1.list的生成。
dir /b H:\MODISData\nasa\2000\*A2000049*.hdf >> H:\MODISData\nasa\2000\lt2000049.txt
本语句用于把你的所有的.HDF文件生成.txt的list。
*A2000049*.hdf 意思是含有“A2000049”字段的所有文件，用于合成。这里是200年第49天的数据为例。
其他隔天按照此格式重复。换掉“A2000049”就行。如第65天用“*A2000065*.hdf”
>>后面部分是存贮路径和名称，为了便于理解和记忆，建议按照天数存贮。
写完之后，保存为.bat文件。
以上书写在txt中进行。
2..prm的生成
点开MRT，opern input file，打开几景要合并的影像;available band,选择你要输出的波段，右边的是要输出的波段，不需要的送到左边；下面的坐标设置，打开文件后显示的是文件文件的坐标，你可以不修改，就是后面的输出合成的是所有影响数据；你也可以修改，例如你的研究区域比较小，远小于几张影像的合成区，你可修改四角坐标，这样数据处理里速度快一些，保存的的数据库量也小一些；specify output file设置输出路径和名称，记住一定要在名字后面加.tif什么的，这个表示输出格式；RESAMPL Type选择一个重采样的方法，一般选择nearest neighber；output projection type,选择一种投影方式，如果选择Albers Equal Area，那么在Edit projection parameters时STDPR1填25，STDPR2填47，CentMer填105，这个全中国一样；下面的Datum选择一个坐标系，如WGS84；output pixel size 输出栅格大小，可以默认，也可以修改，如MODIS16day数据网站标明250*250，实际是231*231，如果默认就是231*231，你也可以修改为500*500，直接填入500就可以了。然后run.之后save parameters file,这一步最重要了，哥们，做这么多，就是为了这一步。保存为一个你习惯的名字。当然你也可以自己写。但是对于变成能力差和对于投影变换头痛的我们大多数人而言，这种方法获取.prm文件显然是最容易的。
生成之后的文件可以直接用。
下面是我生成的,prm文件（我保存的文件名字为MOD16DAY.prm，后面MRT命令中可以看到）
The "INPUT_FILENAMES" field would be commented. If you want to load multiple input files please uncomment the "INPUT_FILENAMES" field and comment the"INPUT_FILENAME" field.
#Also the "ORIG_SPECTRAL_SUBSET" field needs to be uncommented and changed to "SPECTRAL_SUBSET". The initial "SPECTRAL_SUBSET" field should be deleted.
#INPUT_FILENAMES = ( H:\MODISData\nasa\2000\MOD13Q1.A2000049.h26v05.005.2006269215315.hdf H:\MODISData\nasa\2000\MOD13Q1.A2000049.h27v05.005.2006269214353.hdf )
INPUT_FILENAME = H:\MODISData\nasa\2000\TmpMosaic.hdf
SPECTRAL_SUBSET = ( 1 )
#ORIG_SPECTRAL_SUBSET = ( 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 )
SPATIAL_SUBSET_TYPE = INPUT_LAT_LONG
SPATIAL_SUBSET_UL_CORNER = ( 39.6 107.1 )
SPATIAL_SUBSET_LR_CORNER = ( 34.8 111.3 )
OUTPUT_FILEN
AME = H:\MODISData\nasa\2000\MOD13Q1.A2000049.h26v05.005.2006269215315.tif
RESAMPLING_TYPE = NEAREST_NEIGHBOR
OUTPUT_PROJECTION_TYPE = AEA
OUTPUT_PROJECTION_PARAMETERS = (
0.0 0.0 25.0
47.0 105.0 0.0
0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.0 )
DATUM = WGS84
3.MRT命令的生成。（关键处理过程）
MRTMOSAIC -i H:\MODISData\nasa\2000\lt2000049.txt -o C:\tmp\MOD_LST.HDF -s " 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 "
RESAMPLE -p H:\MODISData\nasa\2000\MOD16DAY.prm -i C:\tmp\MOD_LST.HDF -o H:\MODISData\nasa\2000\MOD13Q.2000049.tif
MRTMOSAIC 是合成命令，-i 是输入的意思， H:\MODISData\nasa\2000\lt2000049.txt 是list的路径； -o 是输出的意思，C:\tmp\MOD_LST.HDF是输出的零时存储，是中间产品，处理完之后不会有任何保存，保证c盘下有tmp文件夹，也可以放其他的盘和文件夹，但是为例程序运行的速度，建议放C盘；-s " 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 " 是输出MODIS16day的第一波段，即NDVI数据。
RESAMPLE是重采样， -p H:\MODISData\nasa\2000\MOD16DAY.prm 选择投影文件，MOD16DAY.prm第二步中保存下来的文件。
-i C:\tmp\MOD_LST.HDF 是输入MRTMOSAIC中合成的零时文件，进行处理。o H:\MODISData\nasa\2000\MOD13Q.2000049.tif，输出保存路径和名字
这仍然是以2000年第49天数据为例，其他的数据重复就行，对应修改相应的天数。哥们，姐们，如何修改这么简单的事情，不许再罗嗦了吧。
完毕后保存为.bat文件
为了程序的运行顺利，哥们，姐们，你最好把这三个文件拷到你数据文件下面。先点击运行list程序，生成各list后，再点击运行MRT程序。好了，哥弟姐妹们，讲的太罗嗦了