作业管理系统（PBS+MAUI）使用说明
用户篇
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一、 本文档符号说明
1、 命令、代码和超链接采用斜体五号字表示
2、
二、
PBS 脚本编辑
pbs 系统通过脚本方式提交作业，因此，在发起作业之前，需要编写pbs 系统能够识别的脚本。 1、 作业脚本： 1.1 串行作业：(test.pb)
#!/bin/sh #PBS -N test
//pbs 任务名
#PBS -l nodes=1:ppn=1
//指定一个节点与一个处理器核心进行计算
echo "This job is "$PBS_JOBID@$PBS_QUEUE cd $PBS_O_WORKDIR touch test.tmp
//修改为执行文件
1.2 并行作业：(test
2.pb)
#!/bin/sh #PBS -N test2
//pbs 任务名
#PBS -l nodes=5:ppn=4
//指定5个节点，每节点4个处理器核心进行计算
#PBS -q@gnode21 cd $PBS_O_WORKDIR
/opt/mpich1.2.7/bin/mpirun -np 20 -machinefile $PBS_NODEFILE ./cpi //修改为可执行并行文件
1.3 单进程多线程作业：
#!/bin/sh #PBS -N test3
//pbs 任务名
#PBS -l nodes=1:ppn=4
//划分1个节点，每节点4个处理器核心的计算资源
cd $PBS_O_WORKDIR
3
./XXX //修改为可执行文件
1.4 多进程多线程作业：
#!/bin/sh #PBS -N test3
//pbs 任务名
#PBS -l nodes=5:ppn=1
//划分5个节点，每节点1个处理器核心的计算资源，
让pbs 自动扩充计算需要的线程
#PBS -q@gnode21 cd $PBS_O_WORKDIR
/opt/mpich1.2.7/bin/mpirun -np 20 -machinefile $PBS_NODEFILE ./XXX //修改为可执行并行文件
2、 pbs 命令： 2.1 发作业
$ qsub test.pb
2.2 查看作业状态
$ showq
2.3 查看节点状态
$ pbsnodes -a
2.4 删除作业
$ canceljob ID
3、 其他特殊需求
3.1 当需要对作业运行所在节点进行预处理时，如需要在运行作业前source 某个配置文件，可采用在pbs 脚本中添加命令的方式实现，如下（红色为添加部分）：
#PBS -N test
#PBS -l nodes=3:ppn=1
echo "This job is "$PBS_JOBID@$PBS_QUEUE for i in $(uniq $PBS_NODEFILE) do
rsh $i source XXXX
4
done
mpirun …… //执行实际任务！
4、 三、
其他需要注意的地方
1、 由于mpich 编译的多线程程序可能存在导致pbs 僵尸的问题，因此建议大家采用openmpi 编译多线程程序。
2、
