虽然在国家层面上，我国还没有专门的湖泊管理法，但现有的法律规定已经涵盖了湖泊保护。我国与保护湖泊有关的主要法律、法规包括——“一宪”是指《宪法》。它主要从国家职责和公民义务方面，对自然资源的保护做了原则性的规定。
“四法”是指《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国水污染防治法》、《中华人民共和国水土保持法》、《中华人民共和国渔业法》。如《中华人民共和国水污染防治法》第三十三条中规定，禁止在江河、湖泊、运河、渠道、水库最高水位线以下的滩地和岸坡堆放、存贮固体废弃物和其他污染物。《中华人民共和国水法》第三十一条规定，因违反规划造成江河和湖泊水域使用功能降低、地下水超采、地面沉降、水体污染的，应当承担治理责任。
“四条例”是指《中华人民共和国水污染防治法实施细则》、《中华人民共和国水土保持法实施条例》、《中华人民共和国渔业法实施细则》、《中华人民共和国河道管理条例》。如《中华人民共和国水污染防治法实施细则》第三十九条规定，向水体排放、倾倒工业废渣、城市生活垃圾，或者在江河、湖泊、运河、渠道、水库最高水位线以下的滩地和岸坡存贮固体废弃物的，可以处1万元以下的罚款。
除了上述法律法规外，一些省、市开展了湖泊水环境保护的立法研究工作，针对湖泊水环境、资源和生态特点，制定了一些地方性的保护湖泊的专门条例，提出相应的制度和内容，为实现湖泊生态系统良性循环目标提供坚实的法律保障。如2002年，《武汉市湖泊保护条例》施行。2006年，《南昌市城市湖泊保护条例》施行。与此同时，江西、云南等省份还针对区域内不同湖泊的不同特性，因地制宜地制定了相关法规，真正践行“一湖一策”。比如2003年，江西省通过了保护湖泊湿地的地方立法——《江西省鄱阳湖湿地保护条例》。云南省也先后制定了《云南省程海保护条例》、《云南省星云湖保护条例》、《云南省杞麓湖保护条例》等地方性法规。
水利部根据国务院批复的水利部“三定”方案和2002年《水法》，组织编制了《全国重要江河湖泊水功能区划》，将全国104个重要湖泊水库纳入了该区划报告。国务院于2006年颁布实施了《取水许可和水资源费征收管理条例》，为
进一步规范湖泊取水许可行为提供了法律依据。各地根据自身实践，也在积极探索湖泊保护立法对策，目前已有江苏省，南昌、武汉等城市，以及云南杞麓湖、南京玄武湖等个别湖泊出台了相关地方性法规或规范性文件，有力地促进了我国湖泊的管理和保护
目前，在国家层面的涉水法律法规主要包括《水法》、《水污染防治法》、《水土保持法》、《防洪法》、《渔业法》及《河道管理条例》等。从湖泊的管理体制、水资源保护、水污染防治以及岸线利用与管理等方面已经作出相关规定。其中，《河道管理条例》作为我国江河湖泊水资源利用和防治水害的法规，在河道（包括湖泊、人工水道、行洪区、蓄洪区、滞洪区）管理中起到了举足轻重的作用，但却没有针对于湖泊的特殊性作出相关规定，鲜有针对湖泊水源地保护、生态系统保护的相关规定，湖泊水域岸线利用和保护的力度明显不足，难以满足湖泊保护的立法需求。
水利部制定出台的《入河排污口监督管理办法》规定了入河排污口的设置、审批及监督管理；《水功能区管理办法》规定了水功能区的划分、审批以及监测。环保部在湖泊保护方面出台的《环境监测管理办法》规定了环境监测标准制定、监测站网建设和管理、环境数据收集整理；《饮用水水源保护区污染防治管理规定》规定了饮用水水源保护区的划分和防护。
2011年11月颁布实施的《太湖流域管理条例》是我国第一个从流域层面考虑并制定的湖泊保护的法律法规，
在省级层面上，我国目前仅有江苏和湖北两省出台了湖泊保护法规。江苏省于2004年出台的《江苏省湖泊保护条例》进一步明确了湖泊管理体制，总结江苏省多年的实践经验，包括规划先行原则、水量分配调度原则、开发利用服从防洪总体安排原则、涉水建设项目管理制度、退田退圩退渔还湖措施、湖泊水生态系统和湿地保护等。同时，对湖泊保护的范畴和保护范围做出具体的界定，提出保护湖泊水域面积和库容以及退田还湖措施。2012年5月30日通过的《湖北省
湖泊保护条例》
在地市级层面，武汉、南昌等城市出台了相关地方性法规。武汉市于2002年出台《武汉市湖泊保护条例》，并于2005出台《武汉市湖泊保护条例实施细则》
南昌市人大常委会于2006年发布了经江西省人大常委会批准的《南昌市城市湖泊保护条例》
《湖泊生态环境保护试点管理办法》（财建【2011】464号），
环保部常务会议审议并原则通过《良好湖泊生态环境保护规划(2011-2020年)》
PPP模式下的水污染防治治理
根据《关于推广运用政府和社会资本合作模式有关问题的通知》（财金〔2014〕76号），就扎实推进水污染防治领域PPP工作提出如下意见。
《关于推进水污染防治领域政府和社会资本合作的实施意见》
财建[2015]90号