最新的全飞秒的手术过程与传统全激光飞秒比较，整个过程中只需要一台飞秒激光设备，操作上更省事，同时切口更小，角膜瓣不需要切开。
然而与半飞秒对比，全飞秒这项新技术的缺点也很明显：
1、光区范围最大仅有6.5mm：全飞秒的最大光区仅有6.5mm，常规为6.0mm。而光区范围往往影响到治疗范围，光区范围很狭窄的全飞秒激光，治疗范围也受到了严重限制：全飞秒无法治疗远视，治疗度数不能太低，也不能太高，一般只能治疗800~1000度的近视。而全激光飞秒的光区范围常规就已经可以做到8.0mm，如在波前像差引导下更可以做到9.5mm，矫正度数范围可从50-2000度。
2、无法在波前像差数据引导下进行个性化手术，对部分屈光度数高、眼部情况复杂的患者无法施行全飞秒激光手术。
3、损失更多角膜组织：为了要“无瓣”，全飞秒要在角膜上打两层激光，相比飞秒手术损失更多的角膜组织，这将进一步减少适合全飞秒激光手术的患者人群。
4、手术难度大，对手术医生经验、患者心理素质、手术环境干扰等要求很高，容易发生术中异常，导致对焦失误，激光手术位置偏离毫厘，术后效果就会差之千里。
5、无法施行二次手术：由于全飞秒激光采用无瓣方式取出角膜镜片组织来达到效果，这样的方式如果在术中出现异常情况，是无法马上进行修正的，只能等待6个月恢复期后再进行修补。而与传统全激光飞秒可以马上进行修正、术后可二次甚至是多次进行飞秒激光矫正手术不同，全飞秒是一种“一次性手术”，是无法进行二次近视矫正手术的。
全飞秒激光是一种采用新技术原理的激光手术方式，在术后创口恢复上有一定的优势，但在患者近视度数及眼部情况适应度上有相当的局限性，在对患者术后炫光散光、夜视力等效果保证的前提下，一般只有很小部分患者较为适合采用全飞秒激光手术，如果强行对并不适合的患者施行全飞秒激光手术，发生手术失败或术后效果不理想的机率不小；再从国内主流眼科医院的选择来看，因为全飞秒激光还未通过美国权威机构FDA认证，因此大多技术成熟的医院没有引进，应当是等待其进一步改进成熟后再考虑引进。而半飞秒经过近十年全球百万例的验证，是一种相当稳定成熟的激光手术，依旧是当前最安全、最主流、
患者适应范围最大的近视治疗激光手术，技术成熟非常安全，并发症的发生率几乎
为零。并且可以对各项参数进行精确调整及设置，安全性非常高，利用虹膜定位波前像差技
术，可以提供微米级的精确度，使瞳孔定位的精确度达到全新高度，最大限度地降低了由切削角膜瓣产生的像差，提高了近视患者波前像差个体化治疗效果，避免了手术中因为眼球旋转导致的散光以及干眼症的发生，这些都是以概念为主的全飞秒激光无法达到的；蔡文全同时还表示：近期经常有一些患者到院检查时问起全飞秒激光的情况，通过多方面了解后，我们发现国内少数医院眼科以炒作新概念为手段，大力宣传高价全飞秒激光，要么在手术经验不成熟的情况下给患者施行手术，导致多例手术失败，让患者花高价还得不到好效果。要么只是使用全飞秒设备制瓣再使用另一台准分子激光设备进行角膜切削这种“拼装式全飞秒”来误导患者，对于这种做法我们是不倡导的，也希望患者在更清楚的了解其中区别后，能够自行做出最适合自已的近视治疗选择。
作为国内最早一批开展准分子屈光手术，已有52000例0失败激光手术的专家蔡文全主任指出：对于新技术的验证，能够经过长期时间和大量手术案例的考验才是最靠谱的证明，同时通过一些可查证的数据对比，我们往往还能看出新旧技术各自优缺点，从而更科学理智地去认识新技术和选择最适合自己的手术技术。