细菌分类表

第九章球菌
甲型溶血性链球菌与肺炎链球菌鉴别试验有：敏感试验、胆汁溶菌试验和菊糖分解实验，后者全是阳性。

奈瑟菌属
副溶血性弧菌
一、生物学性状
1、G一弧菌（多形性），单鞭毛
2、嗜盐（与霍乱弧菌的显著差别），无盐不长，＞8%也不长。

不耐热，不耐酸
3、神奈川现象（）：在特定条件下，副溶血性弧菌中某些菌株在含高盐（7%）的人O型血或兔血及以甘露醇为碳源的我妻琼脂平板上可产生6溶血。

菌株为致病性菌株。

二、致病性
1、致病机制不甚明确（为致病株、不致病）
有耐热性溶血毒素（耐热直接溶血素和耐热相关溶血素）、黏液素、黏液素酶
2、引起食物中毒：烹饪不当的海产品或盐腌制品。

第十三章厌氧性细菌
■根据芽胞有无分为：
f厌氧性芽胞梭菌（外源性感染一一致病菌）
f无芽胞厌氧菌（内源性感染一一条件致病菌）
第一节厌氧芽胞梭菌属
第二节无芽抱厌氧菌
寄生于人和动物体内，构成人体的正常菌群。

在人体正常菌群中厌氧菌占有绝对优势。

1.致病条件
①寄居部位改变②宿主免疫力下降
③菌群失调③厌氧微环境
2.所致疾病
①败血症
②遍布全身各组织器官：腹腔、生殖盆腔、口腔、呼吸道、脑感染。

■外毒素和内毒素的主要区别。

真菌分类表以前的分类学家将真菌和细菌都列为植物，称为菌类植物，但他们和植物相当不同，都是异养生物，现在的分类法倾向将它们独立在动物和植物之外，各自单独分为一个界。

∙ 1 子囊菌门 Phylum （Ascomycota）1.1 外囊菌亚门 subphylum（Taphrinomycotina）▪ 1.1.1 粒毛盘菌纲（Neolectomycetes）▪ 1.1.2 肺孢子菌纲 (Pneumocystidomycetes)▪ 1.1.3 裂殖酵母纲 (Schizosaccharomycetes)▪ 1.1.4 外囊菌纲 (Taphrinomycetes)1.2 盘菌亚门 (Pezizomycotina)▪ 1.2.1 星裂菌纲 (Arthoniomycetes)▪ 1.2.2 刺盾炱纲 (Chaetothyriomycetes)▪ 1.2.3 座囊菌纲 (Dothideomycetes)▪ 1.2.4 散囊菌纲 (Eurotiomycetes)▪ 1.2.5 虫囊菌纲 (Laboulbeniomycetes)▪ 1.2.6 茶渍纲 (Lecanoromycetes)▪ 1.2.6.1 微孢衣亚纲 (Acarosporomycetidae)▪ 1.2.6.2 茶渍亚纲 (Lecanoromycetidae)▪ 1.2.6.3 厚顶盘菌亚纲 (Ostropomycetidae)▪ 1.2.7 锤舌菌纲 (Leotiomycetes)▪ 1.2.8 李基那地衣纲 (Lichinomycetes)▪ 1.2.9 圆盘菌纲 (Orbiliomycetes)▪ 1.2.10 盘菌纲 (Pezizomycetes)▪ 1.2.11 粪壳菌纲 (Sordariomycetes)▪ 1.2.11.1 肉座菌亚纲 (Hypocreomycetidae)▪ 1.2.11.2 粪壳菌亚纲 (Sordariomycetidae)▪ 1.2.11.3 炭角菌亚纲 (Xylariomycetidae)1.3 酵母菌亚门 (Saccharomycotina)▪ 1.3.1 酵母纲 (Saccharomycetes)∙ 2 担子菌门 (Basidiomycota)2.1 异担子菌纲 (Heterobasidiomycetes)▪ 2.1.1 异担子菌亚纲 (Heterobasidiomycetidae)▪ 2.1.2 银耳亚纲 (Tremellomycetidae)2.2 同担子菌纲 (Homobasidiomycetes)2.3 锈菌纲 (Urediniomycetes)▪ 2.3.1 亚纲 (Agaricostilbomycetidae)▪ 2.3.2 微球黑粉菌亚纲 (Microbotryomycetidae)▪ 2.3.3 锈菌亚纲 (Urediniomycetidae)2.4 黑粉菌纲 (Ustilaginomycetes)▪ 2.4.1 亚纲 (Entorrhizomycetidae)▪ 2.4.2 外担子菌亚纲 (Exobasidiomycetidae)▪ 2.4.3 黑粉菌亚纲 (Ustilaginomycetidae)∙ 3 壶菌门 (Chytridiomycota)∙ 4 球囊菌门 (Glomeromycota)4.1 球囊菌纲 (Glomeromycetes) ∙ 5 接合菌门 (Zygomycota)5.1 毛菌纲 (Trichomycetes)5.2 接合菌纲 (Zygomycetes)子囊菌门（Ascomycota）外囊菌亚门（Taphrinomycotina）粒毛盘菌纲（Neolectomycetes）∙粒毛盘菌目（Neolectales）粒毛盘菌科 (Neolectaceae)肺孢子菌纲 (Pneumocystidomycetes)∙肺孢子菌目 (Pneumocystidales)肺孢子菌科 (Pneumocystidaceae)裂殖酵母纲 (Schizosaccharomycetes)∙裂殖酵母目 (Schizosaccharomycetales)裂殖酵母科（Schizosaccharomycetaceae）外囊菌纲 (Taphrinomycetes)∙原囊菌目 (Protomycetales)∙外囊菌目 (Taphrinales)∙棒囊菌目 (Coryneliales)∙梭绒盘菌目 (Medeolariales)∙菌粉衣目 (Mycocaliciales)∙小核衣目 (Pyrenulales)盘菌亚门 (Pezizomycotina)星裂菌纲 (Arthoniomycetes)∙星裂菌目 (Arthoniales)刺盾炱纲 (Chaetothyriomycetes)∙刺盾炱目 (Chaetothyriales)∙瓶口衣目 (Verrucariales)座囊菌纲 (Dothideomycetes)∙煤炱目 (Capnodiales)∙座囊菌目 (Dothideales)∙纵裂菌目 (Hysteriales)科 (Mytilinidiaceae)假黑粉霉属 (Sirodesmium) ∙目 (Jahnulales)∙多腔菌目 (Myriangiales)∙胶皿菌目 (Patellariales)∙格孢菌目 (Pleosporales)散囊菌纲 (Eurotiomycetes)∙目 (Arachnomycetales)∙散囊菌目 (Eurotiales)∙爪甲团囊菌目 (Onygenales)虫囊菌纲 (Laboulbeniomycetes)∙虫囊菌目 (Laboulbeniales)茶渍纲 (Lecanoromycetes)微孢衣亚纲 (Acarosporomycetidae)∙微孢衣目 (Acarosporales)茶渍亚纲 (Lecanoromycetidae)∙地卷目 (Peltigerales)厚顶盘菌亚纲 (Ostropomycetidae)∙目 (Agyriales)∙凹盘衣目 (Gyalectales)∙厚顶盘菌目 (Ostropales)∙鸡皮衣目 (Pertusariales)∙星果衣目 (Trichotheliales)锤舌菌纲 (Leotiomycetes)∙柔膜菌目 (Helotiales)柔膜菌科 (Helotiaceae)火丝菌科 (Pyronemataceae)核盘菌科 (Sclerotiniaceae)李基那地衣纲 (Lichinomycetes)∙李基那地衣目 (Lichinales)圆盘菌纲 (Orbiliomycetes)∙圆盘菌目 (Orbiliales)盘菌纲 (Pezizomycetes)∙盘菌目 (Pezizales)马鞍菌科 (Helvellaceae)羊肚菌科 (Morchellaceae) - 羊肚菌肉盘菌科 (Sarcosomataceae)肉杯菌科 (Sarcoscyphaceae)块菌科 (Tuberaceae)侧盘菌科 (Otideaceae)盘菌科 (Pezizaceae)粪盘菌科 (Ascobolaceae)平盘菌科 (Discinaceae)火丝菌科 (Pyronemataceae)地菇科 (Terfeziaceae)粪壳菌纲 (Sordariomycetes)∙美球菌目 (Calosphaeriales)∙路霉目 (Lulworthiales)∙小煤炭菌目 (Meliolales)∙黑痣菌目 (Phyllachorales)∙假毛球壳目 (Trichosphaeriales)肉座菌亚纲 (Hypocreomycetidae)∙冠囊菌目 (Coronophorales)∙海壳菌目 (Halosphaeriales)∙肉座菌目 (Hypocreales)o麦角菌科(Clavicipitaceae)- 冬虫夏草∙小囊菌目 (Microascales)粪壳菌亚纲 (Sordariomycetidae)∙团壳菌目 (Boliniales)∙目 (Coniochaetales)∙间座壳菌目 (Diaporthales)∙长喙壳菌目 (Ophiostomatales)∙粪壳菌目 (Sordariales)∙目 (Spathulosporales)炭角菌亚纲 (Xylariomycetidae)∙炭角菌目 (Xylariales)o炭角菌科 (Xylariaceae)酵母菌亚门 (Saccharomycotina)酵母纲 (Saccharomycetes)∙酵母目 (Saccharomycetales)o酵母科(Saccharomycetaceae)▪酵母属(Saccharomyces) - 酵母 - 酿酒酵母担子菌门 (Basidiomycota)异担子菌纲 (Heterobasidiomycetes)异担子菌亚纲 (Heterobasidiomycetidae)∙木耳目 (Auriculariales)o木耳科(Auriculariaceae)▪木耳属(Auricularia)▪木耳(Auricularia auricula-judae)▪皱木耳(Auricularia delicata)▪褐黄木耳(Auricularia fuscosuccinea)▪毡盖木耳(Auricularia mesenterica)▪毛木耳(Auricularia polytricha)▪象牙白木耳(Auricularia eburnea)o黑耳科(Exidiaceae)o明目耳科(Hyaloriaceae)∙花耳目 (Dacrymycetales)o科(Cerinomycetaceae)o花耳科(Dacrymycetaceae)∙蜡壳耳目 (Sebacinales)o蜡壳耳科(Sebacinaceae)银耳亚纲 (Tremellomycetidae)∙目 (Christianseniales)o科 (Christianseniaceae)∙目 (Cystofilobasidiales)o科 (Cystofilobasidiaceae)∙线黑粉菌目 (Filobasidiales)o线黑粉菌科(Filobasidiaceae)∙银耳目 (Tremellales)o科(Aporpiaceae)o链担耳科(Sirobasidiaceae)o银耳科(Tremellaceae)∙丝孢酵母目 (Trichosporonales)同担子菌纲 (Homobasidiomycetes)∙伞菌目 (Agaricales)o蘑菇科（Agaricaceae ）o鹅膏菌科（Amanitaceae）o粪锈伞科（Bolbitiaceae）o牛肝菌科（Boletaceae）o鬼伞科（Coprinaceae）o丝膜菌科（Cortinariaceae）o靴耳科（Crepidotaceae）o粉褶菌科（Entolomataceae）o铆钉菇科（Gomphidiaceae）o蜡伞科（Hygrophoraceae）o环柄菇科(Lepiotaceae)o网褶菌科（Paxillaceae）o侧耳科（Pleurotaceae）o光柄菇科（Pluteaceae）o红菇科（Russulaceae）o裂褶菌科（Schizophyllaceae）o球盖菇科（Strophariaceae）o口蘑科（Tricholomataceae）- 香菇 (Lentinus Edodes) ∙多孔菌目 (Aphyllophorales)o地花菌科(Albatrellaceae)o科(Atheliaceae)o耳匙菌科(Auriscalpiaceae)o刺孢多孔菌科(Bondarzewiaceae)o绒柄革菌科(Boreostereaceae)o革菌科(Coriolaceae)o伏革菌科(Corticiaceae)o科(Cystostereaceae)o云片衣科(Dictyonemataceae)o科(Epitheliaceae)o牛舌菌科(Fistulinaceae)o白肉迷孔菌科(Fomitopsidaceae)o灵芝科(Ganodermataceae)o褐褶菌科(Gloeophyllaceae)o科(Grammotheleaceae)o彩孔菌科(Hapalopilaceae)o丝毛伏革菌科(Hyphodermataceae)o茸瑚菌科(Lachnocladiaceae)o柔韧菇科(Lentinaceae)o薄孔菌科(Meripilaceae)o皱皮菌科(Meruliaceae)o科(Phanerochaetaceae)o柄杯菌科(Podoscyphaceae)o多孔菌科（Polyporaceae）o科(Pterulaceae)o裂褶菌科(Schizophyllaceae)o科(Sistotremataceae)o齿耳菌科(Steccherinaceae)o科(Tubulicrinaceae)o科(Xenasmataceae)∙牛肝菌目 (Boletales)o牛肝菌科(Boletaceae)o硬马勃科(Sclerodermataceae)o须腹菌科(Rhizopogonaceae)o粉孢革菌科(Coniophoraceae)o科(Diplocystaceae)o腹孢菌科(Gastrosporiaceae)o拟蜡伞科(Hygrophoropsidaceae)o科(Leucogastraceae)o干腐菌科(Serpulaceae)∙鸡油菌目 (Cantharellales)o鸡油菌科(Cantharellaceae)∙角担菌目 (Ceratobasidiales)∙高腹菌目 (Gautieriales)∙地星目 (Geastrales)o地星科(Geastraceae)∙猴头菌目 (Hericiales)∙刺革菌目 (Hymenochaetales)o刺革菌科(Hymenochaetaceae) ∙腹菌目 (Hymenogastrales)∙马勃菌目 (Lycoperdales)o马勃科(Lycoperdaceae)∙鸟巢菌目 (Nidulariales)o鸟巢菌科(Nidulariaceae)o弹球菌科(Sphaerobolaceae)∙鬼笔目 (Phallales)o笼头菌科(Clathraceae)o鬼笔科(Phallaceae)∙韧革菌目 (Stereales)∙革菌目 (Thelephorales)o革菌科(Thelephoraceae)∙胶膜菌目 (Tulasnellales)∙柄灰包目 (Tulostomatales)锈菌纲 (Urediniomycetes)∙目 Atractiellales亚纲 (Agaricostilbomycetidae)∙目 (Agaricostilbales)微球黑粉菌亚纲 (Microbotryomycetidae)∙目 (Cryptomycocolacales)∙目 (Heterogastridiales)∙白冬孢酵母目 (Leucosporidiales)∙微球黑粉菌目 (Microbotryales)∙锁掷酵母目 (Sporidiobolales)锈菌亚纲 (Urediniomycetidae)∙目 (Classiculales)∙目 (Cystobasidiales)∙泛胶耳目 (Platygloeales)∙隔担子菌目 (Septobasidiales)∙锈菌目 (Uredinales)黑粉菌纲 (Ustilaginomycetes)亚纲 (Entorrhizomycetidae)∙目 (Entorrhizales)外担子菌亚纲 (Exobasidiomycetidae)∙实球黑粉菌目 (Doassansiales)∙叶黑粉菌目 (Entylomatales)∙外担子菌目 (Exobasidiales)∙目 (Georgefischeriales)∙目 (Malasseziales)∙目 (Microstromatales)∙腥黑粉菌目 (Tilletiales)黑粉菌亚纲 (Ustilaginomycetidae)∙条黑粉菌目 (Urocystales)∙黑粉菌目 (Ustilaginales)壶菌门 (Chytridiomycota)∙芽枝菌目 (Blastocladiales)∙壶菌目 (Chytridiales)∙单毛菌目 (Monoblepharidales)∙目 (Neocallimastigales)∙∙小壶菌目 (Spizellomycetales)球囊菌门 (Glomeromycota)球囊菌纲 (Glomeromycetes)∙原囊霉目 (Archaeosporales)∙多孢囊霉目 (Diversisporales)∙球囊霉目 (Glomerales)∙类球囊霉目 (Paraglomerales)接合菌门 (Zygomycota)毛菌纲 (Trichomycetes)∙钩孢毛菌目 (Harpellales)o钩孢毛菌科(Harpellaceae)o科(Legeriomycetaceae)接合菌纲 (Zygomycetes)∙双珠霉目 (Dimargaritales)o双珠霉科(Dimargaritaceae)∙内囊霉目 (Endogonales)o内囊霉科(Endogonaceae)∙虫霉目 (Entomophthorales)o新月霉科(Ancylistaceae)o担子霉科(Basidiobolaceae)o虫霉科(Entomophthoraceae)o科(Neozygitaceae)∙梳霉目 (Kickxellales)o梳霉科(Kickxellaceae)∙被孢霉目 (Mortierellales)o被孢霉科(Mortierellaceae)∙毛霉目 (Mucorales)o刺枝霉科(Chaetocladiaceae)o笄霉科(Choanephoraceae)o小克银汉霉科(Cunninghamellaceae)o吉尔霉科(Gilbertellaceae)o毛霉科(Mucoraceae)o科(Mycotyphaceae)o水玉霉科(Pilobolaceae)o辐枝霉科(Radiomycetaceae)o瓶霉科(Saksenaeaceae)o共头霉科(Syncephalastraceae)o枝霉科(Thamnidiaceae)∙捕虫霉目 (Zoopagales)o卷头霉科(Helicocephalidaceae)o头珠霉科(Piptocephalidaceae)o科(Sigmoideomycetaceae)o捕虫霉科(Zoopagaceae)。

細菌(bacteria)一、細菌之各種性質(1)細胞形態細菌細胞之形態，可分為球菌(coccus)，桿菌(bacillus)及螺旋菌(spirillum)三大類(圖1)。

這些細菌中其分裂形式，細胞大小，長度等均各有不同。

有些細菌，細胞的外側會形成莢膜(capsule)或黏質層(slime layer)。

圖1. 細菌之細胞形態(2) 運動性細菌可分為具有鞭毛之運動器官，會運動之細菌，和不具鞭毛不會運動之細菌兩大類。

具有鞭毛之細菌，其鞭毛之數目和於細胞上之附著狀態，隨細菌之種類而異(圖2)。

而菌落全體會移動的滑行細菌(gliding bacteria)亦存在之。

圖2. 細菌鞭毛之種類(3)細胞之構造細菌之細胞構造隨菌株的不同及培養條件而有差異，而各種細菌均共同存在的基本構造，如下所列。

a. 細胞壁(cell wall)：是細胞的最表層，具有一定的形狀和一定的硬度。

依菌種而異，主要是由太聚糖(peptidoglycan)，脂多糖，磷脂質，蛋白質等構成。

b. 細胞質膜(cell membrane, cytoplasmic membrane)：存在於細胞壁的內側，對於營養物質的選擇性進入細胞內具有重要的作用。

是由脂質和蛋白質組成。

c. 細胞質(cytoplasm, protoplasm)：以細胞質膜圍繞，除去細胞內之核部位以外的部分。

是一些粘性的半流動性物質，由酵素蛋白質和蛋白質合成有關的顆粒，RNA等所組成。

d. 核部位(nuclear region)：為具有遺傳訊息的部分，是由DNA及蛋白質所組成。

酵母菌等的真核細胞中，有核膜圍繞的核(nucleus)存在，而細菌等的原核細胞中，核部位的周圍沒有膜的存在。

(4)光合成能有些細菌會行光合作用，具有紅、紫、褐、綠色等之光合成色素，和植物的葉綠素相比，有若干化學構造上的差異。

此類細菌不需要氧氣，是屬偏性嫌氣性菌，行光合作用的同時，會產生硫化氫等簡單的還原型化合物(光合成自營菌)，或將有機物(光合成異營菌)行脫氫作用的同時，將二氧化碳還原而合成菌體成分。

1.大肠菌群大肠菌群，它不代表某一个或某一属细菌，而指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌。

大肠菌群都是直接或间接地来自人和温血动物的粪便。

一般食品中大肠菌群超标，表示食品受动温血动物的粪便污染，其中典型大肠杆菌为粪便近期污染，其他菌属则可能为粪便的陈旧污染。

人吃了大肠菌群超标的食物可能会导致：肠道传染病、食物中毒等。

2.霉菌霉菌，是丝状真菌的俗称，意即"发霉的真菌"，它们往往能形成分枝繁茂的菌丝体，但又不像蘑菇那样产生大型的子实体。

在潮湿温暖的地方，很多物品上长出一些肉眼可见的绒毛状、絮状或蛛网状的菌落，那就是霉菌。

霉菌在我们的生活中无处不在，它比较青睐于温暖潮湿的环境，一有合适的环境就会大量的繁殖，必须采取措施来阻止霉菌的繁殖或切断其传播途径，就可以摆脱霉菌的污染。

霉菌毒素对人主要毒性表现在神经和内分泌紊乱、免疫抑制、致癌致畸、肝肾损伤、繁殖障碍等。

3.酵母酵母是一些单细胞真菌，并非系统演化分类的单元。

是子囊菌、担子菌等几科单细胞真菌的通称，一般泛指能发酵糖类的各种单细胞真菌，有的为致病菌。

空气中、人体中都存在一定数量的酵母菌，只要在合适的环境就会快速繁殖，吃了酵母菌污染的食品易造成食物中毒，有些免疫力低的人群亦可能发生酵母菌感染。

4.金黄色葡萄球菌金黄色葡萄球菌是人类的一种重要病原菌，隶属于葡萄球菌属，有“嗜肉菌"的别称，是革兰氏阳性菌的代表，可引起许多严重感染。

金黄色葡萄球菌在自然界中无处不在，空气、水、灰尘及人和动物的排泄物中都可找到。

因此，食品受到污染的机会很多。

美国疾病控制中心报告，由金黄色葡萄球菌引起的感染占第二位，仅次于大肠杆菌。

金黄色葡萄球菌是人类化脓感染中最常见的病原菌，可引起局部化脓感染，也可引起肺炎、伪膜性肠炎、心包炎等，甚至败血症、脓毒症等全身感染。

5.沙门氏菌沙门氏菌是一种常见的食源性致病菌。

沙门氏菌属有的专对人类致病，有的只对动物致病，也有对人和动物都致病。

细菌耐药性基本知识（二）细菌耐药性分类一、天然耐药性，又称原发性耐药性，遗传性耐药性,内源性耐药性,它决定抗菌谱。

天然耐药性是某种细菌固有的特点，其原因可能是此类细菌具有天然屏障，药物无法进入细菌体内或由于细菌缺少对药物敏感的靶位所至。

临床常见细菌的途径的改变而产生的耐药性。

获得性耐药性可分为相对耐药性(又称中间耐药性)和绝对耐药性(又称高度耐药性),前者是在一定时间内MIC（最小抑菌浓度）逐渐升高,后者即使高浓度也没有抗菌活性,如耐庆大霉素的铜绿假单胞菌。

获得性耐药性又有社会获得性耐药性和医院获得性耐药性之分。

常见的医院获得性耐药菌株为耐甲氧西林金葡菌（MRSA）和凝固酶阴性葡萄球菌、耐万古霉素肠球菌（VRE），常见的社会获得性耐药菌株有产β内酰胺酶的大肠杆菌属、耐阿莫西林的卡他莫拉菌，耐药肺炎球菌，多重耐药结核杆菌、沙门菌属、志贺菌属、弯曲菌属以及耐青霉素淋病奈瑟菌属。

医院获得性感染，仅在美国一年就有40，000病例死亡，几乎都是由耐药菌所致；国内对2000～2001年从13家医院分离的805株革兰阳性菌进行耐药监测分析结果,MRSA检出率为37.4%，其中医院获得性耐药菌株的检出率为89.2%，社会获得性耐药菌株为30.2%；耐甲氧西林的表皮葡萄球菌（MRSE）为33.8%，耐青霉素肺炎球菌（PRSP）为26.6%，屎肠球菌(AREF)对氨苄青霉素耐药率为73.8%。

大肠杆菌对各种喹诺酮类呈交叉耐药，耐药率高达60%。

三、多重耐药性，是指同时对多种抗菌药物发生的耐药性。

是外排膜泵基因突变和外膜渗透性的改变及产生超广谱酶所致。

最多见的是耐多药结核杆菌和耐甲氧西林金葡菌, 以及在ICU中出现的鲍曼不动杆菌和铜绿假单胞菌,仅对青霉烯类敏感;嗜麦芽窄食单胞菌几乎对复方新诺明以外的全部抗菌药耐药。

多重耐药菌有克雷伯杆菌属、肠杆菌属以及假单孢菌。

四、交叉耐药性，是指药物间的耐药性互相传递,主要发生在结构相似的抗菌药物之间。

微生物的分类.txt∞-一人行,必会发情二人行,必会激情三人行,必有奸情就不会被珍惜。

真实的女孩不完美，完美的女孩不真实。

得之坦然，失之淡然，顺其自然，争其必然。

三域学说的建立(1)古细菌原界(Archaebacteria) ,包括产甲烷细菌,极端嗜盐菌和嗜热嗜酸菌;(2)真细菌原界(Eubacteria) ,包括蓝细菌和各种除古细菌以外的其它原核生物;(3)真核生物原界(Eucaryotes),包括原生生物,真菌,动物和植物.2,微生物分类学经典分类学:按微生物表型分类微生物系统学:按亲缘关系和进化规律分类发展表型特征:形态学,生理生化学,生态学等,推断微生物的系统发育.表型特征结合分子水平上比较微生物的基因型特征(如16S rRNA)探讨微生物进化,系统发育和分类鉴定.★微生物分类学的三个任务:分类,鉴定及命名☆分类是根据微生物的相似性和亲缘关系,将微生物归入不同的分类类群.☆鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程.☆命名是根据国际命名法规给微生物分类单元以科学的名称.种是最基本的分类单位每一分类单位之后可有亚门,亚纲,亚目,亚科...种(species):是一个基本分类单位;是一大群表型特征高度相似,亲缘关系极其接近,与同属内其他种有明显差别的菌株的总称.菌株(strain): 表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代(起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代菌群).因此,一种微生物的不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株.菌株强调的是遗传型纯的谱系.例如:大肠埃希氏杆菌的两个菌株:Escherichia coli B 和Escherichia coli K12★菌株的表示法:★种是分类学上的基本单位,菌株是实际上应用的基本单位,因为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大的不同和差别!亚种(subspecies)或变种(variety):为种内的再分类.当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传形状,而又不足以区分成新种时,可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元——亚种.变种是亚种的同义词,因"变种"一词易引起词义上的混淆,从1976年后,不在使用变种一词.通常把实验室中所获得的变异型菌株,称之为亚种.如:E.coli k12(野生型)是不需要特殊aa的,而实验室变异后,可从k12获得某aa的缺陷型,此即称为E.coli k12的亚种.型(form):常指亚种以下的细分.当同种或同亚种内不同菌株之间的性状差异不足以分为新的亚种时,可以细分为不同的型.例如:按抗原特征的差异分为不同的血清型;学名—是微生物的科学名称,它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的.学名由拉丁词,或拉丁化的外来词组成.学名的命名有双名法和三名法两种.①双名法:学名=属名+种名+(首次定名人)+现定名人+定名年份属名:拉丁文的名词或用作名词的形容词,单数,首字母大写,表示微生物的主要特征,由微生物构造,形状或由科学家命名.种名:拉丁文形容词,字首小写,为微生物次要特征,如微生物色素,形状,来源或科学家姓名等.4,微生物的命名必要,用斜体表示可省略,用正体字微生物的名字有俗名和学名两种.如: 红色面包霉———粗糙脉孢霉绿脓杆菌———铜绿假单胞菌例:大肠埃希氏杆菌Escherichia coli (Migula)Castellani et Chalmers 1919金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus Rosenbach 1884◆当泛指某一属微生物,而不特指该属中某一种(或未定种名)时,可在属名后加sp.或ssp.(分别代表species 缩写的单数和复数形式)例如:Saccharomyces sp.表示酵母菌属中的一个种.◆菌株名称——在种名后面自行加上数字,地名或符号等,如: Bacillus subtilis AS1.389 AS=Academia SinicaBacillus subtilis BF7658 BF=北纺Clostridium acetobutylicum ATCC824 丙酮丁醇梭菌ATCC=American Type Culture Collection美国模式菌种保藏中心◆当文章中前面已出现过某学名时,后面的可将其属名缩写成1~3个字母.如:Escherichia coli 可缩写成 E.coliStaphylococcus aureus可缩写成 S. aureus②三名法:用于对亚种的命名,这时在属和种名后加写一个subsp.,然后再附上亚种名称(斜排体). 如:Bacillus thuringiensis subsp. galleria苏云金芽孢杆菌腊螟亚种形态结构,生理生化,少量的化石资料,行为习性,等等表型特征:5, 进化指征的选择:b)形态特征在不同类群中进化速度差异很大,仅根据形态推断进化关系往往不准确;缺点:a)由于微生物可利用的形态特征少,很难把所有生物放在同一水平上进行比较;蛋白质,RNA和DNA序列进化变化的显著特点是进化速率相对恒定,也就是说,分子序列进化的改变量(氨基酸或核苷酸替换数或替换百分率)与分子进化的时间成正比.生物大分子作为进化标尺依据a)在两群生物中,如果同一种分子的序列差异很大时,------------进化距离远,进化过程中很早就分支了.b)如果两群生物同一来源的大分子的序列基本相同,------------处在同一进化水平上.大量的资料表明:功能重要的大分子,或者大分子中功能重要的区域,比功能不重要的分子或分子区域进化变化速度低.RNA作为进化的指征16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的"分子尺":1)rRNA具有重要且恒定的生理功能;2)在16SrRNA分子中,既含有高度保守的序列区域,又有中度保守和高度变化的序列区域,因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究;3)16SrRNA分子量大小适中,便于序列分析;4)rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%),也易于提取;5)16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同源分子是18SrRNA).因此它可以作为测量各类生物进化的工具.Eubacteria(真细菌界)Archaebacteria(古细菌界)Eukarya(真核生物界)Carl Woese利用16SrRNA建立分子进化树微生物(病毒)古生菌(Archaea)细菌(Bacteria)真菌(酵母,霉菌,蕈菌等),单细胞藻类,原生动物等非细胞型细胞型原核微生物真核微生物(Eukarya)古生菌在进化谱系上与真细菌及真核生物相互并列,且与后者关系更近,而其细胞构造却与真细菌较为接近,同属于原核生物.6,微生物分类鉴定的特征和技术形态学特征,生理学特征,生态学特征6.1 生物分类的传统指标:☆形态学特征培养特征,运动性,特殊的细胞结构,细胞形态及其染色特性,等等微生物分类和鉴定的重要依据之一:a)易于观察和比较,尤其是真核微生物和具有特殊形态结构的细菌;b)许多形态学特征依赖于多基因的表达,具有相对的稳定性;与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关;代谢产物等营养类型;与氧的关系;对温度的适应性;对pH的适应性;对渗透压的适应性;酶及蛋白质都是基因产物;对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较;测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多;常借助特异性的血清学反应来确定未知菌种,亚种或菌株.★生态特性包括在自然界的分布情况,与其他生物有否寄生或共生关系, 宿主种类及与宿主关系, 有性生殖情况, 生活史等.★血清学反应6.2 核酸的碱基组成和分子杂交特点:与形态及生理生化特性的比较不同,对DNA的碱基组成的比较和进行核酸分子杂交是直接比较不同微生物之间基因组的差异,因此结果更加可信.(1) DNA的碱基组成(G+Cmol%)DNA碱基因组成是各种生物一个稳定的特征,即使个别基因突变,碱基组成也不会发生明显变化.分类学上,用G+C占全部碱基的克分子百分数(G+Cmol%)来表示各类生物的DNA碱基因组成特征.◆每个生物种都有特定的GC%范围,因此后者可以作为分类鉴定的指标.细菌的GC%范围为25--75%,变化范围最大,因此更适合于细菌的分类鉴定.◆GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作出鉴定,并可检验表型特征分类的合理性,从分子水平上判断物种的亲缘关系.使用原则:G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定每一种生物都有一定的碱基组成,亲缘关系近的生物,它们应该具有相似的G+C含量,若不同生物之间G+C含量差别大表明它们关系远.但具有相似G+C含量的生物并不一定表明它们之间具有近的亲缘关系.同一个种内的不同菌株G+C含量差别应在4～5%以下;同属不同种的差别应低于10～15%;G+C 含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项基本特征,它对于种,属甚至科的分类鉴定有重要意义.若二个在形态及生理生化特性方面及其相似的菌株,如果其G+C含量的差别大于5%,则肯定不是同一个种,大于15%则肯定不是同一个属.在疑难菌株鉴定,新种命名,建立一个新的分类单位时,G+C含量是一项重要的,必不可少的鉴定指标.其分类学意义主要是作为建立新分类单元的一项基本特征和把那些G+C含量差别大的种类排除出某一分类单元.G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定(2) 核酸的分子杂交不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物之间亲缘关系的远近,碱基排列顺序差异越小,它们之间的亲缘关系就越近,反之亦然.核酸分子杂交(hybridization)间接比较不同微生物DNA碱基排列顺序的相似性a)DNA-DNA杂交;(亲缘关系相对近的微生物之间的亲缘关系比较)b)DNA-rRNA杂交;(亲缘关系相对远的微生物之间的亲缘关系比较)c)核酸探针;(利用特异性的探针,用于细菌等的快速鉴定)(3) 16SrRNA或18SrRNA的核酸序列分析16SrRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的"分子尺":16SrRNA的序列高度保守,可精确指示细菌之间的亲缘关系16SrRNA的大小为1500bp左右,所含信息能反映生物界进化关系,易操作,适用于各级分类单元目前常用的是建立在PCR技术基础上的16SrRNA基因的直接测序法,方便快捷.《伯杰氏鉴定细菌学手册》(Bergey's Manual of Determinative Bacteriology)美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937)1957年第七版后,由于越来越广泛地吸收了国际上细菌分类学家参加编写(如1974年第八版,撰稿人多达130多位,涉及15个国家;现行版本撰稿人多达300多人,涉及近20个国家),所以它的近代版本反映了出版年代细菌分类学的最新成果,因而逐渐确立了在国际上对细菌进行全面分类的权威地位.7.1 细菌分类系统7,微生物分类系统《伯杰氏系统细菌学手册》(Bergey's Manual of Systematic Bacteriology)伯杰氏手册是目前进行细菌分类,鉴定的最重要依据,其特点是描述非常详细,包括对细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验的具体方法.(20世纪80年代末期)7.2 真菌分类系统真菌界分类系统很多,各国采用不同的系统,比较混乱.近年来为较多人接受的是Ainsworth 的纲要.俗名—common name简洁易懂,方便记忆,但涵义往往不够准确,还有适用范围和地区性的限制.命名—scientific name菌种的科学名称.菌种的学名是按照《国际细菌命名法规》命名的国际学术界公认,并通用的名称.命名原则:学名=属名+种的加词+(首次定名人)+现名定名人和鲜明定名年份规定与常识:属名应大写首字母,单数,可以组合外而成.种的加词代表一个种的次要特征,首字小写第一节微生物的分类单元与其他生物的分类一样，微生物分类的基本单元也是种（species）。