Phreeqc 使用教程
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QeePHP 快速入门
[2009-06-18 03:42] - 进一步的改进[2009-06-18 03:42] - 教程没有涉及的内容[2009-06-18 03:41] - 添加路由规则[2009-06-18 03:38] - 启用URL 路由[2009-06-18 03:33] - URL 路由是什么[2009-06-18 03:31] - 分页与最后的完善[2009-06-18 03:30] - 修改和删除任务[2009-06-18 03:29] - 添加任务[2009-06-18 03:25] - 实现访问控制[2009-06-18 03:14] - 为什么要使用访问控制[2009-06-18 03:13] - 修改密码[2009-06-18 03:12] - 用户登录和注销[2009-06-18 03:07] - 用户注册（功能实现）[2009-06-18 03:04] - 用户注册（完善模型）[2009-06-18 02:58] - 用户注册（用户界面）返回索引页准备开发环境»文档索引» QeePHP 快速入门»起步»准备开发环境准备开发环境本教程假定读者使用Windows 环境，并且具备PHP5 和MySQL 的基本知识。
如果要运行本教程的代码，需要有能够正常运行的Apache2、PHP5 和MySQL5 环境。
为了减少不同运行环境带来的干扰，强烈建议读者使用QeePHP 官方推出的APM Express 套件。
该套件由Apache2、PHP5 以及MySQL5 组成，并包含友好的用户管理界面。
而且该套件是100% 的绿色软件，不写入任何文件到系统文件夹中，也不修改注册表内容。
使用APM Express从/projects/apmxe下载最新的APM Express 套件，解压缩安装。
APM Express 套件由Apache2、PHP5、MySQL5，以及phpMyAdmin 组成，采用下列默认设置：组件设置默认值Apache 默认web 目录APM Express 所在目录中的htdocs 子目录Apache 访问端口9000MySQL 连接端口9066MySQL root 密码qeephpXCache 管理员帐户和密码帐户名root、密码qeephpAPM Express 启动后，将在任务栏系统托盘区域增加一个小图标。
qPCR快速使用手册
iQ™5 使用快速指南————如何用iQ™5 运行一次实验2.1.1 综述1. 创建、选择或修改一个反应程序文件（Protocol file）2. 创建、选择或修改一个反应板设置文件（Plate Setup file）。
3. 点击“Run”键。
4. 以选定的反应板设置文件和反应程序文件进行反应2.1.2反应程序文件（Protocol file）设置指南用户可以在Workshop模块中，创建一个新的反应程序文件，或是直接选择或修改一个已有的反应程序文件。
2.1.2.1 选择一个已有的反应程序文件1. 点击“Protocol ”键，在弹出的浏览器中选定所要选择的反应程序文件的路径。
2. 点击所需的反应程序文件的文件名，此时该文件的具体设置在“Selected Protocol”窗口中显示出来。
注意：iQ™5 软件安装后，里面会自带一些我们设置好的反应程序文件作为示例，用户可以直接调用它们。
2.1.2.2 创建或修改一个反应程序文件在“Selected Protocol ”窗口点击“Edit ”键即可对当前的反应程序文件进行修改；在“Selected Protocol”窗口点击“Create New”键即可创建一个新的反应程序文件。
无论点击“Edit ”或“Create New”键，软件都会自动切入“Protocol Edit”窗口。
这个窗口下部有一显示反应内容的表格，用户可以在其中按自己的需求进行修改。
1. 修改保温时间和保温温度。
“Dwell Time ”列设置保温时间，“Setpoint”列设置保温温度。
如果用户要设置一个10秒的保温时间，那就要在相应格中输入0：10或者0.10 。
2. 选择荧光数据收集步骤“Data Acquisition”列用于设置荧光数据收集步骤。
其中“Real-Time”选项用于荧光定量，“Melt Curve ”用于熔点曲线分析。
注意：如要进行荧光PCR实验，必须保证程序中至少有一个荧光数据收集步骤。
生物信息学分析工具的使用教程
生物信息学分析工具的使用教程导言：在生物学领域中，随着高通量测序技术的快速发展，生物信息学分析工具的应用变得越来越重要。
这些工具能够帮助研究人员进行基因组、转录组、蛋白质组等大规模数据的分析和解释。
本文将为您介绍几种常用的生物信息学工具，并提供详细的使用指南。
一、BLAST（基因序列比对工具）BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是最常用的生物信息学工具之一，用于比对基因或蛋白质序列中的相似性。
以下是使用BLAST的步骤：1. 打开NCBI网站的BLAST页面，并选择适当的BLAST程序（如BLASTn、BLASTp等）。
2. 将查询序列粘贴到"Enter Query Sequence"框中，或者上传一个FASTA格式的文件。
3. 选择适当的数据库，如"nr"（非冗余序列数据库）或"refseq_rna"（已注释的RNA序列数据库）。
4. 设置相似性阈值、期望值和其他参数。
5. 点击"BLAST"按钮开始比对。
6. 结果页面会显示比对结果的列表和详细信息，包括匹配上的序列、相似性得分等。
二、DESeq2（差异表达基因分析工具）DESeq2是一种用于差异表达基因分析的R包。
以下是使用DESeq2的步骤：1. 安装R语言和DESeq2包。
2. 将基因表达矩阵导入R环境中，并进行预处理（如去除低表达基因）。
3. 根据实验设计设置条件和组别。
4. 进行差异分析，计算基因的表达差异和显著性。
5. 可视化差异表达基因的结果，如绘制散点图、MA图、热图等。
三、GSEA（基因集富集分析工具）GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一种基于基因集的富集分析方法，用于识别与特定性状或实验条件相关的生物学功能。
以下是使用GSEA的步骤：1. 准备基因表达矩阵和相关的分组信息。
QC七种工具使用方法
03
柏拉图
定义与特点
要点一
定义
柏拉图是一种图形工具，用于显示数据并识别出问题的主 要原因。
要点二
特点
能够快速识别出问题点，并确定主要原因，以便集中精力 解决关关的数据， 并对其进行分类和整理。
制作柏拉图
根据收集的数据，制作 柏拉图，将数据按照大 小顺序排列，并计算出
寸和生产时间的数据。
图表分析
观察散布图的形状和分布情况，发现零件 尺寸与生产时间之间存在一定的正相关关
系，即零件尺寸越大，生产时间越长。
图表制作
根据收集到的数据，制作散布图，将零件 尺寸作为横轴，生产时间作为纵轴，绘制 散布图。
结论
根据分析结果，可以得出结论，零件尺寸 与生产时间之间存在一定的关联或因果关 系。
对不同层别的数据进行分 析，找出其中的异常点和 规律，并分析其可能的原 因。
将分析结果进行总结和整 理，形成报告并提出相应 的改进措施和建议。通过 层别法的应用，可以帮助 我们更好地理解和分析生 产过程中的质量问题，从 而采取有效的措施进行改 进。
02
检查表
定义与特点
定义
检查表是一种简单、实用的工具，用 于收集和整理数据，以便进行后续的 分析和改进。
案例分析
01 问题背景
02 数据收集
03 数据整理
04 分析处理
05 总结报告
某生产车间在生产过程中 存在质量问题，需要对生 产过程的数据进行分析， 以找出问题的根源。
收集生产过程中的各项数 据，包括原料质量、设备 状态、操作人员技能水平 、生产环境等方面的数据 。
根据问题的性质，将收集 到的数据按照不同的分类 标准进行整理，如按照时 间、操作人员等。
TEQC使用说明
TEQC使用说明一、TEQC的安装和运行2.安装TEQC。
根据操作系统的不同，选择相应的安装程序进行安装。
安装过程中会提示选择安装路径和必要的组件。
3. 运行TEQC。
在安装目录中找到teqc.exe（Windows）或teqc（Mac/Linux）文件，双击打开即可运行TEQC。
二、TEQC的常用命令TEQC基于命令行操作，用户需要通过输入不同的命令来完成所需的操作。
以下是TEQC的一些常用命令：1. -O.bsval：查看观测数据文件的起始时间和结束时间。
示例命令：teqc -O.bsval obs_file.obs2. -O.trim：截取指定时间段的观测数据，并生成新的文件。
3. -O.int：计算两个观测文件之间的时差。
示例命令：teqc -O.int obs_file1.obs obs_file2.obs4. -O.diff：计算两个观测文件之间的差异（包括观测值、卫星数等）。
示例命令：teqc -O.diff obs_file1.obs obs_file2.obs5.-O.+:将多个观测文件合并为一个文件。
示例命令：teqc -O.+ obs_file1.obs obs_file2.obs -O.obsnew_file.obs6. -O.obs：将其他格式的观测数据文件转换为RINEX格式。
示例命令：teqc -O.obs other_file.txt -O.obs new_file.obs三、TEQC的常见应用场景1.观测数据质量控制：使用TEQC对观测数据进行质量控制，检查是否存在异常值、漂移或跳变等问题，并进行相应的修正。
2.数据格式转换：TEQC可以将不同格式的观测数据文件转换为RINEX格式，方便与其他软件进行兼容和处理。
3.数据分析和比较：使用TEQC的差分功能，可以将两个观测数据文件进行差异分析，比较两个时段或站点之间的数据差异。
4.数据剪裁和合并：TEQC可以根据用户需求进行数据的截取和合并，方便用户选择所需的时间段或数据文件进行后续处理。
Proface 软件入门教程
用
②
[Buzzer]: 勾选时蜂鸣器开启
单触发: 只有当位操作设定为 [Momentary] 时可以使用，
在触摸开关的瞬间蜂鸣器发出声音
2) 字按钮设定
(1) 字开关选择
1
①
点击字按钮图标
(2) 一般设定
①
点击 [Browser]
1
2
a: 从 [Parts Palette] 选择 [Image_orange_256]
①
单击“新建” 按钮
1
②
选择 [Base Screen]（基本画面）.
3 2
③
单击 [OK].
④ 打开编辑画面
快速功能 按钮
Tag按钮区
Parts按钮区
下拉式菜单 Parts工具箱
2.画面传送
(1) 传输画面
①
单击 [Transfer] 按钮. 也可以从编辑画面的菜单中选择[Transfer]选项
⑤ Preparation for a transfer and a transfer are made simultaneous: 传输检测跟画面 传输同时进行，这种传输速度较快.
当在传输过程中发生错误时，GP将保持原有的初始状态.
It is transferred after preparation for a transfer is finished.: 检查传输系统没有错误 时，传输开始 ⑥ Automatic Setup: 根据 GP的要求进行自行设定
(3) 形状和颜色
①
1
2
按下[Brower]之后弹出 Brower 窗口,可以选择开 关的图形。 如果选择[Monitor]后,会显示ON/OFF 状态,可以 分别选择两种状态的颜色
qac工具使用方法
qac工具使用方法【实用版2篇】篇1 目录1.QAC 工具简介2.QAC 工具使用方法3.使用 QAC 工具的优点4.总结篇1正文QAC 工具，全称为 Quality Assurance Check，是一款用于检查文本质量的辅助工具。
它可以帮助用户快速发现文本中的错误、不足之处，并给出相应的修改建议。
无论是学生、教师、编辑还是其他文字工作者，都可以通过使用 QAC 工具提高写作质量。
下面将详细介绍 QAC 工具的使用方法。
首先，用户需要在官方网站上下载并安装 QAC 工具。
安装完成后，打开工具，可以看到一个简洁的界面。
在界面上，用户需要将要检查的文本复制粘贴到“输入文本”框中。
然后，点击“开始检查”按钮，QAC 工具会立即开始对文本进行检查。
检查完成后，QAC 工具会在界面下方给出检查结果。
其中包括了文本中的错误、不足之处以及相应的修改建议。
用户可以根据这些建议，对文本进行修改和完善。
使用 QAC 工具的优点在于，它可以帮助用户快速发现文本中的问题，节省了大量的检查时间。
同时，QAC 工具给出的修改建议也非常实用，可以有效地提高文本质量。
总的来说，QAC 工具是一款实用的文本检查工具，可以帮助用户提高写作质量。
篇2 目录1.QAC 工具简介2.QAC 工具使用方法3.使用 QAC 工具的优点4.总结篇2正文QAC 工具，全称为 Quality Assurance Check，即质量保证检查工具，是一款用于检测软件质量的辅助工具。
它通过静态代码分析、动态代码分析、代码度量和文档分析等多种方式，帮助开发人员和测试人员发现代码中的潜在问题，以提高软件质量和降低维护成本。
本文将介绍 QAC 工具的使用方法。
1.QAC 工具简介QAC工具是一款功能强大的质量保证检查工具，适用于各种规模的软件项目。
它可以分析多种编程语言，如Java、C++、C#等，支持多种开发框架和构建工具，如Maven、Git等。
通过使用QAC工具，开发团队可以提高代码质量，减少缺陷和漏洞，缩短测试周期，降低维护成本。
qac工具使用方法
qac工具使用方法一、qac工具简介qac是一款用于静态代码分析的工具，主要用于检查C/C++代码的质量和规范性。
它能够快速发现代码中的潜在问题，提供详细的报告和建议，帮助开发人员提高代码的可读性、可维护性和可靠性。
本文将介绍qac工具的使用方法，帮助读者更好地使用该工具进行代码分析和改进。
二、安装qac工具1. 下载qac工具包。
可以通过官方网站或其他可靠渠道下载到qac 工具的安装包。
2. 解压缩安装包。
将下载的安装包解压到本地目录中。
3. 配置环境变量。
将qac工具的路径添加到系统的环境变量中，以便能够在任意位置运行qac命令。
三、使用qac工具1. 打开命令行终端。
在Windows系统中，可以通过"开始菜单"->"运行"->"cmd"打开命令行终端；在Linux系统中，可以使用Ctrl+Alt+T快捷键打开终端。
2. 切换到待分析的代码目录。
使用"cd"命令切换到待分析的代码所在目录。
3. 运行qac命令。
在命令行中输入"qac"命令，后跟待分析的代码文件或目录的路径。
例如：`qac /path/to/code`。
4. 等待分析结果。
qac工具会对代码进行分析，并生成相应的报告。
等待分析完成后，可以在终端上查看分析结果。
四、qac工具参数说明1. -rules <rule1,rule2,...>：指定要使用的规则集。
可以通过逗号分隔的方式指定多个规则集。
例如：`qac -rules rule1,rule2`。
2. -exclude <pattern1,pattern2,...>：指定要排除的文件或目录的模式。
可以通过逗号分隔的方式指定多个模式。
例如：`qac -exclude test*,demo*`。
3. -xml <file>：将分析结果以XML格式输出到指定的文件中。
fastqc语句 -回复
fastqc语句-回复什么是fastqc语句？FastQC是一种用于快速检查DNA测序数据质量的软件工具，它可以帮助研究人员评估测序数据的质量，并提供关于数据中潜在问题的提示和建议。
FastQC的语句是一种简单且易于使用的命令行工具，可以通过输入一系列指令来运行和分析测序数据。
快速教程：安装FastQC在开始之前，首先需要将FastQC安装到您的计算机上。
首先，访问FastQC官方网站（下载完成后，解压缩下载文件并找到“fastqc”可执行文件。
将该文件移动到任意您喜欢的目录下，并确保文件夹所在位置被添加到系统的环境变量中。
至此，您已经成功安装了FastQC，并且可以开始使用它进行DNA测序数据质量控制了。
使用FastQC检查测序数据质量1. 打开命令行终端或控制台，并导航到保存测序数据的文件夹。
2. 输入以下命令来运行FastQC：fastqc [-options] seqfile1 seqfile2 ...其中，`seqfile1`、`seqfile2`等表示您需要检查的测序数据文件名，可以输入一个或多个文件名。
3. FastQC将开始对输入的测序数据进行检查和分析，并为每个文件生成一个结果报告。
4. 一旦FastQC的运行完毕，你可以使用任何文本编辑器打开生成的结果报告。
报告的文件名与相应的测序数据文件名相同，并在文件名末尾添加了一个`.html`的扩展名。
测序数据质量报告解读打开报告后，您将看到多个图表和指标。
下面是一些报告中常见的指标及其含义：1. Per base sequence quality：此图表显示了测序数据中每个碱基的质量得分。
如果发现较低的质量得分，可能需要剔除一些序列以提高数据质量。
2. Per sequence quality scores：该指标代表整个序列的平均质量得分。
较低的平均质量得分可能表明质量较差的测序数据，需谨慎使用。
3. Per base sequence content：该图表显示了每个碱基在序列中的分布情况。
freecad使用指南
freecad使用指南FreeCAD使用指南一、简介FreeCAD是一款免费开源的三维建模软件，用于进行CAD建模和设计。
它提供了丰富的功能和工具，可以满足用户对于三维建模的需求。
本文将为大家介绍FreeCAD的基本使用方法和一些常用功能。
二、界面和基本操作1. 界面布局FreeCAD的界面分为菜单栏、工具栏、视图区域和工作区域。
菜单栏提供了各种功能的选项，工具栏则包含了常用的工具按钮。
视图区域用于显示三维模型的视图，而工作区域则用于进行具体的建模操作。
2. 基本操作在FreeCAD中，我们可以通过鼠标和键盘进行操作。
常用的操作包括：- 平移：通过按住鼠标右键并移动鼠标来平移视图。
- 缩放：通过滚动鼠标滚轮来进行缩放操作。
- 旋转：通过按住鼠标中键并移动鼠标来旋转视图。
- 选择：通过鼠标左键点击来选择对象或面。
- 移动、旋转和缩放对象：通过选择对象后，使用移动、旋转和缩放工具栏按钮来进行相应操作。
三、建模操作1. 创建基本几何体FreeCAD提供了多种基本几何体的创建方法，包括立方体、球体、圆柱体等。
我们可以通过菜单栏中的“创建”选项或工具栏中的相应按钮来创建这些几何体。
2. 编辑几何体在创建几何体后，我们可以对其进行编辑。
例如，可以调整几何体的尺寸、位置、旋转等属性。
选择几何体后，在工作区域中会显示相应的编辑工具栏，通过调整工具栏中的参数来实现编辑操作。
3. 布尔运算FreeCAD支持布尔运算，可以通过对几何体进行并、交、差等操作来创建复杂的几何体。
选择需要进行布尔运算的几何体后，通过菜单栏中的“部分”选项或工具栏中的相应按钮来进行布尔运算。
四、约束和参数化1. 约束FreeCAD提供了约束功能，可以对几何体进行约束，从而实现几何体之间的关联。
例如，可以通过约束两个线段的长度相等，使得它们始终保持相等。
选择需要约束的几何体后，在工作区域中会显示相应的约束工具栏，通过选择工具栏中的约束类型来进行约束操作。
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3. Now you should have the most
up to date database in your GEMS programme.
2. Finding information in GEMS
1. Open the GEMS project you
2.
wish to find the thermodynamic 3. info you want to use.
1. 定义物相. 2. 选择物相.
3.反应物的初始摩尔数。如果缺省， 默认为1mol 4. 反应物当前摩尔数 1 1
当反应发生时，这个数值会增加或者减少。 如果缺省，默认为1mol
5. 速率表达式中的参数。 6. 积分步骤公差（mols) 对每一个时间间隔的每一步积分而言， 速率表达式的第五次序和第四次序之间 的不同一定会小于这个公差，或时间间 隔自动减少。反应重要性小的一些浓度 差异需要更小一些的公差。动力学积分 数字上的准确性可通过减少公差实现， 以决定结果改变的重要性。缺省为10-8. 2 3 4 6 5
1
2
3
二、Solution溶液
1.选择溶液的温度，加入水质量，pH，密度。 2.选择进入元 素成分，选择 溶液中元素。 3. 注意单位。 4. 选中元素，注 意填入的是浓度， 不是物质的量。 1 3 pH 温度 溶液密度 水质量 1
2
三、 Equilibrium phase平衡相。
1. 选择所需要的反应物与产物， 跟据自己研究的条件，决定是 否选择（因为reaction 模块中 也可以添加反应物）。
2. Go into ‘Database mode’.
3. Click on ‘DComp’. Search for
the product you need the info for.
4. Example is ‘C4FH13’.
4.
2. Finding information in GEMS
Page 1 contains the following info:
动力学的计算需要知道各个物相反应的速率公式，这在Phreeqc数据 库中是缺少的。目前存在的动力学反应速率公式只有CaCO3和FeS2。 还有很多计算公式需要补充。
Acquiring Thermodynamic data in GEMS
From Dale prentice.
1. Adding Databases
Phreeqc 使用教程 GEMS data
2015.04.02 Zhang Tao Southeast University
Phreeqc & GEMS 水化热力学、动力学模拟
学习前，最好大体上了解Phreeqc和GEMS的操作和计算方法。 仅提供软件操作方法，不能代替软件manual的阅读！！！ 遇到不能解决的问题，还是要看manual！
Quartz
-start 1 A0 = parm(1) # 定义参数A0 2 V = parm(2) #定义参数V 10 rate = (A0 / V) * (m/m0)^0.67 * 10^-13.7 * (1 - SR(“Quartz”)) #速率方程 20 save rate * time #速率×时间结果保存。 -end KINETICS Quartz -formula SiO2 -m0 158.8 # 石英初始含量 -parms 23.13 0.16 #参数1，2 的值 -time_step 5 year in 15 #一共5年 分15个时间步
2
Rate数据块 用来定义动力学反应的数学速率 表达式。一般的速率表达式是在 rates数据块中进行的，多相反应 指定参数或动力学运移在Kinetic 数据块中进行。
CaCO3溶解的速率方程：
R f k1[ H ] k2 [CO2 (aq )] k3[ H 2O]
[…]中表示的是离子的活度，k1,k2,k3为温度常数。 在纯CaCO3-H2O以及固定的CO2浓度体系中，CaCO3整个反 应速率（前进与后退）近似为：
2. contains the coefficients for the below equation which alters the specific heat capacity based on T. C°p= a0 +a1T+a2T -2 +a3T -0.5; no value = 0. Values are in [J/K/mol]
Pyrite -start 1 rem PARM(1) = log10(A/V, 1/dm) #定义参数1 2 rem PARM(2) = exp for (M/M0) #定义参数2 3 rem PARM(3) = exp for O2 #定义参数3 4 rem PARM(4) = exp for H+ #定义参数4 10 if (M <= 0) then goto 200 #反应物不存在，反应结束 20 if (SI(“Pyrite”) >= 0) then goto 200 #如果FeS2析出，反应结束 30 lograte = -10.19 + PARM(1) + PARM(2)*LOG10(M/M0) #计算溶解速率的对数 40 lograte = lograte + PARM(3)*LM(“O2”) + PARM(4)*LM("H+") # #计算溶解速率的对数 50 moles = (10^lograte) * TIME #计算由Time给定的时间间隔溶解的摩尔数 60 if (moles > M) then moles = M #限制溶解到保留的预订摩尔数 200 SAVE moles #返回时间子区域的反应摩尔数。 -end
1. 选择step,时间步。
1
2. 产生100s, 200s,300s之后 的结果。
3. 总时间将会分成的步数。 3
1. 选择计算方法。
1
2.当应用到速率积分和积分方法相 关时的情况时，指定了首选的时间 间隔数目。 6指定了第五次序所含的方法将应 用到所有的积分中，它需要6个直 接的速率赋值。对于1，2，3程序 会试着限制速率赋值到这个值。
1.
2.
1. Find the GEMS software folder on your computer. 2. Click on the ‘Gems3-app’ folder then open the ‘Resources’ folder. 3. In the ‘Resources’ folder you should see the window to the right. Open the ‘DB.default’ folder – this opens the folder which contains the components to the various databases.
RATES Calcite -start 1 rem M = current number of moles of calcite #定义M 2 rem M0 = number of moles of calcite initially present #定义M0 3 rem PARM(1) = A/V, cm^2/L #定义参数1 4 rem PARM(2) = exponent for M/M0 定义参数2 10 si_cc = SI(“Calcite”) #定义Si-CC为CaCO3的饱和溶解度常数 20 if (M <= 0 and si_cc < 0) then goto 200 #当M<=0或溶解度小于0时，溶解结束。 30 k1 = 10^(0.198 - 444.0 / TK ) #定义k1 40 k2 = 10^(2.84 - 2177.0 / TK) #定义k2 50 if TC <= 25 then k3 = 10^(-5.86 - 317.0 / TK ) #T<=25时 60 if TC > 25 then k3 = 10^(-1.1 - 1737.0 / TK ) #T>25时 70 t = 1 80 if M0 > 0 then t = M/M0 #反应当前浓度占原浓度的比值 90 if t = 0 then t = 1 100 area = PARM(1) * (t)^PARM(2) #定义反应中的表面积 110 rf = k1*ACT(“H+”)+k2*ACT(“CO2”)+k3*ACT(“H2O”) #反应速率 120 rem 1e-3 converts mmol to mol #单位转化 130 rate = area * 1e-3 * rf * (1 - 10^(2/3*si_cc)) #速率方程 140 moles = rate * TIME #参与反应的物质的量 200 SAVE moles -end
….
Thermodynamic modeling.
主要按钮：
1. Solution.
2. Equilibrium phase. 3. Reaction. 4. Selected output.
1 3
2
4
一、2.按图中2按钮，选择 需要的数据库。 3.选择图中的有.dat 后缀的文件，打开。
四、 Selected output选择性输出。
1.选择All false. 2 2. 选择所需 要输出的数 据块。
1
五、运算。
1.按下run按钮就可以进行计算了 2.计算的结果在output中显示。
1
2
Kinetic modeling.
1
2
1. Press button. 2. Open kinetics.
1
名称 饱和 指数 物质的量 化学式 只溶解
up to date database in your GEMS programme.
2. Finding information in GEMS
1. Open the GEMS project you
2.
wish to find the thermodynamic 3. info you want to use.
1. 定义物相. 2. 选择物相.
3.反应物的初始摩尔数。如果缺省， 默认为1mol 4. 反应物当前摩尔数 1 1
当反应发生时，这个数值会增加或者减少。 如果缺省，默认为1mol
5. 速率表达式中的参数。 6. 积分步骤公差（mols) 对每一个时间间隔的每一步积分而言， 速率表达式的第五次序和第四次序之间 的不同一定会小于这个公差，或时间间 隔自动减少。反应重要性小的一些浓度 差异需要更小一些的公差。动力学积分 数字上的准确性可通过减少公差实现， 以决定结果改变的重要性。缺省为10-8. 2 3 4 6 5
1
2
3
二、Solution溶液
1.选择溶液的温度，加入水质量，pH，密度。 2.选择进入元 素成分，选择 溶液中元素。 3. 注意单位。 4. 选中元素，注 意填入的是浓度， 不是物质的量。 1 3 pH 温度 溶液密度 水质量 1
2
三、 Equilibrium phase平衡相。
1. 选择所需要的反应物与产物， 跟据自己研究的条件，决定是 否选择（因为reaction 模块中 也可以添加反应物）。
2. Go into ‘Database mode’.
3. Click on ‘DComp’. Search for
the product you need the info for.
4. Example is ‘C4FH13’.
4.
2. Finding information in GEMS
Page 1 contains the following info:
动力学的计算需要知道各个物相反应的速率公式，这在Phreeqc数据 库中是缺少的。目前存在的动力学反应速率公式只有CaCO3和FeS2。 还有很多计算公式需要补充。
Acquiring Thermodynamic data in GEMS
From Dale prentice.
1. Adding Databases
Phreeqc 使用教程 GEMS data
2015.04.02 Zhang Tao Southeast University
Phreeqc & GEMS 水化热力学、动力学模拟
学习前，最好大体上了解Phreeqc和GEMS的操作和计算方法。 仅提供软件操作方法，不能代替软件manual的阅读！！！ 遇到不能解决的问题，还是要看manual！
Quartz
-start 1 A0 = parm(1) # 定义参数A0 2 V = parm(2) #定义参数V 10 rate = (A0 / V) * (m/m0)^0.67 * 10^-13.7 * (1 - SR(“Quartz”)) #速率方程 20 save rate * time #速率×时间结果保存。 -end KINETICS Quartz -formula SiO2 -m0 158.8 # 石英初始含量 -parms 23.13 0.16 #参数1，2 的值 -time_step 5 year in 15 #一共5年 分15个时间步
2
Rate数据块 用来定义动力学反应的数学速率 表达式。一般的速率表达式是在 rates数据块中进行的，多相反应 指定参数或动力学运移在Kinetic 数据块中进行。
CaCO3溶解的速率方程：
R f k1[ H ] k2 [CO2 (aq )] k3[ H 2O]
[…]中表示的是离子的活度，k1,k2,k3为温度常数。 在纯CaCO3-H2O以及固定的CO2浓度体系中，CaCO3整个反 应速率（前进与后退）近似为：
2. contains the coefficients for the below equation which alters the specific heat capacity based on T. C°p= a0 +a1T+a2T -2 +a3T -0.5; no value = 0. Values are in [J/K/mol]
Pyrite -start 1 rem PARM(1) = log10(A/V, 1/dm) #定义参数1 2 rem PARM(2) = exp for (M/M0) #定义参数2 3 rem PARM(3) = exp for O2 #定义参数3 4 rem PARM(4) = exp for H+ #定义参数4 10 if (M <= 0) then goto 200 #反应物不存在，反应结束 20 if (SI(“Pyrite”) >= 0) then goto 200 #如果FeS2析出，反应结束 30 lograte = -10.19 + PARM(1) + PARM(2)*LOG10(M/M0) #计算溶解速率的对数 40 lograte = lograte + PARM(3)*LM(“O2”) + PARM(4)*LM("H+") # #计算溶解速率的对数 50 moles = (10^lograte) * TIME #计算由Time给定的时间间隔溶解的摩尔数 60 if (moles > M) then moles = M #限制溶解到保留的预订摩尔数 200 SAVE moles #返回时间子区域的反应摩尔数。 -end
1. 选择step,时间步。
1
2. 产生100s, 200s,300s之后 的结果。
3. 总时间将会分成的步数。 3
1. 选择计算方法。
1
2.当应用到速率积分和积分方法相 关时的情况时，指定了首选的时间 间隔数目。 6指定了第五次序所含的方法将应 用到所有的积分中，它需要6个直 接的速率赋值。对于1，2，3程序 会试着限制速率赋值到这个值。
1.
2.
1. Find the GEMS software folder on your computer. 2. Click on the ‘Gems3-app’ folder then open the ‘Resources’ folder. 3. In the ‘Resources’ folder you should see the window to the right. Open the ‘DB.default’ folder – this opens the folder which contains the components to the various databases.
RATES Calcite -start 1 rem M = current number of moles of calcite #定义M 2 rem M0 = number of moles of calcite initially present #定义M0 3 rem PARM(1) = A/V, cm^2/L #定义参数1 4 rem PARM(2) = exponent for M/M0 定义参数2 10 si_cc = SI(“Calcite”) #定义Si-CC为CaCO3的饱和溶解度常数 20 if (M <= 0 and si_cc < 0) then goto 200 #当M<=0或溶解度小于0时，溶解结束。 30 k1 = 10^(0.198 - 444.0 / TK ) #定义k1 40 k2 = 10^(2.84 - 2177.0 / TK) #定义k2 50 if TC <= 25 then k3 = 10^(-5.86 - 317.0 / TK ) #T<=25时 60 if TC > 25 then k3 = 10^(-1.1 - 1737.0 / TK ) #T>25时 70 t = 1 80 if M0 > 0 then t = M/M0 #反应当前浓度占原浓度的比值 90 if t = 0 then t = 1 100 area = PARM(1) * (t)^PARM(2) #定义反应中的表面积 110 rf = k1*ACT(“H+”)+k2*ACT(“CO2”)+k3*ACT(“H2O”) #反应速率 120 rem 1e-3 converts mmol to mol #单位转化 130 rate = area * 1e-3 * rf * (1 - 10^(2/3*si_cc)) #速率方程 140 moles = rate * TIME #参与反应的物质的量 200 SAVE moles -end
….
Thermodynamic modeling.
主要按钮：
1. Solution.
2. Equilibrium phase. 3. Reaction. 4. Selected output.
1 3
2
4
一、2.按图中2按钮，选择 需要的数据库。 3.选择图中的有.dat 后缀的文件，打开。
四、 Selected output选择性输出。
1.选择All false. 2 2. 选择所需 要输出的数 据块。
1
五、运算。
1.按下run按钮就可以进行计算了 2.计算的结果在output中显示。
1
2
Kinetic modeling.
1
2
1. Press button. 2. Open kinetics.
1
名称 饱和 指数 物质的量 化学式 只溶解