UniRef100、UniRef90和UniRef50三个子库,加速同源搜索。 记录以UniRefXX开头加UniProtKB的Accession表示,例:
UniRef90_O70405
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UniParc UniProt Archive (UniParc) 存储所有公共数据库中有效的蛋白质序列数据,包括序列的来源及来源数据
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显示分子结构(RasMol , ChemView )
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四. 基因组数据库
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基因组数据库 收集某些生物整个基因组序列的数据库 基因组计划
➢ Human Genome Project ➢ C. elegans Project 从GenBank中选择同一物种的核酸信息组成的二级库
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16
17
INSDC 1998年,GenBank、EMBL和DDBJ共同成立了国际核酸序列数据库协会
(International Nucleotide Sequence Database Collaboration,INSDC) 三大核酸数据库之间每天将新测定或更新的数据进行交换共享,保证数据信
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氨基酸代码
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GenBank数据格式 (1)
GenInfo Identifier
子库类型
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GenBank数据格式 (2)
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GenBank数据格式 (3)
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GenBank子库类型
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EMBL标识字 ID DE AC SV KW OS OC DT RN RA RT RL RX RC RP CC DR FH FT SQ 空格 //
2
生物分子数据库几个明显的特征: (1)数据库的更新速度不断加快
数据量呈指数增长趋势 (2)数据库使用频率增长更快 (3)数据库的复杂程度不断增加 (4)数据库网络化 (5)面向应用 (6)先进的软硬件配置