COMPASS一词出自Condensed-phase Optimized Molecular Potentials for Atomistic Simulation Studies.这是第一个出自量子力学从头计算的力场。该力场不但能够模拟孤立分子的结构、振动频率、热力学性质等，重要的是它能够模拟出更准确的凝聚态的结构与性质。后者是以往的分子力场所不及的，因为一般分子力场中非键合项的原子对势函数以及力常数是从单原子分子体系的数据组合而来的，并未做更严格的考核。而在COMPASS中不同了，非键相互作用势函数与力常数是在分子动力学模拟分子液体与晶体中不断优化出来的。另外，MM2、DREIDING,UFF等力场的振动频率计算结果误差很大，一般平均超过100cm-1，对于键角弯曲振动峰要差到200cm-1以上。在COMPASS中该误差已降到30-50 cm-1。
为了得到对势能面更加准确的描述，COMPASS采用更加复杂的一套势能函数。其函数形式与CFF力场是一致的，即采用级数展开达三项的形式。如健伸缩能
Eb＝k2(b-b0)2＋k3(b-b0)3＋k4 (b-b0)4
还有键角弯曲能、扭转能都采取三项加和三个力常数。除了一般的面外弯曲能外，该分子力场增加了大量的交叉项，包括：键伸缩／键伸缩, 键伸编/键角弯曲，键伸缩/扭转，键角弯曲/扭转，键角弯曲/键角弯曲等能量项。对于非键合能量项部分，不同之处在于范德华能采用Lennard-Jones-9-6函数
为了验证COMPASS力场的有效性，孙淮及其他研究者曾经对单个分子、液态分子及晶体分子共28类分子进行模拟验证。各类分子除了包括大多数普通的有机分子，还有气态小分子和高分子材料。其中高分子材料有：烷烃聚氧乙烯、聚硅氧烷、聚氨酯、聚硅烷、聚磷腈和芳族聚酯。
作为一个高质量的分子力场，COMPASS除了具有上述优点外，还是第一个把以往分别处理的有机分子体系的力场与无机分子体系的力场统一的分子力场。COMPASS能够模拟小分子与高分子，一些金属离子、金属氧化物与金属。它所覆盖的领域正是近年来材料科学发展所需要的。
COMPASS在处理有机与无机分子体系时采取了分类别处理的方式，然而所有的参数都按同样的方式得到。因此，两类体系的混合仍然能够被合理地描述出来：对于有机共价分子体系，COMPASS采用CFF分子力场的基本模式；对于金属卤化物或纯的离子体系,COMPASS采用离子模型处理；对于金属本体的结构，用LJ9-6函数式描述范德华相互作用；对于金属与过渡金属氧化物，采用了一个准离子模型。
1 COMPASS for Windows 5.3.1 2 COMPASS for Windows of Landmark Graphics Co. 3 简明使用手册 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
目录 37 38 一、COMPASS WELLPLAN FOR WINDOWS 功能简介 39 二、COMPANY SETUP - CREATE NEW COMPANY：公司设置-建立新的公司 40 三、FIELD SETUP- CREATE NEW FIELD：油气田设置-建立新的油气田 41 四、SITE SETUP- CREATE NEW SITE：区块设置-建立新的区块 42 五、TEMPLATE EDITOR：槽口模板编辑器 43 六、WELLSETUP-CREATE NEW WELL：单井设置-建立新井 44 七、WELLPATH SETUP-CREATE NEW WELLPATH：轨迹设置-建立新的轨迹 45 八、TARGET EDITOR：靶点编辑器 46 九、NEW PLAN & OPEN PLAN：井眼轨迹设计 47 十、NEW SERVEY& OPEN SERVEY：实测数据建立与编辑 48
十一、A NTICOLLISION：防碰计算 49 十二、W ALL PLOT COMPOSER：挂图制作 50 十三、常用功能简介 51 52 53 54 COMPASS WELLPLAN FOR WINDOWS 功能简介 55 56 COMPASS（指南针）有三个核心功能： 57 PLANNING（设计）按计划井眼形状设计井眼轨迹 58 SURVEY（实测计算）已钻井眼实测数据的计算及轨迹预测59 ANTICOLLISION（防碰计算）井眼轨迹之间的距离计算 60 61 除此之外，COMPASS还有以下功能： 62 COMPANY SETUP 允许你为不同的公司设置COMPASS 63
力场与拓扑之二：如何选择力场 已有9886 次阅读 2015-12-9 13:01 |系统分类:科研笔记 2015-12-08 22:27:19 待补充, 参考Sobereva力场瞎总结, 磷脂膜模拟的力场 瞎总结. 性能 模拟有机小分子热力学性质用Charmm generalized >= OPLS-AA >= GAFF，但实际上GAFF已经很好了。它 们计算各种有机分子的密度、蒸发焓都很准确，但是介 电常数、等温压缩系数计算得都一般。GAFF对于带有 硝基的分子不好。OPLS和GAFF对于苯甲醛、甲酸， 以及有两个及以上Br或Cl相距较近的情况都不好。 对蛋白质构象的模拟: ff99SB+ildn+nmr > CHARMM27 >OPLS ?f99。 ?Berger：专门用于磷脂的力场 ?PFF=Polarizable Force Field ?VAMM=Virtual atom molecular mechanics 材料力场 ?cvff(consistent valence forcefield)：参数用于有机分子、蛋白质模拟，函数形式略复杂。cvff_aug是对其扩展， 可以用于研究硅酸盐、铝硅酸盐、磷酸盐、泥土
?CFF(consistent family of forcefield)：包括CFF91和CFF95。适用面很广，涵盖有机无机小分子、聚合物、 多糖和生物大分子，还支持金属。函数形式挺复杂。 参数由从头算获得，非键参数从CVFF弄来，不适合 凝聚相模拟。 ?pcff：基于CFF91，适用范围做了扩展，主要用于聚合物和有机材料，也能用于无机材料，还有糖、核酸、 脂的参数。 ?COMPASS=Condensed-phase Optimized Molecular Potentials for Atomistic Simulation Studies：在pcff基 础上改进的新版本，同样由从头算获得参数，在凝聚 相模拟方面大有改善。适用于有机和一些无机分子、 高分子，常用于材料领域的各种性质计算，不支持生 物分子。模拟超临界水不错。能够适应很宽范围的压 强和温度。MS中COMPASS(即 2.8)>COMPASS2.7>COMPASS2.6。在MaterialStudio 中御用，参数是加密不公开的，虽然lammps也能用， 但是参数不全。 普适力场 ?Dreiding：普适型力场，但支持的元素有限，并非涵盖整个周期表。可以用于有机、生物、主族无机分子。
COMPASS 2000操作使用手册 目录 目录 (1) 一．COMPASS概述 (7) 1．COMPASS优点： (7) 2．COMPASS主要具有三个主要的功能，同时还有一个功能强大的测绘工具。 (7) 3．COMPASS系统还有如下功能： (8) 4．COMPASS还拥有如下一些实用工具 (8) 二．简要的操作指南 (9) 1．To open a wellpath（打开井眼）: (9) 2．To view wellpath:（查看井眼） (9) 3．Open another wellpath（打开其它井眼） (9) 4．To Create a plan:（创建一个井的设计） [参看设计模块] (9) 5．To edit a survey:（编辑测量） [参看测量模块] (9) 6．To view a wellpath’s survey program:（查看井眼轨迹的测量组合） (10) 7．Anticollision（防碰） [参看防碰模块]. 10 四 Compass数据结构 (10)
4.1 working at the Company level (10) 4.2 working at the project level (31) 4.3 Working at the site level (35) 4.4 Working at the Well Level (38) 4.5 working at the Wellbore level (42) 4.6 Working at Plan design level (42) 4.7 concepts (44) 五 planning module (45) 6．Template模板 (49) 7．Targets 靶区 (55) 五．Survey测量 (61) 1．Open a survey 打开一个测量 (61) 2．Survey Set-up测量设置，创建新的测量 (61) 3．Survey Editor测量编辑器 (64) 4．Project Ahead纠偏设计 (65) 5．Point Interpolation插点（中间点插值计算） (68) 6．Survey Program for Wellpath井眼的测量序列 (69) 7．Varying curvature变曲率 (69) 8．Import Survey输入测量 (70) 9．Export Survey输出测量 (72)
COMPASS for Windows for Windows of Landmark Graphics Co. 简明使用手册
目录 一、COMPASS WELLPLAN FOR WINDOWS能简介 二、 COMPA NY SETUP - CREATE NEW COMP：公司设置-建立新的公司 三、FIELD SETUP- CREATE NEW Fl：曲气田设置-建立新的油气田 四、SITE SETUP- CREATE NEW SITE块设置-建立新的区块 五、TEMPLATE EDITOR槽口模板编辑器 六、WELLSETUP-CREATE NEW W E单井设置-建立新井 七、WELLPATH SETUP-CREATE NEW WELLPAT迹设置-建立新的轨迹 八、TARGET EDITOR?巴点编辑器 九、NEW PLAN & OPEN PLAN井眼轨迹设计 十、NEW SERVE Y& OPEN SERVE实测数据建立与编辑 ANTICOLLISIO N防碰计算 十WALL PLOT COMPOSERS 图制作 十三、常用功能简介
COMPASS WELLPLAN FOR WINDO功S B简介 COMPAS（S 指南针）有三个核心功能： PLANNING （设计）按计划井眼形状设计井眼轨迹 SURVEY（实测计算）已钻井眼实测数据的计算及轨迹预测ANTICOLLISION：防碰计算）井眼轨迹之间的距离计算 除此之外，COMPAS还有以下功能： COMPANY SETUP 允许你为不同的公司设置COMPASS FIELD SETUP 为同一油田的所有平台定义通用的水平或垂直参考系统 TARGET EDITOR 靶点编辑器，设置靶点位置及靶区形状 TEMPLATE EDITOR 槽口编辑器，用于丛式井井口坐标计算 REFERENCE DATUM ELEVATIONS^不同的海拔高度参照基准 MAGNETIC CALCULATO R算不同磁场模型的磁场值 GEODETIC CALCULATORS同地质坐标系之间的数值转换计算 SURVEY TOOLS 定义不同测量工具的测量误差
1分子(或原子)间相互作用势简介 分子(或原子)间相互作用势的准确性对计算结果的精度影响极大，但总的来说，原子之间的相互作用势的研究一直发展得很缓慢，从一定程度上制约了分子动力学在实际研究中的应用．原子间势函数概念本身已把电子云对势函数的贡献折合在内了，原子间势函数的发展经历了从对势，多体势的过程．对势认为原子之间的相互作用是两两之间的作用，与其他原子的位置无关，而实际上，在多原子体系中，一个原子的位置不同，将影响空间一定范围内的电子云分布，从而影响其他原子之间的有效相互作用，故多原子体系的势函数更准确地须用多体势表示． 2 力场简介
图1 键伸缩势示意图图2键伸缩势示意图
图3二面角扭曲势示意图 在分子动力学模拟的初期，人们经常采用的是对势．应用对势的首次模拟是Alder和Wainwright在1957年的分子动力学模拟中采用的间断对势．Rahman在1964年应用非间断的对势于氩元素的研究，他和Stillinger在1971年也首次模拟了液体HzO分子，并对分子动力学方法作出了许多重要的贡献，比较常见的对势有以下几种： (a)间断对势 Alder和Wainwrigh在1957年使用间断对势 这个势函数虽然很简单，但模拟结果给人们提供了许多有益的启示．后来他们又采取了另一种形式的间断对势。 （b）连续对势 对势一般表示非键结作用，如范德瓦耳斯作用；常见的表达方式有以下几种：
ij ij 其中，Lennard —Jones 势是为描述惰性气体分子之间相互作用力而建立的，因此它表达的作用力较弱，描述的材料的行为也就比较柔韧．也有人用它来描述铬、钼、钨等体心立方过渡族金属．Born-Lande 势是用来描述离子晶体的． Morse 势与Johnson 势经常用来描述金属固体，前者多用于Cu ，后者多用于 Fe ．Morse 势的势阱大于Johnson 势的势阱，因此前者描述的作用力比后者强，并且由于前者的作用力范围比后者长，导致Morse 势固体的延性比Johnson 势固体好．对势虽然简单，得到的结果往往也符合某些宏观的物理规律，但其缺点是必然导致Cauchy 关系，即Cl2=C44，而一般金属并不满足Cauchy 关系，因此对势实际上不能准确地描述晶体的弹性性质
30 Days of .NET [Windows Mobile Applications] - Day 03: GPS Compass(GPS指南针) 原文见Day 03: GPS Compass 需求 使用GPS信息显示指南针。 实现 GPS指南针就是在UI上显示当前位置的方位(azimuth),GPS receiver输出的NMEA里就包含了这个信息。存放在GPRMC的第八个字段。 $GPRMC,015834,A,3749.8448,S,14459.6697,E,000.0,136.8,120908,011.7,E*63 上述例子中136.8为方位角。基于NMEA的分析，我写过一篇文章.NET Compact Framework下的GPS NMEA data数据分析。 作者提出进行GPS的开发有三种选择，1.直接使用串口连接GPS receiver。2.使用OpenNETCF GPS Library。3.使用GPS Intermediate Driver。 作者最终选择了GPS Intermediate Driver，这个库支持Windows Mobile 5以上系统。MS宣称GPS Intermediate Driver可以屏蔽所有硬件的差异，说实在，屏蔽了所有硬件的差异意味着这个库只是支持通用的NMEA，厂商的NMEA就不能解析出来了。凡事都是有优缺点，技术选型主要取决于需求。对这个指南针的需求比较简单，只是需要取出方位角信息，使用GPS Intermediate Driver可以提高开发效率。 进行GPS Intermediate Driver的开发，可以从参考Windows Mobile 6的事例代码C:\Program Files\Windows Mobile 6 SDK\Samples\PocketPC\CS\GPS。MS把GPS Intermediate Driver封装到Microsoft.WindowsMobile.Samples.Location里面，进行Compatct Framework的开发，我们只需要使用 Microsoft.WindowsMobile.Samples.Location就可以了。 GpsDeviceState device = null; GpsPosition position = null; Gps gps = new Gps(); private void Form1_Load(object sender, System.EventArgs e) { gps.DeviceStateChanged += new DeviceStateChangedEventHandler(gps_DeviceS tateChanged); gps.LocationChanged += new LocationChangedEventHandler(gps_LocationChang ed); } private void startGpsMenuItem_Click(object sender, EventArgs e) {
第六章定向井设计暨c o m p a s s操作指南 一、定向井设计需要的基本数据 1、单井 (1) 所钻井井口的大地坐标，靶点的大地坐标并给出相应的经纬度，以及定向井的靶区描述（如定向 井靶点半径，水平井等）。 (2) 井身结构及套管程序（给定垂深），以及所用套管的型号和单位重量。 (3)若下抽油泵，请给定垂深和该垂深下的前后井段。 (4) 该井所在地区的详细地质资料（包括地质分层，岩性及风险提示等）。 (5) 该井分段所用的泥浆比重，塑性粘度，切力，屈服值等。 (6) 钻机的游动系统重量，以及泥浆泵型号及功率和提供的工作排量。 2 ，二、 少钻井工序，降低摩阻，减少钻井时复杂情况和事故发生的可能性。 （2）．井身结构 根据地质要求和钻井目的，决定选用何种井身结构。 （3）．造斜点 造斜点应选在稳定、均质、可钻性较高的地层。造斜点深度的选择应考虑如下几点： A.相邻井的造斜点上下至少要错开15米以上，通常错开30～50米，防止井眼间窜通和磁干扰； B.中间井口用于位移小的井，造斜点较深。外围井口用于位移较大的井，造斜点较浅； C.如果设计的最大井斜角超过采油工艺或常规测井的限制或要求，应将造斜点提高或增加设计造斜率。 (4)．造斜率 在丛式井中，通常设计各井的造斜率为7～16°米。
(5)．最大井斜角 在保证油田开发要求的前提下，尽量不使井斜角太大，以避免钻井作业时，扭矩和摩阻太大，并保证其它作业的顺利进行，如电测、下套管作业等。常规测井工具通过的井段其最大井斜为62°。如果初始设计出最大井斜角达60°以上，则应适当调整造斜点和造斜率，使最大井斜不超过60°。当然，在一个丛式井平台上，可选择几口边缘井打水平井，以充分地利用平台，扩大采油面积。 (6)．井口分配 井口分配应考虑如下几点： A.用外围的井口打位移大的井，用中间的井口打位移较小的井。 B.按整个井组的各井方位，尽量均布井口，使井口与井底连线在水平面上的投影图尽量不相交，且成放射状分布，以方便轨迹跟踪。 C.考虑到钻井平台的最大额定载荷分布，将井斜大、位移大、井深较深的井安排在平台额定载荷大的地方。 D.如果按照（1）、（2）、（3）的顺序仍有不能错开的井，可以通过调整造斜点或造斜率的方法来解决。 ( 7)．防止井眼相碰 直井段的井身要符合要求，762毫米（30英寸）套管要求倾斜度小于0.5～l°。同排井在方位上要错开，避免干扰。邻井采用不同造斜率。 表层套管下深要错开，斜井段在空间交叉的井，最小距离为20米，直井段安全圆柱半径为15米。 (8)．合理安排钻井顺序 首先要按地质、开发部门有关注水配产要求和进一步对地层情况的掌握来进行。可采用先外排井，后内排井的顺序，防止内排岩屑堆集须进行清理；或由底盘一侧向另一侧推进的方式。 选择好一条合理的钻台井架移动路线，可省时省力。 (9)．使用优质钻井液，减少摩阻。对于井斜过大、水平位移过大的井，采用顶部驱动钻井装置来改善钻井作业。 (10)．上部井段采用集束钻井或集中打表层方式，可节约时间，提高钻井速度。 三、钻井平台位置优选 对于丛式井来说，优选平台位置，比一口定向井的设计更重要，且影响更大。除了考虑钻井工程方面的情况以外，还要考虑输油管道的建设、井场的地貌情况等，单从定向钻井的角度来优选，通常采用两种优选方式，一是累计水平位移最小，二是累计井深最少。 1．累计水平位移最小的平台位置优选 无论平台位置如何，靶点位置是一定的。因此，计算平台位置与靶点的距离，并使累计值最小就是这种优选方式的关键。 靶点位置通常以座标值给定，即（X，Y）值，值得注意的是X值是南北方向的座标值，Y值是东西方向的座标值，即X值相当于北南位移，Y值相当于东西位移，水平位移的计算可依据两点间的距离公式来求到： 2．累计井深最少的位置优选 采用这种优选方式，首先要依照井底和井口位置进行试算。把所有井的轨迹全部设计出来，计算出累计的井深，然后改变井口位置，重新作轨迹设计，直到设计出最小的累计井深。 无论哪一种平台位置优选方式，在确定其优选的井口位置时，必须保证所有井都能打成。因此，第一是平台上的少数井的水平位移不能特别大；第二是少数井的总井深不能特别深；第三是为了有利于进行丛式井作业，应尽可能少地进行绕障作业，至少在丛式井设计中，基本上不存在绕障问题。
考勤机操作指南 一、批量导入人员名单： 二、连接内网 一、批量导入名单： 1、插入U盘（U盘建议8G以下，否则有可能上传不了数据），长按M/OK键进入操作界面 2、选择“报表管理”
3、按OK键“下载考勤设置表” 4、下载完成后，将U盘拔下，在电脑上将U盘打开，找到下载至U盘中的表格，填入信息。（下载的表中有两张表格，一张为考勤设置表，一张为排班设置表。在考勤设置中表录入考勤时间，可以按“班次号”安排多个班次。在排班设置表中可以录入需考勤人员的工号（最多为9位数）、姓名、所属部门，在需考勤的日期录入考勤班次号。（按班次1考勤则录入1，按班次2考勤则录入2，以此类推））
5、保存好表格后，将U盘插入考勤机，“上传考勤设置表”。 6、成功上传后进入“用户管理” 7、选择“管理用户”按OK
8、在出现的人员名单中，选择需要录入指纹的人员，按OK 后，选择“登记指纹” 9、采集指纹（同一个手指按三次，即采集成功，如果需要采集多个手指，重复步骤8操作即可） 10、指纹采集完毕后，选择“完成”后退出即可。 备注：在步骤8中可选择人员权限，若选择了某人为管理员权限，则设置考勤机时需要录入管理员的指纹才能进入以上操作界面。
二、连接内网 在考勤机上插上内网线，在操作界面中选择“系统设置”， 选择“通信设置”后录入内网IP地址，保存后退出即可。 各县IP地址分配如下表： 机构IP地址子网掩码默认网关首选DNS备用DNS 赣县10.81.115.62255.255.255.24010.81.115.4910.64.4.2110.135.1.21大余县10.81.115.94255.255.255.24010.81.115.8110.64.4.2110.135.1.21上犹县10.81.115.110255.255.255.24010.81.115.9710.64.4.2110.135.1.21崇义县10.81.115.126255.255.255.24010.81.115.11310.64.4.2110.135.1.21龙南县10.81.115.158255.255.255.24010.81.115.14510.64.4.2110.135.1.21定南县10.81.115.174255.255.255.24010.81.115.16110.64.4.2110.135.1.21全南县10.81.115.190255.255.255.24010.81.115.17710.64.4.2110.135.1.21宁都县10.81.115.206255.255.255.24010.81.115.19310.64.4.2110.135.1.21兴国县10.81.115.238255.255.255.24010.81.115.22510.64.4.2110.135.1.21石城县10.81.116.62255.255.255.24010.81.116.4910.64.4.2110.135.1.21瑞金市10.81.116.78255.255.255.24010.81.116.6510.64.4.2110.135.1.21南康市10.81.116.94255.255.255.24010.81.116.8110.64.4.2110.135.1.21
第六章定向井设计暨compass操作指南 一、定向井设计需要的基本数据 1、单井 (1) 所钻井井口的坐标，靶点的坐标并给出相应的经纬度，以及定向井的靶区描述（如 定向井靶点半径，水平井等）。 (2) 井身结构及套管程序（给定垂深），以及所用套管的型号和单位重量。 (3)若下抽油泵，请给定垂深和该垂深下的前后井段。 (4) 该井所在地区的详细地质资料（包括地质分层，岩性及风险提示等）。 (5) 该井分段所用的泥浆比重，塑性粘度，切力，屈服值等。 (6) 钻机的游动系统重量，以及泥浆泵型号及功率和提供的工作排量。 (7) 可提供的钻杆和加重钻杆钢级、公称尺寸，震击器型号，钻头类型等等。 (8) 给定工程设计标准及特殊要求。 (9) 该区域已钻井的定向井资料。 2、丛式井 (1) 平台的槽口分布，槽口间距，平台结构北角，该平台的中心坐标（坐标）和经纬度，以及覆盖区所有已钻井（包括探井）的井眼轨迹数据（井斜、方位等）。 (2) 丛式井的井口和靶点坐标及靶点垂深，定向井的靶区描述（如定向井靶点半径，水平 井等），以及油底垂深和口袋长度等。 (3) 井身结构及套管程序（给定垂深），所用套管的型号和单位重量等。. (4) 若下抽油泵，请给定垂深和该垂深下的前后井段。 (5) 该井所在地区的详细地质资料（包括地质分层，岩性及风险提示等）。 (6) 该井分段所用的泥浆比重、塑性粘度、切力、屈服值等。 (7) 钻机的游动系统重量，以及泥浆泵型号及功率和提供的工作排量等。 (8) 可提供的钻杆和加重钻杆钢级、公称尺寸，震击器型号，钻头类型等等。 (9) 该区域已钻井的定向井资料。 (10) 给定工程设计标准及特殊要求。 二、丛式井设计 1．丛式井的概念 丛式井是指一组定向井（水平井），它们的井口是集中在一个有限围，如海上钻井平台、沙漠中钻井平台、人工岛等。丛式井的广泛应用是由于它与钻单个定向井相比较，大大减少钻井成本，并能满足油田的整体开发要求。 2．丛式井设计应考虑的问题 （1）．井身剖面 在满足油田开发要求的前提下，尽量选择最简单剖面，如典型的“直一增一稳”三段制，这样将减少钻井工序，降低摩阻，减少钻井时复杂情况和事故发生的可能性。 （2）．井身结构 根据地质要求和钻井目的，决定选用何种井身结构。
Materials Studio 目录[隐藏] Materials studio简介 模块详细介绍 Materials studio简介 1. 1、诞生背景 2. 2、软件概况 3. 3、模块简介 4. 4、比Cer ius2更具有优点 模块详细介绍 1. 基本环境 2. 分子力学与分子动力学 3. 晶体、结晶与X射线衍射 4. 量子力学 5. 高分子与介观模拟 6. 定量结构-性质关系 [编辑本段] Materials studio简介 1、诞生背景 美国A ccelrys公司的前身为四家世界领先的科学软件公司――美国Molecular Simulations Inc.(MSI)公司、Genet ics Computer G roup(G CG)公司、英国Synop sys Scient ific系统公司以及Oxfo rd Molecular Group(OMG)公司，由这四家软件公司于2001年6月1日合并组建的Accel rys公司，是目前全球范围内唯一能够提供分子模拟、材料设计以及化学信息学和生物信息学全面解决方案和相关服务的软件供应商。 A ccelrys材料科学软件产品提供了全面完善的模拟环境，可以帮助研究者构建、显示和分析分子、固体及表面的结构模型，并研究、预测材料的相关性质。A ccelrys的软件是高度模块化的集成产品，用户可以自由定制、购买自己的软件系统，以满足研究工作的不同需要。A ccelrys软件用于材料科学研究的主要产品包括运行于UNIX工作站系统上的C erius2软件，以及全新开发的基于PC平台的Material s Studio软件。Accelrys材料科学软件被广泛应用于石化、化工、制药、食品、石油、电子、汽车和航空航天等工业及教育研究部门，在上述领域中具有较大影响的世界各主要跨国公司及著名研究机构几乎都是Accelrys产品的用户。 2、软件概况 Mate rials Studio是专门为材料科学领域研究者开发的一款可运行在PC上的模拟软件。它可以帮助你解决当今化学、材料工业中的一系列重要问题。支持Windows 98、2000、NT、Unix以及Linux等多种操作平台的Materials Stu dio使化学及材料科学的研究者们能更方便地建立三维结构模型，并对各种晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进行深入的研究。 多种先进算法的综合应用使Material s Studio成为一个强有力的模拟工具。无论构型优化、性质预测和X射线衍射分析，以及复杂的动力学模拟和量子力学计算，我们都可以通过一些简单易学的操作来得到切实可靠的数据。
一、介绍 ArduPilotMega自动驾驶仪（简称APM 自驾仪）是一款非常优秀而且完全开源的自动驾驶控制器，可应用于固定翼、直升机、多旋翼、地面车辆等，同时还可以搭配多款功能强大的地面控制站使用。地面站中可以在线升级固件、调参，使用一套全双工的无线数据传输系统在地面站与自驾仪之间建立起一条数据链，即可组成一套无人机自动控制系统，非常适合个人组建自己的无人机驾驶系统。 二、性能特点 ?免费的开源程序，支持多种载机。ArduPlane模式支持固定翼飞机，Arducoper模式支持直升机与多旋翼 （包括三轴、四轴、六轴、八轴等），ArduRover模式支持地面车辆； ?人性化的图形地面站控制软件，通过一根Micro_USB线或者一套无线数传连接，鼠标点击操作就可以进行设置和下载程序到控制板的MCU 中，无需编程知识和下载线等其它硬件设备。但如果你想更深入的了解APM 的代码的话，你仍旧可以使用Arduino 来手动编程下载； ?地面站的任务规划器支持上百个三维航点的自主飞行设置，并且只需要通过鼠标在地图上点击操作就行； ?基于强大的MAVLink协议，支持双向遥测和实时传输命令； ?多种免费地面站可选，包括Mission Planner ，HK GCS 等，还可以使用手机上的地面站软件，地面站中可实现任务规划，空中参数调整，视频显示，语音合成和查看飞行记录等； ?可实现自动起飞，自动降落，航点航线飞行，自动返航等多种自驾仪性能； ?完整支持Xplane和Flight Gear 半硬件仿真 三、硬件构成 o核心MCU采用ATMEL的8bit ATMEGA2560 o 整合三轴陀螺仪与三轴加速度的六轴MEMS传感器MPU6000 o 高度测量采用高精度数字空气压力传感器MS-5611 o 板载16MB的AT45DB161D存储器o 三轴磁力计HMC5883 o8路PWM控制输入 o 11路模拟传感器输入 o 11路PWM输出（8路电调电机+3路云台增稳） o GPS 模块可选MTK 3329及支持ublox输出的NEO-6M、7M、LEA-6H等o 可屏蔽板载PPM解码功能，外接PPM解码板或者外接PPM接收机 o 可屏蔽板载罗盘通过I2C接口使用外置扩展罗盘 o （可选）OSD模块，将无人机姿态、模式、速度、位置等重要数据叠加到图像上实时回传o （可选）空速传感器 o （可选）电流电压传感器 o （可选）超声波测距传感器o （可选）光流定点传感器 o（可扩展）其它UART、I2C、SPI 设备
LAMMPS手册-中文解析 一、简介 本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。 1．什么是LAMMPS? LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。 LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。 LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。 通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。 2．LAMMPS的功能 总体功能：
可以串行和并行计算 分布式MPI策略 模拟空间的分解并行机制 开源 高移植性C++语言编写 MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义） 可以方便的为之扩展上新特征和功能 只需一个输入脚本就可运行 有定义和使用变量和方程完备语法规则 在运行过程中循环的控制都有严格的规则 只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型： （atom style命令） 原子 粗粒化粒子 全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA 联合原子聚合物或有机分子 金属 粒子材料 粗粒化介观模型 延伸球形与椭圆形粒子 点偶极粒子
COMPASS单词翻译及使用说明 一、一、封面： File 文件 1）、Status 基本情况 2）、References 参数 Edit 编辑 Company 公司 NS/EW：Site 坐标：区块 View 视图 Field 油田 North：Grid 北：地理坐标 Planning 设计 Site 区块 TVD：Datum 垂深：基准点 Survey 测量数据与计算 Well 井号 Mean Sea Level 海平面 Anticollision 防碰 Wellpath 轨迹类型名 Utilities 有效设置 Datum 基准点(面 ) Window 窗口 Help 帮助 二、文件： Open 打开 Graph Export: DXF File Save 保存 (图表输出) Windos metafile 源文件 Save As 。。保存 New Company 新公司 Data Source 数据来源 New Field 新油田 Print 打印 New Site 新区块 Print Preview 打印预览 New Well 新井号 Exit 退出 New Wellpath 新轨迹 Delete Company 删除公司 Delete Field 删除油田 Delete Site 删除区块 Delete Well 删除井号 Delete Wellpath 删除轨迹 Import : Transfer File 传输文件 输入 DOS Compass :dos 指针 DOS Wellplan: dos 设计 DFW Surveys 测量数据库 Wellbore planner 设计者 Export: Field 油田 输出 Site 区块 Well 井号 Direct to wellplan 直接到设计 To a wellplan file 到一个设计文件 Wellbore planer 设计者
LANDMARK 2003 安装使用说明 一、网络版安装 前提：* 本地计算机名不能为中文（纯字母最佳）； * 计算机操作系统应为Win2000或Win XP以上。 1、公司服务器已配置好（IP：10.56.38.250 ；机器名：trgr ）。 2、在本地计算机中搜索hosts 文件，用NOTEPAD（记事本）程序打开。在文件末尾加入 如下字符串：10.56.38.250 trgr ，保存后退出。单击开始——运行，输入ping trgr 后回车，检查是否与服务器连通。（此步必须通过否则程序无法运行）。 3、在本地计算机安装LANDMARK R2003 VOLUME6光盘 A、执行光盘后（自动弹出或执行SETUP文件），单击CONTINUE——INSTALL，开 始安装（如有98.7版需选择其他安装路径或盘符）； B、选择除STRESS CHECK、OPENWELLS、CASINGSEAT外所有选项； C、应用程序EDM选择LOCAL，LAM程序选择SERVER； D、安装完成后，将软盘中/网络License/目录下License.dat文件拷贝至安装目录 /LANDMARK/LAM/目录下 4、执行所需应用程序（用户名：EDM、密码：LANDMARK）。 二、单机版安装 前提：* 本地计算机名不能为中文（纯字母最佳）； * 计算机操作系统应为Win2000或Win XP以上。 1、安装软件狗驱动程序：执行LANDMARK R2003 VOLUME6光盘 /PRODUCTS/EDM/INSTALL/FLEXID/目录下RAINBOWSSD539.EXE文件。 2、在本地计算机安装LANDMARK R2003 VOLUME6光盘 a)执行光盘后（自动弹出或执行SETUP文件），单击CONTINUE——INSTALL，开 始安装（如有98.7版需选择其他安装路径或盘符）； b)选择除STRESS CHECK、OPENWELLS、CASINGSEAT外所有选项； c)应用程序EDM选择LOCAL，LAM程序选择SERVER； d)安装完成后，将软盘中/License****/目录下License.dat文件（****表示系列号，必 须与软件狗系列号相同）拷贝至安装目录/LANDMARK/LAM/目录下 e)插入软件狗，执行程序——LAM2003——LICENSE TOOL MANAGER程序选中 CONFIGURA TION USING SERVICES选项，选择CONGFIGURE SERVICES页面，单击SA VE SERVICE按键。关闭程序 3、执行所需应用程序（用户名：EDM、密码：LANDMARK）。
Introduction to COMPASS Forcefield Liang Taining, Yang Xiaozhen (Center for Molecsclar Science, Institute of Chemistry, Beijing 100080) Abstrat COMPASS forcefield is the new kind forcefield developed for the Condensed-phase Optimized Molecular Potentials. It is the first ab initio forcefield that enables accurate and simultaneous prediction of structural, conformational, vibrational, and thermophysical properties for a broad range of molecules in isolation and in condensed phases. It is also the first high quality forcefield that consolidates parameters for organic and inorganic materials previously found in different forcefields. This forcefield includes the most common organics, inorganic small molecules, polymers, some metal ions, metal oxides and metals. Key words COMPASS, Molecular forcefield 摘要 COMPASS力场是最近发展的适合凝聚态应用的一个全新的分子力场。它是第一个基于从头计算、能够准确预报孤立态和凝聚态分子的分子结构、构象、振动、热力学性质的分子力场。COMPASS力场也是第一个把以往分别处理的有机分子体系的力场与无机分子体系的力场统一的分子力场，能够模拟有机和无机小分子，高分子，一些金属离子、金属氧化物与金属。 关键词 COMPASS 分子力场 分子力场——COMPASS简介* 梁太宁杨小震** (中国科学院化学研究所分子科学中心 100080) 在分子模拟中经常要模拟成千上万个原子的分子体系。显然，与量子力学和半经验方法相比，分子力学有能力处理大分子体系并且可以大大节省计算时间。分子力学是从经典力学的观点来描述分子中原子的拓扑结构。它是通过分子力场(molecular force field)，这个分子模拟的基石来实现的。分子力场是原子尺度上的一种势能场，是由一套势函数与一套力常数构成的。由此描述特定分子结构的体系能量。该能量是分子体系中成键原子的内坐标的函数，也是非键原子对儿距离的函数[1]。最早分子力学的方法似乎可以追朔到双原子分子的振动光谱的计算。分子力学方法系统地发展还是在50年代以后。通过选择一套势函数和从实验中得到的一套力常数，从给定的分子体系原子的空间坐标的初值，用分子力场描述的体系总能量对原子坐标的梯度，就可以通过多次迭代的数值算方法来得到合理的分子体系的结构。这样一个在物理上十分清楚的方法能否用到材料科学领域，关键在于分子力场能否描述广泛的材料分子。 分子力场近年来的发展[2-5]才使分子力学有了用武之地，计算机模拟方法，使不便区别化学特征的理论物理研究小组，进入了能在化学上区别的各种材料的分子设计实验室。早期的分子力场，如CFF，MM2，MMP2[6]，AMBER[7], CHARMM[8],等，仅能够描述有限的几种元素与一些轨道杂化的原子。在物理化学研究领域虽有很
第3章铁基块体非晶合金-纳米晶转变的动力学模拟过程3.1 Discover模块 3.1.1 原子力场的分配 在使用Discover模块建立基于力场的计算中，涉及几个步骤。主要有：选择力场、指定原子类型、计算或指定电荷、选择non-bond cutoffs。 在这些步骤中，指定原子类型和计算电荷一般是自动执行的。然而，在某些情形下需要手动指定原子类型。原子定型使用预定义的规则对结构中的每个原子指定原子类型。在为特定的系统确定能量和力时，定型原子使工作者能使用正确的力场参数。通常，原子定型由Discover使用定型引擎的基本规则来自动执行，所以不需要手动原子定型。然而，在特殊情形下，人们不得不手动的定型原子，以确保它们被正确地设置。 图 3-1 1）计算并显示原子类型：点击Edit→Atom Selection，如图3-1所示 图3-2 弹出对话框，如图3-2所示
从右边的…的元素周期表中选择Fe，再点Select，此时所建晶胞中所有Fe 原子都将被选中，原子被红色线圈住即表示原子被选中。再编辑集合，点击Edit →Edit Sets，如图3-3、3-4所示。 图3-3 图3-4 弹出对话框见图3-4，点击New...，给原子集合设定一个名字。这里设置为Fe，则3D视图中会显示“Fe”字样，再分配力场：在工具栏上点击Discover按钮，从下拉列表中选择Setup，显示Discover Setup对话框，选择Typing选项卡，见图3-5。 图3-5 在Forcefield types里选择相应原子力场，再点Assign（分配）按钮进行原子力场分配。注意原子力场中的价态要与Properties Project里的原子价态
概述 COMPASS软件具有3个核心功能： ●设计用以设计井身轨道 ●测量用以计算所钻井的井眼的位置参数 ●防碰用以计算与参考井之间的距离 除此之外还有如下功能： ●公司设置可以针对不同的公司对COMPASS进行系统参数的配置 ●油田设置用以为一组区块定义统一的和垂直参考系统参数 ●靶点编辑器定义靶点的位置和形状 ●样板编辑器井口坐标的计算器 ●参考数据海拔用以定义不通的垂直数据 ●地磁计算器可以用不同的地磁模型计算磁场的参数 ●测地计算器为不同的坐标系统进行转换 ●测量工具联合多种不同的测量工具定义误差 ●测量历史选择哪一组测量参数作为确定的井身轨迹 使用步骤： 1)安装，注意安装完毕按照说明进行破解。并且不能安装在中文目录名内，而且英文字符 不能超过8位。 2)安装完毕运行首先进行单位设置，推荐使用国际单位SI标准，方法是点击Utilities菜 单，选择units再调入预设的SI单位集合即可，注意此时狗腿度的单位是度/30m，可以根据个人习惯进行调整。 3)第一次使用首先建立一个新公司（company）如二勘、六勘等等，注意在company对话
框内一定要选择中国钻井行业规定的标准－曲率半径法（Radius of Curvature），并且根据需要选择坐标的原点（Co-ordinate）是区块(site)的中心还是井口（slot）的中心。如果不涉及防碰，不需要比较两井的相当位置时，建议选择井口的中心作为原点。 4)建立一个油田（field）如胜利、大庆、塔指等等。 5)建立一个区块（site）如哈得、塔河等等。可以输入本区块的中心坐标（如果愿意）。 6)建立一口井（well），名字用井号如：轮古37等等，并输入本井的井口坐标。 7)建一个轨道（wellpath），一口井可以建立数个轨道。并可以指定其中的一个为确定的 （definitive）轨道。 8)选择EDIT(编辑)－Wellpath（轨道）－targets（靶点）菜单（或直接点工具栏的按钮）， 进入靶点设计，输入靶点的名字、垂深、坐标、形状，保存退出。 9)选择Planning－new plan菜单，输入轨道设计的名字和起始点，进行轨道设计。 10)选择Survey－new survey菜单，输入测量过程的名字和起始点，进行实际测量的参数计 算。 11)实际使用过程中，每进行一次测量都要重复9的过程建立一个以最后测量点为起点的新 设计，随时调整下一步的定向方式。 靶点设计模块的使用方法： 输入靶点的名字如：A、B等等，输入垂深和坐标并选择靶点的形状； 定向井通常为圆形，复选Circle（圆形）后，再点击Edit Shape按钮进入详细设置对话框，一般选择半径即可。 水平井靶核的横截面形状一般为方形和梯形，设计时根据情况分别复选Rectangle（方形）或Polygon（多边形），然后再点击Edit Shape按钮进入详细设置对话框进行具体设置。 选择方形时详细设置对话框内还应输入靶核截面的长和宽，以及该截面中心的相对坐标、旋转角度（即靶点方位角），以及上下厚度和水平倾角。 复选选定多边行时，进入详细设置对话框设置内容较为复杂，首先要以当前靶点为坐标原点，把靶横核截面个顶点的坐标，输入到左侧栏里，然后输入上下厚度、旋转角度（即靶点方位角）和水平倾角，然后点击ok按钮结束。 设计模块的使用方法： 增加一种曲线类型 1、单击代表一种曲线类型的按钮，打开一个下拉窗口。曲线类型在下面有详细介绍。 2、在输入栏里参数。