蛋白质相互作用的主要研究方法
蛋白质相互作用的主要研究方法
细胞接受外源或是内源的信号，通过其特有的信号途径，调节其基因的表达，以保持其生物学特性。在这个过程中，蛋白质占有很重要的地位，它可以调控, 介导细胞的许多生物学活性。虽然有一些蛋白质可以以单体的形式发挥作用，但是大部分的蛋白质都是和伴侣分子一起作用或是与其他蛋白质形成复合物来发挥作用的。因此，为了更好地理解细胞的生物学活性，必须很好地理解蛋白质单体和复合物的功能，这就会涉及到蛋白质相互作用的研究。在现代分子生物学中，蛋白质相互作用的研究占有非常重要的地位。
研究蛋白质相互作用时要根据不同的实验目的及条件选择不同的实施策略。研究已知蛋白间的相互作用人们关注的是蛋白间能否发生结合，实验本身更趋向于验证性，因此，应选择操作性强、可信度高、接近生理条件的技术方法，尽量减少实验本身带来的假阴性或假阳性。蛋白质相互作用方面的研究方法主要有免疫共沉淀、Far Western blotting、生物信息学、酵母双杂交系统、噬菌体展示、表面等离子共振、荧光能量转移等几种。
1 免疫共沉淀
免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。其基本原理是:细胞裂解液中加入抗体，与抗原形成特异免疫复合物，经过洗脱，收集免疫复合物，然后进行SDS-PAGE及Western blotting分析。免疫共沉淀既可以用于检验已知的两个蛋白质在体内的相互作用，也可以找出未知的蛋白质相互作用，不管是两者的哪个，其原则都是一样的，都需要用特异性的抗体与其中的一种蛋白质结合，之后通过蛋白质A 或蛋白质G琼脂糖微珠将复合物沉淀下来，然后用SDS-PAGE鉴定。免疫共沉淀中设置正确的对照非常重要，因为该方法可能出现假阳性的概率比较高，设置的对照包括：在对照组中使用对照抗体，以缺失目的蛋白的细胞系作为阴性对照等等。
在免疫共沉淀试验中要保证试验结果的真实性应注意以下几点：（1）确保共沉淀的蛋白是由所加入的抗体沉淀得到的，而并非外源非特异蛋白。单克隆
4 酵母双杂交系统
20世纪80年代中、后期，真核转录因子得到大量深入的研究，这类研究最终促成了酵母双杂交系统的诞生。当时的研究发现，真核转录因子的DNA 结合区（DNA-binding domain，BD）和转录激活区（transcription activation domain，AD）在功能上和实质上都是可分的。BD能把蛋白定位到基因组特定DNA序列上，AD能够使转录装置激活基因转录。Brent 和Ptashne于1985年证实，将2种不同蛋白的BD与AD重组，仍能产生有活性的转录因子。该实验进一步说明了转录因子的特性。后来，一些研究人员发现AD和BD不必在1条多肽上。当这两个区域单独存在时均没有转录激活功能，但当它们在间上彼此联系时，则能够激活基因转录。Field和Song正是利用这一特性建立了酵母双杂交系统。转录激活因子在结构上是组件式的，即这些因子往往由2个或2个以上相互独立的结构域构成。GAL4蛋白是1个基因转录激活子(由它激活转录的基因可以编码半乳糖苷酶)。它包括2个分离的功能性结构域：1个能结合特异DNA序列(UASG)的N末端结构域和1个包含酸性区域的C末端结构域，它是转录激活所必需的。双杂交系统是这样建立的：GAL4的DNA结合结构域，与X蛋白质融合；GAL4的激活结构域，与蛋白质Y融合；X和Y形成一个蛋白质复合物，重新形成GAL4结构域的邻近效应，即实现了转录因子功能重建，导致UASG调控的基因(报告基因)开始转录。他们当时还用2种已知的能与SNF1和SNF4互作的酵母蛋白质检验了这个系统，只有当2个融合蛋白都出现在1个细胞中时才能获得高的转录活性。
酵母双杂交的原理是将2个目的蛋白分别与AD和BD融合产生新的融合蛋白，如果这2个目的蛋白能够互相作用，则该相互作用会促使AD和BD 互相靠近而产生有活性的转录因子，进而激活事先构建到酵母基因组中的报告基因的转录。在这以前,也有许多生物化学方法用来研究蛋白质间相互作用,但都是在体外研究,该系统可以在酵母这种生长迅速且易操作的体系中研究真核细胞的蛋白质-蛋白质相互作用,且通过cDNA文库筛选直接找到与未知蛋白质相互作用的蛋白基因。
酵母双杂交系统与其衍生系统的操作程序是类似的，其基本操作程序大体包括以下几个步骤：①选择合适酵母作为筛选未知蛋白的受体菌；②诱饵蛋白表达质粒的构建和鉴定；③诱饵蛋白自身转录活性分析；④猎物蛋白cDNA 文
库的构建；⑤酵母双杂交筛选与阳性克隆鉴定。这是筛选相互作用蛋白的基本步骤，如果需要利用双杂交进行其他方面的研究，可根据不同试验目的进行相应地调整。
酵母双杂交系统的最主要的应用是快速、直接分析已知蛋白之间的相互作用及分离新的与已知蛋白作用的配体及其编码基因。酵母双杂交系统检测蛋白之间的相互作用具有以下优点：⑴作用信号是在融合基因表达后，在细胞内重建转录因子的作用而给出的，省去了纯化蛋白质的繁琐步骤。⑵检测在活细胞内进行，可以在一定程度上代表细胞内的真实情况。⑶检测的结果可以是基因表达产物的积累效应，因而可检测存在于蛋白质之间的微弱的或暂时的相互作用。⑷酵母双杂交系统可采用不同组织、器官、细胞类型和分化时期材料构建cDNA文库，能分析细胞浆、细胞核及膜结合蛋白等多种不同亚细胞部位及功能的蛋白。
酵母双杂交系统是分析蛋白-蛋白间相互作用的有效和快速的方法，有多方面的应用，但仍存在一些局限性。⑴双杂交系统分析蛋白间的相互作用定位于细胞核内，而许多蛋白间的相互作用依赖于翻译后加工如糖基化、二硫键形成等，这些反应在核内无法进行。另外有些蛋白的正确折叠和功能有赖于其他非酵母蛋白的辅助，这限制了某些细胞外蛋白和细胞膜受体蛋白等的研究。⑵酵母双杂交系统的一个重要的问题是“假阳性”。由于某些蛋白本身具有激活转录功能或在酵母中表达时发挥转录激活作用，使DNA结合结构域杂交蛋白在无特异激活结构域的情况下可激活转录。另外某些蛋白表面含有对多种蛋白质的低亲和力区域，能与其他蛋白形成稳定的复合物，从而引起报告基因的表达，产生"假阳性"结果。
针对“假阳性”问题,研究者在实践中通过对酵母双杂交系统进行改进出现了双筛选系统和假阳性显示分析法等。另外,近几年来已初步建立了哺乳动物双杂交系统,它能更好地模拟细胞内环境,从而探明蛋白质相互作用的机理。同时,为了克服酵母双杂交系统中存在的第1个问题,这些年来,人们开始尝试使用其他蛋白的结构特点来建立新的双杂交系统。于是,一些不依赖于转录因子活性的新型双杂交系统相继建立,如分离的泛素系统、蛋白质片段互补分析、阻遏物重构分析和SOS 恢复系统等。此后在酵母双杂交系统基础上还发展出酵母单杂交系统、
