域的组成提供了蛋白质功能解毒的关键信息。
6)基因剔除的原理.
在一段无关片段的两侧连接与带换基因两侧相同的顺序，将这一构件导入目的细胞，由于同源片段之间的重组，可以使无关片段取代靶基因整合到染色体中。为了便于筛选,用于取代的外源DNA中含有报告基因。
基因剔除是最简便的基因失活的方法，用于高等生物基因功能的研究。
第6章
1)异染色质与常染色质的差别是什么
异染色质，分布在细胞核周缘，结构致密，着色深。
常染色质，分散在整个细胞核当中，结构比较松弛，着色浅。
2)何谓SAR?何谓MAR
骨架附着区（scaffold attachment region，SAR）：与染色体骨架附着区结合的DNA序列。
基质附着区（matrix attachment region,MAR）:与核基质结合结合的DNA序列。
3)什么是CpG岛 CpG岛有什么分布特点 CpG岛是如何产生的
CpG岛:基因组中富含双碱基CpG的序列。
特点：1.主要在脊椎动物中发现,其它种属基因组中也有CpG岛, 但特征不明显.
2.绝大多数CpG岛中很少出现胞嘧啶甲基化, 因此被认为是基因转录活跃区.
3.CpG岛主要分布在基因的启动子区和第一个外显子区.
4.绝大多数管家基因含有CpG岛, 是寻找基因的一个指标.
5.在染色体上分布很不均匀，但与基因的分布频率一致。
产生原因：1. 由于细胞内胞嘧啶甲基化与脱氨基事件常常发生, 导致复制时的C→A错配.在下一轮复制时原来的胞嘧啶(C)位置由胸腺嘧啶(T)取代, 即发生碱基代换. 因此基因组DNA顺序进化的总趋势是A/T比例增加.
2. 管家基因对生物的存活极其重要, 启动子区是基因调控的主要成分, 因此很少发生可遗传的C→A的突变, 保留了较平均值更高的G/C比.
4)叶绿体和线粒体基因组起源于原核生物的依据何在
1.细胞器基因表达的过程很多方面与细菌相似；
2.细胞器基因与细菌基因相似性高于核基因。
5)真细菌和古细菌操纵子的组成有何差异
6)什么是DNA转座子?什么是RNA转座子(或逆转座子)?这两类转座子的转座方式有何特点
DNA转座子：基因组中广泛存在的一类可以移动位置的遗传因子，涉及DNA的直接转座。
RNA转座子：以RNA为中介进行转座。
第一类本身含有编码转座子酶的基因，可以自主转录。第二类本身不含有编码转座子酶的基因，需要在转座的时候提供转座酶才能转座。
8)?逆转座子可分为哪几类?各有什么特点
LTR类逆转座子：A.逆转录病毒。B.逆转录转座子（缺少外壳蛋白基因）
非LTR类逆转座子：C.重复序列LINE（缺少逆转座子边界顺序） D.重复序列SINE（由mRNA反转录产生）
9)?线粒体基因组与叶绿体基因组在结构与组成上有何差异
线粒体基因组：1.结构非均一
2.不同种属之间线粒体基因组大小变化很大
3.含有大量短序列正向或反向重复序列
叶绿体基因组：1.结构紧凑，少非编码序列
2.不同种属之间叶绿体基因组大小比较恒定
3.拷贝数不恒定
4.有两段很长的反向序列
第12-13章
1）?什么RNA世界
科学依据多年的科学研究而提出的一条关于生命科学的理论。其内容为:生命进化的早期，没有蛋白质(酶)，某些RNA可以催化RNA的复制--也就是说RNA是唯一的遗传物质，是生命的源头。
2)何谓“生命的三界”？
真细菌，古细菌，真核生物三域
3)?基因组主要通过什么方式增加基因的数目
1.整个基因组加倍；
2.单条或部分染色体加倍；
3.单个或成群基因加倍。
4)?新基因的产生有哪些主要方式
基因或基因组加倍
结构域洗牌
逆转录及其随后的变异或重排
外源基因水平转移
基因裂变与融合
非编码顺序转变为编码顺序.
5)?什么是外显子洗牌什么是结构域重排?它在基因组进化中起什么作用
外显子洗牌：由不同基因中编码不同结构域的片段彼此连接形成的全新编码序列。
结构域重排：不同的结构域重新排列产生具有创新功能的基因。
它们会有一个全新的结构组合，可为细胞提供完全不同的生物学功能。
6）?转座子对基因组进化有何影响？
1.大多数转座因子含有控制基因表达的序列，转座子的插入也能改变基因的表达模式
2.参与基因编码序列重排，为基因创新提供原材料
3.可引起基因组重排
7)?基因组的扩张有哪些方式
1.整个基因组加倍；
2.单条或部分染色体加倍；
3.单个或成群基因加倍。
1)?什么是分子钟？（第14章）
单位时间内同源蛋白质氨基酸序列或DNA核苷酸序列取代的比率称为分子钟。
第八章分子生物学常用技术的原理及其应用及人类基因组学 测试题 一、名词解释 1．分子杂交 2．Southernblotting 3．Northernblotting 4．Westernblotting 5．dotblotting 6．DNA芯片技术 7．PCR 8．功能性克隆 9．转基因技术 二、填空题 1．Southernblotting用于研究、Northernblotting用于研究，Westernblotting用于研究。 2．PCR的基本反应步骤包括、和三步。 3.在PCR反应体系中，除了DNA模板外，还需加入、、和。 4．Sange法测序的基本步骤包括、、和。 5．目前克隆致病相关基因的主要策略有、、。 6．血友病第Ⅷ因子基因的首次克隆成功所采用的克隆策略是，而DMD致病基因的克隆所采用的克隆策略是。 三、选择题 A型题 1.经电泳分离后将RNA转移到硝酸纤维素(NC)膜上的技术是： A．SouthernblottingB．Northernblotting
C．WesternblottingD．dotblotting E．insituhybridization 2.不经电泳分离直接将样品点在NC膜上的技术是 A．SouthernblottingB．Northernblotting C．WesternblottingD．Dotblotting E．insituhybridization 3.经电泳分离后将蛋白质转移到NC膜上的技术是 A．SouthernblottingB.Northernblotting C．WesternblottingD．dotblotting E．insituhybridization 4.经电泳后将DNA转移至NC膜上的技术是A．SouthernblottingB．Northernblotting C．WesternblottingD．Easternblotting E．insituhybridization 5.PCR的特点不包括 A．时间短，只需数小时B．扩增产物量大 C.只需微量模板D．用途非常广泛 E.底物必须标记 6．用于PCR的DNA聚合酶必须 A．耐热B．耐高压C.耐酸D．耐碱E.耐低温7．PCR反应过程中，模板DNA变性所需温度一般是A．95?CB．85?CC．75?CD．65?CE．55?C 8．PCR反应过程中，退火温度一般是 A．72?CB．85?CC．75?CD．65?CE．55?C 9.PCR反应过程中，引物延伸所需温度一般是A．95?CB.82?CC．72?CD．62?CE．55?C
基因组学复习题 Prepared on 22 November 2020
第1章 1)什么是C-值悖理什么是N-值悖理 C-值悖理：生物基因组的大小同生物进化所处地位的高低无关的现象。 N-值悖理：基因数目与进化程度或生物复杂性的不对应性，称之为N值悖理 2)什么是序列复杂性 基因组中不同序列的DNA总长，用bp 表示。 3)RNA分子有哪些种类 mRNA tRNA rRNA scRNA snRNA snoRNA 小分子干扰RNA 4)不编码蛋白质的RNA包括哪些类型 tRNA rRNA scRNA snRNA snoRNA 小分子干扰RNA 5)什么是假基因假基因是如何形成的 来源于功能基因但已失去活性的DNA序列，有沉默的假基因，也有可转录的假基因。 产生假基因的原因有很多，如编码序列出现终止密码子突变，或者插入和缺失某些核苷酸使mRNA移码，造成翻译中途停止或者异常延伸，合成无活性的蛋白质。 6)假基因能否表达为什么 能，假基因相对于原来的基因已经失去功能但是可能产生新的功能。 最初人们认为, 假基因是不能转录的基因, 随着基因组数据的积累, 现在已知有不少假基因仍然保持转录的活性, 特别是起源于重复基因的假基因和获得启动子加工的假基因，但假基因的转录产物已失去原有的功能, 如产生残缺蛋白质。 7)如何划分基因家族什么是超基因家族 基因家族：将来自共同的祖先，因基因加倍或变异产生了许多在DNA序列组成上基本一致而略有不同的成员划分为一个基因家族。 超基因家族：起源于共同祖先，由相似DNA序列组成的许多基因亚家族或相似的基因成员构成的群体，它们具有相似的功能。 8)低等生物与高等生物基因组组成有何差别为什么会产生这些差别 低等生物：1)结构紧凑，一般不存在内含子（古细菌除外）； 2)大小在5 Mb以下； 3)缺少重复序列； 4)很少非编码序列。
UTR的含义是（B ） A.编码区 B. 非编码区 C. motif的含义是（D ）。 A.基序 B. 跨叠克隆群 C. algorithm 的含义是（B ）。 A.登录号 B. 算法 C. RGR^ （D ）。 A.在线人类孟德尔遗传数据 D.水稻基因组计划 下列Fasta格式正确的是（B） 低复杂度区域 D. 幵放阅读框 碱基对 D. 结构域 比对 D. 类推 B. 国家核酸数据库 C. 人类基因组计划 A. seql: agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta B. >seq1 agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta C. seq1:agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta D. >seq1agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta 如果我们试图做蛋白质亚细胞定位分析，应使用（D） A. NDB 数据库 B. PDB 数据库 C. GenBank 数据库 D. SWISS-PROT 数
据库 Bioinformatics 的含义是（A ）。 A. 生物信息学 B. 基因组学 C. 蛋白质组学 D. 表观遗传学 Gen Bank中分类码PLN表示是（D ）。 A.哺乳类序列 B. 细菌序列 C.噬菌体序列 D. 植物、真菌和藻类序列 ortholog 的含义是（A）0 A.直系同源 B.旁系同源 C.直接进化 D.间接进化 从cDNA文库中获得的短序列是（D ）o A. STS B. UTR C. CDS D. EST con tig的含义是（B ）o A.基序 B. 跨叠克隆群 C. 碱基对 D. 结构域 TAIR （AtDB）数据库是（C）o A.线虫基因组 B. 果蝇基因组 C. 拟南芥数据库 D. 大肠杆菌基因组ORF的含义是（D ）o A.调控区 B. 非编码区 C.低复杂度区域 D. 幵放阅读框
生物五界：动物、植物、真菌、原生生物和原核生物；生物三界：真细菌、古细菌、真核生物 具有催化活性的RNA分子称为核酶（ribozyme）核酶催化的生化反应有：自我剪接、催化切断其它RNA、合成多肽键、催化核苷酸的合成 新基因的产生：基因与基因组加倍1）整个基因组加倍；2）单条或部分染色体加倍；3）单个或成群基因加倍。DNA水平转移：原核生物中的DNA水平转移可通过接合转移，噬菌体转染，外源DNA的摄取等不同途径发生，水平转移的基因大多为非必须基因。动物中由于种间隔离不易进行种间杂交，但其主要来源于真核细胞与原核细胞的内共生。动物种间基因转移主要集中在逆转录病毒及其转座成分。 外显子洗牌与蛋白质创新：产生全新功能蛋白质的方式有二种：功能域加倍，功能域或外显子洗牌 基因冗余：一条染色体上出现一个基因的很多复份(复本）当人们分离到某一新基因时，为了鉴定其生物学功能，常常使其失活，然后观察它们对表型的影响。许多场合，由于第二个重复的功能基因可取代失活的基因而使突变型表型保持正常。这意味着，基因组中有冗余基因存在。看家基因很少重复，它们之间必需保持剂量平衡，因此重复的拷贝很快被淘汰。与个体发育调控相关的基因表达为转录因子，具有多功能域的结构。这类基因重复拷贝变异可使其获得不同的表达控制模式，促使细胞的分化与多样性的产生，并导致复杂形态的建成，具有许多冗余基因。 非编码序列扩张方式：滑序复制、转座因子 模式生物海胆、果蝇、斑马鱼、线虫、蟾蜍、小鼠、酵母、水稻、拟南芥等。模式生物基因组中G+C%含量高, 同时CpG 岛的比例也高。进化程度越高, G+C 含量和CpG 岛的比例就比较低 如果基因之间不存在重叠顺序，也无基因内基因（gene-within-gene），那么ORF阅读出现差错的可能只会发生在非编码区。细菌基因组中缺少内含子，非编码序列仅占11%, 对阅读框的排查干扰较少。细菌基因组的ORF阅读相对比较简单，错误的机率较少。高等真核生物DNA的ORF阅读比较复杂：基因间存在大量非编码序列（人类占70%）；绝大多数基因内含有非编码的内含子。高等真核生物多数外显子的长度少于100个密码子 内含子和外显子序列上的差异：内含子的碱基代换很少受自然选择的压力，保留了较多突变。由于碱基突变趋势大多为C-T,故A/T的含量内含子高于外显子。由于终止密码子为TAA\TAG\TGA，如果以内含子作为编码序列，3种读码框有很高比例的终止密码子。 基因注释程序编写的依据：1）信号指令，包括起始密码子，终止密码子，终止信号，剪接受体位和供体位，多聚嘧啶序列，分支点保守序列2）内容指令，密码子偏好，内含子和外显子长短 基因功能的检测：基因失活、基因过表达、RNAi干涉 双链DNA的测序可从一端开始，亦可从两端进行，前者称单向测序，后者称双向测序。 要获得大于50 kb的DNA限制性片段必需采用稀有切点限制酶。 酵母人工染色体（YAC）1）着丝粒在细胞分裂时负责染色体均等分配。2）端粒位于染色体端部的特异DNA序列，保持人工染色体的稳定性3）自主复制起始点（ARS）在细胞中启动染色体的复制 合格的STS要满足2个条件：它应是一段序列已知的片段，可据此设计PCR反应来检测不同的DNA片段中是否存在这一顺序；STS必需在染色体上有独一无二的位置。如果某一STS在基因组中多个位点出现，那么由此得出的作图数据将是含混不清的。 遗传图绘制主要依据由孟德尔描述的遗传学原理，第一条定律为等位基因随机分离，第二条定律为非等位基因自由组合，显隐性规律/不完全显性、共显性、连锁 衡量遗传图谱的水平覆盖程度饱和程度 基因类型：transcribed, translatable gene (蛋白基因) ；transcribed but non-translatable gene ( RNA基因)Non- transcribed, non-translatablegene ( promoter, operator ) rRNA基因，tRNA基因, scRNA基因, snRNA基因, snoRNA基因, microRNA基因 基因组(genome)：生物所具有的携带遗传信息的遗传物质总和。 基因组学（genomic）：用于概括涉及基因作图、测序和整个基因功能分析的遗传学分支。 染色体组（chromosome set）：不同真核生物核基因组均由一定数目的染色体组成，单倍体细胞所含有的全套染色体。 比较基因组学（comparative genomics）：比较基因组学是基因组学与生物信息学的一个重要分支。通过模式生物基因组与人类基因组之间的比较与鉴别，为分离重要的候选基因，预测新的基因功能，研究生物进化提供依据。（目标）
基因组学试题 1、什么是基因组（5分）？什么是转录组（5份）？说明基因组 合的关系和异同（10分）基因组是生物体（细胞或病毒）中所有的DNA的总和, 包括所有的基因和基因间区域，包 括染色体之外的遗传物质，如线粒体、叶绿体、质粒等。 基因组：物种内恒定(♀/♂)，生物体或细胞内恒定，没有时空变化(?)。事实上有特例，1、盲鳗(Hugfish) ,性细胞和体细胞DNA 量差异; 2、部分昆虫，性细胞和体细胞染色体数目差异; 3、动物雌雄个体差异 转录组： ?生物体、组织、细胞不同生长发育阶段的转录产物不同。 ?生物体不同组织、同一组织不同细胞的转录产物不同。 ?生物体、组织、细胞不同环境、不同生理状态下的转录产物 不同。 ?转录产物中包含大量不翻译蛋白的RNA,如rRNA; sRNA 2、简述原核生物基因组和真核生物基因组的特点和差异（10分）原核生物基因组 ?一条环状DNA； ?只有一个复制起始点； ?有操纵子（Operon）结构
1.结构基因为多顺反子，若干个功能相关的功能基因串联在一起， 手统一调控区调控。 2.数个操纵子还可以受同一个调节基因（regulaterygene)，即调节 子（regulon)调控。 ?结构基因无重叠现象，基因组中任何一段DNA不会用于编码2种蛋白质 ?基因是连续的，无内含子，转录后不剪接； ?重复序列少，蛋白质基因一般为单拷贝基因，但编码rRNA的基因一般为多拷贝，有利于核糖体快速组装。 真核生物基因组 ?复杂的染色体结构，一般有多条染色体 ?每条染色体上有多个复制起始点； ?基因组中有大量的重复序列（轻度、中度、高度重复）； ?基因是不连续的，有内含子，转录后经过剪接加工成成熟RNA；?有许多来源相同、结构相似、功能相关的基因组成的单一基因簇，或基因家族 ?有细胞器基因，真核生物除具有核基因外，还有存在于线粒体和叶绿体中基因，编码同功酶等。 3、什么是遗传图谱（5分）？遗传图谱在基因组研究中的意义 何在（15分）？采用遗传学分析方法将基因或其它DNA标记
第一章基因组学 1、学习基因组学所面临的挑战和意义? 全面鉴定人类基因组所编码的结构和功能成分；发展对人类基因组的可遗传变异的详细理解；发展基于基因组学的方法来预测疾病的敏感性和药物反应，疾病的早期检验，以及疾病的分子分类；应用新的基因和代谢通路的知识开发有效的、新的疾病治疗方法发展；理解物种间的进化变异及其机制；关键农作物基因的克隆和功能验证；基于基因组的工具来提高农作物产量，解决世界粮食危机及全球温饱问题。 2、DNA作为遗传物质的优点？ 信息量大，集成度高；碱基互补配对，保证精确复制；核糖2’碳位脱氧，在水溶液中稳定 性好；以T取代U，没有C脱氨变U的危险。 3、证明DNA双螺旋的证据？ 各种生物物理证据；X射线衍射图谱；碱基比例；模型构建。 4、DNA、RNA的两个重要化学差异有哪些？ 碱基组成；链数。 5、原核、真核生物基因组的不同点？ 原核生物：基因组为环状双链DNA分子；只有一个复制起始点；具有操纵子结构：指数个功能上相关的基因串联在一起,连同上游的调控区和下游的转录终止信号构成基因的表达单位：一般无重叠基因；基因是连续的,无内含子；编码区在基因组中的比例；基因组中重复 序列很少；具有编码同工酶的基因(isogene)：同工酶是指具有相同催化功能而化学结构不 同的酶,它受一个或几个基因座等位基因；分子中有多功能识别区域复制、转录起始区复制、转录终止区 真核生物：体细胞: 两套基因组（二倍体细胞）性细胞: 一套基因组（单倍体细胞）；基因组结构复杂,数目庞大, 多个复制起始点；mRNA为单顺反子：真核基因转录产物为单顺反子，即一种基因编码一种多肽链或RNA链，每个基因转录有各自的调节元件；含大量重复 序列；非编码序列占90%以上；基因间有间隔区(spacer DNA),基因为断裂基因(split gene) 即内含子,外显子；功能相关的基因串联在一起形成基因家族 7、真核生物染色体三大要素及功能？ 着丝粒：控制细胞分裂时染色体的取向和移动；端粒：防止染色体末端粘连，保证DNA长度稳定；复制原点：起始DNA复制。 8、染色体末端的端粒为什么很重要？ 维持染色体结构的完整性，防止染色体被核酸酶降解及染色体间相互融和；防止染色体结构基因在复制时丢失，解决了末端复制的难题。 9、人类基因组中存在哪些类型的重复DNA? 串联重复基因： 6、简述DNA组成基因的两个重要实验？ 第二章基因组的复制 1、在Meselson-Stahl的实验前，我们不知道DNA复制是“弥散型”“半保留型”或“全保留型”，描述经几种不同方式复制，子代分子DNA中DNA的区别？ 2、什么是半不连续复制模型？ 前导链（leading strand）：以5’-3’方向连续合成的DNA 链 滞后链（lagging strand）：总体上沿着3’到5’方向延伸，但以小片段形式(5￠-3￠)不连续合成，最后共价连接起来 3、为什么需要RNA引物来引发DNA复制呢？ （1）RNA引物可以提供3’-OH末端作合成新DNA链起点。
05级分子生物学真题 一、选择题 1、激活子的两个功能域，一个是转录激活结构域，另一个是（DNA结合域） 2、转录因子包括通用转录因子和（基因特异转录因子） 3、G-protein激活needs(GTP)as energy. 4、Promoters and(enhancers)are cis-acting elements. 5、噬菌体通过（位点专一重组）整合到宿主中 6、在细菌中，色氨酸操纵子的前导区转录后，（翻译）就开始 7、mRNA的剪切跟(II)类内含子相似 8、UCE是（I）类启动子的识别序列 9、TATA box binding protein在下列哪个启动子里面存在（三类都有） 10、（5S rRNA)是基因内部启动子转录的 11、人体全基因组大小(3200000000bp) 12、与分枝位点周围序列碱基配对的剪接体（U2snRNP） 13、tRNA基因是RNA聚合酶（III）启动的 14、在细菌中，色氨酸操纵子的前导区转录后，（翻译）就开始 15、乳糖操纵子与阻遏蛋白结合的物质是（异构乳糖）。 16、核mRNA的内含子剪接和（II类内含子剪接）的过程相似 17、基因在转录时的特点（启动子上无核小体） 18、RNA干涉又叫（转录后的基因沉默，PTGS） 19、内含子主要存在于（真核生物） 20、snRNA在下列哪种反应中起催化酶的作用（mRNA的剪接） 二、判断题 1、原核生物有三种RNA聚合酶。 2、抗终止转录蛋白的机制是使RNA聚合酶忽略终止子。 3、RNA聚合酶II结合到启动子上时，其亚基的羧基末端域（CTD）是磷酸化的。 4、Operon is a group of contiguous,coordinately controlled genes. 5、RNA聚合酶全酶这个概念只应用于原核生物。 6、聚腺苷酸尾是在mRNA剪接作用前发生的。 7、σ在转录起始复合复合物中使得open到closed状态（closed转变成open） 8、剪接复合体作用的机制：组装、作用、去组装，是一个循环 三、简答题 1、原核生物转录终止的两种方式。 2、组蛋白乙酰化对基因转录的影响。 3、G蛋白在翻译中的作用有哪些？ 4、什么是转座？转座子有哪些类型？ 5、简述增强子的作用机制。 04级分子生物学期末题目 一、选择题（20题） 1、tRNA的5端剪切所需的酶(RNase P） 2、人体全基因组大小(3，200，000，000bp) 3、（5S rRNA)是基因内部启动子转录的 4、线虫反式剪接所占比例(10%-20%) 5、与分枝位点周围序列碱基配对的剪接体（U2snRNP）
基因组学专题课程作业 考试题目： 假如你发现一个新基因，请利用基因组学的思路，方法，技术路线设计可 行的假如你发现个新基因，请利用基因组学的思路，方法，技术路线设计可行的实验方案，研究它的功能，寻找出它所影响的下游基因，可能与此蛋白相互 作用的其它蛋白，以及调控它表达的上游基因。（选择一个你所熟知的模式生物。） 答案： 微生物是包括细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生动物等在内的一大类 生物群体，它个体微小，却与人类生活密切相关。微生物在自然界中可谓“无 处不在，无处不有”，涵盖了有益有害的众多种类，广泛涉及健康、医药、工 农业、环保等诸多领域。 微生物对人类最重要的影响之一是导致传染病的流行。在疾病的预防和治 疗方面，人类取得了长足的进展，但是新现和再现的微生物感染还是不断发生，像大量的病毒性疾病一直缺乏有效的治疗药物。一些疾病的致病机制并不清楚。大量的广谱抗生素的滥用造成了强大的选择压力，使许多菌株发生变异，导致 耐药性的产生。微生物能够致病，能够造成食品、布匹、皮革等发霉腐烂，但 是微生物也有有益的一面。青霉素的发现对医药界来讲是一个划时代的发现。 后来大量的抗生素从放线菌等的代谢产物中筛选出来。一些微生物被广泛应用 于工业发酵，生产食品及各种酶制剂等；一部分微生物能够降解塑料、处理废 水废气等等，并且可再生资源的潜力极大，称为环保微生物；还有一些能在极 端环境中生存的微生物，例如：高温、低温、高盐、高碱以及高辐射等普通生 命体不能生存的环境，依然存在着一部分微生物等等。 随着医学研究进入分子水平，人们对基因、遗传物质等专业术语也日渐熟悉。人们认识到，是遗传信息决定了生物体具有的生命特征，包括外部形态以
第1章 1)什么是C-值悖理?什么是N-值悖理? C-值悖理：生物基因组的大小同生物进化所处地位的高低无关的现象。 N-值悖理：基因数目与进化程度或生物复杂性的不对应性，称之为N值悖理 2)什么是序列复杂性? 基因组中不同序列的DNA总长，用bp 表示。 3)RNA分子有哪些种类? mRNA tRNA rRNA scRNA snRNA snoRNA 小分子干扰RNA 4)不编码蛋白质的RNA包括哪些类型? tRNA rRNA scRNA snRNA snoRNA 小分子干扰RNA 5)什么是假基因?假基因是如何形成的? 来源于功能基因但已失去活性的DNA序列，有沉默的假基因，也有可转录的假基因。 产生假基因的原因有很多，如编码序列出现终止密码子突变，或者插入和缺失某些核苷酸使mRNA移码，造成翻译中途停止或者异常延伸，合成无活性的蛋白质。 6)假基因能否表达? 为什么? 能，假基因相对于原来的基因已经失去功能但是可能产生新的功能。 最初人们认为, 假基因是不能转录的基因, 随着基因组数据的积累, 现在已知有不少假基因仍然保持转录的活性, 特别是起源于重复基因的假基因和获得启动子加工的假基因，但假基因的转录产物已失去原有的功能, 如产生残缺蛋白质。 7)如何划分基因家族? 什么是超基因家族? 基因家族：将来自共同的祖先，因基因加倍或变异产生了许多在DNA序列组成上基本一致而略有不同的成员划分为一个基因家族。 超基因家族：起源于共同祖先，由相似DNA序列组成的许多基因亚家族或相似的基因成员构成的群体，它们具有相似的功能。 8)低等生物与高等生物基因组组成有何差别?为什么会产生这些差别? 低等生物：1)结构紧凑，一般不存在内含子（古细菌除外）； 2)大小在5 Mb以下； 3)缺少重复序列； 4)很少非编码序列。
第一章 一、基因组 1、基因组（genome）：生物所具有的携带遗传信息的遗传物质的总和,是指生物细胞中所有的DNA，包括所有的基因和基因间区域。 2、基因组学：指以分子生物学技术、计算机技术和信息网络技术为研究手段，以生物体全部基因为研究对象，在全基因背景下和整体水平上探索生命活动的在规律及其外环境影响机制的科学。 基因组学包括3个不同的亚领域 结构基因组学(structural genomics) ：以全基因组测序为目标 功能基因组学(functional genomics)：以基因功能鉴定为目标 比较基因组学(comparative genomics) 二、基因组序列复杂性 1、C值是指一个单倍体基因组中DNA的总量，以基因组的碱基对来表示。每个细胞中以皮克(pg，10-12g)水平表示。 C 值悖理（矛盾）（C-value paradox)：在结构、功能很相似的同一类生物中，甚至在亲缘关系十分接 近的物种之间，它们的C值可以相差数10倍乃至上百倍。 C值反映了总体趋势上，随着生物结构和功能的复杂性的增加，各分类单元中最小基因组的大小随分类地位的提高而递增。 2、序列复杂性 单一顺序：基因组中单拷贝的DNA序列 重复顺序：基因组中多拷贝的基因序列 真核生物基因组DNA组分为非均一性，可分为3种类型：快速复性组分、居间复性组分、缓慢复兴组分 三、基因与基因家族 1、基因家族：是真核基因组的共同特征，他们来自一个共同的祖先，因基因加倍和趋异，产生了许多在DNA序列上基本一致而略有不同的成员。 包括编码RNA的基因和编码蛋白质的基因 2、隔裂基因（split gene）：指基因部被一个或更多不翻译的编码顺序即含子所隔裂。 3、异常结构基因分类 重叠基因：编码序列彼此重叠的基因，含有不同蛋白质的编码序列。 基因基因:一个基因的含子中包含其他基因。 反义基因: 与已知基因编码序列互补的的负链编码基因，参与基因的表达调控，可以干扰靶基因mRNA转录与翻译。 4、假基因：来源于功能基因但已失去活性或者改变原来活性功能的DNA序列. 四、基因组特征比较 真核生物基因组的特征：复杂性较高的生物基因组结构松弛，在整个基因组围分布大量重复顺序（小基因组重复序列较少，大基因组重复序列急剧扩增）；含有大量数目不等的线性DNA分子，并且，每个长 链DNA都与蛋白质组成染色体结构；含有细胞器基因组（所有真核生物都具有环状的线粒体DNA，植物细胞还含有环状的叶绿体DNA。） 原核生物基因组的特征 :原核生物基因数目比真核生物少，大小在5 Mb以下; 原核生物基因组结构更紧凑;（极少重复序列;重复基因的数量远远低于真核生物；不存在含子，基本都是编码序列，无断裂基因。）
基因组学 1. 简述基因组的概念和其对生命科学的影响。 基因组：指一个物种的全套染色体和基因。广义的基因组：核基因组，线粒体基因组，叶绿体基因组等。 基因组计划对生命科学的影响： ①研究策略的高通量，彻底认识生命规律：基因组研究高通量，研究手段和 研究策略的更新，加强了生命科学研究的分工与协作，从不同层次深入研究生命现象。 ②促进了相关学科的发展：分子生物学遗传学生物信息学生物化学细胞生 物学生理学表观遗传学等 ③物种的起源与进化： Ⅰ.重要基因的发掘、分离和利用：遗传疾病相关基因，控制衰老的基因，工业价值的细菌基因，重要农艺性状基因等。 Ⅱ.充分认识生命现象：基因的表达、调控，基因间的相互作用，不同物种基因组的比较研究，揭示基因组序列的共性，探讨物种的起源和进化。 ④伦理学法律问题：伦理问题，知识产权问题，法律问题，社会保险问题。 2. Ac/Ds转座因子 Ac因子有4563bp，它的大部分序列编码了一个由5个外显子组成的转座酶基因，成熟的mRNA有3500bp。该因子本身的两边为11bp的反向重复末端（IR），发生错位酶切的靶序列长度8bp。Ds因子较Ac因子短，它是由Ac因子转座酶基因发生缺失而形成的。不同的Ds因子的长度差异由Ac因子发生不同缺失所致。 Ac/Ds因子转座引起的插入突变方式：玉米Bz基因是使糊粉层表现古铜色的基因，当Ac/Ds转座插入到Bz基因座后，糊粉层无色。当Ac/Ds因子在籽粒发育过程，部分细胞发生转座，使Bz靶基因发生回复突变，从而形成斑点。 Ac/Ds两因子系统遗传特点： 1）Ac具有活化周期效应，有活性的Ac+因子被甲基化修饰后会形成无活性的ac-因子，反之无活性的ac-因子去甲基化成有活性的Ac+因子。 2）Ac与Ds因子有时表现连锁遗传但更多表现独立遗传。 3）Ac对Ds的控制具有负剂量效应。 4）Ac/Ds可引发靶基因表现为插入钝化、活性改变、表达水平改变和缺失突变等。 5）Ds的结构不同，插入同一靶基因的位点可能不同，形成的易变基因的表型也不同。（分子生物学79-81） 3. 正向遗传与反向遗传 正向遗传学研究指从突变体开始的遗传学研究，关心的问题是突变体表型的变化是由哪一个基因功能丧失后引起。 反向遗传学研究指从基因序列开始的遗传学研究，关心的问题是基因功能丧失后会使植物的表型产生什么样的变化。
第1章1)什么是C-值悖理什么是N-值悖理 C-值悖理：生物基因组的大小同生物进化所处地位的高低无关的现象。 N-值悖理：基因数目与进化程度或生物复杂性的不对应性，称之为N值悖理 2)什么是序列复杂性? 基因组中不同序列的DNA总长，用bp 表示。 3)RNA分子有哪些种类 mRNA tRNA rRNA scRNA snRNA snoRNA 小分子干扰RNA 4)不编码蛋白质的RNA包括哪些类型 tRNA rRNA scRNA snRNA snoRNA 小分子干扰RNA 5)什么是假基因假基因是如何形成的 来源于功能基因但已失去活性的DNA序列，有沉默的假基因，也有可转录的假基因。 产生假基因的原因有很多，如编码序列出现终止密码子突变，或者插入和缺失某些核苷酸使mRNA移码，造成翻译中途停止或者异常延伸，合成无活性的蛋白质。 6)假基因能否表达?为什么 能，假基因相对于原来的基因已经失去功能但是可能产生新的功能。 最初人们认为, 假基因是不能转录的基因, 随着基因组数据的积累, 现在已知有不少假基因仍然保持转录的活性, 特别是起源于重复基因的假基因和获得启动子加工的假基因，但假基因的转录产物已失去原有的功能, 如产生残缺蛋白质。 7)如何划分基因家族?什么是超基因家族 基因家族：将来自共同的祖先，因基因加倍或变异产生了许多在DNA序列组成上基本一致而略有不同的成员划分为一个基因家族。 超基因家族：起源于共同祖先，由相似DNA序列组成的许多基因亚家族或相似的基因成员构成的群体，它们具有相似的功能。 8)低等生物与高等生物基因组组成有何差别为什么会产生这些差别 低等生物：1)结构紧凑，一般不存在内含子（古细菌除外）； 2)大小在 5 Mb以下； 3)缺少重复序列；
1下列说法不正确的是（ B ）+ A）微生物是个体最小的生物 B）微生物都是原核生物 C）微生物种类很多 D）微生物学是研究微生物形态、生理、遗传变异、生态分布、分类及其与人类关系的科学 2根据微生物的细胞结构、组成等特点可将其分为（ B ）+ A）真核细胞型、原核细胞型 B）真核细胞型、原核细胞型、非细胞结构型 C）原核细胞型、非细胞结构型 D）真核细胞型、非细胞结构型 3每个个体只有一种核酸类型的微生物是（ D ）++ A）支原体 B）衣原体 C）立克次体 D）病毒 4下列对原核型微生物结构描述中，正确的一项是（D ）+ A）有细胞壁但是不含肽聚糖
B）有细胞膜且含有胆固醇 C）有线粒体、质网、溶酶体等 D）无核膜，核质为裸露环状DNA 5下列有关物质进出细胞方式的叙述错误的是？（C）++ A）主动运输一定需要消耗能量 B）促进扩散一定需要载体 C）促进扩散一定需要能量 D）单纯扩散一定是顺浓度梯度进行的 6靛基质试验主要是测定细菌分解蛋白胨中的（D ）。++ A）胱氨酸 B）鸟氨酸 C）赖氨酸 D）色氨酸 知识点2：（细菌的生长繁殖和生态）难易度:简单认知度：理解7下列哪项不是微生物种群间的相互关系（C ）。++ A）互生 B）共生 C）竞争
D）拮抗 8以下有关毒力质粒说法，不正确的是（A ）+ A）毒力质粒是编码性菌毛的质粒 B）毒力质粒也就是Vi质粒 C）致病性大肠杆菌的K质粒属于毒力质粒 D）毒力质粒是编码细菌各种毒力因子的质粒 9介导细菌间接合的物质是（ D ）+ A）鞭毛 B）核糖体 C）普通菌毛 D）性菌毛 10细菌分类的基本单位是（D ）+ A）型 B）目 C）属 D）种 11按细菌对氧气的需求进行分类的依据属于（ C ）+ A）形态特征
"1:基因的三个基本属性是： A: 自我复制，转录，控制性状表达， B: 自我复制，翻译，控制性状表达， C: 自我复制，突变，控制性状表达， D: 自我复制，交换，控制性状表达，" "2:，分子生物学的三大支撑学科是： A: 遗传学，细胞学，进化论 B: 遗传学，细胞学，生物化学 C: 微生物学，遗传学，生物化学 D: 遗传学，生理学，生物化学" "3:分子生物学发展历程中的三大转变是： A: 研究对象的变换，研究内容的拓展，研究方法的改变 B: 研究对象的变换，研究难度的加深，研究策略的创新 C: 研究对象的变换，研究内容的拓展，研究策略的创新 D: 不同学科的渗透，研究内容的拓展，研究策略的创新" "4:对破译生物遗传密码作出重要贡献的是 A: 遗传学家 B: 生物化学家 C: 细胞学家 D: 生理学家" "5:“中心法则”指出了生物体的遗传信息流向是：从_经_到_. " "6:提出的双螺旋结构模型，并获得若贝尔奖的科学家是: A: J.Watson ，F. Crick 和Marshall Nirenberg B: J.Watson ，F. Crick 和Oswald Avery C: J.Watson ，F. Crick 和Maurice Wilkins D: J.Watson ，F. Crick 和Rosalind Franklin" "7:Oswald Avery对分子生物学发展的历史贡献是: "1:DNA的基本单元脱氧核苷酸是由（）组成的。 A: 一磷酸，核苷酸 B: 一磷酸，脱氧核糖，碱基 C: 三磷酸，脱氧核糖，碱基 D: 一磷酸，核甘" "2:分子中脱氧核苷酸的脱氧，是特指发生在（）的脱氧。 A: a，磷酸 B: b，核糖的C2位 C: c，核糖的C3位 D: d，碱基" "3:分布在同一区域中不同单链上的，两个不同的基因称为（）基因。A: 反向重复基因 B: 反向重叠基因 C: 反向倒位基因 D: 同向重叠基因"
一、名词解释 无限维管束 同源器官 颈卵器 心皮 聚合果 无融合生殖 核型胚乳 花程式 孢蒴 内始式 二、蕨类植物比苔藓植物在那些方面更能适应陆生环境。 三、试比较裸子植物与被子植物的主要异同点。 四、何谓木材的三切面？它们的概念怎样？以双子叶禾本植物为例，写出三切面的特征。 五、以水稻为例，叙述禾本科植物花序及花的详细组成。 六、试述被子植物由小孢子母细胞发育为花粉粒的全过程。 七、写出图中数字所指花序类型和胎座类型的名称。……（图略）
一、名词解释 有丝分裂 次生结构 形成层 侵填体 花程式和花图解 真核生物 颈卵器 世代交替 孢子和种子 C3和C4植物 二、试举例说明高等植物根的变态及其主要功能。 三、何谓光合作用，简述提高光合作用的几种途径。 四、试比较单子叶植物与双子叶植物茎的特点。 五、试比较裸子植物与被子植物的生活史
一、名词解释 管胞 凯氏带 居间生长 合轴分枝 孢子、合子与种子 平行进化 景天酸代谢 双名法 石松类植物 单性结实 二、简述植物细胞中各类细胞器的形态特征与主要特征与主要功能。 三、何谓次生生长？分别以根和茎为例简要说明之。 四、试说明苔藓植物的主要进化特征。 五、白果（银杏）和苹果两种“果”的用法各指什么，试分辨之。 六、请写出下列植物拉丁文的中文属名及所在的科 betula eucalyptus ficus ginkgo mangnolia populus quercus rhododendron salix ulmus
一、名词解释 细胞器 减数分裂 心皮 管胞 有限花序 子实体 世代交替 地衣 楔叶植物 通道细胞 二、植物有哪些主要的组织，简要说明它们的功能。 三、简述茎尖的结构及其进一把发育形成的结构或组织。 四、简述花在自然演化过程中的主要进化方向。 五、试以海带为例，说明褐藻类植物的生活史。 六、请写出下列拉丁文的中文属名及其所在的科名。Vitex stipa eucalypms syringe carex poa quercus ligustcum camellia pinu
从请下面十七道中，任选七道作答。 一、在一牛群中，外观正常的双亲产生一头矮生的雄犊。请你提出可能导致这种矮生的各种原因，并根据每种原因提出相应的调查研究的提纲（注意整个调查研究工作必须在两个月内完成）。 二、对于突变体的诱导有许多种方法，请分别列举一种化学的、物理的以及生物的突变体诱变方法。对于表型相同的一组突变体，请设计一遗传试验，验证这些突变属于相同位点（alleles）突变还是不同位点(non-alleles)的突变。 三、简述你所从事过的一项最主要研究工作。如果给你以足够的研究条件，以及3-4年的时间，你将如何进一步深化你的研究工作？ 四、试述有丝分裂和减数分裂对于保持物种稳定以及遗传多样性的意义。 五、基因组学研究是近年来生命科学领域的热点之一。简述结构基因组学与功能基因组学的概念，以及利用模式物种进行基因组学研究的意义。 六：请从遗传与变异的角度，论述世界上先有鸡，还是先有鸡蛋？ 七：请生理生化和DNA复制的机制角度论述“核酸营养”的合理性或荒谬性。 八、下述是一个虚拟的分子遗传学问题。 表皮毛具有重要的生物学意义。典型的表皮毛结构包括一根主干(main stem) 以及 主干顶端的三个分枝(branches) 组成。形态学研究表明如果主干生
长过长，通常导致顶 端分枝减少至两个或更少。相反，如果主干生长过短导致分枝增加。因此主干的长度与 顶端的分枝数目成负相关。 为了研究表皮毛发育的机制，某研究生筛选到一个表皮毛发育异常的突变体。该突 变体的表皮毛主干较野生型长，且只有两个分枝。该突变体被命名为abnormal branching (abc)。遗传分析表明abc 是一个核基因隐性突变。之后，该研究生克隆了ABC 基因，发现ABC基因编码一个转录因子。DNA测序分析发现在abc突变体中，一个单碱基的突变导致了在一个富含碱性氨基酸的区段（5 个连续的赖氨酸或精氨酸）中的一个赖氨酸突变为甘氨酸。 该研究生制备了抗ABC 蛋白的多克隆抗体。通过原位免疫荧光技术，该研究生发现在野生型中ABC 蛋白完全定位在细胞核中，而在abc 突变体中ABC 蛋白同时定位在细胞质和细胞核中。 为了更深入的研究表皮毛发育的机制，该研究生又筛选了abc 突变的抑制子突变(suppressors of abc; sab)。sab 突变能够抑制abc 突变体的表型（即abc/sab 双突变体的表型为正常）。但在野生型背景下(即sab 单突变)，表皮毛变短，分枝增多（4－6 个分枝）。分子遗传学实验证明SAB 基因编码一个F-box 蛋白(F-box protein)。该研究生证明在体外和体内(both in vitro and in vivo) ABC 均与SAB 互作(interaction)。Westernblot 表明ABC 蛋白在sab 突变体细胞中高水平富集。 根据上述结果，简要回答下述问题（第1－4 小题，答案请勿超过50 个字；第5 小题请勿超过200 字）： （1）该研究生可能通过什么方法制备了抗原（即用于制作抗体用的ABC 蛋白）？
基因组学整理试题 填空题： 1.位置效应的两种类型：稳定型，花斑型 2.细胞器基因组：线粒体基因组，叶绿体基因组 3.基因组进化的分子基础：突变，重组，转座 聚合酶的三种类型：pol1(RNA聚合酶1),pol2（RNA聚合酶2）,pol3（RNA聚合酶3） 5.转座子分类：DNA转座子，逆转录转座子 6.克隆载体的几种类型：YAC,BAC,HAC,MAC 7.重叠群组建的方法：步移法，指纹法 名词解释： 值：是指一个单倍体基因组中DNA的总量，一个特定的种属具有特征的C值。 值悖理：生物种属所具有的基因数目与其生物结构的复杂性不成比例的现象. 值悖理：基因数目与进化程度或生物复杂性的不对应性，称之为N值悖理（N所表示的是基因数目）。 4.基因家族:来自一个共同的祖先, 因基因加倍和趋异产生许多在DNA序列上基本一致而略有不同的成员。 1）大部分担负类似的生物学功能. 2）比较各个成员间的序列差异，可追踪基因的演变轨迹。 5.假基因：来源于功能基因但已失去原来功能的DNA序列.包括重复假基因、加工假基因、残缺假基因。 6. DNA标记 ->限制性片段长度多态性（ RFLP） 同一物种的亚种、品系或个体间基因组DNA 受到同一种限制性内切酶作用而形成不同的酶切图谱的现象 ->简单序列长度多态性（SSLP） 可变排列的简单重复序列, 即重复次数不一,在染色体的同一座位重复序列拷贝数不同; 包括俩种类型：小卫星序列（VNTR）、微卫星序列(SSR） ->单核苷酸多态性（SNP） SNP是指同一物种不同个体基因组DNA的等位序列上单个核苷酸存在差异的现象。其中最少一种在群体中的频率不小于1％；如果出现频率低于1％，则视作点突变。 7.序列间隙：因覆盖率的原因而留下的未能测序的序列，仍存在于克隆文库中, 这类间隙称为序列间隙。 物理间隙：因克隆载体自身的限制或DNA顺序特殊的组成等原因造成某些序列丢失或未能克隆, 这类间隙称为物理间隙。 8.表达序列标签（EST）：基因转录产物的一段cDNA序列。 9.转座因子：原核生物与真核生物基因组中广泛存在的一类可以移动位置的遗传因子。 10.CpG岛:基因组中富含GC碱基的DNA区段。 满足CpG岛的条件为:
学习复习题题 新概念名词：组学（-ome）；功能基因组学；HapMap；转录子组；LCM ；蛋白质的细胞功能；蛋白质组；IPG ；微阵列芯片；HGD；基因转录图谱；基因的本质；人类单体型图计划；比较基因组学；药物基因组学；蛋白质组研究策略--竭泽法；基因组学研究的主题与切面；LC-CE；2D-CE；基因芯片；HGP；蛋白质芯片；自私基因；基因组学；基因的功能；. 蛋白质的功能；寄生DNA；结构基因组学；生物体的基因组；物理图谱；单核苷酸多态性；. 蛋白质组学；转座子；重叠群。 简述问题 1. 简述基因组学研究的主题与横切面；2．简述HGP的主要阶段及目的；3．基因是如何工作？4．简述基因组序列工作框架图的作用；5．简述序列组装的基本原理；6．为什么要进行蛋白质组学研究？；7. 为什么基因不能直接决定一个功能蛋白?；8．试述蛋白质组学提供的信息；9．为什么要选择人类的基因组进行研究？；10．简述药物基因组学的研究方法；11．简述蛋白质的三个功能；12．简述蛋白质组学研究常用技术；13．简述蛋白质组学技术上的挑战和缺陷；14．为什么要进行后基因组学研究？；15．简述蛋白质组学研究的策略；16．为什么mRNA不能全面代表蛋白质表达水平？；17．简述基因芯片杂交测序原理； 18. 一个蛋白质组为什么不是一个基因组的直接产物?；19. 简述基因组学研究的三个主题与六个横切面；20. 简述转座子赋予基因概念的新特征；21. 人类基因组计划怎样诞生的？； 22. 蛋白质组研究的复杂性；23. 新基因产生的机制；24. 为生么基因组与转录组不能取代蛋白质组？；25. 寻找基因的路经；26. 基因的质疑问题是什么？；27. 为什么要进行比较基因组学?；28. 药物基因组学研究中如何选择候选基因？29. 为什么基因与其编码产物蛋是非线性关系；30. 比较基因组与蛋白质组的异同点；31. 蛋白质-蛋白质相互作用的形式；32．为什么基因组与转录组不能取代蛋白质组？33．新基因产生的机制 论述问题（每题15,15,10分） 1. 在生物学研究领域，蛋白质组学研究更重要，试举例说明 2．举例阐述蛋白质组学的研究与应用 3．举例概述基因组学的研究技术与应用 4．阐述生物芯片检测原理与过程 5．应用基因组学研究发展的基础知识理论，试设计新基因研究的技术策略 6．试述蛋白质组学研究技术的新发展，设计研究蛋白质功能的技术策略 7．试述蛋白质芯片检测的基本原理，最关键的技术是什么？ 8. 阐述酵母双杂交系统 9. 阐述药物效应相关基因研究的基本理论 10. 阐述蛋白质组学分析技术遇到的困惑 11. 阐述新一代测序策略 12. 为什么mRNA表达分析不能预测药物与蛋白质的作用 13. 人类基因组有3000000kb，携带25000个蛋白编码基因，假设基因编码区的平均大小为2kb，试问基因序列中心点之间的平均距离为多少？编码区占基因组的比例为多少？其它部分是什么？ 14.基因组学可以再划分为哪几个主要分支？各自的主要目标是什么? 15.试述原核生物和真核生物基因组的结构特征的异同点