转基因技术的弊大于利
尽管支持的声浪不小，反对转基因技术的人在世界各国也大有人在。许多人从食品安全、基因扩散、生态失衡等角度提出了反对意见，认为这种新技术可能给人类的健康以及生存环境带来不可预测的危害。有专家指出，目前世界上已推广的几十种基因工程作物虽然在审批时都认真考虑过它们对人体和环境的安全性，但事实证明过去的考虑并不充分，认识也有局限性，更缺乏长期的数据。包括绿色和平、世界自然基金会和地球之友等在内的许多环境保护组织都持有这种观点。不少人首先对转基因食物的安全性持怀疑态度，认为目前对转基因食物进行的安全性研究都是短期的，无法有效评估人类几十年进食转基因食物的风险，现在的科学证据不能证明其有害，并不意味着它的有害后果不会在日后逐渐显现出来。长期进食转基因食品，人类健康有何影响仍是未知之数。更有人怀疑，转基因作物可能产生新的病毒，从而引起人类急、慢性中毒或产生致癌、致畸、致突变作用；同时，转基因作物中的免疫或致敏物质可使人类机体产生变态或过敏反应。例如，从生、巴西坚果等可导致部分人群过敏的作物中提取基因，植入另一种作物，就有可能将一些过敏基因同时转移出来，导致食用后人发生过敏反应。另外，转基因食品中的主要营养成分、微量营养素及抗营养因子的变化，会降低食品的营养值，使其营养结构失衡。转基因作物的大规模推广对生物多样性和生态环境的不利影响同样也是许多人反对转基因技术的主要原因。转基因生物会在自然界中自我繁殖，并通过花粉风扬等方式扩散到其他传统栽培作物或自然野生植物中，从而使得外来基因在自然中以不可控制的方式传播，造成不可挽回的“基因污染”。如在转基因作物种植面积最大的美国，转基因作物的大规模推广已造成这个国家许多非转基因作物的种子中含有转基因。另外，在玉米起源地和品种多样性集中地的墨西哥，由于每年从邻国美国进口大量转基因玉米，研究人员在偏僻的瓦哈卡山区发现野生玉米的污染比率高达35%，将玉米视为衣食父母的当地人就此惊呼：“玉米妈妈的圣洁被玷污了！”由于基因污染是世界上唯一一种能够随着生物不断增殖、扩散且又无法清除的污染，因此较之其他污染而言危害性更大，一旦失控后果更可怕。还有生态学家担心，具备生存优势的转基因生物对于地球生态系统来说是全新品种，若释放到自然环境中，会大大改变物种间的竞争关系，在“适者生存”的进化过程中淘汰自然界原有的物种，破坏原有自然生态平衡，导致物种灭绝和生物多样性的丧失。英国科学家通过对一片转基因油菜田的跟踪研究后发现，转基因油菜改变了田间野草物种的平衡，导致田间蝴蝶和蜜蜂等昆虫数量急剧下降。他们认为，这种破坏效应会通过食物链影响到处于食物链更高层次的动物，如麻雀、灰雀等，甚至还可能沿食物链而上，危及到更多动物甚至人类。
转基因的危害
（1）转基因作物可能本身成为杂草；
（2）转基因作物的亲缘野生种成为杂草或超级杂草
(3)转基因作物对非目标生物的危害
(4)破坏生物多样性
(5)转基因作物对生态系统及生态过程的影响以及其他一些不可预计的风险。
转基因技术给人类带来的难题
一．转基因生物可能引起广泛的生态环境安全性问题
1.可能诱发害虫和野草的抗性
许多转基因生物的改良品种含有特定基因作为外源基因，这种目标基因会产生一种对昆虫有害的蛋白质。若长期大面积使用这种转基因生物，由于进化也可能使害虫产生抗药性，使转基因植物不再抗虫。另一方面，在自然生态条件下，有些转基因作物可能与周围生长的近缘野生品种通过花粉等媒介发生杂交，从而将自身的外源基因传入野生品种。如果传入的是强抗病虫害能力和抗旱能力的基因，就会出现抗病能力强、蔓生速度快的超级杂草，扰乱生态系统的平衡。而且这种污染不同于化学污染，它在合适的环境条件下可以扩增并永远存在。
2.可能诱发食物链的破坏
完整的食物链是维系自然界万物共生、生态平衡极为重要的一环。一旦食物链遭到破坏，生态环境将会遭到致命威胁。转基因农作物作为一种新的人造品种进入原有的食物链，可能会导致食物链的改变甚至破坏。
3.可能引发基因污染
转基因植物是人为地用基因工程技术将某种目标基因转入而获得的。如果这些外源基因由于“基因漂流”而非人为地转入其他有机体，就造成了自然界基因库的混杂或污染。植物和微生物可以使基因污染成为一种难以控制的蔓延性持续性灾难。
二．转基因食物对人体健康的威胁
1.毒性问题
尽管迄今为止还没有具有说服力的研究报告表明转基因食品的毒性，但是巴西豆过敏事件、转基因马铃薯引起大鼠器官生长异常、抗草甘膦转基因大豆的不明基因片段等等都表明转基因作物及其食品存在潜在的健康风险。
2.过敏性反应问题
人和动物的变应原性风险是非常低的，而转基因作物可能诱发或者加重变应原性风险。这是由于农作物中引入外源基因后，会使转基因生物产生新的蛋白质，人类在自然环境中进化出的免疫系统可能难以适应这些新的蛋白质，所以这些新蛋白可能引起食用者或接触者产生过敏性反应。
3.免疫力问题
转基因生物及其产品有可能降低动物乃至人类的免疫能力，从而对动物及人类的健康安全甚至生存能力产生影响。1998年8月英国科学家披露，实验白鼠在食用转基因大豆后，器官生长异常，体重减轻，免疫系统遭受破坏。
4.抗药性问题
转基因过程中，为了检测转基因试验是否成功经常将特定抗生素抗性基因作为标记基因。而抗生素都是用来治疗各种非常严重疾病的药物，已有用卡那霉素抗性基因作为标记基因的先例，这种基因制药有单一突变也可以产生氨基丁卡霉素抗性。食用含有这种标记基因的食物后，其抗性基因有一定概率转移到细菌中，使细菌产生抗药性。氨基丁卡霉素是世界医药界尚未启用储备作为急救药物的抗生素，而GMO得滥用抗生素使得其抗性已经广为传布，这是无法接受的风险。这意味着一旦某些致病病菌获得这种抗性后，出现某种疾病人类将无药可用。
其他安全隐患
1.可能危害有益昆虫类群
大量转基因农作物转入了Bt毒蛋白基因作为其抗虫的外源基因，虽然其表达产物Bt 毒蛋白对人类无害，但若是以农作物为食的害虫消失殆尽，以这些害虫为食的益虫边也遭受灭顶之灾了。长期大面积种植这种作物可能会对有益昆虫类群造成难以挽回的危害，一旦这种现象发生，不仅会对农业造成危害，也将是对生态环境的沉重打击。
2.可能导致土壤肥力下降和化肥的滥用
大量种植以抗杂草基因作为外源基因的转基因作物，会使土壤中自然的腐殖质逐渐消耗殆尽，使土壤本身的肥力下降，为了保证产量，农民不得不大量使用化肥，从而导致土壤结构的改变，土质的恶化以及环境（主要是水）的污染。
3.不可预料的效应
食用转基因食物，有可能使被转基因DNA侵入人体细胞，产生病原病毒。同时，转基因DNA有可能插入人体细胞的基因组，而由于插入位点的随机性，可能造成有害和致死效应，包括癌症。
