Cn3D 4.1中文使用手册
Yang Xin（yx3240106@https://www.doczj.com/doc/438756516.html,）翻译
生物软件网（https://www.doczj.com/doc/438756516.html,）
整理提供
Welcome to the Cn3D 4.1 Tutorial! 目录
?简介
o Cn3D的基本功能
o下载和安装Cn3D
o文档约定
o参考文献
?寻找特定的结构(MMDB)
o根据Entrez文献研究
o根据Entrez 临近序列
o通过BLAST搜索
o通过已知的PDB标识
?在Cn3D中察看特定的序列结构
o Cn3D的基本控制操作
结构窗体的主菜单
样式面板
o Cn3D的序列阅读器
?结构比较(VAST)
o在Cn3D中察看结构比较结果
Cn3D的比对察看器
Cn3D的比对模块
?导入和保存
o导入序列和空间结构
o可见的序列保守性
?注释结构
o骨架和界标
o自定义样式
?保存空间结构和图像
o将Cn3D用于交互式图形
?高级设置
o动画控制
o显示无序晶体
o类型搜寻
o导入用户PDB文件
?比对编辑
o使用编辑器
o校正队列错误
o将序列合并到多重序列中
简介
这是 Cn3D 4.1的使用手册。希望能够向初次使用或是曾经使用过Cn3D的用户提供一个关于本软件的基本特点的指导。新用户可能希望通过阅读这篇文档来学习如何使用Cn3D,而有经验的用户则可以通过上面的目录和超连接直接跳转到自己感兴趣的章节。
本手册并不是对程序功能的详尽的介绍。在Cn3D的安装程序里包含有关于Cn3D的用户界面和详细功能介绍的帮助文档。—见Cn3D_Commands.chm。
Cn3D 的基本功能
Cn3D 是一个生物分子的三维结构、序列以及序列比对结果的可视化工具。Cn3D可以将结构与序列的信息紧密的联系起来，这是它与其它软件的一个重要的区别：例如，一名科学家可以很快的从晶体结构中找出与导致已知疾病的突变相关的残基，或是保留同源序列家族的活性位点的残基。Cn3D可以通过基于结构的序列比较来显示生物分子结构之间的比较，从而了解相关蛋白的那一个结构域在结构与序列上表现得更为保守。同时，可以自定义标签的特性，高品质的OpenGL 的画质，还有多样的文件输出格式，都使得Cn3D成为文献注释的强大工具。Cn3D 的特色就是通过网络浏览器来作为NCBI的Entrez系统的一个辅助工具，但是它也可以作为一个独立的程序来使用。
在版本4当中，Cn3D 已经是一个完整的多序列比较编辑器了，除此之外，还包括一条已知序列和其他序列或是其他结构进行比较的算法。你可以新建一个比对结果或是评价一个已有的结果。Cn3D可以被用来作为比较CDD project内容的基本的辅助工具。（保守结构域数据库）
下载和安装 Cn3D
Cn3D 可以应用于Windows，Macintosh，和各种UNIX平台。这几页将说明如何下载和安装Cn3D，并且如何配置网络浏览器来使用Cn3D。
文档约定
Cn3D的屏幕界面和序列窗体提供各种形式的示例；他们以极小的图片链接到大图。注意最大的图像是以PNG 格式存储的—这依靠所使用的浏览器，浏览这种格式的文件需要一个支持PNG的辅助程序。Cn3D的 Windows 版可以用来创建这类图像，但是除了平台的用户界面和窗体变框外，图像基本上在任何平台上都是一样的。
当引用到用户界面当中的特定元素时（例如下拉菜单或弹出式菜单，按钮等等）本文将使用黑体字并且用冒号将需要进行的鼠标操作分开。例如，Style:Edit Global Style:Details:Tube Radius意思是选择"Style" 下拉菜单(在结构窗体
中),，选择"Edit Global Style"项。一个分页的面板将出现；选择"Details" 页，然
后设置"Tube Radius" 属性。
参考文献
为了增加手册的生动性和信息性，我们使用当前文献中使用的有名的例子。
大多数的例子是关注人的PTEN 蛋白(Lee et al., 1999)，一个在多种癌症中发现突变的肿瘤抑制因子(综述，见Di Cristofano and Pandolfi, 2000)。
下面是手册中所引用的文献的详细列表(含有Entrez的连接)。
1. Di Cristofano A, Pandolfi PP. The multiple roles of PTEN in tumor
suppression. Cell 2000 Feb 18; 100(4):387-90。(Entrez)
2. Lee JO, Yang H, Georgescu MM, Di Cristofano A, Maehama T, Shi Y,
Dixon JE, Pandolfi P, Pavletich NP. Crystal structure of the PTEN tumor suppressor: implications for its phosphoinositide phosphatase activity and membrane association。Cell 1999 Oct 29; 99(3):323-34. (Entrez)
3. Liaw D, Marsh DJ, Li J, Dahia PL, Wang SI, Zheng Z, Bose S, Call KM,
Tsou HC, Peacocke M, Eng C, Parsons R. Germline mutations of the PTEN gene in Cowden disease, an inherited breast and thyroid cancer syndrome. Nat Genet.
1997 May; 16(1):64-7. (Entrez)
Obtaining Structure Data for Cn3D
寻找特定的结构 (MMDB)
新用户的最大的问题之一是当他们开始使用Cn3D时怎样并且从哪里可以得
到程序可以识别的格式的数据呢？Cn3D 有意的不去直接读取PDB格式的文件，取而代之使用NCBI的MMDB数据库。简单的说，MMDB从蛋白质数据库中获取数据信息，然后分析每一个PDB文件，进行深入的验证和纠错，最后以一种更加
适合计算机的格式存储信息。参见MMDB的主页可以了解到更多的关于这项工程的信息，并且可以从MMDB的结构摘要一页的选项和链接中得到更多的文件。
有很多种方法可以从MMDB中获取所要结构，包括直接的或是通过NCBI的Entrez服务中的链接。本章中描述了分子生物学家可能用到的通过不同的查询方式查找蛋白质结构一些典型方法。我们将以人的PTEN蛋白为例说明(Lee et al., 1999)。
Entrez文献研究
为了使文献研究可以直接获得结构摘要，空间结构数据已经整合到Entrez当中。最简单的使用Entrez的方法是用关键词、作者等来查找空间结构注释。例如，到Entrez当中，在 "Search"栏内选择 "Structure" 下拉菜单，然后在输入框中键入"PTEN" 并且点击"Go" 来执行查找。在这个例子当中，结果很少，1D5R获得的唯一的查询结果，结果中含有到MMDB 摘要页的链接。
空间结构相关链接也会出现在文献搜索结果中。在 "Search" 栏内选择"PubMed" 下拉菜单，然后使用 "PTEN structure" 进行查询。在结果列表的后部有晶体结构文章：Lee et al.，"Crystal structure of the PTEN tumor suppressor" (Lee et al., 1999)。注意在左边有"Structure" 相关链接—这个链接将会再次把我们带到1D5R的MMDB摘要页。
在这篇摘要中，选择 "Launch Viewer" 选项，然后点击 "View/Save Structure" 按钮来下载数据并且启动Cn3D显示结构信息—当然假设Cn3D已经作为一种辅助程序被恰当的安装和配置了。你也可以使用"Save File" 选项来将下载的数据保存到磁盘中，这样你就可以手动的通过File:Open对话框将数据装载到Cn3D当中。之后将出现两个窗体：主窗体是 Cn3D 结构窗体，其中显示蛋白质的三维结构；另一个是序列窗体，其中显示蛋白质链的氨基酸序列。结果类似下面的样子：
如果是多链蛋白，将会有几条序列同时出现在序列窗体中。
根据 Entrez 临近序列
假设我们并不知道晶体的结构，并且与PTEN突变相关的疾病：例如，通过这个链接可以找到一篇关于Cowden氏病的文章：Liaw et al., 1997.。点击位于摘要右边的"Protein" 相关连结，然后跟随"O00633" 链接到达GenPept summary of PTEN。在这一页中包含有大量的PTEN的文献和已知的突变信息。
这个例子中没有直接的三维结构的链接，因为用于测定晶体结构的蛋白与自然状态下蛋白不十分一样，这在 GenPept 的报告中有相应的描述。然而，我们可以在GenBank中找到与这个蛋白相似的序列列表，这些序列是已经知道空间结构的蛋白。从GenPept 的摘要中，点击右上方的"BLink"。然后再点击结果页顶端的"3D Structures" 按钮，之后你将看到唯一的相关结构1D5R, chain A。如果你点击结果线上的小蓝点，你将在Cn3D中看到比对的结果。
通过 BLAST 搜索
我们根据PTEN的序列通过BLAST搜索PDB数据库来直接得到空间结构。它的优点是可以使用任何序列进行查询，即使是新的或是个人所有的还没有提交到GenBank的序列。重要的一点是，我们可以评价比对结果，通过评分来判断查询序列和空间结构的序列相似性。
有许多的方法可以进行这样的查询，但是对于这个例子让我们从NCBI的BLAST 服务开始。首先注意在GenPept 摘要上部的PTEN 的accession号是"O00633" (第一个字母是大写字母O，后面两位是零)。到BLAST 查询页面，点击链接" Protein-protein BLAST (blastp) "（原文中是"Standard protein-protein BLAST [blastp]"）。然后在"Choose database " 项下选择 "pdb" 菜单(查找已知的空间结构)，在输入框重键入"O00633" ，最后点击"BLAST!" 开始查询。查询序列将被送往BLAST 队列，等待一段计算机下载的时间后，点击"Format!"按钮将出现结构。就在命中的图形摘要下边是找到的序列的列表。在顶部具有最高的score和 E-value的序列，至少再写这篇文档时，就是现在熟悉的PDB入口
1D5R 。通过"pdb|1D5R|A"链接可到达这个结构的GenPept 摘要页，在那里右边的结构链接最终带领我们到达1D5R的MMDB 摘要页。
这是一个价值不高的例子，因为找到的PDB结构就是用于BLAST查询的蛋白序列。但是这是一个非常强大的查找蛋白质空间结构的一般的方法，查找到的已有结构的蛋白质与目标蛋白质非常的相似，这样目标蛋白质的结构可以通过同
源性推断出来。参见这篇文档的结构比较章节我们可以学到如何在Cn3D的序列窗体中显示查询序列和其他蛋白序列的比对结果。
通过已知的 PDB 标识
如果一个蛋白质的PDB标识已知，那么就可以从MMDB中直接找到对应的空间结构。只需简单的在输入框内键入4个字符的PDB号，然后点击"Go"。
在关于结晶化和结构测定的期刊文章中如PTEN (Lee et al., 1999)，我们可以找到作者提交结构数据到PDB中的标识号"1D5R"。把它输入MMDB 的查询框就可以直接到达1D5R的MMDB摘要页。
The Basics of Cn3D Controls
在Cn3D中察看特定的序列结构
这一章中将把1D5R 的PDB结构作为例子；参见上一章介绍如何找到它的数据。
Cn3D的基本控制操作
?结构窗体的主菜单
?样式面板
?自定义设置的一些例子
因为并不是要对Cn3D用户界面进行全面的介绍，所以本章只提供对程序操作的总的说明，并且对不同科学方面数据进行可视化的图解说明。
·结构窗体的主菜单
File菜单可以将数据输入Cn3D，并且可以输出多种数据个适合图像类型；这些完全是无需解释的。仔细的说，File:Save可以连同当前的视图，设置和其他用户注释一起保存分子的空间结构，以使所做的工作可以被保存。File:Export PNG菜单项可将分子的空间结构图像内容保存为PNG 格式的图像，这种格式可以用于网页或是出版物(就象这篇手册！)。
View菜单包含可以控制整个分子空结构显示的菜单项。整个结构可以通过菜单项View:Zoom In和View:Zoom Out来放大或是缩小，并且可以通过菜单View:Restore使视图恢复到已保存数据的原始大小。菜单View:Reset可以使整个空间结构调整到适合窗体的大小。如果有多条序列的空间结构需要显示(例如一个 VAST 比对)，或者结构中包含多个亚基(例如一个 NMR 结构,常常有多个亚基一同被下载)，那么，每一个亚基将被分配一个单独的“框架”（“frame”）。菜单 View:Frame下的各个条目可以控制哪一个框架在当前显示。View: Animation将在后续的章节中讨论。
Show/Hide菜单包含的操作可以实现特定的亚结构显示或隐藏。子菜单Show/Hide:Pick Structures对话框可以让你选择哪一个单一的结构，链和结构域显示的开关。Show/Hide菜单下的其他项则与比对的视图有关。
Style菜单下的选项可以影响空间结构中不同部分的形状和颜色。例如，默认的显示单个结构的方式是Style:Rendering Shortcuts:Worms加上
Style:Coloring Shortcuts:Secondary Structure，这种方式显示一个螺旋的骨架，没有侧链，用实心的记号—箭头和柱面—代表条带和螺旋。螺旋的颜色为绿色，条带为桔黄色，卷曲为蓝色。(这些二级结构元素的位置和范围是由NCBI确定的，这在PDB的原始文件中并没有纪录。)注意条带上的箭头(螺旋柱面的方向是随机的)总是指向N端到C端的方向。了解其他的不同样式的最好办法就是试试看！
Cn3D 有意使颜色设置与绘制风格分开。菜单Style:Coloring Shortcuts下的选项的属性可以用来给结构的不同部分标上不同的颜色。使用这些选项，我们可以很容易的看到显示出来的NCBI确定的分子空间结构的组成（结构域），或者是来自PBD数据的晶体模型的温度等等。菜单Style:Rendering Shortcuts下的选项可以确定分子空间结构各个部分的形状，例如螺旋或是键球模型。
·样式面板
样式面板(Style:Edit Global Style) 包括对所有的绘制风格，颜色，标签，和其他Cn3D中可以自由选择的属性的控制。事实上，在菜单Style:Rendering Shortcuts和Style:Coloring Shortcuts中的所有选项都是样式面板各个不同选项之间组合的方便的快捷方式。
样式面板的Settings页下有4列可以设置各种结构元素的属性，在其左侧有相应的标签；这些设置应用与全局的整个空间结构。"On/Off" 控制元素是否被显示(也可以选择使用那种骨架模型)，"Rendering" 项控制用于着色的元素的几何形状， "Color Scheme"项控制元素的颜色。大多数的选项可以单独设置，可是螺旋风格除外，它只能用于实骨架样式。当"User Selection" 色彩设计被选中时，最右边的 "User Color" 列可以为结构元素设置颜色。整个背景色也是通过这种方式设置的。
样式面板的Label页可以控制骨架的标签，链的界标和离子。（事实上，所使用的字体是在结构窗体中的File:Set Fonts菜单下设置的。）
样式面板的Details页允许详细控制头视图的几何属性。例如，当选则以螺旋风格显示时，通过Details:Worm tube radius的设置就可以控制螺旋骨架的厚度。
Style:Annotate面板将在注释一章单独讨论，但是简单的说，允许用户为选定的特定残基设置不同的风格，以使它们与空间结构中的其他区别开来。
最后，File:Preferences:Quality页可以控制OpenGL透视图的品质。事实上所有表面看起来圆滑的OpenGL对象都是有许多微小的多边形平面组成的。通过这个面板可以设置组成较大对象的小多边形面积的大小。弹出式菜单可以提供细节的设置，而右边的三个按钮则可以方便得将设置调整到预先设置的参数。图像外观平滑和显示速度之间是矛盾的：小多边形越多越小，对象就显得越平滑，但是这使得绘制时间变长。因此，在较老的计算机上为使Cn3D足够快的响应来达到实用的交互，较低的画质是必须的。相反，在很快的计算机上，或者要以PNG 格式保存高质量的图片等对速度的要求不高时，高画质要更为可取。你可以选择正相图或透视图来保存。
·自定义设置的一些例子
图像的保存可以通过菜单File:Export PNG来完成。下面是 PDB 入口号为1D5R的结构，这里时一个活性位点内抑制剂的特写，用原色标记了球棍侧链，用温和色标记螺旋骨架，二级结构用不同颜色分开显示的三维对象，而且每隔5个残基标出了PDB序号。这些都可以在Style:Edit Global Style面板中进行设置。
在图像右边是通过File:Save保存的相同空间结构的数据文件的链接。单击这个链接将会启动Cn3D并显示该结构，其初始图像与左边的静态图像文件一致。
举例来说，用户可以放大图像(View:Zoom Out或View:Reset) 来察看为什么蛋白质表面比紧密填充的核心区域有较高的温度（晶体中有更多的运动）。这说明了Cn3D怎样创建和察看数字出版物中的交互式的图像；更多的主题请参见注释一章。
... 在此处单击就可以启动Cn3D并显示这张图像下面是相同蛋白的另一个视图，螺旋骨架根据二级结构用色彩区分，三维对象根据结构域用不同的色彩区分。还有（部分透明的）溶媒。
... 在此处单击就可以启动Cn3D并显示这张图像Cn3D的序列阅读器
当一个单独的结构在Cn3D中被加载，序列阅读器就会显示结构中所有蛋白质和核酸链的序列。每个残基的颜色在结构窗体与序列窗体中都是相同的：序列中的每个字母代表结构中相应的残基，并且总是采用骨架中alpha 碳的颜色（或对于核苷来说是磷的颜色），即使是结构窗体中侧链的颜色与骨架颜色不同。
更强大的一个应用是很容易将序列中的残基于结构中的原子一一对应。这就象是文本编辑器一样依靠高亮显示来实现。在序列窗体中按住并且拖动鼠标将会使字母反白显示，同时会使结构窗体中相应的原子以同样的反白颜色显示。反过来也是一样：双基结构窗体中的残基将会使它本身和序列窗体中相应的字母一起高亮显示。
因此，用户可以快速的从序列窗体中定位和高亮显示对蛋白质感兴趣的部分，比如活性位点相关的一系列残基。例如，下图中1D5R高亮显示了一些关键的催化和结合残基(参见Lee et al., 1999):
注意这有两个数字——序列位置和PDB分配号——当鼠标载序列上移动时在对应的残基上就会显示。这是因为结晶的蛋白质是被部分的截短的，其他高度混乱的残接已经从精制的结构中去掉；这些丢失的区域没有在结构中显示（例如，用空位字符或其他的图形设备标示），但是在PDB中是被计算在内的。参见比对一章。尽管如此，还是有巧妙的办法来处理！
Structure Alignments in Cn3D
结构比较 (VAST)
Cn3D在单独结构的处理上的确优秀，但是在显示多个蛋白的结构比较方面更是出色。NCBI 创建并且维护了一个比对数据库，叫做VAST，可以方便的在MMDB 中查询所有核心区结构相似的蛋白质对。VAST 为每一对相关蛋白做两件事：计算保守区的最佳三维重叠，和构建基于空间结构相关的序列比对。
Cn3D是VAST比对的基本的格式化工具。它将结构的显示与序列的显示结合起来，允许VAST的使用者察看由它创建的结构比较和序列比较结果，并且配色方案可以指示和加强保守区域。
让我们来看看PTEN 的空间结构和它的VAST 邻居吧。到VAST 的主页，在查询框中键入"1D5R" 并且单击"Get." 。这将转到我们熟悉的MMDB 摘要页。其图像说明此蛋白质使有一条单链（A）组成，NCBI将它分解为两个结构域：N-端结构域1，和C-端结构域2。点击图像顶部的标记"Chain A"的条形区将会显示基于整条链的VAST 临近序列，如果点击标记"1" or "2"的彩色区域将会显示这些特定结构域的临近序列。
如点击"1" 结构域可显示N-端结构域的临近序列列表。关于PTEN 结构的文献(Lee et al., 1999) 强调了PTEN和双特异性磷酸酯酶(PDB 数据库入
口”1VHR”)之间的相似性。选择1VHR链A左边的选择框，然后点击"View 3D Structure" 在Cn3D中显示这个VAST比对结果。我们将在接下来的几节中使用这个例子。
在Cn3D中察看结构比较结果
在前面的章节中已经讲到，加载1D5R和1VHR 的VAST比较结果。当Cn3D 第一次启动时默认的视图是两个蛋白层次图并且使用骨架样式绘制的（alpha碳由直棒链接），核心区域紧密交迭的alpha碳突出显示。
Cn3D 4.1结构比对中使用VAST算法，在比对区域内默认的颜色是红和蓝，相同的匹配残基为红色，不同但可以匹配的残基为蓝色；未匹配部分为灰色。注意VAST 的工作方式，对匹配区域和特定的二级结构域相联系—螺旋或条带，而核心外面的环区长度和方向各异，往往是非匹配序列。序列的显示中反映了结构的颜色，下面将详细讨论。
结构比对中初始的样式和颜色设置于使用Style:Rendering
Shortcuts:Tubes和Style:Coloring Shortcuts:Sequence
Conservation:Identity菜单选项等价。结构比对中的绘图设置与单一结构的调整方法是相同的。例如，这是Cn3D中PTEN结构文献中2A的图像副本(Lee et al., 1999)，他们有着相同的基本绘制样式合视角。图像清晰的展示了两个蛋白结构的紧密联系，它们主要二级结构的方向和位置都很相似。但是活性位点周围的环区被抑制剂占据，为了适应不同的底物，他们的大小和位置都不同。
... 在此处单击就可以启动Cn3D并显示这张图像Cn3D的比对察看器
当显示不止一个结构或已经比对的多条序列的结构时Cn3D的序列窗体同时可以作为比对察看器。
队列的显示非常的明了。每条序列占一行，且主要的序列总是在最顶部。只有序列中用于比对的部分才显示出来，尽管结构中可能存在多条链。并且，序列
中的每个字母的颜色都是结构中相应的alpha碳(或磷)的颜色。高亮显示也一样在序列窗体和结构窗体中共享。
然而，Cn3D中基于结构的比较和序列比较和通常的比较算法如BLAST或ClustalW在显示和根本的比对数据方面都有一些重要的不同。这将在下一节中介绍。
Cn3D的比对模块
新的用户在Cn3D中察看一个VAST比对时的第一个问题可能是，"为什么一些字母要大写而另一些字母小写？并且这些有趣的'~'是什么意思？" 简而言之就是参与比对的残基以大写字母显示，未比对的用小写字母标示，'~'代表未比对空位。但是，尤其对于后者，需要更多的解释。
动态规划比对算法比对残基是基于突变几率评分，与其它序列相比较使用空位来模拟生物进化过程中的插入和删除。一个插入的残基与一个空位匹配，并且相对应一个分值(空位罚分)。这些匹配的空位通常用'-'字母标出。也允许出现一个连续的空位覆盖两条序列的大的区域，即使当它们之间在进化上存在显著的不同。
在一个结构比对中(例如在VAST中)，一个残基和另一个残基匹配因为它们的alpha 碳原子在空间上临近。因此，一个残基与空位匹配的概念是没有物理意义的，因为一个空间结构的alpha 碳是不能和另一个结构中的空位空间相联系的。因此比对变得不连续了：匹配的区域—螺旋或条带在两个结构之间连续又紧密的交迭—由未匹配的区域分隔，这些构成了不能重叠的由各种不同长度不同方向的片断的交替。
如前面的讨论，以1D5R和1VHR之间的比较为例。
对于在屏幕中高亮显示的前亮块区域，第一块是与结构中的beta 发夹相关，第二块与螺旋相关。就象可以从结构中看到的一样，他们在1D5R中被一段长的环分开，而在1VHR中是被一段短的环分开的。
这显示了未匹配的残基在匹配的区域之间，而保持匹配的残基正确的显示在另一条的上方需要不同长度的环区。这是靠字符'~'来填充较短的未匹配的环区-这只是显示出来的空位，并且这并不能说明也不能暗示任何比对实质。因此，1VHR 的短环区由字符'~' 填补，这样1D5R的长的环区就有显示的空间了。
比对所默认的显示样式为Unaligned Justification:Split。这显示出一段短的非匹配序列将两段匹配序列联结起来的部分残基。这等价与使用 Unaligned Justification:Center 选项，它可以显示将分隔匹配序列的非匹配序列中间部分残基。这两种样式见下图所示。
... "split" 非匹配序列(默认)
... vs. "centered" 非匹配序列
两种样式的不同是微小的，但是需要说明有一点是很重要的：显示非匹配序列对于用户是很方便的但是没有也不应该在非匹配的区域中干扰匹配序列的显示(例如使用小写字母)。这直接与空位动态规划法比对形成对照，动态规划法中，空位数、长度和位置都影响分值。上面的两种显示样式如果按照连续空位比对接是则分值是不同的。
另一个问题是当有多个些够需要显示时怎样创建多序列的比对，这其实是一系列的主/从序列对。这将在单独的部分讨论"intersect by master" 算法。
Imports and Conservation in Cn3D
这个章节会举在Cn3D中一些比较高级的比对特点。
导入序列和空间结构，和可见的序列保守性。
导入序列和空间结构
Cn3D 是察看预先计算的序列比对的完美工具，象上一章所描写的从VAST 中获取的序列。但是它也能导入用户选择的序列和结构，来演示当前主要结构的序列图，或比较新的结构。
我们从一个简单的例子开始。在前面的章节，我们举出当1D5R结构(Lee et al., 1999)第一次加载到Cn3D，在序列窗体中残基的序数和在PDB文件中的不吻合，这是因为在精制的结构中残基的缺失。虽然不总是正确的，这种情况下PDB残基的序数是根据天然蛋白残基的真实序列序数。这可以通过1D5R与天然序列的比对得到很好的证实，这样可以显示出结构中缺失的残基。
因此，我们可以用Entrez去查找天然序列：在左边的“Search”菜单中选择“Protein”，在查询框输入"human PTEN"，然后点击"Go"。第一个条目就是SwissProt的 PTEN_HUMAN入口。点击登记号"O00633"连接到GenPept报告。对于导入的文件， Cn3D仅仅识别FASTA格式的文件，所以选择"Display"右边的"FASTA"，接着点击"Display"可以看到FASTA形式的序列，这个后面我们会用到。（注意：翻译这篇文章时，这样已经查不到O00633了，用户可以在查询框中输入"O00633"，然后点击"Go"。）
第一，在Cn3D 中加载1D5R结构(可以参照MMDB说明)。在在序列窗口，选择Imports:Show Imports，会出现（空的）输入窗口。
有两种方法可以将序列到入Cn3D，从本地文件或网络下载。当使用本地文件，在你的电脑中剪切和粘贴FASTA格式的序列到一文本文件。然后选择Edit:Import Sequences:From FASTA File菜单项，在弹处的选择文件对话框中选择你刚才保存的文件。如果你没有防火墙，你可以让Cn3D直接从NCBI下载序列。这样需要选择Edit:Import Sequence:Network via GI/Accession菜单项，然后输入登记号"O00633" 之后点击"Ok。"
注意，所有的残基是小写字母形式，这意味着没有进行比对。因此你需要通过一些算法去比较两条序列。 Cn3D有内建了一个基本的BLAST 的界面，因此选择Algorithms:BLAST Single菜单，然后点击输入窗口中的任一条序列。这会利用BLAST默认的空位比对两条序列。
在输入窗口中滚动滑块就可以看到在1D5R中缺失的小的N-端和大的C-末端，这好象序列的286位到308位的残基被切除。同时需要注意1D5R的PDB
的序列序数与天然然序列的序数相匹配。
最后，为在序列窗口中进行多重序列比对，选择Alignments:Merge All菜单项。会将参与比较的序列对转到序列窗口，并且使用通常的比对用配色方案为空间结构标色。
导入结构也是同样的方法。举个例子，在前面章节中，我们举了重建VAST 中1D5R和1VHR比对的例子。首先，转到1VHR的MMDB的摘要页。对于这条序列，你可以自己下载MMDB文件（在MMDB页中选"save file"），或使用Cn3D 下载。因此，再一次将1D5R导入Cn3D，在输入窗口，选择Edit:Import Structure 菜单。如你选"from file"，在谈出的对话框中选择你刚才保存的MMDB文件。如你选"via network"，输入MMDB ID，号码是4625。
无论你用那种导入方式， Cn3D会问你想比较1VHR的那条链。如果，我们想比较A链，就选择它。 Cn3D会连接到NCBI的VAST数据库找到这两条序列的VAST比对。如果导入成功，你会看到和前面章节一致的比对结果。选择Alignments:Merge All将导入结果转移到比对窗口。
注意还没有可见的结构；Cn3D仅仅显示当文件第一次打开时多序列比对中的结构。所以，选择File:Save菜单导出本地文件(无论什么问题，选择"Yes")，接着选择File:Load并且指向你刚才保存的文件。你应该可以看到这两个参与比对序列的结构，同时显示从VAST导入的比对结果。
如果没有VAST比对结果，或者你有防火墙或你由于一些原因不能连接到NCBI，你只有自己手动比较结构和序列。选择Algorithms:BLAST Single然后点击序列中的一个启动一个BLAST比对。然后选择Alignments:Merge All将导入结果转移到连接窗口。保存并且重新打开文件，选择File:Realign Structures 来计算基于比较残基的alpha碳原子的结构比对结果。
可见的序列保守性
Cn3D 可以基于比对结果中序列的保守性计算出各种各样的配色方案。序列中的保守残基因此可以通过为所显示的序列和结构应用保守的颜色而直接显示出来。
用红色指出高度保守的位置，蓝色是高度可变区。象在一个比对序列中的字母用不同的颜色标记一样，Cn3D根据保守性使用各种各样的简单的标色算法。这些选项在Style:Coloring Shortcuts:Sequence Conservation子菜单中：?Identity ——统一序列红色，另外蓝色。
?Variety——从红到蓝的的等级依赖于组中不同残基的数目，与基团类型无关。
例如，四个一列四个残基，最保守的序列是单一的类型(如： "AAAA")，然后是有二
种类型的("AAAV")，之后是三种类型的("AAVW)，保守性最差是有四种类型的("AVIW")。所以使用四种颜色区分: 第一类=红，第二类=青红，第三类=微红蓝，第四类 = 蓝。每个空位是一种例外的类型。
?Weighted Variety ——与上面相似，只是"variety"用一个替代可能性矩阵(BLOSUM62)所加权。因此相似残基组（如"VVIL"）会被认为比不同残基组("AAWK")有更大的保守性（颜色更加红），尽管事实上"variety"是相同的。（在这个例子中权重值是3）
?Information Content 也利用一个BLOSUM62 matrix去计算保守性分值。用对数值观察在每组中残基期望的频率
?Fit有一点不同，它说明比较蓝的残基显示和组中其他的基团的保守性不能匹配。例如一个组中的赖氨酸与缬氨酸)。
利用这些配色方案，可以很快发现在结构和比对中哪些区域更保守（更红）。举个例子来说，通常非常保守的残基都分布在活性位点周围，通过这种方法可以很清楚的看到这一点。
Annotating and Saving Images from Cn3D
注释结构
这一章讲述了Cn3D的一些特点，如可以用标签和绘制样式来注释结构、可以创建静态的图象文件、还可以将工作保存为Cn3D格式(ASN1)的数据文件，以便在其他时候重新加载、或者在电子出版物中用作交互式图象。
骨架和界标
样式面板上的Labels页(见Style:Edit Global Style) 可以将原文标注自
动的加到氨基酸或核苷酸链的不同位点上。Spacing(间距)表明注释之间的距离，如每五个残基，每二十个残基等等。Type(类型)说的是要用一个字母还是三个字母的残基缩写，Numering(编号方式)是让选择连续的数字（1---N）,PDB赋值的残基数目，或是没有。如果选中Contrast with backbone，标注就会在背景中呈现可见的颜色，否则便呈现残基主链的颜色。这里也可以控制链末端（Termini）和金属离子（Metal Ions）的标注。
当可以自动标注的时候，特别是对于那些较大的结构，就会有使用者想标注并突出一些个别的、他自己选择的残基，这些情况将在下一节中讲述。
自定义样式
假设Cn3D正被用来创建一个描绘某蛋白活性位点的图象。使用者可能想突出那些已知具有结合和催化功能的特殊氨基酸，那么用标注和对比绘图样式就能将这些残基与结构中其余部分明显的区分开。这种专门的注释是通过
Style:Annotate对话框完成的。它允许使用者将标注和绘图设置（不同于global
设备）用于在序列或结构窗口中已选择（高亮显示）的残基。
让我们再回到人PTEN晶体结构。Cn3D可以被用来创建一个有点象Lee et al., 1999中的2D图形的图象以显示抑制剂周围侧链上的活性位点。
... 或在此处单击就可以启动Cn3D并显示这张图像要创建一个专门注释式样可按下列程序进行：
1. 在序列窗口选择或在结构窗口中双击所要注释的残基。
2. 到Style:Annotate对话框，点击New，将这种特征的名称和描述填入其中。
点击Edit Style调出style面板，这时就只运用于所选择的残基。调整绘图和标注样式到所要的状态，可能与用于非特殊注释状态下的一切事物的整个体系（样式应用于全局而不是单一的注释）做对照，很快变化就会在结构窗口中显示出来。
3. 点击style面板中的“Done”然后点击“ok”显示注释。
上面的例子讲述了怎样使用Annotate对话框注释那些特殊的残基，同时还包含了发生接触反应的半胱胺酸的黄色的二次注释。
选择左边列表中的一个特征然后敲击Edit然后选择Edit Style调出某个注释的样式面板就可以改变那个注释的绘图和标注设置；确认设置成所要的状态后敲击“Done”就可以保存并显示新的设置。Delete删除一个注释，and Move 会把注释设置该为当前高亮显示的残基的设置。选择右边列表中的个别注释然后敲击Turn Off可将它们隐藏，要再显示就在左边列表中选择并敲击Turn On。
保存空间结构和图像
在Cn3D中有两种文件输出形式：静态图象和数据文件。这两种形式各有优缺点，正如下文所讨论的。这些特征在这篇文档中被用来创建了许多图象和交互式图形。
File:Export PNG命令可将当前结构描绘区的内容保存至PNG格式的图象文件中，这种图象文件会默认与原始图象相同的像素尺度，但是却具有更高的分辨率，比如用作印刷拷贝。这些文件可以被大部分的网络浏览器和文字处理器打开并显示，而且它们还具有很好的数据压缩和完全的色彩支持，是电子出版物的理想选择。
File:Save命令可将当前视图保存至ASN1数据文件中，这种格式时Cn3D可以是别的数据格式。所得的文件不仅包含了原数据中所有的结构和序列信息，还有当前模型的定位（旋转/缩放），所有输入的附加序列，全局绘图和标注设置，还有前面所述的使用者自定义的注释。使用这种文件格式主要有下面两种目的：第一，将结果保存在文档中以便可以用文字处理器或其它编辑软件来保存并在后续环节中得到恢复。第二，使用者可以将以此种形式保存的Cn3D信息当作交互式图形使用，这一点可能是更重要的。下一节我们将以此为主题。
将Cn3D用于交互式图形
在本指南中多次出现了“交互式图形”的例子。交互式图形指的是那些与可下载数据相链接的图象，当将它们导入Cn3D时，可在Cn3D界面的交互式环境中复制。这样人们就可以准备一个静态图象用做数字出版物的插图，而在Cn3D 中使用者还可以对该图形中蛋白的结构和序列作进一步的研究。当程序加载了这个数据，初始的视图将会与下边的静态图像相同，这样给了用户一个好的开端来仔细研究当前给出的信息。
这个很容易做到：在不改变结构的情况下，用File:Export PNG和File:Save 命令各创建一个静态图象和一个数据文件，然后在某一可以将Cn3D与数据文件名作为命令行的上下文中将数据文件与图象相链接。
在网页中，可以单纯的用锚定链接机制将数据与图象连接起来。就拿上面的例子来说，点击图象将相同的图象导入到Cn3D中：
设备名称 使 用 说 明 书 襄阳国铁机电有限责任公司
设备名称 一、概述： 二、主要结构及工作原理： 1.主要结构 2.工作原理 三、主要性能参数： 四、操作指南：
五、设备保养： 示例如下： 电茶炉试验台 使 用 说 明
书 襄阳国铁机电有限责任公司 电茶炉试验台 一、概述： 电茶炉试验台主要用于CRH2/3（兼容CRH5型）动车组用的电热开水器的电流、电压、功率、电热开水器的产开水温度、产开水量、缺水保护、满水保护以及绝缘电阻、泄漏电流等安全性能性能检测和校检。 二、主要结构及工作原理： 1.主要结构 电茶炉试验台主要由机体、不锈钢试验水箱、管路系统、连接装置等组成。
2.工作原理 该设备用于CRH2/3（兼容CRH5型）动车组用的电热开水器的试验。通过不锈钢试验水箱、管路系统、连接装置模拟出动车组上的电热开水器的工作环境，使电热开水器能够安装合理、简单、方便，通过温度、液位等感器将电热开水器的数据传送到工控机中进行分析，试验台能够自动控制，试验参数自动测试、实时显示、自动保存。 三、主要性能参数： 1、输入电源电压：三相AC 380V±10%,50 Hz； 2、输入电源容量： 6 kW （AC）； 3、电压测量范围：AC:0～380 V;DC:0～600 V,精度0.5级； 4、电流测量范围：AC:0～20 A;DC:0～20 A,精度0.5级； 5、功率测量范围：0～6 kW 精度0.5级； 6、绝缘电阻测量范围：0～1000 MΩ精度5%； 7、温度测量范围：0℃～+150℃精度0.5%。 四、操作指南：
1. 操作前，请仔细检测各管路系统有无泄露、各管路接口有无松动现象；电气元件有无短路现象。如果一切正常，方可进行试验。 2.设备通电，打开试验界面，如下所示： 3.确认电茶炉与设备连接好后，点击“试验/停止”按钮，出现如下对话框： 点击“试验”按钮，设备开始试验。
Higerman海德盟系统操作说明 CHE-850海得盟系统 一、开机 总电源开关——紧急停启动——系统启动 二、回参考点——程序启动 三、Ctrl+C——取消键 四、四面分中 1. 按MDI-输入（移动光标）——输入转速N1S500M03——ESC——程序启动——按两次 2. K2——K1——进入自动抄数——Y- ——自动内定为S500——主轴正转 3. X轴对好X1第一边——按X+——确定好另一边——按X+ 4. Y轴对好Y1第一边——按Y+——确定好另一边——按Y+ 5. 坐标移动——看G54，G55、 6. X- ——为转换坐标——可按到G55 2. 7. K6-手轮选择X.Y.Z清零 五、对刀 1. 找对刀位置——K2——K1亮——在工作台对刀——按Z+ 2. 找工件位置——把刀移工件零点位置——再按Z+ 六、执行程式 按自动——程序选择——按F2 ——NC prog-按光标选到程序号——Enter 七、检查分中 回原点——MDI——G54——Enter——程序启动按两次——X0Y0F2000——Enter——程序启动两次 八、换刀——K2——K1——在工作台对刀——按Z-（注意一定是Z-) 九、开飞刀换刀粒——程序暂停——MAN（手动）——选光标移动到否——Enter 再按主轴停止——移手轮——换刀粒——按断点返回——主轴正转——程序启动 十、查看工作坐标 1. 按坐标偏移——移动光标——把G54改为G55——移动光标——把显示清掉——Enter——移动光标找G54改——OK 十一、看下刀位置——SYS——F1显示程式——选择程式——F3剩余路径显示（变亮）——MAN手动方式——看剩余Z轴数据。 十二、网络连接 1. 打开电脑——点击电脑开始——再点运行——输入//19 2.168.110——用户名输入Higerman——不要密码按确定——找到 NCprog 2.工作组 MSHOME 全部电脑一样 3.点击电脑桌面的网上邻居---属性---点击IP---属性---使用下面的IP地址192.168.1.100；255.255.255.0；192.168.1.1---使用下面的DNS全部为空。
立式收口机 使 用 说 明 书 镇江市恒源汽车零部件有限公司
非常感谢您选择使用镇江市恒源汽车零部件有限公司生产的立式收口机,请详细阅读本品的使用说明书，以便于您的安全使用。 目录 1.安全说明 (3) 2.设备用途和适用范围 (7) 3.设备参数 (7) 4.设备动力系统 (8) 5.设备操纵系统 (10) 6.设备电气系统 (14) 7.设备冷却系统 (27) 8.设备运输、安装及试车 (33) 9.设备维护与保养 (35) 10.设备的结构及调整 (37) 11.设备易损零件及加工图 (38) 12.设备功能简介 (38)
1.安全说明 1.1安全规则概要 操作者使用设备前必须认真阅读安全说明，安全人员要确告操作者设备的要求。 1）设备的操作、维护和修理人员必须经过专业培训，有能力预见风险、有安全意识并能预测风险的人才能操作设备。 2）操作和维护人员必须认真阅读和掌握操作说明。 3）设备停止操作后，主油缸由于液压惯性还有短暂动作时间，应注意在工件停止前身体部位不得进入加工区域和触摸工件。 4）各种安全防护罩不得随意拆卸或改装，维护和修理时，应切断主电源。 5）设备上的各种安全警示标志不得随意拆卸，并要经常保持其干净、清晰。 警告：设备通电后，千万不要用手触摸模具和运动部件 6）设备的操作、维修和调整必须由专业人员进行，其他人员不得随意起动设备。 7）应按工艺规程操作设备，应由专业维修人员修理设备。 8）调整和维修设备时所用的扳手和钳子等工具必须是标准工具。 9）设备出现异常现象时应立即停机，并由专业维修人员及时检查和维修。 10）在拆卸和装配设备时，应使用有足够承载能力的起吊装置。 11）严格遵守设备上的安全说明和安全警告，并且确保其完整、清晰。 12）操作设备前要进行安全检查，确定各行程及限位开关、撞块、急停按钮、光栅安全可靠。 13）维修或调整设备前一定要在开关关闭、电源切断、工件完全停止的状态下进行。 14）操作人员不要穿宽松的衣服、袖口必须扎紧，不要戴领带、珠宝（戒指、手表等），必须戴护目镜和穿劳保鞋。 15）操作设备时，不论男女，长发必须戴工作帽并将其包裹在内。 16）整机噪音不大于75dB。建议穿戴适当的劳保用品，例如，戴听力保护器以减少听力的损失。 17）设备周围工作区要保持干净、明亮整洁、光线适宜，附近不能放置杂物，以免给操作者带来不便。 18）设备运行、加工时，不许移动各处防护罩。 19）离开设备时，必须关闭设备主电源开关。 20）设备重新起动时，必须对设备进行重新复位。
镇江恒源汽车零部件有限公司立式收口机使用说明书 立式收口机 使 用 说 明 书 镇江市恒源汽车零部件有限公司
非常感谢您选择使用镇江市恒源汽车零部件有限公司生产的立式收口机,请详细阅读本品的使用说明书，以便于您的安全使用。 目录 1.安全说明 (3) 2.设备用途和适用范围 (7) 3.设备参数 (7) 4.设备动力系统 (8) 5.设备操纵系统 (12) 6.设备电气系统 (16) 7.设备冷却系统 (26) 8.设备运输、安装及试车 (27) 9.设备维护与保养 (29) 10.设备的结构及调整 (37) 11.设备易损零件及加工图 (38) 12.设备功能简介 (39)
1.安全说明 1.1安全规则概要 操作者使用设备前必须认真阅读安全说明，安全人员要确告操作者设备的要求。 1）设备的操作、维护和修理人员必须经过专业培训，有能力预见风险、有安全意识并能预测风险的人才能操作设备。 2）操作和维护人员必须认真阅读和掌握操作说明。 3）设备停止操作后，主油缸由于液压惯性还有短暂动作时间，应注意在工件停止前身体部位不得进入加工区域和触摸工件。 4）各种安全防护罩不得随意拆卸或改装，维护和修理时，应切断主电源。 5）设备上的各种安全警示标志不得随意拆卸，并要经常保持其干净、清晰。 警告：设备通电后，千万不要用手触摸模具和运动部件 6）设备的操作、维修和调整必须由专业人员进行，其他人员不得随意起动设备。 7）应按工艺规程操作设备，应由专业维修人员修理设备。 8）调整和维修设备时所用的扳手和钳子等工具必须是标准工具。 9）设备出现异常现象时应立即停机，并由专业维修人员及时检查和维修。 10）在拆卸和装配设备时，应使用有足够承载能力的起吊装置。 11）严格遵守设备上的安全说明和安全警告，并且确保其完整、清晰。 12）操作设备前要进行安全检查，确定各行程及限位开关、撞块、急停按钮、光栅安全可靠。 13）维修或调整设备前一定要在开关关闭、电源切断、工件完全停止的状态下进行。 14）操作人员不要穿宽松的衣服、袖口必须扎紧，不要戴领带、珠宝（戒指、手表等），必须戴护目镜和穿劳保鞋。 15）操作设备时，不论男女，长发必须戴工作帽并将其包裹在内。 16）整机噪音不大于75dB。建议穿戴适当的劳保用品，例如，戴听力保护器以减少听力的损失。 17）设备周围工作区要保持干净、明亮整洁、光线适宜，附近不能放置杂物，以免给操作者带来不便。 18）设备运行、加工时，不许移动各处防护罩。 19）离开设备时，必须关闭设备主电源开关。 20）设备重新起动时，必须对设备进行重新复位。 21）设备上，特别是设备的运动部件周围不能放置工件、工具等物件。 22）主油缸动作前一定要将工件（工装）固定牢靠，人员离开工作区域后才可起动设备。
. 立式收口机 使 用 说 明 书 镇江市恒源汽车零部件有限公司
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非常感谢您选择使用镇江市恒源汽车零部件有限公司生产的立式收口机,请详细阅读本品的使用说明书，以便于您的安全使用。 目录 1.安全说明 (3) 2.设备用途和适用范围 (7) 3.设备参数 (7) 4.设备动力系统 (8) 5.设备操纵系统 (12) 6.设备电气系统 (16) 7.设备冷却系统 (26) 8.设备运输、安装及试车 (27) 9.设备维护与保养 (29) 10.设备的结构及调整 (37) 11.设备易损零件及加工图 (38) 12.设备功能简介 (39)
1.安全说明 1.1安全规则概要 操作者使用设备前必须认真阅读安全说明，安全人员要确告操作者设备的要求。 1）设备的操作、维护和修理人员必须经过专业培训，有能力预见风险、有安全意识并能预测风险的人才能操作设备。 2）操作和维护人员必须认真阅读和掌握操作说明。 3）设备停止操作后，主油缸由于液压惯性还有短暂动作时间，应注意在工件停止前身体部位不得进入加工区域和触摸工件。 4）各种安全防护罩不得随意拆卸或改装，维护和修理时，应切断主电源。 5）设备上的各种安全警示标志不得随意拆卸，并要经常保持其干净、清晰。 警告：设备通电后，千万不要用手触摸模具和运动部件 6）设备的操作、维修和调整必须由专业人员进行，其他人员不得随意起动设备。 7）应按工艺规程操作设备，应由专业维修人员修理设备。 8）调整和维修设备时所用的扳手和钳子等工具必须是标准工具。 9）设备出现异常现象时应立即停机，并由专业维修人员及时检查和维修。 10）在拆卸和装配设备时，应使用有足够承载能力的起吊装置。 11）严格遵守设备上的安全说明和安全警告，并且确保其完整、清晰。 12）操作设备前要进行安全检查，确定各行程及限位开关、撞块、急停按钮、光栅安全可靠。 13）维修或调整设备前一定要在开关关闭、电源切断、工件完全停止的状态下进行。 14）操作人员不要穿宽松的衣服、袖口必须扎紧，不要戴领带、珠宝（戒指、手表等），必须戴护目镜和穿劳保鞋。 15）操作设备时，不论男女，长发必须戴工作帽并将其包裹在内。 16）整机噪音不大于75dB。建议穿戴适当的劳保用品，例如，戴听力保护器以减少听力的损失。 17）设备周围工作区要保持干净、明亮整洁、光线适宜，附近不能放置杂物，以免给操作者带来不便。 18）设备运行、加工时，不许移动各处防护罩。 19）离开设备时，必须关闭设备主电源开关。 20）设备重新起动时，必须对设备进行重新复位。 21）设备上，特别是设备的运动部件周围不能放置工件、工具等物件。 22）主油缸动作前一定要将工件（工装）固定牢靠，人员离开工作区域后才可起动设备。
自组织网络通信实验平台的使用说明 昆明理工大学通信系
目录 目录 (2) 一．验收环境 (3) 1.硬件 (3) 2.软件 (3) 3.运行环境配置 (3) 二．用户界面 (4) 三．网卡配置模块 (4) 四．协议分析模块 (6) 五．拓扑展示模块 (13) 六．流量统计模块 (16) 七．协议实施模块 (18) 八．网络安全模块 (25) 九．服务编程模块 (33)
一．验收环境 1.硬件 硬件配置 数量： CPU：1G 内存：512M 硬盘：20G 其他：鼠标、键盘 2.软件 操作系统：Windows XP 其它软件：winpcap2.0以上、IE浏览器等3.运行环境配置 安装winpcap完成后即可运行此软件
二．用户界面 启动系统以后出现如图2.1所示界面： 图2.1 用户启动界面 用户界面采用控制面板风格，用户点击相应的按钮进入相应的功能模块。主界面共展示了八个功能模块：网卡配置、流量统计、协议分析、协议实施、拓扑展示、服务编程、网络安全和网络协议。（网络协议模块尚未开发，服务编程模块基本功能实现还有待完善） 三．网卡配置模块 声明：本实验平台中，网卡配置模块为最基础的模块，在进行所有的模块实验前必须进行网卡进行配置。 进入用户界面后，单击网卡配置图标，弹出如图3.1所示对话
框： 图3.1 网卡配置对话框 网卡配置步骤： 1.网络类型配置 网络类型分为有线网络和无线网络两种。用户根据主机的网络环境自行进行选择。 2.工作模式配置 工作模式分正常模式和混杂模式两种。 在以太网中，信息会发送到网络中所有的节点，有些节点会接收这些信息，同时有些节点会简单的丢弃这些信息。接收或丢弃信息由网卡来控制的。 在正常模式下，网卡只能捕获接收目的Mac地址为本机Mac的数据。 在混杂模式下，网卡能够接收到所有流经本机网卡的数据，而不管它是不是这些包指定的目的地址。 而对于无线网络，为防止相互干扰，只能工作在正常模式下。 3.网卡选择 对于一般主机，网卡列表中至少有两块网卡。一是普通以太网卡，二是拨
远红外线理疗发热床垫使用说明书 重庆港沃生物科技有限公司
目录 一、产品功能概述 (1) 二、基本工作原理 (2) 三、产品结构 (3) 四、适用人群 (4) 五、使用方法 (4) 六、注意事项 (5)
产品功能概述: 经中外医学界研究证明，远红外线理疗发热玉石床垫在通过碳素纤维发热元件给玉石加热至少33 ℃以上时会出现3.6-16微米波长红外线。同时远红外线激发玉石里所含微量原子如钙，硒，铁，锌，镁等离子和结晶水等以水纹波的形式释放出来，与人体接触进入人体，直接侵入到人体皮肤的40毫米深处，有利于改善人体的血液循环，调节内分泌系统的平衡，增加内循环动力，促进新陈代谢，活化细胞，强化交感神经，对内循环不平衡引起的神经衰弱、睡眠不良等疾病有一定的辅助疗效。同时该产品对动脉硬化、肥胖、高血脂等有明显的抑制作用，尤其对风湿、肩周炎、关节痛、腰间盘突出、腰痛、手足麻木、肩痛、颈椎痛、脑血栓后遗症、痛经等有显著的辅助疗效，对其它疾病引志的并发症同样起到辅助疗效作用。
基本工作原理： 远红外线理疗发热玉石床垫是通过电能转化为热能的原理，通电后电能以98%的效率转化为热能，在10分钟内就可以达到所需温度。 科学研究结果证明，睡眠的质量会影响人类的健康和生活质量，睡眠障碍往往引起人体免疫力低下，精神烦躁，同时血液循环不流畅的情况下还容易引起神经衰弱，心脑血管疾病和心理疾病等，甚至造成瘁死。提倡好的睡眠，保护人体健康刻不容缓，人有1/3的时间来睡眠，质地优良的寝具就是颐养健康的良好场所，即可带来舒适的睡眠，又有强化身体机能的作用。 远红外线理疗发热玉石床垫是采用现代科技开发出的新一代高档寝具。产品以被赋予中华国玉盛名的辽宁天然岫玉为主要原料，辅以特制纤维等十多层健康材料精制成。产品利用天然玉石加热产生的温炙效应以及生物电、超长电磁波、远红外线、负离子的科学原理，并采用先进的温控和发热系统激活天然岫玉，从而将中国五千年的玉石养生文化和韩国温炙炕文化的精髓，逼真复制到现代都市人的寝居生活中来。远红外线理疗发热玉石床垫以严谨的质量管理，精益精的产品选材，精湛的工艺技术，严格遵循国际质量认证体系，按照国家Gb470610标准生产。在安全性、功能性、实用性等方面将产品提升了一个台阶。使人们在香甜的睡梦中得到健康的呵护，在工作、休闲时得到保健身体的各个局部，轻松享受生活乐趣的同时得以保健和理疗。
自制教具使用说明书 化学教研组
目录 一、细颈试管 (3) 二、分子运动演示实验………………………………………………５ 三、收缩式枕木 (6) 四、钟式氢气发生器…………………………………………………７ 五、钟式乙炔发生器…………………………………………………９ 六、蔗糖与浓硫酸反应封闭式实验装置 (11) 七、氯气的漂白性探究实验装置……………………………………１3 八、钠与水反应所得产物气体的检验装置…………………………１6 九、铜和浓硫酸反应装置改进 (18) 十、收缩式酒精灯 (20)
一 细颈试管 一、教具名称:细颈试管 二、制 作 人：王玉选 三、制作时间:2014年9月１6日 三、用 途:做分子之间有间隙的实验 四、优 点:制作简单、操作方便。实验现象直观明显。 五、制作方法： 用常见的试管(2５*200）放在酒精喷灯火焰上 均匀受热,待快熔化时,用两手握住两头(即试管 口,试管底）均匀用力拉,待中间变为如图1所示 即可。注意：中间段要均匀,要比试管口径小。口 颈与颈颈比为3:1(如图1）. 六、使用方法:先在试管里加适量水(加适量品红）使水呈红色,其量为下部容积的一半,再在上部加酒精到细颈口上端，塞上橡皮塞,反复颠倒数次,观察。
二 分子运动演示实验 一、名 称:分子运动演示实验 二、制 作 人:王玉选 三、制作时间：2０1４年9月21日 三、用 途:做分子运动实验 四、制作方法: 在铜丝上系上小棉花团，再把系上棉花 团的铜丝插入木方中即可(如图2)。 五、使用方法： 把装置放到实验桌上，并在棉花上滴上酚酞试液，移近浓氨水旁边的烧杯中，再在上面罩一个大烧杯,过一会观察 六、优 点：操作简单,现象直观，明显。
音响设备常用连接插头制作方法 无论是专业音响系统还是民用音响系统，除了设备本身外还需要各种连接线材将设备进行连接才能够使用。通常，民用设备从简单的DVD机到一套组合音响的线材都是附带的，也就是不用另加购买或制作。但一套专业的扩声或VOD工程中由于安装环境不同，其使用的某些线材需要施工人员制作。一根完整的线材是由接插头和线组成的。下面对常用插头、线材及连接线的制作进行一下简单的介绍。 1 常用音视频设备的连接插头 在一个音视频工程中设备的输出、输入信号种类可分为音频信号和视频信号（本次只作简单介绍）；音频信号根据阻抗的不同大致可分为平衡信号和非平衡信号（音源设备如DVD 播放机 / 卡座/ CD播放机及的输出多为非平衡信号）。因此，连接插头也有平衡和非平衡之分，平衡插头为三芯结构，非平衡插头为二芯结构。音频插头中还有一种功放与音箱连接用的专用插头，这种插头常见的为四芯结构（也有二芯、八芯）又因为是瑞士NEUTRIK（纽垂克）公司发明，因此又称“NEUTRIK（纽垂克）插头”或“四芯（二芯、八芯）音箱插头”。 1.1、常用的平衡信号插头： A、卡侬插头（XLR）：卡侬头分为卡侬公头（XLR Male）和卡侬母头（XLR Female）。卡侬头公、母的辨别很简单，带“针”的为“公头”，带“孔”的为“母头”。很多音响设备的输入、输出端口为卡侬接口，同样带“针”的接口为“公座”，带“孔”的接口为“母座”。 B、大三芯插头或6.3mm三芯插头（PhoneJack Balance） 1.2、常用的非平衡信号插头： A、大二芯插头（PhoneJack Unbalance ）。
B、莲花插头（RCA） C、小三芯插头或3.5mm三芯插头 小三芯插头外观与大三芯插头类似只是体积要比大三芯小。小三芯插头为三芯，前面说过三芯为平衡信号插头，但在通常的音响工程中小三芯插头多用于电脑及便携式音源（便携CD / MP3等）的音频信号输出用，因此将小三芯插头归入非平衡信号插头之列。
设备操作说明书 公司内部编号：（GOOD-TMMT-MMUT-UUPTY-UUYY-DTTI-
废水处理设备 系统操作说明书 苏州万科环境工程有限公司 2014年2月（第一版） 操作和维护该系统时，必须遵守该手册中的操作程序。本手册仅针对本系统，如对其它水处理系统按照本手册操作引起损失，本公司恕不负责。 目录
1 人身安全注意事项 电气 系统内使用了三相电源，有可能对人体造成危险。 a.定期检查接线端子是否接触良好。 b.如发现有损坏的电气元件，在修复或更换前要先隔离该元件。 c.检查电器箱密封是否良好以防进水。 d.只允许有资格的电气技术人员进行检修工作。 e.三相电动机处于工作状态时不可切断水泵上的电源线。 机械 a.请不要将工具、螺丝等放置在水泵等电器上，以免造成触电危险。 b.确认所有的管道都有足够的固定和支撑。在开启系统阀门后，仔细检查 以保证所有阀门正常开闭。 开停机 开机前先检查系统总的电源、水源是否正常开启，停机后再关闭系统总的电源、水源，其他操作必须遵守开停机程序来保证工作人员的安全。 通道 在系统周围应有足够的通道和照明，以便操作和维护的安全。 安全用具 当操作人员在进行接触化学药品的工作时，须戴手套和护目镜。 安全检查表 a将所有紧急电话、化学品伤害应急处理措施贴在明显位置。 b.保证所有操作人员熟悉与该设备相关的安全事项。 c.熟悉所有泵和阀门的关闭位置。 d.确保设备周围通道畅通和足够的照明。
e.保持设备洁净。 f.在需要处提供足够的通风。 g.具备化学品防护用具。 2 废水处理工艺 地坑中的废水由地坑泵提升进入调节池，生产车间的废水也进入调节池，调节池内投加碱（由PH控制器自动控制），然后调节池内废水通过气动隔膜泵进入沉淀池，在进入沉淀池的管道中有管道混合器，分别加入混凝剂和絮凝剂。 经过沉淀后的清水进入回用水池，然后通过回用水泵加压，经过除油过滤器过滤后进入回用管道。 3处理设备构筑物的运行与控制参数 地坑 地坑用于收集地沟中的水。 附件：PH探头、地坑泵、电缆浮球液位。 PH探头：用于测量地坑水的PH值。 地坑泵：380V/ 一用一备 控制方式：自动/手动 自动时与电缆浮球液位连锁启动/关闭，高液位启动，低液位停止。 电缆浮球液位：设一高液位和一低液位。 调节池 调节池用于收集和混合各种废水，并调节PH值。 附件：搅拌机、PH探头、电极液位。 搅拌机：380V/ 一台 搅拌机控制方式：自动/手动 自动时与电极液位连锁启动/关闭，高液位启动，低液位停止。 PH探头：用于测量水的PH值，并控制加碱泵的加药量。 电极液位：设一高液位和一低液位。
目录 目录 目录 (1) 简介 (2) 系统结构 (2) 系统性能 (2) 安装 (3) 安装环境 (3) 电源的供应 (3) 操作说明 (4) 基本操作 (4) 维护与保养 (4) 设备的维护 (4) 设备的保养 (4) 附录 (5) 设备装箱单 (5)
简介 系统结构 设备名称：冲压机 冲压模具 拉带辊轮 拉带电机
安装 安装环境 设备的安装环境要符合以下要求： 1．设备安装平面不得倾斜、松软或不规则。 2．请于设备安装位置四周保留适当空间，以便以后维修、检查作业。 3．为了确保设备的稳定以及寿命，请勿将设备安装在热源及阳光照射处。 注意： 安装时请确保设备平稳且水平，否则工作时会产生剧烈振动并可能会损坏设备。如发现设备放置不平稳或不水平，可旋转设备的地脚螺丝调节水平。 电源的供应 本设备采用AC 220V / 50Hz供电。 注意： 设备已提供一条电源线，该线必须插入带有地线（保护地）的符合国家有关安全标准的电源插座上。
操作说明 基本操作 1. 总电源 首先将电源线与电清洗机连接好，插入到电源插座上（220V/50HZ），然后打开总电源开关。 2. 参数设置 按键盘SET键，使用键修改时间，然后按ENT键确定。再按ESC返回到开始工作画面。 3. 手动工作 根据文本操作提示进行手操作。 注意： 设备在运行或未停稳时，严禁接触运动机构，以免发生安全事故。
维护与保养 设备的维护 定期维护 1．请定期检查接近开关及启动和停止开关的有效性。 2．请定期检查联轴器和辊轮及电器元件，若联轴器松动或辊轮损耗定长拉带就与设定值有误差。冲压模具有噪音请检查或上黄油排除。 3．机器在安装或移动位置时，必须重新进行水平调整，并确保四个地脚没有悬空。
机械使用的一般规定 第一条机械设备作为生产力的要素之一, 是企业生产的重要手段, 是企业完成铁路建设和各项施工生产任务的重要物质基础。各企业必须加强法制观念, 认真执行党和国家有关安全生产, 劳动保护方面的政策、法令及上级有关规章制度。做到“安全生产、人人有责” 。 第二条各级领导要切实加强对机械设备安全工作的领导, 经常对职工进行安全生产的思想教育和安全知识的教育, 要把安全生产列入各级领导的目标管理中去。经常组织有关人员深入现场, 督促检查机械设备安全工作的情况,发现问题,及时纠正,消除隐患,使机械设备达到安全、优质、高效、低耗地运行。严禁违章指挥、违章操作、违反劳动纪律和无知蛮干等不安全行为。对长期坚持安全生产, 采取措施消除隐患, 避免事故发生的人员要予以表彰或奖励。 第三条机械设备管理部门要督促各种机械设备操作人员认真学习规程。凡违反规程的,机械设备管理部门有权制止, 待改进后, 方可继续操作。新机型到达后没有安全技术操作规程的, 机械设备管理部门必须根据说明书的要求, 先制订出安全技术操作规程及注意事项后方可投入使用。 第四条机械设备的操作人员必须经过专门培训, 熟悉本机械的构造、原理、性能及安全技术要求, 做到会使用、会保养、会检查、会排除故障； 经培训、考试合格并取得操作合格证；一切轮式机械操 作人员必须取得有关部门颁发的驾驶执照后, 方可单独作业。
第五条操作人员必须严格遵守机械设备的有关保养规定, 认真及时地做好各级保养。正确操作, 合理使用, 严禁违章作业。经常保守机械处于完好状态。 第六条操作人员在工作过程中应注意观察或巡视机械工况, 精力要集中,不得吸烟、吃食物,或与他人谈笑打闹、看书报以及做其它无关的工作, 不得擅自离开岗位。 第七条严格执行交接班制度。认真填写交接班记录、做好例保、“十字作业”。交接清楚后, 接班的人应检查移交的运转、维修、油耗等记录及设备情况, 并开空车试运转, 确认妥善无误后方能进行工作。 第八条操作人员必须身体健康, 凡酒后,患病和精神受到严重刺激不能正常工作的机上人员, 不允许驾驶和操作机械, 非机械操作人员不得操作机械。驾驶人员只能驾驶本人驾驶证上准驾范围的机动车辆。 第九条学员必须了解、掌握操作方法和保养规程, 并经技术部门同意、领导批准后, 在师傅的指导下驾驶或操作机械设备。 第十条高空作业人员每年必须检查一次身体。经医生证明患有心脏病、高血压、贫血以及其他不适于高空作业人员, 不得安排进行高空作业。 第十一条机械操作人员和配合人员必须穿戴合乎规定的劳动保护用品, 不得穿拖鞋及高跟鞋、女工应戴工作帽, 长发应束紧不得外露。 第十二条机械设备不得带病运转, 运转中严禁进行维修、保养、润滑、紧固等作业，运转中发现不正常时, 应先停机后检查。 第十三条机械设备在使用中不得超载作业或随意扩大使用范围应严格按照机械使用说明书的规定承载, 按规定的使用条件使用。
设备名称 使用说明书 GOTOO 題DH ID铁
襄阳国铁机电有限责 任公司
设备名称、概述： 、主要结构及工作原理： 1.主要结构 2.工作原理 三、主要性能参数： 四、操作指南： 五、设备保养：
示例如下： 电茶炉试验台 使 用 说 明 书
襄阳国铁机电有限责任公司 电茶炉试验台 一、概述： 电茶炉试验台主要用于CRH2/3 （兼容CRH5型）动车组用的电热 开水器的电流、电压、功率、电热开水器的产开水温度、产开水量、缺水保护、满水保护以及绝缘电阻、泄漏电流等安全性能性能检测和校检。 、主要结构及工作原理: 1 ?主要结构 电茶炉试验台主要由机体、不锈钢试验水箱、管路系统、连接装置等组成。 2. 工作原理 该设备用于CRH2/3 （兼容CRH5 型）动车组用的电热开水器的试验。通过不锈钢试验水箱、管路系统、连接装置模拟出动车组上的电热开水器的工作环境，使电热开水器能够安装合理、简单、方便，通过温度、液位等感器将电热开水器的数据传送到工控机中进行分析，试验台能够自动控制，试验参数自动测试、实时显示、自动保存。
主要性能参数： 1 、 输入电源电压：三相AC 380V± 10%,50 Hz； 2、输入电源容量： 6 kW （AC）； 3、电压测量范围： AC:O?380 V;DC:0?600 V精度0.5 级; 4 、 电流测量范围：AC:0?20 A;DC:0?20 A,精度0.5级； 5 、 功率测量范围：0?6 kW 精度0.5级; 6 、 绝缘电阻测量范围：0?1000 M Q 精度5%; 7 、温度测量范围：0C?+150C 精度0.5%。 四、操作指南： 1. 操作前，请仔细检测各管路系统有无泄露、各管路接口有无松动 现象；电气元件有无短路现象。如果一切正常，方可进行试验。
TATD二氧化氯发生器 使用说明书 北京泰盎泰达科技发展科技有限公司
．概述 TATD二氧化氯发生器是我公司生产的高科技产品，该产品采用氯酸钠和 盐酸为原料制备二氧化氯和氯气的混合消毒液，可广泛用于饮用水或污水的消毒；工业循环冷却水杀灭藻；工业废水脱色、除臭或去除还原性污染成分。二．技术参数 三．结构特征及工作原理 1.总体结构及工作原理 总体结构：发生器由供料系统、反应系统、吸收系统、控制系统和安全系统构成：发生器外壳为PVC材料。 工作原理：氯酸钠水溶液与盐酸溶液在负压条件下由储存罐经给料管、计量泵进入反应室，在一定温度下充分反应，产生以二氧化氯为主，氯气为辅的消毒气体，经水射器吸收与水混合形成消毒液后，通入被消毒水体中。
- 第 3 页 共 8 页 2.设备外形图 前 后
3.主要部件功能及工作原理： 1)水射器：水射器是根据射流原理而设计的一种抽气元件，当动力水经过 水射器时，其内部产生负压，外部气体在压差作用下吸入水射器，从而 实现吸气。被吸入的二氧化氯气体在此同水混合形成消毒液。 2)计量泵：输送原料及调节流量。 3)进气管：设备运行时的空气通道，进气管要引出室外，并保持与大气相 通。 4)安全阀：安全阀为设备操作运行不当时特定泄压途径，安全阀打开后， 将安全塞重新塞紧即可。 四．设备安装 （一）安装条件 1.设备安装在室内，避免阳光直射。 2.因二氧化氯具有一定的腐蚀性，因此在选择设备安装位置时应避免同其他电器设备置于同一房间，应单独独立设备间。 3.设备间地面应铺设水泥地面，并设有冲洗用水源和排水下水道。 4.设备间应通风良好，因二氧化氯气体比重比空气大，因此应在墙壁下部安装排风扇。 5.设备间应配备压力水源，压力0.2Mpa~0.4Mpa。 6.设备应有必要的照明设施及220V.10A电源插座一个。 (二)安装程序及注意事项 1.确定消毒剂投加点和水射器、设备安装位置 1)确定消毒剂投加点和水射器、设备安装位置 2)安装水射器，并将管道连接到投加点 3)将设备摆放到适当位置，把水射器同设备连接 4)安装设备各部件，并检查各接口是否漏气 2.安装注意事项 （1）水射器和单向阀的安装
亲爱的用户，感谢您选择本公司的产品和服务。对技术完美性的追求是我们的目标，我们的理念是产品不求多，只求精。 请您在使用本机前详细阅读此说明书，以便方便您安装使用。 注意： 本手册未经本公司的许可，不得任意复制、拷贝、翻译或以其他形式进行发送。 本手册所提及的商标和名称皆属本公司所有。 未经本公司许可而对产品及本说明书进行修改所造成的产品功能不实现、损伤或对其他产品、人造成的影响，本公司将不负任何责任。 对于以合法渠道取得本公司产品的用户，本公司将提供三个月保换、一年保修的服务，但不包括操作不当，人为原因的故障及伤害。 本手册若有任何内容修改或变更，将不另行通知。 2004年6月 版本：V4.0
目录 一、系统简介 (4) 二、技术特性 (4) 三、功能简介 (5) 四、设备面板定义 (6) 1，前面板说明 (6) 2，后面板说明 (8) 3，指示灯说明 (8) 4，开关说明 (10) 5，线路环回 (11) 6，用户自定义信息 (12) 五、网管的说明 (12) 六、应用示例 (19) 1，点对点组网 (19) 2，通过光网络连接 (19) 七、部分功能的附加说明 (20) 1，E1线路成对不对称用说明 (20) 2，误码监测和E1通道自动保护及恢复 (20) 3，UART接口和网管功能 (20) 4，环回功能 (21)
八、测试方法 (22) 1，自环测试 (22) 2，对通测试 (22) 九.专用线缆制作介绍 (22) 1，以太网线的制作方法 (22) 2，RS232线制作方法 (23) 十、机箱尺寸与重量 (23) 十一、安装与维护 (24) 1，安装 (24) 2，维护 (24)
设备使用 使 用 说 明 书
目录 1．设备说明Ｐ 1 1－１设备用途 1－２设备技术参数 1－３设备安装 1—4 设备润滑 2．操作使用说明Ｐ 2 2－１运行准备 2－２手动操作 2－３自动操作 2－４指示说明 2－５报警解除说明 2－６安全操作说明 3．F381仪表使用说明Ｐ7 3－１主窗口说明 3－２保持功能说明 3－３波形比较功能说明 3－４使用保存注意事项 4．F381仪表使用说明Ｐ7 4－１主窗口说明 4－２设置 4－３校准 5．液压气动系统Ｐ18 5－１液压回路图 5―２气动回路图 6．电气系统P 6－１主回路图 6－２PLC梯形图 6—3 电气部品清单 7．附件P 7－１外购件明细 7－２易损件明细
１．设备说明 １－１设备用途 本设备为一汽光洋转向装置有限公司设计制造，用于HM、长城K11A、长城K1、XJD、NBC2、JDC131、小红旗、捷达D00、M2型号齿轮与扭杆 铆紧及其衬套压入。本设备有两个工位，工位Ⅰ用于扭杆和衬套铆紧， 工位Ⅱ用于衬套压入齿轮。 １－2 设备主要技术参数 设备外形尺寸：长 1180 宽 620 高 2430 重量： 1250 kg 系统最大工作压力： 0.6MPa 系统额定工作压力： 0.3-0.6MPa 生产节拍： 30 S 电源电压： AC 380 V １－3 设备安装 设备安装时注意调节各地脚的高度使设备保持水平。安装地点应注意设备操作、维护和修理的必要空间。（请参阅设备布置图）。 １—4设备润滑 1、设备工位Ⅱ上部滚珠丝杠螺母副处需每周注机油（GB/T314-1994导 轨油）一次; 2、各注油嘴需每十五个工作日注入润滑脂（硝基脂）一次。 3、直线轴承根据时间工作时间注机油（GB/T314-1994导轨油），一般 情况下每十五个工作日注油一次。