生物信息学常用软件

生物信息学软件及使刘吉平liujiping@用概述生物秀-专心做生物！w w w .b b i o o .c o m生物信息学是一门新兴的交叉学生物信息学的概念：科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。生物秀-专心做生物！w w w .b b i o o .c o m分析和处理

生物信息学应用基本知识

生物信息学软件的使用

生物信息学应用实例

如EcoRI 识别序列：n5’GAATTC 3’ 3’CTTAAG 5’5’GGATCC 3’ 3’CCTAGG 5’限制性核酸内切酶命名❖Smith和Nathame命名原则（19

四. 生物信息学主要服务内容4. 有关蛋白质亲疏水性，等电点，抗原性， 跨膜蛋白，信号肽等分析以及Dot Plot 服务5. 质粒载体构建及克隆策略 6. 小型数据库建设及协助实验

waxy基因的序列序 号 1 2 3 Genebank 登陆号 AY094405 AF486514 X03935 Arabidopsis haliana Hordeum vulga

生物信息学软件的使用（以MC4R基因为例）第一章从NCBI上查找DNA、mRNA、蛋白质序列一、以猪的黑素皮质素受体4(MC4R, melanocortin-4 re-ceptor)基因为例，介绍如何从NCBI 上查找DNA、mRNA、氨基酸序列。1.首先查找MC4R的DNA序列。在百度里输入NCBI，打开后得到的结果如下网页：在Search 栏输入“MC4

常用生物信息学软件一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同

ClutrFree聚类树可视化与解释COBrA一个生物本体论编辑器Cobweb一个网络浏览和可视化Java小程序ComBat使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批次影响coMO

2. 提示、指导、替代实验操作，利用 对实验数据的分析所得的结论设计 下一阶段的实验3. 实验数据的自动化管理 4. 寻找、预测新基因及其结构、功能 5. 蛋白质高级结构及功能预测

观看日历 cal [月] [年]常用Linux命令查看目前所在位置： pwdPwd 的意义为 “打印当前工作目录（print working directory）更改目录: cd用

@found=grep(/pattern/, @search)对数组@search的每个 元素进行搜索匹配pattern，匹配元素返回到@found map(expr, @li

生物信息学工具介绍1、FASTA[10]（/fasta33/）和BLAST[11]（http://www.nc /BLAST/）是目前运用较为广泛的相似性搜索工具。比较和确定某一数据库中的序列与某一给定序列的相似性是生物信息学中最频繁使用和最有价值的操作。本质上这与两条序列的比较没有什么两样，只是要重复成千上万次。但是要严格地进行一次比较必定需要一定的耗时，

ExPASy的ProtScale程序是计算蛋白质亲疏水性分析的在线工具。 其网址为： http://expasy.org/tools/protscale.htmlProtScale

正则表达式是一些特殊或不很特殊的字符串模式的集合。 字符集包括：普通字符集和元字符集（通配符） 普通字符集：大小写字母、数字、空格、下划线 ^ 行首 $ 行尾 * 一个单

引物二聚体及发夹结构 (duplex formation and hairpin) 错误引发位点（false priming site） 引物及产物GC含量（compositi

h41h42h43h44h45h46h47h48h1h2h3h4h5h6h7h8h9h10h11h12h13h14h15h16h17h18h19h20hห้องสมุดไป่ตู้

常用生物学软件简介1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能： a) 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。 c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e)