乳杆菌属（Lactobacillus）内13个新种的分类东北酸菜是我国传统的发酵制品,主要分布在我国东北地区,酿造和食用历史悠久,以自酿酸菜为采集菌种的来源。西藏地区的自然发酵酸奶已经有几千年的历史,具有独特的营养价值,它们中都蕴藏着丰富的乳酸菌资源。
本研究的目的是通过多相分类手段对从东北酸菜中分离得到的12个潜在乳酸菌新种和从西藏酸奶中分离得到的1个潜在乳酸菌新种进行鉴定,确定它们的分类学地位。采用多相方法进行鉴定,包括16S rRNA基因序列分析,phe S基因序列分析,rpo A基因序列分析,DNA G+C mol%测定,平均核苷酸一致性分析(ANI),脂肪酸甲酯(FAME)分析和表型特征分析。
菌株54-2~T与Lactobacillus composti、Lactobacillus floricola、Lactobacillus selangorensis、Lactobacillus perolens、Lactobacillus harbinensis和Lactobacillus shenzhenensis处于一个系统发育分支,16S rRNA 基因序列相似性在90.4-96.5%之间;phe S基因序列相似性在56.7-74.6%之间;rpo A基因序列相似性在57.2-81.6%之间;ANI计算结果分别在66.26-72.50%之间。菌株54-5~T、143-6~T、247-4~T、17-4~T和143-1~T与Lactobacillus dextrinicus和Lactobacillus concavus处于一个系统发育分支,16S rRNA基因序列相似性为94.9-99.9%;phe S基因序列相似性在70.1-83.1%之间;rpo A基因序列相似性在81.0-98.3%之间;ANI计算结果在70.34-81.73%之间。
菌株33-7~T、116-2~T、184-8~T、204-8~T、8-1(1)~T,256-3~T和M1575~T 与Lactobacillus tucceti、Lactobacillus nodensis、Lactobacillus insicii、Lactobacillus allii、Lactobacillus metriopterae、Lactobacillus terrae、Lactobacillus versmoldensis和Lactobacillus furfuricola处于一个系统发
育分支,16S rRNA基因序列相似性在95.6-100%之间;phe S基因序列相似性在73.1-91.6%之间;rpo A基因序列相似性在78.9-98.2%之间;ANI计算结果在
70.97-89.40%之间。菌株54-2~T、54-5~T、143-6~T、247-4~T、17-4~T、143-1~T、33-7~T、116-2~T、184-8~T、204-8~T、8-1(1)~T、256-3~T和M1575~T的DNA G+C mol%分别为39.96%、40.41%、42.48%、49.01%、41.47%、40.81%、35.56%、36.16%、34.57%、36.52%、36.71%、36.62%、39.36%。
菌株54-2~T、54-5~T、143-6~T、17-4~T和33-7~T的主要脂肪酸为C16:0和C18:1ω9c,菌株247-4~T、143-1~T、116-2~T、8-1(1)~T和M1575~T的主要脂肪酸C16:0,C18:1ω9c和C18:1ω6c/C18:1ω7c,菌株184-8~T、204-8~T和256-3~T的主要脂肪酸为C16:0、C18:1ω9c、C19:1ω6c/C19:0 cycloω10c和C18:1ω6c/C18:1ω7c。本研究采用多项分类方法对13个乳酸菌新种进行鉴定,确定他们的分类学地位,并对13个乳酸菌新种进行命名,命名如下
54-2~T(Lactobacillus yilanensis sp.nov.)、54-5~T(Lactobacillus bayanensis sp.nov.)、143-6~T(Lactobacillus mulanensis sp.nov.)、
247-4~T(Lactobacillus achengensis sp.nov.)、17-4~T(Lactobacillus wuchangensis sp.nov.)、143-1~T(Lactobacillus gannanensis sp.nov.)、
33-7~T(Lactobacillus keshanensis sp.nov.)、116-2~T(Lactobacillus kedongensis sp.nov.)、184-8~T(Lactobacillus baiquanensis sp.nov.)、204-8~T(Lactobacillus jidongensis sp.nov.)、8-1(1)~T(Lactobacillus hulinensis sp.nov.)、256-3~T(Lactobacillus mishanensis sp.nov.)、
M1575~T(Lactobacillus zhongbaensis sp.nov.)。