30
动态规划算法:全空间
31
Sequence B
动态规划算法:优化算法
Sequence A 搜索有限空间,类似于BLAST算法
32
动态规划算法:Hyperlattice
33
注意
最优的多序列比对,其两两序列之间的比对 不一定最优。
最优的多序列比对
非最优的双序列比对
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MSA程序
MSA - Multiple Sequence Alignment David Lipman等,1989年初始开发; 应用多维动态规划算法,得到最优的全局
系; 4. 计算每种氨基酸转换成其它氨基酸的次数; 5. 计算每种氨基酸突变率; 6. 计算每对氨基酸突变率,得到突变概率矩阵
,将此矩阵自乘n次; 7. 将突变概率矩阵转化为PAMn矩阵。
8
例6:PAM矩阵的构建
已知3个蛋白质家族若干保守序列片段:
➢家族一:FKILK,FKIKK,FFILL,FFIKL ➢家族二:IIFFF, IIFIF , IKFFL , IKFIL ➢家族三: KIFKK,KIFLK,KLFKL,KLFLL
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两两比对,构 建距离矩阵 指导树的构建
渐进比对
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每条序列的权值
ClustalW的打分原则
Score:BLOSUM62的分数
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ClustalX的使用
1. FASTA序列格式,多序列:
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ClustalX的使用 ——导入序列文件
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执行比对
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文件导出
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多序列比对:结果处理
BioEdit, GeneDoc等软件
BLOCK: 蛋白质家族保守的一段氨基酸,无 gap,一般几个至上百个氨基酸;